单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-06	Single cell RNA sequencing to identify an Immunogenic cell death related prognostic signature in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08602-1 PMID:40604056	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究肝内胆管癌中免疫原性细胞死亡相关基因的预后特征	首次在肝内胆管癌中鉴定出免疫原性细胞死亡相关的预后特征，并揭示了其与免疫微环境和临床预后的关联	样本量相对较小（8例患者），且研究结果需要在更大规模的队列中验证	探索免疫原性细胞死亡相关基因在肝内胆管癌进展和患者预后中的作用	肝内胆管癌患者样本	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	PCA, UMAP, CellChat, CytoTRACE, Monocle2	RNA测序数据	8例肝内胆管癌患者的30,485个单细胞
62	2025-07-06	Machine learning-based integration identifies plasma cells-related gene signature ST6GAL1 in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jul-02, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-025-03696-9 PMID:40604645	研究论文	本研究通过机器学习整合方法，识别出与特发性肺纤维化(IPF)预后相关的浆细胞相关基因特征ST6GAL1	开发了一种基于机器学习的整合程序构建浆细胞相关基因特征(PCRGS)，并验证了核心基因ST6GAL1的潜在治疗靶点作用	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量可能影响结论的普适性	系统探索与IPF患者预后相关的浆细胞相关基因	特发性肺纤维化(IPF)患者和博来霉素损伤小鼠模型	机器学习	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 批量RNA测序, 微阵列数据分析	机器学习整合模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及IPF患者和博来霉素损伤小鼠模型
63	2025-07-06	Association between periodontitis and blood lipid levels: a cross-sectional study 2025-Jul-02, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06341-3 PMID:40604728	研究论文	本研究探讨了血脂水平与牙周炎之间的相关性，并探索了血脂异常与牙周病之间的细胞和分子机制	通过单细胞RNA测序分析揭示了免疫细胞（特别是肥大细胞）在牙周炎组中脂质代谢增强，并通过炎症信号通路（如IL7、IL15）调节成纤维细胞活性	研究为横断面设计，无法确定因果关系	调查血脂水平与牙周炎之间的相关性，并探索其潜在的细胞和分子机制	2009-2014年国家健康与营养调查（NHANES）中具有完整血清脂质水平和牙周检查数据的参与者	NA	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血清脂质水平和牙周检查数据	5,342名参与者
64	2025-07-06	Maximum likelihood inference of time-scaled cell lineage trees with mixed-type missing data using LAML 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03649-9 PMID:40604857	研究论文	本文介绍了一种名为LAML的最大似然方法，用于推断时间分辨的细胞谱系树，并应用于动态谱系追踪系统	提出了LAML方法，能够准确推断细胞谱系树的拓扑结构和分支长度，并在模拟数据和肺癌小鼠模型中表现出优于现有方法的准确性和可扩展性	未提及具体的数据规模限制或计算资源需求	开发一种能够准确推断时间分辨细胞谱系树的方法	细胞谱系树和动态谱系追踪系统	生物信息学	肺癌	单细胞测序和基因组编辑	LAML（基于最大似然的方法）	单细胞测序数据	模拟数据和肺癌小鼠模型数据（具体样本量未提及）
65	2025-07-06	GADD45GIP1 promotes osteosarcoma progression by modulating RPL35 ubiquitination and alleviating endoplasmic reticulum stress via the PERK/eIF2α pathway 2025-Jul-02, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03866-z PMID:40604925	研究论文	本文研究了GADD45GIP1通过调节RPL35泛素化和减轻内质网应激促进骨肉瘤进展的分子机制	首次揭示了GADD45GIP1通过PERK/eIF2α通路调节RPL35泛素化和内质网应激促进骨肉瘤进展的新机制	研究样本量相对较小（41例正常组织和67例肿瘤组织），且机制研究主要在体外和动物模型中进行	探索骨肉瘤进展的新分子机制和潜在治疗靶点	骨肉瘤细胞和患者组织样本	肿瘤分子生物学	骨肉瘤	转录组生存分析、单细胞RNA测序、免疫共沉淀(IP)、液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	41例正常组织和67例肿瘤组织
66	2025-07-06	The role of B12 deficiency and methionine synthase in methionine-dependent cancer cells 2025-Jul-02, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00405-2 PMID:40605016	研究论文	探讨B12缺乏和甲硫氨酸合成酶在甲硫氨酸依赖性癌细胞中的作用	揭示了甲硫氨酸依赖性是由B12缺乏导致的低MTR活性引起的，并通过表达B12非依赖性甲硫氨酸合成酶恢复了癌细胞在homocysteine中的生长	研究仅基于细胞系，未涉及体内实验	解析癌细胞甲硫氨酸依赖性的机制	癌细胞系	癌症代谢	癌症	单细胞RNA测序、代谢流分析(MFA)、同位素稀释	NA	基因表达数据、代谢物数据	癌细胞系
67	2025-07-06	CircERC1 facilitates chemoresistance through inhibiting pyroptosis and remodeling extracellular matrix in pancreatic cancer 2025-Jul-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02385-9 PMID:40605033	研究论文	该研究揭示了circERC1在胰腺癌化疗耐药中的作用机制，通过抑制细胞焦亡和重塑细胞外基质来促进耐药性	首次发现circERC1作为PDAC分泌的EVs中的关键调节因子，通过抑制GEM-NabP诱导的细胞焦亡和重塑肿瘤微环境来促进化疗耐药	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证不足	探索胰腺导管腺癌(PDAC)对化疗药物耐药的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和细胞	肿瘤生物学	胰腺癌	circRNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、RNA pull-down、质谱分析、RNA免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	NA
68	2025-07-06	Investigating the potential role of EIF2S2 in OSCC progression through comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation 2025-Jul-02, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02830-x PMID:40605071	研究论文	通过综合生物信息学分析和实验验证，探讨EIF2S2在口腔鳞状细胞癌（OSCC）进展中的潜在作用	首次全面分析EIF2S2在OSCC中的表达模式及其与免疫微环境、突变负荷、药物敏感性和预后的关联	研究样本量未明确说明，且实验验证部分可能不够充分	探索EIF2S2在OSCC中的表达模式及其与肿瘤进展和免疫逃逸的关联	口腔鳞状细胞癌（OSCC）组织和相关免疫细胞	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq、免疫评分、药物敏感性评估、分子对接	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	NA
69	2025-07-06	Identification of parthanatos-related molecular subtypes and development of prognostic risk models in ovarian cancer based on multi-omics analysis 2025-Jul-02, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01726-y PMID:40605104	研究论文	通过多组学分析识别卵巢癌中与parthanatos相关的分子亚型，并开发预后风险模型	首次基于parthanatos相关基因(PRG)构建卵巢癌预后风险模型，并验证TGFBI在卵巢癌细胞增殖、侵袭和克隆形成中的作用	研究主要基于TCGA和GEO数据集，需要更多独立队列验证模型的普适性	探索parthanatos在卵巢癌中的预后价值和生物学意义	卵巢癌患者和卵巢癌细胞系	生物信息学	卵巢癌	多组学分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blotting、集落形成实验、Transwell迁移实验	预后风险模型	基因组数据、转录组数据、临床数据	TCGA和GEO数据集中的卵巢癌样本
70	2025-07-06	Iterative clustering algorithm G-DESC-E and pan-cancer key gene analysis based on single-cell sequencing data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf288 PMID:40608007	研究论文	提出了一种基于单细胞测序数据的迭代聚类算法G-DESC-E，并用于泛癌关键基因分析	首次将单细胞测序技术应用于泛癌分析中的关键基因研究，提出G-DESC-E算法，通过网格化方法有效区分降维数据，并结合标签熵和Kullback-Leibler散度公式构建目标函数，实现聚类结果的迭代优化	NA	提升单细胞测序数据在泛癌分析中的聚类准确性，并识别与不同癌症亚型相关的关键转录特征	单细胞测序数据	生物信息学	泛癌	单细胞测序	G-DESC-E算法	单细胞测序数据	NA
71	2025-07-06	Spatial heterogeneity in glioblastoma: Decoding the role of perfusion 2025-Jul-02, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189383 PMID:40614878	综述	本文探讨了胶质母细胞瘤(GBM)中灌注驱动的空间异质性及其对免疫调节和治疗抵抗的影响	聚焦灌注差异对GBM肿瘤内异质性的影响，特别是免疫调节和治疗抵抗方面，并讨论了针对灌注诱导异质性的新兴治疗策略	作为综述文章，未涉及原始实验数据或具体案例验证	解析GBM中灌注驱动的空间异质性机制及其临床意义	胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	第三代基因组学、高分辨率代谢组学、单细胞和空间转录组学	NA	分子和细胞水平的多组学数据	NA
72	2025-07-06	Alternative splicing as a novel pathogenic mechanism in chronic kidney disease 2025-Jul-02, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111972 PMID:40614890	综述	本文综述了选择性剪接（AS）作为慢性肾脏病（CKD）新型致病机制的调控机制及其在CKD发病中的已知和新兴作用	提出选择性剪接（AS）作为CKD的新型致病机制，并探讨AS靶向治疗策略的潜力	未来研究需进一步探讨AS及其调控因子在CKD中的动态变化及其功能贡献	阐明AS与CKD之间的功能联系，探索AS靶向治疗策略	肾小管上皮细胞	病理学	慢性肾脏病	单细胞测序	NA	NA	NA
73	2025-07-06	Dual nature of type I interferon responses and feedback regulations by SOCS1 dictate malaria mortality 2025-Jul, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.027 PMID:39181199	research paper	本研究探讨了I型干扰素（IFN-I）在疟疾感染中的双重作用及其通过SOCS1的反馈调节机制	首次采用两种疟原虫模型比较研究IFN-I反应的机制，并揭示了SOCS1通过负反馈和不连贯前馈环路调控IFN-α/β的动态	研究仅使用了两种疟原虫模型，可能无法涵盖所有疟原虫种类和宿主遗传背景的差异	阐明IFN-I在疟疾感染中的双重作用及其调控机制	疟原虫感染模型（P. yoelii 17XL和P. berghei ANKA）及宿主免疫反应	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、功能缺失实验、数学模型	数学模型	基因表达数据、细胞表型数据	NA
74	2025-07-06	Integrated ultrasensitive metabolomics and single-cell transcriptomics identify crucial regulators of sheep oocyte maturation and early embryo development in vitro 2025-Jul, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.040 PMID:39233000	研究论文	本研究通过超灵敏代谢组学和单细胞转录组学技术，识别并补充了绵羊卵母细胞体外成熟和早期胚胎发育中的关键代谢物	整合超灵敏代谢组学和单细胞转录组学技术，识别并补充了体外培养系统中缺失的关键代谢物，显著提高了囊胚形成率	研究仅针对绵羊卵母细胞和早期胚胎，结果可能不适用于其他物种	提高绵羊卵母细胞的发育能力，优化体外培养系统	绵羊卵母细胞和早期胚胎	生殖生物学	NA	超灵敏代谢组学分析、单细胞RNA-seq	NA	代谢组数据、转录组数据	NA
75	2025-07-06	Calpain-2-Mediated Endothelial Focal Adhesion Disruption in Thoracic Aortic Dissection 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501112 PMID:40171827	研究论文	该研究探讨了Calpain-2在胸主动脉夹层（TAD）中通过调节内皮细胞黏着斑蛋白导致内皮屏障功能障碍的机制	首次揭示了Calpain-2通过调节内皮黏着斑蛋白（Itgav、vinculin和talin-1）导致TAD的分子机制，并发现内皮特异性Capns1敲除可减轻TAD	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明胸主动脉夹层（TAD）早期发病的分子机制并探索潜在治疗靶点	胸主动脉夹层患者样本和BAPN诱导的小鼠模型	心血管疾病分子机制	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序、基因敲除技术	小鼠疾病模型	基因表达数据、病理学数据	未明确说明患者样本量，使用小鼠模型进行研究
76	2025-07-06	scCompass: An Integrated Multi-Species scRNA-seq Database for AI-Ready 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500870 PMID:40317650	研究论文	介绍了一个名为scCompass的综合多物种单细胞RNA测序数据库，旨在为AI模型训练提供标准化和高质量的数据资源	提出了一个集成和标准化处理的多物种单细胞RNA测序数据库，支持AI模型训练和预训练检查点	未提及具体的技术验证或应用案例	构建一个大规模、多物种、模型友好的单细胞数据集合，以支持单细胞生物学研究	来自13个物种的近1.05亿个单细胞的转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	近1.05亿个单细胞
77	2025-07-06	Immunotyping the Tumor Microenvironment Reveals Molecular Heterogeneity for Personalized Immunotherapy in Cancer 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417593 PMID:40433880	research paper	开发了一种名为TMEclassifier的机器学习工具，用于将肿瘤微环境（TME）分类为三种亚型，以指导个性化免疫治疗	首次提出TMEclassifier工具，能够将肿瘤微环境分为三种亚型，并通过单细胞RNA测序和体内实验验证其分类效果及免疫治疗反应差异	未明确说明样本的具体数量及多样性，可能影响分类器的普适性	开发一种高可及性、高通量的方法来定义肿瘤微环境的异质性，以指导个性化免疫治疗	肿瘤微环境（TME）及其在癌症免疫治疗中的作用	machine learning	cancer	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	machine-learning tool (TMEclassifier)	RNA sequencing data	前瞻性胃癌队列（TIMES-001）及其他多样化队列，具体数量未明确
78	2025-07-06	Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60704-6 PMID:40593535	研究论文	本文通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了腱外膜细胞在肌腱损伤后对周围纤维化和肌腱再生的重要作用	首次确定腱外膜细胞是肌腱损伤后纤维化和再生的主要细胞来源，并发现其与人类周围瘢痕组织中的成纤维细胞具有转录相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肌腱损伤后纤维化和再生过程中的关键细胞群体	小鼠和人类的肌腱组织	组织再生	肌腱损伤	遗传谱系追踪，scRNA-seq，免疫荧光染色	NA	基因表达数据，组织样本	小鼠肌腱损伤模型和人类周围瘢痕组织样本
79	2025-07-06	Axon targeting of transcriptionally distinct pioneer neurons is regulated by retinoic acid signaling 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61044-1 PMID:40593691	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼后侧线感觉神经元中先驱神经元和跟随神经元在转录水平上的差异，并发现视黄酸信号在先驱神经元轴突正确靶向中的关键作用	首次证明先驱神经元和跟随神经元是转录不同的群体，并揭示视黄酸信号下调对先驱神经元轴突靶向的重要性	研究仅针对斑马鱼后侧线感觉神经元，结果在其他神经系统中的普适性需要进一步验证	探究神经系统发育过程中先驱神经元和跟随神经元的转录差异及其调控机制	斑马鱼后侧线感觉神经元	神经科学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	斑马鱼后侧线感觉神经元样本
80	2025-07-06	Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61149-7 PMID:40593827	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA-seq数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别关注通路间的串扰	提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，首次系统地分析了细胞间通讯通路间的串扰，并通过超图学习方法编码了受体、转录因子和靶基因之间的高阶关系	方法主要依赖于scRNA-seq数据，可能忽略了其他层面的调控机制	分析细胞间通讯诱导的调控网络，特别关注通路间的串扰效应	细胞间通讯通路及其下游靶标	生物信息学	NA	scRNA-seq	超图学习	单细胞转录组数据	模拟数据和真实世界数据（具体数量未提及）