单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-14	Pro-Fibrotic Macrophage Subtypes: SPP1+ Macrophages as a Key Player and Therapeutic Target in Cardiac Fibrosis? 2025-Feb-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14050345 PMID:40072075	research paper	该研究探讨了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化发病机制中的核心作用，并提出了针对这些细胞的创新治疗策略	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中得到验证	探索心脏纤维化的发病机制并开发新的治疗方法	SPP1+巨噬细胞及其在心脏纤维化中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	动物模型（具体数量未提及）
142	2025-05-14	Single-Cell Sequencing: Genomic and Transcriptomic Approaches in Cancer Cell Biology 2025-Feb-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052074 PMID:40076700	综述	本文综述了单细胞测序（SCS）在癌症生物学研究中的影响	SCS提供了基因组、转录组和表观基因组的高分辨率分析，揭示了肿瘤异质性、克隆进化和肿瘤微环境中的复杂相互作用	NA	探讨SCS在癌症研究中的应用及其对精准肿瘤学的推动作用	癌细胞及其微环境	癌症生物学	癌症	单细胞测序（SCS）、空间转录组学、原位测序	AI、机器学习	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
143	2025-05-14	Comprehensive SHAP Values and Single-Cell Sequencing Technology Reveal Key Cell Clusters in Bovine Skeletal Muscle 2025-Feb-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052054 PMID:40076676	研究论文	本研究通过SHAP值和单细胞测序技术揭示了牛骨骼肌中的关键细胞群	利用SHAP值分析476个重要基因，重建基因矩阵并成功绘制单细胞图谱，发现Myofiber细胞是骨骼肌中最具代表性的细胞类型	研究仅针对牛骨骼肌，未涉及其他物种或组织的验证	揭示牛骨骼肌中不同类型细胞群的重要性排序及其在肌肉生长和发育中的关键作用	牛骨骼肌中的细胞群	生物信息学	NA	单细胞测序技术、SHAP分析、蛋白质语言模型	NA	基因表达数据	NA
144	2025-05-14	Identification of Prognostic Genes Related to Cell Senescence and Lipid Metabolism in Glioblastoma Based on Transcriptome and Single-Cell RNA-Seq Data 2025-Feb-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051875 PMID:40076502	研究论文	本研究通过转录组和单细胞RNA测序数据，识别与细胞衰老和脂质代谢相关的预后基因，以改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	首次结合细胞衰老和脂质代谢相关基因，构建胶质母细胞瘤的预后风险模型和列线图，并验证其预测能力	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	改善胶质母细胞瘤的预后和治疗策略	胶质母细胞瘤患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	转录组测序, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), WGCNA, 单变量Cox回归	风险模型, 列线图	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的胶质母细胞瘤样本
145	2025-05-14	Spatial Transcriptomic Analysis of Surgical Resection Specimens of Primary Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Treated with Afatinib in a Window-of-Opportunity Study (EORTC90111-24111) 2025-Feb-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051830 PMID:40076457	research paper	该研究通过空间转录组学分析头颈部鳞状细胞癌手术切除标本，评估阿法替尼对肿瘤及其微环境的影响	首次在阿法替尼治疗的头颈部鳞状细胞癌手术标本中应用空间转录组学技术，发现与EMT、MET和PDGF通路相关的13个潜在靶点基因	样本量较小(仅3个病例)，且仅针对特定治疗方案的响应进行研究	探索抗HER治疗下头颈部鳞状细胞癌的肿瘤演变和组成变化	接受阿法替尼治疗的头颈部鳞状细胞癌患者手术标本	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	空间转录组学(spatial transcriptomics), RNA-seq	NA	转录组数据	3例手术标本(ID08,ID15,ID30)
146	2025-05-14	The establishment of the anther somatic niche with single-cell sequencing 2025-02, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.11.004 PMID:39547468	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索玉米花药体细胞微环境的发育过程	首次建立玉米花药体细胞微环境的单细胞转录组图谱，揭示了体细胞类型从减数分裂前到减数分裂后的发育轨迹，并鉴定了先前功能未知的体细胞类型标记基因	研究仅针对玉米这一特定物种，结果在其他开花植物中的普适性有待验证	理解花药体细胞微环境的发育机制及其在植物雄性生殖中的功能	玉米花药的体细胞微环境	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但涵盖玉米花药发育多个时期的细胞
147	2025-05-14	Cellular heterogeneity in metabolism and associated microbiome of a non-model phytoflagellate 2025-Jan-02, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wraf046 PMID:40057978	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术Smart-seq2，对缺乏参考基因组的微真核生物Ochromonas triangulata进行了代谢和生长阶段的研究	首次在非模式微真核生物中应用单细胞转录组学，揭示了与不同生长阶段相关的代谢状态和微生物组	研究仅针对一种微真核生物，结果可能不具有普遍性	探索微真核生物的代谢多样性和生态角色	Ochromonas triangulata微真核生物及其相关微生物组	单细胞转录组学	NA	Smart-seq2单细胞转录组测序	NA	转录组数据	单个微真核生物细胞及其相关微生物组
148	2025-05-14	Left/right asymmetrically expressed ephrin and Flamingo proteins regulate lateralized axon growth in C. elegans 2025-01, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.09.014 PMID:39341445	研究论文	该研究揭示了秀丽隐杆线虫神经系统中左右不对称表达的ephrin蛋白EFN-2和Flamingo蛋白FMI-1在轴突生长中的调控作用	发现了EFN-2和FMI-1作为HLH-16的下游靶标在AIY神经元谱系中的左右不对称表达，并揭示了它们在轴突生长调控中的协作机制	研究局限于秀丽隐杆线虫模型，在更高等生物中的适用性尚不明确	探究神经系统左右不对称的分子机制及其功能影响	秀丽隐杆线虫的AIY神经元谱系	神经生物学	NA	单细胞RNA测序数据分析	NA	基因表达数据	NA
149	2025-05-14	Pronounced early differentiation underlies zebra finch gonadal germ cell development 2025-01, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.006 PMID:39214328	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序比较了鸡和斑胸草雀生殖细胞发育的种间差异，揭示了斑胸草雀早期生殖细胞分化的显著特点	首次在斑胸草雀中发现两种早期生殖细胞类型，并揭示了其与鸡的发育时序差异，扩展了对鸟类生殖细胞发育多样性的认识	研究仅比较了鸡和斑胸草雀两种鸟类，可能无法完全代表所有鸟类的生殖细胞发育模式	探究不同鸟类物种间生殖细胞发育的差异，为基因组编辑和生殖技术在其他鸟类中的应用提供基础	鸡和斑胸草雀的早期胚胎性腺	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	鸡和斑胸草雀的早期胚胎性腺样本
150	2025-05-14	Cellular and molecular determinants mediating the dysregulated germinal center immune dynamics in systemic lupus erythematosus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530327 PMID:40070830	研究论文	本研究利用空间转录组学和多路成像技术，探讨了系统性红斑狼疮（SLE）患者淋巴结中滤泡免疫景观和原位转录组特征	揭示了SLE滤泡中I型干扰素和浆细胞特征的显著变化，以及滤泡T细胞亚群受I型干扰素影响的机制	研究样本可能有限，且未涉及其他潜在影响因素	探究SLE患者淋巴结滤泡免疫动态的细胞和分子决定因素	系统性红斑狼疮（SLE）患者的淋巴结组织	免疫学	系统性红斑狼疮	空间转录组学、多路成像	NA	转录组数据、图像数据	未明确说明样本数量，但涉及SLE患者和对照组的淋巴结组织
151	2025-05-14	Single-cell RNA-sequencing reveals cellular heterogeneity and immune microenvironment characteristics between ocular adnexal mucosa-associated lymphoid lymphoma and IgG4-related ophthalmic disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1508559 PMID:40078987	research paper	通过单细胞RNA测序技术比较眼附属器粘膜相关淋巴组织淋巴瘤（MALT淋巴瘤）和IgG4相关眼病（IgG4-ROD）的细胞异质性和免疫微环境特征	首次对眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD进行单细胞转录组测序比较分析，揭示了两种疾病的细胞组成、关键通路和免疫微环境差异	样本量较小（仅3例MALT淋巴瘤和3例IgG4-ROD患者）	研究MALT淋巴瘤和IgG4-ROD的分子发病机制差异	眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD患者的眼眶泪腺区域组织样本	digital pathology	lymphoma	scRNA-seq, 免疫荧光检测	NA	RNA测序数据	3例MALT淋巴瘤患者和3例IgG4-ROD患者的组织样本
152	2025-05-14	Development of a tertiary lymphoid structure-based prognostic model for breast cancer: integrating single-cell sequencing and machine learning to enhance patient outcomes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534928 PMID:40078998	research paper	开发了一种基于三级淋巴结构（TLS）的乳腺癌预后模型，整合单细胞测序和机器学习以提高患者预后	整合单细胞RNA测序和机器学习算法，开发了基于TLS的预测模型，能够更准确地预测乳腺癌患者的总体生存率	研究依赖于多个独立队列的数据，可能存在样本异质性	提高乳腺癌患者的预后预测准确性并支持个性化治疗策略	乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	machine learning	RNA-seq	9,551名乳腺癌患者
153	2025-05-14	The sentinels of coronary artery disease: heterogeneous monocytes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1428978 PMID:40079002	综述	本文探讨了冠状动脉疾病（CAD）中单核细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	提出了单核细胞异质性在CAD中的临床价值提升策略，并展望了未来研究方向	NA	研究单核细胞异质性在冠状动脉疾病中的作用及其临床应用	冠状动脉疾病患者的单核细胞	心血管疾病研究	冠状动脉疾病	高参数流式细胞术和单细胞测序技术	NA	临床数据	NA
154	2025-05-14	Analysis of single-cell and spatial transcriptomics in TNBC cell-cell interactions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521388 PMID:40079015	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在探索三阴性乳腺癌（TNBC）异质性、细胞空间分布模式及细胞间相互作用中的应用	强调了scRNA-seq和ST技术在理解TNBC肿瘤微环境中各种细胞类型的分布、功能及相互作用方面的创新应用	作为一篇综述文章，未涉及具体实验数据或新发现，主要基于现有研究的总结	增强对TNBC在细胞水平上的理解，以开发有效的治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境中的细胞（如肿瘤细胞、T细胞、B细胞、巨噬细胞和成纤维细胞）	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq, ST	NA	transcriptomics data	NA
155	2025-05-14	Molecular Mechanisms of Ischemia/Reperfusion Injury and Graft Dysfunction in Liver Transplantation: Insights from Multi-Omics Studies in Rodent Animal Models 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.109449 PMID:40083684	review	本文综述了啮齿动物缺血再灌注损伤（IRI）和肝移植（LT）模型在模拟移植物损伤和免疫排斥、开发治疗方法及评估治疗效果中的关键作用，以及多组学数据和技术在理解移植病理生理过程中的应用	强调了整合多组学数据（如单细胞RNA测序）和先进组学技术在啮齿动物模型中的应用，为理解肝移植中的病理生理过程提供了新视角	当前挑战包括跨物种验证的不足，以及需要结合更先进的单细胞、空间组学技术和机器学习算法来识别特定细胞群体中的关键调控网络	探讨肝移植中缺血再灌注损伤和移植物功能障碍的分子机制，并评估多组学数据在改善移植结果中的潜力	啮齿动物缺血再灌注损伤和肝移植模型	生物医学研究	肝移植相关疾病	单细胞RNA测序、空间组学技术、机器学习算法	啮齿动物模型	多组学数据	NA
156	2025-05-14	YBX1/CD36 positive feedback loop-mediated lipid accumulation drives metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105798 PMID:40083711	研究论文	本研究探讨了YBX1/CD36正反馈环路在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的作用及其机制	揭示了YBX1通过正反馈环路调控CD36表达，进而促进肝脏脂质积累的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的转化潜力尚需进一步验证	探究MASLD的发病机制及YBX1在其中的作用	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	肝脏疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞测序、透射电子显微镜、生物学和组织学分析	小鼠模型（YBX1敲除和LOXP小鼠）	基因表达数据、组织学图像	人类肝脏样本和小鼠模型
157	2025-05-14	Contact Cooling-Induced ELOVL4 Enhances Skin Wound Healing by Promoting the Inflammation-to-Proliferation Phase Transition 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.107871 PMID:40083712	research paper	该研究揭示了适宜温度通过诱导ELOVL4表达促进皮肤伤口愈合的机制	首次发现接触冷却通过上调ELOVL4促进伤口愈合，并鉴定DHA和EPA为其关键产物	未明确说明研究样本量及人体试验验证情况	探究温度影响皮肤伤口愈合的分子机制	皮肤伤口模型和皮肤类器官	分子生物学	皮肤创伤	bulk-和single-cell RNA测序、空间转录组分析	NA	转录组数据	NA
158	2025-05-14	NSUN2-mediated m5C modification drives alternative splicing reprogramming and promotes multidrug resistance in anaplastic thyroid cancer through the NSUN2/SRSF6/UAP1 signaling axis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104713 PMID:40083919	研究论文	本文研究了NSUN2介导的m5C修饰在未分化甲状腺癌（ATC）多药耐药性（MDR）中的作用及其机制	揭示了NSUN2通过NSUN2/SRSF6/UAP1信号轴促进ATC多药耐药性的新机制，并提出了NSUN2抑制剂作为克服MDR的新治疗策略	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	阐明ATC多药耐药性的生物学机制并寻找新的治疗靶点	未分化甲状腺癌（ATC）	癌症生物学	甲状腺癌	RNA测序（bulk和scRNA-seq）、IC测定、流式细胞术、MeRIP-seq分析、糖蛋白染色、PCR	Nsun2敲除的自发肿瘤ATC小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组学数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，但使用了ATC样本和动物模型
159	2025-05-14	YBX1-driven TUBB6 upregulation facilitates ocular angiogenesis via WNT3A-FZD8 pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104573 PMID:40083923	research paper	本研究揭示了TUBB6在眼部血管生成中的关键作用及其通过YBX1-TUBB6-WNT3A/FZD8通路的分子机制	首次发现YBX1通过结合TUBB6的3'UTR维持其mRNA稳定性，进而调控WNT3A-FZD8通路促进眼部血管生成	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探究TUBB6在病理性眼部新生血管形成中的作用机制	氧诱导视网膜病变(OIR)和激光诱导脉络膜新生血管(CNV)小鼠模型，以及糖尿病视网膜病变(PDR)和新生血管性年龄相关性黄斑变性(nAMD)患者的内皮细胞	分子生物学	眼部血管疾病	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, Transwell迁移实验, 伤口愈合实验, 管形成实验, 流式细胞术, 免疫荧光染色	基因敲除模型	RNA测序数据, 细胞功能实验数据	OIR和CNV小鼠模型，PDR和nAMD患者的内皮细胞样本
160	2025-05-14	Spatial Metabolomics and Transcriptomics Reveal Metabolic Reprogramming and Cellular Interactions in Nasopharyngeal Carcinoma with High PD-1 Expression and Therapeutic Response 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102822 PMID:40083932	研究论文	本研究通过空间代谢组学和转录组学技术，探索了鼻咽癌患者中代谢重编程和细胞间相互作用与治疗反应及PD-1表达水平的关系	首次结合空间代谢组学和转录组学技术，揭示了鼻咽癌中脂质代谢、支链氨基酸代谢和谷氨酰胺代谢的重编程与治疗反应及PD-1表达的关联，并鉴定了六个关键基因作为预后标志物	研究样本量未明确说明，且仅基于TCGA数据集进行验证，可能需要更多独立队列验证	探索鼻咽癌患者中空间代谢和基因表达变化与治疗反应及PD-1表达水平的关系	鼻咽癌患者	数字病理学	鼻咽癌	空间代谢组学(SM), 空间转录组学(ST), 免疫组化	NA	代谢组数据, 转录组数据	NA