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当前共找到 34984 篇文献，本页显示第 1361 - 1380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1361 | 2025-12-19 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TG-ME的计算框架，结合Transformer和图变分自编码器，利用空间转录组学和形态学图像解析空间微环境 | 创新性地整合Transformer和图变分自编码器，开发TG-ME框架用于空间微环境识别，适用于健康、肿瘤和感染组织的稳健聚类分析 | NA | 开发一个深度学习协议，以识别和分析组织中的空间微环境 | 空间转录组学和形态学图像数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1362 | 2025-12-19 |
Reflecting on 30 years of miRNA biology in malignant hematology: current challenges and future directions
2025-Nov-25, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024015611
PMID:40845247
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观点文章 | 本文回顾了microRNA（miRNA）在恶性血液学中30年的研究历程，讨论了当前挑战和未来方向 | 强调了miRNA-mRNA相互作用的上下文依赖性、isomiRs的影响以及RNA结合蛋白和表观转录组修饰对miRNA活性的作用，并倡导使用更生理相关的系统如造血类器官、单细胞和空间转录组学 | 指出常用批量测序和简化模型存在局限性，方法学不一致、解释过于简化以及模型限制阻碍了临床转化进展 | 探讨miRNA在恶性血液学中的生物学作用、当前研究挑战及未来发展方向 | microRNA（miRNA）在造血过程和血液恶性肿瘤（如急性髓系白血病）中的调控机制 | NA | 血液恶性肿瘤 | 单细胞转录组学、空间转录组学、CRISPR功能分析、脂质纳米颗粒递送、抗miRs | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 1363 | 2025-12-19 |
Nivolumab plus ipilimumab induce hyper-progression in renal medullary carcinoma: results of a phase II trial and preclinical evidence
2025-Nov-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65462-z
PMID:41290625
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研究论文 | 本文报告了一项针对肾髓样癌（RMC）患者的II期临床试验结果，评估了nivolumab联合ipilimumab的疗效，并通过单细胞RNA测序和临床前实验揭示了免疫检查点疗法（ICT）诱导的耐药机制 | 首次在RMC中通过临床试验和单细胞RNA测序揭示了ICT诱导的“髓系拟态”程序，并发现p300抑制可恢复ICT敏感性 | 临床试验样本量较小（仅10名患者），且为单臂研究，缺乏对照组 | 评估nivolumab联合ipilimumab在肾髓样癌（RMC）中的疗效，并探究ICT诱导的耐药机制 | 肾髓样癌（RMC）患者及免疫活性体细胞嵌合基因工程小鼠模型 | NA | 肾髓样癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 10名RMC患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1364 | 2025-12-19 |
Brain-wide Genome Editing via STEP-RNPs for Treatment of Angelman Syndrome
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.684643
PMID:41292800
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STEP的非病毒、非纳米颗粒、基于化学修饰的脑部全基因组编辑方法，用于治疗Angelman综合征 | 开发了STEP-RNPs平台，实现高效、无痕的脑部全基因组编辑，无需病毒或纳米颗粒载体 | 研究基于小鼠模型和体外人类神经元，尚未进行人体临床试验 | 开发一种治疗神经遗传疾病的新型基因组编辑方法 | Angelman综合征小鼠模型、人类神经元和源自患者iPSCs的皮质脑类器官 | 基因编辑与神经科学 | Angelman综合征 | 基因组编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、行为数据 | Angelman综合征小鼠模型和人类神经元/脑类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1365 | 2025-12-19 |
FADVI: disentangled representation learning for robust integration of single-cell and spatial omics data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683998
PMID:41278629
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研究论文 | 本文提出了一种名为FADVI的变分自编码器框架，用于解决单细胞和空间组学数据整合中的批次效应问题 | FADVI通过将潜在空间划分为批次特定、标签相关和残差子空间，结合监督分类、对抗训练和交叉协方差惩罚，实现了技术变异与真实生物信号的解耦 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种能够稳健整合单细胞和空间组学数据的方法，以克服跨实验和平台的批次效应 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和高分辨率空间转录组学数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | 变分自编码器 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1366 | 2025-12-19 |
MERFISH+, a large-scale, multi-omics spatial technology resolves the molecular holograms of the 3D human developing heart
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.02.686137
PMID:41279640
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研究论文 | 本文介绍了一种增强型空间转录组学技术MERFISH+，用于解析人类发育心脏的三维分子全息图 | MERFISH+通过整合化学探针锚定、保护性水凝胶、高通量微流体和显微镜技术，实现了大规模、多组学的空间分析，支持在厘米级组织样本上进行稳健的重复杂交循环 | NA | 开发一种高分辨率、大规模的空间多组学技术，以解析复杂组织（如人类发育心脏）的三维细胞和亚细胞组织 | 人类发育心脏组织 | 空间转录组学 | NA | MERFISH+（增强型多重误差稳健荧光原位杂交） | Spateo-VI（生成式整合框架） | 空间转录组数据、染色质数据 | 310万个细胞，涵盖34个不同细胞群体 | NA | 空间转录组学、空间多组学 | MERFISH+ | 整合化学探针锚定在保护性水凝胶中，结合高通量微流体和显微镜技术 |
| 1367 | 2025-12-19 |
Benchmarking large language models for cell typing in single-cell RNA-Seq
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf677
PMID:41396814
|
研究论文 | 本文系统性地评估了七种领先的大型语言模型和三种传统生物信息学工具在34个不同的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集上的细胞类型注释性能 | 首次为LLMs在scRNA-seq细胞类型注释中的应用提供了系统性框架和全面的性能比较，并开发了集成策略和开源工具DeepCellSeek | NA | 评估和比较大型语言模型在单细胞RNA测序数据细胞类型注释中的性能 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据集 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大型语言模型 | 基因表达数据 | 34个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1368 | 2025-12-19 |
Ursolic acid ameliorates ocular surface dysfunction in dry eye via targeting EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1 pathway
2025-Nov, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101294
PMID:41399414
|
研究论文 | 本研究评估了熊果酸（UA）对干眼症（DE）相关眼表功能障碍的治疗效果及其机制，通过细胞和动物模型验证了UA滴眼液通过调节EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1信号通路改善症状 | 首次将熊果酸应用于干眼症治疗，并通过网络药理学、单细胞测序和分子对接技术系统揭示了其通过EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1通路发挥作用的分子机制 | 研究主要基于体外细胞模型和动物模型，尚未进行临床试验验证UA滴眼液在人体中的安全性和有效性 | 探究熊果酸对干眼症眼表功能障碍的治疗效果及作用机制 | 人角膜上皮细胞（HCEs）和干眼症小鼠模型 | 数字病理学 | 干眼症 | 单细胞测序、RNA测序、分子对接、网络药理学分析 | NA | 单细胞测序数据、RNA测序数据、分子对接模拟数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1369 | 2025-12-19 |
Charting the cardiac landscape: Advances in spatial transcriptomics for heart biology
2025 Nov-Dec, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.103648
PMID:40882280
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在心脏生物学中的应用进展，包括技术范围、技术考虑以及从早期空间映射到现代高分辨率多模态方法的演变 | 强调了空间转录组学如何通过提供完整组织内基因表达的高分辨率图谱，革命性地改变了对心脏生物学的理解，并展示了多模态方法在揭示细胞类型特异性反应和分子机制方面的扩展应用 | NA | 探讨空间转录组学在心脏发育、疾病和再生研究中的应用，并讨论其在心血管生物学和治疗中的未来方向 | 心脏组织，包括发育中的人类心脏和成年后心肌梗死后的心脏 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1370 | 2025-12-19 |
How to get the most out of your cancer spatial transcriptomics data
2025 Nov-Dec, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.103657
PMID:41108891
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综述 | 本文为癌症研究人员提供了空间转录组学数据分析的路径指南，涵盖主要分析方法、常用工具、新兴技术以及实验设计考量 | 系统梳理了癌症空间转录组学数据分析的完整流程与策略，整合了从基础可视化到前沿机器学习方法的分析技术全景，并前瞻性地讨论了实验设计与团队协作等实践问题 | 作为综述文章，未提出新的分析方法或工具，主要侧重于现有技术的梳理与指南性建议 | 为癌症研究人员提供空间转录组学数据分析的实用指南与策略 | 空间转录组学数据分析方法、工具及其在癌症研究中的应用 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 机器学习 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1371 | 2025-12-19 |
Nanobody Immunolabelling and three-dimensional imaging reveals spatially restricted LYVE1 expression by kidney lymphatic vessels in mice
2025-Oct-13, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03759-3
PMID:41084009
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研究论文 | 本研究利用纳米抗体免疫标记和三维成像技术，揭示了小鼠肾脏淋巴管中LYVE1表达的空间限制性特征 | 开发了针对LYVE1的纳米抗体，实现了对完整器官内淋巴管网络的更快速、更深层标记，克服了传统抗体渗透性不足的局限 | 研究主要聚焦于小鼠模型，尚未在人类或其他物种中验证；纳米抗体的应用范围可能受限于特定标记物 | 开发新型淋巴管标记工具并研究肾脏淋巴管的特异性表达模式 | 小鼠肾脏、皮肤、心脏和肺部的淋巴管 | 数字病理学 | NA | 纳米抗体免疫标记、三维成像、单细胞RNA测序 | NA | 图像、转录组数据 | 小鼠器官样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1372 | 2025-12-19 |
LncCE: Landscape of Cellularly-elevated lncRNAs in Single Cells Across Normal and Cancer Tissues
2025-09-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf069
PMID:40833782
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研究论文 | 本研究提出了一个名为LncCE的资源，用于在单细胞分辨率下系统探索正常组织和癌组织中的细胞高表达长链非编码RNA | 首次在单细胞水平系统构建了跨正常和癌组织的细胞高表达lncRNA图谱，并整合了临床生存关联分析 | 分析基于现有的单细胞RNA测序数据集，可能受数据质量和覆盖范围的限制 | 构建一个全面、定量且用户友好的lncRNA细胞高表达图谱数据库 | 长链非编码RNA在正常组织和癌组织中的细胞特异性表达模式 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 181个单细胞RNA测序数据集，涵盖20个胎儿正常组织、59个成人正常组织、32种成人癌症类型和5种儿童癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1373 | 2025-12-19 |
scPlantLLM: A Foundation Model for Exploring Single-cell Expression Atlases in Plants
2025-07-11, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf024
PMID:40094454
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研究论文 | 本文开发了一个名为scPlantLLM的Transformer基础模型，用于处理和分析植物单细胞RNA测序数据，以解决批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断等挑战 | 开发了首个针对植物单细胞数据的Transformer基础模型，采用包含掩码语言建模和细胞类型注释任务的顺序预训练策略，在零样本学习场景下实现了高达0.91的准确率 | 模型主要基于拟南芥数据集进行验证，在其他植物系统中的泛化能力有待进一步评估 | 开发一个先进的计算模型，以解决植物单细胞RNA测序数据分析中的关键挑战，包括批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断 | 植物单细胞RNA测序数据，特别是拟南芥的单细胞表达图谱 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 单细胞基因表达数据 | 数百万个植物单细胞数据点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1374 | 2025-12-19 |
Sp140L functions as a herpesvirus restriction factor suppressing viral transcription and activating interferon-stimulated genes
2025-Jun-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426339122
PMID:40526717
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现Sp140L是一种疱疹病毒限制因子，能抑制病毒转录并激活干扰素刺激基因 | 首次揭示Sp140L作为疱疹病毒限制因子，并发现其连接病毒DNA感知与转录抑制至干扰素非依赖性先天免疫反应 | 研究主要基于EBV感染的B细胞模型，其他细胞类型或体内环境的适用性需进一步验证 | 探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制，并鉴定新的宿主限制因子 | EBV感染的B细胞及疱疹病毒Saimiri的ORF3蛋白 | 单细胞组学 | 病毒感染（EBV相关疾病） | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | EBNA-LP敲除（LPKO）感染的B细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1375 | 2025-12-19 |
Temporal transcriptomic changes in the THY-Tau22 mouse model of tauopathy display cell type- and sex-specific differences
2025-05-07, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02013-z
PMID:40336141
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了THY-Tau22小鼠模型中tau蛋白病的性别和年龄依赖性转录组变化 | 首次在THY-Tau22小鼠模型中系统揭示了tau蛋白病相关的性别特异性转录组变化及其年龄依赖性演化 | 研究仅基于小鼠模型，人类数据的验证有限，且样本年龄点较少 | 探究阿尔茨海默病相关tau蛋白病中性别特异性和性别二态性转录组变化的细胞类型特异性及年龄依赖性 | THY-Tau22转基因小鼠和野生型小鼠的皮质组织 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 17月龄和7月龄的THY-Tau22及野生型小鼠皮质组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1376 | 2025-12-19 |
Microvascular aberrations found in human polycystic kidneys are an early feature in a Pkd1 mutant mouse model
2025-Apr-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052024
PMID:40114603
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学、三维成像及多模态磁共振成像技术，揭示了人类常染色体显性多囊肾病（ADPKD）肾脏中微血管异常的早期特征，并在Pkd1突变小鼠模型中验证了这些发现 | 首次结合单细胞转录组学、几何拓扑分析和动脉自旋标记磁共振成像，系统描述了ADPKD肾脏微血管异常的分子特征和时空动态，并证实其在人类和小鼠模型中的一致性 | 研究主要基于晚期人类ADPKD样本和Pkd1突变小鼠模型，可能无法完全反映疾病早期阶段的血管变化，且样本量有限 | 探究ADPKD肾脏微血管异常的发病机制和早期特征，为血管靶向治疗提供依据 | 人类ADPKD肾脏组织、Pkd1突变小鼠的肾脏（包括出生后和胎儿期） | 数字病理学 | 常染色体显性多囊肾病 | 单细胞转录组学、三维成像、几何拓扑分析、分形分析、多模态磁共振成像、动脉自旋标记 | Pkd1突变小鼠模型 | 转录组数据、图像数据、磁共振成像数据 | 人类ADPKD肾脏样本（晚期囊性病理和排泄功能衰竭）、Pkd1突变小鼠肾脏样本（出生后和胎儿期） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1377 | 2025-12-19 |
T-cell repertoire analysis and metrics of diversity and clonality
2020-10, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2020.07.010
PMID:32889231
|
综述 | 本文综述了T细胞受体（TCR）测序技术、计算工具及多样性指标，以解析免疫库在健康和疾病中的动态 | 整合了高通量测序技术与计算工具，用于TCR库的聚类、特异性预测及多样性分析，推动个性化免疫治疗 | NA | 综述T细胞受体测序技术、计算工具及多样性指标，以促进免疫库在疾病和治疗中的研究 | T细胞受体（TCR）库 | 自然语言处理 | NA | 高通量测序 | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1378 | 2025-12-18 |
Magnifying Glass on Sinonasal NUT Carcinoma Heterogeneity via Spatial Transcriptomics
2026-Jan, Head & neck
DOI:10.1002/hed.28231
PMID:40621801
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探索了鼻窦NUT癌的肿瘤异质性 | 首次将空间转录组学应用于罕见的鼻窦NUT癌，揭示了肿瘤内和肿瘤间的细胞类型多样性 | 样本量较小（仅3例），行为相关性仅为推测性 | 通过空间转录组学分析鼻窦NUT癌的肿瘤异质性 | 3例鼻窦NUT癌的福尔马林固定石蜡包埋组织样本 | 数字病理学 | 鼻窦NUT癌 | 空间转录组学测序 | 图神经网络 | 空间转录组数据 | 3例鼻窦NUT癌组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Genomics Visium Spatial Gene Expression分析 |
| 1379 | 2025-12-18 |
Contribution of S1pr1 -featured astrocyte subpopulation to cisplatin-induced neuropathic pain in male mice
2026-Jan-01, Pain
IF:5.9Q1
DOI:10.1097/j.pain.0000000000003780
PMID:40899794
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了顺铂诱导的神经病理性疼痛中S1pr1高表达星形胶质细胞亚群的作用及其与Wnt信号通路的关联 | 首次在顺铂诱导的神经病理性疼痛模型中，利用单细胞转录组学识别出S1pr1高表达星形胶质细胞亚群，并发现其通过Wnt信号通路（特别是FGFR3）介导疼痛机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型，未涉及雌性动物或人类样本，可能限制结果的普适性 | 探究顺铂诱导的神经病理性疼痛（CIPN）中S1PR1下游的分子机制 | 雄性小鼠脊髓组织 | 单细胞转录组学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量，但基于雄性小鼠脊髓单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1380 | 2025-12-18 |
Current Knowledge and Future Directions for Cyclospora cayetanensis Research and Its Surrogates
2026-Jan, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.70327
PMID:41347294
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综述 | 本文回顾了环孢子虫的当前研究现状，包括其发生、传播、检测方法、宿主-寄生虫相互作用、遗传学和补救策略，并评估了使用替代生物来填补研究空白 | 评估了替代生物在环孢子虫研究中的应用，并探讨了新兴工具如宏基因组学、单细胞测序和AI驱动的生物信息学在克服研究障碍方面的潜力 | 替代生物无法完全复制环孢子虫的生物学特性，限制了基于替代研究的可转化性，且基因组组装存在空白，限制了系统发育和功能分析 | 提高环孢子虫的检测能力、风险评估并指导政策制定，以减轻环孢子虫病的公共卫生负担 | 环孢子虫及其替代生物（如艾美球虫和隐孢子虫） | NA | 环孢子虫病 | 分子检测、宏基因组学、单细胞测序、AI驱动的生物信息学 | NA | 基因组数据、环境样本数据、食品样本数据 | NA | NA | NA | NA | NA |