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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1421 | 2025-12-16 |
Unveiling the role of the extracellular matrix in the osteosarcoma tumor microenvironment through integrated transcriptomics and experimental validation
2025-Dec, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00970-0
PMID:41057667
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学分析和实验验证,揭示了细胞外基质(ECM)在骨肉瘤肿瘤微环境中的关键作用,并确定了COL5A2基因和C0成骨细胞簇作为重要的ECM相关标志物 | 首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,结合实验验证,系统性地揭示了COL5A2基因通过激活黏着斑通路和IGFBP3-TMEM219轴介导的细胞间通讯来驱动骨肉瘤增殖的新机制 | 研究主要基于公共数据库的数据和体外实验,缺乏体内动物模型的验证,并且ECM其他成分的作用有待进一步探索 | 阐明细胞外基质在骨肉瘤肿瘤微环境中的作用机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞外基质成分及相关细胞类型(如成骨细胞、内皮细胞) | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 生物信息学分析, Western blot, CCK-8, 集落形成实验 | 预后模型 | 转录组数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1422 | 2025-12-16 |
Uncovering senescent fibroblast heterogeneity connects DNA damage response to idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690792
PMID:41394576
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研究论文 | 本研究揭示了特发性肺纤维化(IPF)中衰老成纤维细胞的异质性,并连接DNA损伤反应与疾病机制 | 首次在人类原代肺成纤维细胞中展示了DNA损伤后衰老的微妙异质性,并开发了新的衰老相关基因集以识别疾病相关细胞 | 研究主要基于体外细胞模型,可能未完全反映体内复杂环境;样本量有限,需进一步验证 | 探索特发性肺纤维化中衰老成纤维细胞的异质性及其与DNA损伤反应的联系 | 健康供体和特发性肺纤维化患者的原代人类肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),加权基因共表达网络分析(WGCNA) | NA | 基因表达数据 | 健康供体和IPF患者的原代肺成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1423 | 2025-12-16 |
Characterizing Stage-Specific Cellular Dynamics and Microenvironmental Remodeling in Lung Adenocarcinoma by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Nov-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510847
PMID:41313751
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,系统分析了肺腺癌不同阶段的细胞组成和转录状态,揭示了肿瘤微环境从早期免疫激活到晚期免疫抑制的动态重塑过程 | 识别了晚期肺腺癌中一个独特的缺氧适应上皮肿瘤细胞亚群(C5),并揭示了其与转移、侵袭和不良预后的关联;同时,系统描绘了免疫细胞(如LGMN⁺巨噬细胞、STAT1驱动的耗竭CD8⁺ T细胞)和基质细胞(如POSTN⁺ CAFs)在肿瘤进展中的阶段特异性变化 | 研究整合了公开数据集,可能存在批次效应;样本量可能有限,且未涵盖所有LUAD亚型或治疗背景 | 阐明肺腺癌进展过程中肿瘤微环境的阶段特异性细胞动力学和重塑机制,以发现精准免疫治疗靶点 | 肺腺癌患者标本(包括早期和晚期阶段)及其肿瘤微环境中的免疫细胞、基质细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 整合了早期患者标本和公开的晚期疾病数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1424 | 2025-12-16 |
High-resolution MRI Guided Whole Mouse Brain Cell Type Atlas using Deep Learning
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690475
PMID:41394590
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研究论文 | 本研究提出了一种深度学习框架,整合高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜数据,生成了小鼠全脑细胞类型图谱 | 首次将高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜结合,利用深度学习直接预测细胞类型,实现了10微米各向同性分辨率的全脑细胞图谱 | 研究依赖于特定成像技术的配准精度,且方法在其它物种或成像模式中的普适性尚未验证 | 开发高效高分辨率的脑细胞图谱生成方法,探索先进成像技术揭示大脑细胞机制的潜力 | 小鼠全脑 | 计算机视觉 | NA | 扩散MRI、三维光片显微镜、空间转录组学 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1425 | 2025-12-16 |
Evaluation of single-cell RNA profiling technologies using FFPE, fresh, and frozen ccRCC tumor specimens
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690485
PMID:41394662
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研究论文 | 本研究评估了三种10x单细胞RNA分析技术(新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex)在ccRCC活检样本中的应用,比较了它们在细胞类型识别和转录谱一致性方面的表现 | 首次在ccRCC肿瘤样本中系统比较了基于不同保存方式(FFPE、新鲜、冷冻)的单细胞RNA分析技术,特别是评估了新型FFPE兼容平台10x Genomics Flex的实用性 | 研究仅针对ccRCC一种肿瘤类型,且样本来源有限,可能无法完全代表其他肿瘤或组织类型 | 评估和比较不同单细胞RNA分析技术在人类肿瘤活检样本中的性能,为转化研究提供技术选择指导 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)活检样本,包括FFPE、新鲜和冷冻保存的标本 | 单细胞转录组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | ccRCC活检样本(具体数量未明确说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单核Multiome, 单核Flex | 10x Chromium(推测), 10x Flex | 10x单细胞RNA分析技术包括新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex(snFlex) |
| 1426 | 2025-11-29 |
Unveiling the temporal and spatial trajectories of early resistance formation during Hylocereus undatus senescence through single-cell transcriptomics
2025-Nov-27, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-025-01663-w
PMID:41310123
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1427 | 2025-12-16 |
Mapping spatial gradients in spatial transcriptomics data with score matching
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690257
PMID:41394758
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SLOPER的生成模型,用于从空间转录组学数据中学习空间梯度,以增强基因表达测量的空间一致性和特异性 | SLOPER采用基于分数的匹配方法,通过泊松模型建模mRNA转录本的空间分布,并利用新颖的扩散采样方法提升基因表达的空间连贯性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种方法以准确学习空间转录组学数据中的空间梯度,并改进基因表达的空间模式分析 | 空间转录组学数据中的基因表达空间梯度 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 生成模型(SLOPER) | 空间转录组学数据(二维组织切片中的基因表达) | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1428 | 2025-12-16 |
A Multi-omic Atlas of Human Choroid Plexus in Alzheimer's Disease
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.23.690014
PMID:41394664
|
研究论文 | 本研究通过整合单核RNA测序、空间转录组学、单核ATAC测序和蛋白质组学数据,构建了阿尔茨海默病患者脉络丛的多组学图谱 | 首次在阿尔茨海默病背景下对脉络丛进行全面的多组学分析,揭示了疾病相关的三种主要表型轴(炎症、屏障和重塑),并识别出一个多细胞信号枢纽 | 样本主要来自ROSMAP队列,可能无法完全代表所有阿尔茨海默病亚型或人群 | 阐明脉络丛在阿尔茨海默病病理生理学中的作用 | 人类脉络丛组织及脑脊液样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 单核ATAC测序, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 蛋白质数据, 空间数据 | 69名ROSMAP参与者的脉络丛样本 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学, 单核ATAC-seq | NA | NA |
| 1429 | 2025-12-16 |
JADE: Joint Alignment and Deep Embedding for Multi-Slice Spatial Transcriptomics
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689823
PMID:41394739
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研究论文 | 本文提出了一种名为JADE的统一计算框架,用于联合对齐和深度嵌入多切片空间转录组数据 | JADE是首个在共享潜在空间中联合优化对齐和表示学习的方法,采用往返式框架,通过注意力机制动态评估和加权不同嵌入维度的重要性 | 未在摘要中明确说明 | 解决多切片空间转录组数据的联合分析挑战,以重建组织结构并识别一致的空间基因表达模式 | 多切片空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习,注意力机制 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium 人类背外侧前额叶皮层数据集 |
| 1430 | 2025-12-16 |
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.06.646912
PMID:41394561
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研究论文 | 本文利用单核多组学测序技术,研究了人类记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控网络决定因素 | 通过整合单核RNA-seq和ATAC-seq数据,首次预测并验证了记忆相关转录因子(如MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3、KLF6)在调控快速回忆中的作用,并结合GWAS数据关联免疫介导疾病风险 | 研究主要基于体外实验和计算预测,体内功能验证有限,且样本来源和疾病关联性需进一步探索 | 揭示记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控机制及其在免疫介导疾病中的潜在作用 | 人类CD4+ T细胞亚群,特别是记忆T细胞 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 单核多组学测序(snRNA-seq和snATAC-seq)、ChIP-seq、scRNA-seq、GWAS | 基因调控网络重建 | 单细胞多组学数据、基因组数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1431 | 2025-12-16 |
Single-cell disentangled representations for perturbation modeling and treatment effect estimation
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689783
PMID:41394575
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scDRP的生成框架,用于从单细胞扰动数据中估计个体化治疗效果和反事实状态 | 利用解耦表示学习通过稀疏正则化的β-VAE分离扰动依赖和扰动独立的潜在变量,并基于分位数保持效应假设在潜在空间进行条件最优传输 | 未明确说明模型在更复杂扰动场景或大规模数据集上的可扩展性和计算效率 | 从单细胞扰动数据中解析细胞状态特异性基因调控变化,估计个体化治疗效果以揭示异质性机制响应 | 单细胞扰动数据,包括模拟和真实数据集,涉及鼻病毒、香烟烟雾提取物暴露、干扰素刺激以及CRISPR敲除等扰动 | 机器学习 | 慢性髓系白血病 | 单细胞测序 | β-VAE, 生成模型, 解耦表示学习 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1432 | 2025-12-16 |
Deconvolution of Sparse-count RNA Sequencing Data for Tumor Cells Using Embedded Negative Binomial Distributions
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689822
PMID:41394660
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研究论文 | 本文开发了一种名为DeMixNB的半参考解卷积模型,用于从稀疏计数RNA测序数据中估计肿瘤细胞特异性转录本比例 | DeMixNB模型首次假设负二项分布之和来处理稀疏计数数据,如miRNA-seq和空间转录组学数据,解决了现有方法在准确性上的不足 | NA | 提高从混合批量样本中估计肿瘤特异性转录本比例的准确性,以揭示新的生物学机制 | 乳腺癌患者的miRNA-seq数据和肺癌的空间转录组学数据 | 生物信息学 | 乳腺癌, 肺癌 | miRNA-seq, 空间转录组学 | 半参考解卷积模型 | RNA测序数据 | 856名乳腺癌患者和3,755个肺癌空间点 | NA | miRNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1433 | 2025-12-16 |
CONCERT predicts niche-aware perturbation responses in spatial transcriptomics
2025-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.08.686890
PMID:41292874
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研究论文 | 本文提出了CONCERT模型,一种能够预测空间转录组学中扰动响应的生成模型 | 提出了首个能够同时考虑细胞内在状态和微环境传播效应的空间扰动预测模型,并形式化了三种预测任务 | 模型仅在Perturb-map肺部数据集和两种疾病模型上进行验证,需要更多组织类型验证 | 开发能够预测空间转录组学中遗传或化学扰动效应的计算方法 | 空间转录组学数据,特别是Perturb-map肺部数据集、结肠炎模型和缺血性中风模型 | 空间转录组学 | 肺部疾病、结肠炎、缺血性中风 | 空间转录组学 | 高斯过程变分自编码器 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1434 | 2025-12-16 |
Single-cell RNA sequencing of cerebrospinal fluid immune cells in relapsing-remitting multiple sclerosis: insights into cellular composition and immune dynamics
2025-Nov-19, Journal of neurology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00415-025-13505-2
PMID:41261231
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了复发缓解型多发性硬化症患者脑脊液中的免疫细胞,揭示了其细胞组成和免疫动态 | 首次在复发缓解型多发性硬化症中,通过单细胞RNA测序高分辨率解析脑脊液免疫细胞的转录组异质性、功能状态及细胞间相互作用网络 | 样本量相对较小,仅为探索性研究,需要更大队列的验证研究来确认结果 | 阐明复发缓解型多发性硬化症中脑脊液免疫细胞的异质性、转录调控及细胞间相互作用,以揭示疾病病理机制 | 复发缓解型多发性硬化症患者和匹配健康对照的脑脊液免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 23,247个脑脊液细胞(初始捕获),经质控后9,528个高质量细胞(12,200个健康对照细胞,11,047个RRMS细胞) | Singleron | 单细胞RNA-seq | GEXSCOPE™ kit | GEXSCOPE™单细胞RNA测序试剂盒 |
| 1435 | 2025-12-16 |
Constructing a novel MPT-driven necrosis-associated gene set for predicting prognosis and immune status in skin cutaneous melanoma
2025-Nov-18, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-025-06370-z
PMID:41254408
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研究论文 | 本研究构建了一个基于线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因集,用于预测皮肤黑色素瘤的预后和免疫状态 | 首次将线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因与皮肤黑色素瘤的预后和免疫状态预测相结合,并识别出BIRC3作为T细胞功能障碍的潜在调节因子 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证,且样本量可能有限 | 开发一个可靠的预后模型,以预测皮肤黑色素瘤患者的生存结局和免疫状态 | 皮肤黑色素瘤患者及其相关基因表达数据 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Cox回归分析、LASSO分析 | 基因特征模型(MPTDNRGS) | 基因表达数据 | TCGA-SKCM和GTEx数据集,以及GEO队列(GSE19234、GSE65904) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1436 | 2025-12-16 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data to dissect genetic links between periodontitis and obstructive sleep apnea
2025-Nov-17, Sleep & breathing = Schlaf & Atmung
DOI:10.1007/s11325-025-03536-4
PMID:41247559
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,结合机器学习方法,探索了牙周炎与阻塞性睡眠呼吸暂停之间的遗传联系,并识别了关键诊断与治疗靶点 | 首次整合bulk和单细胞RNA-seq数据,结合多种机器学习算法(LASSO、SVM-RFE、Boruta)筛选hub基因,并利用虚拟基因敲除和药物预测揭示疾病互作机制 | 研究依赖于公共数据库(GEO)数据,样本来源和实验条件可能存在异质性;虚拟基因敲除为计算模拟,需实验验证 | 探索牙周炎与阻塞性睡眠呼吸暂停之间的遗传联系,识别诊断与治疗靶点 | 牙周炎和阻塞性睡眠呼吸暂停患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 牙周炎, 阻塞性睡眠呼吸暂停 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO, SVM-RFE, Boruta | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1437 | 2025-12-16 |
Colorectal cancer relies on an immunosuppressive cellular topography and genomic adaptations for establishing brain metastases
2025-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.14.688538
PMID:41292744
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析了51例结直肠癌脑转移瘤,揭示了肿瘤细胞在脑部适应和建立免疫抑制性肿瘤微环境的分子与细胞机制 | 首次通过空间转录组学系统描绘结直肠癌脑转移的细胞拓扑结构和基因组适应性,识别了成纤维细胞-巨噬细胞细胞邻域促进血管生成和免疫抑制的关键作用 | 样本量相对有限(51例),且部分为配对样本,可能影响统计功效;空间转录组学分辨率可能不足以捕捉所有细胞亚型细节 | 探究结直肠癌脑转移的分子和细胞机制,以改善预后和治疗策略 | 结直肠癌脑转移瘤患者样本(包括配对原发结肠肿瘤和放疗前后转移瘤) | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 51例结直肠癌脑转移瘤(部分有配对原发肿瘤和放疗前后样本) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1438 | 2025-12-16 |
Antibody feedback establishes an affinity brake in the germinal center
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688298
PMID:41292746
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研究论文 | 本研究通过mRNA-LNP递送膜结合免疫原,探讨了B细胞在生发中心中对不同亲和力抗原的响应机制 | 揭示了抗体反馈环路作为“刹车”机制,抑制高亲和力B细胞的进一步亲和力增强,并促进表位扩散 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全反映人类免疫反应的复杂性 | 研究B细胞如何识别和响应mRNA疫苗展示的抗原格式,以及表位特异性竞争如何影响生发中心反应 | 使用具有定义亲和力的B细胞受体(BCRs)的敲入小鼠模型,针对HIV-1 Env保守表位 | 免疫学 | HIV感染 | mRNA-LNP递送、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1439 | 2025-12-16 |
Clustering of Omic Data Using Semi-Supervised Transfer Learning for Gaussian Mixture Models via Natural-Gradient Variational Inference: Method and Applications to Bulk and Single-Cell Transcriptomics
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688299
PMID:41292835
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研究论文 | 本文提出了一种名为Praxis-BGM的自然梯度变分推断框架,用于高斯混合模型,通过整合来自大规模参考数据的先验知识,实现半监督迁移学习,以改进组学数据的聚类分析 | 开发了一种结合自然梯度变分推断和半监督迁移学习的高斯混合模型框架,能够利用带标签的大规模参考数据来提升小样本高维组学数据的聚类稳定性和准确性 | 当先验知识与目标数据部分不匹配时,模型性能可能受到影响,且方法依赖于参考数据的质量和标签准确性 | 解决小样本高维组学数据在基于模型的聚类方法(如高斯混合模型)中面临的模型不稳定和泛化能力差的问题 | 高通量组学数据,特别是转录组数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq, 批量转录组测序 | 高斯混合模型, 变分推断 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1440 | 2025-12-16 |
Denoising image-based spatial transcriptomics data with DenoIST
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688387
PMID:41292857
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研究论文 | 本文提出了一种名为DenoIST的计算工具,用于去除图像空间转录组数据中因细胞分割不完美导致的转录本污染 | 开发了首个专门针对图像空间转录组数据污染的降噪工具,采用泊松混合模型显式建模局部邻域污染 | 未明确说明方法在极低信噪比或高度异质性组织中的性能 | 提升图像空间转录组数据的生物学可解释性和分析鲁棒性 | 图像空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 图像空间转录组技术 | 泊松混合模型 | 空间转录组图像数据 | 多个不同细胞密度的真实IST数据集 | NA | 图像空间转录组 | NA | NA |