单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-05 |
Macrophage transition to a myofibroblast state drives fibrotic disease in uropathogenic E. coli-induced epididymo-orchitis
2025-Oct-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI193793
PMID:41031892
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了S100a4+巨噬细胞在UPEC诱导的附睾睾丸炎纤维化过程中向肌成纤维细胞状态转变的关键机制 | 首次发现S100a4+巨噬细胞在细菌感染诱导的纤维化过程中向肌成纤维细胞表型转变，并阐明其通过TGF-β/STAT3信号通路驱动胶原合成的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究睾丸巨噬细胞在UPEC诱导的附睾睾丸炎纤维化过程中的作用机制 | 小鼠模型及人类睾丸和附睾样本 | 单细胞生物学 | 男性不育相关感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠感染模型及人类组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2025-10-05 |
BBS8-dependent ciliary Hedgehog signaling governs cell fate in the white adipose tissue
2025-Oct, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00524-y
PMID:40836034
|
研究论文 | 本研究揭示了BBS8依赖性纤毛Hedgehog信号通路通过调控脂肪前体细胞命运决定白色脂肪组织稳态的新机制 | 首次发现初级纤毛功能障碍通过诱导P1脂肪前体细胞直接向纤维化祖细胞表型转换（绕过P2祖细胞状态）来调控脂肪生成与纤维生成平衡 | 研究主要基于Bbs8基因敲除小鼠模型，在人类临床验证方面仍需进一步研究 | 探究初级纤毛在白色脂肪组织细胞命运决定中的作用机制 | Bbs8基因敲除小鼠的脂肪前体细胞 | 细胞生物学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Bbs8基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 43 | 2025-10-05 |
Hemocytes facilitate interclonal cooperation-induced tumor malignancy by hijacking the innate immune system in Drosophila
2025-Oct, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00547-5
PMID:40846901
|
研究论文 | 本研究通过果蝇幼虫眼盘上皮建立肿瘤异质性模型，揭示血细胞通过劫持先天免疫系统促进肿瘤恶性转化的机制 | 首次在果蝇模型中建立肿瘤异质性模型，发现血细胞通过Pvf1-Pvr和Spz-Toll信号轴协调肿瘤细胞间合作促进恶性转化 | 研究基于果蝇模型，在哺乳动物系统中的适用性需要进一步验证 | 探究肿瘤微环境中不同细胞类型间的相互作用及其在肿瘤进展中的作用机制 | 果蝇幼虫眼盘上皮肿瘤模型 | 发育生物学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序，遗传学分析 | 果蝇肿瘤模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2025-10-05 |
Disentangling associations between complex traits and cell types with seismic
2025-Oct-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63753-z
PMID:41034207
|
研究论文 | 提出seismic框架，通过整合单细胞RNA测序与全基因组关联研究来解析复杂性状与细胞类型之间的关联 | 引入新颖的特异性评分方法，同时考虑表达量和跨细胞类型的一致性，并提出了影响基因分析来识别驱动细胞类型-性状关联的基因 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 开发可扩展、可解释且稳健的方法来识别复杂性状和疾病相关的细胞类型 | 28种多基因性状和1000多个不同粒度水平的细胞类型特征 | 生物信息学 | 帕金森病,阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,全基因组关联研究 | seismic框架 | 基因表达数据,基因型数据 | 超过1000个细胞类型特征和28种多基因性状 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2025-10-05 |
Human endogenous retrovirus ERVK3-1 characterizes a metabolically active and immunosuppressive subtype of liver cancer
2025-Oct-01, Virology journal
IF:4.0Q2
DOI:10.1186/s12985-025-02928-y
PMID:41034947
|
研究论文 | 本研究揭示人类内源性逆转录病毒ERVK3-1在肝细胞癌中通过代谢重编程和免疫抑制促进肿瘤进展的作用机制 | 首次系统阐明ERVK3-1在肝细胞癌中的双重功能——既促进代谢活性又诱导免疫抑制，并发现其与免疫检查点表达和免疫治疗抵抗的关联 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证ERVK3-1的具体分子机制 | 探索ERVK3-1在肝细胞癌中的生物学功能及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肝细胞癌患者转录组数据、单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | 肝癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序、功能富集分析、蛋白质相互作用网络分析 | 生物信息学分析模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | TCGA-LIHC队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2025-10-05 |
Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals that EZH2 regulates the MIF-CD74 axis to modulate T cell activation and exhaustion in hepatocellular carcinoma
2025-Oct-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07071-4
PMID:41034982
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq分析揭示了EZH2通过调控MIF-CD74轴影响肝细胞癌中T细胞活化与耗竭的机制 | 构建了包含16个基因的整合模型，首次发现EZH2通过MIF-CD74信号通路调控CD8+ T细胞的活化与耗竭状态 | 研究结果仍需在更大样本中验证，机制研究主要依赖小鼠模型 | 开发肝细胞癌预后和免疫检查点抑制剂反应预测模型，并探索相关基因在肿瘤免疫微环境中的作用 | 肝细胞癌患者样本和免疫活性小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 整合基因模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 47 | 2025-10-05 |
TEAD3 + high-risk melanoma cells crosstalk with GAS6 + macrophages via the GAS6-TYRO3 ligand-receptor axis to modulate propionate metabolism and drive melanoma progression
2025-Oct-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03542-0
PMID:41034991
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了TEAD3驱动的高风险黑色素瘤亚型通过GAS6-TYRO3配体-受体轴与巨噬细胞相互作用，重编程丙酸代谢促进肿瘤进展的机制 | 首次发现TEAD3+高风险黑色素瘤细胞通过GAS6-TYRO3轴与巨噬细胞互作，调控丙酸代谢和甲基丙二酸积累驱动肿瘤进展 | 研究主要基于TCGA数据库和单细胞测序数据，需要更多临床样本验证 | 阐明短链脂肪酸代谢失调驱动的黑色素瘤亚型及其侵袭性机制 | 468例TCGA黑色素瘤样本和单细胞RNA-seq数据 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, CRISPR/Cas9, siRNA敲低, 免疫组化, 代谢分析, Seahorse分析 | 非负矩阵分解(NMF)聚类分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 468例TCGA黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 48 | 2025-10-05 |
Targeting tumor microenvironment with biomimetic nanovesicles for non-small cell lung cancer gene therapy
2025-Oct-01, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03684-5
PMID:41035023
|
研究论文 | 本研究开发了一种仿生纳米囊泡用于非小细胞肺癌的基因治疗 | 首次构建了CAF膜包被的siRNA递送系统，靶向ACTN1基因治疗NSCLC | CAF-癌细胞相互作用的精确机制仍需进一步阐明 | 开发靶向肿瘤微环境的基因治疗策略 | 非小细胞肺癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 生物医学工程 | 肺癌 | 单细胞测序, siRNA基因沉默 | NA | 基因表达数据, 细胞功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics of organoids reveals transcriptional control of germline stem cell fate by an E2F1-TFAP2C-SOX17 positive-feedback loop in Turner syndrome
2025-Oct-01, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01464-0
PMID:41035077
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析特纳综合征类器官，揭示了E2F1-TFAP2C-SOX17正反馈环路调控生殖系干细胞命运的分子机制 | 首次在特纳综合征模型中建立类器官系统生成人类生殖系干细胞及其体细胞生态位，并发现E2F1作为关键命运调控因子通过正反馈环路控制生殖系干细胞命运 | 研究仅限于特纳综合征45,XO模型，尚未验证在其他类型生殖障碍中的普适性 | 探究特纳综合征患者生殖系干细胞发育的分子调控机制 | 特纳综合征患者来源的iPSCs、生殖系干细胞及其体细胞生态位 | 单细胞生物学 | 特纳综合征 | 单细胞转录组测序 | 类器官模型 | 单细胞RNA测序数据 | 特纳综合征45,XO类器官模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 50 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing technology in renal cancer: insights into tumor biology and clinical application
2025-Oct-01, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00811-0
PMID:41035074
|
综述 | 本文综述单细胞测序技术在肾癌研究中的应用，揭示肿瘤异质性并探讨临床转化前景 | 系统阐述单细胞测序技术如何揭示肾癌细胞图谱、肿瘤微环境复杂性及与空间组学技术的整合应用 | 未涉及具体实验数据，主要基于现有文献综述，缺乏原始研究验证 | 探讨单细胞测序技术对肾癌生物学机制和临床应用的贡献 | 肾癌（特别是透明细胞肾细胞癌）的肿瘤异质性和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间组学 | NA | NA |
| 51 | 2025-10-05 |
Functional diversity of disorder-specific macrophages involved in various diseases
2025-Oct-01, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-025-00390-5
PMID:41035106
|
综述 | 本文综述了疾病特异性巨噬细胞的功能多样性及其在各种疾病中的作用机制 | 超越传统的M1/M2极化模型，基于单细胞RNA测序技术揭示了疾病特异性巨噬细胞的连续转录状态和功能多样性 | NA | 探讨疾病特异性巨噬细胞的起源、转录调控和空间异质性，及其在疾病进展中的独特作用 | 疾病特异性巨噬细胞亚群 | 免疫学 | 多种疾病（包括结核病、肥胖、神经退行性疾病、非酒精性脂肪性肝炎等） | 单细胞RNA测序，多组学整合分析 | NA | 转录组数据，表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis reveals an important role of CD137L+ macrophages in the host response to uropathogenic Escherichia coli infection in the bladder
2025-Oct, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013543
PMID:41042739
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示CD137L+巨噬细胞在膀胱宿主应对尿路致病性大肠杆菌感染中的关键保护作用 | 首次发现CD137L+巨噬细胞通过调节Tregs在UPEC感染中发挥关键免疫调节作用 | 研究局限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究宿主对尿路致病性大肠杆菌感染的免疫反应机制 | 小鼠膀胱免疫细胞 | 单细胞生物学 | 泌尿系统感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠膀胱组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2025-10-05 |
Targeting cell-state plasticity driven by FOXM1/CEBPB axis disrupts developmental heterogeneity and therapeutic resistance in hepatocellular carcinoma
2025-Oct-01, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.09.022
PMID:41043722
|
研究论文 | 本研究揭示了FOXM1/CEBPB轴通过调控细胞状态可塑性驱动肝细胞癌发育异质性和治疗耐药性的机制 | 首次发现FOXM1/CEBPB轴作为主控开关调控肝细胞癌发育异质性，并开发了靶向FOXM1的GalNAc偶联siRNA疗法 | 研究主要基于临床前模型，需要进一步临床验证 | 探索肝细胞癌发育异质性和治疗耐药性的分子机制并开发靶向治疗策略 | 肝细胞癌患者样本、体外和体内模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 自调控网络分析 | NA | 基因表达数据 | 来自肝细胞癌患者的公共数据集和内部样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics reveals the regulation of bco1 and bco2 genes in the carotenoid metabolism of koi carp
2025-Oct-01, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147965
PMID:41043743
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了锦鲤类胡萝卜素代谢中bco1和bco2基因的调控机制 | 首次构建了锦鲤红白皮肤的单细胞图谱，揭示了色素细胞从白皮向红皮发育的轨迹，并发现bco2基因比bco1具有更广泛的底物特异性 | 研究聚焦于锦鲤特定品种，结论在其他鱼类中的普适性有待验证 | 探究锦鲤皮肤颜色形成的分子机制 | 锦鲤的红白皮肤组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, TEM, HPLC, ISH, 免疫荧光, RNAi, 细胞培养, 基因编辑, RNA-seq, 基因家族分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 锦鲤红白皮肤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2025-10-05 |
DUSP6 is upregulated in metastasis and influences migration and metabolism in pancreatic cancer cells
2025-Sep-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-12967-8
PMID:41028058
|
研究论文 | 本研究探讨DUSP6在胰腺癌转移中的作用及其对细胞迁移和代谢的影响 | 首次揭示DUSP6在胰腺癌转移中独立调控细胞迁移和代谢的双重功能 | 未阐明DUSP6调控迁移和代谢的具体分子机制 | 研究DUSP6在胰腺导管腺癌进展中的作用机制 | 胰腺导管腺癌细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,基因集富集分析,代谢分析 | NA | 基因表达数据,代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2025-10-05 |
Crosstalk between the microbiota and intestinal dendritic cells in IBD
2025-Sep-30, Seminars in immunopathology
IF:7.9Q1
DOI:10.1007/s00281-025-01062-9
PMID:41028655
|
综述 | 本文总结了肠道常规树突状细胞在炎症性肠病中的功能及其与微生物群的相互作用 | 整合单细胞测序技术进展，系统阐述微生物群通过cDCs影响IBD的机制，并提出研究DC-T细胞通讯的新方法 | cDCs在IBD中的确切作用仍不明确，微生物群如何影响cDCs功能的机制尚待阐明 | 探讨肠道常规树突状细胞与微生物群在炎症性肠病中的相互作用机制 | 肠道常规树突状细胞(cDCs)、微生物群、T细胞 | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2025-10-05 |
Single-nucleus transcriptomics reveal the morphogenesis and artemisinin biosynthesis in Artemisia annua glandular trichomes
2025-Sep-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63770-y
PMID:41028755
|
研究论文 | 本研究通过单核转录组和空间转录组技术构建了青蒿腺毛发育的高分辨率细胞图谱，揭示了青蒿素生物合成的空间机制 | 首次在单细胞分辨率上系统阐明青蒿腺毛发育的三个阶段及其代谢动态，并精确定位青蒿素主要在10细胞腺毛中的6个特定分泌细胞中产生 | NA | 阐明青蒿腺毛的形态发生和青蒿素生物合成机制 | 青蒿腺毛分泌毛状体 | 空间转录组学 | 疟疾 | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 58 | 2025-10-05 |
Fatty acid metabolism in ischemic stroke: multi-omics biomarker discovery and therapeutic potential of GPR84
2025-Sep-30, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02212-6
PMID:41029687
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析探索脂肪酸代谢在缺血性脑卒中中的作用，并鉴定出VIM、G0S2和GPR84作为新型诊断生物标志物 | 首次系统整合外周血转录组数据识别脂肪酸代谢相关差异基因，发现GPR84可作为治疗靶点，并通过分子对接预测潜在药物 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证生物标志物的临床适用性 | 探索脂肪酸代谢在缺血性脑卒中中的生物标志物和治疗靶点 | 缺血性脑卒中患者的外周血样本 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 分子对接 | 广义线性模型, LASSO, 支持向量机, 随机森林 | 基因表达数据 | 多个公共数据集(GSE22255, GSE58294, GSE16561, GSE174574)的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2025-10-05 |
MOADE: a multimodal autoencoder for dissociating bulk multi-omics data
2025-Sep-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03805-1
PMID:41029754
|
研究论文 | 提出一种多模态自编码器MOADE，用于从批量多组学数据中解析细胞组成 | 通过多模态自编码器将多维特征关联，联合预测个性化多组学谱和细胞组成，利用内部非转录组参考和外部scRNA-seq数据构建伪批量数据 | NA | 开发能够解离批量多组学数据的计算方法 | 多组织类型的多组学数据 | 机器学习 | NA | 多组学分析，单细胞RNA测序 | 自编码器 | 多组学数据，转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，多组学 | NA | NA |
| 60 | 2025-10-05 |
EnsembleRegNet: Interpretable deep learning for transcriptional network inference from single-cell RNA-seq
2025-Sep-30, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出EnsembleRegNet深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 集成编码器-解码器和多层感知器架构，结合HLE二值化、案例删除分析等多种方法增强鲁棒性和生物学可解释性 | NA | 从单细胞RNA测序数据准确推断基因调控网络结构 | 转录因子-靶基因关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成编码器-解码器, 多层感知器(MLP) | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |