单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11621	2024-08-05	Single-Cell Multiomics 2023-08-10, Annual review of biomedical data science IF:7.0Q1 DOI:10.1146/annurev-biodatasci-020422-050645 PMID:37159875	review	本综述讨论了单细胞多组学技术和计算集成方法，旨在结合不同生物数据以获得更深入的生物学见解	提出了新颖的单细胞技术以测量基因组、表观基因组、蛋白组和空间数据，并探索计算集成方法	NA	旨在通过集成不同模态的数据来加深对细胞生物学的理解	探讨不同单细胞技术和计算集成方法	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组、表观基因组、蛋白组、空间数据	NA
11622	2024-08-05	Emergence of highly profibrotic and proinflammatory Lrat+Fbln2+ HSC subpopulation in alcoholic hepatitis 2023-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.32793 PMID:36181700	研究论文	本研究识别了在酒精性肝炎中HSC的高纤维化和促炎性亚群	发现了Lrat+Fbln2+细胞亚群在酒精性肝炎中的显著扩展及其功能	实验主要集中在小鼠模型，可能与人类疾病表现有差异	研究酒精性肝炎中HSC和门静脉成纤维细胞的相对作用	小鼠模型中的胶原蛋白1α1表达细胞亚群	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	NA	涉及Col1a1-GFP小鼠的多种处理，包括酒精性肝炎、CCl4和胆管结扎
11623	2024-08-05	The mitochondrial unfolded protein response regulates hippocampal neural stem cell aging 2023-06-06, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.04.012 PMID:37146607	研究论文	这篇文章探讨了线粒体未折叠蛋白反应如何影响海马神经干细胞的衰老	创新点在于首次将线粒体蛋白折叠压力与神经干细胞衰老的关系建立起来	该研究可能仅限于小鼠模型，缺乏对人类的直接验证	研究线粒体蛋白折叠压力在神经干细胞衰老中的作用	年轻和老年小鼠的海马神经干细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	年轻和老年小鼠的单细胞样本
11624	2024-08-04	Profiling the bloodstream form and procyclic form Trypanosoma brucei cell cycle using single-cell transcriptomics 2023-05-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.86325 PMID:37166108	研究论文	本研究使用单细胞转录组学剖析了非同步细胞群体中非洲锥虫血流型和前周期型的细胞周期	该研究首次在未分选或同步的细胞中获得了高分辨率的细胞周期调控转录组，并提出了一种高效的冻融策略用于冷冻保存单细胞的转录组分析	研究中使用的细胞群体为非同步，可能影响结果的精确性	研究非洲锥虫不同生物型的细胞周期及其调控机制	分析了血流型和前周期型锥虫的细胞周期相关转录组	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
11625	2024-08-04	Novel Populations of Lung Capillary Endothelial Cells and Their Functional Significance 2023-May-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2887159/v1 PMID:37205391	研究论文	本研究通过单细胞转录组学发现了肺毛细血管内皮细胞的新亚群及其功能意义	识别出五种具有不同分子特征和角色的新亚群，包括与血管分区和再生修复相关的细胞	未提及具体的实验数据或样本特征，可能影响所发现细胞的普遍性	探索肺毛细血管内皮细胞的多样性及其在肺部疾病中的作用	新鉴定的肺毛细血管内皮细胞亚群	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学 (scRNAseq)	NA	基因表达数据	NA
11626	2024-08-04	IL-13-associated epithelial remodeling correlates with clinical severity in nasal polyposis 2023-05, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2022.12.826 PMID:36736797	研究论文	这篇文章探讨了上皮细胞重塑与慢性鼻窦炎的炎症表型和疾病结果之间的关系	本研究首次通过单细胞测序和RNA测序分析，揭示了IL-13介导的上皮重塑与鼻息肉临床严重程度之间的相关性	研究的样本主要来自于慢性鼻窦炎患者，未涵盖所有潜在的鼻窦炎类型及其相应的临床数据	本研究旨在理解上皮细胞重塑与慢性鼻窦炎的炎症表型和疾病结果之间的关系	研究对象为慢性鼻窦炎患者，比较有鼻息肉和无鼻息肉患者的上皮细胞特征	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	参与研究的样本包括来自慢性鼻窦炎患者的筛查样本和健康对照样本
11627	2024-08-04	Apoptotic cell fragments locally activate tingible body macrophages in the germinal center 2023-03-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.02.004 PMID:36868219	研究论文	文章探讨了凋亡细胞碎片如何在生发中心局部激活蜕变体巨噬细胞	研究揭示了蜕变体巨噬细胞的前体来源及其对凋亡细胞的捕获机制	本文没有讨论其他类型巨噬细胞的潜在作用	研究凋亡细胞在免疫反应中的作用及其对巨噬细胞的影响	研究对象为在淋巴结的蜕变体巨噬细胞及其与凋亡细胞的相互作用	数字病理学	自身免疫病	单细胞转录组学	NA	细胞	免疫淋巴结中的单细胞簇
11628	2024-08-05	A single-cell atlas of murine reproductive tissues during preterm labor 2023-01-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111846 PMID:36599348	研究论文	本文生成了小鼠生殖组织在早产劳动期间的单细胞图谱。	使用单细胞RNA测序技术揭示了早产劳动对特定免疫和非免疫细胞亚群转录组特征的影响	研究主要集中在小鼠模型，可能不完全适用于人类早产的情况	揭示早产劳动中生殖组织的细胞景观和细胞通讯	小鼠子宫、蜕膜和宫颈的单细胞数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	小鼠生殖组织的多个细胞类型
11629	2024-08-04	Statistical Inference for High-Dimensional Generalized Linear Models with Binary Outcomes 2023, Journal of the American Statistical Association IF:3.0Q1 DOI:10.1080/01621459.2021.1990769 PMID:37366472	研究论文	本文提出了一种高维二元广义线性模型统计推断的统一框架	引入了新的下界技术，提供了自适应的最优置信区间分析，并展示了对回归向量稀疏性的适应性	关于已知与未知设计分布的情况的讨论较为有限	研究高维二元广义线性模型的统计推断方法	研究高维二元广义线性模型，及其置信区间和假设检验的构建	统计	NA	仿真研究，单细胞RNA序列分析	广义线性模型	RNA-seq数据	单细胞RNA-seq数据集中的样本
11630	2024-08-04	Multimodal single-cell and whole-genome sequencing of small, frozen clinical specimens 2023-01, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01268-9 PMID:36624340	研究论文	本文展示了从小型冷冻临床标本中进行多模态单细胞和全基因组测序的可能性	首次将多模态单核RNA/T细胞受体测序、空间转录组学和全基因组测序应用于小型冷冻组织	仍然面临一些实际和预分析挑战，可能影响方法的广泛临床应用	探索小型冷冻临床标本中进行单细胞基因组学的可行性和应用	研究对象包括皮肤黑色素瘤患者以及与之匹配的全基因组数据	数字病理学	皮肤黑色素瘤	snRNA/TCR测序, 全基因组测序	NA	基因组数据	从KEYNOTE-001试验中收集的多个黑色素瘤样本和与其匹配的全基因组数据
11631	2024-08-05	Cell types and molecular architecture of the Octopus bimaculoides visual system 2022-12-05, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2022.10.015 PMID:36318923	研究论文	该论文呈现了章鱼视觉系统的单细胞分子图谱	首次系统性描绘了章鱼视网膜的细胞类型及其分子特征	研究可能在未覆盖的细胞类型和功能连接性方面存在局限	探索章鱼视觉系统的细胞类型和分子架构	章鱼的视觉神经元及其分子特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，RNA原位杂交	NA	细胞	NA
11632	2024-08-05	Single-cell sequencing: promises and challenges for human genetics 2022-Dec, Medizinische Genetik : Mitteilungsblatt des Berufsverbandes Medizinische Genetik e.V IF:0.8Q4 DOI:10.1515/medgen-2022-2156 PMID:38836091	综述	这篇文章描述了单细胞测序在人的遗传学中的现状及其应用	该技术承诺在宏观规模上功能性地注释人类基因组中的每个区域及其所有可能的变异	文章未具体提及单细胞测序的局限性	研究单细胞测序在人的遗传学中的作用和应用	讨论该技术如何应用于表征和监测疾病，开发人类细胞图谱，以及注释基因组	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
11633	2024-08-05	The Vasculature in Pulmonary Fibrosis 2022-Dec, Current tissue microenvironment reports DOI:10.1007/s43152-022-00040-9 PMID:36712832	review	本文回顾了特发性肺纤维化（IPF）中血管的变化及其对纤维化病理生理的影响	此文通过单细胞RNA测序的进展，更好地表征了肺内皮细胞类型，并识别了IPF患者的血管变化	需要更多的研究来进一步定义这些血管变化的功能角色	研究血管在特发性肺纤维化中的作用及其变化	特发性肺纤维化患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	组织	涉及特发性肺纤维化患者的肺组织
11634	2024-08-05	Spatial transcriptomics demonstrates the role of CD4 T cells in effector CD8 T cell differentiation during chronic viral infection 2022-11-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111736 PMID:36450262	研究论文	本研究利用空间转录组学探讨了CD4 T细胞在慢性病毒感染中对效应CD8 T细胞分化的作用	揭示了在CD4细胞耗竭情况下，免疫调节CD4 T细胞相较于产生IL-21的Tfh细胞的数量占优，从而影响CD8 T细胞的应答	未详细探讨其他细胞类型在T细胞相互作用中可能的作用	研究CD4 T细胞异质性及其在慢性病毒感染中的功能	CD4和CD8 T细胞及其在慢性病毒感染中的相互作用	数字病理学	NA	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	NA	NA
11635	2024-08-05	TrkA+ Neurons Induce Pathologic Regeneration After Soft Tissue Trauma 2022-11-18, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szac073 PMID:36222619	研究论文	本研究探讨了TrkA+神经元在软组织创伤后诱导病理再生的作用	首次发现NGF响应的TrkA表达神经在软组织创伤后的侵袭与异位骨形成相关	研究主要基于小鼠模型，临床适用性尚待验证	研究TraK信号调控对创伤后异位骨形成的影响	使用小鼠模型研究异位骨形成及相关神经元活动	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	影像，组织学	小鼠模型，具体样本量未定
11636	2024-08-05	GATA4 Regulates Developing Endocardium Through Interaction With ETS1 2022-11-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.120.318102 PMID:36263775	研究论文	本文研究GATA4转录因子在心脏发育中的作用及其与ETS1的相互作用	探索了GATA4如何在心肌细胞和心内膜细胞中选择性占据染色质的机制，并揭示了ETS1在GATA4调控内皮发育中的协同作用	研究主要集中在小鼠模型中，结果的转化性可能受限于物种差异	阐明GATA4如何通过与ETS1等非先导转录因子的相互作用来调控心内膜的发育	小鼠胚胎心脏中的心肌细胞和心内膜细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、荧光素酶报告实验	细胞系	基因组数据和转录组数据	使用了小鼠胚胎心脏细胞和稳定转染的NIH3T3细胞系
11637	2024-08-05	A human STAT3 gain-of-function variant confers T cell dysregulation without predominant Treg dysfunction in mice 2022-11-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.162695 PMID:36136607	研究论文	本研究探讨了一种人类STAT3增效变体在小鼠中引起T细胞失调的机制	首次使用载入小鼠模型研究STAT3 GOF综合症的病理机制，并发现Tregs并非疾病的主要驱动因素	研究主要基于小鼠模型，临床应用和治疗策略尚未确定	明确STAT3 GOF综合症的病理机制及其对T细胞调节的影响	开发了携带人类STAT3变体的小鼠模型并进行相关的单细胞RNA测序分析	数字病理学	自体免疫性疾病	单细胞RNA测序	knock-in小鼠模型	细胞数据	使用STAT3 GOF患者的T细胞进行单细胞RNA测序，具体样本数量未说明
11638	2024-08-05	PTEN directs developmental and metabolic signaling for innate-like T cell fate and tissue homeostasis 2022-11, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-022-01011-w PMID:36302969	研究论文	本文研究了PTEN在先天样T细胞生成和组织稳态中的作用	揭示了PTEN调控先天样T细胞发育与代谢信号传导的新机制	该研究未明确探讨PTEN在其他类型T细胞的作用	阐明PTEN在T细胞发育及组织稳态中的功能	研究了PTEN缺失对界面样IL-17产生T细胞的影响	NA	人类癌症	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	PTEN缺失小鼠和PTEN杂合缺失小鼠的样本
11639	2024-08-05	Cell-type identity of the avian utricle 2022-09-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111432 PMID:36170825	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序鉴定了鸡内耳前庭器官中的不同感官毛细胞亚型特征基因	首次识别了鸡前庭器官的多种感官毛细胞亚型及其对应的标记基因	研究主要集中于鸡的前庭器官，结果可能不适用于其他物种	研究鸟类前庭器官中感官毛细胞的类型及其再生能力	鸡的前庭器官中感官毛细胞和支持细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
11640	2024-08-05	Single-cell transcriptome mapping identifies a local, innate B cell population driving chronic rejection after lung transplantation 2022-09-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.156648 PMID:36134664	研究论文	本研究分析了肺移植后慢性排斥反应中细胞种群变化及其基因表达模式	首次识别了驱动肺移植后慢性排斥反应的局部固有B细胞群体及其在BOS中的作用	研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全代表人类情况	理解B细胞在慢性排斥反应中的作用及其异质性	肺移植小鼠模型及人类BOS病例	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	使用了2个不同的人类BOS队列和小鼠模型