单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 35112 篇文献,本页显示第 1121 - 1140 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1121 2025-12-27
Charting the single-cell and spatial landscape of IDH-wild-type glioblastoma with GBmap
2025-Oct-14, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组学,构建了IDH野生型胶质母细胞瘤的综合图谱GBmap,揭示了肿瘤的细胞异质性和空间结构,并开发了肿瘤结构评分以量化肿瘤组织并与患者预后相关 构建了首个针对IDH野生型胶质母细胞瘤的全面单细胞和空间图谱GBmap,识别了罕见细胞群如肿瘤相关中性粒细胞和稳态小胶质细胞,并开发了肿瘤结构评分来量化肿瘤组织 研究基于现有数据集整合,可能受数据异质性和样本选择偏差影响,且空间分析仅限于特定技术平台 创建胶质母细胞瘤的综合单细胞和空间图谱,以解析其细胞异质性、空间结构和临床相关性 IDH野生型胶质母细胞瘤患者样本 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序,空间转录组学 转移学习 单细胞RNA测序数据,空间转录组学数据 超过110万个细胞,来自240名患者 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
1122 2025-12-27
Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection
2025-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了磷脂爬行酶1(PLSCR1)通过调控III型干扰素受体1(IFN-λR1)的表达和信号传导,在甲型流感病毒感染中发挥抗病毒作用的分子机制 首次阐明PLSCR1通过直接结合Ifn-λr1启动子调控其转录,并在细胞表面与IFN-λR1互作调节信号传导,同时发现其脂质爬行酶活性对流感抗性非必需 研究主要基于小鼠模型,在人体细胞和组织中的验证尚不充分;PLSCR1调控IFN-λ信号的具体下游通路仍需进一步解析 探究PLSCR1在甲型流感病毒感染中的抗病毒机制及其与III型干扰素信号通路的调控关系 甲型流感病毒(IAV)、小鼠模型、气道上皮细胞(特别是纤毛上皮细胞) 分子生物学与病毒学 流感病毒感染 单细胞RNA测序、转录组分析、动物模型构建、启动子结合实验、蛋白互作检测 NA 基因表达数据、转录组数据、单细胞测序数据 小鼠模型(具体数量未明确说明)及气道上皮细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1123 2025-12-27
Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network Pharmacology
2025-Jul-15, Urolithiasis IF:2.0Q2
研究论文 本研究通过整合GWAS、单细胞转录组学、bulk RNA测序和网络药理学分析,探讨了肠道微生物群在肾结石形成中的分子机制 首次结合孟德尔随机化、单细胞分析和网络药理学,系统揭示了肠道微生物群与肾结石之间的因果关系及关键基因PALLD和R3HDM1的作用 研究依赖于公共数据库数据,未进行实验验证,且样本来源和人群特征可能有限 探索肠道微生物群相关关键基因在肾结石形成中的分子机制 肾结石患者相关基因组、肠道微生物群数据及基因表达数据 生物信息学 肾结石 GWAS, 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 网络药理学, 分子对接 孟德尔随机化模型, 差异表达分析, 富集分析 基因组数据, 转录组数据, 微生物组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
1124 2025-12-27
CD8a + GZMK + T Cells Inhibit Osteoclastogenesis in Postmenopausal Osteoporosis via the p38-MAPK Pathway
2025-Jul-07, Calcified tissue international IF:3.3Q2
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序和功能实验,鉴定并表征了绝经后骨质疏松症(PMOP)中CD8a+GZMK+T细胞亚群,揭示其通过分泌GzmK抑制破骨细胞生成的新机制 首次在PMOP中鉴定出CD8a+GZMK+T细胞亚群,并阐明其通过GzmK-p38-MAPK通路抑制破骨细胞生成的新功能机制 研究主要基于小鼠模型,人体样本验证不足;体内功能验证和临床转化潜力需进一步探索 探究绝经后骨质疏松症(PMOP)中骨髓T细胞的异质性及其在破骨细胞生成中的调控作用 小鼠股骨骨髓T细胞、原代骨髓巨噬细胞(BMMs) 单细胞组学 骨质疏松症 单细胞转录组测序、流式细胞术、TRAP染色、免疫荧光染色、qPCR、RNA测序、Western blot NA 单细胞转录组数据、基因表达数据、蛋白质印迹数据 小鼠股骨骨髓样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
1125 2025-12-27
Combining Machine Learning and Multiplexed, In Situ Profiling to Engineer Cell Type and Behavioral Specificity
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了一个结合机器学习与多重原位分析的端到端平台ESCargoT,用于加速脊髓背角增强子的发现,以精确控制神经回路 整合机器学习引导的增强子优先排序、模块化AAV组装和多重原位筛选,实现空间分辨的多重增强子分析,加速细胞靶向工具发现 未明确说明平台在其它脑区或物种中的通用性,以及机器学习模型的泛化能力 加速脊髓背角增强子的发现,以精确控制神经回路,用于疼痛和瘙痒处理 小鼠脊髓背角神经元亚型(如兴奋性神经元、少突胶质细胞、运动神经元) 机器学习 疼痛和瘙痒相关疾病 机器学习、染色质可及性数据分析、AAV组装、原位筛选 机器学习模型 染色质可及性数据、空间原位数据 涉及27个增强子-AAV文库在小鼠体内测试 NA 空间平行报告基因检测 NA 整合新型Golden-Gate组装流程与多重原位筛选的Spatial Parallel Reporter Assay
1126 2025-12-27
Unraveling the alterations and biomarkers in the tumor microenvironment in lung adenocarcinoma metastases and their indications for therapeutic response and prognosis
2025, Therapeutic advances in medical oncology IF:4.3Q2
综述 本文全面综述了肺腺癌在淋巴结、脑、骨和肝四种主要转移部位的肿瘤微环境改变、相关生物标志物及其对治疗反应和预后的临床意义 系统比较了肺腺癌四种常见转移部位(淋巴结、脑、骨、肝)肿瘤微环境的异同,并整合了关键生物标志物和新兴治疗策略,为基于肿瘤微环境的个性化免疫治疗提供了新视角 存在空间异质性、肿瘤微环境动态演变以及临床转化障碍等挑战 综述肺腺癌主要转移部位的肿瘤微环境改变、生物标志物及其对治疗和预后的影响,为未来治疗策略开发提供依据 肺腺癌及其在淋巴结、脑、骨和肝的转移灶 数字病理学 肺癌 空间转录组学、类器官模型 NA NA NA NA 空间转录组学 NA NA
1127 2025-12-27
Spatial microbiome-metabolic crosstalk drives CD8+ T-cell exhaustion through the butyrate-HDAC axis in colorectal cancer
2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2
研究论文 本研究揭示了结直肠癌中微生物-代谢空间互作通过丁酸盐-HDAC轴驱动CD8+ T细胞耗竭的机制 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和微生物多组学数据,揭示肿瘤微环境中微生物空间分布与代谢信号传导的关联,并开发了可预测免疫治疗反应的结直肠癌微生物评分(CMS)空间生物标志物 样本量相对有限(发现队列仅23例),验证队列依赖公共数据库(TCGA),缺乏前瞻性临床干预试验验证 阐明结直肠癌肿瘤微环境中微生物空间组织与代谢互作对免疫治疗反应的影响机制 结直肠癌患者肿瘤组织中的微生物群落、代谢产物及CD8+ T细胞 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、微生物多组学分析、计算机模拟粪便微生物移植 NA 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、微生物组数据、临床数据 发现队列23例初治结直肠癌患者,验证队列159例TCGA结直肠癌样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 微生物多组学 NA NA
1128 2025-12-27
Development of a Multilayered Prognostic Model for Wilms' Tumor Based on Characteristic Lymphocyte Genes
2025, Genetics research IF:1.4Q4
研究论文 本研究开发了一个基于特征性淋巴细胞基因的多层预后模型,用于预测Wilms'肿瘤患者的生存率 整合了遗传和临床因素,开发了LGCPN-WT预后列线图,显著提高了Wilms'肿瘤生存预测的准确性和临床实用性 NA 开发一个整合遗传和临床因素的预后列线图,以提高Wilms'肿瘤的评估准确性和临床实用性 Wilms'肿瘤患者 数字病理学 Wilms'肿瘤 RNA-seq, scRNA-seq 预后模型 RNA序列数据 125名WT患者的RNA-seq数据和2437个样本的scRNA-seq数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1129 2025-12-27
Exosomal miR-493-3p Promote the Secretion of CXCL10 by Suppressing Keratinocyte Autophagy in Vitiligo
2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
研究论文 本研究探讨了外泌体miR-493-3p通过抑制角质形成细胞自噬促进CXCL10分泌在白癜风发病机制中的作用 揭示了miR-493-3p通过直接抑制LC3表达调控角质形成细胞自噬,进而影响CXCL10分泌的新机制 研究主要基于体外实验,缺乏体内模型验证;单细胞转录组数据来源于公共数据库,样本量有限 阐明角质形成细胞在白癜风发病中的具体作用,验证miR-493-3p对角质形成细胞自噬的调控效应 白癜风患者的角质形成细胞 数字病理学 白癜风 单细胞转录组测序,Western Blotting,ELISA,免疫荧光检测 NA 转录组数据,蛋白质数据 公共数据库中的单细胞转录组数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1130 2025-12-27
The local cellular response to Human Papillomavirus focuses on basal layer restoration as visualized in situ by specific cellular neighborhoods near infected cells
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞空间转录组学技术,在完整自然背景下可视化分析了HPV16感染引起的外阴组织变化 首次在完整组织背景下应用单细胞空间转录组学分析HPV16感染,揭示了基底细胞亚群、上皮细胞转录变化以及由基质成纤维细胞、内皮细胞和免疫细胞重组形成的三个主要细胞邻域 研究样本量相对有限(健康组织n=5,病变组织n=31),且仅针对HPV16型感染和特定类型病变 研究HPV16感染在完整自然背景下诱导的组织变化 健康外阴组织和HPV16阳性高级别外阴鳞状上皮内病变(vHSIL)组织 数字病理学 HPV相关病变 单细胞空间转录组学 NA 空间转录组数据 36个样本(5个健康外阴组织,31个HPV16+ vHSIL组织),超过415,000个细胞 NA 单细胞空间转录组学 NA NA
1131 2025-12-27
Single-cell transcriptomics reveals systemic immune dysregulation in non-segmental vitiligo
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序揭示了非节段型白癜风患者外周血单个核细胞的系统性免疫失调 首次提供了非节段型白癜风患者外周血单个核细胞的单细胞图谱,揭示了多个免疫细胞亚群的转录和组成变化 样本量较小(3名患者和3名对照用于scRNA-seq),且仅针对未治疗的泛发性进展性非节段型白癜风患者 探究非节段型白癜风患者外周血单个核细胞的免疫失调机制 非节段型白癜风患者和健康对照的外周血单个核细胞 单细胞转录组学 白癜风 单细胞RNA测序,流式细胞术 伪时间轨迹重建,通路富集分析 单细胞转录组数据 scRNA-seq:3名患者和3名对照;流式细胞术验证:7名患者和30名对照 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1132 2025-12-27
Novel pan-cancer T cell exhaustion signature forecasts immunotherapy response and unveils BCAP31 in macrophages as a therapeutic target in neuroblastoma
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过泛癌单细胞和空间转录组分析,鉴定出与T细胞耗竭相关的STMN2+巨噬细胞亚群,并开发了能预测免疫治疗反应的STMN2.SIG特征,同时揭示了巨噬细胞上的BCAP31作为神经母细胞瘤的潜在治疗靶点 首次在泛癌水平系统鉴定T细胞耗竭相关的巨噬细胞亚群(STMN2+ TAMs),构建了基于机器学习的免疫治疗反应预测模型(STMN2.SIG),并发现巨噬细胞BCAP31通过调控JAK2-STAT3通路影响CD8+ T细胞功能 研究主要基于生物信息学分析,实验验证主要在神经母细胞瘤模型中进行,其他癌种的机制验证尚不充分 探究T细胞耗竭的分子特征及其与肿瘤相关巨噬细胞的关联,以预测免疫治疗反应并发现新的治疗靶点 泛癌肿瘤微环境中的免疫细胞(特别是T细胞和巨噬细胞)及神经母细胞瘤模型 计算生物学 神经母细胞瘤 单细胞RNA测序,空间转录组测序,RNA测序,机器学习,体外共培养实验 集成机器学习模型 单细胞转录组数据,空间转录组数据,批量RNA-seq数据 多个泛癌队列的单细胞和转录组数据集(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq,空间转录组RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
1133 2025-12-27
Multi-omics spatial characteristics of CD8+TRM cells in hepatocellular carcinoma and immunotherapy response prediction
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究采用多组学方法分析肝细胞癌中CD8+组织驻留记忆T细胞的空间分布特征及其与免疫治疗反应的关系 结合放射组学、单细胞测序和多重免疫荧光组化技术,首次系统揭示了CD8+ TRM细胞在肝细胞癌中的空间分布变化及其与免疫治疗疗效的关联 样本量未明确说明,且研究主要基于观察性分析,机制验证可能不足 阐明肝细胞癌中CD8+ TRM细胞的空间特征变化机制,并开发预测免疫治疗反应的非侵入性模型 肝细胞癌组织中的CD8+组织驻留记忆T细胞及其与CD68+细胞的相互作用 数字病理学 肝细胞癌 单细胞测序, 多重免疫荧光组化, 放射组学 NA 图像, 测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1134 2025-12-27
Exhaustion of NK cells and interferon activation in anti-MDA5+ dermatomyositis are associated and determine the development of ILD
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序等技术,揭示了抗MDA5+皮肌炎患者中干扰素过度激活导致自然杀伤细胞耗竭,并与间质性肺病的发生发展相关 首次在抗MDA5+皮肌炎患者中,将单细胞RNA测序揭示的干扰素通路激活、自然杀伤细胞耗竭与间质性肺病的临床严重程度相关联,并验证了干扰素直接诱导自然杀伤细胞凋亡的机制 样本量较小(仅6名患者),且为横断面研究,无法确定因果关系;需要更大规模的前瞻性队列验证 探究抗MDA5+皮肌炎患者外周血中自然杀伤细胞和干扰素信号的作用,特别是在间质性肺病发生发展中的机制 抗MDA5+皮肌炎患者(伴有或不伴有间质性肺病)的外周血单个核细胞、血清细胞因子以及NK-92细胞系 单细胞组学 皮肌炎与间质性肺病 单细胞RNA测序,流式细胞术,体外细胞实验,血清细胞因子检测,HRCT影像评分 NA 单细胞转录组数据,流式细胞数据,血清细胞因子数据,影像学评分数据 6名新诊断的活动性抗MDA5+皮肌炎患者(3名伴ILD,3名不伴ILD),以及一个独立的验证队列和健康供者对照 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1135 2025-12-27
SCPEP1+ basal cells are associated with the remodeling of oxidative stress signaling networks in idiopathic pulmonary fibrosis
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA测序数据,揭示了SCPEP1+基底细胞在特发性肺纤维化(IPF)中作为氧化应激响应中心和细胞间通讯枢纽的关键作用 首次通过多组学整合方法,在细胞和组织尺度上全面表征IPF肺中的氧化应激活性,并识别出SCPEP1作为最稳健的生物标志物,同时揭示了SCPEP1+基底细胞的转录重编程和细胞间通讯网络 SCPEP1在患者分层或治疗干预中的潜力仍需通过功能研究来确认 全面表征特发性肺纤维化(IPF)肺中跨细胞区室和组织微环境的氧化应激活性,并识别相关的诊断生物标志物 特发性肺纤维化(IPF)患者的肺组织、博来霉素诱导的C57BL/6小鼠模型以及公共数据集 数字病理学 特发性肺纤维化 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(stRNA-seq)、bulk RNA测序 LASSO、随机森林(Random Forest)、Boruta、贝叶斯(Bayesian)、学习向量量化(LVQ)、树袋(Treebag) RNA测序数据 未明确指定,但使用了多个数据集(包括公共数据集和实验模型) NA 单细胞RNA-seq、空间转录组学、bulk RNA-seq NA NA
1136 2025-12-27
Practical considerations for machine learning-enabled discoveries in spatial transcriptomics
2024-Jun, GEN biotechnology IF:2.0Q3
综述 本文讨论了机器学习在空间转录组学数据分析中的实际应用考虑因素 强调了机器学习工具在空间转录组学中的集成应用,并提供了选择合适工具以解决特定生物学问题的启发式方法 未涉及具体实验验证或详细技术比较,主要聚焦于概念性指导 提升对空间分子模式在健康和疾病中过程的基本理解,并指导机器学习工具的选择与应用 空间转录组学数据及其分析 机器学习 NA 空间转录组学,多重免疫荧光 NA 空间分子成像数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1137 2025-12-26
Insights from RNA sequencing techniques revealing the molecular mechanisms associated with diabetic retinopathy
2026-Jun, Journal of diabetes and metabolic disorders IF:1.8Q4
综述 本文综述了RNA测序技术(包括bulk RNA-Seq和单细胞RNA测序)在揭示糖尿病视网膜病变分子机制中的应用 整合bulk RNA-Seq和scRNA-Seq研究,提出了从血管中心视角向生态系统中心视角的范式转变,并揭示了物种特异性转录模式和保守通路 NA 探讨RNA测序技术在理解糖尿病视网膜病变分子机制和识别潜在治疗靶点中的应用 糖尿病视网膜病变的分子机制、基因表达模式、细胞相互作用及潜在生物标志物 自然语言处理 糖尿病视网膜病变 RNA测序(RNA-Seq),包括bulk RNA-Seq和单细胞RNA测序(scRNA-Seq) NA RNA测序数据 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
1138 2025-12-26
Integration of spatial and single-cell transcriptomic analysis uncovers cellular and molecular alterations in the hypertensive brain
2026-Jan-15, Life sciences IF:5.2Q1
研究论文 本研究通过整合空间和单细胞转录组分析,揭示了高血压大脑中的细胞和分子变化 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,全面绘制高血压大脑的转录组图谱,识别了新的脑区和神经元亚群 研究主要基于大鼠模型,人类样本验证有限,且样本年龄范围较窄 旨在表征与高血压相关的中枢神经系统区域的空间和单细胞转录组特征 自发性高血压大鼠和正常血压Wistar-Kyoto对照大鼠的下丘脑和延髓,以及人类脑组织 数字病理学 心血管疾病 空间转录组测序,单细胞RNA测序 NA 转录组数据,组织学数据 自发性高血压大鼠和Wistar-Kyoto对照大鼠在4周和10周龄的下丘脑和延髓样本,以及人类脑组织 NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
1139 2025-12-26
Microbial-triggered integrated stress response in sulcular and junctional keratinocytes exacerbates immunopathology in periodontitis
2026-Jan-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过整合结构免疫理论、单细胞转录组学和多组学分析,揭示了牙周炎中微生物-上皮-免疫细胞间的相互作用,特别是龈沟和结合上皮角质形成细胞(SK/JKs)中整合应激反应(ISR)的激活如何加剧免疫病理 首次将结构免疫理论与单细胞转录组学及多组学分析相结合,系统阐明了牙周炎中SK/JKs细胞通过ISR介导的结构免疫轴驱动免疫病理的新机制 研究主要基于单细胞转录组学数据,体内功能验证和临床转化应用仍需进一步探索 探究牙周炎中微生物-上皮-免疫细胞间的相互作用机制,特别是应激反应在免疫病理中的作用 牙周炎患者的龈沟和结合上皮角质形成细胞(SK/JKs)及免疫细胞 数字病理 牙周炎 单细胞转录组学, 多组学分析, WGCNA NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1140 2025-12-26
Baicalin inhibits A549 cells proliferation and EMT through targeting the EGFR pathway
2026-Jan-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究探讨了黄芩苷通过抑制EGFR信号通路来抑制A549肺癌细胞增殖和上皮-间质转化的机制 结合网络药理学和单细胞RNA测序分析筛选黄芩苷与肺癌之间的潜在靶点基因,并验证其对EGFR通路和EMT的抑制作用 研究仅使用A549细胞系,未在体内模型或其他肺癌细胞系中验证,且机制研究深度有限 阐明黄芩苷在肺癌细胞中通过EGFR信号通路抑制增殖和EMT的具体作用机制 A549肺癌细胞系 癌症研究 肺癌 MTT assay, EdU staining, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, RT-qPCR NA 基因表达数据, 细胞图像 使用不同浓度黄芩苷处理的A549细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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