单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2025-09-13	Description of Bacterial RNA Transcripts Detected in Mycobacterium tuberculosis - Infected Cells from Peripheral Human Granulomas using Single Cell RNA Sequencing 2024-Aug-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608852 PMID:39229107	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术检测人类结核肉芽肿细胞中结核分枝杆菌的RNA转录本及其序列变异	首次在临床样本中系统检测并分析结核分枝杆菌rRNA序列变异，提出其可能作为细菌适应宿主环境的机制	研究仅基于医院病理实验室确认的结核感染患者样本，变异机制尚属假设需进一步验证	探索结核分枝杆菌在感染宿主细胞中的转录特征和序列变异模式	来自巴布亚新几内亚莫尔兹比港总医院结核病诊所患者的细针穿刺样本	传染病基因组学	结核病	单细胞RNA测序（10X Genomics），酸镜显微镜，GeneXpert分析	NA	RNA测序数据	经医院病理实验室确认的结核感染患者临床样本（具体数量未说明）
1062	2025-09-13	Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.17.603936 PMID:39071425	研究论文	通过单细胞RNA测序元分析揭示免疫疾病中基于趋化因子的细胞通讯机制	首次通过跨疾病和组织的scRNA-seq元分析系统揭示疾病特异性和共享的免疫细胞趋化与迁移模式	依赖公开数据，可能受样本来源和技术差异影响	解析免疫细胞迁移相关的疾病特异性细胞通讯网络	多种免疫疾病患者组织样本（皮肤、肺、结肠、肾脏）	生物信息学	免疫性疾病	scRNA-seq, 配体-受体互作分析	NA	单细胞转录组数据	多疾病公共scRNA-seq数据集（涵盖特应性皮炎、银屑病、COPD等8种疾病）
1063	2025-09-13	Cellular and transcriptional profiles of peripheral blood mononuclear cells pre-vaccination predict immune response to preventative MUC1 vaccine 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.598031 PMID:38948837	研究论文	通过单细胞RNA测序分析疫苗接种前外周血单核细胞，预测MUC1预防性疫苗的免疫反应	首次在癌前病变人群中揭示免疫系统可能存在类似癌症的抑制状态，并发现CD4+初始T细胞等预测性生物标志物	样本量较小（仅32人），需进一步验证候选生物标志物	评估MUC1肿瘤抗原疫苗的安全性和免疫原性，并探索免疫反应预测因素	有晚期结肠腺瘤病史的个体	免疫学	结肠癌	scRNA-seq, 差异基因表达分析, 转录因子推断分析, 贝叶斯网络分析	NA	单细胞RNA测序数据	32名参与者（16名应答者+16名无应答者）的疫苗接种前PBMC样本
1064	2025-09-13	Cellular age explains variation in age-related cell-to-cell transcriptome variability 2023-12-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278144.123 PMID:37973195	研究论文	通过分析小鼠单细胞转录组数据，研究细胞年龄如何解释不同细胞类型在衰老过程中转录组变异性的差异	提出了一个基于细胞更新率差异的新概念框架，解释为什么某些细胞类型的转录组会显示衰老迹象而其他不会	研究基于小鼠数据，在人类中的适用性需要进一步验证	理解不同细胞类型衰老速率差异的机制	小鼠多种组织和年龄的单细胞转录组	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	启发式模型	转录组数据	多种小鼠组织和年龄的单细胞样本
1065	2025-09-13	Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis 2023-Nov-17, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02572-6 PMID:37978501	研究论文	利用空间转录组学技术揭示特发性肺纤维化（IPF）肺部不同病理区域的基因表达差异	首次在IPF中应用空间转录组学（GeoMx Nanostring）技术，实现比单细胞或批量RNA-Seq更高分辨率的空间转录信号解析	样本量有限（32例IPF和12例对照），且仅基于FFPE组织	解析IPF肺部病理异质性区域的转录组差异，以理解纤维化分布机制并识别潜在治疗靶点	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照组的肺组织样本	空间转录组学	特发性肺纤维化	GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling，免疫荧光染色	NA	空间转录组数据，组织图像	32例IPF患者和12例对照的FFPE组织，共231个感兴趣区域（ROIs）
1066	2025-09-13	An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets 2023-11-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0130 PMID:37582230	研究论文	构建了一个胰腺胰岛细胞类型特异性基因表达的综合图谱，基于单细胞RNA测序数据	首次提供了来自65名供体的192,203个细胞的综合参考图谱，包含多种糖尿病状态，并提供了开放访问的分析工具	NA	创建胰腺胰岛细胞类型特异性基因表达的规范参考资源，便于研究人员查询和用于生物信息学分析	人类胰腺胰岛细胞，包括无糖尿病、1型糖尿病自身抗体阳性、1型糖尿病和2型糖尿病供体	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	192,203个细胞，来自65名供体
1067	2025-09-13	CIARA: a cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data 2023-06-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.201264 PMID:37294170	研究论文	提出一种名为CIARA的聚类独立算法，用于从单细胞测序数据中识别稀有细胞类型的标志基因	开发了不依赖聚类步骤的算法直接识别稀有细胞类型标志基因，并能与现有聚类方法整合	NA	提高单细胞测序数据中稀有细胞类型的检测能力	单细胞测序数据中的稀有细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，单细胞组学数据	聚类独立算法	单细胞测序数据	人类原肠胚和小鼠胚胎干细胞样本
1068	2025-09-13	The Genetic Landscape of Familial Pulmonary Fibrosis 2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202204-0781OC PMID:36622818	研究论文	对家族性肺纤维化（FPF）进行大规模遗传风险整合分析，探索罕见变异基因及其相关通路	迄今最全面的FPF遗传研究，定义了已知FPF相关基因中罕见变异的流行率，并识别了新的候选基因和通路	未发现跨多个家系共享的新罕见变异基因，提示遗传风险主要由涉及多种基因和通路的异质性变异介导	评估家族性肺纤维化的遗传风险，识别相关罕见变异基因和生物学通路	569个FPF家系中的患病个体	遗传学	肺纤维化	全外显子组测序，候选基因测序，共分离分析，基因负荷分析，风险评分，细胞类型富集分析，共表达网络构建，单细胞转录组学	NA	基因组测序数据，转录组数据	569个FPF家系
1069	2025-09-13	Single-cell RNA-seq methods to interrogate virus-host interactions 2023-01, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-022-00972-2 PMID:36414692	综述	本文总结了单细胞RNA测序技术在研究病毒与宿主相互作用中的方法与应用	强调了scRNA-seq在解析病毒基因组和宿主反应异质性、区分感染细胞与旁观者细胞差异反应以及揭示细胞间通讯网络中的关键应用	NA	探讨病毒与宿主相互作用的机制并促进抗病毒治疗策略的开发	病毒感染的宿主细胞	生物信息学	病毒感染性疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
1070	2025-09-13	Mouse primordial germ-cell-like cells lack piRNAs 2022-12-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.11.004 PMID:36473462	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和小RNA测序发现，体外分化的第6天小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）缺乏piRNA及其通路因子的完整表达	首次证明体外培养的mPGCLCs在分化早期阶段未能建立功能性piRNA通路，与体内E13.5及之后性原细胞的状态存在显著差异	研究仅针对特定分化时间点（第6天）的mPGCLCs，未涵盖更晚期的分化阶段或体内验证	探究体外分化的小鼠原始生殖细胞样细胞中piRNA通路的发育状态	小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、小RNA测序	NA	RNA测序数据、基因表达数据	多株第6天mPGCLC细胞系
1071	2025-09-13	Comparative analysis of transcriptome remodeling in plaque-associated and plaque-distant microglia during amyloid-β pathology progression in mice 2022-Sep-24, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02581-0 PMID:36153535	研究论文	本研究通过结合激光捕获显微切割和RNA测序技术，比较分析了阿尔茨海默病小鼠模型中斑块相关和斑块远离小胶质细胞在Aβ病理进展中的转录组重塑差异	首次直接分离并对比分析斑块相关和斑块远离小胶质细胞的转录组动态变化，避免了传统纯化方法引起的转录组改变，并保留了空间信息	研究基于小鼠模型，虽在人类死后脑组织中验证了部分发现，但仍需进一步临床验证	阐明斑块相关和斑块远离小胶质细胞在阿尔茨海默病Aβ病理进展中的不同贡献和作用机制	APP/PS1转基因AD小鼠模型的小胶质细胞及人类死后脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	激光捕获显微切割, RNA-seq, scRNA-seq	NA	转录组数据	AD小鼠模型在疾病早期、中期和晚期三个关键阶段的小胶质细胞样本
1072	2025-09-12	Early-life gut microbiome maturity regulates blood-brain barrier and cognitive development 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2551879 PMID:40886152	研究论文	本研究探讨了早期肠道微生物组的成熟度如何通过调节血脑屏障影响认知发育	首次揭示人类早产与足月婴儿肠道微生物组通过调控血脑屏障通透性和突触信号基因表达影响认知功能的机制	研究基于小鼠模型，人类直接适用性需进一步验证	探究早期肠道微生物组成熟度对血脑屏障和神经发育的影响	无菌孕鼠及其后代（移植人类早产/足月婴儿肠道微生物组）	微生物组与神经发育交叉研究	神经发育障碍	宏基因组学、代谢组学、全脑单细胞RNA测序	NA	基因组数据、代谢物数据、RNA表达数据	无菌小鼠模型（具体数量未明确说明）
1073	2025-09-12	Completing spatial transcriptomics data for gene expression prediction benchmarking 2025-Dec, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2025.103754 PMID:40885036	研究论文	本文介绍了一个标准化的空间转录组学数据库SpaRED和一个基于Transformer的基因表达补全模型SpaCKLE，用于改进基因表达预测的基准测试	提出了首个系统整理的包含26个公共数据集的标准化数据库SpaRED，并开发了基于Transformer的SpaCKLE模型，将均方误差降低了82.5%	NA	解决空间转录组学数据获取成本高、基因丢失严重以及模型评估缺乏标准化基准的问题	空间转录组学数据，特别是Visium技术产生的组织学图像和基因表达数据	数字病理学	NA	空间转录组学，Visium技术	Transformer	图像，基因表达数据	26个公共数据集
1074	2025-09-12	Smpd3 regulates odontoblast differentiation through the Shh-Gli1 pathway 2025-Nov, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2025.117587 PMID:40639673	研究论文	本研究揭示了Smpd3通过Shh-Gli1通路调控成牙本质细胞分化的分子机制	首次发现Smpd3基因通过Shh信号通路调控成牙本质细胞分化，并证实其促进牙本质形成的能力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床相关性尚需进一步验证	探究Smpd3在成牙本质细胞分化中的功能及其分子机制	小鼠牙乳头细胞(mDPCs)和小鼠磨牙牙胚	发育生物学	牙科疾病	单细胞RNA测序，siRNA敲低，RNA测序，体外培养	NA	基因表达数据，组织学图像	小鼠牙乳头细胞和牙胚样本（具体数量未明确说明）
1075	2025-09-12	Origin, functions, heterogeneity and associated diseases of B-1 cells 2025-Nov, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110561 PMID:40651736	综述	本文综述了B-1细胞的起源、功能、异质性及其在疾病中的作用	讨论了单细胞测序分析对B-1细胞异质性的新见解	NA	探讨B-1细胞的生物学特性及其与疾病的关联	B-1细胞	免疫学	自身免疫病、感染性疾病、炎症性疾病	单细胞测序分析	NA	NA	NA
1076	2025-09-12	Large-scale proteomics analysis identifies plasma protein biomarkers and potential therapeutic targets for rheumatoid arthritis: A prospective study in UK Biobank 2025-Nov, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2025.117593 PMID:40669587	研究论文	通过大规模蛋白质组学分析鉴定类风湿关节炎的血浆蛋白生物标志物和潜在治疗靶点	整合蛋白质组学、GWAS和单细胞RNA测序数据，首次系统评估RA风险相关蛋白并发现ICAM3、CTSV和RNASET2等新靶点	预测模型性能中等（AUC=0.74），预测窗口为5年，需进一步验证	识别类风湿关节炎的生物标志物和治疗靶点	类风湿关节炎患者和健康对照者	生物医学信息学	类风湿关节炎	蛋白质组学、GWAS、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析	XGBoost	蛋白质组数据、基因组数据、转录组数据	706例RA患者和1410例对照
1077	2025-09-12	Single-cell sequencing revealed the recurrence causes of ETV6:RUNX1 fusion-positive B-ALL in children 2025-Oct, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102041 PMID:40659095	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索ETV6:RUNX1融合阳性儿童B细胞急性淋巴细胞白血病复发机制	首次在单细胞水平揭示复发样本中T细胞耗竭、代谢通路改变及LGALS9-HAVCR2等新型细胞互作机制	样本量较小（仅4例患者），需更大队列验证	解析ETV6:RUNX1阳性B-ALL患者复发驱动通路	儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者	单细胞组学	白血病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	4例B-ALL患者（3例新诊断，1例复发），选自25例患者队列
1078	2025-09-12	Establishment of CRISPR/Cas9 lineage tracking technology for pig embryos 2025-Oct, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102046 PMID:40816522	研究论文	开发了一种结合CRISPR/Cas9分子条码和单细胞转录组学的猪胚胎高分辨率谱系追踪技术	首次在猪中建立了结合DNA条码（CRISPR/Cas9靶位点和intBC）与组成型Cas9-EGFP的谱系追踪系统，并与scRNA-seq整合	NA	研究猪组织发育和细胞谱系，用于生物医学研究和遗传工程	猪胚胎细胞	发育生物学	NA	CRISPR/Cas9, CRISPR/Cas12a, piggyBac转座, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组DNA, 单细胞转录组数据	NA
1079	2025-09-12	Single-Cell Analysis Reveals a Critical Role for Macrophage Epsins in Regulating the Origin of Foam Cells in Atherosclerosis 2025-Sep-11, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323288 PMID:40931837	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了巨噬细胞epsin蛋白在动脉粥样硬化泡沫细胞形成中的关键调控作用	首次发现巨噬细胞特异性epsin缺失可显著抑制泡沫细胞形成并逆转血管平滑肌细胞和内皮细胞功能障碍	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究巨噬细胞epsin在动脉粥样硬化发展中的分子机制	Apoe缺陷小鼠的血管细胞（巨噬细胞、VSMC、内皮细胞）	单细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫染色、代谢分析	NA	单细胞转录组数据	WT/Apoe-/-和LysM-DKO/Apoe-/-小鼠模型（具体数量未明确说明）
1080	2025-09-12	Extracellular matrix-myCAF signatures correlate with resistance to neoadjuvant aPD-L1 immune checkpoint inhibition with durvalumab + metformin in HPV+ HNSCC 2025-Sep-11, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-1098 PMID:40932382	研究论文	本研究通过多组学分析探索HPV阳性头颈部鳞状细胞癌对durvalumab联合二甲双胍新辅助免疫治疗的应答与耐药机制	首次发现细胞外基质-肌成纤维癌相关成纤维细胞(ECM-MYCAF)特征与免疫联合治疗耐药相关，并通过空间转录组学定位至肿瘤前沿区域	样本来源于单中心临床试验，样本量有限，且仅针对HPV阳性患者	识别HPV阳性头颈部鳞癌对PD-L1抑制剂联合二甲双胍治疗的预测性生物标志物和耐药机制	HPV阳性头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	多组学分析、空间转录组学、基因集富集分析	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	NCT03618654临床试验中的未治疗非糖尿病HPV+ HNSCC患者样本