单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 40234 篇文献,本页显示第 1001 - 1020 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1001 2026-05-31
Single-cell transcriptomics reveals NDRG1/TGF‑β1 associated vascular smooth muscle cell phenotypic switching in chronic thromboembolic pulmonary hypertension
2026-May-29, Journal of thrombosis and thrombolysis IF:2.3Q2
研究论文 通过单细胞转录组学揭示NDRG1/TGF-β1通路在慢性血栓栓塞性肺动脉高压中与血管平滑肌细胞表型转换的相关性 首次在单细胞水平上鉴定CTEPH中平滑肌细胞的四种表型,特别是成纤维细胞样平滑肌细胞的扩增,并发现NDRG1作为核心基因通过TGF-β/SMAD通路促进表型转换 仅基于公共数据集和体外实验,缺乏体内动物模型验证,且样本量较小 阐明CTEPH中肺动脉平滑肌细胞表型转换的分子机制,并寻找潜在治疗靶点 慢性血栓栓塞性肺动脉高压患者的肺动脉组织样本 单细胞转录组学 肺动脉高压 单细胞RNA测序 Seurat, DESeq2, Monocle3, hdWGCNA 转录组数据 来自两个scRNA-seq数据集(GSE224143, GSE228644)和一个bulk RNA-seq数据集(GSE84538) NA 单细胞RNA测序 NA NA
1002 2026-05-31
A STAT1/ETC/GBP1 axis represents a potential therapeutic target for noncommunicable granulomatous skin disease
2026-May-29, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 揭示STAT1/ETC/GBP1轴在非传染性肉芽肿性皮肤病中的潜在治疗靶点 首次识别出IFN-γ激活的巨噬细胞中氧化磷酸化为优势代谢通路,并发现GBP1在控制巨噬细胞激活中的核心作用,提出二甲双胍作为治疗策略 研究主要基于单细胞RNA测序数据重分析和体外实验,缺乏体内模型验证 探索环状肉芽肿和皮肤结节病的分子机制及潜在治疗靶点 环状肉芽肿和皮肤结节病的巨噬细胞 数字病理学 肉芽肿性皮肤病 NGS NA 单细胞RNA测序数据 重分析公开的单细胞RNA测序数据,具体样本量未明确 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1003 2026-05-31
Evolving strategies for lineage tracing: Genetic markers, synthetic barcodes, and natural variants
2026-May-29, Cell stem cell IF:19.8Q1
综述 探讨谱系追踪技术的进化策略,包括遗传标记、合成条形码和自然变异,并整合多组学和空间图谱以解码细胞命运 系统提出谱系追踪的三个方法论支柱(前瞻性追踪、高通量图谱、回顾性追踪),并强调其与多组学和空间图谱的整合以及计算方法的创新 未详细讨论各技术在实际应用中的具体挑战,如双链条形码的噪音或单细胞测序的覆盖度问题 为实验设计提供系统指南,并强调将精确克隆分析转化为临床应用的前沿领域 细胞谱系追踪中的遗传标记、合成条形码和自然变异 机器学习 NA 单细胞测序 NA 图像 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1004 2026-05-31
First human decedent model of orthotopic multi-organ xenotransplantation: Whole liver and bilateral kidneys from a six-gene-edited pig
2026-May-29, Med (New York, N.Y.)
研究论文 报告了从六基因编辑猪到人类尸体的原位联合全肝和双侧肾脏异种移植的首次模型 首次在人类尸体模型中实现了原位多器官(全肝和双侧肾脏)猪-人异种移植,并利用单细胞RNA测序、蛋白质组学和代谢组学系统分析了早期免疫和代谢特征 因使用人类尸体模型,无法完全模拟活体移植中的长期免疫排斥和生理反应 探索猪到人原位全肝加双侧肾脏异种移植的可行性并鉴定早期免疫和代谢特征 一名53岁人类尸体接受者和六基因编辑猪的全肝及双侧肾脏移植物 机器学... 终末期器官衰竭 单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学 NA 基因表达数据、蛋白质组数据、代谢组数据 1具人类尸体和1只猪 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1005 2026-05-31
Tracing cell lineages in the developing brain: Insights from mosaic analysis and clone-resolved transcriptomics
2026-May-29, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2
综述 综述了结合分子条形码和单细胞RNA测序的克隆解析转录组学在大脑发育中的细胞谱系追踪进展,重点关注大脑皮层 揭示了发育大脑中意料之外的谱系关系,阐明了物种特异性发育程序在细胞类型多样性生成中的作用,并将克隆结构变化与皮层进化中的谱系多样化联系起来 未明确提及局限性 总结克隆解析转录组学在大脑发育细胞谱系追踪中的最新进展,特别是大脑皮层中新的谱系关系及物种特异性差异 大脑发育中的放射状胶质祖细胞及其产生的神经元和胶质细胞 机器学习 NA 分子条形码、单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium 单细胞RNA测序
1006 2026-05-31
Ripk2 promotes CD8+ T cell inactivation and hepatocellular carcinoma progression through Myb/Cxcl9 and Pax5/Adpgk signaling pathways
2026-May-29, Cell death & disease IF:8.1Q1
research paper 通过巨噬细胞Ripk2基因敲除小鼠模型、单细胞测序和流式细胞术,揭示了Ripk2通过Myb/Cxcl9和Pax5/Adpgk信号通路促进CD8+ T细胞失活和肝细胞癌进展的机制 首次发现巨噬细胞Ripk2通过调节瘤内微生物群(特别是链霉菌丰度)影响CD8+ T细胞功能,并揭示Ripk2抑制剂联合PD-1/PD-L1抑制剂可减轻单药肝毒性并提高疗效 未提供明确的局限性信息 研究Ripk2在肝细胞癌免疫微环境中的作用及其对巨噬细胞功能的影响 巨噬细胞Ripk2基因敲除小鼠模型中的肝细胞癌免疫微环境 machine learning liver cancer scRNA-seq, flow cytometry, single-cell sequencing NA single-cell transcriptomic data 巨噬细胞Ripk2基因敲除小鼠模型 NA single-cell RNA-seq NA NA
1007 2026-05-31
GraphTME: graph-based framework for predicting immunotherapy response by interpreting tumour microenvironment interactions using spatial transcriptomics
2026-May-29, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1
研究论文 提出GraphTME框架,通过空间转录组数据解释肿瘤微环境中的细胞间相互作用,预测免疫检查点抑制剂治疗反应 首次在空间转录组数据中定量捕获单细胞水平的细胞间互作,用于预测免疫检查点抑制剂治疗反应 未提及局限性 开发可解释的空间转录组分析框架,预测免疫治疗反应 非小细胞肺癌患者CD8 T细胞及肿瘤微环境 数字病理学 非小细胞肺癌 空间转录组学(MERFISH), 单细胞RNA测序 多关系有向图模型 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 非小细胞肺癌患者样本 NA 空间转录组学, 单细胞RNA测序 MERFISH NA
1008 2026-05-31
Identification and validation of a prognostic risk-scoring model in drug-resistant ALL and evaluation of immune micro-environment
2026-May-29, Annals of hematology IF:3.0Q2
研究论文 通过转录组数据构建并验证儿童耐药急性淋巴细胞白血病预后风险评分模型,并评估免疫微环境的作用 首次基于Lasso回归构建13基因耐药相关预后指数(RAPI-13)并验证其预后价值,发现CD40激动剂联合化疗及免疫检查点阻断可逆转耐药 尚需更大规模前瞻性临床队列验证模型及三重疗法的临床转化可行性 开发耐药儿童急性淋巴细胞白血病的预后分层工具并探索免疫靶向治疗策略 化疗敏感与耐药的儿童急性淋巴细胞白血病患者样本及其转录组数据 机器学习 儿童急性淋巴细胞白血病 RNA-seq, 单细胞RNA-seq Lasso回归 转录组数据 来自GEO和TARGET数据集的多个队列样本(具体数量未提及) NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
1009 2026-05-31
Spatial transcriptomics of cervical cancer reveals microenvironment shaped the malignant epithelial programs and ECM-associated immune niches
2026-May-29, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 通过空间转录组学技术分析宫颈癌肿瘤微环境对恶性上皮程序和细胞外基质相关免疫生态位的影响 首次利用Stereo-seq空间转录组学在宫颈癌FFPE标本中定义恶性上皮亚型及其微环境生态位,发现ITGA6⁺上皮程序与基质相互作用和THBS1信号通路密切相关 NA 探究宫颈癌中恶性上皮亚型的多样性及其与免疫细胞的相互作用机制 宫颈癌FFPE标本及CIN III和浸润性癌组织 空间转录组学 宫颈癌 Stereo-seq空间转录组学 NA 空间基因表达数据 FFPE宫颈癌标本 华大基因 空间转录组学 Stereo-seq Stereo-seq空间转录组学用于FFPE标本
1010 2026-05-31
scZGA: a novel model based on ZINB distribution and graph attention for scRNA-seq data clustering
2026-May-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 提出基于ZINB分布和图注意力网络的新模型scZGA,用于聚类单细胞RNA测序数据 scZGA结合ZINB模型和残差连接图自编码器,通过自优化嵌入算法提升聚类性能 未提及模型对大规模数据的计算效率及泛化到其他单细胞模态的适用性 解决scRNA-seq数据高丢失率和复杂细胞间关系导致的聚类难题 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 机器学习 NA scRNA-seq 图注意力网络, ZINB模型, 图自编码器 基因表达数据 6个scRNA-seq数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1011 2026-05-31
A continuous DNA repairing system for alleviating intervertebral disc degeneration
2026-May-29, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1
研究论文 本研究提出了一种持续DNA修复系统,通过清除ROS、修复DNA损伤、促进DNA复制和基质合成来缓解椎间盘退变 首次提出结合双金属-姜黄素纳米酶与脐带间充质干细胞来源囊泡的连续DNA修复策略,从源头清除ROS到促进组织修复的全链条干预 尚未在更大动物模型或临床试验中验证系统安全性和长期有效性;机制研究主要限于体外和鼠尾针刺模型,可能无法完全模拟人类椎间盘退变 开发一种连续调控DNA修复的系统以逆转氧化应激诱导的髓核细胞衰老并治疗椎间盘退变 临床椎间盘样本、大鼠髓核细胞、鼠尾针刺椎间盘退变模型 数字病理学 椎间盘退变 单细胞测序 NA 单细胞测序数据 临床患者髓核样本(具体数量未提供)及大鼠模型样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1012 2026-05-31
Single-cell transcriptomic analysis deciphers heterogeneity and transcriptional regulatory programs of sepsis with different prognosis
2026-May-29, Biology direct IF:5.7Q1
研究论文 通过单细胞转录组分析揭示不同预后脓毒症的细胞异质性和转录调控程序 首次整合两个外周血单细胞RNA-seq队列,利用pySCENIC推断调节子活性、通路富集和CellChat配体-受体推断,全面揭示存活者和非存活者之间的免疫重塑模式差异,并发现cDC2在不良预后中与AP-1转录因子和干扰素信号失调相关 初步八转录因子模型仅展示了初步的判别性能,独立批量转录组验证有限 探索与不同临床预后相关的脓毒症免疫重塑模式 脓毒症患者外周血中的免疫细胞(单核细胞、B细胞、NK细胞、CD4/CD8 T细胞、血小板、cDC2、浆母细胞) 单细胞转录组学、生物信息学 脓毒症 scRNA-seq、pySCENIC、CellChat NA 基因表达数据 两个外周血单细胞RNA-seq队列 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1013 2026-05-31
KRT6A derived from mesenchymal stem cells as a potential biomarker and therapeutic target for alopecia areata: insights from multi-omics analysis and experimental evidence
2026-May-29, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1
研究论文 通过多组学分析和实验验证,发现间充质干细胞来源的KRT6A是斑秃的潜在生物标志物和治疗靶点 首次整合多组学数据(转录组、蛋白质组、单细胞RNA测序和空间转录组学)结合机器学习算法,系统鉴定间充质干细胞衍生基因KRT6A在斑秃中的诊断和治疗价值,并通过体内外实验验证其功能 研究主要基于公共数据库和动物模型,临床样本验证不足;KRT6A在斑秃中的具体调控机制尚需进一步阐明 利用多组学方法鉴定间充质干细胞来源的斑秃关键治疗基因 斑秃患者和斑秃小鼠模型 机器学习 斑秃 RNA-seq, 蛋白质组测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 CNN, LSTM, GAN 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 公共数据库中的斑秃样本及斑秃小鼠模型 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
1014 2026-05-31
DNA damage response signature-based prognostic genes for intrahepatic cholangiocarcinoma: a combined analysis of machine learning and biological experiments
2026-May-29, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 基于DNA损伤反应特征构建肝内胆管癌预后基因模型,整合机器学习与生物学实验验证SFN基因功能 首次通过10种机器学习算法构建101种组合模型优化DDR风险模型,并结合单细胞RNA测序和空间转录组学揭示SFN在恶性细胞中的特异性富集及其对化疗耐药的关键作用 标题和摘要未提及具体的局限性 构建稳健的DDR预后模型用于肝内胆管癌风险分层和治疗反应预测,并探索SFN基因作为潜在治疗靶点的机制 肝内胆管癌患者和细胞系(如ICC细胞系) 机器学习 肝内胆管癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 体外实验(SFN敲降) Lasso, 随机生存森林(RSF) 基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据, 空间转录组数据 6个独立的ICC队列 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
1015 2026-05-31
Vasoactive intestinal peptide associated 8-gene signature with prognostic and immune associations in melanoma
2026-May-29, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 构建血管活性肠肽相关8基因特征,评估其在黑色素瘤预后、免疫微环境和药物敏感性中的作用 首次系统构建VIP相关预后基因特征VIPsig,并整合免疫微环境分析和药物敏感性预测 药物敏感性分析仅为基于计算模拟的推断,缺乏实验验证;该特征对治疗反应预测的实际价值尚未在前瞻性队列中得到验证 探索VIP相关基因在黑色素瘤预后风险分层和免疫微环境关联中的作用 黑色素瘤患者(训练集TCGA-SKCM 477例;验证集GSE65904 209例)外加单细胞RNA-seq数据GSE115978 机器学习 黑色素瘤 RNA-seq, 单细胞RNA-seq 逐步Cox回归与梯度提升机(GBM) 转录组数据(批量RNA-seq和单细胞RNA-seq) 训练集477例黑色素瘤样本,验证集209例黑色素瘤样本 NA 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
1016 2026-05-31
Hyperinnervation inhibits organ-level regeneration in mammalian skin
2026-May-28, Cell IF:45.5Q1
研究论文 本研究揭示了哺乳动物皮肤器官水平再生的抑制机制,发现过度神经支配是关键障碍,并通过减少神经支配实现了再生 首次发现产后伤口特异性成纤维细胞(PWF)及其富集基因Timp1、Cxcl12和Ccl7通过诱导过度神经支配抑制器官水平再生,并通过去除这一障碍成功解锁再生能力 研究尚未明确PWF细胞起源及调控其功能的完整信号通路,且再生能力仅在局部皮肤验证,未在大型动物模型中验证 探究哺乳动物皮肤从再生向非再生状态转变的机制,寻找抑制器官水平再生的关键因素 小鼠胚胎期和出生后全层皮肤伤口愈合过程中的细胞类型、基因表达及神经支配变化 数字病理学 皮肤损伤再生 单细胞测序 NA 单细胞转录组数据 胚胎期和出生后小鼠皮肤伤口样本,具体数量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1017 2026-05-31
Spatial and Single-Cell Mapping Reveals Valvular Interstitial Cell and Macrophage Sex Differences in Calcific Aortic Valve Disease
2026-May-28, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
研究论文 通过空间和单细胞转录组学分析揭示钙化性主动脉瓣疾病中瓣膜间质细胞和巨噬细胞的性别差异 首次结合单细胞和空间转录组学技术,在人类主动脉瓣组织中解析性别依赖性细胞异质性和基因表达空间分布,发现男性偏向的AP-1转录因子复合体和女性偏向的ECM重塑基因 未提供实验验证的体内模型,且样本数量有限,可能无法完全反映人群异质性 探究钙化性主动脉瓣疾病中驱动性别依赖性纤维钙化的细胞机制 人类钙化性主动脉瓣和健康主动脉瓣组织中的瓣膜间质细胞和巨噬细胞 数字病理学 钙化性主动脉瓣疾病 单细胞转录组测序、空间转录组学、组织学分析、扫描电子显微镜、RNA原位杂交 NA 基因表达数据、组织图像 人类主动脉瓣组织样本(具体数量未在摘要中提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Chromium、10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序、10x Visium空间转录组学
1018 2026-05-31
Sex-Dependent Fibroblast Signatures in Heart Failure: Toward Stratified Anti-Fibro-Inflammatory Therapies
2026-May-28, ESC heart failure IF:3.2Q2
研究论文 研究心力衰竭中性别依赖的成纤维细胞特征,旨在分层抗纤维炎症治疗 首次揭示人类心脏成纤维细胞在心力衰竭中具有性别特异性激活模式,男性以TGF-β驱动的广泛基质重塑为主,女性以IL-1相关的靶向炎症反应为特征 样本量较小(每组6例),可能限制发现的通用性;仅分析左心室心内膜心肌活检样本,未涵盖其他心脏区域 阐明性别如何影响人类心脏成纤维细胞激活及心力衰竭中的纤维炎症反应 心力衰竭患者(LVEF<50%)和年龄匹配对照(LVEF≥50%)的左心室心内膜心肌活检样本 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 12例患者(每组6例,男性和女性各3例) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序系统
1019 2026-05-31
Targeting CCR1 remodels the tumor microenvironment and relieves immune suppression in pancreatic cancer
2026-May-28, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 该研究利用单细胞RNA测序数据发现CCR1在胰腺癌髓系细胞中高表达,通过基因敲除小鼠模型和药理抑制实验表明,靶向CCR1可重塑肿瘤微环境、缓解免疫抑制并增强免疫治疗效果 首次揭示CCR1通过调节髓系细胞和成纤维细胞促进胰腺癌免疫抑制的机制,并验证其作为联合治疗靶点的潜力 研究仅基于小鼠模型和少数人类样本数据,临床转化仍需验证 探究CCR1在胰腺癌髓系细胞介导的免疫抑制中的作用及治疗潜力 人和小鼠胰腺癌肿瘤中的髓系细胞(包括巨噬细胞和粒细胞) 机器学习 胰腺癌 单细胞RNA测序 基因工程小鼠模型(KC和KPC) 单细胞转录组数据 人类肿瘤样本和小鼠肿瘤样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
1020 2026-05-31
MambaCell: A Self-Supervised Mamba Framework for Multi-Task Cell Representation Learning
2026-May-28, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1
研究论文 提出MambaCell,一个基于双向Mamba架构的多任务自监督学习框架,用于单细胞RNA测序数据的细胞表征学习 首次将双向Mamba架构应用于单细胞表征学习,整合掩码基因建模和对比学习两个互补的自监督任务,解决了Transformer模型在长序列处理中的二次计算复杂度问题 文中未明确提及局限性,但基于Mamba架构的方法可能在处理极高维稀疏数据时仍有优化空间 开发高效、可扩展的单细胞表征学习通用框架,提升下游任务的性能并降低计算成本 单细胞RNA测序数据中的细胞表征 机器学习 NA 单细胞RNA测序 Mamba, 双向Mamba架构 单细胞转录组数据 大规模未标注数据集,具体样本量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
回到顶部