单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-08-10	MFAP4 Deficiency Attenuates Liver Fibrosis by Regulating Hepatic Stellate Cell Fate Through Inhibition of the FAK/PI3K/NFκB Signaling Pathway 2025-May-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101548 PMID:40449846	研究论文	本研究探讨了MFAP4在肝纤维化中的作用机制，发现其通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞的活化和凋亡抵抗	首次揭示了MFAP4通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞活化和凋亡抵抗的具体机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	阐明MFAP4在肝纤维化发生发展中的分子机制	肝星状细胞(HSCs)和肝纤维化小鼠模型	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞RNA测序、双免疫荧光、流式细胞术、Transwell共培养系统、Western blot、定量PCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	野生型和Mfpa4敲除小鼠，LX-2细胞系
82	2025-08-10	miR-190 is a Key Regulator in Establishing Cell Polarity and Specification in the Drosophila Nervous System 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656688 PMID:40501908	研究论文	本文发现miR-190在果蝇神经系统细胞极性和分化中起关键调控作用	首次揭示miR-190通过调控Par复合体和基底决定因子的定位来建立神经母细胞极性	研究仅限于果蝇胚胎神经母细胞，未在哺乳动物系统中验证	探究神经母细胞不对称分裂的分子调控机制	果蝇胚胎神经母细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、转录组分析、qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	NA
83	2025-08-10	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.13.638196 PMID:40027653	研究论文	研究探讨了Yap和Taz缺失对Schwann细胞和嗅觉鞘细胞（OECs）发育的不同影响，以及对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OEC和Schwann细胞发育中的不同作用，以及Hippo通路在OEC发育中的重要性	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究Yap和Taz在神经嵴衍生细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的OECs、Schwann细胞、GnRH-1神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠胚胎鼻组织
84	2025-08-10	Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16412 PMID:39589186	研究论文	比较CD30L和OX40L在特应性皮炎治疗中的潜力，发现CD30L是一个有前景的治疗靶点	首次提出CD30-CD30L轴作为特应性皮炎的治疗靶点，并与已知的OX40-OX40L轴进行比较	研究主要基于小鼠模型，人类临床效果尚需进一步验证	探索CD30L作为特应性皮炎新治疗靶点的潜力	特应性皮炎患者和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	多个特应性皮炎患者皮肤病变的scRNA-seq数据集和小鼠模型
85	2025-08-10	Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity 2025-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55611-1 PMID:39755698	研究论文	通过整合全基因组关联研究的基因组见解与成人人类大脑的单细胞转录组图谱，优先考虑了与精神分裂症、双相情感障碍和重度抑郁症以及智力、教育和神经质显著相关的特定神经元集群	将单细胞转录组学与功能MRI连接性相结合，揭示了精神分裂症遗传风险的全脑影响，并确认了中央和外侧杏仁核、海马体和前额叶皮层在区分精神分裂症病例与对照中的重要性	NA	识别精神疾病和大脑特征的关键细胞类型和脑区，以促进有针对性的神经生物学研究	精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症以及智力、教育和神经质	神经科学	精神疾病	全基因组关联研究(GWAS)、单细胞转录组学、功能MRI	NA	基因组数据、转录组数据、脑成像数据	NA
86	2025-08-10	Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance 2025-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55725-6 PMID:39755735	研究论文	研究发现胰岛素信号通过调控R2反转录转座子表达来维持跨世代的rDNA拷贝数	首次揭示胰岛素受体(InR)作为R2表达的主要抑制因子，并阐明其通过饮食调控影响rDNA拷贝数扩展的机制	研究主要基于果蝇模型，在哺乳动物中的普适性有待验证	探究生殖细胞中rDNA拷贝数维持的调控机制	果蝇(Drosophila melanogaster)雄性生殖干细胞(GSCs)	分子遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
87	2025-08-10	Comprehensive analysis of pyroptosis-related genes in psoriasis and targeted gene editing of CASP1 and CASP5 using lipid nanoparticles to alleviate skin inflammation 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1639869 PMID:40771724	研究论文	本文通过系统分析银屑病中与细胞焦亡相关基因的表达，构建了基于机器学习算法的风险评分模型，并利用CRISPR-Cas9技术通过脂质纳米颗粒靶向编辑CASP1和CASP5基因，以减轻皮肤炎症	首次系统研究了细胞焦亡在银屑病中的作用，并提出了基于CRISPR-Cas9基因编辑的新型治疗策略	研究主要基于公开数据集和动物模型，尚未进行临床验证	探究细胞焦亡相关基因在银屑病中的作用并开发新型治疗策略	银屑病患者样本和IMQ诱导的银屑病小鼠模型	数字病理学	银屑病	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析	机器学习算法	基因表达数据	公开数据集和IMQ诱导的银屑病小鼠模型
88	2025-08-10	WISP1 drives esophageal squamous cell carcinoma progression via modulation of cancer-associated fibroblasts and immune microenvironment 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586790 PMID:40771797	研究论文	本研究探讨了WISP1在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的表达及其对肿瘤微环境、免疫抑制和耐药性的影响	首次深入研究了WISP1在ESCC中的作用机制，特别是在癌症相关成纤维细胞(CAFs)中的功能及其对肿瘤微环境的影响	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明WISP1在ESCC发病机制中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	食管鳞状细胞癌(ESCC)及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	食管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、生物信息学分析、体外实验	NA	基因表达数据、临床数据	公共数据库中的ESCC样本数据
89	2025-08-10	Autonomic nervous system development-related signature as a novel predictive biomarker for immunotherapy in pan-cancers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1611890 PMID:40771813	研究论文	该研究开发了一种基于自主神经系统发育相关特征的预测模型，用于预测泛癌免疫治疗的疗效	首次提出自主神经系统发育相关特征(ANSDR.Sig)作为免疫治疗的新型预测生物标志物，并构建了基于随机森林算法的预测模型	研究结果需要在大规模临床试验中进一步验证	开发新的预测和预后生物标志物，提高免疫治疗的准确性和适用范围	泛癌患者	生物信息学	泛癌	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、批量RNA测序、RT-PCR、免疫组化(IHC)	随机森林(五种机器学习方法比较)	RNA测序数据	34个scRNA-Seq数据集和8个批量RNA-Seq数据集
90	2025-08-10	Machine learning analysis of ARVC informed by sodium channel protein-based interactome networks 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1611342 PMID:40771922	研究论文	本研究通过机器学习模型分析ARVC大鼠的scRNA-seq数据及其蛋白质相互作用网络，预测并验证了Kaempferol作为治疗ARVC的潜在化合物	整合机器学习建模与类器官验证，发现Kaempferol作为治疗ARVC的潜在先导化合物	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	识别治疗致心律失常性右室心肌病(ARVC)的新型化合物	ARVC大鼠模型及其蛋白质相互作用网络	机器学习	心血管疾病	scRNA-seq, 蛋白质相互作用网络分析, Western blotting, ELISA, MEA, Masson染色	机器学习模型	scRNA-seq数据, 蛋白质相互作用数据	ARVC大鼠模型
91	2025-08-10	Deciphering the tumor ecosystem dynamics undergoing immunochemotherapy therapy across multiple cancer types unveils the immunosuppressive role of S100A4 in fibroblasts by promoting PD-L1 expression in tumor cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1613296 PMID:40772225	研究论文	该研究通过跨癌症单细胞测序数据解析了免疫化疗期间肿瘤生态系统的动态变化，揭示了成纤维细胞中S100A4通过促进肿瘤细胞PD-L1表达发挥免疫抑制作用的机制	首次构建跨癌症类型的单细胞图谱，系统表征新辅助治疗后肿瘤细胞和微环境细胞的动态变化，发现CAFs分泌的S100A4是介导PD-L1上调的保守机制	需要在更大队列和机制研究中进一步验证	解析新辅助治疗期间肿瘤生态系统动态变化，揭示免疫抑制和治疗抵抗的关键介质	五种实体肿瘤（食管鳞癌、食管胃结合部癌、结直肠癌、宫颈癌和三阴性乳腺癌）	数字病理	多癌种	scRNA-seq, IHC, Western blot	非负矩阵分解(Meta-Programs分析)	单细胞转录组数据	五种癌症类型的scRNA-seq数据集
92	2025-08-10	Unraveling plant-microbe symbioses using single-cell and spatial transcriptomics 2024-12, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.06.008 PMID:38991926	综述	本文探讨了单细胞和空间转录组学在植物-微生物共生研究中的应用及其优势	介绍了单细胞和空间转录组学技术在揭示植物-微生物共生关系中的创新应用	当前技术在同时捕获同一细胞内植物和微生物转录本方面仍存在局限	研究植物-微生物共生的分子机制	植物与微生物的共生关系	基因组学	NA	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
93	2025-08-10	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	研究论文	研究机械张力如何通过细胞培养基质硬度影响人类原发性肺成纤维细胞的衰老标志物和分泌表型	揭示了机械力如何塑造细胞衰老及其分泌表型，特别是在肺纤维化等年龄相关疾病中	研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的机械环境	探讨物理刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型(SASP)的影响	人类原发性肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、蛋白质组数据	人类原发性肺成纤维细胞(IMR-90)在不同硬度基质上培养
94	2025-08-10	Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08008-5 PMID:39443792	研究论文	本研究通过多组学单细胞分析揭示了人类心脏疾病中免疫-成纤维细胞通讯的分子机制，并探索了针对心脏纤维化的潜在治疗方法	首次揭示了FAP/POSTN成纤维细胞在心脏纤维化中的关键作用，并通过干预IL-1β信号通路证明了其治疗潜力	研究样本量相对有限（45例），且动物模型与人类疾病的完全对应性仍需进一步验证	探索心脏纤维化的分子机制并开发针对性治疗方法	健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭的人类心脏组织	心血管疾病	心血管疾病	多组学单细胞基因表达分析、表位定位、染色质可及性分析、空间转录组学	NA	单细胞基因表达数据、表位数据、染色质可及性数据	45例人类心脏样本（健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭）
95	2025-08-10	Lost in space: what single-cell RNA sequencing cannot tell you 2024-09, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.03.010 PMID:38570278	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在植物科学研究中的应用及其局限性，特别是空间信息的丢失问题	强调了现有单细胞分析流程无法完全恢复空间信息的问题，并讨论了利用空间信息指导单细胞分析的可能性	单细胞RNA测序技术本身导致的空间信息丢失限制了其在复杂生物系统表征中的应用	探讨如何最大化单细胞RNA测序技术的潜力，特别是在保留和利用空间信息方面	植物细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、RNA原位杂交	NA	RNA测序数据	NA
96	2025-08-10	Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4 2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.08.574714 PMID:39131381	研究论文	本文研究了Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的发展	揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用，并发现其通过调节OCT4和KLF4活性影响细胞命运，为冠状动脉疾病治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，人类数据验证相对有限	探究Epsins蛋白在平滑肌细胞重编程中的作用及其与冠状动脉疾病的关系	平滑肌细胞	分子生物学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组关联研究(GWAS)	NA	基因表达数据	小鼠动脉粥样硬化斑块样本和人类冠状动脉疾病相关数据
97	2025-08-10	Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.005 PMID:38925112	研究论文	介绍了一种名为CPA-Perturb-seq的多重扰动筛选数据集，用于研究42个CPA调节因子对多聚腺苷酸化位点选择的影响	开发了CPA-Perturb-seq数据集和APARENT-Perturb深度神经网络，用于预测和解析多聚腺苷酸化位点的调控机制	未提及具体样本量或实验验证的局限性	理解多聚腺苷酸化调节蛋白如何控制多聚腺苷酸化位点的选择	42个CPA调节因子及其对多聚腺苷酸化位点选择的影响	生物信息学	NA	3' scRNA-seq	深度神经网络（APARENT-Perturb）	单细胞RNA测序数据	NA
98	2025-08-10	Harnessing spatial transcriptomics for advancing plant regeneration research 2024-07, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.02.004 PMID:38418271	研究论文	利用空间转录组学研究番茄愈伤组织中芽原基和绿色细胞等多种细胞在芽再生过程中的分子特征	展示了空间转录组学在植物生物学研究中的潜力	NA	增进对芽再生过程的理解	番茄愈伤组织中的芽原基和绿色细胞	植物生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
99	2025-08-10	Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.28.582629 PMID:38464041	研究论文	本研究揭示了胰岛素信号通过调节R2反转录转座子表达来控制跨代rDNA拷贝数维持的机制	首次发现胰岛素受体(InR)是R2表达的主要抑制因子，并揭示了饮食调控通过胰岛素通路影响rDNA拷贝数扩增的跨代表观遗传机制	研究主要基于果蝇模型，在高等生物中的普适性有待验证	探究生殖细胞中rDNA拷贝数维持的调控机制	雄性生殖干细胞(GSCs)和rDNA重复序列	分子遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
100	2025-08-10	Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity 2024-Jan-20, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.01.18.24301478 PMID:38410450	研究论文	该研究通过整合全基因组关联研究和单细胞转录组学数据，揭示了精神疾病与人类大脑细胞类型及区域的关联	利用成人脑综合图谱，首次将精神疾病的SNP遗传力富集分析从单个细胞类型扩展到脑区，并揭示了精神分裂症、双相情感障碍和重度抑郁症的特定神经元簇富集	研究依赖于人类脑图谱数据，可能受限于样本量和脑区覆盖范围	解码精神疾病的遗传基础与脑细胞类型及区域的关联	精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症等精神疾病及智力、教育程度、神经质等性状	基因组学与神经科学	精神疾病	全基因组关联研究(GWAS)、单细胞转录组学、功能磁共振成像(fMRI)	NA	基因组数据、转录组数据、脑成像数据	NA