单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-30	APOBEC3B Promotes SARS-CoV-2 Through Activation of PKR/eIF2⍺ and AMPD2 Dysregulation 2025-Aug-28, Viruses DOI:10.3390/v17091176 PMID:41012606	研究论文	本研究揭示了APOBEC3B通过激活PKR/eIF2α通路和调控AMPD2表达促进SARS-CoV-2感染的机制	首次发现A3B在严重COVID-19患者中过表达，并通过PKR/eIF2α整合应激反应和AMPD2失调双重机制促进病毒感染的分子机制	在不同细胞系中A3B的作用机制存在差异，具体分子机制细节仍需进一步阐明	探究APOBEC3B在SARS-CoV-2感染过程中的作用机制	COVID-19患者支气管肺泡灌洗液细胞、Caco-2细胞、A549-ACE2细胞	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、基因敲低	Transformer	基因表达数据	严重和轻度COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液细胞样本
82	2025-09-30	Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer 2025-Aug-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15091241 PMID:41008548	研究论文	通过转录组分析揭示卵巢癌中CD4+ T细胞和调节性T细胞的分化特征	整合七个多中心单细胞RNA-seq数据集构建元数据资源，利用BayesPrism算法进行Treg评分和患者分层，首次系统描绘CD4+ T细胞分化的两个终末状态	研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限	研究卵巢癌中肿瘤浸润T细胞的分化特征和调节性T细胞的生物学功能	卵巢癌患者肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、BayesPrism算法	NA	转录组数据	七个单细胞数据集共137,648个单细胞，五个独立批量RNA-seq队列
83	2025-09-30	TGF-β-Enriched Exosomes from Acute Myeloid Leukemia Activate Smad2/3-MMP2 and ERK1/2 Signaling to Promote Leukemic Cell Proliferation, Migration, and Immune Modulation 2025-Aug-27, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47090690 PMID:41020812	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和外泌体转录组分析，揭示急性髓系白血病来源的TGF-β富集外泌体通过激活Smad2/3-MMP2和ERK1/2信号通路促进白血病进展	首次整合单细胞转录组与外泌体分析，发现AML外泌体通过TGF-β介导的信号通路同时增强白血病侵袭性和免疫微环境重塑的双重作用机制	AML外泌体的具体功能尚未完全明确，研究样本量有限	探究急性髓系白血病来源外泌体在疾病进展中的功能机制	急性髓系白血病患者骨髓样本和外泌体	肿瘤生物学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、功能实验	NA	转录组数据、功能实验数据	AML患者和健康供者的骨髓样本
84	2025-09-30	Diagnosis of Periodontitis via Neutrophil Degranulation Signatures Identified by Integrated scRNA-Seq and Deep Learning 2025-Aug-26, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091005 PMID:41009952	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和深度学习技术，识别了与牙周炎中性粒细胞脱颗粒相关的关键生物标志物，并建立了诊断模型	首次结合单细胞RNA测序、分层加权基因共表达网络分析和卷积神经网络，识别牙周炎中致病性中性粒细胞亚群及其脱颗粒特征基因	NA	建立牙周炎的早期检测和精准干预诊断模型	人类牙龈组织和中性粒细胞亚群	数字病理	牙周炎	scRNA-seq, hdWGCNA, 伪时间轨迹分析, 细胞间通讯分析	CNN, 机器学习	基因表达数据, 免疫细胞谱数据	多个队列的牙龈组织样本
85	2025-09-30	Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.17.648995 PMID:40313919	研究论文	本研究通过分析HIV感染者黑色素瘤的临床特征和免疫微环境，揭示了其预后较差的原因	首次在HIV感染者黑色素瘤中系统分析空间免疫转录组特征，发现免疫抑制性肿瘤微环境的具体机制	样本量相对有限（空间转录组n=11，多重免疫荧光n=29），需要更大规模验证	探究HIV感染者黑色素瘤临床预后较差的免疫学机制	HIV感染者和非HIV感染者的黑色素瘤患者	数字病理学	黑色素瘤	空间免疫转录组学、多重免疫荧光	NA	电子健康记录、基因表达数据、免疫组织化学数据	1,019例HIV感染者黑色素瘤患者和373,121例非HIV感染者黑色素瘤患者的临床数据，11例肿瘤样本的空间转录组分析，29例样本的多重免疫荧光验证
86	2025-09-30	Enhanced M2 Polarization of Retinal Microglia in Streptozotocin-Induced Diabetic Mice upon Autoimmune Stimulation 2025-Aug-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092049 PMID:41007615	研究论文	本研究探讨糖尿病环境对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎发展的影响及视网膜小胶质细胞的活化状态	首次通过单细胞RNA测序揭示糖尿病环境中视网膜小胶质细胞向抗炎M2表型极化的现象	研究仅使用链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型，未验证其他糖尿病模型	研究糖尿病环境对自身免疫性疾病发展和免疫细胞极化的影响	野生型和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学、眼底检查、光学相干断层扫描	NA	基因表达数据、细胞计数数据、影像数据	野生型和糖尿病小鼠模型
87	2025-09-30	Sex-related variations in liver homeostasis and disease: From zonation dynamics to clinical implications 2025-Aug-20, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.08.007 PMID:40846185	综述	本文探讨肝脏在性别差异方面的表现，包括结构、代谢功能和疾病易感性的不同，以及分区异质性的影响	整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学等新技术，揭示与肝脏功能空间异质性一致的性别特异性基因和蛋白表达差异	NA	研究肝脏性别二态性的生物学基础及其对疾病易感性和进展的影响	人类肝脏组织及其分区（汇管区和中央静脉区）	数字病理	肝脏疾病	单细胞RNA测序、空间蛋白质组学、数字孪生模型	数字孪生模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	NA
88	2025-09-30	Single-cell transcriptomics identifies an increased Ly6G- neutrophil population and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs 2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638715 PMID:40027777	研究论文	通过单细胞转录组学分析电子烟暴露小鼠肺部的免疫细胞变化	首次在单细胞水平揭示烟草口味电子烟引起Ly6G-中性粒细胞群体增加和T细胞毒性增强的性别特异性免疫反应	样本量较小（每组每性别n=2），仅研究急性暴露效应	确定 flavored e-cig暴露后肺部的免疫景观变化	C57BL/6J小鼠肺部细胞	免疫学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术, 免疫荧光染色	NA	基因表达数据, 细胞计数数据, 细胞因子/趋化因子数据	71,725个细胞，来自对照组和处理组（每组每性别2只小鼠）
89	2025-09-30	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	提出DeepSAS框架，利用深度图表示学习从单细胞RNA-seq数据中解析衰老细胞的异质性及其相关基因	开发了首个基于深度图表示学习的本征-hoc框架，能够从单细胞数据中识别稳健且具有生物学基础的衰老表型	NA	表征衰老细胞并识别相应的衰老相关基因，以增进对衰老和年龄相关疾病的理解	健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集中的衰老细胞	生物信息学	年龄相关疾病	单细胞RNA-seq，Xenium空间转录组学	深度图表示学习	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	健康眼细胞图谱和内部特发性肺纤维化数据集
90	2025-09-30	cp_measure: API-first feature extraction for image-based profiling workflows 2025-Jul-01, ArXiv PMID:41019218	研究论文	介绍cp_measure这一Python库，将CellProfiler的核心测量功能模块化为API优先的工具，用于程序化特征提取	将CellProfiler的特征提取能力转化为模块化API优先工具，实现与Python生态系统的无缝集成	NA	开发适用于机器学习工作流的自动化、可重复图像分析工具	生物图像中的细胞特征	计算生物学	NA	图像分析、特征提取	NA	图像	NA
91	2025-09-30	[Application progress of single-cell RNA sequencing technology in breast development and related diseases] 2025-Jun-28, Zhong nan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Central South University. Medical sciences DOI:10.11817/j.issn.1672-7347.2025.250039 PMID:41015567	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺发育及相关疾病研究中的应用进展	利用scRNA-seq技术解析乳腺细胞异质性，构建高精度细胞图谱，揭示细胞命运决定和肿瘤异质性的分子基础	NA	揭示乳腺发育及相关疾病的分子机制	乳腺细胞及其发育过程	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	NA
92	2025-09-30	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	研究论文	本研究揭示了前庭毛细胞动纤毛具有初级纤毛和运动纤毛的双重分子特征	首次发现前庭动纤毛同时具备初级纤毛和运动纤毛的分子特征，并证实其具有自主运动能力	NA	阐明前庭动纤毛的结构、分子组成和功能特性	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	成年前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼和人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞
93	2025-09-30	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2025-Jun-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.05.004 PMID:40449485	研究论文	本研究通过筛选单克隆抗体库，揭示了抗体Fab和Fc区域在限制结核分枝杆菌感染中的协同作用机制	首次系统证明抗体Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的作用，并通过单细胞转录组学发现中性粒细胞早期激活是抗体介导限制的关键特征	研究主要在小鼠模型中进行，人类临床意义需要进一步验证	探究抗体介导的结核分枝杆菌限制机制	结核分枝杆菌和单克隆抗体	免疫学	结核病	单细胞转录组学、单克隆抗体筛选、Fc变异体构建	NA	基因表达数据、体内实验数据	小鼠模型中的单克隆抗体库筛选
94	2025-09-30	Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653262 PMID:40661452	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序研究慢性髓系白血病中微观和宏观状态的演化过程	建立理论框架解释离散疾病表型为何在单细胞尺度隐藏而在聚合宏观水平显现，并利用状态转换理论揭示细胞类型特异性贡献如何调控疾病表型状态转换	NA	探索单细胞与批量转录组学中编码的癌症特异性信息内容，解析离散疾病定义状态如何从固有噪声的单细胞数据中产生	慢性髓系白血病（CML）进展过程	单细胞测序分析	慢性髓系白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	状态转换理论	单细胞转录组数据	NA
95	2025-09-30	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.04.652093 PMID:40654944	研究论文	通过时空图谱分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制	首次整合单核基因组学和空间转录组学技术，在细胞类型和脑区特异性分辨率下系统解析热量限制的抗衰老机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证；样本量相对有限（36个小鼠大脑）	阐明热量限制对大脑衰老的分子和细胞机制	小鼠大脑组织	基因组学	神经退行性疾病	单核基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据、空间转录组数据	36个小鼠大脑（超过50万个细胞）和12个脑切片
96	2025-09-30	p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637463 PMID:39990386	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了p63在釉质器官发育中调控Krt8向Krt5过渡的机制	首次发现p63在釉质器官发育中借用皮肤发育的Krt8-to-Krt5过渡机制，通过染色质景观重塑调控细胞分化	研究仅基于小鼠切牙模型，早期p63敲除小鼠的发育停滞限制了对其完整功能的解析	阐明p63在釉质器官细胞类型分化中的具体作用机制	小鼠切牙釉质器官上皮细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、轨迹重建、比较转录组分析、染色质可及性分析	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	小鼠切牙样本
97	2025-09-30	3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	利用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织结构	首次提供嗅球的全面分子图谱，揭示嗅觉上皮基因表达程序如何指导嗅球分子结构的形成	研究仅限于小鼠模型，未验证其他物种的适用性	探索脊椎大脑对称性组织原则在分子和细胞水平的具体表现	小鼠嗅球及其中的肾小球、僧帽细胞和颗粒细胞	空间转录组学	NA	3D空间转录组学	NA	空间基因表达数据	近一千个分子特征不同的肾小球结构
98	2025-09-30	Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647286 PMID:40291684	研究论文	本研究揭示了阴道黏膜组织中NK细胞在抗病原体反应和组织保护之间的平衡功能	首次发现阴道组织NK细胞具有独特的效应和组织保护双重功能，并在稳态和感染状态下表现出不同的功能特征	NA	探索黏膜组织NK细胞在病原体防御和组织保护中的平衡机制	人类和小鼠阴道组织中的NK细胞	免疫学	疱疹病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高参数流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	人类阴道组织样本和小鼠模型
99	2025-09-30	Multi-omics analysis of parthanatos related molecular subgroup and prognostic model development in stomach adenocarcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0332988 PMID:41004487	研究论文	通过多组学分析揭示胃腺癌中parthanatos相关分子亚型并开发预后模型	首次系统研究parthanatos相关基因在胃腺癌中的作用，发现新的分子亚型并建立基于机器学习的预后标志物	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索parthanatos相关基因在胃腺癌中的分子特征和临床意义	胃腺癌患者和细胞系	生物信息学	胃腺癌	多组学分析、转录组测序、单细胞RNA测序、Western blot、集落形成、CCK-8、Transwell实验	机器学习算法	转录组数据、基因组数据、临床数据	公共数据库中的胃腺癌样本（具体数量未明确说明）
100	2025-09-30	Integration of Single-Cell RNA and Bulk RNA Sequencing Reveals Cellular Heterogeneity and Identifies Survival-Associated Regulatory Networks in Glioblastoma 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70025 PMID:40804738	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示胶质母细胞瘤的细胞异质性并识别与生存相关的调控网络	首次结合单细胞和批量转录组数据识别生存相关细胞状态，发现由超级增强子调控的基因网络可预测患者生存和免疫治疗反应	NA	探索胶质母细胞瘤中细胞异质性和超级增强子驱动调控网络的临床意义	胶质母细胞瘤患者样本	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, CellChat分析, Scissor算法, WGCNA分析	NA	RNA测序数据	NA