单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-30	Single-cell-scale spatial transcriptome of the developing and adult mouse ovary 2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.16.676655 PMID:41000831	研究论文	本研究利用空间转录组技术构建了小鼠卵巢发育过程中的单细胞尺度空间基因表达图谱	首次在保持卵巢原生细胞结构的前提下，通过10X Genomics Visium HD空间转录组技术实现了卵巢发育过程中近单细胞分辨率的空间基因表达分析	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物卵巢	解析哺乳动物卵巢发育过程中的空间转录组特征及其调控机制	发育期和成年期小鼠卵巢组织	空间转录组学	生殖系统疾病	10X Genomics Visium HD空间转录组技术	NA	空间转录组数据	8个关键胎儿期和出生后时间点的卵巢样本
62	2025-09-30	Downregulation of heat shock protein 90 alpha family class A member 1 inhibits necroptosis in cardiac microvascular endothelial cells and alleviates sepsis-induced cardiomyopathy 2025-Sep-16, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114757 PMID:40967330	研究论文	本研究探讨HSP90AA1下调通过抑制心脏微血管内皮细胞坏死性凋亡并下调NF-κB信号通路缓解脓毒症诱导心肌病的作用机制	首次通过单细胞RNA测序发现Hsp90aa1+毛细血管内皮细胞在SIC中显著增加，并证实Hsp90aa1通过调控NF-κB信号通路影响心肌细胞坏死性凋亡	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究	探究Hsp90AA1对小鼠心脏微血管内皮细胞功能和坏死性凋亡的影响及其在脓毒症诱导心肌病病理过程中的作用机制	小鼠心脏微血管内皮细胞和脓毒症诱导心肌病小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、酶联免疫吸附测定、经胸超声心动图	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能实验数据	小鼠模型和体外细胞模型
63	2025-09-30	Single-Cell Transcriptomics in Inherited Retinal Dystrophies: Current Findings and Emerging Perspectives 2025-Sep-16, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091088 PMID:41010033	综述	本文综述了单细胞转录组学在遗传性视网膜营养不良研究中的应用现状与前景	通过单细胞RNA测序技术揭示传统批量RNA测序无法捕捉的特定细胞簇在疾病进展中的基因表达变化	作为综述文章，未涉及原始实验数据收集和分析	探讨单细胞转录组学技术如何增强对遗传性视网膜营养不良疾病机制的理解并促进新治疗靶点的发现	遗传性视网膜营养不良疾病中的视网膜细胞	数字病理学	遗传性视网膜营养不良	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
64	2025-09-30	Investigating Germ Cell Transition Genes in Breast Cancer: Exploring the Genesis of Cancer Testis-Associated Markers 2025-Sep-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26188958 PMID:41009526	研究论文	本研究探讨乳腺癌中与男性生殖细胞发育相关基因的表达特征及其在肿瘤发生中的作用	首次系统识别乳腺癌中与胎儿原始生殖细胞相关的过度表达基因，并通过单细胞RNA测序揭示肿瘤异质性	样本量较小（28个肿瘤样本），且主要基于已有数据集的分析	探索乳腺癌中生殖细胞相关基因的表达模式及其在肿瘤发生中的潜在机制	乳腺癌组织样本及其中的细胞群体	癌症生物学	乳腺癌	定量RT-PCR, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据, 单细胞转录组数据	28个乳腺癌组织样本
65	2025-09-30	Rat Glioma 101.8 Tissue Strain: Molecular and Morphological Features 2025-Sep-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26188992 PMID:41009560	研究论文	本研究通过多组学方法表征了大鼠胶质瘤101.8组织移植株的分子和形态特征	首次系统表征大鼠胶质瘤101.8组织移植株的细胞组成和遗传特征，为神经肿瘤研究提供新型动物模型	研究基于动物模型，与人类肿瘤存在物种差异；样本来源单一	开发适用于精准治疗研究的代表性中枢神经系统肿瘤模型	大鼠胶质瘤101.8组织移植株及其微环境	数字病理	胶质瘤	MRI, IHC, scRNA-seq, qPCR-RT	动物肿瘤模型	图像, 分子数据	一种大鼠胶质瘤组织移植株（101.8品系）
66	2025-09-30	Development and Validation of a Centrosome Amplification-Related Prognostic Model in Pancreatic Cancer: Multi-Omics Guided Risk Stratification and Tumor Microenvironment 2025-Sep-12, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17182983 PMID:41008826	研究论文	本研究开发并验证了一个胰腺癌中心体扩增相关预后模型，通过多组学分析揭示其在肿瘤微环境重塑和治疗抵抗中的作用机制	首次系统整合多组学数据构建胰腺癌中心体扩增预后模型，结合单细胞测序和空间转录组学解析其时空动态特征	研究样本量有限，需要更大规模的前瞻性队列验证模型的临床适用性	探索中心体扩增在胰腺癌发生发展中的分子机制并建立预后预测模型	胰腺腺癌患者组织样本和相关的基因组学数据	数字病理学	胰腺癌	多组学分析、单细胞测序、空间转录组学、PCR验证	Cox回归模型、LASSO回归	基因组数据、转录组数据、临床数据	TCGA和GEO数据库的胰腺癌样本，具体数量未明确说明
67	2025-09-30	Dual Therapeutic Impact of AXL Inhibitor AB-329: Chemotherapy Sensitization and Immune Microenvironment Reprogramming in TNBC 2025-Sep-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26188896 PMID:41009462	研究论文	本研究评估AXL抑制剂AB-329在三阴性乳腺癌中的双重治疗作用：化疗增敏和免疫微环境重编程	首次揭示AXL抑制剂AB-329兼具化疗增敏和免疫微环境调控的双重功能，特别是在与紫杉醇联用时显著增强抗肿瘤效果	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	评估AXL抑制剂AB-329在三阴性乳腺癌中的抗肿瘤疗效和免疫调节潜力	三阴性乳腺癌临床前模型，包括小鼠同种移植模型和人源化小鼠模型	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌	转录组分析，单细胞RNA测序	临床前动物模型	基因表达数据，免疫细胞浸润数据	未明确具体样本数量，涉及小鼠模型和人类乳腺癌组织分析
68	2025-09-30	Single-Cell and Spatial Transcriptomics-Based Research Reveals Association Between M2a Macrophages and Tumor Spread through Air Spaces in Lung Adenocarcinoma 2025-Sep-12, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.07.017 PMID:40946801	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术探讨M2a巨噬细胞与肺腺癌气腔播散的关系	创新性地结合单细胞RNA测序与数字空间分析空间转录组学技术研究STAS的空间特征	NA	探索肿瘤相关巨噬细胞影响肺腺癌气腔播散发生发展的机制	肺腺癌患者组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、数字空间分析空间转录组学测序	NA	空间转录组数据、单细胞测序数据	NA
69	2025-09-30	Identification of Key Genes Related to Both Lipid Metabolism Disorders and Inflammation in MAFLD 2025-Sep-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092211 PMID:41007773	研究论文	本研究通过整合分析识别了与MAFLD脂质代谢紊乱和炎症相关的关键基因	首次通过整合脂质代谢和炎症相关基因的机器学习分析，识别出FADS1、FADS2、GLB1和PNPLA3四个关键基因，并验证了它们在MAFLD中的重要作用	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证这些基因的功能机制	识别与代谢相关脂肪肝病中脂质代谢紊乱和炎症相关的关键基因	MAFLD患者和MAFLD小鼠模型	生物信息学	代谢相关脂肪肝病	机器学习、单细胞RNA测序、实时PCR	机器学习模型	基因表达数据	使用GSE135251和GSE89632数据集进行训练和验证，以及GSE186328单细胞测序数据集
70	2025-09-30	Cancer Growth and Invasion Are Increased in the Tight Skin (TSK) Mouse 2025-Sep-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17182943 PMID:41008788	研究论文	本研究通过比较TSK小鼠与野生型小鼠的肿瘤形成能力，揭示了TSK小鼠微环境促进癌症进展的机制	首次探索TSK小鼠作为癌症研究模型的潜力，发现其微环境能显著促进多种癌症的侵袭性生长	研究仅使用小鼠模型，结果向人类疾病的转化需要进一步验证	研究系统性硬化症微环境对癌症进展的影响机制	TSK小鼠和野生型小鼠，使用乳腺癌、黑色素瘤和卵巢癌细胞系	癌症生物学	系统性硬化症	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	基因表达数据	使用三种癌症细胞系在TSK和WT小鼠中进行皮下和腹腔内移植实验
71	2025-09-30	Heterogeneity of Tertiary Lymphoid Structures and Plasma Cells in PDAC with and Without Lymph Node Metastasis 2025-Sep-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17182949 PMID:41008793	研究论文	本研究通过多色免疫荧光和AI图像分析探讨PDAC中三级淋巴结构与浆细胞的异质性及其与淋巴结转移的关系	发现N0 PDAC中存在IgG浆细胞相关免疫热点，并首次提出IgG浆细胞与最近IgG肿瘤细胞间距离可作为新的预后标志物	三级淋巴结构形成机制及其对抗肿瘤体液免疫应答的具体贡献仍需进一步研究	探究PDAC中三级淋巴结构和浆细胞的异质性及其与淋巴结转移状态的关系	胰腺导管腺癌(PDAC)患者组织样本	数字病理学	胰腺癌	多色免疫荧光染色、AI病理图像分析、单细胞RNA测序、TCGA数据库分析	AI图像分析软件	病理图像、基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集和TCGA-PAAD数据库中的PDAC样本
72	2025-09-30	Decoding the Tumor Microenvironment: Insights and New Targets from Single-Cell Sequencing and Spatial Transcriptomics 2025-Sep-09, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47090730 PMID:41020852	综述	探讨单细胞测序和空间转录组学技术在解析肿瘤微环境中的应用与进展	整合单细胞测序与空间转录组学技术，以单细胞分辨率揭示肿瘤微环境的异质性和空间动态	NA	通过先进技术提升对肿瘤微环境中信号通路和细胞相互作用的理解	肿瘤微环境中的细胞组成、信号通路和空间结构	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间定位数据	NA
73	2025-09-30	Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture 2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626 PMID:40907663	研究论文	本研究利用三维肝脏切片模型探究IL-4通过细胞重编程促进肝脏再生的机制	首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的三维培养系统中证实IL-4的促再生作用，并揭示其调控髓系细胞和肝祖细胞的分子机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探究IL-4在肝脏细胞重编程和再生过程中的作用机制	小鼠精密肝脏切片（PCLS）模型，包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏	细胞生物学	肝脏疾病	单核RNA测序、免疫组织化学染色、ATP检测	三维组织培养系统	转录组数据、蛋白质表达数据	8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片，培养时间长达5天
74	2025-09-30	Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells 2025-Sep-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf205 PMID:40828965	研究论文	基于泛基因组图谱平台分析全球牛群中结构变异对种群结构和表型形成的影响	首次在牛群中系统评估结构变异的作用，发现约40.14%的结构变异未被邻近SNP标记，并鉴定出一个作为IGFBP7基因增强子的独特结构变异	研究样本仅包含2,409个个体，可能无法完全代表全球所有牛种群的遗传多样性	探究结构变异在牛群遗传多样性和表型形成中的关键作用	全球82个品种的2,409头牛	基因组学	NA	泛基因组分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	2,409个个体，来自82个牛品种
75	2025-09-30	Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE) 2025-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475 PMID:40971965	研究论文	开发了一种名为MouSSE的新方法，用于在小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中估计细胞因子活性	提出了首个专门针对小鼠数据的单细胞水平细胞因子活性预测方法，采用支持正负基因权重的改进版VAM技术	NA	开发准确估计小鼠单细胞转录组数据中细胞因子活性的计算方法	小鼠单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	自身免疫疾病、癌症、感染反应	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因集评分方法	改进的方差调整马氏距离技术	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	NA
76	2025-09-30	Safety and Anti-Inflammatory Effects of Engineered Extracellular Vesicles (ILB-202) for NF-κB Inhibition: A Double-Blind, Randomized, Placebo-Controlled Phase 1 Trial 2025-Sep, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70141 PMID:41002119	研究论文	评估工程化细胞外囊泡ILB-202在健康志愿者中的安全性及抑制NF-κB的初步抗炎效果	首次使用工程化细胞外囊泡作为NF-κB抑制剂进行临床试验，避免了传统抑制剂导致的广泛免疫抑制	单中心研究，样本量较小，仅评估短期安全性	评估ILB-202在健康志愿者中的安全性、耐受性和初步药效学效应	18名健康志愿者	细胞治疗	炎症性疾病	单细胞RNA测序	NA	临床数据、实验室参数、单细胞RNA测序数据	18名健康志愿者
77	2025-09-30	Tensor-cell2cell v2 unravels coordinated dynamics of protein- and metabolite-mediated cell-cell communication 2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.11.02.514917 PMID:40950142	研究论文	介绍Tensor-cell2cell v2计算工具，用于联合分析蛋白质和代谢物介导的细胞间通讯动态变化	首次通过耦合张量分量分析同时分析蛋白质和代谢物介导的细胞通讯，保留各模态独立性和数据结构	NA	开发能解析多种配体类型协调动态的细胞通讯分析工具	脑类器官发育过程中的细胞间通讯	生物信息学	NA	单细胞转录组学，耦合张量分量分析	张量分解模型	单细胞转录组数据	NA
78	2025-09-30	Single-dose cathepsin L CRISPR nanotherapy mitigates PASC-like lung damage in hamsters 2025-Sep, Nano research IF:9.5Q1 DOI:10.26599/NR.2025.94907695 PMID:41019839	研究论文	开发了一种靶向组织蛋白酶L的单剂量CRISPR纳米疗法，可减轻仓鼠的COVID-19长期肺损伤	首次将CRISPR-CasRx纳米疗法应用于PASC治疗，具有病毒抑制和促进肺泡上皮修复的双重机制	目前仅在叙利亚仓鼠模型中进行验证，尚未开展人体临床试验	开发针对COVID-19长期肺部后遗症(PASC)的特异性治疗方法	叙利亚仓鼠模型	基因治疗	COVID-19后遗症	CRISPR-CasRx基因编辑技术、单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据、病理学数据	叙利亚仓鼠实验模型
79	2025-09-30	CX3CR1-TLR4 Axis as a Shared Neuroimmune Target in COVID-19 and Epilepsy: Integrative Transcriptomics and Gabapentin Repositioning 2025-Aug-31, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092133 PMID:41007696	研究论文	本研究通过整合转录组学分析发现COVID-19和癫痫存在共享的CX3CR1-TLR4-NF-κB神经免疫轴，并提出加巴喷丁作为潜在的双重作用免疫调节剂	首次揭示COVID-19与癫痫之间的共享免疫炎症机制，发现加巴喷丁具有未被充分认识的免疫调节作用	研究基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证	探索COVID-19和癫痫的共享免疫基因组机制并识别潜在的药物重定位候选药物	COVID-19患者外周血单核细胞和颞叶癫痫伴海马硬化患者的海马组织	生物信息学	COVID-19和癫痫	单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq、GO/KEGG富集分析、PPI网络分析、LINCS L1000数据库	NA	转录组数据	来自GSE149689和GSE256068公共数据库的样本数据
80	2025-09-30	Bulk and Single-Cell Transcriptomes Reveal Exhausted Signature in Prognosis of Hepatocellular Carcinoma 2025-Aug-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091034 PMID:41009979	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中T细胞耗竭特征的预后价值	首次结合单细胞和批量转录组数据系统分析肝细胞癌中的T细胞耗竭特征，并建立了26基因预后标志物	NA	研究肝细胞癌中T细胞耗竭相关的转录特征及其预后意义	肝细胞癌患者样本	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(RNA-seq)	LASSO回归分析, Cox回归分析	基因表达数据	NA