单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-10	Cancer stem cells: landscape, challenges and emerging therapeutic innovations 2025-Aug-05, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02360-2 PMID:40759634	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）的特性、挑战及新兴治疗策略	探讨了单细胞测序、空间转录组学和多组学整合在理解CSCs异质性和代谢适应性方面的最新进展，并提出了双代谢抑制、合成生物学干预和免疫治疗等新兴策略	缺乏普遍可靠的CSCs生物标志物，以及在不影响正常干细胞的情况下靶向CSCs的挑战	探索癌症干细胞的生物学特性及其在肿瘤治疗中的挑战与创新策略	癌症干细胞（CSCs）	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序、空间转录组学、多组学整合、3D类器官模型、CRISPR功能筛选、AI驱动的多组学分析	NA	NA	NA
42	2025-08-10	Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology 2025-Aug-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62593-1 PMID:40764306	research paper	介绍了一个名为Thor的综合平台，用于细胞级别的空间转录组学和组织学图像分析	Thor平台采用抗收缩Markov扩散方法从spot-level数据推断单细胞空间转录组，有效结合基因表达和细胞形态	未提及具体的技术限制或样本量限制	开发一个能够整合空间转录组学和组织学图像分析的综合平台	空间转录组学数据和组织学图像	digital pathology	heart failure, breast cancer	spatial transcriptomics (ISH, MERFISH, Xenium, Stereo-seq), Visium HD	anti-shrinking Markov diffusion method	spatial transcriptomics data, histological images	模拟数据和多个空间平台数据（未提供具体样本数量）
43	2025-08-10	Role of T cell exhaustion and tissue-resident memory T cells in the expression and prognosis of colorectal cancer 2025-Aug-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14409-x PMID:40764738	研究论文	探讨T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌表达和预后中的作用	首次通过单细胞测序数据分析了结直肠癌患者T细胞亚型的免疫景观，并揭示了Tex和pf-Trm细胞在不同临床阶段的功能差异及其预后意义	研究依赖于单细胞测序和流式细胞术数据，样本量可能有限，且未涉及其他潜在影响因素	研究T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌中的表达及其对预后的影响	结直肠癌患者的T细胞亚型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序、流式细胞术	NA	单细胞测序数据、流式细胞术数据、TCGA数据	结直肠癌患者的临床队列数据
44	2025-08-10	Epithelial characteristics of ovarian clear cell carcinoma at single-cell resolution 2025-Aug-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08617-4 PMID:40764744	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究卵巢透明细胞癌(OCCC)中恶性上皮细胞的特性及其分子特征	首次在单细胞分辨率下描绘OCCC相关的转录景观，并鉴定出与OCCC相关的173个候选因子及6个关键转录因子	样本来源可能有限，未涵盖所有OCCC亚型	探究OCCC中恶性上皮细胞的分子特征及其在癌症发生和复发中的作用	正常卵巢、卵巢子宫内膜异位症、原发性OCCC和复发性OCCC组织中的上皮细胞	癌症研究	卵巢透明细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及正常卵巢、卵巢子宫内膜异位症、OCCC原发和复发组织
45	2025-08-10	SGLT2 inhibitors and cardiac fibrosis: A comprehensive review 2025-Aug-05, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103149 PMID:40769233	综述	本文全面综述了SGLT2抑制剂在心脏纤维化中的作用及其机制	总结了SGLT2抑制剂在非糖尿病环境中的抗纤维化作用及其超越血糖和血流动力学效益的机制	主要心血管结局试验中纤维化特异性终点不足，缺乏人体组织学验证	探讨SGLT2抑制剂在心脏纤维化中的作用及其临床应用潜力	SGLT2抑制剂对心脏纤维化的影响	心血管疾病	心血管疾病	心脏磁共振评估、血清胶原生物标志物检测	NA	临床数据、实验模型数据	NA
46	2025-08-10	The spatial landscape of glial pathology and T cell response in Parkinson's disease substantia nigra 2025-Aug-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62478-3 PMID:40759663	研究论文	本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和T细胞受体测序技术，分析了帕金森病患者脑组织中T细胞和胶质细胞的状态	揭示了帕金森病黑质中CD8+ T细胞的克隆扩增及其与CD44+星形胶质细胞的空间相关性，提出了CD44作为潜在治疗靶点	研究基于死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的病理过程	探究帕金森病中适应性免疫反应的特性及其在神经退行性变中的作用	帕金森病患者死后脑组织中的T细胞和胶质细胞	神经科学	帕金森病	单核RNA测序、空间转录组学、T细胞受体测序	NA	RNA序列数据	帕金森病患者死后脑组织样本
47	2025-08-10	Comprehensive analysis of the PLXNA3 gene on prognosis and immune characteristics in breast cancer 2025-Aug-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13843-1 PMID:40760011	研究论文	本文通过RNA测序和生存分析，探讨了PLXNA3基因在乳腺癌中的预后和免疫特征	首次全面分析了PLXNA3基因在乳腺癌中的生物学意义及其与免疫特征的关联	研究主要基于体外实验和测序数据，缺乏体内实验验证	探索PLXNA3基因在乳腺癌预后和免疫治疗反应中的作用	乳腺癌细胞和肿瘤免疫微环境	癌症研究	乳腺癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
48	2025-08-10	OmniCellAgent: Towards AI Co-Scientists for Scientific Discovery in Precision Medicine 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667797 PMID:40766492	研究论文	本文介绍了一种新型的代理AI模型OmniCellAgent，旨在通过整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具、累积的生物医学知识和文献搜索，促进精准医学中的自主科学发现	开发了首个专门设计的代理AI模型OmniCellAgent，能够系统整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具、生物医学知识和文献搜索，为非计算专家用户提供专家级的生物医学研究能力	未提及具体的性能评估或与其他方法的比较结果	促进精准医学中的自主科学发现	非计算专家用户（如患者、家庭成员、临床医生和湿实验室研究人员）	精准医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	代理AI模型（OmniCellAgent）	单细胞RNA测序数据	NA
49	2025-08-10	PTEN restrains SHH medulloblastma growth through cell autonomous and nonautonomous mechanisms 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667996 PMID:40766638	研究论文	该研究探讨了PTEN基因通过细胞自主和非自主机制抑制SHH髓母细胞瘤生长的作用	揭示了PTEN缺失在SHH-MB亚型肿瘤中的双重作用机制，包括细胞自主增殖调控和非自主的巨噬细胞浸润变化	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明PTEN基因在SHH信号通路激活的髓母细胞瘤中的调控机制	SHH亚型髓母细胞瘤小鼠模型和小脑颗粒细胞前体细胞(GCPs)	肿瘤生物学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用两种SHH-MB小鼠模型进行研究
50	2025-08-10	Adverse prognosis gene expression patterns in metastatic castration-resistant prostate cancer 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70001 PMID:39985777	研究论文	研究探讨了转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)中不良预后基因表达模式及其与临床结果的关联	首次全面分析了mCRPC中预后相关基因表达通路，并确定了五个关键通路簇，揭示了AR信号丢失、高增殖和糖酵解表型作为不良预后通路	生存数据仅来自272名患者，样本量相对有限	探索mCRPC中基因表达通路与临床预后的关系	1012个mCRPC组织样本(来自769名患者)	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, 基因集变异分析	NA	基因表达数据	1012个组织样本(来自769名患者)，其中272名患者有生存数据
51	2025-08-10	Elucidating prognostic significance of purine metabolism in colorectal cancer through integrating data from transcriptomic, immunohistochemical, and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70010 PMID:40017120	研究论文	本研究通过整合转录组、免疫组化和单细胞RNA测序数据，探讨嘌呤代谢在结直肠癌中的预后意义	首次通过免疫组化验证嘌呤代谢作为结直肠癌预后标志物的临床相关性，并发现五个嘌呤代谢相关基因的低表达与不良预后相关	嘌呤代谢反应的可逆性可能影响标志物的稳定性	评估嘌呤代谢在结直肠癌中的临床预后价值	结直肠癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	结直肠癌	转录组分析、免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、免疫组化图像、单细胞RNA测序数据	结直肠癌患者亚群（包括TP53野生型、TP53突变型和微卫星稳定表型患者）
52	2025-08-10	Exploration of heterogeneity and recurrence signatures in hepatocellular carcinoma 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70012 PMID:40018995	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，探索了肝细胞癌的异质性和复发特征，并开发了一个复发肿瘤细胞相关风险评分模型	揭示了复发HCC中恶性细胞与免疫细胞的相互作用机制，并开发了一个新的术后复发预后模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究肝细胞癌的异质性和复发特征，以设计更有效的抗癌疗法	肝细胞癌（HCC）的原发性和早期复发性肿瘤	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序，RT-qPCR，机器学习	机器学习模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括原发性和早期复发性HCC样本
53	2025-08-10	Time, the final frontier 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70025 PMID:40126098	research paper	本文主张将时间动态整合到癌症研究中，强调从传统的终点实验转向数据驱动的连续方法	提出将时间动态纳入癌症研究，开发先进的活体成像技术、创新的时间组学方法和新型计算工具	时间维度在肿瘤研究中的探索仍然不足	推动癌症研究中时间动态的整合	肿瘤及其微环境	digital pathology	cancer	live imaging, temporal omics	NA	omics data, imaging data	NA
54	2025-08-10	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域特化的分子机制	首次结合MERFISH技术和深度学习核分割，在空间单细胞分辨率水平构建人类胎儿皮层发育图谱，发现皮层区域特化的两种不同模式	研究仅关注胎儿发育阶段，未涉及出生后皮层发育过程	解析人类大脑皮层分层和区域特化的分子机制	人类胎儿大脑皮层	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交）、单核RNA测序	深度学习核分割	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	超过1800万个单细胞，涵盖7个发育时间点的8个皮层区域
55	2025-08-10	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体（TAUT）轴在促进白血病干细胞（LSCs）生长和白血病发生中的关键作用	首次发现骨髓基质细胞中的牛磺酸生物合成通过TAUT轴促进白血病干细胞的糖酵解和生长，为白血病治疗提供了新的靶点	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索白血病干细胞与骨髓微环境相互作用的分子机制	白血病干细胞（LSCs）和骨髓基质细胞	肿瘤微环境	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	RNA-seq数据、CRISPR筛选数据	患者来源的急性髓系白血病（AML）细胞和小鼠模型
56	2025-08-10	Human CD4+ T cells regulate peripheral immune responses in rheumatoid arthritis via insulin-like growth factor-like family member 2 2025-Aug, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adr3838 PMID:40749037	研究论文	本文揭示了人类CD4+ T细胞通过胰岛素样生长因子样家族成员2（IGFL2）在类风湿性关节炎（RA）中调节外周免疫反应的机制	首次发现IGFL2在人类T细胞中的特异性表达及其在RA发病机制中的作用，提出IGFL2作为RA疾病严重程度的潜在生物标志物	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，需要进一步的体内实验验证	阐明人类CD4+ T细胞在自身免疫性疾病中的免疫调节机制	类风湿性关节炎患者的CD4+ T细胞和单核细胞	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因敲除	NA	RNA测序数据, 蛋白质水平数据	血清阳性类风湿性关节炎患者的滑膜组织
57	2025-08-10	A molecular cell atlas of mouse lemur, an emerging model primate 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09113-9 PMID:40739356	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术创建了小鼠狐猴的转录组图谱，定义了超过750种分子细胞类型及其基因表达谱	首次系统地描述了小鼠狐猴的细胞和分子生物学特征，并比较了其与人类、小鼠和猕猴的转录组差异	研究仅基于4个供体的样本，样本量相对较小	为研究这一新兴灵长类模型提供细胞和分子基础	小鼠狐猴的27个器官中的226,000个细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（droplet-based和plate-based）	NA	转录组数据	4个供体的27个器官中的226,000个细胞
58	2025-08-10	Unravelling Osteoporosis: Key Genes and Potential Therapies 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70759 PMID:40764749	研究论文	通过孟德尔随机化和多组学分析，识别与骨质疏松症相关的关键基因及其潜在治疗靶点	首次利用孟德尔随机化结合GWAS数据鉴定出FMO4、PSMA4和VEGFA三个骨质疏松症相关基因，并系统解析其分子机制与免疫微环境调控网络	研究基于欧洲人群（FinnGen联盟）数据，结论在其他种族的普适性需进一步验证	发现骨质疏松症的新型治疗靶点并解析其分子机制	骨质疏松症患者遗传数据与免疫微环境	生物医学	骨质疏松症	孟德尔随机化(MR)、GWAS、scRNA-seq、免疫浸润分析、基因集富集分析	NA	基因组数据、转录组数据	FinnGen联盟GWAS数据集（具体样本量未明确说明）
59	2025-08-10	CD38+ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation 2025-Aug-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.29.667333 PMID:40766487	研究论文	该研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学技术，揭示了口腔炎症疾病中血管病变的空间多样性及其与疾病快速进展的关系	首次发现CD38+内皮细胞重塑在快速进展的口腔炎症中具有空间特异性，并提出了可靶向治疗的血管病变模式	样本量相对有限（36个peri-implantitis样本和8个periodontitis样本），且仅关注了两种特定类型的口腔炎症	阐明快速进展型口腔炎症疾病的细胞机制和空间结构特征	peri-implantitis和高级别periodontitis患者的组织样本	数字病理学	口腔炎症疾病	scRNA-seq, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 微生物组数据	36个peri-implantitis样本（121395个细胞），8个periodontitis样本（225137个细胞），15个空间蛋白质组学样本（337260个细胞）
60	2025-08-10	Integrating Single-Cell Transcriptomics and Machine Learning to Define an ac4C Gene Signature in Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70140 PMID:40767620	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和机器学习，定义了肺腺癌中的ac4C基因特征	首次将单细胞转录组学与机器学习结合，开发了ac4C相关基因特征(ARGSig)模型，用于肺腺癌预后预测和个性化治疗指导	研究基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究ac4C修饰在肺腺癌中的作用并开发预后预测模型	肺腺癌患者	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	机器学习(10种算法)	转录组数据	多个独立队列的公共数据库数据