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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 9901 - 9920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9901 | 2025-10-07 |
A prognostic model based on autophagy-and senescence-related genes for gastric cancer: implications for immunotherapy and personalized treatment
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1509771
PMID:40182050
|
研究论文 | 基于自噬和衰老相关基因构建胃癌预后模型并评估其对免疫治疗和个性化治疗的指导价值 | 首次联合分析自噬和衰老相关基因构建胃癌预后特征，并系统评估其与肿瘤微环境、免疫治疗疗效的关系 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步的前瞻性临床验证 | 开发能够预测胃癌预后和免疫治疗反应的生物标志物模型 | 胃癌患者组织样本和细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞测序，基因表达谱分析，药物敏感性分析 | Cox回归，LASSO回归，共识聚类 | 基因表达数据，临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9902 | 2025-10-07 |
Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN
2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761
PMID:39283774
|
研究论文 | 提出了一种名为scTSNN的张量共享最近邻锚点聚类方法，用于自动检测单细胞RNA测序数据中的锚点细胞并进行聚类 | 首次利用张量亲和力学习模块挖掘细胞间的局部-全局平衡拓扑结构，并设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞 | 在无监督场景下发现真实细胞类型仍然具有挑战性 | 开发自动检测锚点细胞和确定聚类数量的单细胞RNA测序数据分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | 张量共享最近邻聚类模型 | 单细胞RNA测序数据 | 合成数据集和真实scRNA-seq数据集，包括哺乳动物细胞和宫颈癌肿瘤细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9903 | 2025-10-07 |
Inferring Characteristics of the Tumor Immune Microenvironment of Patients with HNSCC from Single-Cell Transcriptomics of Peripheral Blood
2024-09-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0092
PMID:39113621
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研究论文 | 本研究探索从头颈鳞状细胞癌患者外周血单细胞转录组数据推断肿瘤免疫微环境特征的可能性 | 首次证明可从外周血单细胞RNA测序数据推断肿瘤免疫微环境中的免疫细胞比例和基因表达谱，并开发了TIMEP预测工具 | 研究样本量有限，需要在更大规模研究中验证 | 探索从外周血推断肿瘤免疫微环境特征的方法及其在癌症免疫治疗中的应用价值 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个头颈鳞状细胞癌患者数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 外周血单个核细胞和肿瘤组织的单细胞RNA测序 |
| 9904 | 2025-10-07 |
STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer
2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295
PMID:40031511
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研究论文 | 提出STFormer深度学习模型，通过组织学图像预测结直肠癌空间转录组数据 | 引入Style-Aug模块增强特征泛化能力，采用Cross-WSI Transformer模块有效捕获跨WSI的spot关系 | 在有限WSI数据场景下的性能表现未充分验证 | 开发从组织学图像预测空间转录组数据的成本效益方法 | 结直肠癌组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学，深度学习 | Transformer | 图像，基因表达数据 | 内部和外部数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9905 | 2025-10-07 |
Autofluorescence is a biomarker of neural stem cell activation state
2024-Apr-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.02.011
PMID:38521057
|
研究论文 | 本研究利用自发荧光成像技术识别神经干细胞静息和激活状态的生物标志物 | 首次发现静息神经干细胞在特定溶酶体亚群中富集自发荧光，可作为单细胞水平预测干细胞行为的梯度标志物 | 研究仅限于小鼠神经干细胞，技术应用范围需进一步验证 | 开发非破坏性活细胞成像方法追踪神经干细胞激活状态 | 小鼠神经干细胞 | 细胞生物学 | NA | 荧光寿命成像(FLIM), 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9906 | 2025-10-07 |
Progesterone attenuates Th17-cell pathogenicity in autoimmune uveitis via Id2/Pim1 axis
2023-Jun-21, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02829-3
PMID:37344856
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了孕酮通过Id2/Pim1轴减轻Th17细胞致病性来治疗自身免疫性葡萄膜炎的机制 | 首次构建了孕酮治疗实验性自身免疫性葡萄膜炎的高维免疫图谱，揭示了孕酮通过调节Id2/Pim1轴和IL-23/Th17/GM-CSF信号通路改善Th17/Treg失衡的新机制 | 研究仅限于动物模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探究孕酮治疗自身免疫性葡萄膜炎的作用机制 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型 | 单细胞组学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9907 | 2025-10-07 |
Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues
2023-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05795-1
PMID:36922587
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研究论文 | 开发两种空间表观基因组-转录组联合分析技术，实现在同一组织切片上同时检测染色质可及性与基因表达或组蛋白修饰与基因表达 | 首次实现空间分辨的全基因组表观基因组与转录组联合分析，突破现有单组学检测限制 | 技术分辨率接近单细胞水平但尚未完全达到单细胞精度 | 探索表观遗传机制在组织中控制转录表型和细胞动态的机制 | 胚胎和幼年小鼠大脑、成年人类大脑组织 | 空间多组学 | NA | 空间表观基因组学、空间转录组学、染色质可及性测序、组蛋白修饰检测 | NA | 空间组学数据、基因表达数据、表观遗传数据 | 小鼠胚胎和幼年大脑、成年人类大脑组织样本 | NA | 空间表观基因组学、空间转录组学、单细胞多组学 | NA | NA |
| 9908 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis identifies the interaction of altered renal tubules with basophils orchestrating kidney fibrosis
2022-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-022-01200-7
PMID:35552540
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示了肾脏纤维化中改变肾小管与嗜碱性粒细胞的相互作用机制 | 首次发现促纤维化肾小管通过分泌CXCL1招募CXCR2阳性嗜碱性粒细胞，并证实这些细胞是IL-6和Th17细胞招募的重要来源 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限 | 探究肾脏纤维化过程中的免疫调控机制 | 小鼠肾脏纤维化模型和人类肾脏纤维化患者样本 | 单细胞生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序，免疫染色，基因表达分析 | NA | 单细胞基因表达数据，bulk RNA-seq数据，免疫组织化学数据 | 小鼠模型和人类患者样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9909 | 2025-10-07 |
Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram
2021-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01264-7
PMID:34711971
|
研究论文 | 提出Tangram方法，将单细胞转录组数据与空间数据对齐，构建全基因组单细胞分辨率空间图谱 | 开发了能够将多种单细胞RNA测序数据与不同形式空间数据（包括MERFISH、STARmap、smFISH、空间转录组学和组织学图像）对齐的首个通用方法 | NA | 解决单细胞测序技术丢失空间信息与空间转录组技术分辨率有限的问题 | 健康小鼠脑组织视觉和体感运动区域 | 空间转录组学 | NA | scRNA-seq, snRNA-seq, MERFISH, STARmap, smFISH, SHARE-seq | 深度学习 | 单细胞转录组数据，空间转录组数据，多模态数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | 10x Visium | 空间转录组学技术 |
| 9910 | 2025-10-07 |
A comprehensive survey of regulatory network inference methods using single cell RNA sequencing data
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa190
PMID:34020546
|
综述 | 本文系统回顾了15种利用单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的计算方法 | 首次对单细胞RNA测序数据下的调控网络推断方法进行全面比较分析，包括模拟评估方法的性能、对dropout的敏感性和时间复杂性 | 仅涵盖15种方法，可能未包含该领域所有最新进展；基于模拟数据的评估可能与真实生物系统存在差异 | 帮助生命科学家选择适合其数据和分析目的的方法，并为计算科学家开发新方法提供参考 | 基因调控网络推断方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 9911 | 2025-10-07 |
The Nuclear Receptor ESRRA Protects from Kidney Disease by Coupling Metabolism and Differentiation
2021-02-02, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.011
PMID:33301705
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示肾脏疾病中细胞多样性变化，发现近端小管细胞是易感细胞类型，并阐明代谢与细胞分化通过核受体ESRRA和PPARA耦合的机制 | 首次在单细胞水平系统揭示肾脏疾病中细胞特异性变化轨迹，发现代谢与细胞分化的耦合机制及核受体ESRRA的保护作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚不充分 | 探究肾脏疾病的细胞分子机制及保护性因子 | 小鼠肾脏疾病模型和患者样本 | 单细胞生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 细胞轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 小鼠疾病模型和患者样本（具体数量未明确） | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 9912 | 2025-10-07 |
Single-Cell Profiling of Ebola Virus Disease In Vivo Reveals Viral and Host Dynamics
2020-11-25, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.10.002
PMID:33159858
|
研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了埃博拉病毒感染期间宿主免疫细胞和病毒在体内的动态变化 | 首次在体内使用单细胞转录组学和质谱流式细胞技术全面表征埃博拉病毒感染期间的免疫反应，并量化细胞内病毒RNA以确定病毒嗜性 | 实验在高度防护环境下进行，样本获取困难，研究仅使用恒河猴模型 | 表征埃博拉病毒感染期间的宿主-病毒相互作用动态 | 恒河猴外周免疫细胞 | 单细胞生物学 | 埃博拉病毒病 | 单细胞转录组学, CyTOF质谱流式细胞技术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 100,000个转录组和15,000,000个蛋白质谱 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 9913 | 2025-10-07 |
Recent advances in single-cell RNA sequencing of bacteria: Techniques, challenges, and applications
2025-May, Journal of bioscience and bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jbiosc.2025.01.008
PMID:39984340
|
综述 | 本文综述了细菌单细胞RNA测序技术的最新进展、技术挑战及其在微生物学中的应用 | 系统比较了不同细菌scRNA-seq方法的优劣，并探讨了在微生物生理学、宿主-病原体相互作用等领域的潜在应用 | 细菌mRNA缺乏poly-A尾和单个细菌细胞RNA含量低等技术挑战尚未完全解决 | 总结细菌单细胞RNA测序技术的发展现状和未来方向 | 细菌单细胞转录组 | 微生物组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 板式方法、分裂-汇集条形码技术、液滴基技术 |
| 9914 | 2025-10-07 |
BASELINE: A CRISPR Base Editing Platform for Mammalian-Scale Single-Cell Lineage Tracing
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644238
PMID:40166145
|
研究论文 | 开发了一种基于CRISPR碱基编辑的哺乳动物规模单细胞谱系追踪平台BASELINE | 使用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器在50个合成靶位点生成高分辨率谱系树，信息记录量比现有技术提高50倍 | 在细胞工程使小型分布式系统具有挑战性的情况下应用可能受限 | 开发高分辨率单细胞谱系追踪技术 | 哺乳动物细胞谱系，胰腺癌模型 | 基因编辑技术 | 胰腺癌 | CRISPR碱基编辑，单细胞测序 | NA | 基因组编辑记录，单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞谱系追踪，碱基编辑 | BASELINE平台 | 使用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器在50个合成基因组靶位点进行不可逆编辑 |
| 9915 | 2025-10-07 |
Machine Learning-based Gene Biomarker Identification for Improving Prognosis and Therapy in Hepatocellular Carcinoma
2025-Apr-03, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过机器学习方法识别肝细胞癌的基因生物标志物，开发预后相关指数HPRI并验证其临床价值 | 整合多种机器学习算法(101个统计模型)筛选关键基因，结合单细胞测序分析基因功能，开发HPRI预后指数并在多队列中验证 | 研究依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证关键基因的生物学功能 | 识别肝细胞癌的分子生物标志物以改善预后预测和治疗指导 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞测序，差异表达分析，Cox回归分析 | 多种统计模型 | 基因表达数据，临床病理信息 | 多个队列的肝细胞癌患者数据(来自ICGC、GEO、TCGA数据库) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 9916 | 2025-10-07 |
Recurrent Composite Markers of Cell Types and States
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.17.549344
PMID:37503180
|
研究论文 | 提出RECOMBINE算法，用于识别可定义层次细胞身份的复发性复合标记集 | 开发了首个能够识别复发性复合标记集以定义层次细胞身份的算法，相比现有方法具有更高准确性 | 算法在模拟和生物数据集上的验证仍需更多实际应用场景的测试 | 解码生物复杂性，识别可定义和区分层次细胞身份的可解释复合标记集 | 细胞类型和状态，包括小鼠视觉皮层细胞、CD8+ T细胞状态、肠道亚群和人类多种组织细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | RECOMBINE算法 | 单细胞数据，空间转录组数据 | 多个数据集，包括小鼠视觉皮层、Tabula Sapiens项目的人类多种组织数据 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 9917 | 2025-10-07 |
Uncovering gene and cellular signatures of immune checkpoint response via machine learning and single-cell RNA-seq
2025-Apr-02, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00883-z
PMID:40169777
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和机器学习方法预测免疫检查点抑制剂治疗反应 | 开发了可解释的机器学习模型，在保持单细胞分辨率的同时预测治疗反应，并识别出跨癌种通用的11基因标志物 | 研究主要基于黑色素瘤数据，在其他癌种中的验证仍需进一步研究 | 预测免疫检查点抑制剂治疗反应并识别关键生物标志物 | 黑色素瘤浸润免疫细胞 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | XGBoost, 强化学习 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9918 | 2025-10-07 |
Characterization of shell field populations in gastropods and their autonomous specification mechanism independent of inter-quartet interactions
2025-Apr-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204538
PMID:40105679
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研究论文 | 本研究重新探讨了帽贝壳场特化的诱导假说，发现壳场细胞群具有自主特化机制 | 首次在帽贝中证明壳场细胞群（源自第二四分体）的特化不依赖于与其他四分体细胞的相互作用 | 研究仅针对帽贝一种物种，结论在其他软体动物中的普适性有待验证 | 探究软体动物胚胎壳场特化的细胞自主性机制 | 帽贝胚胎和分离的第二四分体（2q）细胞 | 发育生物学 | NA | 双色原位杂交，单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据，转录组数据 | 16细胞期胚胎及分离的2q细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9919 | 2025-10-07 |
Deletion of hepcidin disrupts iron homeostasis and hematopoiesis in zebrafish embryogenesis
2025-Apr-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204307
PMID:40110772
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9技术构建铁调素敲除斑马鱼模型，揭示其在胚胎期铁稳态和造血过程中的关键作用 | 首次在斑马鱼模型中证实铁调素缺失导致胚胎铁过载和造血异常，并发现特定血液祖细胞亚型出现铁死亡现象 | 研究局限于斑马鱼模型，需进一步验证在哺乳动物系统中的适用性 | 探究铁调素在斑马鱼胚胎造血过程中的调控机制 | 斑马鱼胚胎和血液祖细胞 | 发育生物学 | 血液疾病 | CRISPR/Cas9基因编辑，单细胞RNA测序 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9920 | 2025-10-07 |
Differentiation stage predicts radiosensitivity in mesenchymal-like pancreatic cancer
2025-Apr-01, International journal of radiation oncology, biology, physics
DOI:10.1016/j.ijrobp.2025.03.034
PMID:40180058
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据开发分化阶段分类器，用于预测间充质样胰腺癌的放射敏感性 | 首次发现胰腺癌细胞分化阶段与放射敏感性相关，并证明染色质压缩状态与分化阶段存在关联 | 研究主要基于细胞系数据，需要进一步临床验证 | 开发基因组分类器预测胰腺癌放射敏感性，实现基因组指导的放射治疗 | 胰腺癌细胞系和胰腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | 基因组分类器 | 基因表达数据 | 45个胰腺癌细胞系，TCGA胰腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |