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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9861 | 2025-10-07 |
A replication study of novel fetal hemoglobin-associated genetic variants in sickle cell disease-only cohorts
2025-Apr-06, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaf015
PMID:39886999
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研究论文 | 本研究验证了镰状细胞病中五个新的胎儿血红蛋白相关遗传位点,并通过功能实验探索其调控机制 | 首次在独立镰状细胞病队列中验证了五个新的HbF相关遗传位点,并结合CRISPR抑制和单细胞转录组学揭示其功能机制 | 未能在1354名SCD患者中发现对HbF水平有较大影响的罕见遗传变异 | 验证镰状细胞病中新的胎儿血红蛋白相关遗传变异并探索其功能机制 | 镰状细胞病患者和HUDEP-2红细胞系 | 遗传学 | 镰状细胞病 | GWAS, CRISPR抑制, 单细胞转录组学, 全外显子组测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 最多3740名SCD患者用于验证研究,1354名SCD患者用于外显子分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
9862 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis identifies DLX4 as a novel biomarker for diagnosis, prognosis, and immune infiltration: from pan-cancer to renal cancer
2025-Apr-05, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02258-z
PMID:40186710
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨DLX4基因在泛癌及肾癌中的诊断、预后和免疫浸润价值 | 首次系统揭示DLX4在泛癌中的表达模式及其与免疫浸润的关联,特别是在肾透明细胞癌中的空间定位特征 | 研究主要基于数据库分析,实验验证部分相对有限 | 探索DLX4在癌症中的分子机制及其作为生物标志物的潜力 | 多种癌症类型,特别关注肾透明细胞癌(KIRC) | 生物信息学 | 肾癌 | 多组学分析, 空间转录组学, 实时PCR, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 突变数据, 甲基化数据, 免疫数据 | 26种癌症类型,具体样本数量未明确说明 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9863 | 2025-10-07 |
Multi-omics insights into the roles of CCNB1, PLK1, and HPSE in breast cancer progression: implications for prognosis and immunotherapy
2025-Apr-05, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02282-z
PMID:40186712
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研究论文 | 通过多组学方法研究CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的作用及其预后和免疫治疗意义 | 首次整合转录组学、蛋白质组学、DNA甲基化分析、免疫浸润分析和单细胞RNA测序等多组学方法系统研究这三个基因在乳腺癌中的协同作用 | 未明确说明样本来源和具体样本量,功能验证实验仅限于细胞增殖分析 | 探究CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的具体作用机制 | 乳腺癌肿瘤组织和细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组学, 蛋白质组学, DNA甲基化分析, 免疫浸润分析, 单细胞RNA测序, siRNA敲低 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 甲基化数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
9864 | 2025-10-07 |
Revealing NAPSA's role in ccRCC: Insights from single-cell RNA sequencing
2025-Apr-05, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149478
PMID:40194687
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示NAPSA基因在透明细胞肾细胞癌中的表达特征和潜在作用机制 | 首次在单细胞水平系统分析NAPSA在ccRCC中的表达模式,并发现其与EMT过程及肿瘤微环境中细胞通讯的关联 | 样本量较小(7个肿瘤和2个正常样本),需要更大规模研究验证;机制研究尚不完善 | 探究NAPSA基因在透明细胞肾细胞癌中的表达特征和功能作用 | 透明细胞肾细胞癌组织样本和细胞系(OS-RC-2和Caki-1) | 单细胞测序分析 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,siRNA转染 | Seurat分析流程 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 7个肿瘤样本和2个正常样本(来自GEO数据库GSE210042),外加两个ccRCC细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9865 | 2025-10-07 |
Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model
2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1070
PMID:39724973
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研究论文 | 本研究通过构建食管上皮细胞特异性Ikkβ敲除小鼠模型,揭示了上皮IKKβ/NF-κB信号通路在嗜酸细胞性食管炎发病机制中的关键保护作用 | 首次在实验性过敏小鼠模型中证明食管上皮细胞特异性Ikkβ缺失会加剧嗜酸细胞性食管炎病理特征 | 研究基于小鼠模型,与人类疾病存在物种差异;机制研究尚未完全阐明所有下游效应 | 探究上皮IKKβ/NF-κB信号通路在嗜酸细胞性食管炎发病机制中的作用 | 食管上皮细胞特异性Ikkβ敲除小鼠模型 | 病理学 | 嗜酸细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序,组织学分析,转录组分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,组织图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9866 | 2025-10-07 |
Origin and stepwise evolution of vertebrate lungs
2025-Apr, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-025-02642-6
PMID:39953253
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脊椎动物肺器官的起源和逐步演化过程 | 首次在软骨鱼类中发现肺发育相关的遗传基础,识别哺乳动物特异性肺泡细胞类型和基因 | 研究主要基于基因表达数据,功能验证仅限于小鼠模型 | 探究脊椎动物肺器官的演化起源和分子机制 | 脊椎动物成年和发育期肺组织 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种脊椎动物物种的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9867 | 2025-10-07 |
Aspartame increases the risk of liver cancer through CASP1 protein: A comprehensive network analysis insights
2025-Apr-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118089
PMID:40139029
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研究论文 | 通过综合网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞RNA测序分析,系统探索阿斯巴甜通过CASP1蛋白增加肝癌风险的机制 | 首次整合网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞技术系统研究阿斯巴甜的致癌机制,发现CASP1是阿斯巴甜诱导肝癌的关键靶点 | 需要后续实验验证阿斯巴甜的致癌机制,研究结果主要基于计算和预测方法 | 系统探索阿斯巴甜的致癌潜力及其对肝脏的作用机制 | 阿斯巴甜及其与肝癌相关的分子靶点 | 计算生物学 | 肝癌 | 网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学模拟、单细胞RNA测序 | 分子对接模型、分子动力学模型 | 计算预测数据、分子对接数据、单细胞表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9868 | 2025-10-07 |
H1-0 is a specific mediator of the repressive ETV6::RUNX1 transcriptional landscape in preleukemia and B cell acute lymphoblastic leukemia
2025-Apr, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1002/hem3.70116
PMID:40177616
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研究论文 | 本研究通过hiPSC模型发现H1-0是ETV6::RUNX1融合基因诱导的转录抑制景观的关键调控因子 | 首次揭示连接组蛋白H1-0在ETV6::RUNX1阳性前白血病状态中的关键调控作用 | 研究主要基于hiPSC模型,需要进一步在体内验证 | 探索ETV6::RUNX1阳性前白血病细胞维持静息状态的分子机制 | ETV6::RUNX1阳性B细胞前体急性淋巴细胞白血病 | 分子生物学 | 急性淋巴细胞白血病 | CRISPR/Cas9基因编辑,单细胞测序,双荧光素酶报告基因检测 | hiPSC模型 | 转录组数据 | 1,727例白血病患者样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
9869 | 2025-10-07 |
In Situ Graphene-Seq: Spatial Transcriptomics and Chronic Electrophysiological Characterization of Tissue Microenvironments
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645278
PMID:40196689
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研究论文 | 开发了一种集成慢性电生理记录和空间分辨3D转录组学的原位石墨烯测序平台 | 首次将可拉伸网状纳米电子学与透明石墨烯电极结合,实现长期单细胞水平的多模态分析 | NA | 研究细胞功能与分子身份之间的复杂相互作用 | 人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞和内皮细胞共培养体系 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 原位测序, 电生理记录, 光学成像 | NA | 电生理信号, 基因表达数据, 空间图像 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞电生理记录, 3D成像 | 原位石墨烯测序平台 | 集成可拉伸网状纳米电子学和透明石墨烯/PEDOT:PSS电极的多模态分析系统 |
9870 | 2025-10-07 |
Lignature: A Comprehensive Database of Ligand Signatures to Predict Cell-Cell Communication
2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.22.644770
PMID:40196598
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研究论文 | 开发了一个名为Lignature的配体特征数据库,用于预测细胞间通讯 | 构建了包含362种人类配体的细胞内转录组特征数据库,显著扩展了可用配体响应特征库,在基因和通路水平上优于现有方法 | NA | 预测配体-受体相互作用和细胞间通讯 | 人类配体及其诱导的转录组特征 | 生物信息学 | NA | 转录组分析,单细胞测序 | NA | 转录组数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9871 | 2025-10-07 |
Streptococcus lutetiensis inhibits CD8+ IL17A+ TRM cells and leads to gastric cancer progression and poor prognosis
2025-Feb-09, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00810-2
PMID:39924593
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研究论文 | 本研究通过微生物组和单细胞分析揭示路氏链球菌通过抑制CD8+ IL17A+ TRM细胞促进胃癌进展 | 首次发现路氏链球菌在胃癌组织中富集并通过激活Nrf2介导的氧化应激反应抑制CD8IL17A TRM细胞 | NA | 探究胃微生物组对胃癌进展和免疫调节的影响 | 胃癌患者组织样本和小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 16s rRNA测序, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 微生物组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9872 | 2025-10-07 |
Leveraging programmed cell death patterns to predict prognosis and therapeutic sensitivity in OSCC
2025-Feb, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15139
PMID:39315471
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研究论文 | 本研究通过整合12种程序性细胞死亡模式构建细胞死亡指数(CDI),用于口腔鳞状细胞癌的预后预测和治疗敏感性评估 | 首次整合多种程序性细胞死亡模式构建CDI生物标志物,并利用单细胞RNA-seq数据验证关键基因在癌细胞分化中的作用 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性研究验证CDI的临床实用性 | 开发口腔鳞状细胞癌预后预测和治疗反应评估的新型生物标志物 | 口腔鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq, Cox回归分析, LASSO分析, Kaplan-Meier生存分析 | 预后预测模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | 多个独立患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9873 | 2025-10-07 |
Transcriptomics in the Study of Antiviral Innate Immunity
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4108-8_10
PMID:39192121
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综述 | 本章介绍多种转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的应用、意义和实验流程 | 重点介绍了单细胞测序和空间转录组学等新兴技术在该领域的应用前景 | NA | 探讨转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的应用 | 抗病毒天然免疫相关的RNA分子 | 自然语言处理 | NA | 微阵列, RNA测序, 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | RNA分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
9874 | 2025-10-07 |
Identification of Alzheimer's disease biomarkers and their immune function characterization
2025, Archives of medical science : AMS
IF:3.0Q1
DOI:10.5114/aoms/188721
PMID:40190307
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研究论文 | 本研究通过多组学方法识别阿尔茨海默病生物标志物并分析其免疫功能特征 | 结合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,首次发现RBM3、GOLGA8A和ALS2等生物标志物与AD中CD8 T细胞浸润的关联 | 研究依赖于公共数据库数据,缺乏实验验证 | 探究阿尔茨海默病的生物标志物及其免疫机制 | 阿尔茨海默病患者样本和正常对照样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习算法 | 机器学习诊断模型 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE122063、GSE97760、GSM4996463、GSM4996462) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
9875 | 2025-10-07 |
The single-cell transcriptional landscape of lung cells from PCV2d-infected mice
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1554961
PMID:40196036
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了PCV2d感染小鼠肺组织中10种细胞类型的转录组特征和免疫应答机制 | 首次系统绘制PCV2d感染小鼠肺组织的单细胞转录组图谱,鉴定出高病毒载量的单核巨噬细胞及其通过CD40-CD40L和CXCL14-CXCR4介导的细胞互作网络 | 研究仅使用BALB/c小鼠模型,未验证其他动物模型或临床样本 | 探究PCV2d亚型感染的生物学特性及其驱动的炎症性肺损伤机制 | PCV2d感染BALB/c小鼠的肺组织细胞 | 单细胞转录组学 | 病毒感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | PCV2d感染和未感染对照小鼠肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9876 | 2025-10-07 |
Transcriptomic Analysis of Air-Liquid Interface Culture in Human Lung Organoids Reveals Regulators of Epithelial Differentiation
2024-12-02, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13231991
PMID:39682739
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析气液界面培养对人肺类器官上皮分化的影响 | 首次使用单细胞RNA测序全面分析ALI培养对肺上皮细胞分化的调控机制 | NA | 识别影响上皮细胞分化的关键因素 | 人肺类器官上皮细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9877 | 2025-10-07 |
Mucosal Single-Cell Profiling of Crohn's-Like Disease of the Pouch Reveals Unique Pathogenesis and Therapeutic Targets
2024-Dec, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.025
PMID:39084267
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研究论文 | 通过单细胞分析技术研究克罗恩样储袋病(CDP)的黏膜细胞特征,揭示其独特发病机制和潜在治疗靶点 | 首次在单细胞水平系统描绘CDP的细胞图谱,发现内质网应激在免疫和非免疫细胞中普遍增强的独特特征 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 探究克罗恩样储袋病(CDP)的病理生理机制和潜在治疗靶点 | 接受回肠储袋肛管吻合术患者的黏膜组织样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 50例患者 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
9878 | 2025-10-07 |
The role of lactate metabolism in retinoblastoma tumorigenesis and ferroptosis resistance
2025-Apr-01, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2025.102893
PMID:40188688
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研究论文 | 本研究探讨乳酸代谢在视网膜母细胞瘤肿瘤发生和铁死亡抵抗中的关键作用 | 首次在单细胞水平揭示视网膜母细胞瘤中乳酸代谢特征,发现MCT1介导的乳酸转运促进肿瘤发生和铁死亡抵抗的新机制 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,需要进一步临床验证 | 阐明乳酸代谢在视网膜母细胞瘤肿瘤发生和铁死亡抵抗中的作用机制 | 视网膜母细胞瘤患者组织样本、视网膜母细胞瘤细胞系和小鼠异种移植模型 | 数字病理学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 患者视网膜母细胞瘤组织和正常视网膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9879 | 2025-10-07 |
Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology
2025-Mar-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4909620/v1
PMID:40162205
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研究论文 | 介绍Thor平台,一个用于空间转录组学和组织学图像多模态分析的计算平台 | 开发了抗收缩马尔可夫扩散方法从spot级数据推断单细胞空间转录组,实现细胞形态与空间转录组学的有效整合 | NA | 解决基因组分析与图像分析之间的整合空白,提供全面的细胞和分子分析工具 | 空间转录组学数据和组织学图像 | 空间转录组学 | 心力衰竭、乳腺癌、膀胱癌 | 空间转录组学、免疫荧光染色、ISH、MERFISH、Xenium、Stereo-seq | 抗收缩马尔可夫扩散方法 | 空间转录组数据、组织图像 | 内部心力衰竭患者样本、小鼠嗅球样本、乳腺癌样本、膀胱癌样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | 10x Visium HD空间转录组测序平台 |
9880 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing reveals the mechanisms of multiple myeloma progression: clarity or confusion?
2025-Feb, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06241-0
PMID:39918600
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综述 | 本文综述单细胞测序技术在揭示多发性骨髓瘤进展机制中的新见解 | 系统总结单细胞测序技术在多发性骨髓瘤克隆进化、微环境转化和表观遗传改变研究中的突破性发现 | NA | 探讨单细胞测序技术对多发性骨髓瘤生物学机制和治疗策略研究的贡献 | 多发性骨髓瘤及其微环境 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |