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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9961 | 2025-10-07 |
Analysis and Validation of Mitophagy-Related Genes in Diabetic Foot Ulcers
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S504001
PMID:40162084
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,鉴定并验证了与糖尿病足溃疡相关的线粒体自噬关键基因 | 首次在糖尿病足溃疡中系统分析线粒体自噬相关基因,结合机器学习算法、免疫细胞浸润分析和单细胞RNA测序验证 | 样本量有限,需要更大队列研究;对炎症机制的机制性联系探索不够深入 | 鉴定糖尿病足溃疡发病机制中与线粒体自噬相关的关键基因 | 糖尿病足溃疡患者皮肤组织 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序, RT-PCR, Western blot, 机器学习算法 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 使用GEO数据库中的多个数据集(GSE80178, GSE68183, GSE165816) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
9962 | 2025-10-07 |
scCCTR: An iterative selection-based semi-supervised clustering model for single-cell RNA-seq data
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.018
PMID:40165824
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研究论文 | 提出一种基于迭代选择的半监督聚类模型scCCTR,用于单细胞RNA测序数据分析 | 通过迭代选择高置信度细胞和标签来指导深度学习模型,结合Transformer神经网络的多头注意力机制提升聚类精度 | NA | 开发更准确有效的单细胞RNA测序数据聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9963 | 2025-10-07 |
Inflammation and cancer: molecular mechanisms and clinical consequences
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1564572
PMID:40165901
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综述 | 本文综述了炎症与癌症之间的分子机制及临床关联,重点关注癌症相关炎症对肿瘤进展和治疗反应的影响 | 整合单细胞RNA测序和空间分子成像分析等先进技术,系统阐明慢性炎症与癌症的联系机制 | NA | 探讨炎症在癌症发生发展中的分子机制和临床后果 | 癌症相关炎症、肿瘤微环境、胃肠道癌症 | NA | 癌症、胃肠道癌症 | 单细胞RNA测序、空间分子成像分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9964 | 2025-10-07 |
Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for rheumatoid arthritis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1520400
PMID:40166070
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析,鉴定铜死亡在类风湿关节炎中的免疫特征生物标志物和治疗靶点 | 首次系统研究铜死亡相关基因在类风湿关节炎中的表达特征和生物学功能,并探索其与免疫浸润和治疗药物的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 阐明铜死亡相关基因与类风湿关节炎的潜在关联,寻找新的生物标志物和治疗靶点 | 类风湿关节炎患者和对照组的铜死亡相关基因 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 蛋白质相互作用网络分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9965 | 2025-10-07 |
A dynamic peripheral immune landscape during human pregnancy
2025-Jan, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2022.06.011
PMID:40166108
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类妊娠期间外周免疫系统的动态转录变化 | 首次从免疫角度提出妊娠具有促衰老效应,并发现该效应在产后可能恢复 | 仅关注外周血单核细胞,未涉及局部组织免疫变化 | 阐明妊娠期间母体免疫系统的动态变化机制 | 妊娠期女性的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同妊娠阶段的孕妇外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9966 | 2025-10-07 |
A Noninvasive Menstrual Blood-Based Diagnostic Platform for Endometriosis Using Digital Droplet Enzyme-Linked Immunosorbent Assay and Single-Cell RNA Sequencing
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0652
PMID:40171018
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研究论文 | 开发基于月经血的非侵入性子宫内膜异位症诊断平台,结合数字微滴酶联免疫吸附测定和单细胞RNA测序技术 | 首次将月经血作为诊断样本,开发了具有飞摩尔级灵敏度的ddELISA技术,并验证了月经血与子宫内膜异位症病变的关键生物学特性相似性 | 未提及样本规模和研究人群特征,需要进一步临床验证 | 开发子宫内膜异位症的非侵入性体外诊断方法 | 子宫内膜异位症患者,重点关注月经血中的遗传和炎症标志物 | 数字病理 | 子宫内膜异位症 | 数字微滴酶联免疫吸附测定,单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质检测数据,单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9967 | 2025-10-07 |
Spatial genomics reveals cholesterol metabolism as a key factor in colorectal cancer immunotherapy resistance
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1549237
PMID:40171265
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研究论文 | 通过空间转录组学技术揭示结直肠癌中胆固醇代谢与免疫检查点抑制剂耐药性的关联 | 开发了增强型转录组捕获方案获得高质量空间数据,首次发现肿瘤细胞胆固醇代谢是免疫治疗耐药的关键因素 | 研究基于MC38同系肿瘤模型,需要在更多临床样本中验证 | 探索免疫检查点抑制剂治疗反应的早期特征 | 结直肠癌肿瘤模型 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学,bulk RNA测序 | MC38同系肿瘤模型 | 空间转录组数据,组织学图像,RNA测序数据 | 16个肿瘤,48,636个转录组位点 | NA | 空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
9968 | 2025-10-07 |
Uncovering the heterogeneity of NK cells on the prognosis of HCC by integrating bulk and single-cell RNA-seq data
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1570647
PMID:40171266
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据,揭示了NK细胞异质性在肝细胞癌预后中的作用 | 首次通过整合bulk和单细胞RNA测序数据系统分析HCC中NK细胞的异质性及其预后价值 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探究NK细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及预后价值 | 肝细胞癌患者样本数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 加权基因共表达网络分析, Cox回归分析 | 预后风险评分模型 | 基因表达数据 | GSE149614数据集和TCGA数据集的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
9969 | 2025-10-07 |
Long-term, cell type-specific effects of prenatal stress on dorsal striatum and relevant behaviors in mice
2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.627207
PMID:39763907
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型探讨产前应激对成年后代背侧纹状体功能和行为的长期影响 | 首次在单细胞水平揭示产前应激对背侧纹状体多种细胞类型的长期分子影响,并发现与自闭症风险基因的关联 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究产前应激如何影响背侧纹状体细胞分子机制及相关行为 | 产前应激小鼠模型的成年后代 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据、行为数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9970 | 2025-10-07 |
Transcriptomic Evaluation of a Stress Vulnerability Network Using Single-Cell RNA Sequencing in Mouse Prefrontal Cortex
2024-Dec-01, Biological psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.biopsych.2024.05.023
PMID:38866174
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序评估小鼠前额叶皮层中应激脆弱性网络的转录组特征 | 首次识别出大脑中潜在应激脆弱性状态涉及的细胞类型和基因 | 研究仅使用C57BL/6小鼠模型,样本量较小(n=12) | 探索应激脆弱性的细胞和分子机制 | 雄性及雌性C57BL/6小鼠的前额叶皮层 | 神经科学 | 情绪障碍 | 单细胞RNA测序, 多位点体内神经生理学 | NA | 基因表达数据, 电生理数据 | 12只C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9971 | 2025-10-07 |
Spatially Informed Graph Structure Learning Extracts Insights from Spatial Transcriptomics
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403572
PMID:39382177
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研究论文 | 提出一种名为STAGUE的创新框架,通过空间信息图结构学习从空间转录组数据中提取生物学见解 | 首次将图结构学习与对比学习相结合,能够同时学习细胞图结构和低维嵌入,突破了传统仅依赖空间邻近度定义图结构的限制 | NA | 开发能够更好表征细胞间相互作用多样性的空间转录组数据分析方法 | 空间转录组数据集中的细胞图结构和细胞间相互作用 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学,图结构学习,对比学习 | 图结构学习框架 | 空间转录组数据 | 86个真实和模拟的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9972 | 2025-10-07 |
Characterization of a Novel Pathogenic PLCG2 Variant Leading to APLAID Syndrome Responsive to a TNF Inhibitor
2024-Nov, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42948
PMID:38965708
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研究论文 | 本研究鉴定了一种导致APLAID综合征的新型PLCG2致病性变异,并揭示了其通过破坏自抑制机制激活炎症信号通路的分子机制 | 首次发现PLCG2 p.D993Y这一新型功能获得性变异,通过单细胞转录组分析揭示了患者免疫细胞的炎症特征,并证实该变异通过破坏PLCγ2自抑制结构域导致自激活 | 研究仅基于单个病例,需要更大样本量验证;体外实验主要使用细胞系模型,与体内真实环境存在差异 | 研究新型PLCG2变异在APLAID综合征中的致病机制 | APLAID综合征患者及其携带的PLCG2 p.D993Y变异 | 免疫学 | 自身炎症性疾病 | 全外显子组测序, Sanger测序, 单细胞RNA测序, 免疫印迹, 荧光素酶检测, ELISA, 钙流检测, qPCR, 免疫共沉淀 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | 1例APLAID综合征患者 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序 | NA | NA |
9973 | 2025-10-07 |
Dynamic dysregulation of retrotransposons in neurodegenerative diseases at the single-cell level
2024-Oct-29, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279363.124
PMID:39424325
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了逆转录转座子在神经退行性疾病中的动态失调机制 | 首次在单细胞水平系统研究神经退行性疾病中逆转录转座子的动态调控,并开发了专门分析工具scARE | 研究仅基于12个单细胞转录组数据集,样本量相对有限 | 探索逆转录转座子在神经退行性疾病中的细胞异质性和动态调控机制 | 阿尔茨海默病、帕金森病和多发性硬化症患者脑组织细胞 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 单细胞转录组数据 | 12个单细胞转录组数据集,涵盖三种神经退行性疾病 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9974 | 2025-10-07 |
Employing single-cell RNA sequencing coupled with an array of bioinformatics approaches to ascertain the shared genetic characteristics between osteoporosis and obesity
2024-Oct-16, Bone & joint research
IF:4.7Q1
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和生物信息学方法研究骨质疏松与肥胖的共享遗传特征 | 首次结合单细胞RNA测序与多种生物信息学方法系统揭示TLR2在骨质疏松和肥胖中的关键桥梁作用 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 识别骨质疏松和肥胖的共享遗传标记和分子机制,为同时治疗两种疾病提供靶点 | 骨质疏松和肥胖相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 骨质疏松, 肥胖 | 单细胞RNA测序, WGCNA, KEGG通路富集, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 机器学习, ELISA, 蛋白印迹, 细胞染色 | 机器学习 | 基因表达数据 | GEO数据库中的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9975 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics in health and disease
2024-Oct, Nature reviews. Nephrology
DOI:10.1038/s41581-024-00841-1
PMID:38719971
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综述 | 本文综述了空间转录组技术在健康和疾病研究中的方法、应用及挑战 | 整合空间转录组与其他组学方法,推动全面分子图谱的构建 | 未具体说明技术应用的局限性 | 探讨空间转录组技术在生物医学研究中的应用前景 | 临床前模型和人类样本 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞测序, 蛋白质组学, 空间表观遗传学 | NA | NA |
9976 | 2025-10-07 |
Recessive variants in MYO1C as a potential novel cause of proteinuric kidney disease
2024-Oct, Pediatric nephrology (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00467-024-06426-1
PMID:38904753
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研究论文 | 本研究通过外显子测序发现MYO1C基因隐性变异是儿童肾病综合征的潜在新病因 | 首次发现MYO1C基因隐性变异与肾病综合征的关联,并通过结构建模揭示了变异对蛋白质功能的破坏机制 | 仅在两名无关儿童中观察到该变异,样本量较小,需要进一步验证 | 探索肾病综合征的新单基因病因 | 1649名全球儿科肾病综合征患者队列 | 遗传学 | 肾病综合征 | 外显子测序, 纯合子定位, 单细胞RNA测序, 结构建模 | PyMol结构建模 | 基因组数据, 转录组数据, 结构数据 | 1649名儿科患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 外显子测序 | NA | NA |
9977 | 2025-10-07 |
Defining heritability, plasticity, and transition dynamics of cellular phenotypes in somatic evolution
2024-Oct, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01920-6
PMID:39317739
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研究论文 | 提出PATH框架用于量化细胞状态的可遗传性与可塑性,并推断细胞状态转换和增殖动态 | 开发了PATH框架,首次能够从单细胞谱系追踪数据中量化细胞状态的可遗传性与可塑性,取代了传统的定性概念 | 方法依赖于单细胞谱系追踪数据的可用性,在不同组织类型中的普适性需要进一步验证 | 研究体细胞进化中细胞表型的可遗传性、可塑性和转换动态 | 胰腺癌小鼠模型、原发性胶质母细胞瘤、B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞生物学 | 胰腺癌, 胶质母细胞瘤, 白血病 | 单细胞谱系追踪, 单细胞全基因组测序 | 系统发育分析框架 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞谱系追踪, 单细胞全基因组测序 | NA | NA |
9978 | 2025-10-07 |
Single cell transcriptomics reveals dysregulated immnue homeostasis in different stages in HPV-induced cutaneous squamous cell carcinoma
2024-Oct, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.15178
PMID:39385326
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示HPV诱导的皮肤鳞状细胞癌不同阶段免疫稳态失调的动态变化 | 首次在HPV诱导的cSCC中应用单细胞RNA测序技术,首次从不同感染阶段研究肿瘤发展过程 | 仅基于单一罕见病例研究,样本量有限 | 探索免疫稳态失调对HPV诱导的皮肤鳞状细胞癌发生发展的影响 | HPV诱导的皮肤鳞状细胞癌患者皮肤组织 | 单细胞转录组学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,免疫荧光实验 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 1例罕见HPV诱导cSCC患者的4种不同皮肤状态组织,共11379个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9979 | 2025-10-07 |
TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair in back pain conditions
2024-Jun-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.22.581620
PMID:38948728
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研究论文 | 本研究揭示了TNFα受体在椎间盘退变疼痛中限制修复的不同作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序发现促炎细胞因子主要由小群巨噬细胞表达,并阐明TNFR1介导的衰老和TNFR2信号缺失共同限制椎间盘细胞修复 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步体内验证 | 探究椎间盘退变疼痛中修复受限的分子机制 | 人类椎间盘退变组织及人纤维环细胞 | 单细胞生物学 | 椎间盘退变疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类椎间盘退变组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9980 | 2025-10-07 |
Hierarchically Assembled Nanofiber Scaffold Guides Long Bone Regeneration by Promoting Osteogenic/Chondrogenic Differentiation of Endogenous Mesenchymal Stem Cells
2024-06, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202309868
PMID:38259052
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研究论文 | 开发三维垂直排列纳米纤维支架促进内源性间充质干细胞成骨/成软骨分化以引导长骨再生 | 首创具有长通道和大孔径的三维垂直排列纳米纤维支架,能够从骨髓腔招募BMSCs并促进其向软骨细胞和成骨细胞分化 | 未明确说明样本数量和研究持续时间,缺乏与其他先进支架材料的直接对比 | 开发新型纳米纤维支架促进临界尺寸节段性长骨缺损的再生修复 | 骨髓间充质干细胞(BMSCs)和长骨缺损模型 | 组织工程 | 骨缺损 | 单细胞测序,免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据,组织染色图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |