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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9841 | 2025-10-07 |
Detecting early-warning biomarkers associated with heart-exosome genetic-signature for acute myocardial infarction: A source-tracking study of exosome
2024-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18334
PMID:38661439
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研究论文 | 本研究通过溯源分析血浆外泌体,检测与心脏外泌体遗传特征相关的急性心肌梗死早期预警生物标志物 | 首次通过去卷积算法实现血浆外泌体溯源分析,识别出三个与心脏外泌体遗传特征相关的急性心肌梗死早期预警生物标志物 | 仅分析了血浆总外泌体中的心脏来源部分,未完全排除其他器官外泌体的干扰 | 检测与心脏外泌体遗传特征相关的急性心肌梗死早期预警生物标志物 | 急性心肌梗死患者的血浆外泌体 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 去卷积算法, 加权基因共表达网络, 机器学习 | 机器学习 | 基因表达数据 | 住院患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9842 | 2025-10-07 |
Identification of PPAR-related differentially expressed genes liver hepatocellular carcinoma and construction of a prognostic model based on data analysis and molecular docking
2024-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18304
PMID:38652093
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肝细胞癌中PPAR相关基因表达,构建预后模型并筛选潜在治疗药物 | 首次在单细胞水平分析肝细胞癌中PPAR相关基因表达特征,构建基于8个PPAR相关基因的预后模型,并通过分子对接筛选潜在治疗药物 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探索肝细胞癌发展的分子机制并识别潜在治疗靶点 | 肝细胞癌组织样本和细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,分子对接,伤口愈合实验 | LASSO-Cox回归模型,ConsensusCluster分析 | 基因表达数据 | TCGA-LIHC、ICGC-LIRI和GSE14520数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9843 | 2025-10-07 |
Integrative analysis unveils ECM signatures and pathways driving hepatocellular carcinoma progression: A multi-omics approach and prognostic model development
2024-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18230
PMID:38568083
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示细胞外基质在肝细胞癌进展中的特征和作用机制,并开发了基于ECM的预后模型 | 整合单细胞转录组分析和多组学数据,系统揭示ECM在LIHC免疫浸润和预后分层中的新作用,并构建了有效的ECM预后模型 | 样本量相对有限(10个LIHC样本),需要在更大队列中进一步验证 | 探索细胞外基质在肝细胞癌进展中的作用机制并开发预后预测模型 | 肝细胞癌患者样本、肝癌细胞系 | 生物信息学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, Western blotting, 侵袭实验, Transwell实验 | Lasso回归 | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 蛋白质数据 | 10个LIHC样本(单细胞数据), TCGA-LIHC队列, CheckMate研究独立队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9844 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell and RNA-seq data to explore the role of focal adhesion-related genes in osteoporosis
2024-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18271
PMID:38534087
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研究论文 | 通过整合单细胞和RNA测序数据探索黏着斑相关基因在骨质疏松症中的作用 | 首次通过整合单细胞RNA测序和RNA测序数据识别出与骨质疏松相关的两个关键基因FAM129A和RNF24 | 研究样本量有限,仅基于GSE56815和GSE56116两个队列数据 | 挖掘与黏着斑相关的枢纽基因并研究其在骨质疏松症中的作用 | 骨质疏松症患者样本、小鼠模型、人类血液样本 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个基因表达数据集(GSE56815和GSE56116) | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
9845 | 2025-10-07 |
Histone modification-linked prognostic model for ovarian cancer reveals LBX2 as a novel growth promoter
2024-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18260
PMID:38520216
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研究论文 | 本研究构建了基于组蛋白修饰相关基因的卵巢癌预后模型,并发现LBX2作为新的生长促进因子 | 首次将组蛋白修饰相关基因与卵巢癌预后关联,并鉴定LBX2为新的卵巢癌增殖促进因子 | 研究基于回顾性数据,需要进一步实验验证 | 探索组蛋白修饰相关基因在卵巢癌预后预测中的作用 | 卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序 | Lasso回归 | 转录组数据 | 多个队列的卵巢癌患者数据 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
9846 | 2025-10-07 |
Prognostic and immunotherapeutic potential of regulatory T cell-associated signature in ovarian cancer
2024-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18248
PMID:38520220
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别Treg相关生物标志物,开发了卵巢癌预后模型并评估其免疫治疗潜力 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习算法构建Treg相关特征评分,用于卵巢癌预后预测和免疫治疗反应评估 | 需要进一步的外部验证和临床转化研究 | 探索调节性T细胞相关基因在卵巢癌中的预后价值和免疫治疗潜力 | 卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 机器学习 | 随机生存森林(RSF), LASSO | 基因表达数据 | 未明确指定样本数量,但识别了365个Treg相关基因 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
9847 | 2025-10-07 |
Construction of a prognostic model with CAFs for predicting the prognosis and immunotherapeutic response of lung squamous cell carcinoma
2024-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18262
PMID:38520221
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研究论文 | 本研究构建了基于癌症相关成纤维细胞(CAFs)的预后模型,用于预测肺鳞状细胞癌(LUSC)的预后和免疫治疗反应 | 首次在LUSC中系统分类CAFs亚型并构建包含9个CAF相关基因的预后特征模型 | CAFs在LUSC中的功能复杂且不确定,需要进一步验证 | 开发预测LUSC预后和免疫治疗反应的生物标志物模型 | 肺鳞状细胞癌患者和癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单变量Cox分析, 多变量Cox分析, ssGSEA, Kaplan-Meier分析 | Cox比例风险模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9848 | 2025-10-07 |
Rapid microfluidic isolation of virally infected primary bronchial epithelial cells for single-cell RNA sequencing
2021-07-16, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.2144/btn-2021-0020
PMID:34269076
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研究论文 | 介绍了一种使用微流控设备快速分离病毒感染的原代支气管上皮细胞用于单细胞RNA测序的优化方法 | 开发了可在生物安全柜内操作、使用常规实验室设备即可快速分离病毒感染细胞的微流控方法 | NA | 建立病毒感染支气管上皮细胞的高效分离方法以促进单细胞RNA测序研究 | 病毒感染的原代支气管上皮细胞和细胞系 | 单细胞测序技术 | 呼吸道病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9849 | 2025-04-10 |
FoxO1 mediates odontoblast differentiation of hDPSCs via B cell-derived ANGPTL1 in dental caries: A laboratory investigation
2025-May, International endodontic journal
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/iej.14206
PMID:39904951
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research paper | 本研究探讨了B细胞及其分泌因子ANGPTL1在龋齿条件下促进人牙髓干细胞(hDPSCs)向成牙本质细胞分化的作用,重点关注FoxO1的激活 | 揭示了B细胞分泌的ANGPTL1通过上调FoxO1促进hDPSCs向成牙本质细胞分化的新机制 | 研究主要基于实验室数据,尚未进行临床验证 | 探索龋齿环境下牙髓修复和再生的分子机制 | 人牙髓干细胞(hDPSCs)和B细胞 | dental research | dental caries | scRNA-Seq, ELISA, 免疫荧光染色, 双荧光素酶报告基因检测, 染色质免疫沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
9850 | 2025-04-10 |
ROICellTrack: A deep learning framework for integrating cellular imaging modalities in subcellular spatial transcriptomic profiling of tumor tissues
2025-Apr-08, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf152
PMID:40199763
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研究论文 | 开发了一个名为ROICellTrack的深度学习框架,用于更好地整合细胞成像与空间转录组分析 | 提出了一种新的深度学习框架,将细胞成像与空间转录组分析相结合,以分析肿瘤异质性 | 研究样本量较小,仅分析了56个ROI | 提高对肿瘤异质性的理解,以支持个性化和靶向治疗 | 膀胱尿路上皮癌(UCB)和上尿路尿路上皮癌(UTUC)的肿瘤组织 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 空间转录组技术(如GeoMx Digital Spatial Profiler) | 深度学习 | 图像和转录组数据 | 56个ROI | NA | NA | NA | NA |
9851 | 2025-10-07 |
Synthetic control removes spurious discoveries from double dipping in single-cell and spatial transcriptomics data analyses
2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.21.550107
PMID:37546812
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研究论文 | 提出一种名为ClusterDE的统计方法,用于识别单细胞和空间转录组数据分析中可靠的细胞类型和空间域标记基因 | 通过生成合成零数据作为阴性对照,有效控制假发现率并消除因双重检验导致的虚假发现 | NA | 解决单细胞和空间转录组数据分析中的双重检验问题,识别可靠的差异表达基因 | 单细胞转录组数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 统计方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
9852 | 2025-04-10 |
scRNA-Seq reveals age-dependent microglial evolution as a determinant of immune response following spinal cord injury
2024-12, Brain research bulletin
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脊髓损伤后不同年龄组小胶质细胞的亚型及其功能差异 | 首次系统性地鉴定了脊髓损伤后年龄依赖性小胶质细胞亚型演化及其免疫功能差异 | 研究主要基于生物信息学分析,动物模型验证样本量有限 | 探究年龄因素如何通过小胶质细胞亚型影响脊髓损伤后的免疫反应 | 脊髓损伤后的小胶质细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | scRNA-seq, 免疫荧光染色 | 伪时间轨迹分析, CellChat细胞通讯分析 | 基因表达数据 | 整合GEO数据库中多个数据集的小鼠模型样本 | NA | NA | NA | NA |
9853 | 2025-04-10 |
Investigating the mechanisms of inflammation and immune alterations in Parkinson's disease using spatial transcriptomics techniques
2024-10-15, Brain research bulletin
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探究帕金森病中炎症和免疫改变的机制 | 首次在MPTP诱导的帕金森病小鼠模型中应用空间转录组学技术,揭示了中脑黑质区域的病理变化与铁死亡之间的关联 | 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究帕金森病中炎症和免疫改变的分子机制 | MPTP诱导的帕金森病小鼠模型 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组测序 | MPTP诱导的小鼠模型 | 转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
9854 | 2025-04-10 |
Deciphering brain cellular and behavioral mechanisms: Insights from single-cell and spatial RNA sequencing
2024 Jul-Aug, Wiley interdisciplinary reviews. RNA
DOI:10.1002/wrna.1865
PMID:38972934
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在脑研究中的应用及其潜在问题和挑战 | 深入探讨了单细胞和空间RNA测序与神经科学多个方向的整合潜力,包括神经发育、新型脑微结构识别等 | 未具体说明数据处理中的具体技术限制或样本量限制 | 理解单个细胞或细胞类型在特定脑功能中的作用 | 脑细胞及其在脑功能中的作用 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
9855 | 2025-10-07 |
Hematopoietic stem and progenitor cells confer cross-protective trained immunity in mouse models
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107596
PMID:37664586
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研究论文 | 本研究揭示了造血干细胞和祖细胞通过训练免疫机制在不同病原体间提供交叉保护作用 | 发现HSPCs对感染产生异质性反应,可诱导骨髓源性巨噬细胞功能增强并产生针对不同病原体的交叉保护 | 研究仅限于小鼠模型,特异性反应和负责细胞类型仍需进一步明确 | 探究造血干细胞和祖细胞在训练免疫中的作用机制和交叉保护效应 | 小鼠造血干细胞和祖细胞及衍生的巨噬细胞 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9856 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and interactions of immune cells and Müller glia during zebrafish retina regeneration
2025-Dec-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-02083
PMID:38934409
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼视网膜再生过程中免疫细胞与Müller胶质细胞的异质性及相互作用 | 首次在斑马鱼视网膜中发现两种静息态Müller胶质细胞亚型及其不同的再生路径,并揭示炎症通过Jak1-Stat3信号通路激活胶质细胞重编程 | 研究仅限于斑马鱼模型,对哺乳动物视网膜再生的直接指导意义尚需验证 | 探究视网膜再生过程中免疫细胞与Müller胶质细胞的细胞异质性和相互作用机制 | 斑马鱼视网膜中的Müller胶质细胞和免疫细胞(包括小胶质细胞) | 单细胞生物学 | 视网膜损伤 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9857 | 2025-10-07 |
Dynamic development of microglia and macrophages after spinal cord injury
2025-Dec-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00063
PMID:39101644
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了脊髓损伤后小胶质细胞和巨噬细胞的动态发育差异 | 首次系统揭示脊髓损伤后小胶质细胞和巨噬细胞的不同演化路径及其功能差异 | NA | 探究脊髓损伤后小胶质细胞和巨噬细胞的动态发育过程及其功能差异 | 脊髓损伤后的小胶质细胞和巨噬细胞 | 单细胞组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 体内实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
9858 | 2025-10-07 |
Fasting-mimicking diet-enriched Bifidobacterium pseudolongum suppresses colorectal cancer by inducing memory CD8+ T cells
2025-Apr-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333020
PMID:39870395
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研究论文 | 本研究揭示了模拟禁食饮食通过富集假长双歧杆菌及其代谢产物L-精氨酸促进CD8+组织驻留记忆T细胞分化,从而抑制结直肠癌的机制 | 首次发现假长双歧杆菌是模拟禁食饮食抗肿瘤作用的关键介质,并阐明其通过产生L-精氨酸诱导记忆性CD8+T细胞分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证样本有限,机制研究尚未完全阐明所有信号通路 | 探究模拟禁食饮食通过肠道菌群调节抑制结直肠癌的免疫机制 | 结直肠癌小鼠模型和结直肠癌患者 | 免疫学与肿瘤学 | 结直肠癌 | 粪便宏基因组测序、单细胞RNA测序、多色流式细胞术、代谢组学分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、代谢组数据、流式细胞数据 | 结直肠癌小鼠模型和有限数量的结直肠癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 宏基因组测序, 代谢组学 | NA | NA |
9859 | 2025-10-07 |
Exploring and validating the marmoset as a primate model for chromosomal instability in early development
2025-Apr-07, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf012
PMID:40193493
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研究论文 | 本研究验证了狨猴作为研究灵长类早期发育中染色体不稳定性的合适模型 | 首次发现狨猴胚胎中存在异质性非整倍体,建立了naïve样狨猴多能干细胞系,揭示了非整倍体在囊胚发育中促进腔体形成的新作用 | 研究受限于动物模型系统,无法直接验证人类胚胎中的机制 | 探索灵长类早期发育中染色体不稳定性的调控机制 | 狨猴胚胎细胞和naïve样狨猴多能干细胞 | 发育生物学 | 胚胎发育异常 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9860 | 2025-10-07 |
Integrating microbial GWAS and single-cell transcriptomics reveals associations between host cell populations and the gut microbiome
2025-Apr-07, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-025-01978-w
PMID:40195537
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研究论文 | 开发计算框架scBPS整合微生物GWAS和单细胞转录组数据,揭示宿主细胞群体与肠道微生物组的关联 | 首次将微生物全基因组关联研究(GWAS)与单细胞RNA测序数据整合,开发scBPS计算方法系统解析宿主-微生物相互作用 | 研究主要基于计算预测和有限实验验证,需要更多功能实验确认机制 | 探索宿主遗传、肠道微生物组与特定细胞环境之间的关联机制 | 人类24个器官的单细胞RNA测序数据和207种微生物分类群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,微生物GWAS,转录组分析 | 计算框架(scBPS) | 基因组数据,转录组数据 | 24个人类器官,207种微生物分类群,254种宿主细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |