单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-05-06	Multi-omics analysis identified and confirmed TNF-α as a key initiator of the inflammatory response following spinal cord injury 2025-May-02, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143866 PMID:40319972	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了锌离子如何通过调节TNF-α信号通路来减轻脊髓损伤后的免疫炎症反应	首次结合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序技术，系统解析了锌离子在脊髓损伤后免疫炎症反应中的调控机制，并确认TNF-α信号通路的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步开展	阐明锌离子调控脊髓损伤后免疫炎症反应的分子机制	脊髓损伤后的免疫炎症反应及锌离子的调控作用	多组学分析	脊髓损伤	转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、代谢物数据	人类和小鼠免疫细胞图谱
962	2025-05-06	Single-cell transcriptomics reveals extracellular matrix remodeling and collagen dynamics during lactation in sheep mammary gland 2025-May-02, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143669 PMID:40319976	研究论文	通过单细胞转录组学揭示绵羊乳腺在哺乳期间的细胞外基质重塑和胶原蛋白动态变化	首次利用单细胞转录组学技术绘制了绵羊乳腺在哺乳期间的细胞图谱，并揭示了上皮细胞和肌上皮细胞在细胞外基质重塑中的关键作用	研究仅关注了产后60天和150天两个时间点，未能全面覆盖整个哺乳期的动态变化	探究绵羊乳腺在哺乳期间的细胞结构和分子机制，为人类乳腺健康研究提供参考	绵羊乳腺组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	产后60天和150天的绵羊乳腺组织样本
963	2025-05-06	Oncogenic Ras, Yki and Notch signals converge to confer clone competitiveness through Upd2 2025-May-02, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.04.017 PMID:40320143	研究论文	本文探讨了Ras、Yki和Notch信号如何通过上调Upd2来逆转scrib突变克隆的命运，使其从被消除转变为肿瘤性生长	发现Upd2作为Ras、Yki和Notch信号下游的关键汇聚点，并证明其在细胞竞争和肿瘤发生中的重要作用	研究主要基于果蝇模型，人类细胞中的类似机制尚需进一步验证	探究细胞竞争中信号通路的汇聚机制及其对克隆命运的影响	果蝇翅盘中的scrib突变克隆和肠道干细胞	细胞生物学	癌症	单细胞转录组学	果蝇模型	基因表达数据	NA
964	2025-05-06	Intercellular communication after myocardial infarction: macrophage as the centerpiece 2025-May-02, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102757 PMID:40320153	综述	本文综述了心肌梗死后巨噬细胞作为核心的细胞间通讯及其在损伤修复中的作用	揭示了巨噬细胞亚群的动态变化及其在心肌梗死后细胞间通讯中的核心作用，提出了以巨噬细胞为中心的新靶向治疗策略	NA	探讨心肌梗死后巨噬细胞在损伤修复和重塑过程中的作用及其治疗潜力	心肌梗死后巨噬细胞及其与其他心脏细胞的相互作用	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
965	2025-05-06	Human skeletal development and regeneration are shaped by functional diversity of stem cells across skeletal sites 2025-May-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.02.013 PMID:40118065	research paper	该研究通过整合人类骨骼干细胞（hSSCs）的前瞻性分离、功能实验和单细胞RNA测序分析，揭示了骨骼发育和再生过程中hSSCs的功能多样性及其与骨骼表型的关联	发现了hSSCs在发育过程中的软骨生成、骨生成、基质和纤维生成亚型，并揭示了这些亚型在不同骨骼部位的独特组成及其在体内的克隆动态	研究主要关注人类骨骼干细胞，可能无法完全代表其他物种或更广泛的骨骼疾病	探究人类骨骼干细胞的功能多样性及其在骨骼发育、再生和衰老过程中的作用	人类骨骼干细胞（hSSCs）	干细胞生物学	骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自十个骨骼部位的hSSCs样本
966	2025-05-06	Integrated molecular-phenotypic profiling reveals metabolic control of morphological variation in a stem-cell-based embryo model 2025-May-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.012 PMID:40245869	研究论文	该研究通过整合分子和表型分析，揭示了干细胞胚胎模型中形态变异的代谢控制机制	利用机器学习整合时间分辨单细胞RNA测序与基于成像的表型分析，识别出预测表型终态的早期特征，并揭示了氧化磷酸化和糖酵解的早期失衡导致形态异常和神经谱系偏好的机制	研究结果可能仅限于特定的干细胞胚胎模型，需要进一步验证在其他模型中的普适性	探究干细胞胚胎模型中表型变异的生物学基础并提高其可重复性	模拟胚胎躯干形成的个体结构的转录组状态和形态历史	干细胞研究	NA	单细胞RNA测序、成像表型分析	机器学习	转录组数据、图像数据	NA
967	2025-05-06	Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses 2025-May-01, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002 PMID:40273915	研究论文	开发了一种生成内源性标记蛋白质复合细胞池的方法，用于高通量可视化和扰动，以研究蛋白质组的组织、调控和功能	提出了一种新方法，通过内源性标记和配体诱导的蛋白质错误折叠，结合单细胞RNA测序，揭示了蛋白质质量控制的响应机制	未明确提及样本量或实验的具体限制条件	实现蛋白质组组织、调控和功能的系统水平理解	内源性标记的蛋白质及其在细胞中的定位和错误折叠响应	蛋白质组学	NA	高通量成像、原位条形码测序、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	NA
968	2025-05-06	Single-cell sequencing combined with bulk RNA seq reveals the roles of natural killer cell in prognosis and immunotherapy of hepatocellular carcinoma 2025-May-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99638-w PMID:40312525	研究论文	结合单细胞测序和批量RNA测序技术，研究自然杀伤细胞在肝细胞癌预后和免疫治疗中的作用	首次结合单细胞测序和WGCNA分析，构建基于NK细胞相关基因的风险模型，用于预测HCC患者的预后和免疫治疗反应	研究样本量未明确说明，且模型验证可能需要在更大规模的临床队列中进行	探索NK细胞与肝细胞癌的关系，并构建预后预测模型	肝细胞癌患者和NK细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序, 批量RNA测序, WGCNA, ssGSEA	LASSO + StepCox, Multicox分析	RNA-seq数据	NA
969	2025-05-06	Prognosis, immunological features and potential mechanisms of HKR1 in prostate cancer via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14230-9 PMID:40312663	research paper	通过单细胞和批量RNA测序研究HKR1在前列腺癌中的预后、免疫学特征及潜在机制	揭示了HKR1在前列腺癌中的表达、预后价值及其与免疫细胞浸润和信号通路的关联，并鉴定出两个新的lncRNA-RBP-HKR1调控轴	研究主要基于在线数据库和实验室验证，未涉及大规模临床试验	探索HKR1作为前列腺癌预后和免疫治疗反应的新型生物标志物的潜力	前列腺癌组织和细胞系	digital pathology	prostate cancer	bulk RNA-seq, scRNA-seq, qPCR	Cox回归分析	RNA测序数据	前列腺癌细胞系和组织样本
970	2025-05-06	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of tumor-associated neutrophils of head and neck squamous cell carcinoma 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14179-9 PMID:40312694	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤相关中性粒细胞的分子特征	开发了一个基于肿瘤相关中性粒细胞特征基因的预后风险模型(NRS)，并验证了其在预测患者总体生存率方面的可靠性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证	探索肿瘤相关中性粒细胞在头颈部鳞状细胞癌中的临床意义	头颈部鳞状细胞癌患者及其肿瘤相关中性粒细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 大块RNA测序	预后风险模型(NRS)	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的HNSCC患者样本
971	2025-05-06	Habitat radiomics predicts occult lymph node metastasis and uncovers immune microenvironment of head and neck cancer 2025-May-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06474-7 PMID:40312725	研究论文	本研究通过建立基于瘤内、瘤周和栖息地区域的放射组学模型，预测头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的隐匿性淋巴结转移（LNM），并揭示其免疫微环境特征	首次结合瘤内、瘤周和栖息地区域的放射组学特征，构建了预测隐匿性LNM的模型，并通过基因组和单细胞RNA测序揭示了模型的生物学机制	研究样本来自三个医疗中心，可能存在选择偏倚，且单细胞RNA测序样本量较小（n=6）	预测头颈部鳞状细胞癌的隐匿性淋巴结转移并探索其免疫微环境特征	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	放射组学分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	Logistic Regression (LR)、Support Vector Machine (SVM)、Random Forest (RF)	影像数据、基因组数据、单细胞RNA测序数据	训练集330例，内部测试集154例，外部测试集183例，TCGA基因组数据集50例，单细胞RNA测序数据集6例
972	2025-05-06	Therapy-induced senescence is a transient drug resistance mechanism in breast cancer 2025-May-01, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02310-0 PMID:40312750	研究论文	该研究揭示了治疗诱导的衰老（TIS）作为乳腺癌中一种可逆的药物耐药机制	挑战了TIS不可逆的传统观点，证明TIS是一种可逆的药物耐药机制，并可能促进复发	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索治疗诱导的衰老在乳腺癌药物耐药中的作用机制	乳腺癌细胞系和三阴性乳腺癌小鼠模型	癌症生物学	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、表面蛋白质组学	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据	四种乳腺癌细胞系和一个三阴性乳腺癌小鼠模型
973	2025-05-06	Deep scSTAR: leveraging deep learning for the extraction and enhancement of phenotype-associated features from single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf160 PMID:40315434	研究论文	介绍了一种基于深度学习的工具Deep scSTAR，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中提取和增强表型相关特征	开发了Deep scSTAR工具，能够识别与疾病表型相关的细胞亚群和分子特征，特别是在非小细胞肺癌、肾细胞癌和肝细胞癌中的应用	NA	提高从单细胞和空间转录组数据中提取表型相关特征的准确性和效率	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	非小细胞肺癌, 肾细胞癌, 肝细胞癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学	深度学习	基因表达数据	NA
974	2025-05-06	Research on Peripheral Nerve Aging and Degeneration: Cellular Changes and Mechanism Exploration From the Perspective of Single-Cell Sequencing 2025-May, The European journal of neuroscience DOI:10.1111/ejn.70129 PMID:40317786	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析老年大鼠背根神经节和坐骨神经，探索外周神经系统衰老和退化的机制	首次通过单细胞测序揭示外周神经系统衰老过程中不同细胞类型的转录特征，并发现抗衰老蛋白PCDH9与雪旺细胞增殖分化的关联	研究仅基于大鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索外周神经系统衰老和退化的细胞变化及分子机制	成年和老年大鼠的背根神经节(DRG)和坐骨神经(SN)	生物医学	老年疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	成年和老年大鼠的DRG和SN组织样本
975	2025-05-06	Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated with Metastasis Risk in Colorectal Cancer 2025-Apr-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.04.22.25326170 PMID:40313260	研究论文	本研究通过基于组织学的虚拟RNA推断技术，识别了与结直肠癌转移风险相关的通路	开发了虚拟RNA推断（VRI）技术，直接从H&E染色组织图像中获取空间转录组水平的分子信息，无需进行空间转录组测序	某些肿瘤相关通路仅通过组织学无法完全捕获	改进结直肠癌的筛查、预后评估、疾病管理和治疗方法	结直肠癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	虚拟RNA推断（VRI），空间转录组学（ST）	UNI, ResNet-50, ViT, VMamba	H&E染色组织图像	45名患者，超过300,000个Visium点
976	2025-05-06	Construction of a Prognostic Model for Lysosome-dependent Cell Death in Gastric Cancer Based on Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Data 2025-Apr-20, Biomedical and environmental sciences : BES IF:3.0Q2 DOI:10.3967/bes2024.159 PMID:40320925	研究论文	基于单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，构建了胃癌中溶酶体依赖性细胞死亡的预后模型	识别了与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因，并建立了具有强大预测能力的风险模型	研究依赖于特定数据集（TCGA和GSE183904），可能限制了结果的普遍适用性	识别与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因并构建预测模型	胃癌患者及其相关基因表达数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, WGCNA, Cox回归分析	风险模型	基因表达数据	TCGA数据集中的胃癌样本及GSE183904单细胞数据集
977	2025-05-06	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	研究论文	本文介绍了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，旨在整合组织病理学图像和转录组学数据	开发了OmiCLIP模型，首次将H&E图像与转录组学数据通过组织块进行整合，并构建了Loki平台提供多种功能	未明确提及具体限制，但可能涉及模型在更广泛数据集上的泛化能力	开发一个能够整合组织病理学图像和转录组学数据的计算模型	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	OmiCLIP	图像, 转录组数据	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
978	2025-05-06	Practical microenvironment classification in diffuse large B cell lymphoma using digital pathology 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102030 PMID:40112808	research paper	该研究利用数字病理学和免疫组织化学标记对弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的微环境进行分类，提出了一种基于CD3、CD8、CD68、PD-L1和胶原的染色算法	开发了一种基于免疫组织化学标记和数字病理学的DLBCL微环境分类算法，与转录组分类的一致性超过80%，并验证了其与单细胞测序结果的一致性	未明确说明样本的具体数量或来源限制	将DLBCL的微环境分类整合到临床实践中，以指导精准医疗	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）及其微环境	digital pathology	lymphoma	immunohistochemistry, digital pathology, single-cell sequencing	NA	image, sequencing data	NA
979	2025-05-06	A spatially resolved transcriptome landscape during thyroid cancer progression 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102043 PMID:40157360	research paper	本研究整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境（TME）的空间动态变化图谱	揭示了甲状腺癌进展过程中分子和细胞异质性，鉴定了三个不同的甲状腺细胞元簇，并建立了高置信度的细胞间相互作用	NA	探究甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境的空间动态变化	甲状腺癌组织（包括旁甲状腺组织、乳头状甲状腺癌、局部晚期乳头状甲状腺癌和未分化甲状腺癌）	digital pathology	thyroid cancer	spatial transcriptomics, single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	多种甲状腺癌组织样本（具体数量未提及）
980	2025-05-06	Altered baseline immunological state and impaired immune response to SARS-CoV-2 mRNA vaccination in lung transplant recipients 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102050 PMID:40187358	研究论文	研究探讨了肺移植受者在基线状态和接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫状态变化，并与健康对照组进行比较	采用多组学方法揭示了肺移植受者基线免疫状态与严重COVID-19和败血症相似，并发现其疫苗接种后免疫反应受损	研究未涉及其他器官移植受者，且样本量可能有限	评估肺移植受者接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫反应	肺移植受者和健康对照组	免疫学	COVID-19	多组学方法、单细胞RNA测序	NA	免疫学数据、RNA测序数据	肺移植受者和健康对照组