单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-05-07	MSC-EVs and UCB-EVs promote skin wound healing and spatial transcriptome analysis 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87592-6 PMID:39893214	研究论文	研究探讨了间充质干细胞来源的细胞外囊泡（MSC-EVs）和脐带血浆来源的细胞外囊泡（UCB-EVs）对皮肤伤口愈合和疤痕减少的影响	首次使用空间转录组学（ST）分析MSC-EVs和UCB-EVs对小鼠皮肤组织中主要细胞类型异质性和伤口愈合途径的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究MSC-EVs和UCB-EVs对皮肤伤口愈合和疤痕形成的促进作用及其机制	小鼠皮肤伤口模型和人皮肤成纤维细胞（HDF-a）	再生医学	皮肤创伤	超速离心、透射电子显微镜、纳米颗粒跟踪分析、Western blot、细胞划痕实验、细胞迁移实验、细胞增殖实验、空间转录组学（ST）	NA	细胞实验数据、小鼠皮肤组织样本	小鼠皮肤组织样本（未明确数量）和人皮肤成纤维细胞（HDF-a）
902	2025-05-07	Oocyte transcriptomes and follicular fluid proteomics of ovine atretic follicles reveal the underlying mechanisms of oocyte degeneration 2025-Feb-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11291-9 PMID:39893388	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和串联质谱标签蛋白质组学技术，探究了绵羊闭锁卵泡中卵母细胞和卵泡液的转录调控机制及蛋白质谱	鉴定了175个闭锁特异性基因和8个候选卵母细胞分泌因子，揭示了卵母细胞铁死亡调控的新机制，并发现了与卵泡闭锁相关的两个卵母细胞分泌生物标志物PGK1和ANGPT2	研究结果主要基于绵羊模型，在人类或其他哺乳动物中的适用性需要进一步验证	阐明卵泡闭锁过程中卵母细胞退化的分子机制	绵羊闭锁卵泡中的卵母细胞和卵泡液	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 串联质谱标签(TMT)蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	NA
903	2025-05-07	Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70226 PMID:39902678	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探索了抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中单核-巨噬细胞动态在免疫失调中的关键作用	揭示了外周与肺部免疫景观的显著对比，以及单核-巨噬细胞系在免疫失调中的核心作用	样本量较小，仅涉及五名患者	深入了解严重抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中外周和肺部免疫失调的机制，并探索潜在的治疗靶点	抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病患者的外周血单核细胞和支气管肺泡灌洗液	免疫学	间质性肺病	单细胞RNA测序、Luminex检测、流式细胞术	NA	RNA序列数据	5名患者的支气管肺泡灌洗液和配对的外周血单核细胞
904	2025-05-07	Single-Cell Sequencing Reveals Heterogeneity and Interactions Between Epithelial Cells and Fibroblasts in Post-ESD Oesophageal Stricture 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70411 PMID:39910700	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究食管狭窄组织中上皮细胞和成纤维细胞的异质性及其相互作用	首次在单细胞水平揭示了食管狭窄组织中上皮细胞和成纤维细胞的异质性及其相互作用，并识别了关键的配体-受体对	样本量有限，未进行功能验证实验	阐明食管狭窄形成的分子机制并寻找潜在治疗靶点	食管狭窄组织和正常对照组织	单细胞测序	食管狭窄	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	食管狭窄样本和正常对照样本（具体数量未说明）
905	2025-05-07	IgG Signalling Involves in Skin Inflammation of Atopic Dermatitis 2025-Feb, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70058 PMID:39912287	研究论文	本研究探讨了IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型（特别是IgG）在特应性皮炎（AD）皮肤病变中的作用	揭示了IgG在AD皮肤炎症中的潜在作用及其通过巨噬细胞促进Th2炎症的机制	未明确IgG具体通过何种机制激活巨噬细胞及促进炎症	研究IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型在AD皮肤病变中的作用	特应性皮炎患者及非过敏性健康受试者的皮肤病变和PBMCs	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序、BCR库分析	NA	mRNA数据、单细胞RNA测序数据	AD患者及健康受试者的皮肤病变和PBMCs样本
906	2025-05-07	Derivation of a Human Brain Organoid with Microglia Development 2025-Jan-17, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67491 PMID:39895643	research paper	该研究开发了一种包含小胶质细胞发育的人类大脑类器官模型，用于研究神经炎症和神经感染性疾病	通过将iPSC分化的造血祖细胞（HPC）整合到iPSC衍生的胚胎体（EBs）中，成功构建了同时包含小胶质细胞和神经元的大脑类器官模型	当前方法在技术上具有挑战性，可能导致最终类器官中小胶质细胞的数量和质量存在不一致性	研究小胶质细胞与神经元发育的早期相互作用，以及神经炎症和神经感染性疾病的模型建立	人类大脑类器官	神经科学	神经炎症和神经感染性疾病	免疫染色和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）分析	3D类器官模型	基因表达数据和图像数据	NA
907	2025-05-07	APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631993 PMID:39829843	研究论文	本文介绍了一种名为APMAT的实验计算框架，用于高通量捕获和分析CD8 T细胞，以及配对抗原、TCR序列和单细胞转录组	开发了APMAT框架，首次实现了抗原-TCR配对与T细胞表型的多组学分析，揭示了抗原-TCR对的物理化学特征与T细胞表型和持久性的强关联	研究仅针对HLA A*02:01 COVID-19参与者，样本量相对有限（62人）	阐明I类肽抗原、特异性CD8 T细胞受体（TCR）和抗原刺激后出现的T细胞表型之间的关系	CD8 T细胞及其TCR序列、抗原和单细胞转录组	免疫学	COVID-19	单细胞分析、高通量测序	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	62名HLA A*02:01 COVID-19参与者
908	2025-05-07	Analysis of synthetic polymer hydrogel-based generation of leukemia stem cells 2025-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151149 PMID:39700762	研究论文	本文通过合成聚合物水凝胶培养K562白血病细胞，使其获得白血病干细胞特性，并研究了AKR1B1和TSPYL5在干细胞特性生成中的关键作用	首次利用合成聚合物水凝胶培养系统快速生成白血病干细胞，并鉴定出AKR1B1和TSPYL5作为潜在的干细胞治疗靶点	研究仅针对K562白血病细胞系，未在其他白血病模型或体内实验中验证	开发快速生成白血病干细胞的方法并探索其治疗靶点	K562白血病细胞	癌症研究	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	K562细胞系
909	2025-05-07	TBX3 shapes an immunosuppressive microenvironment and induces immunotherapy resistance 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.103175 PMID:39897553	research paper	该研究探讨了TBX3在膀胱癌免疫抑制微环境中的作用及其对免疫治疗抵抗的影响	首次系统性地揭示了TBX3通过调节TGFβ1表达促进免疫抑制微环境形成的分子机制，并验证了TBX3作为免疫治疗疗效预测标志物的潜力	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证TBX3的临床应用价值	探索膀胱癌免疫治疗抵抗的分子机制并寻找新的治疗靶点	膀胱癌组织和细胞	肿瘤免疫学	膀胱癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、高通量细胞因子阵列、ProcartaPlex多重免疫分析、TissueFAXS全景组织定量分析	NA	RNA测序数据、组织微阵列数据	多个公共数据库样本和真实世界免疫治疗队列
910	2025-05-07	Glycosphingolipids-Dependent Phospholipid Metabolism Enhances Cancer Initiation and Progression through SMPD1/GLTP/B3GALT4/ST8SIA6 Signaling Axis: A Novel Therapeutic Target 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.103834 PMID:39898245	研究论文	通过整合单细胞测序数据和TCGA数据库，研究鞘脂代谢在结直肠癌发生发展中的关键作用	发现鞘脂代谢失调在结直肠癌发展中的关键作用，并确定了几个潜在的治疗靶点	未提及实验验证或临床前研究的具体结果	探索结直肠癌发生发展的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	结直肠癌细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞测序	NA	测序数据	NA
911	2025-05-07	Comprehensive Pan-Cancer Analysis of RAC1 Decoding the Impact on Cancer Prognosis and B cell immune Regulation 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.104488 PMID:39898257	研究论文	本文对RAC1在33种癌症类型中的表达及其对癌症预后和B细胞免疫调节的影响进行了全面分析	揭示了RAC1在多种癌症中的高表达及其与不良预后的关联，首次系统研究了RAC1在肿瘤免疫微环境中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索RAC1在泛癌水平上的表达特征及其对肿瘤免疫微环境的调控作用	33种癌症类型中的RAC1表达	癌症基因组学	泛癌分析	基因组变异分析（CNV、TMB、MSI）、单细胞转录组分析、空间转录组分析	预后特征模型	基因组数据、转录组数据	33种癌症类型的多组学数据
912	2025-05-07	Research Trends and Dynamics in Single-cell RNA Sequencing for Musculoskeletal Diseases: A Scientometric and Visualization Study 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.104697 PMID:39898252	研究论文	本研究通过科学计量和可视化方法，分析了过去15年单细胞RNA测序技术在肌肉骨骼疾病研究中的应用趋势和动态	首次对scRNA-seq在肌肉骨骼疾病领域的应用进行全面科学计量和可视化分析，揭示了研究趋势、关键方向和未来前景	数据来源仅限于Web of Science核心合集，可能未涵盖所有相关研究	分析scRNA-seq技术在肌肉骨骼疾病研究中的应用进展和趋势	肌肉骨骼疾病相关的scRNA-seq研究文献	数字病理	肌肉骨骼疾病	scRNA-seq	NA	文献数据	Web of Science核心合集中2009年1月1日至2024年9月6日的相关文献
913	2025-05-07	Integrating Tissue Microarray to GeoMx® Digital Spatial Profiler : Spatial Transcriptomics Assay with Bioinformatics Analysis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_9 PMID:39900760	研究论文	本文介绍了如何将组织微阵列整合到GeoMx®数字空间分析仪中，进行空间转录组学检测及生物信息学分析	详细描述了数字空间分析仪（DSP）的NGS检测协议及生物信息学分析流程，特别关注组织微阵列的整合及GeoMx RNA检测的特定方法	依赖于NanoString公司提供的GeoMX DSP指南和GeoMx数据分析手册的当前版本，需定期检查更新	推动空间转录组学技术在疾病研究和治疗中的应用	组织微阵列和GeoMx RNA检测	空间转录组学	NA	NGS, RNA-Seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
914	2025-05-07	Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_13 PMID:39900764	研究论文	介绍了一种名为SciDAP的用户友好平台，用于加速单细胞测序数据分析	SciDAP平台为不具备计算专业知识的生物学家提供了便携且可重复的测序数据分析流程，使用Common Workflow Language (CWL)编写	未提及具体的数据分析精度或与其他平台的比较	解决单细胞测序数据分析中的复杂性和可重复性问题	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-Seq)和单细胞多组学测序(scMultiome)数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiome, scVDJ-Seq	NA	测序数据	NA
915	2025-05-07	Analysis of downstream targets of PAX6 and LHX2, fundamental regulators of the developing mammalian neocortex 2025, Journal of biosciences IF:2.1Q2 PMID:39912400	研究论文	分析PAX6和LHX2这两个哺乳动物大脑皮层发育中的基本调控因子的下游靶基因	比较了PAX6和LHX2的染色质占据情况以及各自缺失时的转录失调，识别了共同直接和间接靶基因，并分析了它们在神经发生过程中的表达模式	未进行实验验证所提出的假设	探究PAX6和LHX2在哺乳动物大脑皮层发育中的基因调控网络	PAX6和LHX2转录因子及其下游靶基因	发育生物学	NA	染色质占据分析、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、转录组数据	NA
916	2025-05-07	Biophysical model for joint analysis of chromatin and RNA sequencing data 2024-Dec, Physical review. E DOI:10.1103/PhysRevE.110.064405 PMID:39916216	研究论文	提出了一种用于联合分析染色质和RNA测序数据的生物物理模型	开发了一种生物物理模型，用于参数化多组数据，并评估多组数据相对于未注册的单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq的优势	未提及具体样本量或实验验证的局限性	研究如何联合分析染色质可及性和基因表达数据，以评估多组数据的优势	染色质动态和转录过程	生物信息学	NA	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞多组学方法	生物物理模型	测序数据	NA
917	2025-05-07	Cell-type deconvolution for bulk RNA-seq data using single-cell reference: a comparative analysis and recommendation guideline 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf031 PMID:39899596	研究论文	本文通过系统评估九种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，提出了在不同场景下选择合适方法的推荐指南	首次系统比较了多种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，并提出了实用推荐指南	研究仅评估了九种方法，可能未涵盖所有现有方法	评估和比较基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法在组织细胞类型比例估计中的准确性和鲁棒性	九种反卷积方法和五组单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术	NA	RNA测序数据	五组单细胞RNA测序数据集和真实批量数据
918	2025-05-07	Single-cell multi-omics analysis reveals cooperative transcription factors for gene regulation in oligodendrocytes 2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599799 PMID:38948852	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示了少突胶质细胞中转录因子的协同作用对基因调控的影响	整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，识别了少突胶质细胞中协同调控靶基因表达的转录因子对，并利用深度学习模型预测了这些转录因子的重要性	研究主要基于计算模型预测，部分结果需要实验验证	探究少突胶质细胞中转录因子如何协同调控基因表达	少突胶质细胞及其转录因子	生物信息学	脑部疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq	深度学习模型	单细胞多组学数据	NA
919	2025-05-07	Utilization of donor CLL-1 CAR-T cells for the treatment of relapsed of acute myeloid leukemia following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491341 PMID:39896798	research paper	评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病中的疗效和安全性	首次使用供体来源的CLL-1 CAR-T细胞治疗异基因造血干细胞移植后复发的AML患者，并探索了CAR-T细胞输注前的CD4+和CD8+比例调整以减轻副作用	样本量较小（12例患者），且2例患者因疾病快速进展退出研究	评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗AML中的疗效和安全性	14例异基因造血干细胞移植后复发的AML患者（最终12例接受治疗）	肿瘤免疫治疗	急性髓系白血病（AML）	scRNA-seq	CAR-T细胞疗法	临床数据、单细胞RNA测序数据	12例接受治疗的AML患者
920	2025-05-07	Characterizing tumor biology and immune microenvironment in high-grade serous ovarian cancer via single-cell RNA sequencing: insights for targeted and personalized immunotherapy strategies 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1500153 PMID:39896800	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究高级别浆液性卵巢癌的肿瘤生物学特性及免疫微环境，为靶向和个性化免疫治疗策略提供见解	利用单细胞RNA测序技术系统研究HGSOC的肿瘤异质性和免疫微环境，发现与不良预后相关的C2 IGF2+肿瘤细胞亚型及其与肿瘤进展的关联	研究依赖于公开数据库的scRNA-seq数据，可能受限于样本量和数据质量	揭示HGSOC进展和治疗抵抗的分子机制，开发更有效的个性化治疗策略	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤细胞亚型及其免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	从GEO数据库获取的scRNA-seq数据