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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 901 | 2026-03-23 |
Resveratrol ameliorates sepsis-induced immune dysfunction by targeting GADD45A to maintain hematopoietic stem cell homeostasis: A predictive study integrating ensemble machine learning, single-cell transcriptomics, and molecular dynamics simulation
2026-May-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116470
PMID:41806693
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研究论文 | 本研究整合了网络药理学、集成机器学习、单细胞转录组学和分子动力学模拟,预测并验证了白藜芦醇通过靶向GADD45A调节造血干细胞稳态,从而改善脓毒症免疫功能障碍的潜在药理机制 | 首次整合了113种算法组合的集成机器学习框架、单细胞转录组学虚拟敲除技术以及分子动力学模拟,系统性地预测和验证了白藜芦醇在脓毒症中通过GADD45A调节造血干细胞分化的新机制 | 本研究主要基于计算预测和体外模拟,缺乏体内实验验证;分子动力学模拟时间(100 ns)相对较短;单细胞数据来源未明确说明 | 探究白藜芦醇改善脓毒症相关免疫功能障碍的潜在药理机制 | 脓毒症免疫功能障碍、造血干细胞、GADD45A基因、白藜芦醇 | 计算生物学、生物信息学 | 脓毒症 | 网络药理学、集成机器学习、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟 | 集成机器学习、SHAP可解释性分析、CIBERSORT、scTenifoldKnk虚拟敲除算法 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、分子结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 902 | 2026-03-02 |
Functional validation gaps in single-cell RNA sequencing-defined neuronal subtypes
2026-Apr-16, Neuroscience
IF:2.9Q2
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 903 | 2026-03-23 |
Genomic and Transcriptomic Profiling of High-risk Bladder Cancer Reveals Diverse Molecular and Microenvironment Ecosystems
2026-Apr, European urology
IF:25.3Q1
DOI:10.1016/j.eururo.2025.09.4138
PMID:41058365
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研究论文 | 本研究通过基因组和转录组分析,识别了高风险膀胱癌的分子亚型,并开发了一个机器学习模型来预测复发风险 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组学验证,首次揭示了具有高内源性逆转录元件表达和共生细菌存在的炎症肿瘤亚型对BCG治疗反应最佳 | 样本量有限,需要在更大队列中进行验证 | 识别高风险膀胱癌的分子亚型,并开发预测复发风险的精准框架以指导治疗 | 高风险膀胱癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 靶向基因组测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 机器学习模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 未明确指定样本数量,但提及样本量有限 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 904 | 2026-03-23 |
CD4+ T cells in Type 1 Diabetes: Inferring Stage-specific Dysregulation from scRNA-seq
2026-Mar-21, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzag027
PMID:41863331
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研究论文 | 本研究通过对1型糖尿病儿童、一级亲属及健康对照的外周血单个核细胞进行大规模单细胞转录组分析,揭示了疾病不同阶段的特异性免疫失调特征 | 首次通过大规模单细胞转录组分析系统描绘了1型糖尿病不同疾病阶段的系统性免疫重塑图谱,并识别出阶段特异性的免疫特征和细胞间通讯变化 | 研究样本仅来自儿童外周血,未涉及胰腺组织或其他器官;观察性研究无法确定因果关系;样本量虽大但仍需进一步验证 | 阐明1型糖尿病的细胞和分子机制,识别疾病阶段的特异性免疫失调特征 | 1型糖尿病儿童患者、一级亲属及健康对照的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 大规模样本(具体数量未明确说明),包括儿童T1D患者、一级亲属和健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 905 | 2026-03-23 |
Structure-Preserving Multivariate Hypothesis Testing for Mass Spectrometry Imaging and Single-Cell Data
2026-Mar-21, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag137
PMID:41863333
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研究论文 | 本文提出了一种名为block-SAM的结构保持多元假设检验方法,用于处理质谱成像和单细胞RNA测序数据,以减少假发现并保留生物学信号 | 开发了block-SAM方法,通过考虑像素或细胞的嵌套结构(源自个体样本),避免了传统分析中独立假设导致的样本量膨胀和假发现增加问题 | 未明确说明方法在更广泛数据集或技术中的适用性限制 | 开发一种统计方法,以在高分辨率数据(如质谱成像和单细胞RNA测序)中减少假发现并提高生物学解释的可靠性 | 质谱成像数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 肺癌、卵巢癌、肾癌 | 质谱成像、单细胞RNA测序 | block-SAM(基于SAM的改进方法) | 图像数据、基因表达数据 | 模拟和真实数据集,包括肾、肺、卵巢肿瘤的DESI-MSI数据以及转移性肾细胞癌的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序、质谱成像 | NA | NA |
| 906 | 2026-03-23 |
crocketa: an automated Snakemake framework for integrated single-cell transcriptome and immune-repertoire analysis
2026-Mar-21, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12767-y
PMID:41864892
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 907 | 2026-03-23 |
Palmatine ameliorates MASLD in type 2 diabetes by modulating hepatic apoptosis and inflammation
2026-Mar-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-45476-3
PMID:41865191
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研究论文 | 本研究通过多组学生物信息学分析和实验验证,揭示了黄连素通过调控肝细胞凋亡和炎症改善2型糖尿病相关代谢功能障碍相关脂肪性肝病的作用机制 | 首次采用顺序性多组学生物信息学工作流程生成可验证的机制假说,并识别出ADRB2、BCL3、EGR1、FOS和MAP3K8五个核心靶点,阐明了黄连素通过抑制肝细胞凋亡改善MASLD的新机制 | 研究仅在动物模型中进行验证,尚未进行人体临床试验;多组学分析主要基于生物信息学预测,需要更多实验数据支持 | 探究黄连素改善2型糖尿病相关代谢功能障碍相关脂肪性肝病的作用机制 | 2型糖尿病大鼠模型中的肝脏组织 | 生物信息学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞测序,分子对接,机器学习 | 机器学习 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 2型糖尿病大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 908 | 2026-03-23 |
SA2E: spatial-aware auto-encoder for cell type deconvolution of spatial transcriptomics data
2026-Mar-20, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag133
PMID:41863296
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研究论文 | 本文提出了一种空间感知自编码器框架(SA2E),用于空间转录组学数据的细胞类型解卷积,无需预定义细胞类型生物标志物 | SA2E通过空间正则化自编码器学习潜在点表示,并利用模拟数据进行监督预训练,从而在没有预定义标记基因的情况下实现细胞类型解卷积 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种无需预定义细胞类型生物标志物的空间转录组学数据细胞类型解卷积方法 | 空间转录组学数据和单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 自编码器 | 基因表达数据和空间位置数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 909 | 2026-03-23 |
Hyperinnervation inhibits organ-level regeneration in mammalian skin
2026-Mar-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2026.02.027
PMID:41864207
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研究论文 | 本研究揭示了哺乳动物皮肤器官水平再生能力在出生后丧失的机制,发现成纤维细胞驱动的过度神经支配是关键障碍,并证明去除该障碍可恢复再生能力 | 首次发现胚胎晚期皮肤损伤可实现多谱系器官水平再生,但出生后丧失此能力;通过单细胞测序鉴定出产后伤口特异性成纤维细胞(PWF)群体;确定Timp1、Cxcl12和Ccl7三个基因为再生抑制因子;证明减少过度神经支配可恢复器官水平再生 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类或其他哺乳动物中验证;具体信号通路机制需进一步阐明;长期再生效果和功能恢复需更多评估 | 探究哺乳动物皮肤器官水平再生的调控机制及出生后再生能力丧失的原因 | 小鼠胚胎和出生后皮肤的全层损伤模型 | 发育生物学与再生医学 | 皮肤损伤与再生障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 910 | 2026-03-23 |
RARRES1 marks an immune-cold, chemoresistance-associated malignant epithelial subpopulation enriched in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Mar-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04361-8
PMID:41854891
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,识别了胰腺导管腺癌中一个与化疗耐药和免疫抑制相关的恶性上皮亚群,并确定RARRES1为其核心上调基因及新的泛癌预后生物标志物 | 首次在PDAC中鉴定出一个富含于进展性疾病和肝转移样本的恶性上皮亚群,该亚群具有免疫冷表型,并发现RARRES1作为其核心调控基因及新的泛癌预后生物标志物 | 样本量相对较小(27个样本),功能验证主要基于吉西他滨耐药细胞,需进一步在更大队列和体内模型中验证 | 探究胰腺导管腺癌化疗耐药和免疫逃逸的细胞机制,识别关键恶性上皮亚群及其分子驱动因素 | 胰腺导管腺癌患者样本(包括初治、化疗暴露的原发肿瘤和肝转移样本)及吉西他滨耐药细胞 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、拷贝数变异推断、基因集富集分析、细胞间通讯分析、非负矩阵分解分析、药物敏感性预测、Western blotting | NA | 单细胞RNA测序数据、TCGA/ICGC泛癌生存数据 | 27个样本(包括初治和化疗暴露的原发肿瘤及肝转移样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 911 | 2026-03-23 |
Unraveling the mechanism of tripterygium glycosides tablets-induced liver injury and the protective role of total glucosides of peony from immune-metabolic dysregulation to multi-cellular cascade
2026-Mar-19, Chinese medicine
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s13020-026-01373-5
PMID:41857612
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和病理学验证,阐明了雷公藤多苷片诱导肝损伤的致病性铁-脂轴及其多细胞级联机制,并揭示了白芍总苷的保护作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统揭示了雷公藤多苷片肝损伤的致病性铁-脂轴及其多细胞级联机制,并明确了白芍总苷作为多靶点解毒剂的作用 | 研究基于小鼠模型,其结论在人体中的适用性有待进一步验证 | 探究雷公藤多苷片诱导肝损伤的机制及白芍总苷的保护作用 | 小鼠模型(雷公藤多苷片组、对照组、雷公藤多苷片+白芍总苷组) | 单细胞组学 | 药物性肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、病理学图像 | 对照小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 912 | 2026-03-23 |
Cellular and molecular landscapes of human tendons across the lifespan revealed by spatial and single-cell transcriptomics
2026-Mar-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117085
PMID:41863796
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研究论文 | 本研究结合组织学、单核、单细胞和空间转录组分析,揭示了人类肌腱在胚胎、胎儿和成年阶段(包括断裂肌腱)的细胞和分子景观 | 首次系统整合单细胞和空间转录组学,全面描绘人类肌腱生命周期中的细胞动态变化,并识别出胚胎祖细胞状态及其在发育中的分化 | 研究主要基于人类样本,可能受样本数量或个体差异影响,且未深入探讨治疗靶点的功能验证 | 探究人类肌腱在发育和衰老过程中的细胞结构和分子机制,以理解肌腱修复能力随年龄下降的原因 | 人类跟腱和股四头肌腱,涵盖胚胎、胎儿和成年阶段(包括断裂肌腱) | 数字病理学 | 肌腱损伤 | 单核RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类肌腱样本,包括胚胎、胎儿和成年阶段(具体数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 913 | 2026-03-23 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and intercellular communication of endothelial cells and Schwann cells during keloid formation
2026-Mar-16, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2026.107973
PMID:41864161
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了瘢痕疙瘩形成过程中内皮细胞和施万细胞的异质性及细胞间通讯 | 首次在瘢痕疙瘩中识别出具有肿瘤样特征的内皮细胞亚群,并发现PLPP3作为关键调控因子 | 样本量较小(仅6个样本),且仅基于公开数据集GSE163973进行分析 | 探究瘢痕疙瘩形成过程中细胞异质性和细胞间通讯的机制 | 瘢痕疙瘩和正常瘢痕组织中的细胞群体 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6个样本(3个瘢痕疙瘩和3个正常瘢痕组织) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 914 | 2026-03-23 |
Adolescent exposure to environmental silver nanoparticles induces spermatogenic impairment and Sertoli cell dysfunction: Integrative single-cell transcriptomics, metabolomics and mechanistic dissection
2026-Mar-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.119984
PMID:41797105
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学、代谢组学和功能实验,系统揭示了银纳米颗粒(AgNPs)暴露对青春期大鼠睾丸的细胞重塑和生殖毒性机制 | 首次整合单细胞转录组学、代谢组学和体外功能实验,在单细胞分辨率下系统解析AgNPs诱导的睾丸细胞类型特异性毒性及分子机制 | 研究主要基于动物模型和细胞系,人类样本仅使用原代支持细胞,需进一步验证在人类体内的直接相关性 | 探究银纳米颗粒(AgNPs)暴露对男性生殖系统的毒性作用及其细胞与分子机制 | 青春期大鼠睾丸组织、C18-4、GC-2、TM4细胞系以及人原代支持细胞 | 单细胞组学 | 男性不育 | 单细胞转录组学、代谢组学、功能实验 | NA | 转录组数据、代谢组数据 | 青春期大鼠(具体数量未明确)及多种细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 915 | 2026-03-23 |
Single-cell RNA sequencing provides insights into the potential cellular origins and microenvironment of Extramammary Paget's disease
2026-Mar-12, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2026.110698
PMID:41831584
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探索了乳房外佩吉特病的潜在细胞起源和肿瘤微环境 | 首次在单细胞水平上描绘了EMPD的全面细胞图谱,并识别出表达NY-BR-1的基底角质形成细胞群,该细胞群显示出向佩吉特样表型的转录轨迹,同时揭示了成纤维细胞在细胞间通讯中的核心作用 | 样本量相对有限,且研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的功能验证 | 探索EMPD的潜在细胞起源并描绘其肿瘤微环境的细胞组成 | EMPD患者的肿瘤组织细胞 | 单细胞组学 | 乳房外佩吉特病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 从患者中收集了50,180个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 916 | 2026-03-23 |
Endothelial SMAD1-MCAM axis facilitates sunitinib resistance and progression of clear cell renal cell carcinoma via LAMB1-ITGB1 signaling
2026-Mar-10, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2026.101388
PMID:41864072
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,揭示了透明细胞肾细胞癌中SMAD1-MCAM-LAMB1-ITGB1-RhoA轴驱动的肿瘤-基质相互作用机制及其在舒尼替尼耐药和疾病进展中的作用 | 首次识别出MCAM内皮细胞亚群,阐明了其通过LAMB1-ITGB1-RhoA信号轴促进EMT和细胞外基质重塑的机制,并开发了基于MCAM+内皮细胞的风险评分模型 | 研究主要基于转录组学数据,具体的信号通路调控细节和体内功能验证可能需要进一步实验支持 | 探究透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境特征、耐药机制和疾病进展的分子基础 | 透明细胞肾细胞癌患者样本中的肿瘤细胞和肿瘤微环境细胞(特别是内皮细胞) | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 | 集成机器学习框架 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据, 临床数据 | 大型ccRCC队列(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 917 | 2026-03-23 |
A novel ZIC1-BMP4 axis identified in photoaged dermal fibroblasts regulates melanogenesis
2026-Mar-10, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2026.03.003
PMID:41864822
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研究论文 | 本研究通过整合转录组数据与实验验证,揭示了光老化皮肤中成纤维细胞通过ZIC1-BMP4轴调控黑色素生成的新机制 | 首次在光老化皮肤中鉴定出成纤维细胞特异性转录因子ZIC1与BMP4之间的调控轴,并阐明其通过影响黑色素生成关键因子MITF来参与色素沉着过程 | 研究主要基于转录组数据分析和初步实验验证,ZIC1-BMP4轴在体内光老化相关色素沉着中的具体功能机制仍需进一步深入探究 | 识别光老化相关色素沉着的关键调控因子 | 人皮肤组织(光暴露与光保护部位)、成纤维细胞、黑色素细胞 | 数字病理学 | 皮肤光老化与色素性疾病(如黄褐斑) | RNA-seq、单细胞RNA-seq、免疫组织化学、免疫荧光、ChIP-PCR、离体皮肤培养 | NA | 转录组数据、单细胞数据、图像数据 | 利用GTEx数据集中的批量RNA-seq数据及公共单细胞RNA-seq数据进行验证,涉及超过19,000个基因 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 918 | 2026-03-23 |
Chenodeoxycholic acid redirects the bile acid synthetic pathway to limit pro-inflammatory neutrophil infiltration and alleviate colitis
2026-Mar-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2026.03.004
PMID:41792997
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研究论文 | 本研究探讨了鹅去氧胆酸通过重编程胆汁酸合成途径,减少促炎性中性粒细胞浸润,从而缓解结肠炎的机制 | 揭示了结肠炎通过增强经典胆汁酸合成途径并抑制替代途径来影响肝脏胆汁酸合成,首次证明CDCA通过激活肠道上皮维生素D受体抑制CXCL2表达,为IBD治疗提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型和临床样本分析,人类临床试验尚未进行,且CDCA的具体给药方案和长期安全性需进一步评估 | 探究胆汁酸合成途径在炎症性肠病发病机制中的作用,并评估CDCA作为治疗候选药物的潜力 | 炎症性肠病患者样本、小鼠结肠炎模型、肠道上皮细胞 | NA | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、过继转移实验、体外实验、转基因小鼠模型 | NA | 基因表达数据、临床样本数据 | 公共数据集、内部患者样本、动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 919 | 2026-03-23 |
Alk-Fam150b (augmentor α) expression in the paraventricular nucleus of the mouse hypothalamus at molecular resolution, and its sensitivity to acute stress
2026-Mar, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.70159
PMID:41856795
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重原位杂交技术,揭示了小鼠下丘脑室旁核中Fam150b和Alk的表达模式及其对急性应激的敏感性 | 首次在分子分辨率水平上证实了Fam150b和Alk在小鼠下丘脑室旁核中的表达,并发现Fam150b在炎症相关应激下表达上调且受糖皮质激素反馈调节 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证;机制研究尚不完整,信号通路的具体作用有待进一步阐明 | 探究Fam150b-Alk信号通路在下丘脑室旁核中的表达及其对急性应激的响应,以理解应激诱导摄食和体重变化的潜在机制 | 成年小鼠的下丘脑室旁核组织及其中包含促肾上腺皮质激素释放激素的神经元 | 神经科学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序,多重原位杂交 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,但使用成年小鼠的下丘脑组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 920 | 2026-03-23 |
CEMUSA: a graph-based integrative metric for evaluating clusters in spatial transcriptomics
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag056
PMID:41663910
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研究论文 | 本文提出了一种名为CEMUSA的基于图的新型评估指标,用于评估空间转录组学中的聚类结果 | CEMUSA首次将标签一致性、空间组织和错误严重性三个因素整合到一个统一的评估框架中,克服了现有指标只关注单一因素的局限性 | NA | 开发一个有效的评估指标来评估空间转录组学中聚类方法的性能 | 空间转录组学数据中的聚类结果 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 基于图的指标 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |