单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-05-07	Elucidating the causal associations and mechanisms between circulating immune cells and idiopathic pulmonary fibrosis: new insights from Mendelian randomization and transcriptomics 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1437984 PMID:39896814	研究论文	通过孟德尔随机化和转录组学分析，探讨循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及潜在生物标志物	结合孟德尔随机化和转录组学数据，首次系统性地研究了免疫细胞表型与IPF的因果关系，并鉴定了三个新的生物标志物	研究依赖于公开数据库的GWAS数据，可能存在样本选择偏倚	阐明循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及机制	循环免疫细胞表型和特发性肺纤维化患者	生物信息学	特发性肺纤维化	孟德尔随机化分析、转录组学分析、单细胞RNA测序	IVW等五种孟德尔随机化方法	基因组关联研究数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	来自公开数据库的GWAS数据和IPF患者样本
922	2025-05-07	Novel pyroptosis-immune-related lncRNA signature exhibits a distinct immune cell infiltration landscape in breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522327 PMID:39906743	研究论文	本研究通过分析焦亡和免疫相关的长链非编码RNA（lncRNA），构建了一个六-lncRNA特征，用于预测乳腺癌患者的预后和免疫治疗反应	首次构建了一个结合焦亡和免疫相关lncRNA的特征，用于预测乳腺癌预后和免疫治疗反应，并揭示了不同的免疫细胞浸润模式	研究依赖于TCGA数据集，需要进一步的外部验证	识别乳腺癌的潜在治疗靶点，并预测患者的预后和免疫治疗反应	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	Pearson相关系数、单变量Cox回归分析、LASSO方法、单细胞测序	六-lncRNA特征模型	RNA-seq数据、单细胞测序数据	TCGA数据集中的乳腺癌患者样本
923	2025-05-07	A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619 PMID:39906744	研究论文	一项关于BTK抑制剂zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫住院患者中的随机、安慰剂对照试验，评估其免疫生物标志物和临床效果	研究评估了新一代BTK抑制剂zanubrutinib在SARS-CoV-2感染患者中的效果，并观察其对免疫反应的影响	zanubrutinib在临床恢复方面未显示出优于安慰剂的效果，可能与大多数患者同时接受类固醇和抗病毒治疗有关	评估zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫患者中的治疗效果及其对免疫反应的影响	COVID-19呼吸窘迫住院患者	医学研究	COVID-19	随机对照试验、单细胞转录组分析	NA	临床数据、生物标志物数据	队列1有63名患者（zanubrutinib组30名，安慰剂组33名），队列2有4名患者
924	2025-05-07	Immune regulatory genes impact the hot/cold tumor microenvironment, affecting cancer treatment and patient outcomes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1382842 PMID:39911580	研究论文	研究通过分析肿瘤微环境中的免疫基因，区分热/冷肿瘤，并探索其对癌症治疗和患者预后的影响	开发了一个框架来区分不同癌症类型中具有临床意义的免疫亚型，并确定了几个潜在靶点用于将冷肿瘤转化为热肿瘤以提高抗癌治疗效果	尚未就热/冷肿瘤的临床相关定义达成共识，且免疫基因对热/冷肿瘤形成的影响仍知之甚少	探索免疫调控基因如何影响肿瘤微环境，从而影响癌症治疗和患者预后	33种不同类型的癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列	肿瘤免疫学	多种癌症（包括膀胱尿路上皮癌、胰腺腺癌和宫颈鳞状细胞癌）	CIBERSORT算法、基因集变异分析、单细胞RNA测序、多重免疫组织化学	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组织化学数据	来自The Cancer Genome Atlas数据库的33种癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列
925	2025-05-07	Construction of monocyte-related prognosis model based on comprehensive analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq in high-grade serous ovarian cancer 2023-Dec-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036548 PMID:38115318	research paper	该研究通过综合分析bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，构建了与单核细胞相关的高级别浆液性卵巢癌预后模型	识别了37个单核细胞差异表达标记基因，并筛选出A2M、CD163和FPR1作为枢纽基因构建风险模型，揭示了这些基因在肿瘤发展中的作用机制	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	寻找高级别浆液性卵巢癌的新生物标志物并构建预后模型	高级别浆液性卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	risk model	RNA-seq data	来自TCGA和GEO数据库的数据
926	2025-05-07	Identification of central genes for endometriosis through integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing analysis 2023-Dec-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036707 PMID:38115253	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，识别子宫内膜异位症的核心基因并构建预测模型	结合单细胞细胞通讯方法、WGCNA分析和LASSO模型，识别出与子宫内膜异位症组织干细胞标记物相关的关键基因	未提及样本量是否足够大或是否进行了实验验证	识别子宫内膜异位症的关键基因并构建诊断和治疗的新方向	子宫内膜异位症相关基因	生物信息学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、WGCNA分析、LASSO模型	LASSO	RNA测序数据	NA
927	2025-05-07	Secretory GFP reconstitution labeling of neighboring cells interrogates cell-cell interactions in metastatic niches 2023-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43855-2 PMID:38052804	研究论文	本文通过改进基于分裂绿色荧光蛋白（GFP）的遗传编码系统，开发了一种名为sGRAPHIC的技术，用于高效荧光标记与癌细胞在深层组织中相邻并可能相互作用的组织驻留细胞	开发了sGRAPHIC系统，能够高效标记并分离转移灶相关组织驻留细胞，结合单细胞RNA测序平台揭示其基因表达模式	研究仅在小鼠肝脏转移模型中进行，尚未在人类或其他癌症类型中验证	探究转移灶中细胞间相互作用的机制	转移灶相关的组织驻留细胞（如肝细胞）	癌症生物学	癌症转移	分裂GFP系统、单细胞RNA测序	小鼠肝脏转移模型	基因表达数据	NA
928	2025-05-07	Interaction dynamics between innate and adaptive immune cells responding to SARS-CoV-2 vaccination in non-human primates 2023-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43420-x PMID:38042809	研究论文	该研究通过整合恒河猴对mRNA-1273疫苗接种的先天和适应性免疫反应，扩展了对SARS-CoV-2疫苗免疫机制的理解	首次在非人灵长类动物模型中整合先天和适应性免疫反应，揭示了S特异性T细胞与先天免疫细胞之间的双向信号传导机制	研究仅针对mRNA-1273疫苗在恒河猴中的反应，结果可能不能完全推广到人类或其他疫苗	研究SARS-CoV-2疫苗接种后先天免疫和适应性免疫细胞之间的相互作用动态	恒河猴	免疫学	COVID-19	单细胞测序	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个时间点的先天免疫细胞和抗原特异性B、T细胞
929	2025-05-07	Young infants display heterogeneous serological responses and extensive but reversible transcriptional changes following initial immunizations 2023-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43758-2 PMID:38042900	research paper	该研究分析了两个月大婴儿在接种疫苗前后的免疫反应，揭示了抗体反应的异质性以及转录组的显著变化	首次在婴儿群体中详细描述了疫苗接种后的血清学反应和转录组变化，并发现了干扰素刺激基因(ISGs)的显著过表达	研究样本量有限，且仅观察了短期免疫反应	了解婴儿对常规疫苗的免疫反应机制	两个月大的婴儿	免疫学	感染性疾病	全血转录组分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个队列的2月龄婴儿
930	2025-05-07	Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve 2023-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43600-9 PMID:38040768	研究论文	介绍了一种名为Redeconve的算法，用于在单细胞分辨率下解卷积空间转录组数据	Redeconve算法能够在单细胞分辨率下解卷积空间转录组数据，揭示数千种细微细胞状态	NA	提高空间转录组数据的解卷积分辨率和准确性	空间转录组数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序	Redeconve算法	空间转录组数据	多种空间转录组平台和数据集，包括人类胰腺癌数据集和淋巴结样本
931	2025-05-07	Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179 2023-Jun-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1 PMID:37333134	research paper	研究使用OLIG2抑制剂CT-179预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发的潜力	首次证明CT-179通过破坏OLIG2二聚化、DNA结合和磷酸化，增加肿瘤细胞分化和凋亡，从而减少复发	研究中发现的CDK4上调可能导致CT-179耐药性，需要联合CDK4/6抑制剂	探索预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发的新方法	Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤患者来源的类器官、异种移植肿瘤和基因工程小鼠	肿瘤学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	GEMM和PDX模型	转录组数据	患者来源的类器官、异种移植肿瘤和基因工程小鼠
932	2025-05-07	Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534442 PMID:37034703	研究论文	介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于量化单细胞中磷酸化蛋白的动态变化，并将其与基因调控元件和转录目标联系起来	开发了一种简化的实验台抗体偶联方法，用于创建大规模定制抗体面板，实现蛋白质和scATAC-seq的同时分析，并通过桥接整合与scRNA-seq数据集结合	NA	旨在量化细胞内和核内磷酸化蛋白的动态变化，并探索其与基因调控和转录目标的关系	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官	单细胞测序技术	NA	Phospho-seq, scATAC-seq, scRNA-seq	NA	蛋白质组学数据、表观遗传学数据和转录组数据	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官
933	2025-05-06	Systems biology of Haemonchus contortus - Advancing biotechnology for parasitic nematode control 2025 Jul-Aug, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108567 PMID:40127743	综述	本文综述了Haemonchus contortus的分子生物学、遗传多样性及宿主-寄生虫相互作用的关键进展，并探讨了其在抗寄生虫药物和疫苗开发中的应用	整合了基因组学、转录组学和蛋白质组学技术，利用机器学习和人工智能驱动的蛋白质结构预测工具，以及单细胞测序和空间转录组学技术，深入解析宿主-寄生虫相互作用	未提及具体实验样本量或数据集的详细描述	推动寄生虫线虫控制技术的进步，解决全球抗寄生虫药物耐药性问题	Haemonchus contortus及其与宿主的相互作用	分子寄生虫学	寄生虫感染	基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞测序、空间转录组学	机器学习算法、人工智能驱动的蛋白质结构预测	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
934	2025-05-06	Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403195R PMID:40322970	研究论文	研究探讨了脂质代谢物和基因表达与严重SARS-CoV-2感染的关系	发现特定脂质代谢物（如AA和EPA）与COVID-19严重程度相关，并揭示了相关基因表达的变化	样本量较小（10名感染者和10名未感染者），且仅分析了特定类型的细胞和组织	探究脂质代谢物和基因表达与SARS-CoV-2感染严重程度的关系	PBMCs、血浆和鼻咽拭子样本	生物医学	COVID-19	bulk RNA-seq、脂肪酸面板分析、scRNA-seq	NA	RNA-seq数据、脂质代谢物数据	10名感染者和10名未感染者的PBMCs和血浆样本，58名健康人和COVID-19参与者的鼻咽拭子样本
935	2025-05-06	Identification of Multi-Landscape and Cell Interactions in the Tumor Microenvironment Through High-Coverage Single-Cell Sequencing 2025-May-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500241 PMID:40320868	research paper	该研究开发了一种创新的Chigene单细胞RNA测序技术，能够在单细胞水平识别基因表达、突变和RNA剪接景观	结合oligo-dT引物和随机桥接共标记RNA测序技术，开发了Chigene scRNA-seq平台，具有高RNA覆盖率和低双联体率	未提及具体的技术成本或操作复杂性	开发一种能够全面分析临床样本不同遗传信息水平的scRNA-seq平台	单细胞RNA测序技术及其在肿瘤微环境中的应用	digital pathology	urothelial carcinoma	scRNA-seq, Random Bridging Co-labeling (RBCL) RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	临床样本（具体数量未提及）
936	2025-05-06	TREM2+ macrophages accumulate in childhood IgA nephropathy and soluble TREM2 represents a reliable non-invasive biomarker 2025-May-05, Experimental physiology IF:2.6Q2 DOI:10.1113/EP092716 PMID:40321057	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和血液样本分析，揭示了儿童IgA肾病中TREM2+巨噬细胞的积累及其可溶性形式sTREM2作为非侵入性生物标志物的潜力	首次在儿童IgA肾病中发现TREM2+巨噬细胞亚群的积累，并证实血浆sTREM2水平与疾病严重程度相关	样本量较小（38例患者），且缺乏长期随访数据验证sTREM2的预后价值	探索儿童IgA肾病的发病机制并寻找有效的非侵入性生物标志物	儿童IgA肾病患者（38例）的肾脏组织和血液样本	数字病理学	IgA肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、临床生化数据	38例儿童IgA肾病患者+健康对照组
937	2025-05-06	MRAS: Master Regulator Analysis of Alternative Splicing 2025-May-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414493 PMID:40323145	research paper	介绍了一种名为MRAS的计算方法，用于识别在剪接调控网络中起核心作用的关键剪接因子	提出了MRAS方法，能够高效识别调控剪接异常的关键剪接因子，并揭示其在肿瘤发生和发展中的作用	未提及具体的样本量或实验验证细节	研究剪接调控网络中的关键剪接因子及其在肿瘤发生和发展中的作用	剪接因子和剪接调控网络	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
938	2025-05-06	OLS4: A new Ontology Lookup Service for a growing interdisciplinary knowledge ecosystem 2025-May-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf279 PMID:40323307	研究论文	介绍了一种新的本体查找服务OLS4，用于支持不断增长的跨学科知识生态系统	实现了完整的OWL2规范，支持多语言国际化，并提供了新的用户界面和用户体验增强功能	未提及具体的技术或性能限制	开发一个支持现代本体定义范围的搜索工具，以替代现有的OLS3	生物信息学和化学社区中用于注释生物和生物医学数据的本体	生物信息学	NA	OWL2规范	NA	本体数据	NA
939	2025-05-06	Single-cell transcriptomics of human skin reveals age-associated specificity of distinct cell populations 2025-May-05, Archives of dermatological research IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s00403-025-04222-x PMID:40323328	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类皮肤细胞在衰老过程中的特异性变化	首次在避光区域皮肤中详细描述了衰老对皮肤细胞功能和相互作用的影响	研究样本仅来自健康供体，未考虑疾病状态对皮肤衰老的影响	阐明皮肤细胞群体在衰老过程中的分子和功能变化	人类皮肤细胞（包括成纤维细胞、角质形成细胞和免疫细胞）	单细胞组学	皮肤衰老	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	超过5,000个细胞
940	2025-05-06	TREM2 Impedes Recovery After Spinal Cord Injury by Regulating Microglial Lysosomal Membrane Permeabilization-Mediated Autophagy 2025-May-04, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70047 PMID:40320759	research paper	该研究探讨了TREM2在脊髓损伤后通过调节小胶质细胞溶酶体膜通透性介导的自噬影响恢复过程的机制	首次揭示了TREM2通过Syk磷酸化-TFEB核转位通路调控溶酶体膜通透性介导的自噬过程，并提出了基于基因治疗的临床转化策略	研究主要基于小鼠模型，人类临床转化效果仍需进一步验证	探究TREM2在脊髓损伤恢复中的具体作用机制	野生型和Trem2敲除小鼠的小胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞测序、免疫荧光、3D步态分析、运动诱发电位实验、H&E染色、Masson染色	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、行为学数据、电生理数据、组织学数据	野生型和Trem2敲除小鼠在脊髓损伤前后的样本