单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-05-11	Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression 2025-May-08, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14248 PMID:40343788	研究论文	研究探讨了深龋进展中ICAM1阳性牙髓干细胞的作用及其对免疫微环境的影响	首次揭示了ICAM1+ DPSCs在深龋进展中的关键作用及其与单核巨噬细胞的相互作用	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证这些发现	开发针对深龋的治疗策略	牙髓干细胞(DPSCs)和深龋病变组织	牙科医学	龋齿	单细胞测序、免疫荧光/流式细胞术、RT-qPCR、Western Blot、ELISA、SCENIC和RNA-seq	NA	基因表达数据和细胞表型数据	人类和小鼠模型的牙髓组织样本
942	2025-05-11	PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma 2025-May-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501730 PMID:40344394	研究论文	本文研究了PP1A在肝细胞癌中通过抑制铁死亡调节Lenvatinib联合ICIs治疗效果的机制	发现PP1A通过去磷酸化Keap1抑制铁死亡，并揭示了其在调节抗肿瘤免疫中的作用	研究主要基于体外和动物实验，临床转化效果尚需进一步验证	探索PP1A在肝细胞癌治疗抵抗中的作用机制	肝细胞癌细胞和动物模型	肿瘤生物学	肝细胞癌	转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序	NA	分子生物学数据、测序数据	体外培养细胞和动物模型
943	2025-05-11	Mature tertiary lymphoid structures evoke intra-tumoral T and B cell responses via progenitor exhausted CD4+ T cells in head and neck cancer 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59341-w PMID:40335494	research paper	研究头颈癌中成熟三级淋巴结构（mTLS）通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞促进肿瘤内T和B细胞反应的机制	揭示了mTLS通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞激活B细胞和DC-LAMP树突状细胞，从而支持CD8+ T细胞活化的新机制	研究仅针对头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者，未涉及其他癌症类型	探究mTLS在肿瘤免疫中的作用机制及其对免疫检查点阻断（ICB）治疗反应的影响	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的肿瘤组织	肿瘤免疫学	头颈癌	单细胞RNA测序、抗原受体测序和空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者肿瘤组织样本（具体数量未提及）
944	2025-05-11	Spatial transcriptomics reveals tumor microenvironment heterogeneity in EBV positive diffuse large B cell lymphoma 2025-May-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00410-x PMID:40335578	研究论文	通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境异质性及其与预后的关系	首次整合10X Visium空间转录组学和scRNA-seq技术，揭示EBV+DLBCL中PD-1/PD-L1信号通路的免疫抑制特性，并验证PD-1/PD-L1抑制剂BMS202的治疗潜力	研究样本量未明确说明，且功能验证仅限于EBV+Farage细胞系	探究EBV+DLBCL肿瘤微环境异质性及其对患者生存的影响	EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤（EBV+DLBCL）	数字病理学	淋巴瘤	10X Visium空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
945	2025-05-11	Immunodynamic axis of fibroblast-driven neutrophil infiltration in acute pancreatitis: NF-κB-HIF-1α-CXCL1 2025-May-07, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-025-00734-6 PMID:40335899	研究论文	本研究揭示了成纤维细胞通过NF-κB-HIF-1α-CXCL1信号轴驱动中性粒细胞浸润在急性胰腺炎中的免疫动力学机制	首次证明成纤维细胞激活是中性粒细胞浸润的免疫驱动因素之一，并阐明NF-κB-HIF-1α通路驱动的糖酵解是成纤维细胞分泌CXCL1趋化中性粒细胞的内在分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证不足	阐明急性胰腺炎中成纤维细胞驱动中性粒细胞过度浸润的分子机制	C57BL/6J小鼠模型和人类胰腺星状细胞	免疫学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞迁移实验、细胞转染、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR、共免疫沉淀(co-IP)	小鼠急性胰腺炎模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，使用C57BL/6J小鼠和人类胰腺星状细胞
946	2025-05-11	Surgery/anesthesia may cause monocytes to promote tumor development 2025-May-07, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01213-6 PMID:40335909	研究论文	本研究利用单细胞测序技术探讨了手术/麻醉对围手术期外周血单个核细胞的影响	首次在围手术期使用单细胞测序技术深入分析手术/麻醉对免疫细胞的影响，特别是发现单核细胞可能促进肿瘤发展	样本量较小（仅4名患者），观察时间较短（仅48小时）	研究手术/麻醉对围手术期患者免疫系统的影响	接受大手术患者的围手术期外周血单个核细胞	免疫学	肿瘤	单细胞测序, RT-PCR	NA	单细胞RNA测序数据	4名手术患者
947	2025-05-11	PAQR5 drives the malignant progression and shapes the immunosuppressive microenvironment of hepatocellular carcinoma by activating the NF-κB signaling 2025-May-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00785-z PMID:40336138	研究论文	本研究揭示了PAQR5通过激活NF-κB信号通路促进肝细胞癌（HCC）恶性进展和免疫抑制微环境形成的分子机制	首次系统阐明了PAQR5在HCC中的致癌作用机制，并通过多组学分析和实验验证揭示了其通过ERK/NF-κB信号轴驱动肿瘤进展的新机制	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明PAQR5在肝细胞癌进展中的作用机制及其对肿瘤免疫微环境的调控	肝细胞癌组织和细胞系	肿瘤生物学	肝细胞癌	多组学分析（包括bulk转录组、单细胞转录组和空间转录组）、体外实验和体内实验	NA	转录组数据、实验数据	未明确说明具体样本量，但涉及多个转录组队列和实验模型
948	2025-05-11	Temporal transcriptomic changes in the THY-Tau22 mouse model of tauopathy display cell type- and sex-specific differences 2025-May-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02013-z PMID:40336141	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了THY-Tau22小鼠模型中不同细胞类型和性别的转录组变化，揭示了tauopathy中性别特异性和年龄依赖性的分子机制	首次在THY-Tau22小鼠模型中系统研究了性别特异性和性别二态性转录组变化，并揭示了这些变化在年龄增长过程中的演变规律	研究仅基于小鼠模型，虽然与人类AD数据进行了比较，但仍需进一步验证这些发现在人类中的适用性	理解AD相关tauopathy中性别特异性和性别二态性转录组变化的细胞类型特异性和年龄依赖性	THY-Tau22转基因小鼠和野生型小鼠的皮质组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	THY-Tau22小鼠模型	转录组数据	17月龄和7月龄的THY-Tau22和野生型小鼠皮质组织
949	2025-05-11	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-May-07, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出了一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推算单细胞基因表达轨迹的方法	通过四个主要计算步骤（降维、转移概率矩阵计算、样条插值和去卷积）推算单细胞基因表达轨迹，为研究异质性刺激响应提供新工具	未提及方法在特定数据集上的性能限制或适用范围限制	开发从破坏性单细胞测序数据中重建基因表达动态变化轨迹的计算方法	时间序列单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	NA
950	2025-05-11	Loss of Plxdc2 exacerbates microglia-mediated neuroinflammation and ischemic brain injury 2025-May-07, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115302 PMID:40345569	研究论文	本研究探讨了Plxdc2在小胶质细胞介导的神经炎症和缺血性脑损伤中的作用	首次揭示了Plxdc2在小胶质细胞稳态维持和缺血性脑损伤中的保护作用，并发现其通过调节NF-κB p65信号和脂质代谢发挥作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	探究Plxdc2在缺血性脑损伤中小胶质细胞功能调节的作用	小胶质细胞和缺血性脑损伤	神经科学	缺血性脑卒中	scRNA-seq, 转录组分析, AAV过表达, 慢病毒干扰	NA	基因表达数据	NA
951	2025-05-11	NOTCH2 disrupts the synovial fibroblast identity and the inflammatory response of epiphyseal chondrocytes 2025-May-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110206 PMID:40345585	研究论文	研究NOTCH2信号在软骨细胞中对炎症反应和骨关节炎发病机制的影响	揭示了NOTCH2通过改变软骨细胞转录组和细胞群体，影响炎症反应和骨关节炎相关基因的表达	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探究NOTCH2信号如何改变软骨细胞的转录组和细胞群体	小鼠的软骨细胞，特别是带有NOTCH2功能获得性突变的细胞	分子生物学	骨关节炎	RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	基因表达数据	两种功能获得性小鼠模型的软骨细胞
952	2025-05-11	Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and its insights into cellular heterogeneity in atherosclerosis 2025-May-07, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107499 PMID:40345606	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在动脉粥样硬化（AS）研究中揭示细胞异质性的重要发现	利用scRNA-seq技术重新定义了动脉粥样硬化斑块病理学，识别了多种细胞类型及其在斑块稳定性和炎症中的特定作用	综述性文章，未涉及具体实验设计和样本量的详细分析	探讨scRNA-seq在心血管疾病（CVD）特别是动脉粥样硬化研究中的应用及其对疾病机制的深入理解	非疾病和动脉粥样硬化主动脉中的主要细胞群体及其异质性	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	小鼠和人体组织
953	2025-05-11	Decoding the Resistin-CAP1 Pathway in Intermediate Monocytes Mediating Liver Allograft Rejection 2025-May-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.04.037 PMID:40345627	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组技术，揭示了中间单核细胞通过Resistin-CAP1通路在肝移植排斥反应中的关键作用	首次应用空间转录组学分析肝移植中的免疫细胞空间分布，并发现中间单核细胞通过Resistin-CAP1信号轴在T细胞介导的急性排斥反应中的关键作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索肝移植排斥反应的新免疫治疗靶点	大鼠移植肝脏和外周血单核细胞(PBMCs)	免疫学	肝移植排斥反应	单细胞RNA测序, 空间转录组, 流式细胞术, 纳米金技术	动物模型(大鼠)	基因表达数据, 空间分布数据	24个大鼠移植肝脏和PBMCs样本
954	2025-05-11	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-May-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	research paper	该研究通过空间转录组学技术，对Carnegie stage 9（CS9）人类胚胎进行了详细的空间分析，并构建了3D模型，揭示了早期身体计划形成的转录组和空间复杂性	首次对CS9人类胚胎进行空间转录组学分析，构建了3D模型，并识别了多种细胞类型及发育轨迹，包括后脑发育的两条不同路径、中脑-后脑边界的峡部组织者等	研究仅基于一个CS9胚胎的75个横断面，样本量较小，可能无法完全代表所有CS9胚胎的多样性	研究早期人类胚胎发育过程中的转录组和空间复杂性，以理解身体计划的形成	Carnegie stage 9（CS9）人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学	3D重建模型	空间转录组数据	1个CS9人类胚胎的75个横断面
955	2025-05-11	Single-cell transcriptomics and metabolomics reveal the potential role of ASRGL1 in metabolic reprogramming and invasion of nasopharyngeal carcinoma cells 2025-May-02, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106788 PMID:40320045	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和代谢组学分析，揭示了ASRGL1在鼻咽癌细胞代谢重编程和侵袭中的潜在作用	首次结合单细胞转录组学和代谢组学技术，系统研究了ASRGL1在鼻咽癌中的表达特征和功能机制	研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型的验证	探索ASRGL1在鼻咽癌发生发展中的分子机制及其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	鼻咽癌细胞系C666-1和公开数据集GSE150430	癌症研究	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、氨基酸代谢组学、GC-MS顶空代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	公开数据集GSE150430和C666-1细胞系
956	2025-05-11	Key genes linking gut microbiota, immune cells, and osteoporosis: A multi-omics approach 2025-May, Microbial pathogenesis IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.micpath.2025.107412 PMID:39993547	研究论文	通过多组学方法探索肠道微生物群、免疫细胞与骨质疏松症之间的因果关系	整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了肠道微生物群通过免疫细胞调节影响骨质疏松症的新机制	研究结果主要基于观察性数据，需要进一步的实验验证	探索骨质疏松症的分子机制，寻找新的治疗靶点	肠道微生物群、免疫细胞和骨质疏松症	生物信息学	骨质疏松症	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、生物信息学分析	NA	基因组数据、表达数据	UK Biobank和芬兰队列的数据
957	2025-05-11	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者的4次肾活检样本进行空间转录组学分析，探究抗体介导的排斥反应中肾小球中心的分子特征	首次在抗体介导的排斥反应中实现肾小球特异性转录组的空间定位，并揭示足细胞在急性排斥反应中的脆弱性	研究仅基于单个患者的样本，结果需要更大样本量验证	探究肾移植中抗体介导排斥反应的分子机制	肾移植患者的活检组织	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling	NA	空间转录组数据	来自1名患者的4个活检样本（治疗前、治疗中和治疗后）
958	2025-05-11	Timestamp calibration for time-series single cell RNA-seq expression data 2025-May-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169021 PMID:40010431	research paper	本文提出了一种名为ScPace的新型时间戳校准模型，用于处理带噪声标记的时间序列单细胞RNA测序数据	ScPace模型通过引入潜在变量指示器而非概率采样来有效检测噪声样本，显著提升了时间戳自动注释的性能	当前方法倾向于选择不太关键的去噪样本进行时间戳校准，可能影响校准效果	开发一种有效的时间戳校准方法，以提高时间序列单细胞RNA测序数据分析的准确性	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ScPace	基因表达数据	模拟和真实时间序列单细胞RNA测序数据集
959	2025-05-11	Organoid-Guided Precision Medicine: From Bench to Bedside 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70195 PMID:40321594	综述	本文系统综述了类器官技术在精准医学中的应用，从实验室研究到临床实践的转化过程	强调了类器官技术在个性化医疗中的多面应用，包括药物效力和毒性筛选、疾病发病机制研究以及患者定制诊断	存在标准化、血管化和伦理问题等挑战	推动精准医学的发展，从分子层面到患者特异性治疗	类器官技术及其在精准医学中的应用	生物技术	肿瘤	3D培养系统、CRISPR功能筛选	NA	NA	NA
960	2025-05-11	Systematic Ocular Phenotyping of Knockout Mouse Lines Identifies Genes Associated With Age-Related Corneal Dystrophies 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.7 PMID:40323269	研究论文	本研究通过系统性地分析敲除小鼠品系的眼部表型，识别出与年龄相关性角膜营养不良相关的基因	发现了12个与角膜生物学相关的新基因，这些基因可能成为治疗人类角膜疾病的潜在靶点	研究结果基于小鼠模型，需要在人类中进行进一步验证	探究导致小鼠晚期角膜营养不良的基因，并评估其在人类角膜疾病中的潜在作用	8901个敲除小鼠品系的数据，重点关注49周龄以上的小鼠	遗传学	角膜营养不良	基因敲除、单细胞转录组学、蛋白互作分析、生物信息学分析	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	8901个敲除小鼠品系