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当前共找到 35128 篇文献,本页显示第 961 - 980 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
961 2025-12-30
Biomimetic Liposome Coloaded ES-Cu and PFK15 Amplify Cuproptosis through Inhibition of Glycolysis in Fibroblast-Like Synoviocytes for Rheumatoid Arthritis Therapy
2025-Dec-29, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1
研究论文 本文开发了一种仿生脂质体用于共递送ES-Cu和PFK15,通过抑制类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(RAFLS)的糖酵解来放大铜死亡,从而治疗类风湿关节炎 首次通过单细胞RNA测序揭示RAFLS中过度活跃的糖酵解是抵抗铜死亡的关键机制,并提出并验证了抑制糖酵解可放大铜死亡的假设,开发了基于RAFLS膜融合的靶向仿生脂质体递送系统 NA 开发一种通过放大铜死亡来治疗类风湿关节炎的新策略 类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(RAFLS) NA 类风湿关节炎 单细胞RNA测序 NA NA NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
962 2025-12-30
Exploring hypoxia- and cuproptosis-related biomarkers in periodontitis based on transcriptome and single-cell analysis
2025-Dec-29, Clinical oral investigations IF:3.1Q1
研究论文 本研究通过转录组和单细胞分析,探索了牙周炎中与缺氧和铜死亡相关的生物标志物 首次将缺氧相关基因与铜死亡相关基因结合起来,在牙周炎中进行综合分析,并利用单细胞RNA测序数据在单细胞水平验证了关键生物标志物的表达 研究依赖于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证,且样本量有限 识别和表征与牙周炎中缺氧和铜死亡过程相关的关键生物标志物,以深入理解其分子机制 牙周炎患者与健康对照的基因表达数据 生物信息学 牙周炎 转录组分析,单细胞RNA测序 机器学习(Boruta算法,LASSO回归,递归特征消除) 基因表达数据(转录组数据) 使用了来自GEO数据库的多个数据集(如GSE16134, GSE10334, GSE152042),具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
963 2025-12-30
Targeting SPP1-CD44-Hedgehog Axis Elicits Therapeutic Effects in Hepatocellular Carcinoma by Suppressing Intratumoral Fibrosis
2025-Dec-28, Cancer science IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过转录组学、免疫组化和单细胞RNA测序分析,揭示了SPP1通过SPP1-CD44-GLI1轴促进肝细胞癌(HCC)内肿瘤纤维化和进展的机制,并评估了靶向该轴的潜在治疗价值 首次将SPP1与HCC内肿瘤纤维化直接关联,并阐明其通过SPP1-CD44信号激活Hedgehog通路和GLI1来驱动肝星状细胞活化的新机制 研究主要基于体外和动物模型,缺乏直接的人类临床试验验证;样本量相对有限,且未涵盖所有HCC亚型 探索HCC中内肿瘤纤维化的关键介导因子及其治疗靶点 肝细胞癌(HCC)组织、肝星状细胞(HSCs)和xenograft模型 癌症生物学 肝细胞癌 转录组学分析、免疫组化、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞共培养、基因集富集分析、差异基因表达分析、细胞间相互作用预测 xenograft模型 RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、组织图像数据 372个HCC样本(公开数据集)、103个HCC组织样本、228,564个活细胞(单细胞分析) NA 单细胞RNA-seq NA NA
964 2025-12-30
Controllability of the gene regulatory network in zebrafish embryogenesis
2025-Dec-28, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序数据重建斑马鱼胚胎发育过程中的基因调控网络,并分析其可控性 首次在斑马鱼胚胎发育全过程中,基于单细胞数据重建基因调控网络并评估其可控性,发现发育后期网络可控性增强 研究基于推断的基因调控网络,可能存在网络重建的不确定性;未进行实验验证关键转录因子的功能 探究斑马鱼胚胎发育过程中基因调控网络的可控性 斑马鱼胚胎发育过程中的基因调控网络 计算生物学 NA 单细胞RNA测序 网络可控性理论 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
965 2025-12-30
Multi-modal molecular and spatial profiling reveals NNT as a prognostic biomarker in obesity-associated colorectal cancer
2025-Dec-28, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1
研究论文 本研究通过多模态分子和空间分析,识别出NNT作为肥胖相关结直肠癌的潜在预后生物标志物 结合转录组数据、临床验证和空间转录组分析,首次在肥胖相关结直肠癌中揭示NNT的预后价值及其在肿瘤微环境中的作用 研究依赖于公共数据集和独立队列的验证,可能受样本异质性限制,且空间分析仅针对候选基因 识别反映肥胖相关肿瘤特征的分子生物标志物并分层患者预后 结直肠癌患者,包括正常、健康体重和肥胖样本 数字病理学 结直肠癌 转录组分析、免疫组织化学、空间转录组分析 NA 转录组数据、蛋白质表达数据、空间转录组数据 基于TCGA-COADREAD数据集和独立验证队列,具体样本数未明确 NA 空间转录组学 GeoMx DSP NA
966 2025-12-30
Protocol to evaluate mouse brain spatial cell type-resolved transcriptomic discoveries using 10× Visium spatial transcriptomics and FLEX scRNA-seq
2025-Dec-27, STAR protocols IF:1.3Q4
研究论文 本文介绍了一种结合10x Visium空间转录组学和FLEX单细胞RNA测序技术,用于研究小鼠大脑组织中空间区域基因表达和细胞间信号变化的实验方案 整合了空间转录组学和单细胞RNA测序技术,能够同时解析小鼠大脑组织中细胞类型的空间分布和转录组特征 该方案主要针对小鼠大脑组织,可能不直接适用于其他组织或物种;实验步骤较为复杂,需要专业设备和技术支持 开发一种实验方案,用于研究小鼠大脑组织中空间区域基因表达和细胞间信号的变化 小鼠大脑组织 数字病理学 NA 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 多个年龄的小鼠大脑组织样本 10x Genomics 空间转录组学, 单细胞RNA-seq 10x Visium, 10x FLEX 10x Visium空间转录组学平台和10x FLEX单细胞RNA测序技术
967 2025-12-30
Identification of novel fibroblast subsets in diffuse cutaneous systemic sclerosis
2025-Dec-27, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序识别了弥漫性皮肤系统性硬化症中新的成纤维细胞亚群,并探讨了CD9和FHL1的功能作用 首次在系统性硬化症中识别出以CD9和FHL1上调为特征的新型成纤维细胞亚群,并揭示了FHL1在细胞外基质产生调控中的功能角色及其与VGLL3的机制联系 研究基于培养的皮肤成纤维细胞,可能无法完全反映体内微环境;样本量未明确说明,可能限制统计效力 识别系统性硬化症中的新型成纤维细胞亚群并确定其功能作用 来自健康供体和弥漫性皮肤系统性硬化症患者的皮肤成纤维细胞 单细胞组学 系统性硬化症 单细胞RNA测序,siRNA敲低实验,蛋白水平验证 NA RNA测序数据,蛋白表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
968 2025-12-30
Adult leptomeningeal vestigial neural crest-derived multipotent cells promote vascular repair after stroke
2025-Dec-26, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 本研究通过神经嵴谱系追踪、单细胞和空间转录组学等方法,发现成年小鼠软脑膜中存在神经嵴来源的多能细胞,这些细胞在缺血性中风后能被重新激活,通过特定信号通路促进血管修复 首次识别成年小鼠软脑膜中持续存在的神经嵴来源多能细胞,并揭示其在脑损伤后通过SDF1α-CXCR4信号通路被招募至受损血管,通过β-catenin和STAT3通路调控,以多效蛋白介导的信号恢复血管完整性 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中验证;具体细胞激活和修复机制的分子细节仍需进一步探索 探究成年大脑中是否存在神经嵴来源的多能细胞,并研究其在脑损伤后血管修复中的作用 成年小鼠的软脑膜组织及缺血性中风模型 神经科学 中风 单细胞转录组学, 空间转录组学, 谱系追踪, 相互作用组建模, 活体成像 NA 转录组数据, 图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
969 2025-12-30
Spatial and single-cell transcriptomics landscape of adenomyosis
2025-Dec-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本研究利用单细胞和空间转录组学技术,深入剖析了子宫腺肌症的细胞和分子景观,并评估了GnRHa治疗的影响 首次在单细胞和空间转录组学水平上全面描绘了子宫腺肌症的细胞组成和分子特征,并揭示了纤毛上皮细胞和免疫-血管生成互作在疾病发病机制中的潜在作用 样本量相对较小,且主要基于转录组数据,功能验证有待进一步深入 旨在解析子宫腺肌症的病因和细胞分子机制,并评估GnRHa治疗对子宫内特定细胞生态位的影响 子宫腺肌症患者(包括未治疗和GnRHa治疗组)和对照参与者的子宫组织样本 数字病理学 子宫腺肌症 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫荧光,免疫组织化学 NA 转录组数据,图像数据 15名参与者用于测序(11名患者,4名对照),额外13名用于验证(11名患者,2名对照),并整合了公开的单细胞RNA-seq数据集 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
970 2025-12-30
Single-cell and spatial transcriptomics reveal the interaction between PRRX2-driven epithelial cells and SPP1+ macrophages in mediating gemcitabine resistance in pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-Dec-26, Chinese medical journal IF:7.5Q1
研究论文 本研究通过整合分析单细胞RNA测序和空间转录组学数据,揭示了PRRX2+上皮细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用在介导胰腺导管腺癌吉西他滨耐药中的关键机制 首次通过整合单细胞和空间转录组学技术,系统揭示了PRRX2驱动的上皮细胞与SPP1+巨噬细胞通过TGFB1/TGFBR2轴相互作用,促进EMT和ECM重塑,从而介导吉西他滨耐药的新机制 研究结论主要基于细胞系和临床样本的体外验证,缺乏体内动物模型的进一步验证,且临床队列样本量可能有限 阐明胰腺导管腺癌对吉西他滨产生耐药的分子和细胞机制,以优化治疗策略并改善患者预后 胰腺导管腺癌患者样本、PDAC细胞系 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序,空间转录组学,RNA-seq,免疫荧光染色 NA 基因表达数据,空间转录组数据,图像数据 临床队列样本及PDAC细胞系 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq NA NA
971 2025-12-30
Integrating single-cell and bulk RNA-Seq to unravel the molecular mechanisms of airway stenosis
2025-Dec-23, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA-Seq数据,揭示了气道狭窄的分子机制,并识别出四个关键基因及其调控通路 首次整合单细胞和bulk转录组数据系统研究气道狭窄的分子机制,识别出FAM118A、RCN3、PCSK7和REEP3四个关键促狭窄基因,并阐明了其通过KRAS→PI3K-AKT通路激活成纤维细胞的机制 NA 阐明气道狭窄的潜在分子机制 气道狭窄组织 数字病理学 气道狭窄 单细胞RNA测序, bulk RNA-Seq, 分子生物学实验 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
972 2025-12-30
Activation of the Cerebrospinal Fluid-Contacting Nucleus Mitigates Systemic Inflammation Induced by Sepsis
2025-Dec-23, Shock (Augusta, Ga.)
研究论文 本研究揭示了脑脊液接触核在脓毒症中通过调节免疫反应发挥保护作用 首次证明脑脊液接触核在脓毒症中具有保护作用,并通过单细胞RNA测序技术识别了其调控全身炎症的关键组分 研究机制尚未完全阐明,且主要基于小鼠模型,人类中的适用性需进一步验证 探究中枢神经系统如何调节免疫功能,特别是在脓毒症中的神经-免疫相互作用 脓毒症小鼠模型中的脑脊液接触核 神经免疫学 脓毒症 免疫荧光检测、化学遗传学激活、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、细胞成像数据 脓毒症小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
973 2025-12-30
Identifying Potential Drug Targets in the Knee Osteoarthritis: Insights from the Druggable Genome
2025-Dec-16, Rejuvenation research IF:2.2Q3
研究论文 本研究通过可药物基因组和孟德尔随机化分析,识别了膝骨关节炎的潜在药物靶点 整合多组织/细胞水平的表达数量性状位点数据,结合药物靶点MR、单细胞MR、蛋白质组学验证及空间转录组学分析,从外周和中枢组织角度系统识别并验证了膝骨关节炎的潜在治疗靶点 需要未来进一步的实验来验证所识别靶点在膝骨关节炎中的作用机制 寻找膝骨关节炎的潜在药物靶点 膝骨关节炎 生物信息学 骨关节炎 表达数量性状位点分析、孟德尔随机化分析、单细胞MR分析、蛋白质定量性状位点分析、空间转录组学 孟德尔随机化模型、gsMap框架 基因组关联研究数据、表达数量性状位点数据、蛋白质定量性状位点数据、空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
974 2025-12-30
HEIST: A Graph Foundation Model for Spatial Transcriptomics and Proteomics Data
2025-Dec-11, ArXiv
PMID:41040798
研究论文 本文介绍了一种名为HEIST的分层图变换器基础模型,用于处理空间转录组学和蛋白质组学数据 HEIST通过将组织建模为分层图,结合空间细胞图和基因共表达网络图,并利用基因共表达网络和细胞上下文计算基因嵌入,而非固定基因词汇表,从而能够泛化到包括空间蛋白质组学在内的新型数据类型,无需重新训练 NA 开发一个基础模型以整合空间信息和细胞内的复杂遗传及蛋白质组学程序,从而推断细胞内部调控如何适应微环境信号 空间转录组学和蛋白质组学数据,涉及22.3M个细胞、124个组织和15个器官 机器学习 NA 空间转录组学,空间蛋白质组学 分层图变换器 空间坐标和细胞内转录或蛋白质计数数据 22.3M个细胞,来自124个组织和15个器官 NA 空间转录组学,空间蛋白质组学 NA NA
975 2025-12-30
Spatiotemporal landscape of intrahepatic cholangiocarcinoma liver metastasis at the single-cell level
2025-Dec-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究通过整合单细胞和空间转录组学等技术,揭示了肝内胆管癌肝转移过程中肿瘤微环境的关键变化和生物学机制 首次在单细胞水平上描绘了肝内胆管癌肝转移的时空景观,并发现了COL3A1+上皮细胞通过诱导内皮细胞间质转化和形成中性粒细胞胞外陷阱促进肿瘤侵袭和定植的新机制 样本量相对较小(16名患者),且主要关注肝内转移,可能未涵盖所有转移模式 探究肝内胆管癌肝转移过程中肿瘤微环境的特异性变化及其生物学机制 肝内胆管癌患者(包括有和无肝内转移者)的肿瘤组织样本 数字病理学 肝内胆管癌 单细胞转录组学, 空间转录组学, 批量RNA测序, 全外显子组测序, 体内外功能实验 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 全外显子组测序数据 16名患者的28份标本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, 全外显子组测序 NA NA
976 2025-12-30
A single-cell transcriptomic dataset of enterocyte-specific HHEX knockdown in the Drosophila larval midgut
2025-Dec-09, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序生成了果蝇幼虫中肠的细胞图谱,并分析了HHEX蛋白在肠上皮分化中的调控作用 首次在果蝇中构建了肠细胞特异性HHEX敲除株,并利用单细胞转录组学精确解析了HHEX对中肠上皮成熟的调控 研究局限于果蝇模型,未直接验证在哺乳动物系统中的保守性 探究HHEX蛋白在肠道上皮细胞分化中的功能 果蝇三龄幼虫中肠细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 果蝇幼虫中肠细胞样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
977 2025-12-30
Protocol to investigate fibroblastic reticular cell-immune cell interaction in human lung cancer
2025-Dec-08, STAR protocols IF:1.3Q4
研究论文 本文提出了一种用于研究人肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞相互作用的详细实验与计算协议 开发了从肿瘤组织中富集稀有成纤维网状细胞进行单细胞RNA测序的步骤,并结合优化的免疫组化与高分辨率显微镜验证其与T细胞的物理相互作用 协议主要针对人肺癌,可能不直接适用于其他癌症类型,且依赖于特定技术平台 旨在建立一套标准化流程,以深入探究成纤维网状细胞在肺癌免疫微环境中的作用机制 人肺癌组织中的成纤维网状细胞及免疫细胞(如T细胞) 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,免疫组化,高分辨率显微镜 NA 单细胞转录组数据,图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
978 2025-12-30
GatorSC: Multi-Scale Cell and Gene Graphs with Mixture-of-Experts Fusion for Single-Cell Transcriptomics
2025-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一个名为GatorSC的统一表示学习框架,通过构建多尺度细胞与基因图,并利用专家混合架构进行融合,以学习单细胞转录组数据的鲁棒低维表示 首次提出结合全局细胞-细胞图、全局基因-基因图以及基于邻域特定子图的局部基因-基因图的多尺度图建模方法,并采用专家混合架构进行自适应融合,同时将图重建与图对比学习结合在一个统一的自监督目标中 未明确说明模型在极高稀疏度或极端技术噪声下的性能极限,也未涉及计算效率与大规模数据扩展性的详细分析 开发一个能够有效利用单细胞RNA测序数据中多尺度互补结构、对噪声鲁棒且能保留数据结构的表示学习框架 单细胞RNA测序数据 机器学习 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序 图神经网络, 专家混合模型 基因表达矩阵 19个公开可用的scRNA-seq数据集,涵盖多种组织、物种和测序平台 NA 单细胞RNA-seq NA NA
979 2025-12-30
Immune System Alterations in Depression across Baseline and Flu Vaccine Challenge
2025-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析抑郁症患者与健康对照者在流感疫苗接种前后的外周血单个核细胞,揭示了抑郁症患者先天性和适应性免疫反应在转录组和细胞群体水平上的功能受损 首次在单细胞分辨率下结合基线状态和流感疫苗挑战,系统描绘了抑郁症患者外周免疫系统的转录组和细胞群体改变,并发现了与抑郁评分相关的特定免疫细胞基因表达谱变化 样本量较小(9名患者和5名对照),且未在疫苗接种后观察到细胞因子水平的显著差异,可能限制了统计功效和结论的普适性 探究抑郁症患者外周免疫系统的功能完整性,特别是在先天性和适应性免疫反应方面的潜在损伤 抑郁症患者和健康对照者的外周血单个核细胞 单细胞组学 抑郁症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 9名抑郁症患者(6名女性)和5名健康对照(5名女性) NA 单细胞RNA-seq NA NA
980 2025-12-30
Basic Science and Pathogenesis
2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
研究论文 本研究利用来自不同祖先背景个体的iPSC衍生神经球,探究了阿尔茨海默病GWAS基因的祖先和细胞类型特异性调控景观 首次在iPSC衍生的三维神经球模型中,整合单细胞多组学数据,系统比较了非洲、美洲原住民和欧洲祖先背景对AD相关基因调控架构的影响 样本量较小(每个祖先背景仅6个iPSC系),且仅使用了外周血单核细胞来源的iPSC,可能无法完全代表其他细胞类型或组织中的调控差异 探究祖先依赖性的基因组调控架构差异如何影响阿尔茨海默病的遗传风险,特别是在不同脑细胞类型中的特异性 来自阿尔茨海默病患者和认知健康对照的外周血单核细胞(PBMCs)及其衍生的iPSC神经球 基因组学与神经科学 阿尔茨海默病 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 批量Hi-C, iPSC重编程, 神经球分化 iPSC衍生三维神经球模型 单细胞多组学数据(表观基因组与转录组) 18个iPSC细胞系(非洲、美洲原住民、欧洲祖先各6个),分化为包含星形胶质细胞、神经元、少突胶质前体细胞和少突胶质细胞的神经球 NA 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 批量Hi-C NA NA
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