单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 29112 篇文献，本页显示第 881 - 900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 881 | 2025-06-13 |
Single-cell chromatin accessibility profiling reveals regulatory mechanisms and evolution in pig brains
2025-Jun-09, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02263-2
PMID:40490756
|
研究论文 | 通过单细胞染色质可及性分析，揭示了猪脑的调控机制及其进化特征 | 首次在猪脑中进行大规模单细胞染色质可及性分析，并比较了家猪与野猪的细胞类型特异性调控景观 | 研究仅聚焦于大脑皮层和小脑，未涵盖其他脑区 | 探索猪脑的调控机制及其在进化过程中的变化 | 家猪和野猪的大脑皮层及小脑细胞 | 生物医学 | 神经退行性疾病（如阿尔茨海默病） | 单细胞染色质可及性分析、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 71,798个细胞（来自家猪和野猪的大脑皮层及小脑） |
| 882 | 2025-06-13 |
Comprehensive analysis of immunoglobulin expression in the mouse brain from embryonic to adult stages
2025-Jun-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03457-9
PMID:40490799
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据和Ig库分析，揭示了从小鼠胚胎到成年阶段大脑中免疫球蛋白（Ig）的表达谱 | 首次全面描述了Ig在大脑中从胚胎到成年阶段的表达谱，并发现小胶质细胞和第六层皮质丘脑神经元中Ig的表达模式及其对脂多糖的反应与B细胞不同 | 研究仅基于小鼠模型，尚未验证在人类大脑中的表达情况 | 阐明Ig在小鼠大脑中从胚胎到成年阶段的表达情况及其可能的非经典免疫功能 | 小鼠大脑中的免疫球蛋白（Ig）表达 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、Ig库分析 | NA | RNA测序数据 | 从小鼠胚胎到成年阶段的多个发育时期的大脑样本 |
| 883 | 2025-06-13 |
Single-cell profiling of lichen planus reveals type I interferon response triggering the interface dermatitis reaction
2025-Jun-09, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.043
PMID:40499747
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了扁平苔藓（LP）中I型干扰素反应触发界面皮炎反应的机制 | 首次在扁平苔藓病变皮肤中发现I型干扰素富集环境，并揭示了I型干扰素对炎症性角质形成细胞和成纤维细胞的独特影响 | 研究主要基于体外模型，可能需要更多体内实验验证 | 研究扁平苔藓的免疫发病机制及其驱动界面皮炎反应的潜在机制 | 扁平苔藓患者的病变皮肤与健康对照皮肤 | 免疫学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | 体外共培养模型 | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量（LP患者和健康对照的皮肤样本） |
| 884 | 2025-06-13 |
Primitive Hepatoblasts Driving Early Liver Development
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.658502
PMID:40501632
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research paper | 该研究识别并描述了一种在早期肝芽发育过程中源自Cdx2阳性内胚层祖细胞的原始肝母细胞群 | 发现了一种新的原始肝母细胞群，揭示了其在早期肝发育中的贡献以及WNT抑制和RA许可对原始肝母细胞出现的调控机制 | 原始肝母细胞在晚期胎儿和出生后发育中的贡献减弱，具体机制尚不明确 | 研究早期肝脏发育过程中的细胞谱系异质性 | 小鼠和人类的原始肝母细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传和功能扰动研究 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 |
| 885 | 2025-06-13 |
Evidence for Transcriptomic Conservation Between the Main Cells of the Drosophila Prostate-Like Accessory Gland and Basal Cells of the Mammalian Prostate
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658085
PMID:40501690
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序数据比较了果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞的转录组相似性 | 提供了果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞之间转录组相似性的新证据 | 不确定这些相似性是否反映共同的进化同源性，还是由于共享组织功能而独立衍生的特征 | 探索果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞之间的转录组相似性 | 果蝇前列腺样附属腺体和哺乳动物前列腺基底细胞 | 生物信息学 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自Fly Cell Atlas和哺乳动物成人前列腺单细胞数据集的数据 |
| 886 | 2025-06-13 |
Robust self-supervised machine learning for single cell embeddings and annotations
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658097
PMID:40502088
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研究论文 | 本文提出了一种名为DR-GEM的自监督元算法，用于改进单细胞和空间基因组学研究中的降维和聚类方法 | DR-GEM结合了分布鲁棒优化和平衡共识机器学习的原理，通过自监督机制提高对稀有细胞类型和状态的检测能力，并减少技术噪声的影响 | NA | 改进单细胞基因组学中的降维和聚类方法，以更好地支持数据驱动的发现 | 单细胞和空间基因组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞分辨率空间转录组学、Perturb-seq | 自监督元算法（DR-GEM） | 单细胞组学数据 | 合成和真实世界的单细胞组学数据集 |
| 887 | 2025-06-13 |
Exploring the causal links between inflammation-related genes and atherosclerosis through Mendelian randomization analysis
2025-Jun-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042584
PMID:40489880
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化分析探讨炎症相关基因与动脉粥样硬化之间的因果关系 | 利用多个数据集综合分析动脉粥样硬化斑块中的基因表达谱和分子机制，并通过单细胞RNA测序数据揭示不同细胞类型中的基因表达特征 | 研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量 | 探讨炎症相关基因在动脉粥样硬化中的作用及其潜在治疗靶点 | 动脉粥样硬化斑块中的基因表达和分子机制 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | DESeq2, clusterProfiler, Cytoscape, TwoSampleMR | 基因表达数据 | 多个公开数据集（GSE198600, GSE120521, GSE253903, GSE224273） |
| 888 | 2025-06-13 |
Reference Vector-guided Evolutionary Algorithm for cluster analysis of single-cell transcriptomes
2025-Jun-06, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108873
PMID:40499345
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研究论文 | 本文提出了一种基于参考向量引导的进化算法（RVEA-CAST），用于单细胞转录组数据的聚类分析 | 采用多目标优化视角解决单细胞RNA测序数据的聚类问题，设计了三个问题感知的变异算子以优化聚类偏差、聚类紧凑性和Davies-Bouldin指数 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类这一具有挑战性的任务 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | RVEA-CAST（基于参考向量引导的进化算法） | 基因表达数据 | 十个真实的scRNA-seq数据集 |
| 889 | 2025-06-13 |
Fine particulate matter exacerbates asthma by activating STC2-mediated mitophagy through METTL3/YTHDF2-dependent m6A methylation
2025-Jun-06, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138854
PMID:40499413
|
研究论文 | 本研究探讨了细颗粒物（PM）通过激活STC2介导的线粒体自噬加剧哮喘的分子机制，重点关注m6A甲基化、线粒体自噬以及STC2和SQSTM1的调控作用 | 揭示了PM通过METTL3/YTHDF2依赖的m6A甲基化上调STC2表达并激活线粒体自噬的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人体样本仅检测了血清标志物水平 | 阐明PM加剧哮喘的分子机制 | 哮喘小鼠模型和哮喘患者外周血样本 | 分子生物学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 小鼠哮喘模型 | 基因表达数据、血清标志物数据 | 未明确说明小鼠数量，哮喘患者样本跨季节采集 |
| 890 | 2025-06-13 |
CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL axis drives NEPC transdifferentiation via induction of EMT and downregulation of REST
2025-Jun-06, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100916
PMID:40499539
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研究论文 | 该研究通过纵向单细胞RNA测序，揭示了CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴在前列腺癌神经内分泌转化中的关键作用 | 首次发现CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴通过诱导EMT和下调REST驱动NEPC转化，并验证了CXCR4或G9a抑制可逆转NEPC细胞表型 | 研究主要基于LTL331 PDX模型，需要在更广泛的临床样本中验证 | 探究前列腺癌神经内分泌转化的早期调控信号 | LTL331前列腺腺癌患者来源的异种移植模型(PDX) | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 纵向单细胞RNA测序 | PDX模型 | RNA测序数据 | NA |
| 891 | 2025-06-13 |
Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657106
PMID:40501812
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化 | 首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群 | 样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者） | 确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化 | 人类肺部巨噬细胞亚群 | 生物医学研究 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜 | NA | 基因表达数据 | 8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者） |
| 892 | 2025-06-13 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657197
PMID:40501904
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research paper | 该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰 | 提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰 | 单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因 | machine learning | NA | scRNA-seq | hypergraph learning | RNA-seq data | NA |
| 893 | 2025-06-13 |
Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration
2025-Jun, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01955-w
PMID:40404995
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研究论文 | 该研究探讨了衰老过程中小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进白质退化 | 揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞的机制，及其在衰老相关白质退化中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 探究衰老过程中白质退化的免疫机制 | 小鼠白质中的小胶质细胞和CD8 T细胞 | 神经退行性疾病研究 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本量（小鼠模型） |
| 894 | 2025-06-13 |
Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma
2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586
PMID:40412102
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研究论文 | 本文报告了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例 | 首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例 | 仅为单病例报告，需要前瞻性临床研究进一步验证 | 评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效 | EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者 | 肿瘤免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 临床数据和单细胞测序数据 | 1例患者 |
| 895 | 2025-06-13 |
SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656357
PMID:40502153
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研究论文 | 介绍了一种名为SMURF的计算工具，用于分析高分辨率空间转录组数据，能够准确地将mRNA分配给单个细胞并分析复杂组织亚结构中的细胞 | SMURF引入了新颖的“软分割”方法，能够准确地将捕获点的mRNA分配给附近的细胞，并能将复杂组织结构中的细胞“展开”并放置在标准笛卡尔坐标上 | NA | 开发一种计算工具，用于高分辨率空间转录组数据的分析，以揭示组织组织和区域变异的原理 | 小鼠小肠 | 空间转录组学 | NA | Visium HD | SMURF | 空间转录组数据 | NA |
| 896 | 2025-06-13 |
Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656371
PMID:40501538
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research paper | 该研究探讨了成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合中的作用 | 研究发现成熟成骨细胞在骨折后仍能增殖，并参与矿化骨痂的形成 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 了解细胞增殖在骨折愈合中的具体作用机制 | 小鼠骨折模型中的成骨细胞 | 骨生物学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 多组转基因小鼠 |
| 897 | 2025-06-13 |
Quantitative molecular cartography of emergency myelopoiesis reveals conserved modules of hematopoietic activation
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656712
PMID:40501607
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，开发了一种通用的细胞注释方法和造血分化定量模型，揭示了不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的分子机制 | 开发了HemaScribe细胞注释方法和HemaScape造血分化定量模型，发现了多种在不同造血干细胞层级上增强骨髓生成的策略，并识别了一个跨多种炎症挑战的髓系前体细胞模块 | NA | 阐明不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的共享或独特分子机制 | 造血干细胞和前体细胞(HSPCs) | 生物医学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | HemaScribe, HemaScape | 基因表达数据 | NA |
| 898 | 2025-06-13 |
Peripheral blood cell-type and sex-specific signatures of alcohol misuse revealed by single-cell transcriptomics
2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.21.655347
PMID:40501697
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示酒精滥用在外周血细胞类型和性别特异性中的分子特征 | 使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术全面分析酒精使用障碍（AUD）患者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了淋巴细胞和单核细胞比例失调及性别和剂量依赖的免疫细胞功能特征变化 | 研究仅关注外周血单个核细胞，未涉及其他组织或细胞类型 | 更好地表征AUD中的免疫失调 | 酒精使用障碍（AUD）患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | 酒精使用障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | AUD患者和健康对照者的PBMCs样本 |
| 899 | 2025-06-13 |
Single-Cell RNA Sequencing + TCR Sequencing Reveal the Proportion and Characteristics of Dual TCR T Cells in Tertiary Lymphoid Structures in Pemphigus
2025-May-24, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.05.008
PMID:40419016
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析，揭示了天疱疮三级淋巴结构中双TCR T细胞的比例和特征 | 首次发现天疱疮三级淋巴结构中含有较高比例的双TCR T细胞，并鉴定出克隆扩增的双TCR CXCL13+CD4+ T细胞的独特富集 | 研究局限于天疱疮病理皮肤组织，未涉及其他自身免疫性疾病 | 探索天疱疮三级淋巴结构中淋巴细胞的起源、特征及其在发病机制中的作用 | 天疱疮患者、慢性特发性红皮病患者和健康对照者的皮肤组织 | digital pathology | pemphigus | single-cell RNA-sequencing, TCR-sequencing | NA | RNA-seq data | 天疱疮、慢性特发性红皮病和健康对照者的皮肤组织样本 |
| 900 | 2025-06-13 |
Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development
2025-May-23, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adr9995
PMID:40408478
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research paper | 研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了喘息表型和婴儿期病毒感染对2至3岁儿童鼻气道上皮细胞发育的联合影响 | 首次结合喘息表型和婴儿期RSV感染，通过单细胞RNA测序揭示气道上皮细胞的发育异常和免疫反应变化 | 研究样本仅限于2至3岁儿童，且仅关注鼻气道上皮细胞，可能无法完全代表下呼吸道情况 | 阐明哮喘患者气道上皮发育异常的机制 | 2至3岁儿童的鼻气道上皮细胞 | digital pathology | asthma | single-cell RNA sequencing | NA | RNA-seq数据 | 来自预先设计的嵌套出生队列的四组互斥儿童（喘息/非喘息且婴儿期RSV感染/未感染） |