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当前共找到 35128 篇文献，本页显示第 981 - 1000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2025-12-30 |
LARIS enables accurate and efficient ligand and receptor interaction analysis in spatial transcriptomics
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690796
PMID:41394607
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研究论文 | 本文提出了一种名为LARIS的方法，用于在空间转录组学中准确高效地分析配体与受体相互作用 | LARIS是首个能够兼容所有空间转录组技术、在单细胞或珠粒分辨率下识别细胞类型特异性和空间受限的配体-受体相互作用的方法，并引入了模拟框架进行性能验证 | NA | 开发一种能够整合空间信息进行细胞间通信推断的稳健且计算高效的方法 | 人类扁桃体和小鼠发育皮层空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 数十万细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 982 | 2025-12-30 |
TissueNarrator: Generative Modeling of Spatial Transcriptomics with Large Language Models
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690325
PMID:41394628
|
研究论文 | 本文提出了一种名为TissueNarrator的生成式建模框架，利用大型语言模型分析空间转录组数据，以模拟细胞行为、预测细胞间相互作用并进行扰动分析 | 首次将空间组学分析重新定义为语言建模问题，通过将组织切片表示为空间句子，并利用预训练的大型语言模型学习空间条件化的基因表达模式，实现了对组织系统的生成式建模与推理 | 未明确说明模型在处理超大规模数据集时的计算效率，以及在不同组织类型或疾病状态下的泛化能力 | 开发一个能够生成真实细胞图谱、预测细胞间相互作用并进行自然语言查询的生成式空间转录组分析框架 | 空间转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 空间转录组学 | 大型语言模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI | NA |
| 983 | 2025-12-30 |
Spatiotemporal dynamics of RERE in schizophrenia pathogenesis: insights from multi-omics and single-cell sequencing
2025-Nov-26, Schizophrenia (Heidelberg, Germany)
DOI:10.1038/s41537-025-00705-y
PMID:41298505
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学和单细胞测序数据，揭示了精神分裂症风险基因RERE的时空动态调控机制及其在疾病发病中的作用 | 首次系统整合GWAS数据、多组学分析和单细胞测序，识别出RERE作为核心风险基因，并揭示其通过表观遗传-神经发育轴影响精神分裂症风险的机制 | 需要未来使用类器官模型进行验证，并探索临床转化应用 | 解析精神分裂症的遗传结构和神经发育机制，识别细胞类型特异性和时间动态调控特征 | 精神分裂症风险基因，特别是RERE，以及其在遗传变异和转录调控层面的作用 | 数字病理学 | 精神分裂症 | GWAS, 多组学分析, 单细胞测序, CUT&Tag | NA | 基因组关联数据, 单细胞测序数据, 表观遗传数据 | 欧洲人群130,644例，东亚人群30,761例 | NA | 单细胞RNA-seq, 表观遗传分析 | NA | NA |
| 984 | 2025-12-30 |
Periostin promotes sarcoma growth by promoting tumor-associated macrophage migration and differentiation
2025-Nov-20, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0301
PMID:41264337
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研究论文 | 本文探讨了细胞外基质蛋白Periostin在软组织肉瘤生长中的作用，特别是通过促进肿瘤相关巨噬细胞的迁移和分化来调节肿瘤免疫微环境 | 首次在软组织肉瘤中识别Periostin作为肿瘤进展和免疫微环境的关键调节因子，揭示了其通过非细胞自主机制影响肿瘤生长 | POSTN治疗性中和作为单一疗法不足以减少肿瘤负担，表明可能需要联合治疗策略 | 研究特定细胞外基质成分在软组织肉瘤进展和肿瘤免疫微环境中的功能贡献 | 人类软组织肉瘤数据集、小鼠肉瘤遗传模型、肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 985 | 2025-12-30 |
Enrichment of a CD4-CD8- NK-like cytotoxic Vδ1/3 T cell subset in tuberculosis disease
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.12.688134
PMID:41292844
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了结核病（TB）患者与健康个体中CD4-CD8- γδ T细胞的高分辨率特征，揭示了TB疾病中NK样细胞毒性Vδ1/3 T细胞亚群的富集及其持久性变化 | 首次通过单细胞RNA测序在TB疾病中识别并富集了NK样细胞毒性Vδ1和Vδ3 T细胞亚群，特别是强调了先前未被充分重视的Vδ3细胞在TB免疫反应中的潜在重要性 | 研究主要基于外周血样本，可能未全面反映肺部或其他组织中的γδ T细胞动态；样本队列规模未明确说明，可能限制统计效力；长期变化仅追踪至诊断后一年，更长期影响未知 | 探究结核病（TB）中γδ T细胞的定量和定性差异，以阐明其在TB免疫反应中的作用 | 健康未致敏个体、健康致敏个体以及TB疾病治疗前/后的外周血CD4-CD8- γδ T细胞 | 单细胞组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 986 | 2025-12-30 |
CELLetter: leveraging large language model and dual-stream network to identify context-specific ligand-receptor interactions for cell-cell communication analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf693
PMID:41451540
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CELLetter的深度学习框架，用于识别细胞间通讯中的配体-受体相互作用并解码细胞信号传导 | 利用蛋白质大语言模型ProstT5进行特征嵌入，采用双流架构进行特征提取和降维，结合动态权重调整的门机制进行特征融合，并整合下游转录因子活性来量化通讯强度 | 未明确说明模型在处理大规模数据集时的计算效率或对特定细胞类型的泛化能力限制 | 开发一个深度学习框架以识别细胞间通讯中的潜在配体-受体相互作用并解码细胞信号传导 | 人类心脏、远端肺上皮组织以及头颈部鳞状细胞癌的细胞 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 双流网络，结合大语言模型 | 单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据 | 未明确指定具体样本数量，但涉及人类心脏、远端肺上皮组织和头颈部鳞状细胞癌的数据 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 987 | 2025-12-30 |
KIAA0319 Plays a Critical Role in Cortical Neuronal Maturation and Synaptic Development Through a Dyslexia-Associated Gene Network
2025-Oct-18, Biological psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.biopsych.2025.10.014
PMID:41115623
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9技术敲除KIAA0319基因，利用人类皮质类器官模型揭示了该基因在神经发育、突触形成及阅读障碍相关基因网络中的关键作用 | 首次在人类皮质类器官模型中系统研究KIAA0319基因敲除对神经发育的影响，并发现其通过调控阅读障碍相关基因网络影响初级纤毛形成和神经网络连接 | 研究基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内大脑发育的复杂性；未涉及行为学层面的验证 | 探究KIAA0319基因在神经发育中的分子功能及其与阅读障碍的关联机制 | KIAA0319敲除的人类胚胎干细胞及其分化的人类皮质类器官 | 神经发育生物学 | 阅读障碍 | CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、钙成像、免疫染色、EdU检测 | 人类皮质类器官模型 | 转录组数据、形态学图像、钙信号数据 | 未明确具体样本数量，基于基因敲除干细胞系及衍生类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 988 | 2025-12-30 |
SpaGene: A Deep Adversarial Framework for Spatial Gene Imputation
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680242
PMID:41278680
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaGene的深度学习框架，旨在整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据以填补空间转录组数据中的基因表达缺失 | SpaGene采用两个编码器-解码器对、两个翻译器和两个判别器的深度对抗框架，有效整合scRNA-seq和空间转录组数据，实现基因表达的精准填补 | 未在摘要中明确说明 | 通过整合单细胞和空间转录组数据，提升空间基因表达数据的完整性和分辨率，以促进对组织生物学、细胞互作和疾病进展的理解 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 | 计算生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 深度学习对抗框架 | 基因表达数据 | 未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 989 | 2025-12-30 |
Triple checkpoint blockade of PD-1, Tim-3, and Lag-3 enhances adoptive T cell immunotherapy in a mouse model of ovarian cancer
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2419888122
PMID:40982684
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研究论文 | 本研究探讨了在小鼠卵巢癌模型中，通过联合阻断PD-1、Tim-3和Lag-3三个检查点，增强工程化T细胞免疫疗法的效果 | 首次在小鼠卵巢癌模型中，将工程化T细胞与PD-1、Tim-3和Lag-3的三重检查点阻断联合应用，显著提高了T细胞功能和动物生存率 | 研究基于小鼠模型，结果可能无法直接转化到人类患者；未探讨长期毒性或潜在副作用 | 提高卵巢癌患者中过继性T细胞免疫疗法的疗效 | 小鼠卵巢癌模型中的工程化T细胞（靶向MSLN的TCR T细胞） | 免疫疗法 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 990 | 2025-12-30 |
Dissection of Gene Expression at the Single-Cell Level: scRNA-seq
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4192-7_9
PMID:39546202
|
综述 | 本章节讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）作为解析基因表达在单细胞水平上的金标准技术 | scRNA-seq通过生成条形码标记的单个细胞，能够追踪成千上万至数百万转录本的来源，揭示与疾病相关的新细胞类型以及不同细胞类型和状态 | NA | 深化对单细胞分辨率下基因表达的理解 | 组织在单细胞水平上的转录组特征 | 转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 991 | 2025-12-30 |
Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses
2025-Jan-01, Vascular biology (Bristol, England)
DOI:10.1530/VB-25-0015
PMID:41378902
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研究论文 | 本研究通过体外模型探讨了静水压力如何影响内皮细胞对血流的响应，揭示了压力与剪切应力在内皮细胞机械转导中的协同作用 | 开发了体外模型以研究静水压力对内皮细胞血流响应的调节作用，并发现压力以剂量依赖方式调节剪切应力诱导的信号通路 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的血管环境 | 探究静水压力与剪切应力在内皮细胞机械转导中的相互作用及其对血管发育的影响 | 人内皮细胞及早期小鼠胚胎血管发育过程 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 992 | 2025-12-30 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-seq reveals MAGEA3/6-associated immune subtypes and key immune genes in gastric cancer
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0338705
PMID:41452900
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了MAGEA3/6表达与胃癌免疫亚型的关系，并识别了关键的免疫相关基因 | 首次将单细胞和bulk RNA-seq数据整合分析，鉴定出MAGEA3/6作为胃癌免疫亚型分类的关键上皮特异性基因，并发现BCL11B和PAEP等新的免疫调控靶点 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证和前瞻性临床队列验证 | 探究胃癌免疫微环境中上皮特异性基因与免疫浸润的关系，并识别潜在的免疫治疗靶点 | 胃癌组织样本 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | WGCNA, 生存分析模型 | 基因表达数据 | GSE112302单细胞数据集和TCGA-STAD队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 993 | 2025-12-30 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
|
研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病（ACM）疾病进展中的关键驱动作用 | 首次在ACM中结合单核RNA测序和空间转录组学，识别了炎症-纤维化空间微环境，并验证了靶向IL-1β的治疗潜力 | 研究样本量有限，且动物模型可能无法完全模拟人类疾病的所有特征 | 探究ACM的疾病进展机制并评估靶向IL-1β的治疗策略 | ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | ACM患者和对照捐赠者的心肌样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 994 | 2025-12-30 |
Unravelling cancer subtype-specific driver genes in single-cell transcriptomics data with CSDGI
2023-12, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011450
PMID:38096269
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研究论文 | 本研究开发了一种名为CSDGI的无监督计算方法，用于从单细胞转录组数据中推断癌症亚型特异性驱动基因 | 首次提出在癌症亚型水平上探索驱动基因的方法，并应用了基于低秩残差神经网络的编码器-解码器框架 | 方法依赖于单细胞转录组数据，可能未考虑其他组学层面的信息 | 推断癌症亚型特异性驱动基因以理解肿瘤异质性 | 肿瘤单细胞转录组数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 编码器-解码器框架，低秩残差神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 995 | 2025-12-30 |
Molecular traces of Drosophila hemocytes reveal transcriptomic conservation with vertebrate myeloid cells
2023-12, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011077
PMID:38113249
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据比较果蝇血细胞与脊椎动物免疫细胞，揭示果蝇血细胞在转录组层面与脊椎动物骨髓细胞的保守性 | 首次系统性地利用单细胞RNA测序数据进行跨物种比较分析，识别果蝇血细胞中保守的CD基因标记，并验证CG8501（CD59）在吞噬作用中的功能 | 分析基于转录组数据，功能验证有限，且可能未涵盖所有免疫细胞类型或发育阶段 | 探究果蝇血细胞与脊椎动物免疫系统在分子层面的保守性，以理解免疫系统进化 | 果蝇血细胞和脊椎动物免疫细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 996 | 2025-12-30 |
A postmeiotically bifurcated roadmap of honeybee spermatogenesis marked by phylogenetically restricted genes
2023-12, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011081
PMID:38048317
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了蜜蜂雄蜂精子发生过程中的转录组学特征，特别是发现了一种与系统发育限制基因相关的减数分裂后分化路径 | 首次在蜜蜂中利用单细胞RNA测序技术，揭示了减数分裂后精子细胞的分化路径，并发现小精子细胞中系统发育限制基因的高表达和突变负荷 | 研究仅基于3天和14天两个时间点的样本，可能未覆盖精子发生的完整动态过程，且样本量有限 | 探究蜜蜂雄蜂精子发生过程中的分子特征，特别是减数分裂后精子细胞的转录组学变化 | 蜜蜂（Apis mellifera）雄蜂的睾丸组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3天和14天龄蜜蜂雄蜂睾丸样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 997 | 2025-12-30 |
Spatial transcriptomics reveals novel genes during the remodelling of the embryonic human arterial valves
2023-11, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010777
PMID:38011284
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了人类胚胎动脉瓣在重塑过程中的新基因表达模式 | 首次应用空间转录组学于人类胚胎动脉瓣研究，克服了微小结构解剖难题，并识别出四个小鼠基因组中不存在且与瓣膜发育相关的新基因 | 研究仅基于CS16和CS19两个胚胎阶段，样本量有限，且未涵盖整个胚胎发育周期 | 探究人类胚胎动脉瓣在形态和遗传水平上的形成与重塑机制 | 人类胚胎动脉瓣组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 人类胚胎CS16和CS19阶段的动脉瓣样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 998 | 2025-12-30 |
Attention-based deep clustering method for scRNA-seq cell type identification
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011641
PMID:37948464
|
研究论文 | 本文提出了一种名为AttentionAE-sc的新型注意力融合自编码器方法，用于单细胞RNA测序数据的无监督聚类和细胞类型识别 | 通过注意力机制融合了基于零膨胀负二项分布和基于图自编码器的两种聚类策略，能够处理数据稀疏性和高维性，无需指定聚类数量 | 未提及方法在超大规模数据集上的计算效率，也未讨论对批次效应的处理能力 | 开发一种综合性的深度学习方法，以改进单细胞RNA测序数据的聚类分析和细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 注意力机制融合的自编码器 | 基因表达数据 | 16个真实单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 999 | 2025-12-30 |
MIGGRI: A multi-instance graph neural network model for inferring gene regulatory networks for Drosophila from spatial expression images
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011623
PMID:37939200
|
研究论文 | 本文提出了一种名为MIGGRI的两阶段方法，利用多实例图神经网络从果蝇空间表达图像中推断基因调控网络 | 创新点包括采用多实例图神经网络模型，结合对比学习从空间表达图像中提取调控特征，并应用于半监督学习，以处理图像集合的复杂性和多实例特性 | NA | 研究目的是从空间表达图像中推断基因调控网络，以更精细地描述转录因子与靶基因之间的相互作用 | 研究对象是果蝇胚胎的空间基因表达图像 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1000 | 2025-12-30 |
SMASH: Scalable Method for Analyzing Spatial Heterogeneity of genes in spatial transcriptomics data
2023-10, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010983
PMID:37862362
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SMASH的非参数方法，用于在空间转录组学数据中识别空间可变基因，以平衡计算效率和统计功效 | SMASH方法在计算需求和统计功效之间实现了平衡，相比现有方法具有更高的统计功效和鲁棒性 | NA | 识别空间转录组学数据中与细胞/点空间位置共变的基因，以理解复杂组织的结构和功能特征 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非参数方法 | 空间转录组学数据 | 四个来自不同平台的空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |