单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-06-04	Ocular immune privilege in action: the living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.01.640701 PMID:40297507	研究论文	本文研究了眼部免疫特权如何通过独特的调节和无能基因签名影响致葡萄膜炎T细胞	使用单细胞转录组学和功能验证揭示了T调节细胞和无能T细胞的独特表型，以及它们从共同增殖前体平行而非顺序分化的轨迹	研究主要基于体内免疫特权模型，可能不完全反映人类眼部免疫调节的复杂性	探索眼部免疫特权对T细胞分化和功能的分子机制	视网膜特异性T细胞，特别是Foxp3+ T调节细胞和无能T细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
902	2025-06-04	Profiling immune cell tissue niches in the spatial -omics era 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.001 PMID:39522655	综述	本文回顾了高通量空间组学技术在免疫细胞组织微环境研究中的应用及其对转化免疫学的新见解	提出了一个三步框架来定义和表征免疫微环境，并总结了空间解析方法分析适应性免疫库和淋巴细胞克隆扩增的当前方法	免疫微环境的定义标准存在不一致性	研究免疫细胞在组织中的空间分布及其功能意义	免疫细胞及其组织环境	空间组学	NA	空间转录组学	NA	空间组学数据	NA
903	2025-06-04	Single-cell RNA sequencing and machine learning provide candidate drugs against drug-tolerant persister cells in colorectal cancer 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167693 PMID:39870146	研究论文	利用单细胞RNA测序和机器学习技术识别结直肠癌中的药物耐受持久性细胞，并筛选潜在治疗药物	结合单细胞RNA测序和机器学习模型识别药物耐受持久性细胞，并筛选出具有协同效应的候选药物	研究仅基于三个患者来源的类器官样本，样本量较小	开发针对结直肠癌中药物耐受持久性细胞的治疗方法	患者来源的类器官（PDOs）中的药物耐受持久性细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	机器学习（ML）	RNA测序数据	三个患者来源的类器官样本（良性肿瘤、恶性肿瘤和正常类器官）
904	2025-06-04	Integrated analyses uncover new features of atypical memory B cells and novel targets for intervention 2025-03, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152877 PMID:39938454	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和免疫表型分析，揭示了非典型记忆B细胞（AMB）的转录组特征、免疫表型及其在系统性风湿性疾病中的潜在作用	首次全面描述了AMB的转录组特征和免疫表型，并发现其在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者中的扩增现象	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证AMB在疾病中的具体作用机制	探究非典型记忆B细胞的免疫特征及其在系统性风湿性疾病中的致病作用	非典型记忆B细胞（AMB）及其在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者中的表现	免疫学	系统性红斑狼疮, 类风湿性关节炎, 干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 生物信息学分析, CyTOF免疫表型分析	NA	转录组数据, 免疫表型数据	未明确说明样本数量，但涉及系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者的血液和组织样本
905	2025-06-04	Lymphocyte Subpopulations in the Healthy Human Lacrimal Gland and Their Variations With Age and Sex, Systematic Review 1960-2023 2025-Mar, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70167 PMID:40105662	系统性综述	本文通过系统性综述和荟萃分析，探讨了健康人类泪腺中淋巴细胞亚群及其随年龄和性别变化的规律	首次系统性地总结了1960-2023年间关于健康人类泪腺淋巴细胞亚群的研究，并进行了年龄分组的荟萃分析	研究中40岁以下个体和女性样本代表性不足，各研究对淋巴细胞浸润的量化标准存在较大差异	明确人类泪腺中主要淋巴细胞亚群及其随年龄和性别的变化规律	774名健康个体（其中722具尸体）的泪腺组织	免疫学	NA	苏木精-伊红染色、免疫组织化学、免疫荧光	NA	组织学数据	774名健康个体（722具尸体样本）
906	2025-06-04	Single-cell and spatial characterization of plasmablast-like lymphoma cells in primary central nervous system lymphoma 2025-Feb, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2024.100058 PMID:40454408	research paper	该研究通过单细胞和空间多组学分析，揭示了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中具有浆母细胞样特征的淋巴瘤亚群的细胞和空间异质性及其与微环境的相互作用	首次在PCNSL中鉴定出具有浆母细胞（PBL）特征的淋巴瘤亚群，并揭示了其与微环境的独特分子和空间互作模式	样本量相对较小，且PBL特征亚群在患者中的分布频率（约40%）可能限制结论的普适性	解析PCNSL肿瘤异质性及其与微环境的关系	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者肿瘤组织	digital pathology	lymphoma	单细胞测序, 空间多组学分析, BCR分析, CD138免疫组化染色	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质表达数据	PCNSL患者队列（具体数量未明确提及）
907	2025-06-04	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2025-Jan-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01432-w PMID:39825401	meta-analysis	通过小鼠和人类前列腺单细胞转录组的荟萃分析，揭示了组织退化、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性	利用随机矩阵理论去噪数据集，建立了正常小鼠和人类前列腺的参考细胞类型分类，并使用最优传输比较了跨物种上皮细胞群的转录组相似性	研究主要基于单细胞转录组数据，可能未涵盖所有细胞状态和功能的复杂性	研究前列腺上皮细胞状态在组织稳态、肿瘤起始和进展中的动态变化	小鼠和人类前列腺组织	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	多个已发表和新生成的小鼠和人类前列腺scRNA-seq数据集
908	2025-06-04	Low fucosylation defines the glycocalyx of progenitor cells and melanocytes in the human limbal stem cell niche 2025-01-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.11.008 PMID:39706176	研究论文	本研究揭示了人类角膜缘干细胞微环境中前体细胞和黑色素细胞糖萼的低岩藻糖基化特征及其在干细胞自我更新和分化中的调控作用	首次发现角膜缘上皮前体细胞和黑色素细胞表面呈现低AAL结合特性，并证实岩藻糖基化调控对体外培养角膜缘上皮细胞增殖潜能的影响	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证岩藻糖基化调控的生理意义	探究成人干细胞糖萼的独特组成及其在干细胞功能调控中的作用	人类角膜缘、毛囊上皮和睑板腺导管的分层上皮基底细胞	干细胞生物学	眼科疾病	荧光激活细胞分选术（FACS）结合单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	人类角膜缘、毛囊和睑板腺组织样本
909	2025-06-04	Omics based technology application in poultry meat research 2025-Jan, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104643 PMID:39662255	研究论文	本文探讨了组学技术在禽肉研究中的应用，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学，旨在全面了解禽肉品质问题	综合运用多种组学技术和生物信息学方法，深入解析禽肉品质的分子机制，特别是针对鸡胸肌病变的研究	NA	提高禽肉产品的质量和组成	禽肉（特别是鸡肉）的品质和鸡胸肌病变	生物信息学	禽类疾病	基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、质谱分析	NA	分子生物学数据	NA
910	2025-06-04	A novel Tc17 population recruited by tumor cells promotes tumor progression in gastric cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1592328 PMID:40452847	研究论文	本文研究了胃癌微环境中Tc17细胞的作用及其与肿瘤细胞的相互作用	首次揭示了Tc17细胞在胃癌中的免疫抑制作用及其通过CXCL16-CXCR6轴被肿瘤细胞招募的机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索Tc17细胞在胃癌微环境中的角色及其对肿瘤进展的影响	胃癌微环境中的Tc17细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞测序、空间转录组学、多色免疫组化染色、SCENIC分析、伪时间分析、细胞间相互作用分析	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	65个胃癌样本的296,879个细胞和10个胃癌样本的空间转录组数据
911	2025-06-04	Metabolic reprogramming signature predicts prognosis and immune landscape in small cell lung cancer: MOCS2 validation and implications for personalized therapy 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1592888 PMID:40452920	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了小细胞肺癌(SCLC)中代谢重编程的特征，并开发了一个基于梯度提升机的预后模型，验证了MOCS2在SCLC细胞生物学中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和多组学分析揭示了SCLC中化疗耐药与敏感样本间的代谢重编程差异，并建立了基于代谢特征的预后模型	研究主要基于公共数据集，需要进一步临床样本验证	探索代谢重编程在小细胞肺癌预后和免疫特征中的作用，并开发个性化治疗策略	小细胞肺癌患者样本和细胞系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，bulk RNA测序，WGCNA分析	GBM(梯度提升机)	RNA测序数据	来自GSE60052和cBioportal队列的批量RNA测序数据，以及未明确数量的单细胞RNA测序样本
912	2025-06-04	Single-Cell Analysis Reveals Aspirin Restores Intervertebral Disc Integrity via Ferroptosis Regulation 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S519218 PMID:40453974	研究论文	通过单细胞分析揭示阿司匹林通过调节铁死亡恢复椎间盘完整性	首次使用单细胞RNA测序技术揭示椎间盘退变中的细胞异质性，并发现阿司匹林通过靶向GPX4抑制铁死亡的治疗潜力	研究仅基于四个独立的单细胞测序数据集，样本量可能有限	探索椎间盘退变的分子机制及阿司匹林的治疗效果	椎间盘髓核细胞（NPC）亚群	数字病理学	椎间盘退变	单细胞RNA测序	Harmony算法	单细胞测序数据	四个独立的单细胞测序数据集
913	2025-06-04	To Explore the Key Subgroup and Their Immune Microenvironment During the Formation of Coronary Plaque With scRNA-seq 2025, Cardiology research and practice IF:1.8Q3 DOI:10.1155/crp/3221767 PMID:40454289	研究论文	通过单细胞RNA测序技术探索冠状动脉斑块形成过程中的关键亚群及其免疫微环境	利用多种技术（包括单细胞RNA测序、CytoTRACE、monocle、slingshot、CellChat和SCENIC）研究了NK细胞中的关键亚群C1 RACK1+ NK细胞在冠状动脉斑块形成中的作用	样本量较小，仅包含15个个体标本	理解冠状动脉斑块形成过程中的细胞异质性及其免疫微环境	NK细胞中的C1 RACK1+亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CytoTRACE、monocle、slingshot、CellChat、SCENIC	NA	单细胞RNA测序数据	15个个体标本
914	2025-06-04	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2024-Dec-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5494074/v1 PMID:39711542	研究论文	研究探讨了在β-catenin突变的肝细胞癌中，使用新型siRNA脂质纳米颗粒（LNP-CTNNB1）进行精准靶向治疗的效果及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的协同作用	首次展示了LNP-CTNNB1在β-catenin突变的肝细胞癌模型中的显著疗效，并通过单细胞和空间转录组学揭示了肿瘤细胞和免疫微环境的重新编程机制	研究主要基于动物模型和小样本患者数据，临床效果尚需大规模临床试验验证	探索β-catenin靶向治疗在肝细胞癌中的疗效及其与免疫治疗的协同作用	β-catenin突变的肝细胞癌模型和患者	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA脂质纳米颗粒（LNP-CTNNB1）、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、临床数据	多个β-catenin突变的免疫活性肝细胞癌模型和部分患者样本
915	2025-06-04	Derivation of transplantable human thyroid follicular epithelial cells from induced pluripotent stem cells 2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.004 PMID:39515316	研究论文	该研究从人类诱导多能干细胞(iPSCs)中成功衍生出可移植的甲状腺滤泡上皮细胞(TFCs)，为治疗术后和先天性甲状腺功能减退症提供了新的潜在治疗方法	开发了一种新型人类iPSC系，通过表达NKX2-1和PAX8位点的荧光标记物来识别和纯化将发育为TFCs的细胞，并优化了无血清培养基序列以促进逐步定向分化	虽然iPSC衍生的TFCs能够持久表达甲状腺特异性蛋白，但无法在体内挽救甲状腺功能减退症	开发从人类iPSCs生产成熟功能性甲状腺滤泡细胞的方法，用于治疗甲状腺功能减退症	人类诱导多能干细胞(iPSCs)和甲状腺滤泡细胞(TFCs)	再生医学	甲状腺功能减退症	单细胞RNA测序、异种移植	NA	基因表达数据	多个iPSC系
916	2025-06-04	Spatial transcriptomics reveals molecular cues underlying the site specificity of the adult mouse oral mucosa and its stem cell niches 2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.007 PMID:39547226	research paper	该研究通过空间转录组学技术揭示了成年小鼠口腔黏膜及其干细胞微环境的分子特征	首次定义了口腔不同部位独特和共有的细胞微环境分子标记，并鉴定了FGF通路作为口腔上皮干细胞的潜在微环境因子	研究仅限于小鼠模型，人类口腔黏膜可能存在差异	解析维持口腔黏膜部位特异性的分子机制	成年小鼠的舌头、颊部和腭部组织	spatial transcriptomics	NA	tomo-seq空间转录组学	NA	空间转录组数据	成年小鼠的舌头、颊部和腭部组织样本
917	2025-06-04	Bone morphogenetic protein 4 induces hematopoietic stem cell development from murine hemogenic endothelial cells in culture 2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.005 PMID:39547225	研究论文	本研究探讨了骨形态发生蛋白4（BMP4）在诱导小鼠胚胎造血内皮细胞（HECs）向造血干细胞（HSCs）分化中的作用	发现BMP4是促进早期HECs向HSCs分化的关键因子，为体外诱导HSCs提供了新方法	研究仅在小鼠胚胎细胞中进行，尚未在人类细胞中验证	阐明早期HECs向HSCs分化的信号需求	小鼠胚胎造血内皮细胞（HECs）	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	E9.5和E10.5小鼠胚胎细胞
918	2025-06-04	Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.12.623270 PMID:39605411	研究论文	通过单细胞分析揭示单核细胞基因表达谱影响急性治疗队列中HIV-1病毒库的大小	首次使用单细胞RNA测序技术揭示单核细胞基因表达与HIV-1病毒库大小的关联，并发现IL1B通过激活NF-κB通路影响病毒库	样本量较小（14人），且仅在急性感染期接受ART治疗的人群中进行研究	研究宿主基因表达差异是否调节抑制性ART治疗期间HIV-1病毒库的大小	接受ART治疗的急性HIV-1感染者的外周血单核细胞（PBMC）	生物医学	艾滋病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），完整前病毒DNA检测（IPDA）	NA	单细胞基因表达数据	14名急性感染期接受ART治疗的个体（初始队列），38名不同遗传背景和HIV-1亚型感染的个体（验证队列）
919	2025-06-04	Validation of non-destructive morphology-based selection of cerebral cortical organoids by paired morphological and single-cell RNA-seq analyses 2024-11-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.09.005 PMID:39393360	研究论文	通过配对形态学和单细胞RNA-seq分析验证基于形态学的非破坏性选择方法在脑皮质类器官中的应用	首次展示了非破坏性形态学分析可以准确区分由大脑皮质组织组成的类器官与其他脑组织类器官	未提及样本量是否足够大以覆盖所有可能的形态变异	提高基于类器官的疾病模型和细胞治疗的实验准确性和可靠性	脑皮质类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像和RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
920	2025-06-04	Lineage-specific dynamics of loss of X upregulation during inactive-X reactivation 2024-11-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.001 PMID:39486405	research paper	研究探讨了在不同细胞或发育背景下，失活X染色体（Xi）的重新激活是否会导致活性X染色体（Xa）上调的丧失	揭示了Xi重新激活与Xa上调丧失在不同细胞类型中的不同步现象，并建立了X染色体转录协调的数学模型	研究主要基于小鼠模型和特定人类细胞类型，可能不适用于所有生物系统	探索失活X染色体重新激活与活性X染色体上调之间的动态关系	小鼠胚胎上胚层、诱导多能干细胞、生殖细胞、小鼠胚胎外内胚层干细胞和人类B细胞	遗传学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	多种细胞类型（具体数量未明确说明）