单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-06-04	Temporally resolved single-cell RNA sequencing reveals protective and pathological responses during herpes simplex virus CNS infection 2025-May-31, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03471-x PMID:40450318	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了单纯疱疹病毒中枢神经系统感染期间的保护性和病理性反应	识别了一类具有抗病毒和促炎特性的病毒激活小胶质细胞亚群，并揭示了单核细胞在病毒感染脑部病理过程中的关键驱动作用	研究仅在小鼠模型中进行，人类样本的验证尚未进行	探究HSV-1感染中枢神经系统时的免疫反应机制	HSV-1感染的小鼠脑干组织	单细胞转录组学	单纯疱疹病毒感染	单细胞RNA测序, GeoMx空间转录组学	NA	转录组数据	HSV-1感染的小鼠脑干组织样本
882	2025-06-04	Human endothelial cells promote a human neural stem cell type B phenotype via Notch signaling 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60194-6 PMID:40447618	research paper	研究发现人类内皮细胞通过Notch信号通路促进人类神经干细胞B型表型	首次揭示了人类内皮细胞通过Notch信号通路促进神经干细胞B型表型的机制，并鉴定了S100A6和LeX作为人类B型细胞的标记物	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证这些发现	探究人类内皮细胞与神经干细胞之间的相互作用机制	人类内皮细胞(hECs)和神经干细胞(hNSPCs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	基因表达数据	人类神经干细胞和内皮细胞样本
883	2025-06-04	Immunogenicity and cellular response of a herpes zoster virus gEgI fusion protein adjuvanted with CpG-emulsion in mice 2025-May-30, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03423-w PMID:40448056	研究论文	研究评估了一种新型疱疹病毒gEgI融合蛋白疫苗在小鼠中的免疫原性和细胞反应	开发了gEgI融合蛋白疫苗，并使用新型复合佐剂XUA09C，显示出比现有疫苗Shingrix更强的T细胞反应和免疫激活	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证效果	开发更安全、更易获取的带状疱疹疫苗	成年小鼠、VZV预免疫小鼠和老年小鼠	疫苗开发	带状疱疹	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	多组小鼠（具体数量未提及）
884	2025-06-04	Multiplex imaging reveals novel patterns of MRTFA/B activation in the breast cancer microenvironment 2025-May-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06559-3 PMID:40448123	research paper	该研究通过多重成像技术揭示了MRTFA/B在乳腺癌微环境中的新激活模式	首次在人类肿瘤中发现MRTFA/B在癌细胞中同时激活，并在不同组织学亚型和肿瘤微环境细胞中表现出不同的表达模式，特别是在非裔美国患者的转移性肿瘤中MRTFA表达升高	研究主要基于组织微阵列和公共数据库分析，可能受到样本来源和数据质量的限制	评估MRTFA/B转录因子对乳腺癌及其肿瘤微环境细胞的致瘤和转移影响	乳腺癌组织微阵列中的肿瘤细胞和肿瘤微环境细胞（内皮细胞和抗原呈递细胞）	digital pathology	breast cancer	multiplexed immunofluorescence, bioinformatics analysis, single-cell RNA sequencing	NA	image, RNA-seq data	两个乳腺癌组织微阵列（CHTN_BrCaProg3和TMA BCWG UIC-001-TMA），包含来自芝加哥西区和南区患者的原发肿瘤和淋巴结转移样本
885	2025-06-04	Ocular immune privilege in action: The living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-May-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115780 PMID:40450686	research paper	该研究探讨了眼部免疫特权如何通过独特的调节和无能基因签名影响葡萄膜炎原性T细胞	使用单细胞转录组学和功能验证揭示了Tregs和无能细胞的独特表型，以及它们从共同增殖前体平行而非顺序分化的轨迹	研究主要基于体内免疫特权模型，可能不完全反映人类眼部免疫反应的全部复杂性	揭示眼部免疫特权的分子机制，为自身免疫效应细胞的沉默或癌症、疫苗接种或慢性感染中T细胞无反应性的逆转提供策略	视网膜特异性T细胞，特别是Foxp3调节性T细胞（Tregs）和无能T细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
886	2025-06-04	CCR5-mediated dynamic maintenance of resident memory T cells in the respiratory tract 2025-May-30, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2920-y PMID:40459692	研究论文	本研究探讨了CCR5介导的呼吸道组织中驻留记忆T细胞的动态维持机制	通过条形码谱系追踪和单细胞转录组分析，发现了一种独特的CD69CD103病毒特异性CD8 T细胞群体，并揭示了CCR5-CCL5轴在促进肺到引流淋巴结迁移中的作用	研究主要关注流感感染模型，可能不适用于其他病原体或组织	阐明呼吸道组织中驻留记忆T细胞的维持机制	CD8 T细胞在呼吸道和引流淋巴结中的动态分布和功能	免疫学	流感	条形码谱系追踪, 单细胞转录组分析	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型中的T细胞分析
887	2025-06-04	Single-cell analyses identify monocyte gene expression profiles that influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2025-May-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59833-9 PMID:40442100	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响	首次发现CD14+单核细胞活性和IL1B表达与HIV-1病毒库大小的负相关关系，并揭示了IL1B通过激活NF-κB影响病毒库的机制	样本量较小（14名男性），且研究对象仅限于急性感染期开始ART治疗的男性	研究宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响	急性感染期开始ART治疗的男性HIV-1感染者	生物医学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序（scRNA-seq），完整前病毒DNA检测（IPDA®）	NA	RNA测序数据	14名男性（初始队列）和38名男性（验证队列）
888	2025-06-04	A visual-omics foundation model to bridge histopathology with spatial transcriptomics 2025-May-29, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02707-1 PMID:40442373	research paper	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于整合组织病理学和转录组学数据	OmiCLIP是首个将H&E图像和转录组学数据整合的基础模型，通过将转录组数据转化为'句子'形式，实现了两者的有效连接	模型性能依赖于训练数据的质量和数量，且目前仅适用于Visium数据	开发一个能够整合组织病理学和转录组学数据的计算模型	组织病理学图像和空间转录组学数据	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	OmiCLIP	image, transcriptomic data	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
889	2025-06-04	In vivo CRISPRi screen reveals lncRNA portfolio crucial for cutaneous squamous cell carcinoma tumor growth 2025-May-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.038 PMID:40441291	研究论文	本研究通过CRISPRi筛选揭示了在皮肤鳞状细胞癌（cSCC）肿瘤生长中起关键作用的长链非编码RNA（lncRNA）组合	首次通过伪批量分析单细胞测序数据确定了在角质形成细胞亚群中特异性表达的lncRNA组合，并通过CRISPR干扰筛选和异种移植模型验证了这些lncRNA对cSCC生长的影响	研究主要基于体外和异种移植模型，未涉及人体临床试验	揭示lncRNA在皮肤鳞状细胞癌肿瘤生长中的作用	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）	癌症研究	皮肤癌	单细胞测序、CRISPR干扰筛选	异种移植模型	测序数据	来自正常和cSCC人类皮肤组织的单细胞测序数据
890	2025-06-04	INBRX-106: a hexavalent OX40 agonist that drives superior antitumor responses via optimized receptor clustering 2025-May-21, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011524 PMID:40404202	research paper	本文介绍了一种新型六价OX40激动剂INBRX-106，通过优化受体聚集增强抗肿瘤T细胞反应	开发了六价OX40激动剂INBRX-106，相比传统二价激动剂能更有效地诱导受体聚集和多聚体结合，从而增强信号传导和T细胞激活	虽然在小鼠模型和临床I/II期试验中显示出良好效果，但还需要更大规模的临床试验验证其安全性和有效性	开发更有效的OX40靶向免疫疗法，克服传统二价激动剂的局限性	OX40受体和T细胞	免疫疗法	癌症	NF-kß报告基因检测、共聚焦显微镜、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	实验数据、临床样本数据	小鼠肿瘤模型、体外人类样本、临床I/II期试验(NCT04198766)的患者样本
891	2025-06-04	PERK+ Macrophages Drive Immunotherapy Resistance in Lymph Node Metastases of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3135 PMID:40036693	研究论文	本研究评估了口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者淋巴结转移的病理反应率，并探索了改善治疗效果的潜在靶点	首次系统评估了OSCC患者淋巴结转移的病理反应率，并发现PERK+巨噬细胞在免疫治疗抵抗中的作用	研究样本来自单一临床试验，需要更大规模的研究验证结果	评估OSCC患者淋巴结转移对免疫治疗的病理反应并探索改善治疗效果的靶点	口腔鳞状细胞癌患者及其淋巴结转移灶	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	NA	临床数据、转录组数据、免疫组化数据	参与II期临床试验的OSCC患者（NCT04649476）
892	2025-06-04	Systematic evaluation of single-cell RNA-seq analyses performance based on long-read sequencing platforms 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.020 PMID:38782298	research paper	本文系统评估了基于长读长测序平台的单细胞RNA-seq分析性能	首次系统评估了ONT和PacBio在单细胞分析中的表现，并比较了它们在新型异构体识别和等位基因特异性表达方面的可靠性	研究仅基于特定数量的单细胞cDNA文库，可能无法完全代表所有情况	评估长读长测序技术在单细胞转录组研究中的性能	单细胞cDNA文库	基因组学	NA	scRNA-seq, ONT, PacBio, NGS	NA	RNA测序数据	不同数量的单细胞cDNA文库
893	2025-06-04	Sympathetic hyperinnervation drives abdominal aortic aneurysm development by promoting vascular smooth muscle cell phenotypic switching 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.028 PMID:38821358	research paper	本研究探讨了交感神经过度支配在腹主动脉瘤（AAA）发展中的作用及其机制	揭示了交感神经过度支配通过释放细胞外ATP（eATP）激活eATP-P2rx4-p38信号通路促进VSMC表型转换的新机制，并发现破骨样细胞分泌的Sema4D诱导交感神经扩散和过度支配	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究交感神经过度支配在AAA发展中的作用及潜在机制	小鼠AAA模型和AAA患者样本	心血管疾病	腹主动脉瘤	Western blotting、免疫化学染色、单细胞RNA测序	Sema4D敲除小鼠模型	分子生物学数据、组织学数据	小鼠模型和有限的人类样本
894	2025-06-04	Comprehensive single-cell analysis deciphered the immunoregulatory mechanism of TPPU in alleviating sepsis-related acute liver injury 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.018 PMID:39956402	研究论文	本研究通过全面的单细胞分析揭示了TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	首次利用单细胞分辨率技术全面解析TPPU对脓毒症相关急性肝损伤中免疫细胞的调节作用，特别是对M2样巨噬细胞和中性粒细胞的重编程	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究sEH抑制剂TPPU对脓毒症相关急性肝损伤的免疫调节作用	脓毒症相关急性肝损伤小鼠模型中的免疫细胞	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术、bulk RNA测序、蛋白质组学分析	小鼠盲肠结扎穿孔模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明样本数量的小鼠模型
895	2025-06-04	Single-cell sequencing reveals shared clonal signatures in nonmalignant B and tumor cells in T-prolymphocytic leukemia 2025-May, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2025.100076 PMID:40453149	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了T-前淋巴细胞白血病（T-PLL）中非恶性B细胞和肿瘤细胞之间的克隆特征共享	首次在T-PLL中发现非恶性B细胞和克隆性T细胞之间存在共享突变特征，并观察到潜在种系来源的致病性变异	样本量较小（16例患者），且仅对部分复发样本（9例）进行了分析	阐明T-PLL的克隆起源和进化动力学	T-PLL患者的非恶性B细胞和克隆性T细胞	肿瘤基因组学	白血病	靶向NGS测序、液滴数字PCR、单细胞多组学分析（Mission Bio Tapestri平台）	NA	基因组DNA数据、细胞表面蛋白标记数据	16例T-PLL患者的配对诊断和复发样本
896	2025-06-04	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	research paper	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于连接H&E图像和转录组学数据	首次提出将组织学图像和转录组学数据整合的基础模型OmiCLIP，并开发了Loki平台提供五项关键功能	未提及具体局限性	整合组织学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析能力	组织学图像和转录组学数据	computational biology	NA	scRNA-seq, spatial transcriptomics (ST)	OmiCLIP	image, transcriptomic data	220万对组织图像和转录组学数据，涵盖32个器官
897	2025-06-04	Robust generation of photoreceptor-dominant retinal organoids from porcine induced pluripotent stem cells 2025-04-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102425 PMID:40054472	research paper	该研究描述了从猪诱导多能干细胞高效生成光感受器主导的视网膜类器官的方法	开发了一种高效生成猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官的方法，为视网膜退行性疾病的研究提供了新的临床前模型	NA	开发猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官，以补充人类异种移植研究的功能和安全性数据	猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官	干细胞研究	视网膜退行性疾病	免疫细胞化学 (ICC), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据, 图像数据	NA
898	2025-06-04	Impact of lymph node metastasis on immune microenvironment and prognosis in colorectal cancer liver metastasis: insights from multiomics profiling 2025-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02921-2 PMID:39753715	research paper	研究探讨了淋巴结转移（LNM）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后的影响，并通过多组学分析揭示了潜在的免疫机制	首次通过整合bulk RNA测序、单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，比较了有和无LNM患者的癌症特异性生存率（CSS）和免疫特征，揭示了非转移性TDLNs中免疫细胞的丰富性及其与抗肿瘤免疫反应的关联	研究依赖于回顾性队列数据，可能存在选择偏倚，且多组学数据的整合分析复杂，可能影响结果的解释	探讨LNM对CRLM患者预后的影响及其免疫机制	结直肠癌肝转移（CRLM）患者	digital pathology	colorectal cancer	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing, proteomics	NA	RNA sequencing data, proteomics data, pathological evaluations	来自美国SEER队列和中国多中心队列的CRLM患者
899	2025-06-04	Exploration of common molecular mechanisms of psoriatic arthritis and aging based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis 2025-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167730 PMID:39965531	研究论文	通过整合和分析银屑病关节炎（PsA）患者滑液、衰老患者外周血及正常人群的单细胞RNA测序数据，探索PsA与衰老的共同分子机制	发现CD8-CM在PsA和衰老人群中表达上调，并鉴定出与PsA和衰老相关的关键基因TGFBR3、PPP3CC和APOBEC3G	NA	研究银屑病关节炎（PsA）与衰老的共同分子机制	银屑病关节炎（PsA）患者滑液、衰老患者外周血及正常人群的单细胞RNA测序数据	生物信息学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化、KEGG通路分析	NA	RNA测序数据	NA
900	2025-06-04	20 years of stemness: From stem cells to hypertranscription and back 2025-03-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102406 PMID:39919752	评论	回顾过去20年干细胞转录组学的发展，从微阵列技术到单细胞RNA测序的应用，并探讨干细胞超转录状态的发现	揭示了干细胞超转录状态的存在，并指出2002年的干细胞特征基因签名实际上是超转录的标记	文章为回顾性分析，未涉及新的实验数据	探讨干细胞转录组学的发展历程及其在生理和疾病研究中的意义	胚胎干细胞和成体干细胞	转录组学	NA	微阵列技术、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA