单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-07-25	Transcription factors TCF4 and KLF4 respectively control the development of the DC2A and DC2B lineages 2025-Jul-23, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02208-5 PMID:40702338	研究论文	本研究通过单细胞测序等技术揭示了转录因子TCF4和KLF4分别控制DC2A和DC2B谱系发育的分子机制	首次明确了Klf4表达可将cDC谱系与pDC谱系清晰区分，并定义了两个pre-DC2亚群及其分化调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类DC细胞谱系是否遵循相同机制仍需验证	阐明常规树突状细胞(cDCs)异质性群体的发育调控机制	小鼠常规树突状细胞(cDCs)及其前体细胞	免疫学	NA	单细胞测序、转录因子命运示踪模型、条件性敲除模型、过继转移	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（小鼠细胞）
862	2025-07-25	Probability of stealth multiplets in sample-multiplexing for droplet-based single-cell analysis 2025-Jul-23, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11835-z PMID:40702454	研究论文	本文研究了基于液滴的单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的多重捕获问题，特别是样本多重化scRNA-seq（mx-scRNA-seq）中的隐蔽多重捕获（stealth multiplets）概率	提出了隐蔽多重捕获的概念，并开发了一个理论模型来预测其概率，揭示了部分隐蔽多重捕获对数据集的影响	模型假设可能简化了实际情况，且仅针对特定类型的mx-scRNA-seq数据进行了验证	评估mx-scRNA-seq中隐蔽多重捕获的概率及其对数据完整性的影响	基于液滴的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, mx-scRNA-seq	理论模型	单细胞RNA测序数据	NA
863	2025-07-25	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2025-Jul-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03682-8 PMID:40702544	研究论文	介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征异常细胞状态轨迹并整合单细胞基因组学数据	Decipher能够联合建模和可视化正常与扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态，揭示共享和破坏的动态过程	未提及具体的技术限制或数据局限性	开发有效的计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征从正常到异常细胞状态的转变	单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态	生物信息学	胰腺炎、急性髓性白血病、胃癌	单细胞RNA-seq	深度生成模型	基因表达数据	NA
864	2025-07-25	Molecular mechanism of potently neutralizing human monoclonal antibodies against severe fever with thrombocytopenia virus infection 2025-Jul-22, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00533-25 PMID:40539781	研究论文	本文研究了针对严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)的高效中和人源单克隆抗体的分子机制	首次从SFTS幸存者中通过单细胞RNA-seq获得多种单克隆抗体，并发现SD4、SD12和SD22具有高中和活性，其中SD4和SD22对不同病毒基因型表现出32-83 pM的强效中和能力	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发针对SFTSV的有效治疗性抗体	严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)及其糖蛋白Gn	分子生物学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞RNA-seq, X射线晶体学	NA	分子结构数据	多种从SFTS幸存者获得的单克隆抗体
865	2025-07-25	Lonidamine alleviates inflammation and tissue remodeling in a mouse model of eosinophilic chronic sinusitis: A single-cell transcriptomics study 2025-Jul-22, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115258 PMID:40700828	研究论文	本研究通过单细胞转录组学探讨了lonidamine在嗜酸性慢性鼻窦炎小鼠模型中的抗炎和组织重塑作用	首次揭示了HK2抑制剂lonidamine通过调控Cxcl1-Cxcr2和Ptn-Ncl信号通路减轻嗜酸性慢性鼻窦炎的炎症和组织重塑	研究仅基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究HK2抑制剂lonidamine对嗜酸性慢性鼻窦炎的治疗潜力	嗜酸性慢性鼻窦炎小鼠模型和人鼻上皮细胞(HNEpC)	单细胞转录组学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠疾病模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，使用人鼻上皮细胞进行体外实验
866	2025-07-25	Integrative causal and single-cell analyses reveal genes responsive to endocrine disruptors driving human male infertility 2025-Jul-22, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118709 PMID:40700968	研究论文	本研究通过整合因果分析和单细胞分析，揭示了内分泌干扰物（EDCs）响应基因与男性不育的关联	首次系统性识别EDCs相关基因，并通过Mendelian随机化和共定位分析验证其与男性不育的因果关系，结合单细胞RNA测序揭示这些基因在生殖细胞中的表达模式	研究主要基于已有数据库和大规模数据集，缺乏实验验证部分基因功能的具体机制	探究内分泌干扰物导致男性不育的分子机制	人类睾丸组织及与男性不育相关的基因	生物医学	男性不育	Mendelian随机化分析、共定位分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、GWAS数据、单细胞RNA测序数据	大规模cis-eQTL和GWAS数据集及人类睾丸组织单细胞RNA测序样本
867	2025-07-25	Differential molecular signatures in response to CD19-CAR T cell therapy compared with conventional pharmacotherapy in systemic lupus erythematosus 2025-Jul-22, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.06.2132 PMID:40701862	研究论文	比较CD19-CAR T细胞疗法与传统药物治疗在系统性红斑狼疮(SLE)中的分子特征差异	首次揭示了CD19-CAR T细胞疗法在SLE中诱导的独特分子特征，包括补体激活和I型干扰素反应的显著抑制，以及脂质代谢途径的上调	样本量较小(7例接受CAR-T治疗的患者)，且为观察性研究	比较CD19-CAR T细胞疗法与传统药物治疗在SLE中的生物学效应差异	系统性红斑狼疮患者	免疫治疗	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序，全血转录组分析	NA	基因表达数据	7例接受CD19-CAR T治疗的患者，30例标准药物治疗后缓解的患者，31例接受利妥昔单抗、贝利尤单抗或环磷酰胺治疗的患者
868	2025-07-25	Systematic characterization of full-length RNA isoforms in human colorectal cancer at single-cell resolution 2025-Jul-22, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf049 PMID:40702779	研究论文	本研究通过高深度长读长单细胞RNA测序技术，系统表征了人类结直肠癌中全长RNA异构体的多样性及其剪接变化	首次在单细胞分辨率下全面解析结直肠癌中全长转录本变异，揭示了癌症细胞转录复杂性的增加、3'-UTR缩短及内含子保留减少等新特征，并发现iCMS3亚型具有更高的剪接因子活性和更显著的3'-UTR缩短	样本量相对较小（仅12例CRC患者），且仅关注结直肠上皮细胞	探究结直肠癌中RNA剪接失调的分子机制及其在肿瘤发生中的作用	结直肠癌患者的结直肠上皮细胞	基因组学	结直肠癌	高深度长读长单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	12例CRC患者的结直肠上皮细胞
869	2025-07-25	Protocol for conducting a single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin analysis 2025-Jul-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103960 PMID:40700014	研究论文	本文提供了一个用于进行单细胞转座酶可及染色质测序分析（scATAC-seq）的协议	提供了一个详细的scATAC-seq分析协议，包括数据预处理、下游分析和计算多组学整合的步骤	协议主要面向scATAC-seq新手，可能对经验丰富的研究者帮助有限	简化scATAC-seq的分析流程，帮助研究人员更好地进行染色质可及性研究	公开可用的scATAC-seq数据集	基因组学	NA	scATAC-seq	NA	基因组数据	NA
870	2025-07-25	Single-cell and spatial multiomics identifies heterogeneous xylem development driven by mechanical stress in Populus 2025-Jul-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.038 PMID:40701155	研究论文	通过单细胞和空间多组学技术研究机械应力驱动的杨树木材异质性发育	首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学技术，揭示了正常木材和张力木材中纤维细胞的同一性和发育异质性	研究主要集中于杨树，结果在其他树种中的普适性需要进一步验证	探究机械应力下木材形成的细胞和分子机制	杨树正常木材、张力木材和对侧木材	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、磷酸化蛋白质组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、代谢组数据、磷酸化蛋白质组数据	三种不同发育状态的杨树木材组织(正常、张力、对侧)
871	2025-07-25	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本文探讨了利用RNA-seq反卷积技术改进复杂体外模型（CIVMs）的表征方法	提出使用公开可用的单细胞RNA-seq数据集通过RNA-seq反卷积预测CIVMs中的细胞比例，并评估了多种反卷积方法的准确性	反卷积方法的准确性在不同分析中存在显著差异	开发新方法来表征复杂体外模型（CIVMs）以用于毒理学和药物开发	基于干细胞的人类肠道类器官CIVM和新生啮齿动物睾丸CIVM	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	两种复杂体外模型（人类肠道类器官CIVM和新生啮齿动物睾丸CIVM）
872	2025-07-25	A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and insights in Oryza sativa response to environmental stresses 2025-Jul-19, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10836-1 PMID:40682700	综述	本文系统综述了2017年至2024年间在水稻中进行的单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究，重点关注水稻对环境胁迫的响应	填补了水稻单细胞RNA测序研究综述的空白，并强调了scRNA-seq技术在水稻研究中的最新进展和应用	仅涵盖2017至2024年间的研究，可能未包括最新的研究成果	探讨scRNA-seq技术在水稻研究中的应用及其对作物改良策略的贡献	水稻（Oryza sativa）的不同组织（根、叶、花和种子）及其对环境胁迫的响应	植物生物学	NA	scRNA-seq, ATCT-seq, snRNA-seq, Stereo-seq	NA	转录组数据	涵盖2017至2024年间的水稻scRNA-seq研究
873	2025-07-25	A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression 2025-Jul-18, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010 PMID:40701148	研究论文	该研究揭示了STAT3/integrin轴在加速胰腺癌起始和进展中的作用	发现ITGB3作为STAT3的靶基因促进胰腺癌的起始和进展，并揭示了STAT3通过调控ITGB3增强子的染色质可塑性来诱导其表达的机制	研究主要基于细胞模型和转录组学数据，缺乏体内实验验证	探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌(PDAC)进展中的作用机制	胰腺导管腺癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	ChIP-seq, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
874	2025-07-25	Sceptic: pseudotime analysis for time-series single-cell sequencing and imaging data 2025-Jul-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03679-3 PMID:40676652	研究论文	提出了一种名为Sceptic的支持向量机模型，用于监督性伪时间分析，以提高单细胞数据的时间顺序预测准确性	Sceptic模型在预测能力上显著优于现有方法，并且能够应用于多种单细胞数据类型，包括单核图像数据	未明确提及具体局限性，但可能包括对新数据类型的适应性和计算效率问题	提高单细胞伪时间嵌入的预测准确性，并扩展其应用范围至多种单细胞数据类型	时间序列单细胞RNA测序数据、scATAC-seq数据和显微镜图像数据	生物信息学	NA	支持向量机(SVM)	SVM	单细胞RNA测序数据、scATAC-seq数据、显微镜图像数据	NA
875	2025-07-25	Exploring the mechanism of action of trastuzumab-induced cardiomyocyte atrophy based on the FN1/PI3K/AKT-mediated mTOR-independent signaling pathway 2025-Jul-17, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111087 PMID:40683573	研究论文	本研究基于单细胞转录组测序和生物信息学方法，探讨了曲妥珠单抗（TRZ）诱导心肌细胞萎缩的潜在靶点和信号通路	揭示了TRZ通过免疫细胞释放FN1，通过ECM触发心肌细胞中非经典（mTOR非依赖）PI3K/AKT信号传导的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需进一步体内实验验证	探究TRZ诱导心脏毒性的分子机制	HER-2阳性乳腺癌患者的心肌细胞	生物医学	乳腺癌	scRNA-seq, 生物信息学分析, RT-PCR, Western blot, TEM, 免疫荧光分析	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞图像	NA
876	2025-07-25	Meta-Analysis of Gene Expression in Bulk-Processed Post-Mortem Spinal Cord from ALS Patients and Normal Controls 2025-Jul-16, NeuroSci IF:1.6Q4 DOI:10.3390/neurosci6030065 PMID:40700130	meta-analysis	该研究对ALS患者和正常对照者的尸检脊髓组织进行了基因表达的荟萃分析	通过荟萃分析减弱了个体研究中基因表达偏差的影响，并识别出213个差异表达基因	研究基于批量处理的尸检组织，可能掩盖了细胞类型特异性的表达变化	探究ALS患者脊髓组织中基因表达的差异及其与疾病病理的关系	ALS患者和正常对照者的尸检脊髓组织	生物信息学	肌萎缩侧索硬化症(ALS)	基因表达荟萃分析，空间转录组学	NA	基因表达数据	569个样本（454个ALS，115个对照），来自348个个体（262个ALS，86个对照）
877	2025-07-25	EDNRB2 regulates fate, migration, and maturation of hair cell precursors in regenerating avian auditory epithelium explants 2025-Jul-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502713122 PMID:40627393	研究论文	本研究揭示了EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生过程中对前体细胞命运、迁移和成熟的关键调控作用	首次发现EDNRB2信号通路在鸟类毛细胞再生过程中调控前体细胞命运决定、迁移和成熟的关键作用	研究仅基于体外鸡基底乳头培养模型，未验证在体情况	阐明EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生中的具体作用机制	鸡基底乳头的支持细胞和毛细胞前体细胞	听觉再生生物学	听力损失	单细胞RNA测序、RNA测序、药理学抑制、组织学评估	鸡基底乳头外植体培养模型	基因表达数据、组织学图像数据	未明确说明具体样本数量（鸡基底乳头外植体）
878	2025-07-25	Phenotypic heterogeneity and plasticity in colorectal cancer metastasis 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100881 PMID:40393458	研究论文	本研究探讨了结直肠癌（CRC）中表型异质性和可塑性在肿瘤进展、转移和治疗抵抗中的关键作用	通过单细胞多组学和空间转录组学数据揭示了具有再生和炎症表型的癌细胞状态，并鉴定了AP-1和NF-κB作为关键调控因子	研究中发现的调控因子和外在信号驱动表型异质性的具体机制仍需进一步验证	揭示结直肠癌转移中表型异质性和可塑性的调控机制	结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤样本	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞多组学、空间转录组学	NA	单细胞多组学数据、空间转录组学数据	结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤样本（具体数量未提及）
879	2025-07-25	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	research paper	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型骨转移生态系统的异质性，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型，并验证了这些原型与组织来源之间的相关性	样本量相对较小（42例骨转移样本），且未涵盖所有可能的癌症类型	研究骨转移生态系统的异质性及其机制	42例来自8种癌症类型的骨转移样本	digital pathology	multiple cancer types	single-cell RNA sequencing, immunostaining, bulk RNA sequencing/microarray	NA	RNA sequencing data, tissue sections	42例骨转移样本（来自8种癌症类型）和158例骨转移样本（来自超过10种癌症类型）的验证数据
880	2025-07-25	SpaLinker identifies phenotype-associated spatial tumor microenvironment features by integrating bulk and spatial sequencing data 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100893 PMID:40480216	研究论文	介绍了一种名为SpaLinker的创新集成框架，用于通过整合大量和空间测序数据来识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征	SpaLinker利用空间转录组学数据在分子、细胞和组织结构水平上解析空间分辨的肿瘤微环境，并通过整合大量RNA测序数据评估空间定义特征的预后意义	由于空间测序样本的临床注释稀缺，定量关联空间分辨特征与临床表型仍具挑战性	提高空间测序技术的临床实用性，识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征	肿瘤微环境（TME）	数字病理学	泛癌	空间转录组学（ST）、RNA-seq	NA	空间测序数据、RNA测序数据	多种肿瘤ST数据集