单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8881	2024-09-07	spliceJAC: transition genes and state-specific gene regulation from single-cell transcriptome data 2022-11, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202211176 PMID:36321549	研究论文	本文介绍了一种名为spliceJAC的方法，用于从单细胞转录组数据中量化多变量mRNA剪接，并构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络	spliceJAC方法通过利用未剪接和剪接的mRNA计数矩阵，构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络，并应用稳定性分析预测细胞状态转换中的关键驱动基因	NA	本文旨在从单细胞转录组数据中提取动态信息，以增进对细胞状态转换和基因间相互作用的理解	本文研究了胰腺内皮发育和A549肺癌细胞中的上皮-间质转化（EMT）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及胰腺内皮发育和A549肺癌细胞的单细胞转录组数据
8882	2024-09-07	Cell therapy attenuates endothelial dysfunction in hypertensive rats with heart failure and preserved ejection fraction 2022-11-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00287.2022 PMID:36083797	研究论文	研究细胞疗法对高血压伴心力衰竭和保留射血分数大鼠的血管内皮功能障碍的影响	首次使用心脏球来源的细胞（CDCs）治疗高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠，发现其能减少炎症和纤维化，改善功能、结构和生存率	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证其疗效	验证炎症在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）中的作用，并测试细胞疗法的效果	高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠	心血管疾病	心力衰竭	单细胞RNA测序	NA	RNA	Dahl盐敏感大鼠，分为CDCs治疗组和对照组
8883	2024-09-07	Patient-Derived Organoids from Colorectal Cancer with Paired Liver Metastasis Reveal Tumor Heterogeneity and Predict Response to Chemotherapy 2022-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204097 PMID:36058001	研究论文	本文构建了一个包含50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并分析了其多组学数据，揭示了肿瘤异质性并预测化疗反应	首次构建了结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并利用多组学数据全面分析了肿瘤异质性，预测了化疗反应和临床预后	NA	开发一种有效的方法来预测结直肠癌肝转移患者的化疗反应和术后预后	结直肠癌肝转移患者及其来源的类器官	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	多组学数据	50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官
8884	2024-09-07	Epidermal growth factor induces a trophectoderm lineage transcriptome resembling that of human embryos during reconstruction of blastoids from extended pluripotent stem cells 2022-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13317 PMID:35880490	研究论文	研究通过添加表皮生长因子（EGF）优化人类扩展多能干细胞（EPSC）向滋养层（TE）样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量	通过添加EGF，增强了EPSC向TE样细胞的分化，并使重建的胚泡更接近人类胚胎的转录组特征	研究规模较小，需要进一步验证和优化	优化人类扩展多能干细胞向滋养层样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量	人类扩展多能干细胞（EPSC）及其向滋养层（TE）样细胞的分化	干细胞生物学	NA	RNA测序	NA	RNA	多个人类多能干细胞（hPSCs）和胚胎样本
8885	2024-09-07	PlantPhoneDB: A manually curated pan-plant database of ligand-receptor pairs infers cell-cell communication 2022-11, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.13893 PMID:35842742	研究论文	本文开发了一个名为PlantPhoneDB的植物泛数据库，包含大量手动筛选的高可信度配体-受体对，用于推断细胞间通信	首次为植物物种提供了一个可靠的配体-受体相互作用数据库，并开发了相应的R包和可视化功能	NA	开发一个用于推断植物细胞间通信的配体-受体对数据库	植物细胞间的配体-受体对及其在细胞通信中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了GSE121619数据集中的拟南芥热激根细胞样本
8886	2024-09-07	Bioinformatics roadmap for therapy selection in cancer genomics 2022-11, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13286 PMID:35811332	综述	本文综述了癌症基因组学中治疗选择的生物信息学方法	本文介绍了针对肿瘤异质性的不同类型（如肿瘤间异质性和肿瘤内异质性）的治疗选择策略，并讨论了这些策略如何整合到临床实践中	NA	探讨精准肿瘤学中基于生物信息学工具的治疗选择方法	肿瘤异质性及其对治疗选择的影响	生物信息学	癌症	下一代测序（NGS）	NA	基因组变异数据、表达数据、多组学数据	NA
8887	2024-09-07	The Single-Cell Revelation of Thermogenic Adipose Tissue 2022-Oct-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2022.0092 PMID:36254709	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的应用	利用单细胞转录组学技术，揭示了产热脂肪组织的复杂细胞网络和组成动态	NA	总结和评估单细胞转录组学在理解产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的贡献	产热脂肪组织	NA	肥胖	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
8888	2024-09-07	A missense variant in the nuclear localization signal of DKC1 causes Hoyeraal-Hreidarsson syndrome 2022-Oct-30, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-022-00335-8 PMID:36309505	研究论文	本文报道了一个位于DKC1基因核定位信号区域的错义突变导致Hoyeraal-Hreidarsson综合征的病例	首次发现DKC1基因核定位信号区域的突变与Hoyeraal-Hreidarsson综合征相关，并提供了治疗方案	样本量较小，仅限于一个家庭的男性兄弟	研究DKC1基因突变在Hoyeraal-Hreidarsson综合征中的作用及潜在治疗方案	DKC1基因突变、Hoyeraal-Hreidarsson综合征患者及其诱导多能干细胞	NA	遗传性皮肤病	单细胞RNA测序、诱导多能干细胞培养	NA	RNA	一个家庭的两位男性兄弟
8889	2024-09-07	De novo analysis of bulk RNA-seq data at spatially resolved single-cell resolution 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34271-z PMID:36310179	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习框架的空间反卷积算法Bulk2Space，用于在单细胞分辨率下分析批量RNA-seq数据	Bulk2Space能够利用现有的单细胞和空间转录组学参考数据，同时揭示批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	NA	揭示组织分子结构在单细胞分辨率下的空间和细胞异质性，以更好地理解生物和病理过程	批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	生物信息学	NA	RNA-seq	深度学习框架	RNA-seq数据	来自两个不同小鼠脑区域的批量转录组数据
8890	2024-09-07	Deep transfer learning of cancer drug responses by integrating bulk and single-cell RNA-seq data 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34277-7 PMID:36310235	研究论文	本文提出了一种名为scDEAL的深度迁移学习框架，用于整合大规模的批量细胞系数据和单细胞RNA测序数据，以预测单细胞水平的癌症药物反应	scDEAL通过整合药物相关的批量RNA-seq数据和scRNA-seq数据，并将训练好的批量RNA-seq模型迁移到scRNA-seq数据上，实现了单细胞水平药物反应的预测	NA	开发计算方法以预测和解释从临床样本收集的单细胞数据中的癌症药物反应	单细胞RNA测序数据和批量基因表达数据	机器学习	癌症	RNA-seq	深度迁移学习框架	基因表达数据	六个scRNA-seq数据集
8891	2024-09-07	Single-cell profiling reveals distinct adaptive immune hallmarks in MDA5+ dermatomyositis with therapeutic implications 2022-10-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34145-4 PMID:36309526	研究论文	通过单细胞RNA测序、流式细胞术和多重免疫组化技术，研究了MDA5阳性皮肌炎患者的免疫特征，揭示了其与治疗相关的免疫标志	首次通过单细胞RNA测序等技术详细描述了MDA5阳性皮肌炎的免疫特征，并发现了与预后相关的免疫标志	研究样本仅限于一名患者，可能影响结果的普适性	揭示MDA5阳性皮肌炎的免疫病理特征，并为未来个性化治疗提供基础	MDA5阳性皮肌炎患者的周围B细胞、T细胞及受影响的肺组织	免疫学	皮肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、多重免疫组化	NA	RNA	一名患者
8892	2024-09-07	Smoking modulates different secretory subpopulations expressing SARS-CoV-2 entry genes in the nasal and bronchial airways 2022-10-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-17832-6 PMID:36307504	研究论文	研究吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响	首次在大规模队列中比较鼻腔和支气管样本中SARS-CoV-2进入基因的表达差异，并揭示吸烟状态对这些基因表达的影响	研究仅限于鼻腔和支气管样本，未涵盖其他可能影响SARS-CoV-2感染的组织或器官	探讨吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响及其对疾病严重程度的可能影响	鼻腔和支气管通道中的SARS-CoV-2进入基因表达	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	793个鼻腔样本和1673个支气管样本
8893	2024-09-07	The oncogenic fusion protein DNAJB1-PRKACA can be specifically targeted by peptide-based immunotherapy in fibrolamellar hepatocellular carcinoma 2022-10-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33746-3 PMID:36302754	研究论文	研究报道了针对纤维板层肝细胞癌中DNAJB1-PRKACA融合蛋白的肽基免疫疗法的识别、特征和应用	首次报道了针对DNAJB1-PRKACA融合蛋白的免疫疗法，并展示了其在临床上的有效性	研究仅基于单一患者的数据，需要进一步的临床试验验证	探索针对纤维板层肝细胞癌中DNAJB1-PRKACA融合蛋白的免疫疗法	DNAJB1-PRKACA融合蛋白及其衍生的新抗原	NA	肝细胞癌	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质、RNA	单一患者
8894	2024-09-07	ReadZS detects cell type-specific and developmentally regulated RNA processing programs in single-cell RNA-seq 2022-10-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02795-8 PMID:36284317	研究论文	本文介绍了一种名为ReadZS的无注释统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别受调控的RNA加工过程	ReadZS方法不依赖于预先存在的注释，避免了传统方法中对峰值调用启发式和细胞类型聚合测量的依赖	NA	开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性和发育调控的RNA加工程序	人类肺部细胞和哺乳动物精子发生过程中的RNA加工过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及人类肺部细胞和哺乳动物精子发生过程的样本
8895	2024-09-07	Evaluation of cell-cell interaction methods by integrating single-cell RNA sequencing data with spatial information 2022-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02783-y PMID:36253792	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序数据与空间信息，评估了16种细胞间相互作用方法	提出了利用空间距离分布来评估细胞间相互作用工具的新方法	研究主要基于模拟数据和少量真实数据，可能影响结果的普适性	评估现有的细胞间相互作用方法，并提出一种新的评估框架	16种细胞间相互作用方法的性能	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 空间转录组学 (ST)	NA	RNA测序数据	15个模拟数据集和5个真实数据集
8896	2024-09-07	scGWAS: landscape of trait-cell type associations by integrating single-cell transcriptomics-wide and genome-wide association studies 2022-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02785-w PMID:36253801	研究论文	本文介绍了一种名为scGWAS的新方法，通过整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联	scGWAS利用单细胞RNA测序数据，推断疾病相关基因在哪些细胞类型中表现，并构建细胞模块，暗示疾病特异性激活的不同过程	scGWAS仅使用每种细胞类型的平均基因表达，并通过虚拟搜索过程构建模块分数的零分布，这可能限制了其对复杂数据模式的解析能力	开发一种新方法，整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联	单细胞RNA测序数据和全基因组关联研究数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	40个全基因组关联研究数据集（平均样本量约为154,000）和18个单细胞RNA测序数据集（总计108万细胞）
8897	2024-09-07	Telocytes regulate macrophages in periodontal disease 2022-10-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72128 PMID:36193890	研究论文	研究探讨了牙周组织中成纤维细胞（TCs）在调节巨噬细胞活性中的作用	首次揭示了成纤维细胞在牙周炎中通过HGF/Met信号通路调节巨噬细胞行为的机制	研究仅在鼠类模型中进行，尚未在人类中验证	探讨成纤维细胞在牙周炎中对巨噬细胞的调节作用	成纤维细胞和巨噬细胞在牙周组织中的相互作用	NA	牙周病	scRNA-seq和谱系追踪	NA	细胞数据	鼠类牙周组织样本
8898	2024-09-07	LRRC15 inhibits SARS-CoV-2 cellular entry in trans 2022-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001805 PMID:36228039	研究论文	研究通过CRISPR激活筛选技术，发现LRRC15是SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子	首次发现LRRC15作为SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子，并揭示其在COVID-19患者病理纤维细胞中的表达	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	识别和验证SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子	LRRC15在SARS-CoV-2进入细胞中的作用及其在COVID-19患者中的表达	NA	呼吸系统疾病	CRISPR激活筛选技术	NA	RNA测序数据	人类肺部单细胞RNA测序数据
8899	2024-09-07	Single-cell multi-omics of human preimplantation embryos shows susceptibility to glucocorticoids 2022-Sep-27, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276665.122 PMID:35948369	研究论文	研究了人类胚胎植入前暴露于糖皮质激素对单细胞多组学特征的影响	首次展示了人类胚胎第7天的单细胞转录组、甲基组和小RNA图谱，并揭示了糖皮质激素暴露对滋养层细胞系分子特征的重编程作用	研究仅限于第7天的胚胎，未涵盖整个植入前阶段	探讨糖皮质激素暴露对人类胚胎植入前发育的分子影响	人类胚胎植入前的单细胞转录组、甲基组和小RNA	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	第7天的人类胚胎样本
8900	2024-09-07	Gliotransmission of D-serine promotes thirst-directed behaviors in Drosophila 2022-09-26, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2022.07.038 PMID:35963239	研究论文	本文研究了果蝇在缺水条件下大脑中的分子和细胞适应性变化，特别是星形胶质细胞通过释放D-丝氨酸促进饮水行为	首次揭示了星形胶质细胞通过释放D-丝氨酸在果蝇饮水行为中的作用，并发现D-丝氨酸通过结合神经元NMDA型谷氨酸受体来增强饮水行为	研究仅限于果蝇模型，尚未在其他物种中验证	探究缺水条件下果蝇大脑中的分子和细胞适应性变化及其对饮水行为的影响	果蝇在缺水条件下的星形胶质细胞及其释放的D-丝氨酸	神经科学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	缺水果蝇的脑细胞