单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8861	2024-09-07	Establishment and transcriptome analysis of single blastomere-derived cell lines from zebrafish 2024-Sep, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.07.018 PMID:39097227	研究论文	本文报道了从斑马鱼单个卵裂球中建立细胞系并进行转录组分析	首次从斑马鱼单个卵裂球中成功建立具有稳定染色体状态的细胞系，并通过单细胞转录组测序验证了其长期培养中的基因表达忠实性	NA	建立斑马鱼单个卵裂球来源的细胞系，并研究其在体外培养中的基因表达和细胞命运	斑马鱼单个卵裂球及其衍生的细胞系	细胞生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	20个斑马鱼细胞系
8862	2024-09-07	Targeting EFHD2 inhibits interferon-γ signaling and ameliorates non-alcoholic steatohepatitis 2024-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.04.009 PMID:38670321	研究论文	研究探讨了EFHD2在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了EFHD2在NASH中的免疫调节和炎症作用，并开发了一种新的α-螺旋肽作为潜在的治疗药物	研究主要基于小鼠模型和患者样本，需要进一步的临床试验验证	探讨EFHD2在NASH发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	EFHD2在NASH患者和动物模型中的表达及其对疾病进展的影响	NA	非酒精性脂肪性肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、双重免疫组织化学	NA	RNA	NASH患者和两种饮食诱导的NASH小鼠模型
8863	2024-09-07	Primary cilia signaling in astrocytes mediates development and regional-specific functional specification 2024-Sep, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01726-z PMID:39103557	研究论文	本文研究了初级纤毛在星形胶质细胞中的信号传导作用，揭示了其在调节星形胶质细胞亚型特异性核心特征和神经发育中的关键作用	首次揭示了初级纤毛在星形胶质细胞中的信号传导作用，及其在神经发育和区域特异性功能分化中的重要性	NA	探讨初级纤毛在星形胶质细胞发育和区域特异性功能分化中的作用	小鼠大脑中的星形胶质细胞及其初级纤毛	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠大脑中的星形胶质细胞
8864	2024-09-07	Sex and disease regulate major histocompatibility complex class I expression in human lung epithelial cells 2024-Sep, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70025 PMID:39223101	研究论文	研究探讨了人类肺上皮细胞中主要组织相容性复合体I类（MHC I）表达在性别和疾病状态下的调节机制	首次揭示了人类肺上皮细胞中MHC I表达的性别差异及其在慢性呼吸系统疾病中的上调现象	研究仅限于人类肺上皮细胞，未涉及其他细胞类型或物种	探讨人类肺上皮细胞中MHC I表达的调控机制及其在慢性呼吸系统疾病中的作用	人类肺上皮细胞及其在慢性呼吸系统疾病中的MHC I表达	免疫学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序和免疫染色	NA	RNA	来自肺实质移植的人类肺上皮细胞样本
8865	2024-09-07	scRNA-Explorer: An End-user Online Tool for Single Cell RNA-seq Data Analysis Featuring Gene Correlation and Data Filtering 2024-Sep-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2024.168654 PMID:39237193	研究论文	介绍了一个名为scRNA-Explorer的在线工具，用于单细胞RNA测序数据分析，支持基因相关性和数据过滤	开发了一个开源的在线工具scRNA-Explorer，简化了单细胞RNA测序数据的分析流程，并提供了基因相关性分析和基因富集分析功能	NA	开发一个用户友好的在线工具，用于简化单细胞RNA测序数据的分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
8866	2024-09-07	Decoding 11-oxygenated androgen synthesis: insights from enzyme gene expression and LC-MS/MS quantification 2024-Aug-30, European journal of endocrinology IF:5.3Q1 DOI:10.1093/ejendo/lvae104 PMID:39219353	研究论文	本研究通过分析大量正常人体组织的RNA和蛋白质数据，揭示了11-氧代雄激素在肾脏和肠道中的合成机制	首次系统性地研究了11-氧代雄激素在不同组织中的合成途径，并开发了TransMap网站用于可视化转录组数据	研究主要集中在正常人体组织，未涉及疾病状态下的情况	探讨11-氧代雄激素在外周组织中的合成机制及其在人体中的潜在作用	11-氧代雄激素的合成酶基因表达及其在不同组织中的分布	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA)、免疫组化、液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS)	NA	RNA、蛋白质	30种组织的bulk RNA数据、16种组织的单细胞RNA测序数据、29种组织的蛋白质数据
8867	2024-09-07	ScRNAs reveals high-frequency rTMS-induced pericyte differentiation: Potential implications for vascular regeneration and blood-brain barrier stability in stroke 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35339 PMID:39229501	研究论文	研究探讨了重复经颅磁刺激（rTMS）对中风后血脑屏障（BBB）的影响及其潜在机制	通过单细胞测序（ScRNAs）揭示了rTMS诱导的周细胞分化，并发现了新的周细胞亚群作为中风治疗的潜在靶点	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨rTMS对中风后血脑屏障修复和血管再生的影响	中风后血脑屏障的修复和血管再生	数字病理学	中风	单细胞测序（ScRNAs）	NA	单细胞数据	使用短暂性大脑中动脉闭塞（tMCAO）大鼠模型进行研究
8868	2024-09-07	Single-cell network analysis reveals gene expression programs for Arabidopsis root development and metabolism 2024-Aug-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2024.100978 PMID:38783601	研究论文	本文通过单细胞基因共表达网络分析，揭示了拟南芥根发育和代谢的基因表达程序	首次对拟南芥根的单细胞RNA测序数据进行全面的基因共表达网络分析，并识别出149个基因共表达模块，这些模块被认为是基因表达程序	NA	揭示拟南芥根发育和代谢的基因表达程序	拟南芥根的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	SingleCellGGM算法	基因表达数据	公开的拟南芥根单细胞RNA测序数据集
8869	2024-09-07	Single-cell transcriptome atlases of soybean root and mature nodule reveal new regulatory programs that control the nodulation process 2024-Aug-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2024.100984 PMID:38845198	研究论文	研究使用单细胞转录组测序和分子图谱技术，分析了成熟大豆根瘤细胞的转录组特征，揭示了氮固定和衰老细胞的共存现象，并鉴定了新的调控基因	首次对成熟大豆根瘤细胞的转录组进行精确表征，揭示了氮固定和衰老细胞的共存现象，并发现了新的调控基因	NA	研究大豆根瘤细胞的转录组特征，揭示氮固定过程中的新调控机制	大豆根和成熟根瘤细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
8870	2024-09-07	A single-cell transcriptome atlas reveals the trajectory of early cell fate transition during callus induction in Arabidopsis 2024-Aug-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2024.100941 PMID:38720464	研究论文	研究报告了拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中0、1和4天的单细胞转录组时间序列实验，构建了愈伤组织诱导过程的详细单细胞转录组图谱	首次揭示了LRPI-like细胞和QC-like细胞在愈伤组织形成早期的细胞命运转变轨迹，并识别了调控这些细胞的转录因子和基因表达特征	NA	揭示拟南芥愈伤组织诱导过程中细胞异质性和细胞命运转变的机制	拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中的单细胞转录组	植物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中0、1和4天的样本
8871	2024-09-07	Pericytes recruited by CCL28 promote vascular normalization after anti-angiogenesis therapy through RA/RXRA/ANGPT1 pathway in lung adenocarcinoma 2024-Jul-29, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03135-3 PMID:39075504	研究论文	研究了CCL28在抗血管生成治疗后通过RA/RXRA/ANGPT1途径促进肺腺癌血管正常化的分子机制	首次详细报道了抗血管生成治疗后血管正常化的分子机制	NA	探讨抗血管生成治疗后肿瘤血管正常化的分子机制	肺腺癌细胞和人源及鼠源的肺腺癌细胞系	数字病理学	肺腺癌	单细胞测序、免疫荧光、多重免疫组化、磁激活细胞分选、实时定量PCR、Western blotting、LC-MS技术、ChIP-qPCR	NA	细胞、组织	人源肺腺癌细胞系A549和鼠源肺腺癌细胞系LLC，以及临床活检样本和原代肺腺癌肿瘤组织中的周细胞
8872	2024-09-07	Communication between alveolar macrophages and fibroblasts via the TNFSF12-TNFRSF12A pathway promotes pulmonary fibrosis in severe COVID-19 patients 2024-Jul-29, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05381-7 PMID:39075394	研究论文	研究探讨了TNFSF12-TNFRSF12A通路在严重COVID-19患者中促进肺纤维化的机制	首次揭示了TNFSF12-TNFRSF12A通路在肺泡巨噬细胞和成纤维细胞间通信中的关键作用	研究仅限于体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨严重COVID-19患者中肺纤维化的细胞通信机制	肺泡巨噬细胞和成纤维细胞	NA	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	严重COVID-19患者和健康对照的肺组织样本
8873	2024-09-07	ST-SCSR: identifying spatial domains in spatial transcriptomics data via structure correlation and self-representation 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae437 PMID:39228303	研究论文	提出了一种名为ST-SCSR的新算法，用于在空间转录组数据中识别空间域，该算法结合了局部信息、全局信息和空间域的相似性	ST-SCSR通过矩阵三因子分解同时分解表达谱和空间网络，融合了表达和空间特征，并通过局部保留和稀疏约束增强了图的质量	NA	开发一种新的算法来解决现有空间域识别方法中忽略局部信息和空间域关系的问题	空间转录组数据中的空间域	生物信息学	NA	矩阵三因子分解	NA	转录组数据	NA
8874	2024-09-07	Advanced sequencing-based high-throughput and long-read single-cell transcriptome analysis 2024-05-14, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00105b PMID:38669201	综述	本文综述了基于高级测序技术的高通量和长读长单细胞转录组分析方法	介绍了下一代测序（NGS）和第三代测序（TGS）技术在解决单细胞转录组分析中低丰度和异质性问题方面的进展	NA	探讨单细胞转录组分析在揭示细胞类型、状态及其在发育、健康和疾病中的相互作用中的重要性	单细胞转录组	基因组学	NA	NGS, TGS	NA	转录组数据	NA
8875	2024-09-07	Proteomic analysis of serum small extracellular vesicles identifies diagnostic biomarkers for neuroblastoma 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1367159 PMID:39228987	研究论文	本文通过蛋白质组学分析血清中小细胞外囊泡，识别神经母细胞瘤的诊断生物标志物	首次通过蛋白质组学分析血清中小细胞外囊泡，识别出神经母细胞瘤的潜在诊断生物标志物	需要进一步的临床验证和大规模样本研究以确认这些生物标志物的诊断效用	识别神经母细胞瘤的诊断生物标志物	血清中的小细胞外囊泡	蛋白质组学	神经母细胞瘤	无标签蛋白质组学、多反应监测、Western blot分析	NA	蛋白质数据、RNA-seq数据	104个差异表达蛋白质，26个潜在生物标志物
8876	2024-09-07	Single-cell RNA sequencing in endometrial cancer: exploring the epithelial cells and the microenvironment landscape 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1425212 PMID:39229264	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在子宫内膜癌中的应用，探讨了肿瘤细胞和微环境的复杂性	本文强调了单细胞RNA测序技术在揭示子宫内膜癌肿瘤细胞和微环境复杂性方面的贡献	本文指出了单细胞RNA测序研究中存在的技术偏差和样本量限制，并强调需要更大规模的研究来涵盖更广泛的子宫内膜癌组织学亚型	本文旨在通过综述单细胞RNA测序技术在子宫内膜癌中的应用，推动对该复杂疾病的理解	本文主要研究对象是子宫内膜癌的肿瘤细胞和微环境	数字病理学	妇科肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	本文未具体提及样本量
8877	2024-09-07	Effects of Leydig cell elimination on testicular interstitial cell populations: characterization by scRNA-seq and immunocytochemical techniques 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1423801 PMID:39229372	研究论文	研究了睾丸间质细胞群在莱迪细胞消除后的变化，并通过单细胞RNA测序和免疫细胞化学技术进行了表征	首次通过单细胞RNA测序和免疫细胞化学技术详细表征了成年大鼠睾丸间质细胞的类型及其动态变化，并分析了莱迪细胞消除对间质稳态的影响	研究仅限于成年大鼠，结果可能不适用于其他物种	表征睾丸间质细胞的类型及其动态变化，并分析莱迪细胞消除对间质稳态的影响	成年大鼠的睾丸间质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序和免疫细胞化学技术	NA	转录组数据	成年大鼠
8878	2024-09-07	Remodeling of the osteoimmune microenvironment after biomaterials implantation in murine tibia: Single-cell transcriptome analysis 2023-Apr, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2022.10.009 PMID:36311047	研究论文	研究了在小鼠胫骨中植入生物材料后骨免疫微环境的重组，通过单细胞转录组分析揭示了不同细胞群的异质性和动态变化	首次通过单细胞转录组分析揭示了植入材料对骨免疫微环境的影响，并探讨了中性粒细胞在骨整合中的作用	研究仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	探讨生物材料植入后骨免疫微环境的重组及其对骨整合的影响	小鼠胫骨中植入不锈钢和钛合金生物材料后的骨免疫微环境	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	40043个细胞，分为五个不同组
8879	2024-09-07	Correspondence analysis for dimension reduction, batch integration, and visualization of single-cell RNA-seq data 2023-01-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-26434-1 PMID:36681709	研究论文	本文介绍了一种基于对应分析（CA）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维、批次整合和可视化方法	提出了一种基于对应分析（CA）的替代PCA的方法，避免了log转换对数据的扭曲，并提出了五种CA的适应性改进，这些改进在计算细胞嵌入时表现更好或与标准CA和glmPCA相当	NA	改进单细胞RNA测序数据的降维和批次整合方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	对应分析（CA）	基因表达数据	9个数据集
8880	2024-09-07	speedingCARs: accelerating the engineering of CAR T cells by signaling domain shuffling and single-cell sequencing 2022-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34141-8 PMID:36323661	研究论文	本文介绍了一种名为speedingCARs的方法，通过信号域重排和单细胞测序加速CAR T细胞工程	利用CRISPR-Cas9技术生成180种独特的CAR变体，并通过单细胞RNA测序和单细胞CAR测序进行高通量筛选，识别出具有肿瘤杀伤特性的变体	NA	扩展CAR信号域组合空间，为CAR T细胞的工程化提供工具	CAR T细胞及其信号域	生物工程	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 单细胞CAR测序	NA	基因组数据, 单细胞RNA数据	180种独特的CAR变体