单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8841	2024-09-08	A review of spatial profiling technologies for characterizing the tumor microenvironment in immuno-oncology 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.996721 PMID:36389765	综述	本文综述了空间分析技术在免疫肿瘤学中表征肿瘤微环境的作用	介绍了最新的基于成像和下一代单细胞测序技术的空间转录组学方法，这些技术为系统量化整个肿瘤微环境中所有或大多数基因的表达提供了平台	NA	探讨空间分析技术在免疫肿瘤学中的应用及其对肿瘤生物学和精准治疗靶点的潜在影响	肿瘤微环境中的基因表达和转录活性	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
8842	2024-09-08	Alzheimer's disease alters the transcriptomic profile of natural killer cells at single-cell resolution 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1004885 PMID:36405736	研究论文	研究阿尔茨海默病对自然杀伤细胞转录组特征的影响	首次在单细胞分辨率下分析了阿尔茨海默病患者自然杀伤细胞的转录组特征，并发现了一个独特的自然杀伤细胞亚群	研究仅限于血液中的自然杀伤细胞，未涵盖其他组织或器官中的细胞	探讨阿尔茨海默病对自然杀伤细胞转录组特征的影响	阿尔茨海默病患者和对照组血液中的自然杀伤细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	转录组数据	阿尔茨海默病患者和对照组的血液样本
8843	2024-09-08	Immune niches orchestrated by intestinal mesenchymal stromal cells lining the crypt-villus 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1057932 PMID:36405734	综述	本文综述了肠道间质基质细胞在免疫微环境中的作用及其空间分布和功能异质性	利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了肠道间质基质细胞在不同肠段的功能多样性及其对免疫细胞和上皮细胞的调节作用	NA	提供对肠道间质基质细胞异质性及其与免疫细胞相互作用的整体视图，以丰富对这些细胞免疫调节功能的理解	肠道间质基质细胞及其在免疫微环境中的作用	NA	NA	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
8844	2024-09-08	Increased stromal PFKFB3-mediated glycolysis in inflammatory bowel disease contributes to intestinal inflammation 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.966067 PMID:36405760	研究论文	研究探讨了PFKFB3在炎症性肠病（IBD）中的作用及其对肠道炎症的影响	首次揭示了PFKFB3在IBD患者中的表达增加，并探讨了其在肠道炎症中的作用	NA	研究PFKFB3在IBD中的作用及其对肠道炎症的影响	炎症性肠病患者的肠道样本和纤维母细胞	NA	炎症性肠病	单细胞测序、ssGSEA、海马实时细胞代谢分析	NA	基因表达数据	IBD患者和健康对照者的肠道样本
8845	2024-09-08	Single-cell and single-nuclei RNA sequencing as powerful tools to decipher cellular heterogeneity and dysregulation in neurodegenerative diseases 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.884748 PMID:36353512	综述	本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在解析神经退行性疾病中的细胞异质性和失调方面的最新进展	介绍了单细胞和单核RNA测序技术在解析神经退行性疾病中的应用，提供了新的细胞类型和状态的识别方法	讨论了在研究阿尔茨海默病和帕金森病中应用这些技术的挑战和局限性	探讨单细胞和单核RNA测序技术在理解神经退行性疾病中的应用	阿尔茨海默病和帕金森病	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
8846	2024-09-08	Single-cell RNA-seq analysis and cell-cluster deconvolution of the human preovulatory follicular fluid cells provide insights into the pathophysiology of ovarian hyporesponse 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.945347 PMID:36339426	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和细胞簇反卷积，探讨了人类排卵前卵泡液细胞在卵巢低反应性中的病理生理机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了卵巢低反应患者与正常反应患者在卵泡液细胞类型和基因表达上的差异，并发现了与卵巢反应性相关的关键细胞簇	研究样本量较小，仅包括18名IVF患者，可能影响结果的普适性	探讨卵巢低反应性的病理生理机制，并评估其在IVF临床结果预测中的作用	人类排卵前卵泡液中的体细胞	数字病理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	18名接受IVF治疗的患者
8847	2024-09-08	Single-cell analyses and machine learning define hematopoietic progenitor and HSC-like cells derived from human PSCs 2020-12-17, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2020006229 PMID:32614947	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞蛋白表达分析，结合机器学习方法，研究了从人多能干细胞（hPSCs）分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性	本文首次使用人工神经网络结合单细胞RNA测序数据，识别出从hPSCs分化出的造血干细胞样细胞，并发现了与功能性造血干细胞相关的转录因子和分子通路	本文发现的造血干细胞样细胞是短暂的，且在基于CD43表达选择的细胞数据集中完全缺失	研究从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性，并探索提高体外造血干细胞生成的方法	从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	人工神经网络	单细胞RNA测序数据	从人胎儿肝脏和hPSCs分化出的细胞
8848	2024-09-07	Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6 PMID:39240518	研究论文	本文描述了一种从胚胎斑马鱼眼中分离和制备高质量单细胞悬液的方法，用于单细胞RNA测序	本文提供了一种可重复生成高质量单细胞悬液的方法，适用于斑马鱼眼和其他发育或再生组织的单细胞RNA测序实验	本文主要集中在斑马鱼眼组织的单细胞RNA测序，未涉及其他物种或组织类型	开发一种可靠的方法来生成高质量的单细胞悬液，用于单细胞RNA测序，以推动眼发育和再生领域的研究	胚胎斑马鱼视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	胚胎斑马鱼眼组织
8849	2024-09-07	Identifying the importance of PCK1 in maintaining ileal epithelial barrier integrity in Crohn's disease 2024-Dec-30, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148872 PMID:39159791	研究论文	研究探讨了PCK1基因在克罗恩病中维持回肠上皮屏障完整性的重要性	首次揭示了PCK1基因在克罗恩病中对回肠上皮屏障的维持作用	研究样本量较小，且仅限于回肠组织	探讨克罗恩病患者肠道屏障功能障碍的关键基因	克罗恩病患者的回肠组织和Caco-2细胞系	NA	克罗恩病	单细胞RNA测序、基因芯片、免疫组化	NA	基因表达数据	11名克罗恩病患者和多个对照组的回肠组织样本
8850	2024-09-07	A nomoscore of four genes for predicting the rupture risk in abdominal aortic aneurysm patients with osteoarthritis 2024-Dec-30, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148877 PMID:39173977	研究论文	本研究旨在通过基因表达数据和机器学习算法，识别与腹主动脉瘤破裂风险相关的潜在生物标志物，并开发预测模型	本研究首次结合基因表达数据和单细胞RNA测序数据，利用机器学习算法识别出四个关键基因，并开发了一个高预测性能的诺模图	本研究主要基于已有的基因表达和单细胞RNA测序数据，未来需要在更多样本和临床数据中验证其有效性	发现并验证能够预测腹主动脉瘤破裂风险的潜在生物标志物	腹主动脉瘤患者及其破裂风险	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	LASSO, 随机森林, SVM-RFE	基因表达数据	两个基因表达数据集（GSE98278, GSE51588）和两个单细胞RNA测序数据集（GSE164678, GSE152583）
8851	2024-09-07	RIPK3 causes mitochondrial dysfunction and albuminuria in diabetic podocytopathy through PGAM5-Drp1 signaling 2024-Oct, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.155982 PMID:39089491	研究论文	研究探讨了RIPK3在糖尿病肾病中的作用及其通过PGAM5-Drp1信号通路导致线粒体功能障碍和蛋白尿的机制	首次揭示了RIPK3在糖尿病肾病中通过PGAM5-Drp1信号通路导致线粒体功能障碍和蛋白尿的作用	研究主要基于动物模型和体外实验，需要进一步的人体临床验证	探讨RIPK3在糖尿病肾病中的作用及其机制	糖尿病肾病患者的肾脏和动物模型	NA	糖尿病	ELISA、单细胞RNA测序	NA	RNA	包括糖尿病患者和糖尿病小鼠模型
8852	2024-09-07	Dynamic changes of the immune microenvironment in the development of gastric cancer caused by inflammation 2024-Sep-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200849 PMID:39228396	研究论文	本研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集，探讨了胃癌发展过程中不同细胞类型的分子变化	首次系统分析了从非萎缩性胃炎到胃癌过程中免疫微环境的动态变化，并发现了IL-17信号通路和Th17细胞分化的显著上调	研究主要基于单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，缺乏体内实验验证	揭示胃癌发展过程中从癌前病变到胃癌的分子机制，为早期诊断和治疗提供依据	胃癌发展过程中的免疫微环境和信号通路变化	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个单细胞RNA测序数据集和The Cancer Genome Atlas的bulk RNA测序数据
8853	2024-09-07	Knocking Out CD70 Rescues CD70-Specific NanoCAR T Cells from Antigen-Induced Exhaustion 2024-Sep-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0677 PMID:38874582	研究论文	研究通过敲除CD70来提高CD70特异性纳米CAR T细胞在实体和液体恶性肿瘤治疗中的功能	通过CRISPR/Cas9技术敲除CD70，显著增强了CD70特异性纳米CAR T细胞在弥漫性大B细胞淋巴瘤PDX模型中的功能，并保护其免受抗原诱导的耗竭	研究主要集中在体外和PDX模型中，尚未在临床试验中验证	优化CD70特异性CAR T细胞疗法，提高其在恶性肿瘤治疗中的疗效	CD70特异性纳米CAR T细胞及其在恶性肿瘤治疗中的应用	细胞疗法	淋巴瘤	CRISPR/Cas9	NA	单细胞转录组数据	涉及恶性横纹肌瘤类器官和弥漫性大B细胞淋巴瘤PDX模型
8854	2024-09-07	Itm2a expression marks periosteal skeletal stem cells that contribute to bone fracture healing 2024-Sep-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176528 PMID:39225088	研究论文	研究确定了Itm2a作为骨膜骨干细胞的膜蛋白标记物，并探讨了其在骨折愈合中的作用	首次确定了Itm2a作为骨膜骨干细胞的标记物，并展示了其在骨折愈合中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全验证其在人类中的适用性	确定骨膜骨干细胞的标记物，并研究其在骨折愈合中的作用	骨膜骨干细胞及其在骨折愈合中的贡献	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
8855	2024-09-07	Type 1 innate lymphoid cells: a biomarker and therapeutic candidate in sarcoidosis 2024-Sep-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183708 PMID:39225095	研究论文	研究探讨了1型先天淋巴细胞（ILC1s）在结节病中的作用及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	首次揭示了ILC1s在结节病中的特异性积累，并证明了CXCR4阻断可能作为治疗结节病的新方法	研究主要基于皮肤样本和小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证	探讨ILC1s在结节病中的作用及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	结节病患者和非结节病性肉芽肿疾病患者的皮肤样本	免疫学	结节病	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	转录组数据	结节病和非结节病性肉芽肿疾病患者的皮肤样本
8856	2024-09-07	Single-cell RNA sequencing illuminates the ontogeny, conservation and diversification of cartilaginous and bony fish lymphocytes 2024-Sep-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51761-4 PMID:39227568	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了软骨鱼和硬骨鱼淋巴细胞的发育、保守性和多样性	首次通过单细胞RNA测序技术对软骨鱼和硬骨鱼的免疫细胞进行了跨物种比较，揭示了淋巴细胞在不同物种中的相似转录特征和功能差异	研究仅限于特定的软骨鱼和硬骨鱼物种，可能无法完全代表所有软骨鱼和硬骨鱼的淋巴细胞特征	阐明不同物种间细胞结构和细胞类型进化的特征，以理解免疫系统功能和对疾病的易感性	软骨鱼（白斑竹鲨）和硬骨鱼（斑马鱼和中国舌鳎）的淋巴细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括白斑竹鲨、斑马鱼和中国舌鳎的免疫细胞样本
8857	2024-09-07	Discovery of an unconventional lamprey lymphocyte lineage highlights divergent features in vertebrate adaptive immune system evolution 2024-Sep-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51763-2 PMID:39227584	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了七鳃鳗淋巴细胞的组织特异性异质性，并发现了一种表达MPL-L的独特T-like细胞亚型	首次在七鳃鳗中发现了一种表达MPL-L的独特T-like细胞亚型，这种细胞在表达造血基因方面与有颌脊椎动物的T细胞有显著差异	研究仅限于七鳃鳗，未涉及其他无颌脊椎动物，且样本量较小	探讨无颌脊椎动物适应性免疫系统的进化特征	七鳃鳗的鳃、肠道和血液中的淋巴细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	七鳃鳗的鳃、肠道和血液样本
8858	2024-09-07	Multi-omics analyses reveal aberrant differentiation trajectory with WNT1 loss-of-function in type XV osteogenesis imperfecta 2024-Sep-02, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae123 PMID:39126373	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了WNT1功能缺失在XV型成骨不全症中导致的异常分化轨迹	首次整合多组学数据，揭示了WNT1在骨骼祖细胞分化和成熟中的调控机制	样本量较小，且仅来自中国南方地区	探讨WNT1功能缺失在XV型成骨不全症中的分子机制及其对骨骼发育的影响	XV型成骨不全症患者及其骨骼样本	数字病理学	成骨不全症	多组学分析	NA	蛋白质组学数据、单细胞转录组数据	25名XV型成骨不全症患者和243名其他类型成骨不全症患者
8859	2024-09-07	Molecular Regulation of Cardiac Conduction System Development 2024-Sep, Current cardiology reports IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s11886-024-02094-7 PMID:38990492	综述	本文综述了心脏传导系统发育的分子调控机制	本文介绍了最新的单细胞转录组学研究成果，以更好地理解心脏传导系统的形态发生	NA	探讨心脏传导系统发育的分子调控机制	心脏传导系统的起搏细胞和传导心肌细胞	发育生物学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
8860	2024-09-07	WGCNA reveals a biomarker for cancer-associated fibroblasts to predict prognosis in cervical cancer 2024-Sep-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA IF:1.9Q2 DOI:10.1097/JCMA.0000000000001129 PMID:38946034	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的基因，并构建了一个预测宫颈癌预后的模型	首次通过WGCNA和LASSO Cox回归分析构建了一个基于CAF基因的宫颈癌预后模型	NA	分析CAF相关基因并构建预测宫颈癌预后的模型	宫颈癌患者及其肿瘤微环境中的CAFs	数字病理学	宫颈癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞测序、实时荧光定量PCR	LASSO Cox回归模型	转录组数据、临床信息	来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌患者数据