单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8781	2024-09-09	Enhanced cytokine signaling and ferroptosis defense interplay initiates obesity-associated pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Oct-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217162 PMID:39127339	研究论文	研究揭示了肥胖与胰腺导管腺癌之间的机制联系，发现肥胖患者的血清改变了胰腺导管上皮细胞的炎症细胞因子信号和铁死亡防御机制	首次发现肥胖患者的血清通过增强白细胞介素34表达和铁死亡防御之间的相互作用，促进了胰腺导管腺癌的发生	研究主要基于细胞培养和小鼠模型，需要进一步的人体临床验证	探讨肥胖与胰腺导管腺癌之间的分子机制	胰腺导管上皮细胞、肥胖患者血清、小鼠模型	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及不同代谢状态的人类血清样本和肥胖小鼠模型
8782	2024-09-09	Survival benefit and spatial properties of tertiary lymphoid structures in esophageal squamous cell carcinoma with neoadjuvant therapies 2024-Oct-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217178 PMID:39142497	研究论文	研究了三级淋巴结构在食管鳞状细胞癌患者接受新辅助治疗后的生存益处和空间分布	首次探讨了三级淋巴结构在食管鳞状细胞癌患者接受新辅助化疗、新辅助免疫治疗、新辅助放化疗或单独手术后的成熟度和空间分布，并发现成熟的三级淋巴结构是食管鳞状细胞癌的独立预后因素	研究样本仅限于359名食管鳞状细胞癌患者，可能存在样本量不足的问题	探讨三级淋巴结构在食管鳞状细胞癌患者接受新辅助治疗后的临床相关性和空间分布	食管鳞状细胞癌患者接受新辅助化疗、新辅助免疫治疗、新辅助放化疗或单独手术后的三级淋巴结构	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	359名食管鳞状细胞癌患者
8783	2024-09-09	Single-cell RNA-seq reveals heterogeneity in metastatic renal cell carcinoma and effect of anti-angiogenesis therapy in the pancreas metastatic lesion 2024-Oct-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217193 PMID:39159881	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了转移性肾细胞癌在胰腺转移灶中的异质性，并评估了抗血管生成治疗的效果	首次通过单细胞RNA测序详细解析了胰腺转移灶的肿瘤微环境，并探讨了抗血管生成治疗的影响	研究样本量有限，可能影响结果的普适性	揭示转移性肾细胞癌在胰腺转移灶中的异质性及其治疗效果	转移性肾细胞癌的胰腺转移灶及其肿瘤微环境	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括大量原发和转移性病灶样本
8784	2024-09-09	ALOX15+ M2 macrophages contribute to epithelial remodeling in eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-Sep, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.04.019 PMID:38705258	研究论文	研究探讨了ALOX15+ M2巨噬细胞在嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eCRSwNP）上皮重塑中的作用	首次揭示了ALOX15+ M2巨噬细胞在eCRSwNP上皮重塑中的特定作用及其机制	研究主要基于体外实验和空间转录组分析，缺乏体内实验验证	探究ALOX15+ M2巨噬细胞在eCRSwNP上皮重塑中的作用及其机制	嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eCRSwNP）中的上皮细胞和巨噬细胞	数字病理学	鼻窦炎	空间转录组学和单细胞测序分析	NA	基因表达数据	涉及人类鼻上皮细胞（hNECs）和巨噬细胞系THP-1的共培养系统
8785	2024-09-09	The nasal basal cell population shifts toward a diseased phenotype with impaired barrier formation capacity in allergic rhinitis 2024-Sep, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.04.021 PMID:38705259	研究论文	研究过敏性鼻炎中鼻腔基底细胞群体向疾病表型的转变及其屏障形成能力受损的情况	首次详细研究了过敏性鼻炎中基底细胞的行为变化及其与慢性屏障破坏机制的关系	研究主要集中在鼻腔基底细胞的转录组和功能变化，未涉及其他可能影响屏障功能的细胞类型	研究过敏性鼻炎中基底细胞亚型及其在健康对照组中的差异	鼻腔基底细胞及其在过敏性鼻炎中的表型和功能变化	数字病理学	过敏性鼻炎	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	RNA	非过敏性和屋尘螨过敏的过敏性鼻炎患者
8786	2024-09-09	scRNA-seq reveals the landscape of immune repertoire of PBMNCs in iMCD 2024-Sep, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03128-8 PMID:39147879	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了iMCD患者外周血单个核细胞的免疫谱系	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了iMCD患者外周血单个核细胞的免疫谱系，并识别了潜在的治疗靶点	NA	阐明iMCD患者外周血单个核细胞的免疫谱系，并识别潜在的治疗靶点	iMCD患者的外周血单个核细胞	数字病理学	Castleman病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8787	2024-09-09	Tumor immune microenvironment of NSCLC with EGFR exon 20 insertions may predict efficacy of first-line ICI-combined regimen 2024-Sep, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2024.107933 PMID:39191079	研究论文	研究EGFR外显子20插入突变的非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤免疫微环境与一线ICI联合化疗方案疗效之间的关系	首次探讨了EGFR外显子20插入突变的NSCLC患者的肿瘤免疫微环境与ICI联合化疗方案疗效之间的关联	研究样本量较小，且仅限于特定的基因突变类型	探讨EGFR外显子20插入突变的NSCLC患者的肿瘤免疫微环境与ICI联合化疗方案疗效之间的关系	EGFR外显子20插入突变的NSCLC患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序和多重免疫荧光染色	NA	单细胞RNA测序数据和免疫荧光染色数据	15例未经治疗的NSCLC样本，30例EGFR L858R突变样本和4例野生型样本
8788	2024-09-08	Identification of feature genes and molecular mechanisms involved in cell communication in uveal melanoma through analysis of single‑cell sequencing data 2024-Nov, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2024.14636 PMID:39233824	研究论文	本研究通过分析单细胞测序数据，识别了葡萄膜黑色素瘤中的特征基因及其在细胞通讯中的分子机制	本研究发现了葡萄膜黑色素瘤中新的关键基因，并揭示了这些基因在血管发育、粘附连接和细胞粘附分子结合等通路中的显著富集	本研究主要依赖于公共数据库的数据，未进行体内实验验证	识别葡萄膜黑色素瘤中的特征基因及其在细胞通讯中的分子机制	葡萄膜黑色素瘤中的特征基因及其在细胞通讯中的作用	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞测序	随机生存森林算法	RNA测序数据	13个单细胞样本亚型
8789	2024-09-08	Skin in the game: a review of single-cell and spatial transcriptomics in dermatological research 2024-Sep-25, Clinical chemistry and laboratory medicine IF:3.8Q1 DOI:10.1515/cclm-2023-1245 PMID:38656304	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学在皮肤病学研究中的应用	介绍了单细胞RNA测序和空间转录组学在皮肤病学中的新兴应用，这些技术能够以高分辨率研究基因表达的微环境	NA	探讨单细胞和空间转录组学在皮肤病学研究中的潜力	健康皮肤和多种皮肤病理生理学，包括特应性皮炎、银屑病和皮肤恶性肿瘤	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
8790	2024-09-08	Baseline Immune State and T-cell Clonal Kinetics are Associated with Durable Response to CAR-T Therapy in Large B-cell Lymphoma 2024-Sep-06, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024381 PMID:39241199	研究论文	研究分析了50名接受CAR-T疗法的LBCL患者的外周血样本，通过单细胞RNA和TCR测序等技术，探讨了基线免疫状态和T细胞克隆动力学与CAR-T疗法持久反应之间的关系	首次整合单细胞RNA和TCR测序、流式细胞术和质谱流式细胞术，分析CAR-T疗法前后的免疫特征，并开发了一个基于基线B细胞比例和淋巴细胞与单核细胞比率的预测模型	研究样本量有限，且仅限于接受axi-cel治疗的LBCL患者	探讨基线免疫状态和T细胞克隆动力学与CAR-T疗法持久反应之间的关系，并开发预测模型	接受CAR-T疗法的LBCL患者的外周血样本	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序、TCR测序、流式细胞术、质谱流式细胞术	NA	血液样本	50名LBCL患者，扩展到99名ZUMA-1队列患者
8791	2024-09-08	Natural killer (NK) cells-related gene signature reveals the immune environment heterogeneity in hepatocellular carcinoma based on single cell analysis 2024-Sep-04, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01287-4 PMID:39231877	研究论文	本研究利用自然杀伤细胞（NK细胞）相关的基因预测模型，通过单细胞分析揭示了肝细胞癌（HCC）免疫环境的异质性	本研究首次建立了基于NK细胞相关基因的风险评分模型，并开发了用于精确预测HCC患者生存率的诺模图	本研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	本研究旨在通过单细胞分析揭示肝细胞癌的免疫环境异质性，并为精准治疗提供基因水平的依据	本研究主要研究对象为肝细胞癌患者，重点关注NK细胞及其相关基因在肿瘤免疫治疗中的作用	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	本研究使用了来自肝细胞癌患者的单细胞RNA测序和RNA测序数据
8792	2024-09-06	Publisher Correction: scParser: sparse representation learning for scalable single-cell RNA sequencing data analysis 2024-Sep-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03378-5 PMID:39232797	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
8793	2024-09-08	Integrated ultrasensitive metabolomics and single-cell transcriptomics identify crucial regulators of sheep oocyte maturation and early embryo development in vitro 2024-Sep-02, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.040 PMID:39233000	研究论文	本研究通过超灵敏代谢组学和单细胞转录组学分析，识别了影响绵羊卵母细胞体外成熟和早期胚胎发育的关键代谢物	本研究首次整合超灵敏代谢组学和单细胞转录组学，识别了体外培养系统中缺失的关键代谢物，并通过补充这些代谢物显著提高了胚胎发育率	本研究主要集中在体外培养系统，未涉及体内环境的影响	提高绵羊卵母细胞的体外发育能力	绵羊卵母细胞和早期胚胎	代谢组学	NA	超灵敏代谢组学分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物数据，转录组数据	微量样本
8794	2024-09-08	Lost in space: what single-cell RNA sequencing cannot tell you 2024-Sep, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.03.010 PMID:38570278	综述	本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在植物科学中的应用及其在空间信息方面的局限性	提出了利用空间信息来监督单细胞分析的可能性，以整合不同技术的优势	scRNA-seq在测序过程中会丢失细胞的位置信息，限制了其对复杂生物系统的全面描述	探讨如何通过整合空间信息来提升单细胞RNA测序的分析能力	单细胞RNA测序及其在空间信息恢复方面的局限性	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
8795	2024-09-08	Cell Culture Differentiation and Proliferation Conditions Influence the In Vitro Regeneration of the Human Airway Epithelium 2024-Sep, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0356MA PMID:38843491	研究论文	研究评估了不同培养基对体外人呼吸道上皮细胞再生和分化的影响	首次系统评估了不同培养基对单细胞RNA测序和成像技术下细胞组成、基因表达谱、细胞信号传导和上皮形态的影响	研究主要集中在体外培养条件下，未涉及体内实验	评估不同培养基对体外人呼吸道上皮细胞再生和分化的影响	人呼吸道上皮细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种培养基（BEGM, PneumaCult, Half & Half, Clancy）下的细胞样本
8796	2024-09-08	High-resolution diffusion magnetic resonance imaging and spatial-transcriptomic in developing mouse brain 2024-Aug-15, NeuroImage IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.neuroimage.2024.120734 PMID:39032791	研究论文	本研究使用高分辨率扩散磁共振成像（dMRI）和空间转录组学技术，探讨了发育中小鼠大脑的组织微观结构变化	首次提供了高分辨率的dMRI数据，包括DTI、DKI和NODDI模型，用于追踪小鼠大脑在出生后发育过程中白质和灰质的微观结构变化	NA	探讨发育中小鼠大脑的组织微观结构变化及其与基因表达的关系	小鼠大脑在出生后发育过程中的白质和灰质	数字病理学	NA	扩散磁共振成像（dMRI）	扩散张量成像（DTI）、扩散峰度成像（DKI）和神经突方向弥散与密度成像（NODDI）	图像	NA
8797	2024-09-08	Reliable imputation of spatial transcriptomes with uncertainty estimation and spatial regularization 2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.101021 PMID:39233691	研究论文	本文介绍了一种名为TransImpute的计算模型，用于在空间转录组学中填补缺失特征，并估计填补的可靠性	引入了空间自相关度量作为正则化，以避免高估空间模式，并提出了一套能够准确预测填补不确定性的属性	未提及	开发一种能够可靠填补空间转录组学中缺失特征并估计填补可靠性的计算方法	空间转录组学中的缺失特征	生物信息学	NA	空间转录组学	TransImpute	转录组数据	多个平台的数据集
8798	2024-09-08	CellContrast: Reconstructing spatial relationships in single-cell RNA sequencing data via deep contrastive learning 2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.101022 PMID:39233694	研究论文	本文介绍了一种名为CellContrast的计算方法，用于通过深度对比学习从空间转录组学参考数据中重建单细胞RNA测序数据中的空间关系	CellContrast采用对比学习框架，通过空间转录组学数据训练，将基因表达投影到隐藏空间，使得相近的细胞具有相似的表示值	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中缺乏空间信息的问题，通过重建空间关系来增强数据分析能力	单细胞RNA测序数据中的空间关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	对比学习	基因表达数据	涉及小鼠胚胎和人类乳腺细胞的多种平台数据，包括SeqFISH、Stereo-seq、10X Visium和MERSCOPE
8799	2024-09-08	Exploring and clinical validation of prognostic significance and therapeutic implications of copper homeostasis-related gene dysregulation in acute myeloid leukemia 2024-Aug, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-024-05841-6 PMID:38879648	研究论文	研究铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式、生物学功能及其临床预后和治疗意义	首次系统探讨了铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能，并建立了预后风险模型，为患者分层和个性化治疗提供了新思路	研究主要基于公共数据集和临床样本，缺乏大规模的独立验证数据	探讨铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能，并评估其临床预后和治疗意义	急性髓系白血病患者及其铜稳态相关基因的表达和功能	数字病理学	血液肿瘤	PCR, 单细胞测序	LASSO-Cox, Kaplan-Meier, Nomogram	基因表达数据	包括TCGA-GTEx, GSE114868, GSE37642等多个独立队列和临床样本
8800	2024-09-08	Dissecting the tumor microenvironment in response to immune checkpoint inhibitors via single-cell and spatial transcriptomics 2024-Aug, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-023-10246-2 PMID:38064127	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学在研究免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境响应中的应用	本文结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了免疫检查点抑制剂在不同癌症微环境中的响应机制	本文主要为综述性质，未涉及具体实验数据和结果	探讨免疫检查点抑制剂在肿瘤微环境中的作用机制	肿瘤微环境中的免疫细胞和其他细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA