单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-06-26	scGANSL: Graph Attention Network with Subspace Learning for scRNA-seq Data Clustering 2025-Jun-23, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.5c00731 PMID:40468846	研究论文	本文提出了一种名为scGANSL的新聚类方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类分析	结合了多视图共享图自编码器、ZINB模型和图注意力机制，以更有效地学习潜在表示并提高聚类性能	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决scRNA-seq数据聚类中的高维度和噪声问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, PCA, ZINB模型	图注意力网络（GAT）, 自编码器	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（未明确数量）
642	2025-06-26	Regulatory mechanisms of the Hippo/YAP axis by G-protein coupled estrogen receptor in gastric signet-ring cell carcinoma 2025-Jun-23, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101199 PMID:40554953	研究论文	本研究探讨了G蛋白偶联雌激素受体(GPER)在胃印戒细胞癌(GSRC)中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的机制	首次揭示了GPER通过竞争性结合ARRB2抑制LATS1介导的YAP磷酸化，从而激活YAP的分子机制，并发现YAP与GPER启动子结合形成正反馈循环	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床样本中验证	阐明GPER在GSRC中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的分子机制	胃印戒细胞癌(GSRC)细胞系和裸鼠移植瘤模型	肿瘤生物学	胃癌	单细胞测序、体外细胞功能实验、裸鼠移植瘤模型	NA	分子生物学数据、细胞实验数据、动物实验数据	细胞系和裸鼠模型(具体数量未明确说明)
643	2025-06-26	Bone marrow tumor microenvironment profiling predicts distinct immunosuppressive phenotypes and immunotherapy potential in AML patients 2025-Jun-23, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118287 PMID:40555045	研究论文	该研究通过分析急性髓系白血病(AML)的骨髓微环境，预测了不同的免疫抑制表型及其免疫治疗潜力	开发了13基因的巨核细胞/红系(MK/Ery)和16基因的髓单核细胞/单核细胞(ML/Mo)多基因标记，并通过单细胞RNA测序数据验证了这些标记	研究主要依赖于算法预测和体外共培养实验，需要在更多临床样本中进一步验证	解析AML的免疫微环境特征，为个性化免疫治疗提供依据	成人和儿童AML患者	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序, xCell算法, TIDE分析	NA	RNA-seq数据	成人和儿童AML患者队列
644	2025-06-26	Breaking ground: Resolving root growth on soil at the cellular level 2025-Jun-23, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.002 PMID:40555175	research paper	研究土壤环境如何通过单细胞转录组学影响水稻根细胞形态	揭示了脱落酸信号传导如何诱导细胞壁修饰以响应土壤压实	NA	探究土壤环境对水稻根细胞形态的影响机制	水稻根细胞	植物生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
645	2025-06-26	CD51 Promotes Gastric Cancer Stemness via Blocking Numb-Mediated Notch1 Degradation 2025-Jun-22, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217886 PMID:40555320	研究论文	本研究揭示了CD51通过阻止Numb介导的Notch1降解促进胃癌干性，为胃癌治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点	首次发现CD51作为胃癌干性和恶性进展的关键调控因子，并揭示了其通过干扰Numb介导的Notch1降解来激活Notch信号通路的分子机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索胃癌干细胞(CSC)驱动转移、复发和化疗耐药的分子机制，并寻找新的治疗靶点	胃癌组织和癌细胞	肿瘤生物学	胃癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序、功能实验、患者来源的类器官和异种移植模型	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库中的胃癌组织样本、患者来源的类器官和异种移植模型
646	2025-06-26	Protocol to identify proteins as regulators of gene expression noise 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103763 PMID:40220303	研究论文	本文提出了一种识别基因表达噪声调控蛋白的协议	该协议结合单细胞RNA测序和LC-MS/MS技术，整合已知调控因子-靶标相互作用数据，用于识别新的噪声调控蛋白候选物	协议的应用范围限于可培养的细胞系	识别调控基因表达噪声的蛋白质	细胞系中的蛋白质	分子生物学	NA	单细胞RNA测序, LC-MS/MS	NA	RNA测序数据, 质谱数据	适用于任何细胞系
647	2025-06-26	Protocol for deep-learning-driven cell type label transfer in single-cell RNA sequencing data 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103768 PMID:40232935	研究论文	提出了一种基于深度学习的单细胞RNA测序数据中细胞类型标签转移的协议	使用SIMS（可扩展、可解释的机器学习方法）进行细胞类型标签转移，提供了数据准备、模型训练和预测可视化的详细步骤	未提及具体性能比较或实际应用案例	开发一种用于单细胞RNA测序数据中细胞类型标签转移的协议	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	SIMS	RNA测序数据	NA
648	2025-06-26	Protocol for characterizing craniopharyngioma subtypes and their microenvironments using single-cell RNA sequencing and immunohistochemistry 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103760 PMID:40238632	研究论文	本文提出了一种全面的单细胞RNA测序和免疫组化方案，用于分析颅咽管瘤亚型及其肿瘤微环境	使用单细胞分辨率技术详细描述颅咽管瘤亚型的细胞组成、免疫细胞网络和分子特征	未提及样本量或实验结果的统计显著性	开发一种分析颅咽管瘤亚型及其微环境的综合方案	颅咽管瘤组织及其微环境	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序, 免疫组化	NA	RNA测序数据, 免疫组化图像	NA
649	2025-06-26	Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103790 PMID:40272979	研究论文	本文提出了一种制备新鲜冷冻大豆组织用于空间转录组学的方案	针对植物组织在空间转录组学应用中的组织制备难题，提出了专门针对大豆组织的解决方案	方案仅针对大豆组织，未验证在其他植物组织上的适用性	开发适用于植物组织的空间转录组学样本制备方法	大豆组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
650	2025-06-26	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推断单细胞基因表达轨迹的方法	通过计算步骤（降维、转移概率矩阵计算、样条插值和反卷积）推断单细胞基因表达轨迹，用于研究异质性刺激响应	方法依赖于时间序列scRNA-seq数据，可能受数据质量和时间点密度的影响	开发一种计算协议以推断单细胞基因表达轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
651	2025-06-26	Protocol for isolating and characterizing human vitreous immune cell infiltrates by flow cytometry and single-cell transcriptomic studies 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103830 PMID:40382772	研究论文	本文提出了一种定制化的流程，用于通过流式细胞术和单细胞转录组学分离和表征人类玻璃体中的免疫细胞浸润	开发了一种新的手术修改和样本收集方法，以最大化从人类玻璃体样本中获取免疫细胞的产量	未提及样本量大小或具体实验结果	优化人类玻璃体免疫细胞浸润的分离和表征方法	人类玻璃体中的免疫细胞浸润	生物医学研究	NA	流式细胞术, 单细胞转录组学	NA	细胞样本, 转录组数据	NA
652	2025-06-26	Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832 PMID:40408252	研究论文	本文介绍了一种优化的TARGET-seq+协议，用于在单细胞水平结合RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型	开发了TARGET-seq+，提高了单细胞RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型的灵敏度	未提及具体的局限性	优化单细胞水平的RNA测序、蛋白表达分析和基因分型技术，以研究体细胞突变在癌前和癌组织中的影响	单细胞	基因组学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型	NA	RNA序列数据、蛋白表达数据、基因型数据	未提及具体样本数量
653	2025-06-26	Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using STMiner 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103838 PMID:40411788	研究论文	本文提出了一种使用STMiner解析复杂空间转录组数据的协议	开发了一个无需额外参考数据即可应用于不同分辨率和平台的协议	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	解决复杂空间转录组数据分析中的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	STMiner	空间转录组数据	NA
654	2025-06-26	Molecular mechanism of potently neutralizing human monoclonal antibodies against severe fever with thrombocytopenia virus infection 2025-Jun-20, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00533-25 PMID:40539781	研究论文	本文研究了针对严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)的强效中和人源单克隆抗体的分子机制	从SFTS幸存者中通过单细胞RNA-seq获得多种单克隆抗体，并发现其中SD4、SD12和SD22具有高中和活性，特别是SD4和SD22对不同病毒基因型表现出32-83 pM的中和活性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发针对SFTSV的有效治疗方法和疫苗设计基础	严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)及其单克隆抗体	病毒学与免疫学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞RNA-seq、X射线晶体学	NA	分子结构数据、动物实验数据	多种人源单克隆抗体(包括SD4、SD12、SD22)和小鼠模型
655	2025-06-26	Distinct transcriptomic signatures in pulmonary tissue resident and vascular resident-like T cells in nonhuman primates 2025-Jun-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112745 PMID:40546965	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了恒河猴肺血管相关（ivs+）CD8 T细胞与间质（ivs-）T细胞的转录组特征差异	研究发现ivs+ T细胞并非被动的血液污染物，而是一个独特的、具有细胞毒性效应功能的'类驻留'群体，丰富了我们对血管内免疫的理解	研究样本仅限于非人灵长类动物（恒河猴），人类相关性的验证需要进一步研究	探索肺血管相关和间质T细胞的转录组特征差异及其在免疫监视中的作用	恒河猴肺血管相关（ivs+）和间质（ivs-）CD8 T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、血管内染色（ivs）	NA	转录组数据、流式细胞数据	恒河猴样本（具体数量未明确说明）
656	2025-06-26	Regulation of cGAS-STING pathway with inhalable nanozyme in acute lung injury 2025-Jun-20, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123521 PMID:40554963	research paper	该研究通过吸入式纳米酶调控cGAS-STING通路，缓解急性肺损伤	首次发现CAL纳米片能结合受损DNA并有效抑制cGAS-STING通路介导的炎症反应	研究尚未进行临床试验验证其临床效果	开发针对急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征的新型治疗方法	急性肺损伤(ALI)和急性呼吸窘迫综合征(ARDS)	生物医学工程	急性肺损伤	转录组分析结合单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
657	2025-06-26	Spatial Transcriptomics in Thyroid Cancer: Applications, Limitations, and Future Perspectives 2025-Jun-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14120936 PMID:40558562	review	本文综述了空间转录组学在甲状腺癌研究中的应用、局限性及未来展望	利用空间转录组学技术揭示甲状腺癌肿瘤微环境的异质性、肿瘤进化及细胞间相互作用	技术限制包括分辨率低、测序深度不足、需要高质量样本及复杂的数据处理过程	探讨空间转录组学在甲状腺癌研究中的应用及其对个性化治疗的推动作用	甲状腺癌样本及其肿瘤微环境	digital pathology	thyroid cancer	spatial transcriptomics (ST)	NA	gene expression data with spatial context	NA
658	2025-06-26	Muscle Spatial Transcriptomic Reveals Heterogeneous Profiles in Juvenile Dermatomyositis and Persistence of Abnormal Signature After Remission 2025-Jun-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14120939 PMID:40558566	研究论文	本研究旨在探究青少年皮肌炎（JDM）患者治疗前后肌肉分子特征的空间异质性	首次在JDM肌肉中识别出空间分布的病理特征，并发现这些特征在缓解期后仍持续存在	样本量较小，仅分析了4例JDM肌肉活检	理解JDM患者肌肉病理生理学特征及预测复发的生物标志物	青少年皮肌炎（JDM）患者的肌肉组织	空间转录组学	青少年皮肌炎	空间转录组学分析、标准化形态计量学	无监督参考自由反卷积	空间转录组数据	4例JDM肌肉活检（2例不同临床严重度，2例治疗前后对比）
659	2025-06-26	TREM-1 as a potential biomarker for malignant transformation risk in oral leukoplakia: Insights from bioinformatics and dual immunofluorescence analysis 2025-Jun-18, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156088 PMID:40555060	研究论文	本研究通过生物信息学分析和双标免疫荧光技术探讨了TREM-1在口腔白斑恶性转化中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次将TREM-1与口腔白斑恶性转化风险联系起来，并通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是主要的TREM-1表达细胞	虽然TREM-1表达与恶性转化显著相关，但Cox回归未能在临床样本中确认这一关联	探索TREM-1在口腔白斑恶性转化中的作用机制及其作为预后生物标志物的潜力	口腔白斑(OLK)患者和对照组的组织样本	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	生物信息学分析, 单细胞RNA测序, 双标免疫荧光	Cox回归模型, Kaplan-Meier分析	基因表达数据, 组织图像数据	69例OLK组织和63例对照组织
660	2025-06-26	Acquired resistance to immunotherapy by physical barriers with cancer cell-expressing collagens in non-small cell lung cancer 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2500019122 PMID:40498460	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中癌细胞表达的胶原蛋白如何通过形成物理屏障导致获得性免疫治疗耐药性	揭示了肿瘤细胞通过表达胶原蛋白形成物理屏障的固有机制，提出通过破坏这些屏障或敲除相关基因可恢复肿瘤对免疫治疗的敏感性	研究主要基于小鼠模型和肿瘤类器官，临床转化效果需进一步验证	探究非小细胞肺癌获得性免疫治疗耐药性的肿瘤细胞固有机制	非小细胞肺癌小鼠模型和肿瘤类器官	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序、电子显微镜检测	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、显微图像	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和肿瘤类器官