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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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621 | 2025-10-05 |
Integrating pathology genomics and single-cell genomics to identify lactate metabolism-related prognostic features and therapeutic strategies for melanoma
2025-Sep-26, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02190-1
PMID:41006685
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研究论文 | 本研究整合病理基因组学和单细胞基因组学,构建了基于乳酸代谢的黑色素瘤预后模型并探索治疗策略 | 首次将定量病理特征与深度学习特征结合,构建包含3个病理特征和11个基因的乳酸代谢特征预后模型,并验证RAB32在黑色素瘤代谢重编程中的核心作用 | 模型验证主要基于TCGA队列,需要更多独立队列验证;临床转化潜力需进一步验证 | 系统表征黑色素瘤乳酸代谢分子特征,构建预后模型并探索治疗策略 | 皮肤黑色素瘤(SKCM)患者和细胞系 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,基因集变异分析,机器学习 | ResNet50 CNN,10种机器学习算法组合 | 病理图像,基因组数据,转录组数据 | TCGA训练和验证队列,具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
622 | 2025-10-05 |
Endothelial SPRY1 deficiency associates with angiogenic-metabolic reprogramming in pulmonary arterial hypertension: a multi-omics analysis of bulk and single-cell transcriptomic profiles
2025-Sep-26, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02175-0
PMID:41006686
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示肺动脉高压中内皮细胞SPRY1缺失与血管生成-代谢重编程的关联 | 首次通过单细胞RNA测序结合高维加权基因共表达网络分析和机器学习,识别SPRY1作为PAH发病机制中的新型关键生物标志物 | 研究主要基于GEO数据库的测序数据,需要在更多实验模型中进一步验证 | 探究肺动脉高压血管重构的细胞分子机制 | 肺动脉高压患者肺组织样本和野百合碱诱导的PAH大鼠模型 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 高维加权基因共表达网络分析, 机器学习 | hdWGCNA, 机器学习模型 | 转录组数据 | PAH患者和正常对照的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
623 | 2025-10-05 |
Transcriptome Analysis Identifies Functional and Prognostic Hypoxia-Associated Genes in Multiple Myeloma
2025-Sep-26, International journal of laboratory hematology
IF:2.2Q3
DOI:10.1111/ijlh.70009
PMID:41013981
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研究论文 | 通过转录组分析鉴定多发性骨髓瘤中功能性和预后相关的缺氧相关基因 | 首次系统识别多发性骨髓瘤中与缺氧相关的功能性和预后基因,并验证其在骨髓微环境中的表达模式 | 研究样本量有限,机制研究不够深入 | 探索缺氧在多发性骨髓瘤进展中的作用机制和预后价值 | 多发性骨髓瘤细胞系和患者样本 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | 差异表达分析 | 基因表达数据 | 3个MM细胞系+MMRF CoMMpass项目数据+验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
624 | 2025-10-05 |
Decoding immune aging at single-cell resolution
2025-Sep-25, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2025.09.001
PMID:41006183
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综述 | 通过单细胞测序技术解析免疫衰老的细胞组成和功能变化 | 利用单细胞多组学技术绘制人类生命周期免疫轨迹,揭示外周免疫细胞异质性和功能转变 | 面临跨平台和人群数据整合等技术与分析挑战 | 实现免疫衰老早期检测、个性化免疫调节和延长健康寿命 | 人类外周免疫细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
625 | 2025-10-05 |
Mechanism of Piezo1 regulating chondrocyte mitochondrial function and promoting fracture healing through β-catenin/LARS2 signaling pathway
2025-Sep-24, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00459-4
PMID:40993116
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研究论文 | 本研究揭示了Piezo1通过β-catenin/LARS2信号通路调控软骨细胞线粒体功能并促进骨折愈合的分子机制 | 首次发现Piezo1通过β-catenin/LARS2轴调控软骨细胞线粒体生物能量学,并证实软骨细胞向成骨细胞转分化在骨折愈合中的作用 | 研究主要聚焦于分子机制,临床转化潜力仍需进一步验证 | 探究Piezo1在内软骨骨化过程中对软骨细胞的调控机制 | 软骨细胞及其线粒体功能 | 分子生物学 | 骨折 | 单细胞RNA测序,谱系追踪,蛋白互作分析 | 基因敲除模型 | 基因表达数据,蛋白互作数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
626 | 2025-10-05 |
Developing a thyroid cancer differentiation state classification system using deep residual networks and metabolic signature profiling
2025-Sep-24, NPJ digital medicine
IF:12.4Q1
DOI:10.1038/s41746-025-01927-1
PMID:40993300
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研究论文 | 开发基于深度残差网络和代谢特征谱的甲状腺癌分化状态分类系统 | 首次整合多组学数据和可解释性分析,通过ResNet框架建立甲状腺癌分化状态分类模型,并识别关键代谢重编程通路 | 样本量相对有限(158例肿瘤和57例正常组织),且依赖公共数据库数据 | 建立甲状腺癌分化状态的准确分类模型以辅助早期诊断和临床决策 | 甲状腺肿瘤组织(包括高分化、低分化和未分化癌)及匹配正常组织 | 计算机视觉 | 甲状腺癌 | 非靶向代谢组学、全外显子测序、转录组测序、单细胞RNA测序 | ResNet(深度残差网络) | 多组学数据(代谢组、基因组、转录组) | 158例甲状腺肿瘤和57例匹配正常组织 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, 全外显子测序, 代谢组学 | NA | NA |
627 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA-seq reveals gene expression heterogeneity in NSCLC and its link to the immune microenvironment
2025-Sep-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03494-z
PMID:40993499
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示非小细胞肺癌中的基因表达异质性及其与免疫微环境的关联 | 首次在单细胞水平系统揭示NSCLC中60多个基因的表达异质性及其与免疫细胞浸润和肿瘤微环境评分的关联 | 研究基于公开数据库GSE117570的单一数据集,缺乏独立验证队列 | 探究非小细胞肺癌中不同细胞类型的基因表达模式及其与免疫微环境的关系 | 非小细胞肺癌组织中的各种细胞类型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | UMAP聚类分析 | 单细胞转录组数据 | GSE117570数据集中的NSCLC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
628 | 2025-10-05 |
CCDC137 knockdown suppresses bladder cancer progression by downregulating SCD
2025-Sep-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07033-w
PMID:40993629
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证揭示了CCDC137在膀胱癌进展中的促癌作用及其调控机制 | 首次系统研究CCDC137在膀胱癌中的功能,发现其通过调控SCD影响膀胱癌进展 | CCDC137调控SCD的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究CCDC137在膀胱癌中的临床意义和生物学功能 | 膀胱癌细胞系、组织样本和皮下移植瘤模型 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 机器学习算法、单细胞测序、空间转录组学、RNA测序、定量RT-PCR、western blot | 预后模型 | 多组学数据、基因表达数据、蛋白质数据 | TCGA-BLCA队列和组织微阵列样本 | NA | 单细胞测序,空间转录组学,RNA测序 | NA | NA |
629 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal microenvironment landscape and malignant epithelial pattern transition in breast ductal carcinoma progression
2025-Sep-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07010-3
PMID:40993701
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研究论文 | 本研究通过多组学技术揭示了乳腺导管癌进展过程中肿瘤微环境的时空动态变化及恶性上皮模式的转变 | 首次系统描绘乳腺导管癌从原位癌到浸润性导管癌及淋巴结转移过程中的时空微环境景观,发现FAM111B在增殖亚群中的关键作用及其与铜死亡和双硫死亡的联系 | 研究样本量有限,需要更大规模队列验证;机制研究仍需深入探索 | 揭示乳腺导管癌进展过程中肿瘤微环境与癌细胞行为的阶段特异性关系 | 乳腺导管癌患者组织样本(包括DCIS、IDC和淋巴结转移) | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序,空间转录组学,批量RNA测序,免疫组织化学,多重免疫荧光,流式细胞术细胞周期检测,侵袭迁移实验,Western blot | NA | 基因表达数据,空间定位数据,蛋白质表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
630 | 2025-10-05 |
scKAN: interpretable single-cell analysis for cell-type-specific gene discovery and drug repurposing via Kolmogorov-Arnold networks
2025-Sep-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03779-0
PMID:40993718
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研究论文 | 提出了一种基于Kolmogorov-Arnold网络的可解释单细胞分析框架scKAN,用于细胞类型注释和细胞类型特异性基因发现 | 使用Kolmogorov-Arnold网络的可学习激活曲线来建模基因-细胞关系,相比典型的注意力机制聚合加权方案,提供了更直接的可视化和解释方法 | NA | 开发可解释的单细胞RNA测序分析方法,连接分子洞察与治疗应用 | 单细胞RNA测序数据 | 单细胞分析 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序,分子动力学模拟 | Kolmogorov-Arnold网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
631 | 2025-10-05 |
SH3BP5-driven metabolic-immune crosstalk in DLBCL: a prognostic biomarker and therapeutic target for reshaping immunosuppressive microenvironment
2025-Sep-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06951-z
PMID:40993727
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研究论文 | 本研究探讨SH3BP5在弥漫大B细胞淋巴瘤中的预后价值和治疗靶点潜力 | 首次揭示SH3BP5通过代谢-免疫串扰重塑免疫抑制微环境的机制 | 需要更大临床队列和功能模型验证结果 | 探索DLBCL新型生物标志物和治疗策略 | 弥漫大B细胞淋巴瘤(特别是ABC亚型)患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,转录组学,蛋白质组学,功能体外实验 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,临床数据,单细胞测序数据 | 多个数据集和验证队列的DLBCL样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
632 | 2025-10-05 |
Integrative single-cell and machine learning approach to characterize immunogenic cell death and tumor microenvironment in LUAD
2025-Sep-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06889-2
PMID:40993741
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和机器学习方法,表征肺腺癌中免疫原性细胞死亡和肿瘤微环境的特征 | 首次在单细胞水平量化ICD活性,开发了基于11个核心基因的ICDRS预后模型,并在六个外部队列中验证其优于112个已发表签名 | 未明确说明样本来源和具体数量,功能验证仅限于SLC2A1基因 | 探索免疫原性细胞死亡在肺腺癌进展和免疫治疗反应中的具体作用 | 肺腺癌组织和细胞系 | 机器学习, 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, CCK-8, Transwell, 集落形成, 异种移植 | CoxBoost + SuperPC | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
633 | 2025-10-05 |
Cell-cell communication dysregulation in tuberous sclerosis complex cortical tubers and focal cortical dysplasia
2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02113-w
PMID:40993764
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结节性硬化症皮质结节和局灶性皮质发育不良中的细胞间通讯失调机制 | 首次在mTORopathies中系统揭示细胞类型特异性转录改变和细胞间通讯网络紊乱,特别是发现NRXN-NLGN信号通路在谷氨酸能和GABA能神经元中的异常 | 样本量相对有限,未涵盖所有类型的皮质发育畸形 | 研究mTORopathies中细胞类型特异性转录改变和细胞间通讯网络紊乱对皮质网络功能障碍的影响 | 结节性硬化症皮质结节、MTOR_FCD和DEPDC5_FCD等皮质发育畸形样本 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含对照组和病理样本的33个转录 distinct细胞簇 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
634 | 2025-10-05 |
A mouse model of stereotactic radiosurgery-induced neuroinflammation and blood-brain barrier compromise
2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02112-x
PMID:40993780
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研究论文 | 建立小鼠立体定向放射外科模型,研究放射诱导的神经血管单元应激反应和血脑屏障损伤机制 | 首次使用15-60 Gy剂量范围建立小鼠SRS模型,结合组织学和空间转录组学分析神经血管单元各组分对放射的协调应激反应 | 研究仅限于小鼠模型,临床转化需要进一步验证 | 阐明立体定向放射外科对神经血管单元的影响机制 | 小鼠神经血管单元细胞(小胶质细胞、星形胶质细胞、内皮细胞) | 空间转录组学 | 放射坏死 | 空间转录组学,组织学分析 | 动物模型 | 转录组数据,组织图像 | 小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
635 | 2025-10-05 |
Unveiling the mechanisms of yanhusuo's therapeutic effects in neuropathic pain through network pharmacology, single-cell RNA sequencing, and molecular docking
2025-Sep-24, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-025-00551-z
PMID:40993792
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研究论文 | 本研究通过整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子对接技术,系统揭示延胡索治疗神经病理性疼痛的多靶点多通路作用机制 | 首次将网络药理学、单细胞测序和分子对接技术整合应用于中药延胡索的神经病理性疼痛治疗机制研究 | 研究主要基于计算预测和体外实验,需要进一步的体内实验验证 | 阐明延胡索治疗神经病理性疼痛的分子机制 | 神经病理性疼痛患者和延胡索活性成分 | 生物信息学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序,网络药理学,分子对接 | 无监督聚类,蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 基因表达数据,化合物结构数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
636 | 2025-10-05 |
JMJD6-driven epigenetic activation of COL4A2 reprograms glioblastoma vascularization via integrin α1β1-dependent PI3K/MAPK signaling
2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02114-9
PMID:40993804
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现JMJD6驱动的COL4A2通过整合素α1β1激活PI3K/MAPK信号通路,促进胶质母细胞瘤血管生成 | 首次揭示JMJD6介导的COL4A2表观遗传激活通过整合素α1β1受体促进胶质母细胞瘤血管生成的新机制 | NA | 探索胶质母细胞瘤血管生成的分子机制并寻找新的抗血管生成治疗靶点 | 胶质母细胞瘤细胞、肿瘤相关内皮细胞 | 表观遗传学、肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
637 | 2025-10-05 |
Comprehensive profiling of immune cell infiltration and biomarker identification in intervertebral disc degeneration
2025-Sep-24, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-06250-9
PMID:40993805
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析和单细胞RNA测序技术,系统描绘了椎间盘退变中的免疫细胞浸润动态并识别了关键生物标志物 | 首次结合CIBERSORT反卷积分析、WGCNA网络分析和单细胞RNA测序,系统揭示了椎间盘退变中免疫细胞浸润的动态变化特征 | 研究主要基于大鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 阐明椎间盘退变过程中的免疫细胞浸润特征并识别治疗靶点 | 椎间盘退变大鼠模型和体外培养的髓核细胞 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,蛋白质印迹,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据,蛋白质表达数据 | 大鼠椎间盘退变模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
638 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals the ameliorative effects of Kai-Xin-San on depression via regulating neuroplasticity and inflammation in the hypothalamus of rats
2025-Sep-24, Neuroscience
IF:2.9Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示开心散通过调节下丘脑神经可塑性和炎症改善大鼠抑郁的分子机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统阐明开心散通过抑制前炎症反应、恢复星形胶质细胞线粒体代谢和重塑神经-星形胶质细胞相互作用网络来增强突触可塑性的抗抑郁机制 | 研究仅针对大鼠下丘脑区域,未涉及其他脑区;样本数量相对有限 | 探究开心散改善抑郁症状的分子机制 | 慢性不可预见性温和应激诱导的抑郁模型大鼠 | 单细胞转录组学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序, 行为学测试, 分子生物学实验 | NA | 单细胞转录组数据, 行为数据, 蛋白质表达数据 | 45,482个下丘脑细胞,来自对照组、CUMS诱导组、开心散治疗组和氟西汀治疗组大鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
639 | 2025-10-05 |
Loss of RPL22 Expression Identifies a Transcriptional Subset of MLH1 Deficient Endometrial Cancers with Lower Numbers of Tumor-Associated Lymphocytes
2025-Sep-24, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100899
PMID:41005533
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研究论文 | 本研究通过免疫组化和空间转录组学技术,发现RPL22表达缺失可识别MLH1缺陷型子宫内膜癌中免疫活性较低的亚型 | 首次证明RPL22缺失可作为MLH1缺陷型子宫内膜癌中免疫低活性亚型的生物标志物 | 未发现RPL22表达与肿瘤突变负荷或PD-L1表达相关 | 探索RPL22突变在MSI-high子宫内膜癌中的临床意义 | 子宫内膜癌组织和细胞系 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 免疫组化, 数字空间转录组学, 基因敲低 | NA | 图像, 转录组数据 | 子宫内膜癌队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
640 | 2025-10-05 |
Lipid-laden macrophages in atherosclerosis and cancer
2025-Sep-24, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2025.09.007
PMID:41005549
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综述 | 探讨脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症中的双重作用及其分子机制 | 系统比较了脂质负载巨噬细胞在不同疾病环境中的共同和独特功能特征 | NA | 阐明脂质负载巨噬细胞在炎症、动脉粥样硬化和癌症中的生物学作用 | 脂质负载巨噬细胞 | NA | 动脉粥样硬化,癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |