单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5401	2024-12-15	Multi-omic characteristics of longitudinal immune profiling after breakthrough infections caused by Omicron BA.5 sublineages 2024-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105428 PMID:39536392	研究论文	本研究通过临床评估、单细胞RNA测序、T细胞受体/B细胞受体测序和抗体质谱分析，监测了Omicron BA.5亚系突破性感染后第一个月内的免疫动态	首次揭示了Omicron BA.5亚系突破性感染后个体免疫动态特征，包括免疫激活、抗病毒反应、抗体成熟和类别转换	研究样本量较小，可能无法完全代表所有突破性感染患者的免疫动态	探讨Omicron BA.5亚系突破性感染后第一个月内的免疫动态变化	Omicron BA.5亚系突破性感染患者的免疫动态	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序、T细胞受体/B细胞受体测序、抗体质谱分析	NA	RNA序列、TCR/BCR序列、抗体数据	纵向队列中的多个时间点样本
5402	2024-12-15	Cell state transitions are decoupled from cell division during early embryo development 2024-Dec, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01546-0 PMID:39516639	研究论文	本文研究了细胞分裂在早期胚胎发育中对细胞分化的作用	通过在斑马鱼胚胎中使用两种独立的方法阻断细胞周期，并在单细胞分辨率下进行分析，发现细胞分裂对从早期原肠胚形成到分节结束的所有胚胎组织的分化是可有可无的	阻断细胞分裂会减缓某些细胞类型的分化，并引发全局应激反应	确定细胞分裂在细胞分化中的作用	斑马鱼胚胎的细胞分裂和分化	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼胚胎
5403	2024-12-14	Hierarchical marker genes selection in scRNA-seq analysis 2024-Dec, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012643 PMID:39666603	研究论文	本文提出了一种分层标记基因选择策略，用于改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和可解释性	提出了分层标记基因选择策略，通过分组相似的细胞群并分层选择标记基因，解决了传统one-vs-all策略在区分紧密相关细胞类型时标记基因重叠的问题	未提及	改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和可解释性	单细胞RNA测序数据中的异质细胞群	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未提及
5404	2024-12-15	Deconvolution of cell-type-associated markers predictive of response to neoadjuvant radiotherapy 2024-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108269 PMID:39520737	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，对直肠癌术前新辅助放疗前的肿瘤转录组进行去卷积分析，揭示了与放疗反应相关的细胞类型特异性标记物	本研究首次通过去卷积分析揭示了直肠癌放疗抵抗和复发中不同细胞来源的分子标记物，并推断了与放疗反应相关的细胞类型特异性相互作用	本研究仅基于单细胞RNA测序数据进行分析，未考虑其他类型的数据或实验验证	揭示直肠癌放疗抵抗和复发中不同细胞来源的分子标记物及其与放疗反应的关系	直肠癌患者术前新辅助放疗前的肿瘤样本	数字病理学	直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个独立数据集，包括GSE119409、GSE35452和GSE45404
5405	2024-12-15	Vaccine-elicited IL-1R signaling results in Th17 TRM-mediated immunity 2024-04-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06138-0 PMID:38594380	研究论文	本文研究了疫苗引发的IL-1R信号传导如何导致Th17 TRM介导的免疫反应	首次揭示了IL-1α在疫苗介导的肺部Th17 TRM细胞生成中的关键作用，并证明了IL-1α可以作为分子佐剂独立于LTA1生成肺部Th17 TRM细胞	研究主要集中在IL-1α的作用，未探讨其他IL-1家族成员在Th17 TRM细胞生成中的潜在作用	探讨疫苗引发的IL-1R信号传导在肺部Th17 TRM细胞生成中的作用	疫苗引发的IL-1R信号传导、肺部Th17 TRM细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5406	2024-12-15	Intercellular communication atlas reveals Oprm1 as a neuroprotective factor for retinal ganglion cells 2024-Mar-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46428-z PMID:38467611	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了细胞间通讯在视网膜神经节细胞（RGC）存活中的作用，并验证了μ-阿片受体（Oprm1）在视网膜损伤模型中的神经保护作用	首次揭示了细胞间通讯在视网膜神经节细胞存活中的作用，并发现了Oprm1作为神经保护因子的潜力	研究主要集中在视网膜损伤模型中，未来需要进一步验证其在其他神经系统疾病中的作用	探讨细胞间通讯对视网膜神经节细胞存活的影响，并验证Oprm1的神经保护作用	视网膜神经节细胞及其在视网膜损伤后的存活机制	神经科学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
5407	2024-12-15	Profiling human brain vascular cells using single-cell transcriptomics and organoids 2024-Mar, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-023-00929-1 PMID:38102365	研究论文	本文描述了一种通过单细胞转录组学和类器官研究人类大脑血管细胞的协议扩展	提出了一个简单、高效的方法，通过FACS纯化胎脑内皮细胞和壁细胞，并将其应用于下游实验，包括转录组学、培养和类器官移植	实验需要在24小时内完成，且不同转录组和表观基因组协议所需时间可能不同	研究大脑发育过程中血管生成与神经生成之间的功能联系	人类大脑的血管细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	少量组织
5408	2024-12-15	An update on periodontal inflammation and bone loss 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1385436 PMID:38919613	研究论文	本文更新了牙周炎和骨丢失的研究进展，重点介绍了单细胞RNA测序和动物研究在理解细菌引发的免疫反应中的新发现	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和动物研究提供了关于细菌引发牙周炎和牙龈炎的免疫反应的新见解	NA	探讨牙周炎的免疫反应机制及其与全身性疾病的关联，为开发新的治疗策略提供依据	牙周炎及其引发的免疫反应，以及其对全身性疾病的影响	NA	牙周病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
5409	2024-12-15	Retinal microglia express more MHC class I and promote greater T-cell-driven inflammation than brain microglia 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1399989 PMID:38799448	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术，比较了视网膜和大脑微胶质细胞在MHC I类分子表达和T细胞驱动的炎症反应中的差异	首次揭示了视网膜和大脑微胶质细胞在MHC I类分子表达和T细胞驱动的炎症反应中的差异，并验证了这些差异在系统性病毒感染和CD8+ T细胞驱动的自身免疫疾病中的组织特异性	研究仅在LCMV感染的小鼠模型中进行了验证，可能需要进一步在其他模型和人类样本中进行验证	探讨视网膜和大脑微胶质细胞在不同微环境下的基因表达差异及其在炎症反应中的作用	视网膜和大脑的微胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多参数流式细胞术	NA	基因表达数据	20只眼睛和3个大脑的野生型小鼠样本
5410	2024-12-15	Genomic tumor evolution dictates human medulloblastoma progression 2024 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae172 PMID:39659836	研究论文	本研究通过单细胞测序数据分析了髓母细胞瘤的肿瘤进化过程，揭示了不同分子亚组的肿瘤细胞相互作用及其与拷贝数变异的关系	首次通过单细胞测序数据揭示了髓母细胞瘤的肿瘤进化轨迹，并识别了早期和晚期标记物，特别是SOX4的上调作为Group 3和Group 4髓母细胞瘤的潜在治疗靶点	研究样本量较小，且仅限于14名患者，可能无法全面代表所有髓母细胞瘤患者的情况	揭示髓母细胞瘤的肿瘤进化机制，特别是Group 3和Group 4亚组的肿瘤进展	髓母细胞瘤的肿瘤细胞及其分子亚组	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因组数据	14名髓母细胞瘤患者
5411	2024-12-15	Expression of programmed death receptor-1 ligand (PD-L1) in human cancer is of prognostic value and associated with macrophage infiltration 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.99781 PMID:39668828	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析评估了PD-L1在人类癌症中的预后价值及其与巨噬细胞浸润的关系	首次通过单细胞RNA测序数据分析发现PD-L1在肿瘤相关巨噬细胞上的表达与某些癌症的免疫治疗反应相关	研究依赖于现有数据库的数据，可能存在数据偏差和局限性	评估PD-L1在人类癌症中的预后价值及其与巨噬细胞浸润的关系	PD-L1在不同癌症中的表达及其与患者总体生存率和巨噬细胞浸润的关系	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5412	2024-12-15	Senescence Reprogramming by MTHFD2 Deficiency Facilitates Tumor Progression 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.99168 PMID:39668825	研究论文	研究探讨了年龄对癌症预后的影响，并开发了一个基于基因的衰老相关预后模型	首次揭示了MTHFD2在癌症衰老中的关键作用，其缺失通过诱导细胞衰老和促进衰老相关分泌表型（SASP）促进肿瘤生长	研究主要基于基因表达和单细胞RNA测序数据，可能缺乏对其他潜在因素的全面考虑	探讨年龄对癌症预后的影响，并开发衰老相关预后模型	老年和年轻癌症患者的肿瘤样本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	收集了老年和年轻癌症患者的肿瘤样本
5413	2024-12-15	Evaluating the prognostic potential of telomerase signature in breast cancer through advanced machine learning model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1462953 PMID:39669558	研究论文	本文通过先进的机器学习模型评估端粒酶特征在乳腺癌中的预后潜力	开发了一种基于机器学习的端粒酶特征（MLTS），并展示了其在乳腺癌预后中的优越预测性能	未来研究需要进一步整合MLTS与其他分子特征以增强其临床应用	评估端粒酶特征在乳腺癌中的预后潜力	乳腺癌患者的生存预后	机器学习	乳腺癌	机器学习算法	机器学习模型	多组学数据	九个独立的乳腺癌数据集
5414	2024-12-15	The effector function of mucosal associated invariant T cells alters with aging and is regulated by RORγt 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1504806 PMID:39669566	研究论文	本研究探讨了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）在衰老过程中的转录组和功能变化，并揭示了RORγt在调节这些变化中的作用	首次揭示了衰老过程中MAIT细胞从MAIT17到MAIT1的功能转变，并发现RORγt在调节这一转变中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类肠道MAIT细胞，可能无法完全反映其他组织或物种中的情况	探讨衰老对MAIT细胞功能的影响及其潜在的分子机制	肠道中的MAIT细胞及其在衰老过程中的转录组和功能变化	免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠模型和人类肠道MAIT细胞样本
5415	2024-12-15	Integrated immunogenomic analyses of high-grade serous ovarian cancer reveal vulnerability to combination immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1489235 PMID:39669575	研究论文	本文通过综合免疫基因组分析高级别浆液性卵巢癌，揭示了其对联合免疫治疗的脆弱性	开发了一个24基因特征来预测BRCAness，并创建了一个网络应用程序和R包OvRSeq，用于全面表征卵巢癌患者样本并评估对联合免疫治疗的脆弱性	NA	研究高级别浆液性卵巢癌对联合免疫治疗的反应，并开发预测工具	高级别浆液性卵巢癌患者样本及其免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	RNA测序、免疫荧光分析、免疫组化	机器学习分类模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	多个患者队列的数据
5416	2024-12-15	Integrative multiomics analysis reveals association of gut microbiota and its metabolites with susceptibility to keloids 2024, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2024.1475984 PMID:39669776	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肠道微生物及其代谢产物与瘢痕疙瘩易感性之间的关联	首次通过整合粪便宏基因组、血浆代谢组和组织代谢组等多组学数据，揭示了肠道微生物及其代谢产物在瘢痕疙瘩形成中的作用	研究样本量较小，且仅限于特定人群，结果的普适性有待进一步验证	探讨肠道微生物及其代谢产物与瘢痕疙瘩易感性之间的关系	瘢痕疙瘩患者和正常瘢痕对照组的肠道微生物、血浆代谢物和组织代谢物	数字病理学	皮肤疾病	宏基因组分析、代谢组学、单细胞测序	随机森林模型	粪便宏基因组数据、血浆代谢组数据、组织代谢组数据	瘢痕疙瘩患者56例，正常瘢痕对照组60例，组织代谢组分析分别为35例和32例，靶向组织代谢组分析分别为41例和36例
5417	2024-12-15	Transitional cell states sculpt tissue topology during lung regeneration 2023-11-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.10.001 PMID:37922879	研究论文	研究探讨了肺再生过程中过渡细胞状态在组织重塑和重组中的作用	发现了SFRP1和RUNX1标记的过渡状态在组织重塑和重组中的关键作用，并揭示了RUNX1是纤维母细胞状态的关键驱动因子	NA	揭示肺再生过程中过渡细胞状态的作用及其在组织重塑中的机制	肺组织中的过渡细胞状态及其在再生过程中的作用	数字病理学	肺疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个损伤模型的样本
5418	2024-12-15	Tumor Niche Network-Defined Subtypes Predict Immunotherapy Response of Esophageal Squamous Cell Cancer 2023-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.15.528539 PMID:36824935	研究论文	本研究通过整合69名食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境单细胞转录组数据，定义了不同的ESCC亚型，并预测了免疫治疗反应	提出了基于肿瘤微环境转录网络的ESCC亚型分类方法，并验证了其对免疫治疗反应的预测能力	NA	研究食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境特征，并预测免疫检查点阻断疗法的反应	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	单细胞转录组	NA	转录组数据	69名食管鳞状细胞癌患者
5419	2024-12-15	HIV-1 provirus transcription and translation in macrophages differs from pre-integrated cDNA complexes and requires E2F transcriptional programs 2022-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2022.2031583 PMID:35166645	研究论文	研究了HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译差异，并探讨了E2F转录程序的作用	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）比较了未感染细胞、携带前整合复合物（PIC）的细胞和含有整合原病毒并产生晚期HIV蛋白的细胞的转录组，揭示了HIV-1整合过程中伴随的转录变化	研究主要集中在转录组水平，未深入探讨翻译和蛋白质水平的变化	探讨HIV-1在巨噬细胞中的转录和翻译机制及其与细胞微环境的关系	HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译	分子生物学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	未具体说明样本数量
5420	2024-12-15	scAllele: A versatile tool for the detection and analysis of variants in scRNA-seq 2022-Sep-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn6398 PMID:36054357	研究论文	本文介绍了一种名为scAllele的工具，用于在单细胞RNA测序数据中检测和分析变异	scAllele能够检测单核苷酸变异、插入、删除及其与剪接模式的等位基因连锁，并支持等位基因特异性剪接分析，这是其他方法不具备的独特功能	NA	开发一种能够从单细胞RNA测序数据中提取多层次信息并揭示新生物学见解的工具	单细胞RNA测序数据中的变异及其与剪接模式的关联	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA