单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 5341 - 5360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5341 | 2024-12-17 |
Identification of Key Genes in Fetal Gut Development at Single-Cell Level by Exploiting Machine Learning Techniques
2024-Dec, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400104
PMID:39324223
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研究论文 | 本研究利用机器学习技术在单细胞水平上识别胎儿肠道发育的关键基因 | 首次在单细胞水平上利用机器学习技术对胎儿肠道发育的细胞进行分类，并识别出关键基因 | 研究仅限于特定的单细胞测序数据集，可能无法全面代表所有胎儿肠道发育情况 | 通过机器学习技术增强对胎儿肠道发育的理解 | 胎儿肠道发育中的细胞分类和关键基因识别 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因特征数据 | 62,849个样本，每个样本具有33,694个不同的基因特征 |
| 5342 | 2024-12-17 |
Exploring the Role of EBV Infection in EBV-T/NKLPD With EBV Capture Technology Based on Single-Cell RNA Sequencing
2024-Dec, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70094
PMID:39679761
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5343 | 2024-12-17 |
Inferring single-cell resolution spatial gene expression via fusing spot-based spatial transcriptomics, location, and histology using GCN
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae630
PMID:39656774
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研究论文 | 提出了一种基于Vision Transformer和图卷积网络的多模态信息融合方法scstGCN，用于推断单细胞分辨率的空间基因表达 | scstGCN通过融合组织学图像、基于spot的空间转录组数据和空间位置信息，实现了单细胞水平的空间基因表达超分辨率推断 | NA | 提高空间转录组技术的分辨率，以更准确地推断基因表达水平 | 不同组织类型的空间转录组数据，包括疾病和健康样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | 图卷积网络（GCN） | 图像和文本 | 多种组织的ST数据集 |
| 5344 | 2024-12-17 |
Cell-specific priors rescue differential gene expression in spatial spot-based technologies
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae621
PMID:39679437
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研究论文 | 本文探讨了空间转录组学技术中差异基因表达分析的算法性能，并提出了一种基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案 | 提出了基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案，显著提高了差异基因的恢复率和可靠性 | 本文主要基于模拟数据进行研究，实际应用中的效果需要进一步验证 | 评估现有算法在空间转录组数据中识别差异基因的性能，并提出改进方案 | 空间转录组数据中的差异基因表达 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 模拟数据 |
| 5345 | 2024-10-09 |
Correction to: Single-cell RNA sequencing reveals the important role of Dcaf17 in spermatogenesis of golden hamsters
2024-Nov-11, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioae144
PMID:39376075
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5346 | 2024-12-17 |
Advancements in Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Central Nervous System Disease
2024-Oct-10, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-024-01499-w
PMID:39387975
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在中枢神经系统（CNS）疾病研究中的应用 | 通过scRNA-seq和ST技术，揭示了CNS疾病的细胞异质性和功能特异性，发现了新的细胞类型或亚型，提出了新的病理生理机制，并发现了潜在的治疗靶点和生物标志物 | NA | 探讨单细胞RNA测序和空间转录组学在中枢神经系统疾病研究中的应用 | 中枢神经系统疾病，包括慢性神经退行性疾病和急性中枢神经系统损伤等 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | NA |
| 5347 | 2024-12-17 |
A Bibliometric Analysis of the Spatial Transcriptomics Literature from 2006 to 2023
2024-Jun-10, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-024-01484-3
PMID:38856921
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综述 | 本文对2006年至2023年间的空间转录组学文献进行了文献计量分析，揭示了该领域的研究前沿和趋势 | 首次对空间转录组学领域进行了全面的文献计量分析，揭示了该领域的研究热点和全球合作网络 | 文献计量分析主要基于已发表的文献，可能无法全面反映该领域的所有研究动态 | 分析空间转录组学领域的研究前沿和趋势 | 2006年至2023年间发表的空间转录组学相关文献 | NA | NA | 文献计量分析 | NA | 文本 | 1467篇论文和综述 |
| 5348 | 2024-12-17 |
PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping using monotonically expressed genes
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01887-5
PMID:37524958
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研究论文 | PhyloVelo通过使用单调表达基因（MEGs）增强转录组速度场映射 | 引入PhyloVelo框架，利用单调表达基因（MEGs）估计转录组动力学的速度，并通过整合单细胞RNA测序数据与谱系信息重建转录组速度场 | NA | 提高在疾病条件下准确追踪细胞命运转变的能力 | 单细胞RNA测序数据和谱系信息 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 七个谱系追踪的单细胞RNA测序数据集 |
| 5349 | 2024-12-17 |
Single-cell transcriptomics unveil profiles and interplay of immune subsets in rare autoimmune childhood Sjögren's disease
2024-04-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06124-6
PMID:38641668
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了儿童罕见自身免疫性疾病Sjögren病的免疫亚群特征及其相互作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出儿童Sjögren病中的关键免疫细胞亚群，包括IFN基因富集的单核细胞、CD4 T效应记忆细胞和XCL1 NK细胞，并发现这些细胞在伴有复发性腮腺炎的儿童患者中尤为显著 | 研究仅限于儿童Sjögren病的外周免疫细胞，未涉及其他组织或器官的免疫细胞 | 揭示儿童Sjögren病的免疫细胞亚群及其相互作用，为精准医学奠定基础 | 儿童Sjögren病患者的免疫细胞亚群及其相互作用 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 5350 | 2024-12-17 |
SPADE: spatial deconvolution for domain specific cell-type estimation
2024-04-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06172-y
PMID:38632414
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的组成 | SPADE通过整合空间模式到细胞类型组成的分析中，显著提升了对空间基因表达模式的理解 | NA | 理解不同细胞类型在其空间背景下的基因表达 | 细胞类型的组成及其在不同位置的比例 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、组织学数据 | 空间反卷积 | 基因表达数据 | 合成数据和真实数据集 |
| 5351 | 2024-12-17 |
Leveraging single-cell ATAC-seq and RNA-seq to identify disease-critical fetal and adult brain cell types
2024-Jan-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44742-0
PMID:38233398
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研究论文 | 本文通过整合全基因组关联研究（GWAS）与单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和基因表达（scRNA-seq）数据，识别了与疾病相关的重要胎儿和成人脑细胞类型 | 首次将GWAS与scATAC-seq数据整合，识别出更多与疾病相关的重要脑细胞类型 | 研究仅限于28种脑相关疾病/特征，且样本量和细胞类型数量有限 | 通过整合GWAS与单细胞功能数据，优先识别与疾病相关的重要细胞类型 | 胎儿和成人脑细胞类型 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 28种脑相关疾病/特征的GWAS汇总统计数据（平均N=298K），320万scATAC-seq和scRNA-seq数据，83种细胞类型 |
| 5352 | 2024-12-17 |
Cellular mechanisms of oligoclonal vascular smooth muscle cell expansion in cardiovascular disease
2023-05-22, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvac138
PMID:35994249
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研究论文 | 本文研究了心血管疾病中寡克隆血管平滑肌细胞扩展的细胞机制 | 揭示了健康动脉中罕见的血管平滑肌细胞表现出与病理性血管重塑相似的表型转换，并且这种特性在鼠和人类健康动脉中是保守的 | NA | 理解寡克隆血管平滑肌细胞生成的细胞机制 | 血管平滑肌细胞及其在血管疾病中的扩展 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 共聚焦显微镜、单细胞转录组学 | NA | 图像、RNA-seq数据 | 使用血管平滑肌细胞系追踪的动物模型进行研究 |
| 5353 | 2024-12-17 |
SPADE: Spatial Deconvolution for Domain Specific Cell-type Estimation
2023-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.14.536924
PMID:37131788
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研究论文 | 本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的比例 | SPADE通过结合单细胞RNA测序数据、空间位置信息和组织学信息，能够成功识别现有反卷积方法未能识别的细胞类型特定空间模式 | 本文仅展示了在合成数据和鸡心脏发育数据集上的应用，未来需要在更多不同类型的数据集上验证其有效性 | 开发一种能够准确估计异质组织中细胞类型空间分布的方法 | 细胞类型的空间分布及其在复杂生物系统中的变化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 反卷积方法 | 基因表达数据 | 合成数据和鸡心脏发育数据集 |
| 5354 | 2024-12-17 |
Granzyme K+ CD8 T cells form a core population in inflamed human tissue
2022-06-15, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abo0686
PMID:35704599
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研究论文 | 研究发现在炎症组织中，表达颗粒酶K（GzmK）的CD8 T细胞构成了一个核心群体，并在类风湿性关节炎（RA）等疾病中发挥重要作用 | 首次发现CD8 T细胞在类风湿性关节炎等疾病中具有显著的炎症驱动作用，并且这些细胞在多种组织和疾病中广泛存在 | 研究主要集中在类风湿性关节炎和少数其他疾病，未来需要进一步验证这些发现在更广泛疾病中的适用性 | 探讨CD8 T细胞在炎症组织中的作用及其在不同疾病中的分布 | 类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的CD8 T细胞 | 免疫学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA数据、流式细胞数据 | 涉及类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的多种组织样本 |
| 5355 | 2024-12-17 |
Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain
2022-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01022-8
PMID:35260865
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研究论文 | 本文探讨了单细胞测序实验中酶解组织对基因表达的影响，并提出了一种新的方法来减少这种影响 | 提出了一个严格验证的协议，保留了体内转录组特征和细胞类型多样性，并揭示了人类死后脑组织中单核RNA测序数据中的类似特征 | 仅在鼠脑和人脑组织中进行了验证，尚未在其他物种或组织类型中进行测试 | 解决单细胞测序中酶解组织引起的基因表达变化问题 | 鼠脑和人脑组织 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 鼠脑和人脑组织样本 |
| 5356 | 2024-12-17 |
Dynamic Molecular Profiles of Bone Marrow-Derived Osteoblasts at the Single-Cell Level
2022, Folia biologica
IF:1.1Q4
DOI:10.14712/fb2022068030097
PMID:36689316
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研究论文 | 研究探讨了单细胞水平上骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹，并识别了不同亚群的特征基因和信号通路 | 研究仅限于小鼠骨髓细胞，未涉及人类样本 | 揭示成骨细胞的异质性及其发育机制，为骨骼系统疾病的研究提供新思路 | 骨髓来源的成骨细胞及其在单细胞水平上的分子特征 | 数字病理学 | 骨骼系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠骨髓细胞的单细胞测序数据 |
| 5357 | 2024-12-17 |
Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity in Invasive Ductal and Lobular Breast Cancer Cells
2021-01-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0696
PMID:33148662
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞的转录组异质性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了浸润性小叶癌与浸润性导管癌在转录组水平上的异质性，并探讨了E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响 | 研究主要基于细胞系，可能无法完全反映患者体内的复杂情况 | 揭示乳腺癌细胞的单细胞转录组异质性，并探讨E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响 | 浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及通过CRISPR-Cas9技术敲除E-钙粘蛋白的T47D细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及一个E-钙粘蛋白敲除的T47D细胞系 |
| 5358 | 2024-12-16 |
Fibroblast-specific TGF-β signaling mediates cardiac dysfunction, fibrosis, and hypertrophy in obese diabetic mice
2024-Dec-14, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae210
PMID:39373248
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研究论文 | 研究探讨了TGF-β信号在糖尿病心肌病中的作用，特别是通过纤维母细胞特异性TbR2和Smad3的缺失来减轻心脏功能障碍、纤维化和肥大 | 首次揭示了纤维母细胞特异性TGF-β/Smad3信号在2型糖尿病中导致心室纤维化、肥大和功能障碍的作用 | 体外实验未发现基质细胞或细胞内TSP-4对心脏纤维母细胞的显著激活作用，可能需要进一步研究 | 研究TGF-β诱导的纤维母细胞激活在糖尿病心肌病发病机制中的作用 | 肥胖糖尿病db/db小鼠的心脏功能、纤维化和肥大 | NA | 糖尿病 | 转录组学研究、单细胞RNA测序、Ingenuity路径分析 | NA | 基因表达数据 | 肥胖糖尿病db/db小鼠及纤维母细胞特异性TbR2和Smad3缺失的小鼠 |
| 5359 | 2024-12-16 |
Homoharringtonine synergizes with venetoclax in early T cell progenitor acute lymphoblastic leukemia: Bench and bed
2024-Dec-13, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2024.07.018
PMID:39151422
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研究论文 | 研究评估了homoharringtonine（HHT）与venetoclax（VEN）联合治疗早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病（ETP-ALL）的协同效应及其机制 | 首次展示了HHT与VEN联合治疗ETP-ALL的强协同效应，并通过单细胞RNA测序和western blot验证了其机制 | 研究样本量较小，仅包括6名患者，需要进一步的大规模临床试验验证 | 探索HHT与VEN联合治疗ETP-ALL的疗效及其机制 | 早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病（ETP-ALL）患者 | NA | 白血病 | 单细胞RNA测序，western blot | NA | 细胞 | 6名ETP-ALL患者 |
| 5360 | 2024-12-16 |
Single-cell transcriptomics of vomeronasal neuroepithelium reveals a differential endoplasmic reticulum environment amongst neuronal subtypes
2024-Dec-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.98250
PMID:39670989
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学分析小鼠犁鼻器感觉上皮细胞，揭示了不同神经元亚型之间的内质网环境的差异 | 首次通过单细胞转录组学揭示了犁鼻器感觉上皮细胞中不同神经元亚型的内质网环境差异，并提供了可搜索的基因表达模式网络资源 | 研究仅限于小鼠犁鼻器感觉上皮细胞，未涉及其他物种或其他类型的细胞 | 探究犁鼻器感觉上皮细胞中的细胞类型、发育基因表达模式以及神经元之间的功能差异 | 小鼠犁鼻器感觉上皮细胞中的神经元亚型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠犁鼻器感觉上皮细胞中的多个单细胞样本 |