单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5421	2024-12-14	scSFCL:Deep clustering of scRNA-seq data with subspace feature confidence learning 2025-Feb, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108292 PMID:39591807	研究论文	提出了一种基于子空间特征置信度学习的深度聚类方法scSFCL，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	通过子空间特征置信度学习结合图卷积网络和加权方法，筛选出判别性特征子集，并利用相互监督的聚类方法融合通用结构信息和特异性信息	未提及具体限制	提高单细胞RNA测序数据的深度聚类性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图卷积网络	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
5422	2024-12-14	Combined single-cell RNA sequencing and mendelian randomization to identify biomarkers associated with necrotic apoptosis in intervertebral disc degeneration 2025-Jan, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.09.011 PMID:39332686	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别与椎间盘退变中坏死性凋亡相关的生物标志物	首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示了NT5E和TMEM158作为坏死性凋亡相关生物标志物与椎间盘退变的因果关系	研究为回顾性队列研究，样本量和数据集的多样性可能限制了结果的普适性	识别与椎间盘退变中坏死性凋亡相关的生物标志物，揭示其病理机制，并为诊断和治疗提供新方向	椎间盘退变中的坏死性凋亡相关生物标志物	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化分析（MR）	NA	单细胞RNA测序数据	GSE205535数据集中包含16种不同的细胞群体，进一步注释为8种细胞类型
5423	2024-12-14	Fam3a-mediated prohormone convertase switch in α-cells regulates pancreatic GLP-1 production in an Nr4a2-Foxa2-dependent manner 2025-Jan, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.156042 PMID:39362520	研究论文	研究探讨了Fam3a在α细胞中的作用及其通过Nr4a2-Foxa2依赖性机制调节胰高血糖素样肽-1（GLP-1）生成的机制	揭示了Fam3a在α细胞中通过Nr4a2-Foxa2依赖性途径调节胰高血糖素样肽-1（GLP-1）生成的新机制，并提出了一种重新编程α细胞胰高血糖素加工输出为GLP-1的新策略	NA	探讨Fam3a在α细胞功能中的作用及其调节机制	Fam3a敲除小鼠、人胰岛单细胞RNA测序数据、αTC1.9细胞、Fam3aα-/-小鼠及其胰岛	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析、核转位实验、双荧光素酶报告基因实验	NA	RNA	Fam3a敲除小鼠、Fam3aα-/-小鼠、αTC1.9细胞、人胰岛单细胞RNA测序数据
5424	2024-12-14	LRRC45 accelerates bladder cancer development and ferroptosis inhibition via stabilizing NRF2 by competitively KEAP1 interaction 2025-Jan, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.11.001 PMID:39522565	研究论文	研究揭示了LRRC45通过与KEAP1竞争性结合稳定NRF2，从而促进膀胱癌发展和抑制铁死亡的机制	首次揭示了LRRC45通过竞争性结合KEAP1来稳定NRF2，从而促进膀胱癌发展和抑制铁死亡	研究主要基于细胞实验，缺乏临床试验数据支持	探讨LRRC45在膀胱癌发展中的作用及其分子机制	膀胱癌细胞中的LRRC45及其与KEAP1和NRF2的相互作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	膀胱癌患者的单细胞RNA测序数据
5425	2024-12-14	Apolipoprotein A1-encoding recombinant adenovirus remodels cholesterol metabolism in tumors and the tumor microenvironment to inhibit hepatocellular carcinoma 2025-Jan, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.10.003 PMID:39528003	研究论文	本研究构建了一种编码Apolipoprotein A1的重组溶瘤腺病毒Ad5-ApoA1，通过调控肿瘤和肿瘤微环境中的胆固醇代谢，抑制肝细胞癌	本研究首次将Apolipoprotein A1与溶瘤腺病毒结合，通过促进胆固醇外排和减少炎症因子，显著抑制肝细胞癌的生长并延长生存期	溶瘤腺病毒Ad5-ApoA1在裸鼠中未显示出治疗效果，仅在健康免疫和人类化免疫重建的NCG小鼠中有效	研究溶瘤腺病毒Ad5-ApoA1对肝细胞癌的治疗效果及其机制	肝细胞癌及其肿瘤微环境	数字病理学	肝细胞癌	流式细胞术、转录组测序、单细胞测序	NA	基因表达数据	体外实验和多种小鼠模型
5426	2024-12-14	Multi-omics analysis unveils the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in chordoma progression 2025-Jan, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6369 PMID:39611243	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、多重定量免疫荧光以及体内外实验，全面揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤中的异质性、空间分布及其临床意义	研究主要集中在脊索瘤中炎症性癌症相关成纤维细胞的作用，未涉及其他类型癌症中的类似机制	探讨炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤进展中的作用及其潜在的临床意义	脊索瘤中的癌症相关成纤维细胞及其与肿瘤细胞和其他细胞类型的相互作用	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、多重定量免疫荧光	NA	RNA	87,693个单细胞来自7个肿瘤样本和4个对照椎间盘核样本，以及126名患者的批量RNA测序数据和116名患者的多重定量免疫荧光验证数据
5427	2024-12-14	3D printed PGCL@PLA/10CSPL composite scaffolds loaded with fibronectin 1 for intervertebral disc degeneration treatment 2024-Dec-13, Biofabrication IF:8.2Q1 DOI:10.1088/1758-5090/ad998f PMID:39668784	研究论文	本文设计并制造了一种新型3D打印PGCL@PLA/10CSPL复合支架，用于椎间盘退行性疾病的治疗	本文创新性地设计了一种具有良好生物相容性和电活性的PGCL@1PAP/10CSPL支架，并加载了从单细胞转录组数据中识别出的纤维连接蛋白1（FN1），以加速异常髓核退变	NA	研究目的是开发一种新型植入系统，用于椎间盘退行性疾病的治疗	研究对象是椎间盘退行性疾病及其治疗	生物医学工程	椎间盘退行性疾病	3D打印技术	NA	单细胞转录组数据	NA
5428	2024-12-14	Paired-Related Homeobox 1-Positive Cells Are Needed for Osseointegration 2024-Dec-11, The International journal of oral & maxillofacial implants DOI:10.11607/jomi.10852 PMID:38498783	研究论文	研究Prrx1阳性细胞在成年牙槽骨中对种植体诱导骨整合过程的贡献及其潜在机制	首次揭示了Prrx1阳性细胞在骨整合过程中的作用，并发现Sema3C在Prrx1阳性细胞驱动的成骨过程中起关键作用	研究仅在啮齿动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Prrx1阳性细胞在种植体诱导骨整合过程中的作用及其机制	Prrx1阳性细胞在成年牙槽骨中的作用	NA	NA	Cre重组酶诱导的谱系追踪、细胞消融、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	使用小鼠牙种植体模型进行实验
5429	2024-12-14	EEE1F1 could serve as a prognostic biomarker for patients with endometrial cancer: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing 2024-Dec-11, Asian journal of surgery IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.asjsur.2024.11.065 PMID:39668036	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5430	2024-12-14	Parallel labeled-line organization of sympathetic outflow for selective organ regulation in mice 2024-Dec-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54928-1 PMID:39658565	研究论文	本文通过结合单细胞转录组数据和病毒遗传工具包，在小鼠中识别出两种亚型的脊髓交感神经节前神经元（SPNs），并研究了它们在交感神经系统中的特定输出调控	首次在分子水平上定义了两种亚型的SPNs，并揭示了它们在交感神经系统中的非重叠投射模式和选择性调控功能	研究仅限于小鼠模型，尚未在其他物种中验证	揭示交感神经系统中负责特定器官调控的神经回路组织	脊髓交感神经节前神经元（SPNs）及其在交感神经系统中的特定输出调控	神经科学	NA	单细胞转录组测序，病毒遗传工具包	NA	基因表达数据	小鼠
5431	2024-12-14	Unraveling pathogenesis and potential biomarkers for autism spectrum disorder associated with HIF1A pathway based on machine learning and experiment validation 2024-Dec-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2024.106763 PMID:39657846	研究论文	本文通过机器学习和实验验证，揭示了HIF1A通路在自闭症谱系障碍（ASD）中的病理机制及其潜在的生物标志物	首次通过机器学习识别出与HIF1A通路相关的ASD诊断标志物，并验证了IL-6/JUN/HIF1A通路在ASD发病机制中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果的临床应用仍需进一步验证	探讨HIF1A通路在ASD中的病理机制及其潜在的生物标志物	自闭症谱系障碍（ASD）及其相关基因和通路	机器学习	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序、Western Blot、qPCR、免疫荧光	NA	基因表达数据	ASD小鼠模型及微胶质细胞BV-2细胞
5432	2024-12-14	Conserved B cell signaling, activation, and differentiation in porcine jejunal and ileal Peyer's patches despite distinct immune landscapes 2024-Dec, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.08.005 PMID:39147277	研究论文	研究了猪空肠和回肠Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化，尽管存在不同的免疫环境，但发现了保守的B细胞动态	首次通过单细胞和空间转录组学研究猪空肠和回肠Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化，并发现尽管存在不同的免疫环境，B细胞动态在肠道位置间是保守的	研究仅限于猪的空肠和回肠Peyer's patches，未涉及其他物种或其他肠道区域	探讨Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化，并研究其在不同肠道位置的保守性	猪空肠和回肠Peyer's patches中的B细胞	免疫学	NA	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	猪空肠和回肠Peyer's patches中的B细胞
5433	2024-12-14	GeneCompass: deciphering universal gene regulatory mechanisms with a knowledge-informed cross-species foundation model 2024-Dec, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-01034-y PMID:39375485	研究论文	本文构建了一个跨物种的基础模型GeneCompass，用于解析普遍的基因调控机制	GeneCompass通过整合四种先验生物学知识，在自监督学习中增强了基因调控机制的理解，并在多个下游任务中超越了现有模型	NA	解析跨物种的普遍基因调控机制，推动基础生命过程研究和临床应用	人类和小鼠的单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞测序	基础模型	转录组数据	12000万个人类和小鼠的单细胞转录组数据
5434	2024-12-14	SRSF1 Is Crucial for Maintaining Satellite Cell Homeostasis During Skeletal Muscle Growth and Regeneration 2024-Dec, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13607 PMID:39381961	研究论文	本文研究了剪接因子SRSF1在骨骼肌生长和再生过程中对卫星细胞稳态的维持作用	首次揭示了SRSF1在调节Fgfr1op2剪接中的关键作用，以及其对有丝分裂纺锤体组织和细胞衰老的影响	研究主要集中在新生小鼠的横膈膜和C2C12细胞系，可能无法完全代表所有骨骼肌的情况	探讨SRSF1缺失对卫星细胞功能和肌肉再生的影响机制	卫星细胞（SCs）及其在骨骼肌生长和再生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）、免疫染色、EdU掺入实验	NA	RNA	新生小鼠横膈膜的单核细胞悬液（KO和对照组）、C2C12肌母细胞和原代肌母细胞
5435	2024-12-14	Spatial Transcriptomics Unravel the Tissue Complexity of Oral Pathogenesis 2024-Dec, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241271934 PMID:39382116	综述	本文综述了空间转录组学（ST）在口腔病理学中的应用，展示了其在不同颅面区域疾病发展中的研究进展	空间转录组学结合了全局基因表达和空间信息的分析，提供了传统转录组学方法所缺乏的空间分辨率，能够更好地研究疾病和健康组织状态中细胞区域的复杂相互关系	本文主要为综述性质，未提供具体的研究数据或实验结果	探讨空间转录组学在颅面区域疾病发展中的应用，并展示其在不同组织中的研究进展	颅面区域的组织，包括颅骨、腭、唾液腺、舌头、口腔底、口咽和牙周组织	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
5436	2024-12-14	Electroacupuncture Slows Experimental Myopia Progression by Improving Retinal Mitochondrial Function: A Study Based on Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400269 PMID:39404059	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了晶状体诱导性近视和电针干预下的视网膜细胞图谱，并探讨了电针改善实验性近视进展的潜在机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了电针通过改善视网膜线粒体功能来减缓实验性近视进展的机制	研究仅在豚鼠模型上进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨电针干预对实验性近视进展的影响及其潜在机制	晶状体诱导性近视和电针干预下的豚鼠视网膜细胞	NA	近视	单细胞RNA测序	NA	RNA	晶状体诱导性近视和电针干预下的豚鼠视网膜细胞
5437	2024-12-14	Insufficient Mechanical Loading Downregulates Piezo1 in Chondrocytes and Impairs Fracture Healing Through ApoE-Induced Senescence 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400502 PMID:39418070	研究论文	研究探讨了机械负荷不足对软骨细胞中Piezo1表达的影响及其在骨折愈合中的作用	首次揭示了Piezo1在软骨细胞中的表达下调通过ApoE诱导的衰老影响骨折愈合的机制，并开发了一种可注射的热敏水凝胶来缓解这一问题	研究主要集中在体外实验和动物模型上，尚未在人体中验证其有效性	探讨机械负荷不足如何通过Piezo1和ApoE影响骨折愈合	软骨细胞、骨折愈合过程	NA	骨折	单细胞测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
5438	2024-12-14	Quantum Dots-caused Retinal Degeneration in Zebrafish Regulated by Ferroptosis and Mitophagy in Retinal Pigment Epithelial Cells through Inhibiting Spliceosome 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406343 PMID:39420512	研究论文	本研究探讨了典型金属量子点（InP/ZnS QDs）对斑马鱼视网膜的影响及其机制	首次揭示了InP/ZnS QDs通过抑制剪接体导致视网膜色素上皮细胞中的铁死亡和线粒体自噬，从而引起视网膜退化	研究仅在斑马鱼模型中进行，可能无法完全反映人类视网膜的反应	阐明典型金属量子点对视网膜的影响及其机制	斑马鱼视网膜及视网膜色素上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9系统	NA	RNA	斑马鱼样本
5439	2024-12-14	Pericytes Modulate Third-Generation Tyrosine Kinase Inhibitor Sensitivity in EGFR-Mutated Lung Cancer Cells Through IL32-β5-Integrin Paracrine Signaling 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405130 PMID:39435643	研究论文	研究探讨了周细胞通过IL32-β5-整合素旁分泌信号调节EGFR突变肺癌细胞对第三代酪氨酸激酶抑制剂敏感性的机制	首次揭示了周细胞通过IL32-β5-整合素旁分泌信号影响EGFR突变肺癌细胞对第三代酪氨酸激酶抑制剂的敏感性	研究主要基于细胞和动物实验，临床证据有限	探讨周细胞如何影响EGFR突变肺癌细胞对第三代酪氨酸激酶抑制剂的敏感性	EGFR突变肺癌细胞和周细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，多重免疫染色	NA	RNA，蛋白质	来自EGFR突变患者的周细胞和肺癌细胞
5440	2024-12-14	Hepatocyte-Targeted Lipid Nanoparticle Delivery of HERC2 Plasmid Controls Drug-Induced Hepatotoxicity by Limiting β-Catenin-Regulated CYP2E1 Expression 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401633 PMID:39440550	研究论文	研究探讨了HERC2在药物诱导的肝损伤中的保护作用，通过脂质纳米颗粒递送HERC2质粒，调控CYP2E1表达，减轻肝损伤	首次揭示了HERC2在药物代谢紊乱相关的急性肝损伤中的保护作用，并展示了脂质纳米颗粒递送HERC2质粒的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨HERC2在药物诱导肝损伤中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	HERC2在肝细胞中的表达及其对CYP2E1调控的影响	NA	肝损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	APAP挑战的小鼠模型