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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2025-12-02
Integrative analysis of RiboSis-related gene expression in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合分析结直肠癌中核糖体生物发生相关基因的表达,构建了一个预后特征模型,并探讨了其在免疫治疗响应中的潜在应用 首次利用单细胞RNA测序数据结合非负矩阵因子化方法鉴定结直肠癌中与核糖体生物发生相关的细胞亚型,并开发了一个基于多算法机器学习的预后特征模型,该模型在多个数据集中验证了高预测准确性 研究主要依赖于公共数据库的回顾性数据,样本量相对有限,且实验验证仅聚焦于单个枢纽基因PFDN2,未来需要更大规模的前瞻性研究和更全面的功能验证 探索核糖体生物发生相关基因在结直肠癌中的临床意义,包括预后评估和免疫治疗响应预测 结直肠癌组织样本及其中的单细胞数据 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序 非负矩阵因子化, 机器学习集成方法 单细胞RNA测序数据 3个结直肠癌组织的scRNA-seq数据用于初步分析,13个结直肠癌样本的26,961个细胞用于详细研究 NA 单细胞RNA-seq NA NA
22 2025-12-02
Plasminogen activator inhibitor 1 promotes aortic aging-like pathophysiology in humans and mice
2025-Dec-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究通过人类遗传学分析和基因工程小鼠模型,揭示了纤溶酶原激活物抑制剂1(PAI-1)在促进主动脉衰老样病理生理中的作用及其机制 首次结合人类功能缺失性SERPINE1变异体的保护效应与对应基因工程小鼠模型,系统阐明PAI-1通过调控细胞外基质和血管平滑肌细胞可塑性影响血管衰老的机制 研究主要基于小鼠模型,人类数据来源于遗传变异分析,需进一步在人群中进行干预性验证 探究PAI-1在心血管衰老过程中的作用机制及作为治疗靶点的潜力 携带SERPINE1功能缺失变异的人类个体、Serpine1TA700/+基因工程小鼠、PAI-1过表达小鼠 心血管疾病研究 心血管疾病 单细胞转录组测序 基因工程小鼠模型 遗传学数据、生理学测量数据、转录组数据 未明确说明具体样本数量,涉及基因工程小鼠品系比较 NA 单细胞RNA-seq NA NA
23 2025-12-02
SUV39H2 is a vulnerability in glioblastoma stem cells enhanced by co-targeting SUV39H1
2025-Dec, Epigenomics IF:3.0Q2
研究论文 本研究探讨了SUV39H2在胶质母细胞瘤干细胞中的作用,并评估了同时靶向SUV39H2和SUV39H1对破坏GSC维持的有效性 首次发现SUV39H2是胶质母细胞瘤干细胞的新调控因子,并证明同时靶向SUV39H2和SUV39H1能更有效地破坏GSC维持 研究主要基于体外实验和公共数据集分析,缺乏体内验证和临床前模型数据 探究SUV39H2在胶质母细胞瘤干细胞中的作用,评估其作为治疗靶点的潜力 胶质母细胞瘤干细胞 肿瘤生物学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序,RT-qPCR,Western blot,肿瘤球形成实验,极限稀释实验 NA RNA-seq数据,mRNA表达数据,蛋白质表达数据 未明确指定具体样本数量,使用了公共数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
24 2025-12-02
Epigenetic Regulation of G6PD Drives Metabolic Reprogramming in Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2025-Dec, Cancer science IF:4.5Q1
研究论文 本研究探讨了肿瘤特异性增强子在肝内胆管癌代谢重编程中的作用,重点关注G6PD和磷酸戊糖途径 首次将增强子介导的表观遗传调控与肝内胆管癌中的G6PD过表达和磷酸戊糖途径活性联系起来,揭示了肿瘤特异性增强子作为关键表观遗传驱动因子的新作用 未来研究需要探索将增强子分析整合到精准医学框架中,并开发新的增强子靶向策略 研究肿瘤特异性增强子在肝内胆管癌代谢重编程中的作用及其治疗潜力 肝内胆管癌肿瘤上皮细胞 表观遗传学与癌症代谢 肝内胆管癌 原生延伸转录本捕获分析基因表达,单细胞RNA测序 NA 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
25 2025-12-02
Single-Cell RNA-Seq Reveals the Effect of Commensal Bacteria on the Multistep Development of Esophageal Cancer
2025-Dec, Cancer science IF:4.5Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了食管共生菌在小鼠自发性食管鳞状细胞癌多阶段发展过程中的作用 首次在单细胞分辨率下系统描绘了食管共生菌在食管鳞癌肿瘤微环境中的异质性分布及其对上皮细胞恶性转化和炎症成纤维细胞形成的调控作用 研究基于小鼠模型,其结论在人类中的普适性仍需进一步验证;抗生素处理可能对整体微生物组产生非特异性影响 阐明共生菌在食管鳞状细胞癌发生发展过程中的作用机制 小鼠自发性食管鳞状细胞癌模型中的54,562个细胞 单细胞组学 食管癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 54,562个细胞(覆盖不同病理阶段) NA 单细胞RNA-seq NA NA
26 2025-12-02
Integration of scRNA-Seq and scATAC-Seq Reveals Malignant Characteristics of Sarcomatoid Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2025-Dec, Cancer science IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,揭示了肉瘤样透明细胞肾细胞癌的恶性特征 首次通过整合scRNA-seq和scATAC-seq数据,识别了肉瘤样分化肿瘤细胞的转录调控特征,并发现了DST、FRMD4A和PREX2等肿瘤标志物 研究仅基于单例患者样本,样本量较小 阐明肉瘤样透明细胞肾细胞癌的恶性特征 肉瘤样透明细胞肾细胞癌患者样本 数字病理学 肾细胞癌 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 全外显子组测序 NA 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 1例肉瘤样ccRCC患者样本,整合19例经典ccRCC样本(19,819个肿瘤细胞和21,684个细胞核) NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
27 2025-12-02
Neutrophil CD11b is a pivotal PANoptosis marker correlated with disease activity in antineutrophil cytoplasmic antibody-associated vasculitis
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过生物信息学分析识别CD11B作为ANCA相关性血管炎中关键的PANoptosis相关基因,并验证了中性粒细胞CD11b激活水平与疾病活动性的关联 首次将CD11B确定为AAV中PANoptosis的关键标志物,并揭示了其通过脂肪酸代谢途径调节中性粒细胞激活的新机制 研究样本量有限,主要依赖公共数据库和小鼠模型,临床验证部分需要更大规模队列研究 识别AAV中PANoptosis的关键标志物并探究其与疾病活动性的关联 ANCA相关性血管炎患者、ANCA相关性肾炎小鼠模型、中性粒细胞 生物信息学 血管炎 基因芯片、单细胞测序、免疫荧光染色、代谢通路分析 生物信息学整合分析 基因表达数据、单细胞测序数据、临床检测数据 未明确具体样本数量,包括AAV患者、健康对照和ANCA-GN小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
28 2025-12-02
Deciphering macrophage heterogeneity and factors driving M2 polarization in lung adenocarcinoma through single-cell RNA sequencing
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序解析肺腺癌中巨噬细胞的异质性及M2极化的驱动因素,发现BCAT1表达与M2巨噬细胞浸润正相关,并可能通过促进M2极化形成免疫抑制微环境,影响免疫治疗效果 利用单细胞测序数据识别BCAT1作为驱动巨噬细胞M2极化的关键基因,并通过体外和体内实验验证其在肺腺癌免疫抑制微环境中的作用 研究基于特定数据集GSE207422,样本来源和规模可能限制结论的普适性;BCAT1的具体作用机制仍需进一步探索 探究肺腺癌肿瘤微环境中巨噬细胞的异质性及M2极化的分子驱动因素,以改善免疫治疗反应 肺腺癌患者的肿瘤相关巨噬细胞 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
29 2025-12-02
Multi-omics nominates VDAC2 as a candidate protective locus in sepsis-associated cholesterol dysregulation
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过多组学与机器学习方法,探索脓毒症中胆固醇代谢失调,并鉴定VDAC2作为潜在的保护性基因位点 整合转录组、单细胞RNA测序数据及101种机器学习算法构建诊断与预后模型,首次通过多组学方法将VDAC2确定为脓毒症胆固醇代谢失调中的候选保护性位点 研究基于公共数据库的回顾性数据,需进一步实验验证VDAC2的功能机制 探索脓毒症中胆固醇代谢失调的分子机制,并识别新的治疗靶点 脓毒症患者的基因表达数据 机器学习 脓毒症 转录组测序, 单细胞RNA测序 机器学习算法, 非负矩阵分解, 诊断模型, 预后模型 基因表达数据 从GEO数据库获取的脓毒症转录组及单细胞RNA测序数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
30 2025-12-02
MedakaBase as a unified genomic resource platform for medaka fish biology
2025-Dec-01, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes IF:3.9Q1
研究论文 本文介绍了MedakaBase作为一个统一的基因组资源平台,用于支持青鳉鱼生物学研究 开发了MedakaBase网络服务器,整合了分散的组学数据,提供基因导向分析和单细胞转录组优化的基因模型 NA 为青鳉鱼生物学研究提供一个统一的基因组资源平台 青鳉鱼(Oryzias latipes)及其他Oryzias物种 生物信息学 NA 基因组测序、转录组分析、单细胞转录组分析 NA 基因组序列、转录组数据、基因组变异数据 涉及七个Oryzias物种,包括O. mekongensis和O. luzonensis的原始数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
31 2025-12-02
β-catenin initiates peritoneal fibrosis by triggering mitochondrial fission-mediated mesothelial cell senescence fate transition
2025-Dec-01, Military Medical Research IF:16.7Q1
研究论文 本研究揭示了β-catenin通过触发线粒体分裂介导的间皮细胞衰老命运转变,从而启动腹膜纤维化的机制 首次在单细胞水平上明确了长期腹膜透析患者中间皮细胞向衰老命运的转变,并阐明了β-catenin-Drp1-线粒体分裂-细胞衰老-TGF-β1信号轴在驱动腹膜纤维化中的关键作用 研究主要基于临床样本、小鼠模型和体外细胞实验,尚未在更大规模的人群中进行验证,且senolytic药物的长期疗效和安全性需进一步评估 探究腹膜纤维化的发病机制,并寻找潜在的治疗靶点 腹膜间皮细胞、腹膜透析患者、小鼠模型、原代培养的间皮细胞 单细胞组学与分子病理学 终末期肾病相关的腹膜纤维化 单细胞RNA测序、转录组测序、免疫荧光、Western blotting NA 单细胞RNA-seq数据、转录组数据、蛋白质印迹数据、免疫荧光图像 临床队列(包括腹膜透析患者的透析液流出物和腹膜活检标本)、PDF诱导的小鼠模型、原代间皮细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
32 2025-12-02
Restoring macrophage iron homeostasis by natural carrier-free nanoplatform for the therapy of rheumatoid arthritis syndromes
2025-Dec, Materials today. Bio
研究论文 本研究开发了一种无载体纳米药物RTNs,通过自组装天然产物罗布麻酸和川芎嗪,用于治疗类风湿关节炎综合征,旨在恢复巨噬细胞铁稳态 利用天然产物自组装构建无载体纳米平台,首次针对巨噬细胞铁稳态调节治疗类风湿关节炎,结合单细胞测序技术阐明作用机制 研究基于佐剂诱导的关节炎啮齿动物模型,临床转化潜力尚需进一步验证;纳米药物的长期生物安全性评估可能不足 开发安全有效的类风湿关节炎治疗策略,通过调节巨噬细胞铁代谢缓解关节炎症和继发性贫血 类风湿关节炎患者(通过动物模型模拟),特别是巨噬细胞铁代谢异常相关的病理过程 纳米医学 类风湿关节炎 单细胞测序分析 NA NA NA NA NA NA NA
33 2025-12-02
distQTL: distribution quantitative trait loci identification by population-scale single-cell data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1
研究论文 本研究提出了一种名为distQTL的新方法,利用Fréchet回归和群体规模单细胞RNA测序数据来识别分布定量性状位点,以更精细地解析遗传变异对基因表达的影响 首次将Fréchet回归应用于单细胞eQTL分析,使用完整的经验分布作为响应对象,而非传统的均值等汇总统计量,从而能更全面地捕捉基因表达的异质性 方法依赖于大规模单细胞数据集的可用性,计算复杂度可能较高,且目前主要应用于外周血单核细胞数据,在其他组织或细胞类型中的普适性有待验证 开发一种新的统计方法,以识别遗传变异如何影响基因表达的整个分布,而非仅影响均值,从而更深入地理解转录调控的异质性 982名捐赠者的外周血单核细胞的单细胞RNA测序数据,以及相关的遗传变异数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 Fréchet回归 单细胞基因表达数据与基因型数据 982名捐赠者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
34 2025-12-02
A practical protocol of processing mineralized tissue for Visium spatial transcriptomics
2025-Dec, Mechanobiology in medicine
研究论文 本文提出了一种优化的工作流程协议,用于处理骨和骨折骨痂样本以进行10x Genomics Visium空间转录组学分析 使用Morse's溶液替代传统EDTA脱钙,实现快速脱钙(<24小时)并保持RNA质量,同时强调使用SCHOTT NEXTERION® Slide H(3-D水凝胶涂层)以增强脆弱脱钙骨切片的粘附性 NA 优化矿化组织处理协议以提升空间转录组学分析的数据质量 完整和骨折的小鼠股骨样本 空间转录组学 NA 空间转录组学 NA 转录组数据 小鼠股骨样本 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium, Visium V2, Visium HD 10x Genomics Visium空间转录组学平台,包括Visium V2和Visium HD配置
35 2025-12-02
Single-cell RNA sequencing reveals immune cell alterations in patients with allergic rhinitis treated with Peiyuan Tong-qiao decoction
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了培元通窍汤治疗过敏性鼻炎患者后免疫细胞的变化及其作用机制 首次在单细胞分辨率下,系统描绘了培元通窍汤治疗过敏性鼻炎前后患者外周血单个核细胞的免疫图谱变化,并揭示了转录因子VDR和RUNX3在调节Th1/Th2细胞平衡中的关键作用 研究样本量未明确说明,且仅关注了外周血单个核细胞,未涉及局部鼻黏膜组织的免疫变化 探索培元通窍汤治疗过敏性鼻炎的作用机制 过敏性鼻炎患者治疗前后的外周血单个核细胞 单细胞组学 过敏性鼻炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
36 2025-12-02
GPR56 Outperforms CD319 as a Discriminative Marker for CD4+ Cytotoxic T Lymphocytes and Is Elevated in Primary Sjögren's Syndrome
2025-Dec-01, Immunology IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术,鉴定出GPR56是CD4+细胞毒性T淋巴细胞(CTL)的新型且功能重要的表面标志物,并发现其在原发性干燥综合征(pSS)患者中升高且与疾病严重程度相关 首次将GPR56鉴定为CD4+细胞毒性T淋巴细胞(CD4 CTLs)的新型、功能相关的表面标志物,并证明其优于CD319(SLAMF7),同时揭示了其在自身免疫性疾病(原发性干燥综合征)中的潜在致病作用 NA 鉴定和表征CD4+细胞毒性T淋巴细胞(CD4 CTLs)的表面标志物,并探究其在自身免疫性疾病(原发性干燥综合征)中的病理作用 CD4+ T细胞,特别是具有细胞毒性的CD4+ T细胞亚群(CD4 CTLs) NA 原发性干燥综合征 单细胞RNA测序,流式细胞术 NA 单细胞转录组数据,流式细胞术数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
37 2025-12-02
Streamlining single-cell spatial transcriptomics for human kidney tissue
2025-Dec-01, BioTechniques IF:2.2Q4
研究论文 本文介绍了一种用于人类肾脏组织单细胞空间转录组学分析的新型细胞区域归一化方法和工作流程,旨在简化数据处理并促进科学发现 提出了一种新的细胞区域归一化方法,能够从NanoString CosMx平台生成的数据集中注释15种肾脏细胞类型,并集成到BioTuring SpatialX平台中,为非生物信息学专业用户提供可访问的基于网络的分析工具 NA 简化单细胞空间转录组学数据的计算分析,以促进人类肾脏组织在健康和疾病状态下的表征 人类肾脏组织样本,包括两个健康肾脏活检和两个疾病样本(具体为糖尿病肾病) 数字病理学 糖尿病肾病 单细胞空间转录组学 NA 空间转录组学数据 4个样本(2个健康肾脏活检和2个疾病样本) NanoString 单细胞空间转录组学 CosMx NanoString CosMx单细胞分辨率空间转录组平台
38 2025-12-02
Presynaptic Changes in Mouse Rod Photoreceptors During Early Retinitis Pigmentosa
2025-Dec-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析,探讨了P23H/Gnat2-/-视网膜色素变性小鼠早期阶段杆状光感受器突触前分子变化,揭示了突触可塑性的分子基础 首次结合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术,系统揭示了视网膜色素变性早期杆状光感受器突触前SNARE复合体和囊泡蛋白的分子上调机制 研究仅针对1月龄小鼠模型,未涵盖疾病晚期阶段;样本量较小,且主要依赖动物模型,人类临床相关性有待验证 探究视网膜色素变性早期杆状光感受器突触可塑性的分子机制 P23H/Gnat2-/-视网膜色素变性小鼠和Gnat2-/-对照小鼠的视网膜组织 数字病理学 视网膜色素变性 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫组织化学 NA 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 图像数据 1月龄P23H/Gnat2-/- RP小鼠和Gnat2-/-对照小鼠视网膜样本 NA 单细胞RNA-seq, bulk蛋白质组学 NA NA
39 2025-12-02
Ccn1 Mediates Pyroptosis and Purine Metabolism Pattern Shifts in a High-Uric Acid Microenvironment After Spinal Cord Injury
2025-Dec-01, Molecular neurobiology IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过空间代谢组学、Bulk-RNA测序和单细胞RNA测序,揭示了脊髓损伤后高尿酸微环境的存在,并发现Ccn1在该微环境中介导细胞焦亡和嘌呤代谢模式转变 首次利用空间代谢组学鉴定脊髓损伤后高尿酸微环境,并阐明Ccn1在调控细胞焦亡和嘌呤代谢中的关键作用 研究主要基于大鼠模型和PC12细胞系,人类临床相关性需进一步验证 探究脊髓损伤后微环境的代谢变化及Ccn1在其中的功能机制 SD大鼠脊髓组织和PC12细胞系 数字病理学 脊髓损伤 空间代谢组学, Bulk-RNA测序, 单细胞RNA测序 NA 代谢组数据, RNA测序数据 体外实验每组n=6, 体内实验每组n=6 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
40 2025-12-02
Biological multi-omics approaches to next-generation biomarkers in immune-related disorders and malignancies: An overview
2025-Dec-01, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2
综述 本文概述了在癌症和自身免疫性疾病中,利用多组学整合和人工智能驱动的下一代生物标志物的研究进展 强调多组学数据集与人工智能/机器学习的结合,以揭示动态分子特征,并利用单细胞和空间分析来揭示细胞异质性和组织背景 挑战包括检测标准化、患者间变异性和监管障碍 探讨下一代生物标志物在癌症和自身免疫性疾病中的精准诊断和个性化治疗应用 癌症和自身免疫性疾病 自然语言处理 肺癌 NA NA NA NA NA NA NA NA
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