单细胞与空转测序相关文章

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21	2026-10-29	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Distinct Pathogenic Subtypes in Hepatocyte- and Cholangiocyte-Directed Autoimmune Liver Injury 2026-Oct-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27209323 PMID:42942090	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序技术刻画了自身免疫性肝病（AILD）不同亚型中的免疫微环境异质性，并通过动物模型验证，揭示了肝细胞型和胆管细胞型损伤中不同的免疫致病生态型。	首次在单细胞水平上比较了肝炎表型和胆汁淤积表型AILD之间的免疫微环境异质性，鉴定出两种不同的免疫致病生态型，并预测Bmp-Acvrl1/Eng-Fosb信号轴是驱动巨噬细胞修复表型的关键转录调控通路，特别指出Eng（endoglin）是控制巨噬细胞表型转换的调控受体。	研究主要基于转录组层面的分析，机制预测依赖于动物模型验证，尚未在更大规模的人类队列中证实，且Eng作为治疗靶点的临床转化价值仍需进一步研究。	阐明驱动肝细胞或胆管损伤的致病性免疫亚群差异，刻画AILD各亚型的免疫生态位异质性，并寻找分层治疗的潜在靶点。	自身免疫性肝病（AILD）患者样本及相应动物模型	单细胞转录组学, 免疫学, 肝脏病学	自身免疫性肝病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
22	2026-10-29	Serial Cryosectioning for the Spatial Transcriptomics of Plant Tissues 2026-Oct-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5844 PMID:42947912	研究方法	本文提出了一套针对小型植物组织的优化冷冻包埋、连续冷冻切片和数据分析流程，用于10x Genomics Visium空间转录组研究	针对小型复杂植物组织优化了冷冻包埋模具、快速新鲜样品包埋、连续切片及Visium HD切片位置标记，并整合了从Space Ranger到3D转录组重建的完整计算分析流程	计算流程仅在玉米Visium V1数据上验证，未在Visium HD数据上测试	建立适用于小型植物组织的空间转录组连续切片与数据分析标准化流程	玉米幼苗茎尖及发育中的叶原基等小型植物组织	空间转录组学	NA	空间转录组测序	Seurat、Harmony、RNA velocity、伪时序分析	空间转录组数据、图像	NA	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium	10x Genomics Visium空间转录组芯片，数据基于Visium V1
23	2026-10-29	Integrative Multi-Omics and Network Pharmacology Analyses Reveal Potential Mechanisms of Codonopsis pilosula in Mountain Sickness 2026-Oct-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27209256 PMID:42942026	研究论文	本研究整合网络药理学、转录组分析、机器学习特征选择、单细胞RNA测序和分子对接，探索党参（Codonopsis pilosula）与高原病（高山病）之间潜在的分子关联	首次将网络药理学、转录组学、机器学习、单细胞RNA测序和分子对接多方法整合，系统揭示党参在高原缺氧相关疾病中的候选靶点和分子机制	研究为探索性框架，分子对接结果为预测性相互作用，缺乏实验验证，机器学习分析仅在所分析的配对队列中进行内部计算优先级排序，样本量有限	探索党参与高山病（包括急性高山病和高原肺水肿）之间的潜在分子关联及作用机制	党参相关候选靶点、高原暴露人群、急性高山病（AMS）和高原肺水肿（HAPE）相关的转录组和单细胞数据	网络药理学、转录组学、单细胞分析	高山病、急性高山病、高原肺水肿	网络药理学、转录组分析、机器学习特征选择、单细胞RNA测序、分子对接	机器学习算法（多种互补算法）	转录组数据、单细胞转录组数据、文本（网络药理学数据库）	NA	NA	单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq	NA	NA
24	2026-10-29	Adma and Ackr3a regulate cardiac lymphatic vessel formation and function during heart development and regeneration 2026-Oct-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-78353-8 PMID:42946752	研究论文	该论文通过斑马鱼心脏的单细胞空间转录组学，研究心脏淋巴管形成的机制，并揭示Adma和Ackr3a在心脏发育和再生中的调控作用	首次在单细胞水平对斑马鱼心脏进行空间转录组学分析，揭示心脏淋巴管内皮细胞的异质性，并发现Adma和Ackr3a调控心脏淋巴管形成和功能的新机制	研究仅基于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物或人类中验证；空间转录组学的细胞分辨率可能有限；未全面解析Adma/Ackr3a下游信号通路	探究心脏淋巴管形成的分子机制，特别是Adma和Ackr3a在心脏发育和再生过程中对淋巴管形成和功能的调控作用	斑马鱼心脏淋巴管内皮细胞、心外膜细胞及中性粒细胞	空间转录组学、发育生物学、心血管生物学	心血管疾病、淋巴管相关疾病	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据、基因表达数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
25	2026-10-29	Tissue Factor Expression Is Associated with Distinct Pattern of Immune-Cell Infiltration in the Ovarian Tumor Microenvironment 2026-Oct-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27209148 PMID:42941916	研究论文	该研究整合单细胞RNA测序、TCGA卵巢癌队列分析和多重免疫荧光组织芯片，探讨卵巢肿瘤微环境中组织因子（TF）表达的细胞来源及其与免疫细胞浸润和生存的关系	揭示TF表达主要集中于肿瘤上皮细胞和特定内皮亚群，并发现CD8 T细胞浸润与生存的关联依赖于TF表达分层，同时结合转录组和蛋白水平两个队列进行验证	关联为横断面分析，转录组（TCGA）与蛋白水平（TMA）队列结果不完全一致，需前瞻性、正式检验的验证	明确卵巢癌中组织因子的细胞来源及其与免疫细胞浸润和患者生存的关系	卵巢癌肿瘤微环境及卵巢癌患者样本	肿瘤免疫学、数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、转录组分析	NA	单细胞转录组数据、组织芯片免疫荧光图像、临床与生存数据	独立25例组织芯片（TMA）队列，以及公共单细胞数据集（GSE232314）和TCGA卵巢癌队列	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
26	2026-10-29	Efferocytosis-Related Transcriptional Dysregulation in Hidradenitis Suppurativa Lesional Macrophages: A Multi-Cohort Single-Cell and Bulk Transcriptomic Study 2026-Oct-13, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines14102322 PMID:42940127	研究论文	该研究利用多队列单细胞和批量转录组数据，分析化脓性汗腺炎皮损巨噬细胞中胞葬作用相关基因的转录失调情况	首次在化脓性汗腺炎中系统评估外部定义的167基因胞葬作用相关基因面板（ER167）的转录状态，并采用供体水平混合方向基因集检验及10000个表达和检测匹配的随机面板进行基准比较	转录本丰度不能反映胞葬功能，需要功能研究验证；未检测到生物制剂治疗12周后ER167的变化	探究ER167胞葬作用相关基因面板在化脓性汗腺炎皮损巨噬细胞中是否发生转录扰动	化脓性汗腺炎皮损巨噬细胞/单核细胞	数字病理学	化脓性汗腺炎	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	转录组数据	发现阶段scRNA-seq队列、独立scRNA-seq验证队列、三个批量组织队列及12周阿达木单抗和布罗达鲁单抗治疗数据	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
27	2026-10-29	Pulmonary Disease and NF-κB-Associated Responses in Mice Infected with Two Klebsiella pneumoniae Isolates 2026-Oct-13, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms14102337 PMID:42943576	研究论文	该文比较两株肺炎克雷伯菌（经典cKP 55055与高毒力hvKP 46274）感染小鼠后的肺部疾病表现及NF-κB相关炎症反应	结合小鼠肺炎模型、肺组织单细胞RNA测序与RAW 264.7巨噬细胞实验，对比cKP与hvKP菌株在肺部免疫细胞组成、SPP1巨噬细胞比例及NF-κB相关炎症读出上的差异	两菌株的肺部载量与疾病阶段未匹配，免疫应答差异无法与细菌暴露量或疾病进展差异区分；单细胞结果为合并文库的描述性分析，未在个体动物中独立验证；组织染色未能确认菌株特异性M1/M2极化差异；NF-κB影像学发现仅为定性；体外结果仅来自单次实验的单株RAW 264.7细胞，不能直接外推至原代肺巨噬细胞	阐明高毒力肺炎克雷伯菌感染中肺部巨噬细胞应答及NF-κB相关炎症反应特征	小鼠肺炎模型、肺炎克雷伯菌临床分离株55055（cKP）与46274（hvKP）、RAW 264.7巨噬细胞	单细胞组学、感染免疫学	肺部感染性疾病、肺炎克雷伯菌感染	单细胞RNA测序、H&E组织染色、免疫组织化学染色、免疫荧光成像、体外细胞实验	NA	单细胞转录组数据、组织图像、文本	两个菌株的小鼠肺炎模型及两株菌各自的合并肺组织单细胞RNA测序文库（具体动物数量未在摘要中说明）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
28	2026-10-29	Spatial Transcriptomics Reveals HER2/AR-Associated Heterogeneity and Alternative Surface Targets in Salivary Duct Carcinoma 2026-Oct-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27209018 PMID:42941793	研究论文	该研究利用空间转录组学分析四例唾液腺导管癌（SDC）标本，揭示HER2/AR相关的瘤内异质性并鉴定替代性细胞表面治疗靶点	首次在SDC中应用空间转录组学揭示HER2/AR相关转录状态的瘤内空间异质性，并结合表面蛋白组筛选发现ALCAM作为全肿瘤覆盖的替代靶点	样本量较小（仅4例FFPE标本），缺乏功能验证和临床治疗反应数据，候选靶点需进一步实验验证	表征SDC的瘤内异质性并鉴定HER2/AR非相关区域的替代性治疗靶点	四例福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的唾液腺导管癌（SDC）标本	空间转录组学	唾液腺导管癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据、图像	4例FFPE SDC标本	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium	10x Genomics Visium空间转录组平台，用于FFPE标本
29	2026-10-29	Cordyceps Polysaccharides Attenuate Experimental Ischemic Stroke Injury: Association with IL-17/NF-κB Signaling 2026-Oct-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27209035 PMID:42941809	研究论文	该研究探讨蛹虫草多糖通过抑制IL-17/NF-κB信号通路减轻实验性缺血性脑卒中损伤的作用机制	结合公共转录组数据和单细胞RNA测序数据，首次揭示小胶质细胞在缺血性脑卒中中IL-17/NF-κB模块评分升高最显著，并验证蛹虫草多糖通过该通路发挥保护作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，缺乏临床试验验证；公共数据集的样本量和来源有限	探究蛹虫草多糖对缺血性脑卒中的保护作用是否与IL-17/NF-κB相关信号通路有关	缺血性脑卒中相关的公共人类转录组数据集、公共小鼠MCAO单细胞RNA测序数据集、MCAO大鼠、OGD暴露的SH-SY5Y细胞和BV-2细胞	神经科学、生物信息学	缺血性脑卒中	转录组分析、单细胞RNA测序、生物信息学分析、细胞实验、动物实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像/行为学数据	NA	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	NA
30	2026-10-29	Integrated Single-Cell and Transcriptomic Analysis Suggests a Cuproptosis-Related Phenotype and Potential Therapeutic Target in Acute Pancreatitis 2026-Oct-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27209004 PMID:42941781	研究论文	该研究整合单细胞转录组与全血转录组数据，结合小鼠模型，揭示急性胰腺炎腺泡细胞中铜死亡相关表型及铜螯合剂TTM的潜在治疗作用	首次将铜死亡与急性胰腺炎发病机制关联，通过多数据集整合分析及体内外实验验证，提出铜稳态失衡作为治疗靶点	研究主要基于公共数据集和小鼠模型，缺乏临床样本验证；铜死亡在AP中的具体分子机制尚未完全阐明	探究铜死亡通路是否参与急性胰腺炎发病机制，并评估铜螯合治疗的潜力	急性胰腺炎患者转录组数据、小鼠重症急性胰腺炎模型及胰腺腺泡细胞	单细胞转录组学	急性胰腺炎	单细胞转录组测序, 全血转录组测序, 组织病理学, 电子显微镜, 流式细胞术, 免疫荧光, 生化检测	NA	单细胞转录组数据, 全血转录组数据, 图像, 文本	3个公共数据集（GSE279876, GSE188819, GSE194331）及小鼠模型样本	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
31	2026-10-29	TOP2A Overexpression as a Prognostic Biomarker in High-Grade Meningioma: An Integrated Single-Cell and Bulk Transcriptomic Study 2026-Oct-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27208984 PMID:42941759	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和 bulk RNA测序，揭示高级别脑膜瘤的细胞架构，并评估TOP2A表达及其局灶拷贝数状态的临床和预后意义	首次将TOP2A的转录过表达与其局灶拷贝数增益相结合，作为高级别脑膜瘤的候选预后生物标志物，并通过多级验证（mRNA、蛋白、FISH）进行确认	FISH亚组样本量有限（27例），无法按拷贝数状态进行独立的生存分析	描绘高级别脑膜瘤的细胞架构，并评估TOP2A表达及其局灶拷贝数状态的临床和预后意义	高级别脑膜瘤患者肿瘤样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 免疫组织化学, 荧光原位杂交	NA	文本, 图像	探索性单细胞队列（样本量未明确）, 160例bulk RNA-seq样本, 154例IHC标本, 27例FISH标本	NA	单细胞RNA测序, bulk RNA-seq	NA	NA
32	2026-10-29	Pan-Cancer Analysis Identifies LUC7L2 as a Prognostic Biomarker and Potential Functional Regulator of Prostate Cancer Progression 2026-Oct-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines14102294 PMID:42940099	研究论文	通过泛癌分析系统评估LUC7L2的表达特征与预后价值，并在前列腺癌中进行功能验证	首次系统开展LUC7L2的泛癌分析，结合单细胞与空间转录组数据，并通过体外实验验证其在前列腺癌中的功能调控作用	功能验证主要局限于体外实验，缺乏体内动物模型验证；荟萃分析合并HR的置信区间跨越1，效应方向一致性证据有限	评估LUC7L2在泛癌中的表达特征与预后价值，并探究其在前列腺癌发生发展中的功能作用	多种癌症类型的转录组与蛋白组数据、前列腺癌细胞	数字病理, 机器学习	前列腺癌, 胶质母细胞瘤, 肺腺癌, 卵巢浆液性囊腺癌	转录组测序, 蛋白质组学, 免疫组化染色, 单细胞转录组测序, 空间转录组学, ROC曲线分析, Cox回归, 荟萃分析	Cox回归模型, ROC曲线模型	文本, 图像	GSE137829与GSE176031单细胞转录组数据集及多数据库泛癌样本，具体样本量未在摘要中说明	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq	NA	NA
33	2026-10-29	ReCAST: Single-Cell-Informed Tumour Microenvironment Profiling for Translational Prognostic Assessment in Esophageal Cancer 2026-Oct-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines14102298 PMID:42940104	研究论文	开发了一种供体感知的方法 ReCAST，从 bulk 肿瘤转录组中估计肿瘤微环境细胞状态，并检验其在食管癌中是否能在常规临床变量之外提升生存预测	构建了供体感知的细胞状态锚点，先用供体内聚合再跨供体聚合；采用稳健非负投影；基于样本内秩次，使细胞状态分析可扩展到无原始计数数据（如方差稳定化、微阵列或汇总参考数据）；区分测量效度与临床效用进行评价	在临床肿瘤中，加入 ReCAST 衍生特征后生存预测无增量改善（ΔUno C-index -0.033，95% CI -0.089 至 0.023），细胞状态谱不能超越年龄、性别、组织学和分期等常规临床变量	开发 ReCAST 方法，从 bulk 肿瘤转录组估计肿瘤微环境细胞状态，并检验这些估计能否在常规临床变量之外改善食管癌的生存预测	食管癌肿瘤样本，包括 182 例 TCGA 食管癌、60 例独立鳞状细胞癌患者队列，以及单细胞转录组队列和保留供体	数字病理学、机器学习	食管癌	单细胞转录组测序、bulk RNA-seq	非负投影、支持向量回归、重复交叉验证、外部验证	文本（表达谱）、图像（无）	60 个保留供体的 720 个真实细胞伪 bulk 混合样本，182 例 TCGA 食管癌，60 例独立鳞状细胞癌患者，以及独立单细胞队列	NA	single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
34	2026-10-29	Reference Genome Choice Shapes RNA-Seq Quantification and Downstream Interpretation in Chinese Breast Cancer Patients 2026-Oct-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines14102296 PMID:42940102	研究论文	比较GRCh38、T2T-CHM13和T2T-YAO三种参考基因组在中国乳腺癌患者bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据中的定量及下游分析影响	首次在中国乳腺癌队列中系统评估东亚人群匹配的T2T-YAO参考基因组对RNA-seq定量和下游生物学解释的影响，揭示参考基因组选择是癌症转录组学中重要但被低估的系统性偏倚来源	研究仅基于中国乳腺癌患者样本，未涵盖其他人群或癌症类型；未评估其他下游分析工具的影响；样本量相对有限	评估不同参考基因组（GRCh38、T2T-CHM13、T2T-YAO）对RNA-seq定量和下游转录组分析的影响	148名中国乳腺癌患者的bulk RNA-seq数据以及配对的primary tumor和lymph node metastases单细胞RNA-seq数据（65,968个细胞）	数字病理学, 机器学习	乳腺癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	文本, 图像	148例bulk RNA-seq样本，65,968个单细胞	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
35	2026-10-29	Single-Cell BCR and Transcriptome Analysis Revealed Potent Neutralizing Antibodies in Response to HAdV-4 Infection 2026-Oct-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27208952 PMID:42941728	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞VDJ测序技术，分析了HAdV-4感染恢复期患者的B细胞免疫反应，成功分离出高效中和抗体并阐明了其作用机制	建立了基于scRNA-seq和scVDJ-seq整合的高效抗体筛选策略，实现了无需病原体诱饵、以细胞亚群为导向的快速抗体筛选路线；发现了三个强效中和抗体，其中1QH7在体外和体内均表现出强效保护作用；利用AlphaFold 3预测了抗体与Hexon蛋白的复合物结构并通过定点突变验证了关键结合残基；阐明了TRIM21介导的病毒中和机制	研究仅基于一名恢复期患者的外周血样本进行分析，样本量有限；抗体的广谱性和对不同HAdV-4毒株的中和能力有待进一步验证	通过解析HAdV-4感染后的B细胞免疫反应，鉴定高效中和抗体，为疫苗设计和抗病毒治疗奠定基础	16名HAdV-4恢复期志愿者中的1名中和抗体滴度最高的恢复期患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	免疫学、单细胞组学	急性呼吸道感染、人腺病毒感染	scRNA-seq, scVDJ-seq, AlphaFold 3结构预测, 定点突变	AlphaFold 3	单细胞转录组数据、B细胞受体序列数据、图像（结构预测）	2710个B细胞（来自1名恢复期患者的外周血）	10x Genomics	single-cell RNA-seq, single-cell VDJ-seq	10x Chromium	10x Chromium单细胞5'转录组和VDJ测序
36	2026-10-29	Ganoderma lucidum Sporoderm-Broken Spore Powder (GLSP) Remodels the Gut Microbiota and Promotes Tryptophan-Derived Indole Metabolites to Maintain Intestinal Homeostasis 2026-Oct-07, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms14102280 PMID:42943521	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序等技术，在生理稳态和DSS诱导肠损伤小鼠模型中，探究灵芝孢子粉（GLSP）重塑肠道菌群并促进色氨酸衍生的吲哚类代谢物以维持肠道稳态的作用机制	首次综合运用scRNA-seq、16S rRNA测序和代谢组学多组学整合，揭示GLSP通过促进干/祖细胞协调扩增、修复黏液和物理屏障保护肠道，并发现吲哚-2-羧酸、3-甲基羟吲哚和4-羟基吲哚等此前未识别的微生物代谢物在重编程肠道色氨酸-吲哚代谢通路中的关键作用，同时通过抗生素处理小鼠和粪菌移植实验验证了肠道菌群介导的保护作用	摘要中未明确说明研究的局限性，研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证GLSP的临床效果	探究膳食GLSP对肠道上皮动力学和屏障功能的影响及其通过肠道菌群和色氨酸-吲哚代谢通路维持肠道稳态的机制	小鼠模型（包括生理稳态小鼠、DSS诱导肠损伤小鼠、抗生素处理小鼠和粪菌移植受体小鼠）	微生物组学、代谢组学	肠道损伤、炎症性肠病	单细胞RNA测序、16S rRNA测序、代谢组学分析、粪菌移植	NA	基因表达数据、微生物组数据、代谢物数据	NA	NA	single-cell RNA-seq, 16S rRNA sequencing, metabolomics	NA	NA
37	2026-10-29	Spatial Transcriptomic Profiling of the Human Placenta in Congenital Cytomegalovirus Infection: A Broad Antiviral Response with Concurrent Suppression of Trophoblast and Vascular Programs 2026-Oct-03, Viruses DOI:10.3390/v18101095 PMID:42944015	研究论文	该研究利用Visium CytAssist空间转录组技术，对先天性巨细胞病毒感染的晚期妊娠胎盘进行空间转录组分析，揭示抗病毒免疫反应与滋养层及血管程序抑制并存的细胞类型分辨机制	首次将Visium CytAssist空间转录组应用于先天性CMV感染胎盘，在细胞类型分辨水平上揭示两种对立程序：广谱干扰素刺激基因反应与滋养层分化及血管程序的同时抑制	样本量小（仅2例感染与2例未感染胎盘），部分细胞群体变化未达统计学显著，需更大规模队列验证	在细胞类型分辨水平上阐明先天性CMV感染胎盘的分子与细胞组成改变	两例CMV感染与两例未感染的晚期妊娠甲醛固定胎盘组织	空间转录组学、数字病理学	先天性巨细胞病毒感染	空间转录组测序	基于参考的标签转移注释	空间转录组图像与表达数据	4例胎盘组织（2例感染、2例未感染），共16,074个空间spot	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium CytAssist	Visium CytAssist空间转录组，用于FFPE组织
38	2026-10-29	Deciphering Vascular Smooth Muscle Cell Phenotype Switching via Integrated Single-Cell Transcriptomics and Machine Learning: CX3CR1 and COL1A1 as Novel Diagnostic Biomarkers for Atherosclerosis 2026-Oct-01, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo16100742 PMID:42941217	研究论文	该研究整合单细胞转录组学与机器学习方法，解析动脉粥样硬化中血管平滑肌细胞表型转换，并识别出CX3CR1和COL1A1等作为新型诊断生物标志物	首次将人颈动脉斑块单细胞RNA测序数据与批量动脉组织数据集整合，结合LASSO、随机森林和SVM-RFE三种机器学习方法筛选共识基因，并在单细胞水平上审计候选标志物的细胞来源	这些基因应被视为斑块相关组织标志物和机制候选物，而非经过验证的无创诊断生物标志物或确定的VSMC谱系标志物；候选基因在巨噬细胞和VSMC中均有表达，缺乏细胞类型特异性	解析动脉粥样硬化中血管平滑肌细胞表型转换的分子机制，并识别可用于诊断的新型生物标志物	人颈动脉斑块组织及批量动脉组织样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习	LASSO, 随机森林, SVM-RFE	基因表达数据, 文本	99,027个细胞来自12名供体，以及多个公共数据集（GSE309462、GSE100927、GSE57691、GSE28829）	NA	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	NA
39	2026-10-29	PLXNB2 Regulates Monocyte-Mediated Inflammation and Intercellular Communication in the Pathogenesis of Diabetic Retinopathy 2026-Oct-01, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673487078260917082010 PMID:42947497	研究论文	该研究通过整合WGCNA、差异表达分析、机器学习、SHAP解释、单细胞转录组学和细胞间通讯分析，系统鉴定PLXNB2作为糖尿病视网膜病变中单核细胞相关炎症的潜在调控因子	整合WGCNA、差异表达分析、机器学习、SHAP解释、单细胞转录组学和细胞间通讯分析，系统性地鉴定PLXNB2作为DR中单核细胞相关炎症的潜在调控因子	单细胞转录组分析未能证明PLXNB2直接导致转录重塑，仅显示关联性	研究PLXNB2在糖尿病视网膜病变发病机制中的作用，特别是其对单核细胞介导的炎症和细胞间通讯的调控效应	糖尿病视网膜病变（DR）患者样本与非糖尿病视网膜病变（NDR）样本	数字病理学	糖尿病视网膜病变	WGCNA, 差异表达分析, 机器学习, SHAP分析, 单细胞转录组学, 细胞间通讯分析	机器学习模型	基因表达数据, 单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
40	2026-10-29	Single-Cell Sequencing of Diffuse Midline Glioma Reveals That CTHRC1 Promotes Tumor Malignant Progression via the Wnt/β-Catenin/MMP2 Signaling Pathway 2026-Oct, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70132 PMID:42947570	研究论文	通过对3例弥漫性中线胶质瘤样本进行单细胞转录组测序分析，揭示肿瘤内异质性和肿瘤微环境特征，并发现CTHRC1通过Wnt/β-catenin/MMP2信号通路促进肿瘤恶性进展	首次系统描述DMG中少突胶质祖细胞在不同空间区域的免疫功能差异，揭示单核细胞来源巨噬细胞的浸润轨迹与免疫抑制的关联，并发现CTHRC1通过Wnt/β-catenin/MMP2通路促进DMG恶性进展	样本量较小（仅3例DMG样本），缺乏大规模验证队列，CTHRC1促进恶性进展的分子机制仍需进一步功能实验验证	探究弥漫性中线胶质瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境特征，寻找潜在治疗靶点	弥漫性中线胶质瘤（DMG）患者肿瘤组织样本	数字病理学, 单细胞转录组学	弥漫性中线胶质瘤, 脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	3例DMG样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA