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当前共找到 41144 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-07-02 |
Integrating single-cell RNA sequencing with multi-omics to decode disease microenvironments
2026-Jun-30, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-026-12250-7
PMID:42377616
|
综述 | 本文回顾了单细胞RNA测序与多组学整合在解码疾病微环境中的应用 | 通过整合单细胞RNA测序与表观基因组学、空间转录组学和时间谱分析等多组学方法，并引入人工智能驱动的深度学习和图模型，提升了数据去噪、聚类和细胞类型注释的能力 | 技术噪声、缺失事件和计算挑战仍然存在 | 强调单细胞RNA测序与多组学整合在解码疾病微环境中的作用 | 疾病微环境中的细胞异质性 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学整合 | 深度学习, 图模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序系统 |
| 22 | 2026-07-02 |
A single-cell atlas identifies oncogenic transcriptional programs and immune escape mechanisms in CTCL
2026-Jun-30, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025032507
PMID:42378251
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研究论文 | 构建单细胞图谱鉴定皮肤T细胞淋巴瘤的致癌转录程序与免疫逃逸机制 | 首次构建最大规模皮肤T细胞淋巴瘤单细胞RNA测序图谱，包含116名患者的超过200万个皮肤和血液细胞，并识别出与GATA-3依赖性转录程序相关的复发转录程序，以及治疗可靶向的弱点 | 未提及具体局限性 | 阐明恶性T细胞中的致癌转录程序及其与肿瘤微环境的相互作用，揭示潜在治疗靶点 | 116名皮肤T细胞淋巴瘤患者的皮肤和血液细胞 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 116名患者的超过200万个皮肤和血液细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-07-02 |
CAdir: Joint clustering of cells and genes for single-cell transcriptomics with visualization-driven cluster quality assessment
2026-Jun-30, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014418
PMID:42378259
|
研究论文 | 提出了一种名为CAdir的聚类算法，用于单细胞RNA-seq数据的细胞和基因联合聚类，并通过可视化驱动的聚类质量评估提升结果的可解释性 | 利用对应分析的几何特性同时聚类细胞和基因，并通过方向角度自动推断聚类数目，提供易于解释的诊断图 | 文中未具体说明局限性，但可能依赖对应分析的假设或在高噪声数据中表现受限 | 改进单细胞转录组聚类结果的可解释性，自动推断聚类数目并提供聚类质量评估工具 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞和基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | CAdir聚类算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2026-07-02 |
Rheumatoid factor production is genetically and molecularly distinct from rheumatoid arthritis
2026-Jun-30, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI208390
PMID:42378266
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研究论文 | 本研究定义了类风湿因子（RF）产生及其进展为类风湿关节炎（RA）的遗传、表型和分子结构，发现RF的产生受HLA II类和B细胞调控基因座控制，与黏膜炎症相关，且在遗传和分子层面与RA截然不同 | 首次大规模整合遗传学、蛋白质组学和单细胞转录组学，揭示RF产生与RA进展的分子分化机制，明确RF阳性者携带与粘膜炎症相关的特征而非RA多基因风险 | 未提及具体局限性 | 探究类风湿因子（RF）产生及其向类风湿关节炎（RA）进展的遗传、表型和分子决定因素 | RF阳性无自身免疫疾病的个体和RF阴性对照个体 | 自然语言处理 | 类风湿关节炎、自身免疫性疾病 | 全基因组关联分析（GWAS）、蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因型数据、蛋白质表达数据、单细胞转录组数据 | 469,036名英国生物库参与者（其中24,216名RF阳性）和76名ALTRA队列个体 | Illumina | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2026-07-02 |
Tranquillyzer: A Neural Network Framework for Long-read Annotation and Demultiplexing
2026-Jun-30, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzag055
PMID:42378444
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研究论文 | 提出了 Tranquillyzer，一种基于深度学习的框架，用于长读长单细胞 RNA 测序数据的结构注释和拆分 | 采用全局上下文感知的深度学习模型进行长读长分子的结构推断，实现了高准确度的分子条形码和 UMI 识别，并可快速适配自定义文库结构 | 未明确提及，但可能在处理极端复杂的文库结构或实际大型数据集时仍有性能挑战 | 解决长读长单细胞 RNA 测序中结构复杂读取的解释难题，提高条形码和 UMI 检测的准确性和鲁棒性 | 长读长单细胞 RNA 测序数据中的测序读取（分子） | 机器学习, 生物信息学 | 不适用 | 长读长 RNA 测序, 单细胞 RNA 测序 | 深度学习（卷积神经网络或其他神经网络） | 测序数据（长读长） | 不适用（基于模拟基准测试） | 不适用 | 单细胞 RNA 测序（长读长） | 不适用 | 支持标准长读长单细胞 protocol 和自定义文库架构 |
| 26 | 2026-07-02 |
Molecular mechanisms of erectile dysfunction in type 1 and type 2 diabetic rats: a multiomics approach
2026-Jun-30, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja20267
PMID:42378462
|
研究论文 | 通过多组学方法揭示1型和2型糖尿病大鼠勃起功能障碍的共同分子机制 | 首次整合转录组和单细胞RNA测序分析，识别出糖尿病勃起功能障碍中共享的炎症-细胞外基质信号轴，并定位关键基因到基质细胞和神经细胞 | 未明确提及局限性 | 揭示1型和2型糖尿病勃起功能障碍的共同分子机制 | 1型和2型糖尿病大鼠模型的海绵体组织 | 机器学习 | 糖尿病, 勃起功能障碍 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR, Western blot | 机器学习（用于优先级排序） | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 大鼠模型（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2026-07-02 |
CSCN: Inference of Cell-Specific Causal Networks Using Single-Cell RNA-Seq Data
2026-Jun-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag480
PMID:42378449
|
研究论文 | 提出 CSCN 框架，利用单细胞 RNA-seq 数据推断细胞特异的因果网络模型 | 首次将因果发现技术与 kd-tree 和位图索引结合，在单细胞水平推断有向因果基因调控网络，有效抑制间接和虚假关联 | 未提及在高噪声或低覆盖度单细胞数据上的性能表现，以及因果发现计算复杂度可能随细胞数量增加而快速增长 | 开发一种能够推断单细胞水平有向因果基因调控关系的方法，以揭示细胞间的调控异质性 | 单细胞 RNA-seq 数据，涵盖多个数据集及多组学场景 | 机器学习 | NA | 单细胞 RNA-seq | 因果发现模型 | 基因表达数据 | 九个 scRNA-seq 数据集及多个跨模态数据集 | NA | 单细胞 RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 28 | 2026-07-02 |
conMItion: an R package adjusting confounding factors for associations in multi-omics
2026-Jun-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag472
PMID:42378451
|
研究论文 | 介绍了一个用于多组学数据中调整混杂因素进行关联分析的R包conMItion | 开发了计算条件互信息及其统计显著性的R包，能够灵活调整一个或两个混杂因素，适用于多组学数据 | 仅能调整一个或两个混杂因素，对更多混杂因素的处理能力有限 | 开发一个调整混杂因素的互信息关联分析方法，用于癌症多组学数据中识别癌症相关基因、基因特征和基因调控网络 | 癌症多组学数据，包括膀胱癌的染色体拷贝数变异表达数据和肺癌肿瘤微环境的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 膀胱癌, 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-07-02 |
Single-Cell Transcriptomics and Mendelian Randomization Analysis Reveal Key Genes in Atrial Fibrillation
2026-Jun-30, Journal of cardiovascular electrophysiology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jce.70432
PMID:42378484
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析识别心房颤动的关键基因 | 首次结合单细胞转录组学与孟德尔随机化分析，发现SPP1阳性巨噬细胞在心房颤动中的关键作用，并鉴定LRCH1、RSRC2和VAMP2为新的因果基因 | 未在独立队列或功能实验中验证因果基因的机制 | 识别心房颤动中关键的细胞亚型和治疗靶点 | 心房颤动患者的心脏组织细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2026-07-02 |
Lactate-Driven Restriction of Mitochondrial Permeability Transition Promotes Resistance to Chemo-Immunotherapy by Suppressing Tumor PANoptosis
2026-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76321
PMID:42378634
|
研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学和定量乳酸化组学分析，揭示了乳酸驱动的线粒体通透性转换限制通过抑制肿瘤PANoptosis促进化疗免疫治疗抵抗的机制 | 首次发现乳酸通过KAT8介导的ANT2乳酸化修饰调控线粒体通透性转换孔开放，连接瓦博格效应与线粒体稳态，并提出靶向KAT8-ANT2界面的细胞穿透肽作为克服化疗免疫治疗耐药的新策略 | 主要基于三阴性乳腺癌模型，其他肿瘤类型是否适用尚待验证；临床转化中细胞穿透肽的稳定性和递送效率需进一步优化 | 揭示肿瘤乳酸代谢驱动化疗免疫治疗抵抗的分子机制，并开发新的治疗靶点 | 三阴性乳腺癌细胞和肿瘤组织 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞转录组学、定量乳酸化组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质乳酸化修饰数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 31 | 2026-07-02 |
Diversity and Feature Selectivity of Primate Retinal Ganglion Cells
2026-Jun-30, Annual review of vision science
IF:5.0Q1
|
综述 | 综述灵长类视网膜中宽场神经节细胞的多样性和特征选择性 | 整合单细胞测序等新方法，揭示宽场RGC的转录组特征及其与形态和功能的关联 | NA | 梳理灵长类视网膜宽场神经节细胞多样性的现有知识，并强调编码复杂视觉特征（如方向选择性）的细胞新见解 | 灵长类视网膜宽场神经节细胞 | 计算神经科学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2026-07-02 |
Spatial transcriptomics identifies a suppressive, T-cell excluded tumor microenvironment in extramedullary myeloma
2026-Jun-30, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2026020500
PMID:42379250
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研究论文 | 空间转录组学技术揭示了髓外骨髓瘤中免疫抑制性、T细胞排除的肿瘤微环境特征 | 首次通过空间转录组学对髓外病变的肿瘤微环境进行空间组织分析，鉴定了三种复发性微环境生态位（免疫排除、免疫抑制和免疫允许），并揭示了肿瘤细胞与微环境之间复杂的双向信号网络 | 样本量有限，缺乏功能验证实验，未能直接证明免疫排除机制与临床预后的因果关系 | 阐明髓外骨髓瘤的肿瘤微环境空间组织特征及其与疾病进展的关系 | 多发性骨髓瘤患者的髓外病变组织活检样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 空间转录组学 | 细胞间相互作用模型 | 组织切片空间转录组数据 | 多个髓外病变活检样本（具体数量未在摘要中说明） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台用于肿瘤活检组织的基因表达空间分析 |
| 33 | 2026-07-02 |
Transcriptomic-based molecular classification of ampullary adenocarcinoma
2026-Jun-30, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218701
PMID:42379261
|
研究论文 | 通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，对壶腹腺癌进行基于转录组的分子分型，并揭示其异质性与预后关系 | 首次提出壶腹腺癌的转录组分子分型系统（AMS），鉴定出MUC16作为间充质亚型的关键生物标志物，并通过实验验证MUC16敲除可逆转上皮间质转化并恢复化疗敏感性 | 未提及具体局限性，但可能包括样本量有限或需要外部验证队列 | 建立壶腹腺癌的基于转录组的分子分型，以改善预后预测和个性化治疗策略 | 壶腹腺癌患者的肿瘤组织样本及细胞系 | 自然语言处理 | 壶腹腺癌 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 临床病理数据 | 未明确提及 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2026-07-02 |
Cross-Scale Bioanalytical Integration for Decoding Tumour Regulatory Plasticity in Oncology
2026-Jun-30, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2026.105466
PMID:42379504
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review | 综述了跨尺度生物分析整合在解码肿瘤调控可塑性中的应用，涵盖液体活检、单细胞和空间组学、质谱成像及AI计算分析等新兴技术 | 强调通过整合空间、时间和功能维度的生物分析技术，实现肿瘤高分辨率分子谱分析、组织架构保持及疾病动态长期监测 | 跨尺度数据整合、疾病动态追踪及临床可解释分析工具的开发仍是主要挑战 | 推动精准肿瘤学发展，实现早期检测、适应性治疗干预和个性化癌症管理 | 肿瘤生物学中的调控可塑性 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学、单细胞染色质可及性分析、空间转录组学、多重成像、质谱成像、蛋白质组学、代谢组学、液体活检 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics, Illumina, BGI | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 多重成像 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq, BGI MGISEQ | 10x Chromium 单细胞3' 测序, 10x Visium FFPE 空间转录组学, Illumina NovaSeq 高通量测序, BGI MGISEQ 测序平台 |
| 35 | 2026-07-02 |
Single-cell analysis of HIV expression and integration sites reveals robust viral expression across diverse chromatin environments
2026-Jun-30, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.00670-26
PMID:42379818
|
研究论文 | 通过单细胞分析HIV表达与整合位点，揭示病毒在不同染色质环境中的稳健表达 | 首次结合scRNA-seq和scATAC-seq在同个细胞中测量整合位点与病毒表达，发现HIV表达不受整合位点基因组特征影响，并观察到HIV频繁引起整合位点基因的插入激活 | 未提及具体局限性 | 研究HIV整合位点对病毒表达和潜伏期的影响 | HIV感染的初级CD4 T细胞 | 数字病理学 | 艾滋病 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞ATAC-seq数据 | 117,610个HIV感染的初级CD4 T细胞（其中1,530个细胞用于整合位点分析） | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-07-02 |
α-ketoglutarate accumulation orchestrates immunosuppressive metabolic remodeling to drive cetuximab resistance in metastatic colorectal cancer
2026-Jun-30, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-09001-8
PMID:42380087
|
研究论文 | 该研究揭示了α-酮戊二酸积累通过免疫抑制性代谢重塑驱动转移性结直肠癌西妥昔单抗耐药的机制 | 首次发现EGFR/GDH1/αKG/ALKBH5轴作为西妥昔单抗反应的关键调节因子，并提出血液αKG监测可识别受益于GDH1抑制的耐药患者 | 未明确提及 | 阐明西妥昔单抗耐药机制并确定EGFR的合成致死搭档 | 转移性结直肠癌中的西妥昔单抗耐药肿瘤细胞及其肿瘤免疫微环境 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 37 | 2026-07-02 |
Spatial transcriptomics in cancer research: insights into tumorigenesis, diagnosis and therapeutics
2026-Jun-30, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-026-03092-0
PMID:42380096
|
综述 | 探讨空间转录组学在癌症研究中的应用，涵盖肿瘤发生、诊断和治疗方面的见解 | 系统总结了空间转录组学在解析肿瘤微环境、免疫细胞浸润及恶性转化机制中的创新应用，并强调了其在癌症亚型诊断、风险分层和个性化治疗中的变革性作用 | 未明确提及具体局限性，但可能包括技术成本高、数据复杂性及临床应用转化挑战 | 阐述空间转录组学如何推动癌症研究，从肿瘤发生机制到精准诊断和治疗的发展 | 癌症组织样本，包括肿瘤区域、基质细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 转录本表达和空间定位数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 38 | 2026-07-02 |
PCGF1-mediated bivalent promoter remodeling enables NK cell immune evasion in non-small cell lung cancer
2026-Jun-30, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-09003-6
PMID:42380149
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research paper | 揭示PCGF1通过双价启动子重塑促进非小细胞肺癌细胞逃逸自然杀伤细胞免疫的机制 | 发现PCGF1在非小细胞肺癌中通过增强抑制性组蛋白修饰（H2AK119ub和H3K27me3）并减少活性组蛋白修饰（H3K4me3）沉积，破坏双价启动子平衡，沉默细胞因子-细胞因子受体通路，从而抑制NK细胞效应功能 | 未提及明显限制，但可能包括对体内模型验证不足或机制在其他癌症中的通用性需进一步研究 | 探究PCGF1在非小细胞肺癌免疫逃逸中的作用及其表观遗传机制 | 非小细胞肺癌细胞系及自然杀伤细胞 | machine learning | lung cancer | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自TCGA队列的分析及体外细胞实验 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 39 | 2026-07-02 |
Metabolic Heterogeneity Across Heart Failure Subtypes Defined by Integrative Multi-Omics Analysis
2026-Jun-30, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-026-10803-6
PMID:42380371
|
研究论文 | 通过整合多组学分析揭示不同心力衰竭亚型间的代谢异质性 | 首次整合代谢组学、遗传学和单细胞转录组学，系统鉴定不同心力衰竭亚型的代谢特征，并发现OGDHL作为心脏代谢重塑的潜在调控因子 | 未提及具体局限性 | 阐明不同心力衰竭亚型的代谢特征及其潜在机制 | 心力衰竭患者及实验性心力衰竭模型 | 机器学 | 心血管疾病 | 代谢组学、孟德尔随机化、单细胞转录组测序 | NA | 代谢物数据、遗传数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2026-07-02 |
IL-17-driven tumor cell-intrinsic inflammatory programming creates an immunotherapy-permissive microenvironment
2026-Jun-30, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02726-2
PMID:42380903
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研究论文 | 本研究揭示了IL-17驱动的肿瘤细胞内在炎症程序如何重塑卵巢透明细胞癌的免疫微环境，从而增强免疫检查点抑制剂的疗效 | 首次阐明IL-17通过激活NF-κB信号通路在OCCC肿瘤细胞中诱导炎症程序，将免疫冷肿瘤转变为热肿瘤，并以此作为免疫检查点敏感性的预测生物标志物 | 研究主要基于OCCC亚型，其他卵巢癌亚型的IL-17反应性及免疫疗法敏感性尚需验证；小鼠模型与人体免疫微环境可能存在差异 | 探究IL-17驱动的肿瘤细胞内在炎症程序在卵巢透明细胞癌免疫微环境重塑及免疫检查点抑制剂响应中的作用机制 | 人类卵巢透明细胞癌组织样本、免疫健全的同基因OCCC小鼠模型 | 数字病理学 | 卵巢透明细胞癌 | 免疫组化、转录组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本（转录组数据）、单细胞转录组数据 | 人类OCCC转录组数据（n=180）及小鼠模型中的肿瘤浸润T细胞单细胞测序样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析肿瘤浸润T细胞 |