单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 40543 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-06-17 |
Common Principles Underlie Mitochondrial DNA Heteroplasmy Dynamics in the Germline and Soma
2026-Jun-15, Annual review of genomics and human genetics
IF:7.7Q1
|
综述 | 综述了线粒体DNA异质性在生殖系和体细胞系统中动态变化的基本原理 | 提出异质性动态变化遵循共通的量化原理，从描述性观察转向预测性机制模型，并整合单细胞测序、mtDNA成像、基因编辑等多种新技术进行分子水平解析 | 未明确说明具体局限性，但可能涉及异质性动态机制的复杂性及实验模型的不完整性 | 揭示线粒体DNA异质性在细胞、组织和生物体中随时间变化的共同机制和量化规律 | 生殖系和体细胞中的线粒体DNA异质性动态 | 机器学习 | 线粒体疾病, 衰老相关疾病 | 单细胞测序, mtDNA成像, 遗传筛选, mtDNA编辑技术 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2026-06-17 |
SECTOR: structural entropy-based learning of spatiotemporal organisation in spatial transcriptomics
2026-Jun-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag367
PMID:42296338
|
研究论文 | 提出基于结构熵的深度图学习框架SECTOR，统一空间转录组中的空间域检测和伪时间推断 | 首次将可微分结构熵目标函数应用于空间-表达融合图，结合空间总变分正则化，在一个框架内联合恢复离散空间域和连续伪时间趋势 | 当前方法强调轨迹连续性可能导致相邻域边界模糊并降低聚类准确性 | 开发一种轻量级、可扩展的深度学习方法，用于空间转录组数据的空间域检测和伪时间推断 | 七个基准数据集，涵盖标准和高分辨率空间转录组平台，包括人类乳腺癌和小鼠嗅球样本 | 计算机视觉 | 乳腺癌, 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | 深度图学习框架 | 基因表达数据 | 七个基准数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 23 | 2026-06-17 |
Endothelial-derived TWEAK drives granulosa cell apoptosis in PCOS via the Fn14-oxidative stress axis
2026-Jun-15, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2026.06.008
PMID:42296934
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞来源的TWEAK通过Fn14-氧化应激轴驱动多囊卵巢综合征中颗粒细胞凋亡的新机制 | 首次在PCOS中发现并验证内皮细胞与颗粒细胞间通过TWEAK-Fn14配体-受体对的细胞间通讯异常，并阐明其通过氧化应激促进颗粒细胞凋亡的作用机制 | 体外实验仅部分验证了机制，缺乏体内遗传学或药理学干预的验证数据 | 探索PCOS中卵巢内皮细胞与颗粒细胞间的异常通讯及其在颗粒细胞凋亡中的作用机制 | PCOS患者和小鼠模型中的卵巢内皮细胞与颗粒细胞 | 数字病理学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附测定, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 图像 | 小鼠模型：DHEA诱导的PCOS小鼠；人类数据：公共数据集GSE268919 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 小鼠单细胞RNA-seq数据集GSE268919 |
| 24 | 2026-06-17 |
Genetic interrogation reveals mechanisms regulating nexus glia development and shaping heart physiology
2026-Jun-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2026.05.010
PMID:42296972
|
研究论文 | 通过遗传学方法揭示斑马鱼心脏连接胶质细胞的发育机制及其对心脏生理的调控作用 | 首次通过大规模CRISPR筛选发现cdh6基因调控心脏连接胶质细胞数量，并揭示其通过钾通道依赖机制保护心脏免受疲劳 | 主要基于斑马鱼模型，人类心脏的适用性需进一步验证 | 探索心脏连接胶质细胞的发育机制及神经-心脏通讯的遗传架构 | 斑马鱼心脏连接胶质细胞和心肌细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | CRISPR筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | 斑马鱼胚胎心脏细胞（数量未指定） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于人类胚胎心脏细胞分析 |
| 25 | 2026-06-17 |
Spatial Transcriptomics Identifies Cytotoxic and Fibrotic Immune-Stromal Niches in Morphea and Eosinophilic Fasciitis
2026-Jun-15, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.05.030
PMID:42297130
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2026-06-17 |
A myeloid immunosuppressive phenotype defines primary refractoriness to atezolizumab Plus bevacizumab in hepatocellular caarcinoma
2026-Jun-15, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2026.05.018
PMID:42297215
|
研究论文 | 该文章分析了肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的原发性难治性，并鉴定了其免疫抑制性肿瘤微环境特征 | 首次在肝细胞癌中应用SITC标准定义原发性难治性，并系统揭示了由IFN-γ通路抑制、髓系极化异常和空间免疫结构改变组成的免疫分子特征 | 未说明具体限制，但可推断样本量和队列异质性可能存在限制 | 阐明肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗原发性难治性的生物学机制 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 成像质谱流式 | 条件推断树 | 图像, 文本, RNA表达数据 | 1296例真实世界患者和645例临床试验参与者（其中20例用于scRNA-seq，16例用于IMC） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2026-06-17 |
Single-Cell and Spatial Omics Uncover Disease-Specific Synovial Landscapes in Rheumatoid and Psoriatic Arthritis
2026-Jun-15, The Journal of rheumatology
IF:3.6Q2
DOI:10.3899/jrheum.2026-0375
PMID:42297438
|
研究论文 | 通过单细胞和空间组学揭示类风湿性关节炎和银屑病性关节炎的疾病特异性滑膜结构 | 首次通过多组学分析（单细胞RNA测序与空间转录组学）对比类风湿关节炎和银屑病关节炎，发现RA特异性基质-髓系-树突状细胞网络和PsA特异性CD8+ T细胞活化程序 | 未提及样本量大小及验证队列，空间转录组学分辨率可能限制细胞间相互作用细节的捕捉 | 揭示类风湿关节炎和银屑病关节炎滑膜免疫病理的差异机制，为精准治疗提供靶点 | 类风湿关节炎和银屑病关节炎患者的滑膜组织和外周血样本 | 数字病理学 | 类风湿关节炎, 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重复合免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 染色质开放性数据, 组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 28 | 2026-06-17 |
Spatial and network principles behind neural generation of locomotion
2026-Jun-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74228-0
PMID:42297824
|
研究论文 | 提出脊髓空间组织主导网络驱动的运动节律与模式的神经生成原理 | 通过不对称“墨西哥帽”连接模型（局部兴奋与远程抑制耦合纵向偏斜）和细胞类型横断面分域特性，首次揭示细胞类型-网络连接-功能行为的空间组织通用原则 | NA | 阐明运动神经生成的神经原理，特别是细胞类型、网络与功能之间的关系 | 小鼠脊髓中的神经元细胞类型及运动回路 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 表达数据, 空间分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 29 | 2026-06-17 |
An invariant VLR-like receptor refines the T-like cell framework in lamprey
2026-Jun-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74420-2
PMID:42297841
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学在七鳃鳗中发现一种恒定VLR样受体，细化了T样细胞框架 | 首次发现并表征了一种种系编码、不进行重组的恒定VLR样受体，揭示了其与VLRC共表达且协调多样化VLR的新模式 | 未明确阐述研究局限性 | 研究七鳃鳗中VLR多样性的细胞组织方式以及单个淋巴细胞整合多种VLR的机制 | 七鳃鳗（雷氏七鳃鳗）的淋巴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据 | 来自多组织的淋巴细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2026-06-17 |
Decoding regional keratinization in human oral mucosa through high-resolution spatial transcriptomics
2026-Jun-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-53276-y
PMID:42297861
|
研究论文 | 通过高分辨率空间转录组学解码人口腔黏膜区域角化 | 首次利用10x Genomics Visium HD平台构建人口腔黏膜牙龈结合部的高分辨率空间转录组图谱，揭示角化与非角化区域的基质-上皮互作机制 | 样本量有限（仅2名健康捐献者），且仅分析了牙龈结合部区域，未涵盖口腔其他部位 | 揭示人口腔黏膜围绕牙龈结合部的区域特异性角化分子机制 | 人口腔黏膜福尔马林固定石蜡包埋标本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 2名健康捐献者的牙龈结合部区域标本，包含2个角化和2个非角化区域 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium HD | 10x Genomics Visium HD平台分析福尔马林固定石蜡包埋标本 |
| 31 | 2026-06-17 |
Single-cell RNA sequencing of terminal ileal biopsies identifies signatures of Crohn's disease pathogenesis
2026-Jun-15, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-026-02634-7
PMID:42298187
|
研究论文 | 通过对末端回肠活检进行单细胞RNA测序，识别克罗恩病发病机制的特征 | 构建了大规模scRNA-seq数据集IBDverse，整合发现与验证队列，揭示干扰素驱动的上皮细胞MHC-I上调及ITGA4巨噬细胞作为关键炎症驱动因素 | 未提及 | 探索克罗恩病（CD）的分子基础，建立全面的细胞和分子框架 | 克罗恩病（CD）患者和健康对照者的末端回肠活检组织 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 111名克罗恩病患者和232名健康对照者，超过110万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-06-17 |
Bisphenol A exacerbates diabetic foot ulcers through disruption of immune microenvironment and repair processes: a multi-omics analysis of environmental exposure mechanisms
2026-Jun-15, Drug and chemical toxicology
IF:2.1Q3
DOI:10.1080/01480545.2026.2685282
PMID:42298305
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示双酚A通过破坏免疫微环境和修复过程加重糖尿病足溃疡的分子机制 | 首次系统分析环境污染物双酚A与糖尿病足溃疡的因果关系及其分子机制，并筛选出潜在拮抗剂药物 | 仅基于公共数据库的转录组数据，缺乏体外或体内实验验证 | 探索双酚A在糖尿病足溃疡中的分子机制并筛选拮抗剂 | 双酚A作用靶点和糖尿病足溃疡差异表达基因（来自GEO数据库） | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | NA | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2026-06-17 |
Phylogenetic tree inference from single-cell RNA sequencing data with SCITE-RNA
2026-Jun-15, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04123-w
PMID:42298641
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的系统发育树推断方法SCITE-RNA | 引入最大似然随机扫描贪婪搜索算法，在细胞谱系树和突变树表示之间交替优化以逃逸局部最优 | 标题和摘要中未提供 | 开发适用于单细胞RNA测序数据的系统发育树推断方法 | 单细胞RNA测序数据中的单核苷酸变异 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 最大似然随机扫描贪婪搜索 | 单细胞RNA测序数据 | 模拟数据、癌症单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-06-17 |
Analysis and validation of abnormal signaling pathways and immune cell infiltration characteristics in digestive system cancers based on peroxisome-related genes
2026-Jun-15, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-026-00861-w
PMID:42298691
|
研究论文 | 基于过氧化物酶体相关基因分析消化系统癌症中异常信号通路和免疫细胞浸润特征并验证其作用 | 首次系统构建并验证了以过氧化物酶体相关基因为基础的消化系统肿瘤特异性预后特征，并通过实验证实过氧化物酶体功能障碍可通过重编程脂质代谢克服肝细胞癌和结直肠癌的治疗抵抗 | 部分结果基于生物信息学分析，需进一步在更大队列或多癌种中验证 | 研究过氧化物酶体在消化系统癌症中的功能及其与肿瘤微环境和治疗抵抗的关系 | 消化系统癌症，包括肝细胞癌、结肠腺癌、直肠腺癌、胰腺腺癌、胃腺癌、食管腺癌、食管鳞状细胞癌和胆管癌 | 机器学习 | 消化系统癌症 | NA | Cox回归模型 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 包含多个癌症队列数据，具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2026-06-17 |
YAP/TAZ Drive Oral Leukoplakia Progression and Confer Ferroptosis Vulnerability
2026-Jun-15, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345261451778
PMID:42298963
|
研究论文 | 本研究发现YAP/TAZ过度激活驱动口腔白斑进展，并揭示其介导的铁死亡脆弱性，为治疗提供新策略 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出口腔白斑特异性细胞群体，揭示YAP/TAZ激活的双重作用：维持恶性特性同时赋予铁死亡脆弱性，并提出利用临床可用药物组合诱导铁死亡来间接靶向YAP/TAZ | 未提及具体局限性，但可能包括样本量有限或机制验证需进一步临床转化研究 | 阐明YAP/TAZ在口腔白斑进展和恶性转化中的机制，并探索铁死亡诱导治疗的可能性 | 口腔白斑患者样本及转基因小鼠模型中的口腔白斑恶性细胞 | 机器学习 | 口腔白斑 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 口腔白斑患者样本（具体数量未提及）及转基因小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 36 | 2026-06-17 |
Glioma microenvironment: Cellular crosstalk, immunosuppression, and novel therapeutic perspectives
2026-Jun-15, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000004151
PMID:42299115
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2026-06-17 |
Developmental and transcriptional programs that define the initiation of the forelimb
2026-Jun-12, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205397
PMID:42281473
|
研究论文 | 该研究利用高通量测序技术定义了小鼠前肢起始的发育和转录程序，鉴定出四个不同阶段，并发现一组受TBX5调控的候选早期转录靶基因 | 首次通过RNA-seq、scRNA-seq、ChIP-seq和Ribo-ITP等多种测序方法系统表征前肢起始的时序性转录程序，并鉴定出区别于其他细胞类型的前肢特征基因集，其中包含参与神经投射和细胞粘附的基因 | 未明确说明局限，但可能包括仅在小鼠胚胎中研究，以及未在功能上验证候选基因的调控机制 | 阐明脊椎动物前肢起始的分子机制，特别是TBX5依赖性转录调控 | 小鼠胚胎中体壁侧板中胚层（体壁LPM）的前肢起始过程 | 数字病理学 | 不适用 | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, Ribo-ITP | 不适用 | 转录组数据 | 小鼠胚胎，具体样本量未在摘要中说明 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 |
| 38 | 2026-06-17 |
A spatial and temporal atlas of tubulin isotype gene expression during vertebrate embryonic development
2026-Jun-11, Molecular biology of the cell
IF:3.1Q3
DOI:10.1091/mbc.E26-03-0116
PMID:42275208
|
研究论文 | 构建了脊椎动物胚胎发育过程中微管蛋白同型基因表达的时空图谱 | 首次在空间分辨率下描绘了脊椎动物神经嵴上皮-间充质转化过程中α-和β-微管蛋白同型基因的表达谱，并整合单细胞RNA测序数据揭示其多样性 | 需要进一步研究以确定转录模式与微管组成的关联 | 阐明脊椎动物胚胎发育过程中微管蛋白同型基因的时空表达模式 | 鸡胚中神经嵴上皮-间充质转化过程中的细胞和组织 | 数字病理学 | 不适用 | RNA-seq，单细胞RNA测序，荧光杂交链式反应 | 不适用 | 基因表达数据，图像 | 鸡胚不同发育阶段的多个组织样本 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 39 | 2026-06-17 |
Scalable hypothalamic neuron differentiation from human pluripotent stem cells suitable for modeling metabolic disorders
2026-Jun-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2026.102958
PMID:42276059
|
研究论文 | 提出一种化学定义、可扩展的方法，从人多能干细胞分化出富含POMC细胞的下丘脑神经元，用于代谢疾病模型研究 | 开发了与机器人细胞培养平台兼容的化学定义、可扩展分化方法，通过MERFISH、RNA-Seq、ATAC-Seq等多组学验证神经元身份，并展示与代谢疾病相关的特征 | 人工神经元可能无法完全复制体内成熟下丘脑的完整多样性及长期功能 | 建立可扩展、可重复的人下丘脑神经元模型，以研究代谢疾病并支持治疗开发 | 人多能干细胞分化的下丘脑神经元（富含POMC细胞） | 数字病理学 | 代谢疾病 | RNA-Seq, ATAC-Seq, MERFISH单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据, 染色质开放性数据, 图像（MERFISH） | 多个hPSC细胞系 | 10x Genomics (MERFISH), Illumina (测序) | 单细胞转录组学, 染色质可及性分析, 空间转录组学 | 10x Chromium (假设用于MERFISH), Illumina NovaSeq (假设用于测序) | MERFISH单细胞空间转录组, RNA-Seq全转录组测序, ATAC-Seq开放染色质分析 |
| 40 | 2026-06-17 |
Prognostic value and spatial transcriptomic landscape of histopathological growth patterns in synchronous colorectal liver metastases
2026-Jun-11, European journal of surgical oncology : the journal of the European Society of Surgical Oncology and the British Association of Surgical Oncology
DOI:10.1016/j.ejso.2026.111951
PMID:42296573
|
研究论文 | 本研究验证了组织学生长模式在结直肠癌肝转移中的预后价值，并利用空间转录组学揭示了不同生长模式背后的分子机制 | 首次将空间转录组学与组织学生长模式结合，发现两种截然不同的分子适应策略（血管生成限制 vs 代谢共选），为精准风险分层和靶向治疗提供了形态-分子基础 | 样本量相对有限（182例），且仅聚焦于同时性肝转移，空间转录组学数据来源于公共数据集而非本队列 | 验证组织学生长模式在同时性结直肠癌肝转移中的预后价值并探索其空间转录组学基础 | 同时性结直肠癌肝转移患者的手术切除组织标本 | 数字病理学 | 结直肠癌肝转移 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | 182例患者的手术切除标本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |