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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2025-12-27
Molecular architecture of mesoderm cells across early to middle stage of human embryo development at single-cell resolution
2025-Dec-25, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和ATAC测序,分析了人类胚胎7-17周期间中胚层细胞向心脏、肾脏、脾脏、肝脏和大脑分化的分子架构和关键分子事件 首次在单细胞分辨率下揭示了人类胚胎早期至中期中胚层细胞的分子架构,并识别了EGR1、RPL10P9+PTMAP5+和NDUFA4L2+A2M+等亚群在分化过程中的潜在作用 研究仅关注7-17周的人类胚胎,可能未覆盖更早期或更晚期的发育阶段,且样本数量有限 探究人类胚胎早期中胚层细胞分化的分子机制和关键事件 人类胚胎7-17周期间的中胚层细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 NA 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 人类胚胎7-17周期间的样本 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
22 2025-12-27
Distinct Single-Cell Expression Pattern of the Soluble Epoxide Hydrolase and Cytochrome p450 Epoxygenases in Human and Mouse Small Intestinal Epithelia
2025-Dec-25, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和原位杂交技术,首次绘制了人和小鼠小肠上皮中CYP-sEH轴酶的单细胞高分辨率表达图谱 首次在单细胞分辨率下揭示了人和小鼠小肠上皮中PUFA代谢酶(CYP-sEH轴)的细胞类型特异性表达模式及其在辐射损伤再生模型中的动态变化 研究主要基于表达图谱分析,酶的具体生物学功能和治疗相关性有待未来实验验证 阐明多不饱和脂肪酸代谢酶在小肠上皮中的表达模式及其在黏膜屏障稳态和损伤修复中的潜在作用 人和小鼠的小肠上皮细胞 单细胞组学 肠道疾病 单细胞RNA测序, RNAscope原位杂交 NA 单细胞RNA测序数据, 原位杂交图像 公开可用的单细胞RNA测序数据集及辐射诱导的小肠损伤再生模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
23 2025-12-27
Phospholipid scramblase 1 (PLSCR1) regulates interferon-lambda receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ signaling in influenza A virus (IAV) infection
2025-Dec-24, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究探讨了磷脂爬行酶1(PLSCR1)在甲型流感病毒(IAV)感染中如何通过调节干扰素-λ受体1(IFN-λR1)和干扰素-λ信号通路发挥抗病毒作用 揭示了PLSCR1通过结合Ifn-λr1启动子促进其表达,并在肺上皮细胞表面与IFN-λR1相互作用,调节IFN-λ信号,同时发现其脂质爬行酶活性对抗流感功能非必需,且单细胞RNA测序显示其在纤毛气道上皮细胞中特异性上调 仅在小鼠模型中进行研究,未在人类细胞或组织中验证,且机制细节如PLSCR1与IFN-λR1相互作用的具体结构域尚未完全阐明 阐明PLSCR1在IAV感染中的抗病毒机制,特别是其如何调节IFN-λ信号通路 甲型流感病毒(IAV)感染的小鼠模型和肺上皮细胞 分子生物学与病毒学 流感 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析 NA RNA测序数据、基因表达数据 小鼠模型(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
24 2025-12-27
Identification of coagulation-related hub genes in ischemic stroke based on bioinformatics integration analysis and investigation of their immune regulatory mechanisms
2025-Dec-24, European journal of medical research IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过生物信息学整合分析,识别了缺血性脑卒中中与凝血相关的枢纽基因,并探讨了其免疫调控机制 整合多个数据集和机器学习模型筛选枢纽基因,并利用单细胞RNA-seq技术定位基因在特定细胞簇中的表达,最终确定了C5AR1和MYH9两个关键基因在缺血性脑卒中血栓形成中的作用 研究依赖于公共数据集,样本量有限;RT-qPCR验证结果与部分数据集趋势不完全一致;机制研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 探究凝血相关基因在缺血性脑卒中发病机制中的作用,并寻找潜在的生物标志物和治疗靶点 缺血性脑卒中患者 生物信息学 缺血性脑卒中 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, 机器学习 随机森林, 梯度提升决策树, 支持向量机 基因表达数据 多个公共数据集(GSE16561, GSE9877, GSE58294, GSE224273)及临床样本 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
25 2025-12-27
Characterization of m6A-regulated targets and immune cells in dental caries: insights from multi-omics analysis
2025-Dec-24, European journal of medical research IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过整合多组学数据,探讨了m6A相关遗传位点与龋齿之间的因果关系,并提供了龋齿的单细胞转录组图谱 首次整合m6A-QTL数据、GWAS数据和单细胞RNA测序数据,系统研究了m6A修饰在龋齿发生中的作用,并利用孟德尔随机化方法揭示了特定免疫细胞特征与龋齿的因果关系 研究主要基于公开数据库和单细胞测序数据,需要进一步实验验证m6A修饰的具体分子机制 探讨m6A相关遗传变异与龋齿之间的因果关系,并分析龋齿发生中的免疫细胞特征 龋齿患者和健康个体的牙髓组织 生物信息学 龋齿 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 孟德尔随机化, 基因集富集分析 NA 基因组数据, 转录组数据 单细胞RNA测序包含53,595个细胞;孟德尔随机化分析包含161,113例病例和216,164例对照 NA 单细胞RNA-seq NA NA
26 2025-12-27
Crotonylation and the Risk of Head and Neck Cancer: Insights from a Two-Sample Mendelian Randomization Study
2025-Dec-24, International dental journal IF:3.2Q1
研究论文 本研究通过双样本孟德尔随机化分析,探讨了巴豆酰化相关基因表达与头颈癌风险的潜在因果关系 首次使用孟德尔随机化方法评估巴豆酰化相关基因(如GCDH、ACSS2、DPF2、HDAC7)与头颈癌风险的因果关系,并结合单细胞RNA测序和代谢组学进行多维度验证 研究结果需通过共定位分析和功能实验进一步验证,且未发现显著的代谢物介导因子 探究巴豆酰化修饰在头颈癌发生发展中的因果作用及潜在机制 头颈癌患者及正常对照的遗传数据、基因表达数据、代谢物和免疫细胞特征 生物信息学与遗传流行病学 头颈癌 双样本孟德尔随机化、表达数量性状位点分析、单细胞RNA测序、定量PCR、代谢组学分析 孟德尔随机化模型 遗传数据、基因表达数据、单细胞转录组数据、代谢组数据 基于TCGA等公共数据库的样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
27 2025-12-27
PlantscRNAdb 4.0: Improved marker identification and annotation under a cell type uniformity for plants
2025-Dec-24, Molecular plant IF:17.1Q1
研究论文 本研究介绍了植物单细胞RNA测序数据库PlantscRNAdb 4.0的更新,该版本整合了新的植物细胞类型本体论,并利用新开发的计算工具HCMarker和深度学习工具PCmaster_anno,显著提升了植物细胞类型标记基因的识别与注释能力 开发了新型计算工具HCMarker,采用多指标评分系统,实现了跨植物细胞类型的稳健且准确的标记基因识别;引入了基于深度学习的自动化注释工具PCmaster_anno;整合了新的植物细胞类型本体论(POCT),提供了更标准化的注释框架 未明确说明数据库所涵盖的物种和数据集是否具有代表性,也未提及工具在跨物种应用时的潜在局限性 构建和更新一个综合性的植物单细胞RNA测序数据库,以支持植物细胞异质性、基因表达和调控网络的高分辨率分析 33种植物物种的107个scRNA-seq数据集 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 深度学习 scRNA-seq数据 来自107个数据集的58,846个高置信度标记基因 NA 单细胞RNA-seq NA NA
28 2025-12-27
Resistance of endothelial cells to SARS-CoV-2 infection in vitro
2025-Dec-23, Journal of virology IF:4.0Q2
研究论文 本研究通过体外实验和单细胞RNA测序技术,证明了SARS-CoV-2病毒无法有效感染培养或原位的人内皮细胞 首次结合培养的内皮细胞和活体人肺切片中的原生内皮细胞,利用单细胞RNA测序追踪病毒存在,系统证明SARS-CoV-2对内皮细胞的直接感染性极低 研究为体外实验,可能无法完全模拟体内复杂的微环境;未探讨病毒变异株的长期影响 探究SARS-CoV-2病毒是否能够直接感染内皮细胞,以解释COVID-19相关的血管炎症和血栓形成 人内皮细胞(肺、主动脉来源)、内皮祖细胞、人肺切片中的原生内皮细胞、鼻上皮细胞 数字病理 心血管疾病 单细胞RNA测序、RT-qPCR、ELISA、荧光成像 NA RNA测序数据、图像数据、蛋白质表达数据 多种来源的内皮细胞及人肺切片组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
29 2025-12-27
Depletion of Fibrinogen Suppresses Growth of Primary Tumors and Metastasis of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Dec-23, Gastroenterology IF:25.7Q1
研究论文 本研究通过消耗纤维蛋白原,在胰腺导管腺癌模型中抑制了原发性肿瘤生长和早期转移 利用临床测试中的反义寡核苷酸或脂质纳米颗粒siRNA技术平台消耗纤维蛋白原,并结合蛋白质组学和空间转录组学分析其机制 纤维蛋白原消耗在脾内注射模型中不影响肝脏定植,表明其对晚期转移步骤无效 探究纤维蛋白原在胰腺导管腺癌生长和转移中的作用 胰腺导管腺癌患者来源的异种移植模型 数字病理学 胰腺癌 反义寡核苷酸、脂质纳米颗粒siRNA、蛋白质组学、空间转录组学 NA NA 3个PDAC患者来源的异种移植模型 NA 空间转录组学 NA NA
30 2025-12-27
Multi-omics profiling reveals an immunosuppressive plasma cell subset within tertiary lymphoid structures in cervical cancer
2025-Dec-23, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本研究通过多组学分析揭示了宫颈癌中三级淋巴结构内存在免疫抑制性浆细胞亚群 首次在宫颈癌中整合单细胞RNA测序、空间转录组学等多组学数据,鉴定出与免疫抑制相关的HSPA1B_PC浆细胞亚群,并发现其与三级淋巴结构中的免疫抑制性T细胞亚群空间共定位 研究主要基于观察性数据,功能验证实验有限,样本量相对较小,且未深入探讨浆细胞亚群的具体免疫抑制机制 探究宫颈癌肿瘤免疫微环境中B细胞(特别是浆细胞)的组成、转录状态及其在免疫抑制中的作用 宫颈癌患者组织样本中的B细胞和浆细胞亚群 数字病理学 宫颈癌 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 多重免疫荧光 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据, 免疫荧光图像 未明确具体样本数量,但涉及癌症和正常组织样本 NA 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq NA NA
31 2025-12-27
Maternal acute SARS-CoV-2 infection impairs preimplantation embryo development and reprograms the early offspring hematopoietic system
2025-Dec-23, Cell discovery IF:13.0Q1
研究论文 本研究探讨了母体急性SARS-CoV-2感染对胚胎植入前发育和子代早期造血系统的负面影响 首次通过单细胞RNA测序揭示了感染母体来源的形态正常囊胚存在发育延迟,并发现母体急性感染诱导胚胎异常甲基化模式,以及子代造血干细胞功能改变 研究样本量有限,且长期子代免疫功能影响需进一步追踪验证 探究母体急性SARS-CoV-2感染对胚胎发育和子代造血健康的分子机制 感染SARS-CoV-2母体的胚胎、胎盘组织和脐带血细胞 生殖医学与免疫学 SARS-CoV-2感染 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、全基因组DNA甲基化分析 NA 单细胞转录组数据、批量转录组数据、甲基化数据 未明确具体样本数量,但涉及感染母体的胚胎、胎盘和脐带血样本 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 全基因组DNA甲基化分析 NA NA
32 2025-12-27
Single-cell transcriptomics reveals notch regulation in quiescent LEPR⁺ endometrial mesenchymal stem cells
2025-Dec-23, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学揭示了LEPR⁺子宫内膜间充质干细胞(eMSCs)作为原始、静止的干细胞亚群,并发现Notch信号通路在维持其干细胞特性和静止状态中起关键作用 首次在子宫内膜间充质干细胞中鉴定出LEPR⁺原始、静止亚群,并阐明Notch信号通路通过JAG1和DLL1维持其表型和静止状态 研究主要基于体外培养细胞和已发表的单细胞数据,体内功能验证可能有限,且样本来源和数量未明确说明 探究子宫内膜中更原始、静止的间充质干细胞亚群的身份和调控机制 人类子宫内膜间充质干细胞(eMSCs),特别是CD140b⁺CD146⁺培养细胞和LEPR⁺亚群 单细胞转录组学 子宫内膜再生相关疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
33 2025-12-27
LONMF: a non-negative matrix factorization model based on graph Laplacian and optimal transmission for paired single-cell multi-omics data integration
2025-Dec-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 本研究提出了一种基于图拉普拉斯和最优传输的非负矩阵分解模型LONMF,用于整合配对单细胞多组学数据 LONMF结合图拉普拉斯和最优传输,提升了聚类性能和可解释性,在生物可解释性方面优于现有方法 未在摘要中明确提及 整合单细胞多组学数据以揭示细胞异质性并提供新的生物学视角 配对单细胞多组学数据,包括10X-multi-group、CITE-seq和TEA-multi-group seq 机器学习 NA 单细胞多组学测序 非负矩阵分解(NMF) 单细胞多组学数据 未在摘要中明确提及 10x Genomics 单细胞多组学 10X-multi-group NA
34 2025-12-27
HiSTaR: identifying spatial domains with hierarchical spatial transcriptomics variational autoencoder
2025-Dec-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本文提出了一种名为HiSTaR的分层空间转录组学变分自编码器,用于从空间转录组学数据中捕获多级潜在特征,以识别空间域并校正批次效应 HiSTaR采用多个分层块来捕获多级潜在特征,支持空间域识别、批次效应校正、轨迹分析和差异基因表达分析,无需外部工具即可整合多个组织切片 NA 开发一种计算工具以改进空间转录组学数据的分析,特别是空间域识别和批次效应校正 空间转录组学数据中的点(spots) 数字病理学 NA 空间转录组学 变分自编码器(VAE) 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
35 2025-12-27
Identification and experimental validation of biomarkers for acute myeloid leukemia based on single-cell RNA sequencing data
2025-Dec-23, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序、孟德尔随机化和基因调控网络分析,识别并实验验证了急性髓系白血病的生物标志物 结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和转录因子富集分析,首次识别出AIF1、CST7和ITGB2作为AML的生物标志物,并通过体外实验验证其功能 研究主要基于体外实验,缺乏体内验证;样本来源和数量可能限制结果的普适性 识别和验证急性髓系白血病的可靠生物标志物 急性髓系白血病(AML)相关的细胞和基因 数字病理学 白血病 单细胞RNA测序(scRNA-seq),孟德尔随机化(MR),基因调控网络分析,GSEA富集分析,细胞转染,细胞增殖实验,流式细胞术 NA 单细胞RNA测序数据 22,742个检测到基因表达的细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
36 2025-12-27
Myeloid AEG-1/MTDH drives inflammation and hepatocellular dysfunction in diet-induced steatohepatitis
2025-Dec-23, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本研究探讨了髓系细胞中AEG-1/MTDH在调控高脂高糖饮食诱导的代谢功能障碍相关脂肪性肝炎中的作用 首次在髓系细胞特异性敲除AEG-1的小鼠模型中,结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了AEG-1通过调控库普弗细胞和星状细胞等非实质细胞,影响肝脏炎症、纤维化和代谢功能的新机制 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证;且未详细探讨AEG-1在髓系细胞中的具体下游信号通路 探究髓系细胞中AEG-1在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎发展中的调控作用 髓系细胞特异性AEG-1敲除小鼠和对照小鼠,包括雄性和雌性个体 NA 脂肪性肝炎 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 使用同窝出生的髓系细胞特异性AEG-1敲除小鼠和AEG-1 floxed小鼠,分别饲喂对照饮食或高脂高糖饮食20周 NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq NA NA
37 2025-12-27
Therapeutic reprogramming of circulating myeloid cells via signal regulatory protein α extracellular vesicles in acute kidney injury
2025-Dec-23, Kidney international IF:14.8Q1
研究论文 本文探讨了通过表达高亲和力信号调节蛋白α变体的细胞外囊泡靶向CD47,以治疗急性肾损伤的免疫调节策略 开发了表达高亲和力SIRPα变体的细胞外囊泡,用于系统性靶向循环髓系细胞中的CD47,实现免疫调节和组织修复 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且长期疗效和安全性需进一步评估 研究旨在开发一种针对急性肾损伤的免疫调节治疗方法 人类急性肾损伤样本和小鼠模型(顺铂和双侧缺血/再灌注) 数字病理学 急性肾损伤 单细胞RNA测序,CD47蛋白染色 NA RNA测序数据,蛋白质染色图像 人类急性肾损伤标本和两种小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
38 2025-12-27
Parabacteroides goldsteinii mitigates parkinsonism in LRRK2 mutant mice by reducing neuroinflammation through Gut-Brain axis
2025-Dec-23, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本文研究了Parabacteroides goldsteinii通过肠-脑轴减轻LRRK2突变小鼠帕金森病症状的作用机制 首次证明在运动症状出现前定植P. goldsteinii可通过非经典IL-12受体途径提供神经营养支持,并抑制小胶质细胞活化和LRRK2激酶活性 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证;且仅针对LRRK2 G2019S突变,未涵盖其他帕金森病亚型 探究P. goldsteinii在帕金森病早期阶段对疾病进展的影响 携带LRRK2 G2019S突变的无菌小鼠 神经科学 帕金森病 空间转录组分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、光谱流式细胞术、细胞生物能量分析 NA RNA测序数据、细胞表型数据、细胞能量代谢数据 LRRK2 G2019S突变小鼠模型 NA 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组学 NA NA
39 2025-12-27
Exploring the role of CCT7 in prognosis, cell cycle regulation, and immune microenvironment remodeling of lung adenocarcinoma based on multi-omics datasets and functional experiments
2025-Dec-20, Biochimica et biophysica acta. General subjects
研究论文 本研究基于多组学数据集和功能实验,探讨了CCT7在肺腺癌预后、细胞周期调控及免疫微环境重塑中的作用 首次系统性地将CCT7与肺腺癌的细胞周期调控(通过FOXM1-POLE2通路)、免疫微环境重塑(抑制性T细胞变化)及药物敏感性联系起来,并揭示了hsa-miR-145-5p的负调控机制 研究主要依赖于公共数据集和细胞系实验,缺乏大规模临床样本验证和体内动物模型实验 探索CCT7作为肺腺癌新型分子标志物和治疗靶点的临床潜力 肺腺癌患者的多组学数据、A549/H1229肺腺癌细胞系 生物信息学与计算生物学 肺腺癌 单细胞RNA测序、miRNA调控研究、药物敏感性分析 NA mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据、药物敏感性数据 基于TCGA、GSE118370、CPTAC和HPA多个公共数据集,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
40 2025-12-27
Novel insight into the gene etiology of ulcerative colitis gained from transcriptome association study and single-cell sequence analysis
2025-Dec-19, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 本研究通过整合转录组关联研究和单细胞测序分析,识别了与溃疡性结肠炎易感性相关的基因及其富集的细胞类型 结合跨组织转录组关联研究、功能汇总推断、多标记基因组注释分析和孟德尔随机化验证,系统识别UC易感基因,并利用单细胞RNA测序确定这些基因在特定细胞类型中的富集 研究主要基于公共数据库的GWAS和基因表达数据,可能受样本异质性和数据质量影响,且未进行实验验证 识别溃疡性结肠炎的易感基因及其表达的特定细胞类型 溃疡性结肠炎患者相关的基因和细胞类型 生物信息学 溃疡性结肠炎 转录组关联研究、功能汇总推断、多标记基因组注释分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序 NA 基因表达矩阵、GWAS数据、单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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