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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-08-04 |
SMAD4 and KRAS Status Shapes Cancer Cell-Stromal Cross-Talk and Therapeutic Response in Pancreatic Cancer
2025-04-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2330
PMID:39841099
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析SMAD4缺失与KRAS突变状态对胰腺癌肿瘤微环境和治疗反应的影响 | 首次揭示了SMAD4缺失在KRASG12D和KRASG12V驱动的胰腺癌中对肿瘤微环境的不同调控机制,特别是JAK/STAT信号通路的依赖性差异 | 研究主要基于小鼠模型的临床前数据,尚需在人类胰腺癌样本中进一步验证 | 阐明SMAD4丢失和KRAS突变状态如何塑造胰腺癌细胞与基质细胞的相互作用及治疗反应 | 胰腺导管腺癌小鼠模型,包括KRASG12D或KRASG12V突变,Smad4野生型或缺失 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种小鼠模型的肿瘤样本,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 22 | 2026-08-04 |
Single-Cell Analyses Reveal a Functionally Heterogeneous Exhausted CD8+ T-cell Subpopulation That Is Correlated with Response to Checkpoint Therapy in Melanoma
2025-04-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3918
PMID:40042995
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析发现,晚期黑色素瘤患者中CD8+肿瘤浸润淋巴细胞中PD-1和CTLA4共表达(CPHi)比例≥20%与PD-1单药治疗的客观缓解率和生存期改善相关,并揭示该细胞群内部存在功能异质性的多个亚群 | 首次将CPHi CD8+ TIL亚群与黑色素瘤检查点治疗反应相关联,并利用单细胞和 bulk RNA测序揭示了该亚群内部的异质性,挑战了以往仅关注祖细胞样耗竭T细胞的共识 | 摘要未提及具体局限性,如样本量、验证队列或机制验证等 | 评估PD-1+CTLA4+ CD8+ TIL亚群(CPHi)在黑色素瘤中预测检查点抑制剂治疗反应的价值,并解析其细胞组成 | 晚期黑色素瘤患者的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞(TIL) | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据(单细胞和bulk) | 晚期黑色素瘤患者样本(具体数量未给出) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 23 | 2026-08-04 |
Lineage Tracing and Single-Cell RNA Sequencing Reveal a Common Transcriptional State in Breast Cancer Tumor-Initiating Cells Characterized by IFN/STAT1 Activity
2025-04-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4022
PMID:40230213
|
研究论文 | 结合谱系追踪和单细胞RNA测序,揭示乳腺癌肿瘤起始细胞中由IFN/STAT1活性表征的共同转录状态 | 开发了一种STAT响应性谱系追踪系统,并结合单细胞RNA测序,首次在单细胞水平上识别出与肿瘤起始细胞相关的IFN/STAT1转录状态 | 该方法未能检测到所有基底样三阴性乳腺癌异种移植模型中的肿瘤起始细胞 | 了解肿瘤起始细胞的分子表型,并探索选择性靶向肿瘤起始细胞的策略 | 人类三阴性乳腺癌肿瘤起始细胞 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个异种移植模型及临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2026-08-04 |
Whole-exome sequencing association study reveals genetic effects on tumor microenvironment components in nasopharyngeal carcinoma
2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182768
PMID:39744943
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研究论文 | 该文章通过全外显子组关联研究,揭示了鼻咽癌的遗传易感位点及其对肿瘤微环境组分的影响 | 首次进行大规模鼻咽癌全外显子组关联研究,发现三个新遗传变异,并引入精细复合多基因风险评分,结合多组学数据揭示遗传变异与EBV和内皮细胞等肿瘤微环境组分的相互作用 | 摘要未明确提及研究的局限性 | 探究鼻咽癌的遗传结构及其对肿瘤微环境的影响,以促进个性化风险评估、早期诊断和靶向治疗 | 鼻咽癌患者和健康对照的遗传样本,以及肿瘤转录组和单细胞数据 | 基因组学 | 鼻咽癌 | 全外显子测序,批量转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因变异数据,转录组数据,单细胞表达数据 | 6,969例鼻咽癌病例和7,100例对照,批量转录组数据356例,单细胞RNA测序数据56例 | NA | 全外显子测序,批量RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2026-08-04 |
Genetic analysis uncovers potential mechanisms linking juvenile ldiopathic arthritisto breast cancer: A Bioinformatic Pilot study
2025-01, Cancer genetics
IF:1.4Q4
DOI:10.1016/j.cancergen.2024.09.004
PMID:39729926
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研究论文 | 通过生物信息学分析,探究幼年特发性关节炎与乳腺癌风险之间的潜在关联机制。 | 首次利用共识机器学习标记和单细胞RNA测序数据分析,揭示JIA与乳腺癌风险增加之间的潜在机制。 | 作为初步研究,缺乏实验验证,且样本来源有限,结论需进一步证实。 | 探究幼年特发性关节炎对癌症风险的影响机制。 | 幼年特发性关节炎相关基因及其在乳腺癌中的表达。 | 生物信息学 | 幼年特发性关节炎、乳腺癌 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析、共识机器学习 | 基因表达数据 | 未在标题和摘要中明确说明 | 未明确说明 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-08-04 |
Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment
2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629650
PMID:39764057
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研究论文 | 介绍了一种名为IN-DEPTH的同一张切片空间多组学整合方法,并结合SGCC分析,揭示了EBV阳性与阴性弥漫大B细胞淋巴瘤中肿瘤微环境的空间重组和免疫调节轴 | 提出IN-DEPTH方法,实现了同一张切片上单细胞空间蛋白质组学和转录组学的无缝整合,且不损失RNA信号;引入k-带限谱图互相关(SGCC)用于整合空间多组学分析,支持多模态洞察 | 摘要中未提及明确的局限性,可能包括方法的可扩展性或对特定平台依赖等 | 开发一种资源高效、可扩展的空间多组学方法,以解析肿瘤微环境中的空间组织和细胞间相互作用 | 淋巴组织和EBV阳性及阴性弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)肿瘤微环境 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、机器学习 | 弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL) | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | SGCC(谱图跨相关) | 空间转录组和蛋白质组数据、图像 | 样本包括淋巴组织和DLBCL肿瘤样本,具体数量未在摘要中说明 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 27 | 2026-08-04 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
|
研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析致心律失常性心肌病(ACM)患者心肌样本,发现炎症-纤维化微环境与心肌细胞丢失相关,并验证了靶向IL-1β可减轻疾病进展。 | 首次结合snRNAseq和空间转录组学揭示ACM中炎症-纤维化生态位,并证明抗IL-1β中和抗体在动物模型中有治疗潜力。 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本,抗IL-1β治疗的临床效果需进一步验证;未详细探讨不同ACM基因突变类型间的差异。 | 探究ACM疾病进展中的分子机制,特别是炎症和纤维化微环境的角色,并评估IL-1β靶向治疗的可行性。 | ACM患者和对照供体的心肌样本,以及携带Desmoglein-2突变(Dsg2mt/mt)的小鼠模型。 | 数字病理学,转录组学 | 致心律失常性心肌病(ACM) | 单核RNA测序(snRNAseq),空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | ACM患者和对照供体的心肌样本(具体数量未给出),以及Dsg2mt/mt小鼠模型。 | NA | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 28 | 2026-08-04 |
Cell state transitions are decoupled from cell division during early embryo development
2024-12, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-024-01546-0
PMID:39516639
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析,发现细胞分裂在早期胚胎发育中对分化并非必需,但会减缓某些细胞类型的分化并引发应激反应 | 首次通过两种独立方法在斑马鱼胚胎中抑制细胞周期并结合单细胞转录组分析,系统揭示细胞分裂与分化解耦的机制 | 未提供具体局限性信息 | 确定细胞分裂在胚胎发育分化中的作用 | 斑马鱼胚胎,涵盖早期原肠胚至体节形成结束阶段 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 未提供具体样本数量 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 29 | 2026-08-04 |
Unraveling the molecular architecture of autoimmune thyroid diseases at spatial resolution
2024-07-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50192-5
PMID:39003267
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研究论文 | 利用空间转录组学解析自身免疫性甲状腺疾病(如格雷夫斯病和桥本甲状腺炎)的分子结构、细胞异质性及空间分布 | 首次在空间分辨率下揭示AITD中受损的抗原呈递甲状腺滤泡细胞(CD74和MIF高表达)及两种成纤维细胞亚群(ADIRF肌成纤维细胞和炎性成纤维细胞)的分布,并发现窗孔状PLVAP血管在GD中增加 | 未提供具体样本量及功能验证实验,仅基于转录组数据推断细胞亚群功能 | 探索自身免疫性甲状腺疾病中甲状腺组织内不同细胞类型(如滤泡细胞、基质细胞、免疫细胞)的分子结构、异质性和空间位置,以揭示疾病发病机制 | 自身免疫性甲状腺疾病(格雷夫斯病和桥本甲状腺炎)患者的甲状腺组织样本 | 空间转录组学 | 自身免疫性甲状腺疾病(包含格雷夫斯病和桥本甲状腺炎) | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA(未报告具体样本数量) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2026-08-04 |
Therapeutic potential of the secreted Kazal-type serine protease inhibitor SPINK4 in colitis
2024-07-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50048-y
PMID:38997284
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现SPINK4在结肠炎中动态变化,并验证其作为IBD血清标志物及治疗靶点的潜力 | 首次揭示SPINK4在结肠炎中的动态调控机制,证明其通过Kazal样基序调节EGFR-Wnt/β-catenin和Hippo通路促进杯状细胞分化,并与TNF-α抑制剂英夫利昔单抗具有协同治疗潜力 | 未明确提及研究局限性 | 探索SPINK4在结肠炎中的治疗潜力及其作为IBD生物标志物的可行性 | 结肠炎小鼠模型及IBD患者 | 自然语言处理 | 炎症性肠病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2026-08-04 |
Single-cell RNA sequencing reveals plasmid constrains bacterial population heterogeneity and identifies a non-conjugating subpopulation
2024-07-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49793-x
PMID:38997267
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术,研究了质粒对细菌群体异质性的影响,并鉴定出一个不转录接合转移基因的亚群。 | 首次利用微生物分裂-池连接转录组学在单细胞水平揭示质粒对细菌亚群形成的约束作用,并识别出非接合亚群。 | 摘要中未提及局限性。 | 探究质粒与宿主相互作用对细菌群体转录异质性的影响。 | 同源细菌群体及其携带的质粒。 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(微生物分裂-池连接转录组学) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-08-04 |
A fibroblast-dependent TGF-β1/sFRP2 noncanonical Wnt signaling axis promotes epithelial metaplasia in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-07-09, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174598
PMID:38980870
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和类器官模型,揭示了成纤维细胞依赖的TGF-β1/sFRP2非经典Wnt信号轴在特发性肺纤维化中促进上皮化生的机制 | 首次发现sFRP2是TGF-β1的新型成纤维细胞靶基因,并阐明其通过非经典Wnt信号激活AEC2向基底细胞转化的机制 | 研究主要基于离体模型和活检组织,体内动态过程仍需进一步验证 | 阐明肺泡成纤维细胞与上皮细胞之间的相互作用在肺纤维化上皮化生中的机制,并评估EGCG的治疗潜力 | 间质性肺病患者的活检组织、非患病供体组织、AEC2-成纤维细胞共培养类器官和精密切割肺切片 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | 包含ILD患者、非患病供体和终末期ILD患者的活检样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 33 | 2026-08-04 |
Disease-specific T cell receptors maintain pathogenic T helper cell responses in postinfectious Lyme arthritis
2024-07-04, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI179391
PMID:38963700
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研究论文 | 本研究通过高通量T细胞受体测序和单细胞RNA测序,揭示了感染后莱姆关节炎中疾病特异性T细胞受体维持致病性T辅助细胞反应的分子机制 | 首次在欧洲队列中鉴定出与HLA-DRB1*11或*13等位基因相关的特异性TCR-β基序,并将其作为疾病特异性T细胞的替代标志物,连接了TCR特异性与转录模式 | 未明确提及局限性,但可能包括样本量、地域差异或无法直接验证抗原特异性 | 阐明抗生素难治性莱姆关节炎中疾病特异性T辅助细胞的分子程序 | 欧洲ARLA患者关节中的CD4+ T辅助细胞 | 免疫学, 单细胞测序 | 莱姆关节炎 | 流式细胞术, 高通量T细胞受体测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, TCR序列数据 | 未明确提供具体数字,但涉及欧洲ARLA患者关节样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序用于CD4+ T细胞转录组分析 |
| 34 | 2026-08-04 |
Unveiling mitochondrial and ribosomal gene deregulation and tumor microenvironment dynamics in acute myeloid leukemia
2024-07, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-024-00788-2
PMID:38806621
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研究论文 | 通过重新分析急性髓系白血病患者的单细胞RNA测序数据,揭示了线粒体和核糖体基因的失调以及肿瘤微环境的动态变化,并构建了预后模型 | 利用基于机器学习的scVI工具和WGCNA分析,识别出与有氧呼吸和核糖体/胞质翻译相关的基因模块失调,并通过CellChat揭示免疫信号通路的失衡,构建了基于10个基因的Cox和人工神经网络预后模型 | 未提供明确的局限性信息 | 理解白血病细胞与肿瘤微环境的相互作用,以预测预后并指导治疗 | 急性髓系白血病患者样本中的造血干细胞、多能祖细胞和自然杀伤细胞 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型, 人工神经网络 | 单细胞基因表达数据 | CSC和G20队列,具体样本数未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2026-08-04 |
Single-cell RNA sequencing in exploring the pathogenesis of diabetic retinopathy
2024-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1751
PMID:38946005
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在探索糖尿病视网膜病变发病机制中的应用,涵盖差异表达基因鉴定、关键细胞亚群特征、细胞间通讯研究和与全基因组关联研究的整合,并讨论了未来挑战和期望 | 系统总结了scRNA-seq在DR研究中的四个关键应用方向,并强调了其与全基因组关联研究整合以识别与DR风险遗传位点最相关细胞类型的创新方法 | 未提及具体局限性,但讨论了未来挑战,如需要针对特定患者亚群和整合单细胞与空间多组学方法 | 总结scRNA-seq在探究糖尿病视网膜病变发病机制中的应用,并展望未来研究方向 | 糖尿病视网膜病变患者、非人灵长类动物和常用小鼠模型 | 基因组学, 单细胞生物学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 未明确说明具体样本数量,但提及了患者、非人灵长类和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 36 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing reveals alterations in the differentiation of bone marrow haematopoietic cells in patients with paroxysmal nocturnal haemoglobinuria
2024-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1671
PMID:38924689
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2026-08-04 |
The ω-3 Polyunsaturated Fatty Acid Docosahexaenoic Acid Enhances NK-Cell Antitumor Effector Functions
2024-06-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0359
PMID:38526128
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研究论文 | 本研究探讨了ω-3多不饱和脂肪酸二十二碳六烯酸(DHA)通过增强NK细胞的抗肿瘤效应功能来抑制肿瘤生长的免疫调节作用 | 首次从免疫调节角度揭示DHA通过上调NK细胞中PGC-1α信号介导的线粒体氧化磷酸化活性来增强其抗肿瘤功能 | 研究主要基于小鼠模型,未在人体中进行验证;且未深入探讨DHA对其他免疫细胞类型的潜在长期影响 | 探究DHA是否通过免疫调节,特别是增强NK细胞功能,来抑制肿瘤生长 | 小鼠模型中的自然杀伤(NK)细胞,以及B16F10黑色素瘤肿瘤模型 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,涉及小鼠模型和体外NK细胞实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2026-08-04 |
Comprehensive pan-cancer analysis of mitochondrial outer membrane permeabilisation activity reveals positive immunomodulation and assists in identifying potential therapeutic targets for immunotherapy resistance
2024-06, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1735
PMID:38899748
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研究论文 | 通过泛癌分析揭示线粒体外膜透化(MOMP)活性对免疫调节和免疫治疗响应的积极作用,并识别免疫治疗耐药潜在靶点 | 首次进行MOMP活性的泛癌综合分析,开发了MOMP.Sig特征以精确反映肿瘤MOMP活性,并整合CRISPR筛选识别FOXO1作为免疫治疗耐药的核心调节因子 | 未明确提及局限性 | 探讨肿瘤MOMP活性对免疫微环境和免疫治疗的影响,并识别克服免疫治疗耐药的潜在靶点 | 30种癌症类型的转录组队列、20个免疫治疗转录组队列、三个免疫治疗scRNA-seq数据集、65个scRNA-seq数据集以及皮肤黑色素瘤和三阴性乳腺癌患者的临床免疫治疗队列 | 机器学习 | 泛癌(包括皮肤黑色素瘤、三阴性乳腺癌) | RNA-seq, scRNA-seq | 机器学习模型 | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 30种癌症类型的转录组队列、20个免疫治疗转录组队列、3个免疫治疗scRNA-seq数据集、65个scRNA-seq数据集、2个临床免疫治疗队列 | NA | RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2026-08-04 |
miR-124-3p and miR-194-5p regulation of the PI3K/AKT pathway via ROR2 in medulloblastoma progression
2024-06, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-024-00762-y
PMID:38632356
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术,发现miR-124-3p和miR-194-5p通过调控ROR2/PI3K/AKT通路抑制髓母细胞瘤进展 | 首次利用单细胞RNA测序鉴定ROR2在正常人类胎儿小脑中的表达,并揭示miR-124-3p和miR-194-5p协同调控ROR2/PI3K/AKT通路的新机制 | 未提及具体局限性 | 探究miRNAs在髓母细胞瘤发生发展中的具体作用机制 | 人类胎儿小脑组织、髓母细胞瘤组织及细胞系 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、qRT-PCR、Western blot、双荧光素酶报告基因 | NA | 基因表达数据、蛋白表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2026-08-04 |
Living in Syn: T Cell Antigen Identification Based on Synapse Sequencing
2024-05-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0239
PMID:38557780
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评论文章 | 本文评论了Jin等人开发的新型T细胞抗原发现平台Tsyn-seq,该平台基于测序TCR-肽-HLA诱导的突触进行全基因组表位筛选 | 介绍了基于突触测序的T细胞抗原发现新平台Tsyn-seq,该平台通过测序TCR-肽-HLA诱导的突触实现全基因组表位筛选 | 文中未提及具体局限性 | 评论一种新的T细胞抗原发现平台Tsyn-seq及其在表位筛选中的应用 | T细胞受体与肽-HLA复合物诱导的突触 | 生物信息学、免疫学 | NA | 单细胞RNA测序、突触测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |