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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-12-01 |
The PIK3C3/MAPK14 axis drives M1 polarization via autophagy Inhibition to exacerbate Sepsis-Induced acute lung injury
2025-Nov-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27088-5
PMID:41318541
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研究论文 | 本研究揭示了PIK3C3/MAPK14信号轴通过抑制自噬驱动巨噬细胞M1极化加剧脓毒症诱导的急性肺损伤 | 首次发现PIK3C3-MAPK14信号轴通过调控自噬影响巨噬细胞极化在ALI中的关键作用 | 机制研究主要基于体外实验,需要更多体内实验验证 | 阐明脓毒症诱导急性肺损伤中巨噬细胞自噬失调的分子机制 | 巨噬细胞自噬调控机制 | 机器学习 | 急性肺损伤 | 机器学习转录组分析, 单细胞测序, 分子对接, 动力学模拟, Western Blot, RT-qPCR, 流式细胞术, ELISA, RNA pull-down | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学整合 | NA | NA |
| 22 | 2025-12-01 |
Epithelial pyroptosis-induced TREM1+ macrophages activate Th17 cells to accelerate oral mucosal inflammation
2025-Nov-29, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02853-7
PMID:41318555
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组等技术揭示了上皮细胞焦亡诱导的TREM1+巨噬细胞通过激活Th17细胞加速口腔黏膜炎症的机制 | 首次发现上皮细胞焦亡诱导的TREM1+巨噬细胞在口腔慢性炎症中的关键作用,并建立了ORGUAMIA在线数据库 | NA | 研究口腔慢性炎症的发病机制 | 口腔黏膜组织 | 单细胞生物学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序,空间转录组,多重免疫组化,细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,批量RNA测序数据 | 大型临床随访队列 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组,批量RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2025-12-01 |
Single-cell transcriptomic datasets of the amphibious plant Water wisteria
2025-Nov-29, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-06341-6
PMID:41318588
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了水蓑衣在陆生和水生环境下的叶片细胞基因表达模式 | 首次在异形叶性研究中使用水蓑衣作为模式植物,并应用单细胞转录组技术解析其环境适应性分子机制 | 未明确说明样本具体数量,且作为新兴模式植物其分子机制研究基础较为薄弱 | 探索异形叶性现象的分子机制和植物环境适应性 | 水蓑衣(Hygrophila difformis)的陆生和水生茎部原生质体 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2025-12-01 |
CD74+CCL5+ effector CD8+ T cells drive mucosal inflammation and predict biologics response in inflammatory bowel disease
2025-Nov-29, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07509-9
PMID:41318676
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现CD74+CCL5+效应CD8+T细胞是驱动炎症性肠病黏膜炎症的关键细胞亚群,并开发了预测生物制剂治疗反应的六基因模型 | 首次系统识别CCL5+效应CD8+T细胞作为IBD关键致病细胞,建立基于六基因的诊断和治疗反应预测模型 | 样本量相对有限,需要更大规模队列验证,外周血变化不如组织明显 | 识别驱动IBD发病的免疫细胞亚群和分子程序,开发治疗反应预测生物标志物 | 炎症性肠病患者和健康对照的结肠组织及外周血样本 | 单细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序, 转录组反卷积, 孟德尔随机化, 肠道微生物组分析, 免疫组织化学, 流式细胞术 | 六基因预测模型 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 基因组数据, 微生物组数据, 组织图像, 流式细胞数据 | 12名IBD患者和10名健康对照的结肠组织,7名IBD患者和12名健康个体的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 微生物组分析 | NA | NA |
| 25 | 2025-12-01 |
Preoperative pembrolizumab (anti-PD-1 antibody) combined with chemoradiotherapy for esophageal squamous cell carcinoma: a phase 1/2 trial (PALACE-2)
2025-Nov-28, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02477-4
PMID:41309527
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研究论文 | 本研究评估了术前帕博利珠单抗联合放化疗治疗局部晚期可切除食管鳞癌的疗效和安全性 | 首个大规模多中心1/2期试验报告帕博利珠单抗联合放化疗在食管鳞癌中的短期结果,并发现IL-6水平可作为治疗反应预测指标 | 短期疗效未优于新辅助放化疗,需要更长期随访数据验证生存获益 | 评估帕博利珠单抗联合放化疗在局部晚期可切除食管鳞癌中的治疗效果和安全性 | 局部晚期可切除食管鳞癌患者 | 临床医学 | 食管鳞癌 | 单细胞RNA测序,细胞因子分析,体内实验 | 小鼠肿瘤模型 | 临床数据,分子数据,实验数据 | 143名入组患者,140名接受新辅助治疗,125名接受手术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2025-12-01 |
T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3-mediated immunomodulation in myeloid cells and keratinocytes in the development of severe acne
2025-Nov-27, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-025-00367-3
PMID:41307843
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TIM3在重度痤疮发展中作为免疫检查点的潜在作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合孟德尔随机化分析揭示TIM3在重度痤疮中的免疫调节功能 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探究TIM3在重度痤疮发病机制中的免疫调节作用 | 重度痤疮患者皮肤样本、人永生化角质形成细胞(HaCaT)、痤疮丙酸杆菌诱导的小鼠模型 | 单细胞组学 | 痤疮 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 孟德尔随机化分析, 多重免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫组织化学图像 | 重度痤疮、普通痤疮和正常皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2025-12-01 |
Neuroectoderm-derived iris muscle characterization at the single-cell resolution in native human iris and a pluripotent stem cell eye model
2025-Nov-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65653-8
PMID:41309590
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较了天然人虹膜与多能干细胞眼模型中神经外胚层来源的虹膜肌肉特征 | 首次在单细胞分辨率下描述人虹膜肌肉的转录特征,并建立了多能干细胞来源的虹膜肌肉模型 | 研究主要基于体外模型,与体内真实发育环境存在差异 | 研究神经外胚层来源的虹膜肌肉的发育机制和转录特征 | 人天然虹膜组织和多能干细胞分化的虹膜肌肉 | 发育生物学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 天然成人虹膜组织和多能干细胞分化的虹膜肌肉样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2025-12-01 |
Spatial gene expression profiling reveals the distinct microenvironment of tuberous sclerosis complex-associated angiomyolipoma
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26541-9
PMID:41309810
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤的独特微环境特征 | 首次使用空间转录组技术比较TSC-AML、散发性AML和肾细胞癌的转录景观,识别出TSC特异性分子特征 | 研究仅基于单例样本设计,样本量有限 | 表征结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤的转录特征并识别TSC特异性分子标志物 | 结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤、散发性肾血管平滑肌脂肪瘤和肾细胞癌组织样本 | 空间转录组学 | 结节性硬化症相关肾肿瘤 | 空间转录组测序 | 无监督聚类分析 | 空间基因表达数据 | 3例样本(TSC-AML、散发性AML和RCC各1例) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | CytAssist Visium平台,使用福尔马林固定石蜡包埋组织切片 |
| 29 | 2025-12-01 |
Cathepsin B as a potential serum biomarker for early diagnosis and progression of diabetic foot ulcer complicated with peripheral vascular disease
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26599-5
PMID:41309848
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现组织蛋白酶B可作为糖尿病足溃疡合并外周血管疾病的潜在血清诊断标志物 | 首次通过单细胞转录组分析鉴定CTSB在DFU合并PVD血管内皮细胞中的富集,并验证其血清检测价值 | 样本量有限,需要更大规模临床研究验证CTSB的诊断效能 | 探索糖尿病足溃疡合并外周血管疾病的潜在血清生物标志物 | 糖尿病足溃疡合并外周血管疾病患者 | 生物医学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞转录组分析,免疫组化,ELISA,临床相关性分析,血管生成实验,CCK8实验,划痕实验 | NA | 基因表达数据,血清样本,组织样本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2025-12-01 |
Multi-omics and experimental validation identify methylation-related genes and METTL16 as key regulators in diabetic foot ulcer pathogenesis
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26306-4
PMID:41310324
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证,系统研究了甲基化相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用,并确定METTL16作为关键调控因子 | 首次系统鉴定糖尿病足溃疡中的甲基化相关基因,发现METTL16在成纤维细胞功能和细胞间通讯中的动态作用,并验证其保护性功能 | 研究主要基于公共数据集和体外细胞实验,需要进一步体内验证和临床样本验证 | 研究甲基化相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用及其诊断和治疗潜力 | 糖尿病足溃疡组织样本和高糖处理的人皮肤成纤维细胞 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 多组学分析,RNA测序,单细胞RNA测序,微阵列,机器学习算法 | LASSO,GBM,SVM-RFE,随机森林 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 多个公共数据集中的糖尿病足溃疡组织和细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2025-12-01 |
Multimodal single cell analyses reveal gene networks of planarian stem cell differentiation
2025-Nov-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65712-0
PMID:41310370
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组和染色质可及性数据,揭示涡虫干细胞分化的基因调控网络 | 首次在涡虫中整合单细胞转录组和染色质可及性数据,识别驱动多细胞类型分化的转录因子和调控逻辑 | 基于计算推断的基因调控网络需要实验验证,未涉及大规模功能扰动实验 | 解析涡虫干细胞分化的基因调控机制 | 涡虫干细胞及其分化细胞类型 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞转录组测序, 单细胞染色质可及性分析 | 基因调控网络推断 | 单细胞RNA-seq数据, 单细胞ATAC-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-12-01 |
Senescent SPP1+ macrophages remodel the tumor microenvironment and promote the progression of early-stage lung adenocarcinoma featured with mixed ground glass nodule
2025-Nov-27, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02497-2
PMID:41310768
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现衰老SPP1+巨噬细胞在混合磨玻璃结节型早期肺腺癌微环境重塑和恶性进展中的关键作用 | 首次揭示SPP1+巨噬细胞在混合磨玻璃结节恶性转化中的核心作用,并证明靶向SPP1可逆转免疫抑制微环境 | 研究主要聚焦于混合磨玻璃结节,对其他类型肺结节的适用性需进一步验证 | 探究早期肺腺癌中磨玻璃结节恶性转化的分子机制和免疫微环境重塑 | 正常肺组织、磨玻璃结节区域和实性区域的细胞组成 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 多色免疫组化, 流式细胞术, 体外实验, 体内实验 | NA | 单细胞转录组数据, 组织切片图像, 流式细胞数据 | 正常肺组织、磨玻璃区域和实性区域样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-12-01 |
Exploring the mechanisms of protective effect of high-energy X-ray FLASH radiotherapy on intestine through multi omics analysis
2025-Nov-27, Radiation oncology (London, England)
DOI:10.1186/s13014-025-02763-z
PMID:41310797
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研究论文 | 通过多组学分析探索高能X射线FLASH放疗对肠道的保护机制 | 首次结合宏基因组、代谢组和单细胞测序多组学方法系统揭示FLASH放疗的肠道保护机制 | 研究样本量有限,仅使用小鼠模型,未在人体验证 | 探究FLASH放疗对肠道的保护作用机制 | CT26和MC38结肠癌小鼠模型及健康C57BL/6雌鼠 | 数字病理 | 结肠癌 | 宏基因组分析,非靶向代谢组学,单细胞测序,免疫荧光,免疫组化 | NA | 基因组数据,代谢组数据,单细胞测序数据,图像数据 | CT26和MC38结肠癌小鼠模型及健康C57BL/6雌鼠 | NA | 宏基因组分析,代谢组学,单细胞测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-12-01 |
Integrative multi-omics and single-cell transcriptomics reveal ARHGEF12 driving chemoresistance in bladder cancer
2025-Nov-27, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-025-00606-1
PMID:41310897
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和单细胞转录组学,揭示了ARHGEF12基因在膀胱癌顺铂耐药中的关键作用机制 | 首次将孟德尔随机化与单细胞转录组学相结合探索膀胱癌顺铂耐药的遗传基础,发现ARHGEF12通过RhoA/ROCK依赖的PI3K/AKT轴驱动化疗耐药的新机制 | NA | 阐明膀胱癌顺铂耐药的遗传驱动因素和肿瘤进展机制 | 膀胱癌顺铂耐药细胞和UM-UC-3/DDP耐药模型 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 全基因组关联研究,表达数量性状位点分析,孟德尔随机化,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 基因组数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 19,942个基因的eQTL数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2025-12-01 |
Protocol to track single-cell-derived clones using DNA barcoding combined with single-cell RNA sequencing
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104229
PMID:41317321
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研究论文 | 提出一种结合DNA条形码与单细胞RNA测序追踪单细胞来源克隆的实验方案 | 通过DNA条形码永久标记细胞并结合单细胞RNA测序,实现克隆生长活性与转录组特征的关联分析 | NA | 开发追踪单细胞来源克隆动态的实验方法 | 肿瘤细胞克隆 | 单细胞测序技术 | 肿瘤 | 慢病毒DNA条形码文库构建,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2025-12-01 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals metabolic reprogramming and tumor microenvironment remodeling in aldosterone-producing adenoma
2025-Nov-27, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111164
PMID:41317749
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示醛固酮腺瘤中的代谢重编程和肿瘤微环境重塑 | 首次构建APA单细胞图谱,发现CAPS ZG样细胞的代谢重编程特征和肿瘤微环境中免疫细胞浸润、血管生成激活及成纤维细胞驱动的基质重塑 | 样本量较小(仅3例APA患者和3例对照) | 解析醛固酮腺瘤的细胞异质性和肿瘤发生机制 | 醛固酮腺瘤患者和对照者的肾上腺组织 | 单细胞组学 | 肾上腺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 伪时序分析 | 单细胞转录组数据 | 3例APA患者和3例对照的肾上腺组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-12-01 |
Mechanistic insights into nitric oxide signaling in shaping root architecture under challenging environments
2025-Nov-27, Plant science : an international journal of experimental plant biology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.plantsci.2025.112903
PMID:41317792
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综述 | 本文综述了一氧化氮在逆境条件下调控植物根系构型的作用机制及其与活性氧和植物激素的互作关系 | 系统阐述了一氧化氮作为气体信号分子通过翻译后修饰调控根系发育的新机制,并强调单细胞转录组等新兴技术在解析NO-ROS互作中的创新应用 | NO介导的根系构型调控的生化与分子机制仍复杂且尚未完全阐明 | 探究一氧化氮信号在植物应对环境胁迫时调控根系构型形成的作用机制 | 植物根系系统 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学、氧化还原敏感生物传感器、高分辨率活细胞成像 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-12-01 |
Resolving single-cell gene expression by pseudo-temporal integration of transcriptomic and proteomic datasets
2025-Nov-27, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2025.101475
PMID:41317903
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研究论文 | 本研究提出了一种利用伪时间细胞排序整合单细胞转录组和蛋白质组数据的新方法,以分析缺氧条件下的转录-翻译表达动态 | 首次使用伪时间细胞排序方法整合单细胞RNA测序和单细胞蛋白质组数据,构建统一的转录-翻译表达谱 | NA | 理解缺氧应激下的细胞表型和转录-翻译动态调控机制 | 缺氧处理后的纵向单细胞样本 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组学 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据, 单细胞蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 39 | 2025-12-01 |
Integrative Single-cell Transcriptomic and Experimental Analyses Unveil Qihuang Granule's Protection Against Retinal Photodamage via PI3K/AKT/mTOR-mediated Autophagy
2025-Nov-27, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106881
PMID:41318054
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组和实验分析,揭示启黄颗粒通过PI3K/AKT/mTOR介导的自噬途径保护视网膜免受光损伤的机制 | 首次结合单细胞RNA测序和实验验证阐明启黄颗粒通过PI3K/AKT/mTOR信号通路调控自噬的视网膜保护机制 | 研究机制尚未完全阐明,需要进一步验证 | 探究启黄颗粒对视网膜光损伤的保护作用及分子机制 | 蓝光诱导视网膜损伤的大鼠模型和人视网膜色素上皮细胞(ARPE-19) | 单细胞转录组学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 大鼠模型和ARPE-19细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-12-01 |
Sequencing-free whole-genome spatial transcriptomics at single-molecule resolution
2025-Nov-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.09.006
PMID:41038164
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研究论文 | 开发了一种基于图像的空间转录组学方法RAEFISH,可在完整组织中实现全基因组覆盖和单分子分辨率 | 首次实现无需测序的全基因组空间转录组分析,达到单分子分辨率,并能直接空间读取CRISPR筛选中的向导RNA | 未明确说明技术应用的局限性和潜在挑战 | 开发高覆盖度、高分辨率的空间转录组学技术 | 人类和小鼠组织样本中的转录本 | 空间转录组学 | NA | 荧光原位杂交,CRISPR筛选 | NA | 图像数据 | 涵盖23,000个人类基因和22,000个小鼠基因 | NA | 空间转录组学,单分子成像 | RAEFISH | 基于反向padlock扩增子编码的荧光原位杂交技术 |