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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-08-29
Interferon Regulatory Factor 4 Recruits Immature B Cells to Signal Tertiary Lymphoid Structure Immaturity and Progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
研究论文 本研究整合转录组和临床数据,构建了与三级淋巴结构相关的预后风险评分,并揭示了干扰素调节因子4在透明细胞肾细胞癌中促进TLS不成熟和免疫功能障碍的机制 首次系统地结合转录组学、单细胞RNA测序和空间转录组学,阐明了IRF4通过招募未成熟B细胞导致TLS不成熟和肿瘤进展的新机制,并建立了基于TLS的预后风险评分模型 未明确提出局限性 探讨TLS在透明细胞肾细胞癌中的预后价值及其调控机制,特别是IRF4在TLS形成和成熟中的作用 928例透明细胞肾细胞癌患者的转录组和临床数据,以及786-O和769-P细胞系 机器学习和数字病理学 透明细胞肾细胞癌 批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光、免疫组化 机器学习算法 转录组数据、临床数据、图像数据 928例患者样本和2种细胞系 未提供 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 未提供 未提供
22 2026-08-29
Protocol for isolating specific C. elegans neuron types for bulk and single-cell RNA sequencing
2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4
研究论文 描述了一种从秀丽隐杆线虫中分离特定神经元类型以进行批量或单细胞RNA测序的协议 提供了详细的步骤,用于从幼虫和成年动物中分离特定细胞类型,适用于批量或单细胞RNA测序 未明确提及 提供一种分离特定神经元类型进行基因表达谱分析的方法 秀丽隐杆线虫的特定神经元类型 分子生物学 NA 批量RNA测序、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确提及 NA 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq NA NA
23 2026-08-29
Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes
2024-10-22, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 研究年轻1型糖尿病患者的肾脏氧化代谢减弱及其与胰岛素敏感性的关联 结合高胰岛素-正葡萄糖钳夹、MRI、11C-乙酸PET、肾活检、单细胞RNA测序和空间代谢组学,首次揭示T1D早期肾脏氧化代谢异常与近端小管细胞亚型分布的关系 样本量较小且仅纳入年轻成人,研究为横断面设计,无法确定因果关系 评估T1D患者肾脏氧化代谢改变及其与胰岛素敏感性和早期肾脏结构变化的关系 年轻T1D患者和健康对照者的肾脏组织及临床数据 数字病理学、机器学习 糖尿病肾病 单细胞RNA测序、空间代谢组学、PET、MRI Slingshot算法(轨迹分析) 影像、基因表达、代谢物、临床数据 30名T1D患者和20名健康对照者 NA 单细胞RNA测序、空间代谢组学 NA NA
24 2026-08-29
A wound-induced differentiation trajectory for neurons
2024-07-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 该研究以高再生能力的无肠目蠕虫为对象,探究损伤诱导的转录调控事件如何导致神经元生成及功能性大脑再生 首次揭示NFY转录因子复合物在截肢后一小时内于尾部碎片中动态结合,启动神经分化轨迹,并识别出颈干细胞作为多种神经亚型的祖细胞群 具体机制尚未完全阐明,且研究限于单一生物模型,未在哺乳动物中验证 阐明损伤诱导神经元分化的转录调控机制,以理解大脑再生过程 高再生能力的无肠目蠕虫(acoel worm)及其尾部再生组织 分子生物学、再生医学 NA 染色质可及性分析(如ATAC-seq)、单细胞转录组分析 NA 染色质可及性数据、单细胞转录组数据 尾片段组织样本(具体数量未提供) NA 单细胞RNA测序、染色质可及性测序 NA NA
25 2026-08-29
Cis-regulatory control of transcriptional timing and noise in response to estrogen
2024-May-08, Cell genomics IF:11.1Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序和机器学习,研究了雌激素处理时间进程中顺式调控元件对转录时序和噪声的控制机制 首次结合单细胞RNA测序与机器学习,识别调控转录时序和噪声的预测因子,并揭示多增强子加速响应、启动子与增强子活性对噪声的不同影响及染色质环化与共表达的关系 未提及明确局限性 阐明顺式调控元件如何控制转录水平、时间动态和细胞间变异(转录噪声) 雌激素靶基因及其顺式调控元件(启动子、增强子) 单细胞转录组学、机器学习 不适用 单细胞RNA测序 机器学习模型(未指定具体类型) 单细胞转录组数据 未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
26 2026-08-29
Developing an advanced diagnostic model for hepatocellular carcinoma through multi-omics integration leveraging diverse cell-death patterns
2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过整合多组学数据,利用多种细胞死亡模式构建了肝细胞癌(HCC)的七基因诊断模型,并验证了其诊断效能及潜在机制。 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组测序及血液外泌体RNA测序,基于六类细胞死亡相关基因构建了一个七基因诊断模型,并探索了关键基因与免疫检查点阻断治疗的相关性。 未明确提及局限性,但可能受限于样本量较小、数据库来源的异质性以及临床验证的广度。 阐明程序性细胞死亡相关基因在肝细胞癌中的作用,并构建高效的诊断模型以改善HCC的诊断方法。 肝细胞癌患者的肿瘤组织和血液来源外泌体样本,以及相应的单细胞和空间转录组数据。 数字病理学、机器学习 肝细胞癌 单细胞RNA测序、空间转录组测序、RNA测序、定量聚合酶链反应、免疫组织化学 机器学习模型(具体未指定) 基因表达数据、影像数据(空间转录组)、文本(临床信息) 50个样本和104,288个单细胞 NA 单细胞RNA测序、空间转录组测序、批量RNA测序 NA NA
27 2026-08-29
Mitotic catastrophe heterogeneity: implications for prognosis and immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究基于有丝分裂灾难(MC)相关基因,通过多组学数据分析揭示肝细胞癌中MC异质性对预后和免疫治疗的影响,并构建预后风险模型 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组分析,揭示MC异质性与免疫逃逸及治疗抵抗的关联,并构建结合MC风险评分和传统指标的预后列线图 主要依赖公共数据库数据,缺乏实验验证;MC基因列表基于既往研究,可能存在选择偏倚 探究肝细胞癌中有丝分裂灾难异质性与免疫逃逸及治疗反应的关系,并开发预后预测模型 肝细胞癌患者样本及其肿瘤微环境中的免疫特征和空间表达数据 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序、空间转录组分析 风险评分模型 转录组数据、空间转录组数据、临床数据 基于TCGA、GEO、ICLC等公共数据库的肝细胞癌患者数据,具体样本量未提及 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
28 2026-08-29
Identification of novel biomarkers related to neutrophilic inflammation in COPD
2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过生物信息学预测和实验验证,识别出与慢性阻塞性肺疾病中性粒细胞炎症相关的新型枢纽基因 结合单细胞RNA测序、批量RNA测序、孟德尔随机化和蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,识别出9个与COPD中性粒细胞炎症相关的新型枢纽基因,并验证了其中两个作为COPD风险因素的潜在生物标志物 研究主要依赖公开数据集和有限的临床样本验证,可能限制发现的普遍性;qRT-PCR验证在白细胞中进行,未在肺组织中直接验证 识别与COPD中性粒细胞炎症相关的新型枢纽基因,并探索其作为临床严重程度生物标志物的潜力 COPD患者和对照组的肺组织和外周血白细胞 生物信息学 慢性阻塞性肺疾病 单细胞RNA测序、RNA测序、加权基因共表达网络分析、孟德尔随机化、蛋白质-蛋白质相互作用网络、实时定量PCR Seurat, irGSEA, Monocle2, CIBERSORT, WGCNA 基因表达数据(scRNA-seq和RNA-seq)、临床标本数据 GSE173896(scRNA-seq)和GSE57148(RNA-seq)数据集,临床标本中的外周血白细胞(具体数量未在摘要中提供) NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
29 2026-08-29
Endogenous adenine mediates kidney injury in diabetic models and predicts diabetic kidney disease in patients
2023-10-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 研究内源性腺嘌呤在糖尿病肾病模型中介导肾损伤的作用,并评估尿液腺嘌呤/肌酐比作为糖尿病肾病患者终末期肾病风险的生物标志物 首次提出内源性腺嘌呤作为糖尿病肾病的因果因素,并发现尿液腺嘌呤/肌酐比可预测无大量白蛋白尿患者的终末期肾病风险,结合空间代谢组学和单细胞转录组学揭示mTOR通路机制 未明确提及局限性,但可能包括样本来源有限、机制验证主要在动物模型中进行,需进一步临床验证 探索内源性腺嘌呤在糖尿病肾病进展中的作用,并评估尿液腺嘌呤/肌酐比作为高危患者(特别是无大量白蛋白尿者)的机制性生物标志物 糖尿病肾病患者及糖尿病小鼠模型 数字病理学 糖尿病肾病 空间代谢组学、单细胞转录组学 NA 尿液样本、肾脏组织、单细胞转录组数据 来自CRIC研究、SMART2D研究及美国印第安人研究的糖尿病参与者及糖尿病小鼠模型 NA 空间代谢组学、单细胞转录组学 NA NA
30 2026-08-29
A wound-induced differentiation trajectory for neurons
2023-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究聚焦于高再生能力的无肠蠕虫,探究截肢后由伤口诱导的神经元分化轨迹及其转录调控机制 首次揭示NFY转录因子复合物在截肢后一小时内于尾片段动态结合,直接调控神经元分化启动,并鉴定干细胞为多种神经元亚型的祖细胞群 摘要未明确提及研究限制 阐明伤口诱导的转录调控事件如何导致神经元产生,揭示再生过程中神经元分化的启动机制 高再生能力的无肠蠕虫及其再生组织 分子生物学 NA 染色质可及性分析、单细胞转录组分析、足迹分析 NA 染色质可及性数据、单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
31 2026-08-28
HKDC1 promotes liver cancer stemness under hypoxia through stabilizing β-catenin
2025-06-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究揭示HKDC1在缺氧条件下通过稳定β-catenin促进肝癌干性,从而推动转移,为晚期肝癌治疗提供新靶点 首次发现HKDC1与肝癌转移潜力最强相关,并通过结合糖原合成酶激酶3β稳定β-catenin,增强肝癌细胞干性 未提供具体局限性信息 比较HKDC1与其他HK在肝癌中的细胞类型特异性,并探究其促进肝癌转移的分子机制 肝癌细胞、小鼠模型及患者肿瘤样本 数字病理学 肝细胞癌、胆管癌 RNA原位杂交、单细胞RNA测序、代谢组学分析 NA 基因表达数据、代谢谱数据 来自两种肝癌小鼠模型的肿瘤和类器官,以及肝癌和胆管癌患者肿瘤样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析HKDC1在恶性细胞中的特异性表达
32 2026-08-28
TREM2 macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH
2025-06-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 该研究利用小鼠模型发现垂直袖状胃切除术通过TREM2阳性巨噬细胞介导的免疫修复机制改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎,且不依赖于体重减轻 首次揭示减重手术通过免疫调节机制(而非单纯热量限制)发挥治疗MASH的作用,并确认TREM2是关键的介导因子 研究基于小鼠模型,未在人类样本中验证;未明确TREM2+巨噬细胞的具体效应机制细节 探究减重手术(垂直袖状胃切除术)改善MASH的免疫调节机制 小鼠模型(包括TREM2缺陷小鼠)以及其肝脏巨噬细胞 机器学习和数字病理学 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH) 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 小鼠模型(包括野生型和TREM2缺陷小鼠) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
33 2026-08-28
LIM domain only 7: a novel driver of immune evasion through regulatory T cell differentiation and chemotaxis in pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-02, Cell death and differentiation IF:13.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间蛋白质组学发现LMO7在胰腺导管腺癌中通过促进调节性T细胞分化与趋化,驱动免疫逃逸,并验证了靶向LMO7-Foxp1-TGF-β/CCL5轴的治疗潜力 首次揭示LMO7作为PDAC免疫逃逸的新驱动因子,通过其LIM结构域直接结合并促进Foxp1泛素化降解,上调TGF-β和CCL5,增强Treg细胞富集并抑制CD8 T细胞和自然杀伤细胞功能 未明确提及研究的局限性 探究胰腺导管腺癌的免疫微环境异质性,揭示驱动免疫逃逸的分子机制,并评估靶向治疗的潜力 胰腺导管腺癌细胞、调节性T细胞、CD8 T细胞、自然杀伤细胞、小鼠模型 数字病理学 胰腺导管腺癌 单细胞RNA测序、空间蛋白质组学 NA 单细胞转录组数据、空间蛋白质组数据、图像 未明确提及 NA 单细胞RNA测序、空间蛋白质组学 NA NA
34 2026-08-28
The prognostic marker KRT81 is involved in suppressing CD8 + T cells and predicts immunotherapy response for triple-negative breast cancer
2024-12-31, Cancer biology & therapy IF:4.4Q2
研究论文 本研究探讨了角蛋白81(KRT81)在三阴性乳腺癌中的预后价值及其对免疫治疗反应的预测作用,发现KRT81通过抑制CD8+ T细胞促进肿瘤进展 首次揭示KRT81在三阴性乳腺癌中作为独立预后因子,并通过单细胞RNA测序和共培养实验阐明其通过CD276抑制CD8+ T细胞的新机制,同时开发了基于KRT81的生存概率列线图 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内验证和临床前瞻性研究,且样本量可能有限,需进一步验证KRT81的临床应用价值 评估KRT81作为三阴性乳腺癌预后标志物和免疫治疗反应预测因子的潜力,并探索其免疫调节机制 三阴性乳腺癌肿瘤组织样本及细胞系,包括KRT81基因表达数据、单细胞RNA测序数据及免疫细胞共培养系统 数字病理学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序 Cox回归模型 基因表达数据、单细胞测序数据、图像数据 未明确给出具体样本数量,涉及TCGA等公共数据库及细胞系实验 NA 单细胞RNA测序 NA NA
35 2026-08-28
Peripheral Blood-Derived PD-1/CD28-CD19 CAR-Modified PD-1+ T-Cell Therapy in Patients with Solid Tumors
2024-12-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 该研究开发了基于外周血PD-1+ T细胞的PD-1/CD28-CD19 CAR-T细胞疗法,并在实体瘤患者中验证了其安全性和初步疗效 首次利用外周血PD-1+ T细胞,通过引入PD-1/CD28融合受体和CD19嵌合抗原受体增强其抗肿瘤活性,并成功应用于临床患者 仅纳入4例患者,样本量小,疗效评估有限,长期效果和安全性需进一步验证 评估修饰后外周血PD-1+ T细胞疗法在实体瘤中的安全性和有效性,并探索其作为治疗策略的潜力 实体瘤患者的外周血PD-1+ T细胞及纳入的4例癌症患者 细胞治疗、免疫肿瘤学 实体瘤(包括黑色素瘤) 单细胞RNA测序、嵌合抗原受体T细胞技术 CAR-T细胞模型 单细胞转录组数据、临床疗效数据 4例癌症患者及相应外周血样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
36 2026-08-28
A Single-Cell Analysis of the NK-Cell Landscape Reveals That Dietary Restriction Boosts NK-Cell Antitumor Immunity via Eomesodermin
2024-11-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示,饮食限制通过激活转录因子Eomesodermin增强NK细胞的抗肿瘤免疫,抑制黑色素瘤肺转移 首次发现饮食限制通过优化mTORC1信号促进Eomes表达,从而恢复功能性的CD27+CD11b+ NK细胞亚群,增强NK细胞的肿瘤免疫监视和活化 未提及 探究饮食限制是否以及如何通过调节NK细胞增强抗肿瘤免疫 NK细胞(特别是CD27+CD11b+亚群)以及黑色素瘤细胞 免疫学 黑色素瘤 单细胞RNA测序 未提及 单细胞转录组数据 未提及 未提及 单细胞RNA测序 未提及 未提及
37 2026-08-28
The dynamic behavior of chromatophores marks the transition from bands to spots in leopard geckos
2024-07-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过组织学、遗传学及单细胞转录组分析,探讨了豹纹守宫从幼体条纹到成体黑斑的皮肤颜色模式转变机制 首次揭示了黑色素细胞在缺乏其他色素细胞时能自主形成黑斑,并鉴定出转录因子中的13核苷酸缺失突变,该突变影响虹膜细胞和黄素细胞的分化 研究主要基于豹纹守宫,可能不适用于其他爬行动物;且未详细阐明黑色素细胞-虹膜细胞相互作用的分子机制 阐明豹纹守宫皮肤条纹向黑斑转变的发育过程和分子调控机制 豹纹守宫(包括野生型和Mack Super Snow突变体)的皮肤及胚胎 发育生物学 不适用 组织学分析、遗传分析、单细胞转录组分析、原位杂交 不适用 组织学图像、转录组数据、基因序列数据 涉及豹纹守宫胚胎及幼体/成体皮肤样本,具体数量未在摘要中说明 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞转录组分析
38 2026-08-28
Mechanical stress during confined migration causes aberrant mitoses and c-MYC amplification
2024-07-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
research paper 本研究探讨了受限迁移过程中产生的机械应力如何导致异常有丝分裂和c-MYC扩增,从而加剧肿瘤转移中的染色体不稳定性。 首次揭示机械应力在转移性间质迁移中能绕过检查点控制,促进致癌事件,并解释为何癌症非整倍性与SAC基因突变不常相关以及c-MYC扩增与转移性肿瘤紧密关联。 未提供明确限制信息。 研究机械应力在转移性间质迁移中对染色体不稳定性和致癌事件的贡献。 经历受限迁移的肿瘤细胞。 数字病理学 癌症(转移性肿瘤) 活细胞成像、微流控、单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 图像和序列数据 未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
39 2026-08-28
Double-negative B cells and DNASE1L3 colocalise with microbiota in gut-associated lymphoid tissue
2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 通过空间转录组学和多重单细胞技术,发现双阴性2型B细胞与表达DNASE1L3的树突状细胞在肠道相关淋巴组织的上皮下穹窿区与微生物群共定位,提出自身免疫病基本特征与正常肠道免疫的微生物相关成分有关 首次揭示双阴性2型B细胞在健康状态下的肠道相关淋巴组织中与树突状细胞的相互作用,并发现人类特异性表达DNASE1L3的树突状细胞与采样细菌相关,而非凋亡细胞DNA 研究主要基于人类和小鼠的比较,未深入探讨这些相互作用的机制以及其与自身免疫病发生发展的因果关系 探究肠道相关淋巴组织对细菌的初始免疫反应及双阴性B细胞和DNASE1L3在其中的作用 肠道相关淋巴组织中的双阴性2型B细胞、树突状细胞和微生物群 空间转录组学、单细胞技术 自身免疫性疾病(如狼疮) 空间转录组学、多重单细胞技术 NA 基因表达数据 未明确说明,涉及人类和小鼠样本 NA 空间转录组学、单细胞测序 NA 迭代应用空间转录组学和多路复用单细胞技术
40 2026-08-28
Differential gene expression analysis of spatial transcriptomic experiments using spatial mixed models
2024-05-14, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本文介绍了使用空间混合模型对空间转录组学实验进行差异基因表达分析的方法,以有效处理空间依赖性并减少统计检验中的I型错误率膨胀。 将空间随机效应纳入线性混合模型,以充分考虑ST数据中的空间自相关性,并证明指数相关结构的空间线性模型比非空间模型更适合ST数据,尤其是在单细胞分辨率下。 未明确提及,但可能涉及计算复杂度或需要对不同空间技术进行参数调整。 提出一种考虑空间依赖性的差异表达分析方法,以提高ST数据中差异表达检验的统计可靠性。 空间转录组学数据,包括多类组织切片和不同分辨率的ST技术数据。 生物信息学 不适用 空间转录组学 线性混合模型 空间转录组学数据 未明确 不适用 空间转录组学 不适用 不适用
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