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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-01-16 |
PSMD1 inhibition suppresses tumor progression and enhances antitumor immunity by modulating the RTKN/β-catenin/PD-L1 axis in hepatocellular carcinoma
2026-Jan-14, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08241-4
PMID:41535254
|
研究论文 | 本研究揭示了PSMD1通过调控RTKN/β-catenin/PD-L1轴促进肝细胞癌进展并影响免疫治疗疗效的分子机制 | 首次阐明了PSMD1通过稳定RTKN蛋白、激活β-catenin信号通路上调PD-L1表达的新机制,为肝细胞癌免疫治疗提供了新的联合靶点 | 研究主要基于体外和动物模型,临床样本验证相对有限;PSMD1抑制剂的开发及临床转化仍需进一步探索 | 探究PSMD1在肝细胞癌免疫治疗抵抗中的作用及分子机制,寻找提高免疫治疗疗效的新靶点 | 肝细胞癌细胞系、动物模型及公共单细胞RNA测序数据集 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、质谱分析、组织芯片 | NA | 基因表达数据、蛋白质互作数据 | 未明确样本数量,使用了公共scRNA-seq数据集、细胞系和动物模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-01-16 |
Single-cell transcriptomics of acetaminophen-induced responses in human 2D and 3D liver microtissues
2026-Jan-14, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-025-04296-6
PMID:41535591
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,比较了人类二维单层和三维肝微组织对乙酰氨基酚暴露的细胞反应 | 首次在单细胞分辨率下,系统比较了2D和3D肝细胞培养模型对乙酰氨基酚暴露的转录组反应,揭示了氧气可用性与药物代谢之间的动态相互作用 | 研究仅使用了24小时的药物暴露时间,且2D培养仅测试了低剂量,可能无法完全反映长期或更广泛剂量范围的毒性效应 | 评估和比较不同体外肝模型(2D单层与3D球状体)在预测药物性肝损伤方面的生理相关性和机制洞察 | 由原代人肝细胞、库普弗细胞和肝内皮细胞组成的2D单层和3D球状体培养物 | 单细胞转录组学 | 药物性肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2026-01-16 |
Longitudinal analysis of retinal cell state transitions in RB1-deficient retinal organoids reveals the nascent cone precursors are the earliest cell-origin of human retinoblastoma
2026-Jan-14, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08191-x
PMID:41535675
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研究论文 | 本研究通过构建RB1缺陷的人视网膜类器官模型,首次揭示了ATOH7新生锥体前体细胞是人视网膜母细胞瘤的最早细胞起源 | 首次在人类视网膜类器官模型中,通过纵向分析视网膜细胞状态转变,明确了ATOH7新生锥体前体细胞是视网膜母细胞瘤的最早细胞起源,并发现nRPCs对RB1缺失最为敏感 | 研究基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内肿瘤微环境;样本量相对有限 | 探究视网膜母细胞瘤的细胞起源及RB1缺失对视网膜细胞发育的影响 | RB1缺陷的人视网膜类器官模型、人诱导多能干细胞、视网膜母细胞瘤肿瘤细胞 | 数字病理学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、多组学分析、基因敲低实验、小分子抑制剂验证 | NA | 单细胞RNA测序数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2026-01-16 |
stRGAT: identifying spatial domains in spatial transcriptomics via a relational graph attention network
2026-Jan-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07676-9
PMID:41535938
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2026-01-16 |
FOXM1 regulates platelet-induced anoikis resistance in pancreatic cancer cells
2026-Jan-14, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02644-8
PMID:41535944
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研究论文 | 本研究探讨了血小板如何通过调控FOXM1基因表达增强胰腺癌细胞的失巢凋亡抵抗,从而促进转移 | 首次在胰腺癌细胞中详细研究了血小板通过调控FOXM1基因表达来调节失巢凋亡抵抗的机制 | 研究基于体外细胞培养模型,未在体内动物模型中验证 | 探究血小板对胰腺癌细胞失巢凋亡抵抗的调控机制及其在转移中的作用 | 胰腺癌细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组织化学分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组织化学图像 | 未明确指定样本数量,涉及多个胰腺癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-01-16 |
IL-9 signaling redirects CAR T cell fate toward CD8+ memory and CD4+ cycling states, enhancing antitumor efficacy
2026-Jan-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.10.021
PMID:41274291
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研究论文 | 本研究通过赋予CAR T细胞异位IL-9信号通路,重塑其在抗原压力下的命运,从而增强抗实体瘤疗效 | 首次证明通过共表达IL-9受体赋予CAR T细胞IL-9信号,可改变其分化轨迹,避免功能障碍,促进CD8 T细胞记忆/效应状态和CD4细胞增殖状态 | 研究处于临床前阶段,尚未在人体试验中验证;机制研究主要基于转录因子通路分析,需要更深入的分子机制探索 | 克服实体瘤免疫抑制微环境对CAR T细胞疗法的限制,提高抗肿瘤疗效 | 经过基因工程改造的CAR T细胞(特别是IL-9信号增强型) | 免疫治疗 | 实体瘤 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析、RNA速率分析 | 单细胞转录组数据 | 临床前实体瘤模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-01-16 |
Mitochondrial pyruvate metabolism in club cells drives airway inflammation
2026-Jan-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102742
PMID:41418787
|
研究论文 | 本研究揭示了线粒体丙酮酸代谢在气道棒状细胞中通过调控细胞分化与免疫信号通路驱动过敏性气道炎症的机制 | 首次发现棒状细胞中线粒体丙酮酸载体Mpc2通过调控Cxcl17-Cxcr4信号轴与肺泡巨噬细胞互作,从而抑制CCL17介导的2型炎症 | 研究主要基于OVA诱导的小鼠哮喘模型,人类样本验证相对有限 | 探究气道棒状细胞丙酮酸代谢如何调控上皮细胞分化与过敏性气道炎症 | 哮喘患者气道细胞、OVA诱导的小鼠哮喘模型 | 单细胞组学 | 哮喘 | 单细胞转录组测序 | 基因条件敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 哮喘患者气道细胞样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-01-16 |
An innovative in vitro system unveils IGF1R signaling regulating Merkel cell generation
2026-Jan-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102756
PMID:41455470
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研究论文 | 本研究开发了新型体外培养系统,包括短期离体触须外植体、小鼠皮肤类器官和人干细胞来源的皮肤类器官,以研究Merkel细胞的发育,并揭示了IGF1R信号通过AKT通路调控其生成 | 首次建立了包括短期离体触须外植体、创新小鼠皮肤类器官和人干细胞来源皮肤类器官的互补体外系统,用于监测Merkel细胞发育,并发现PRC抑制剂能有效促进其生成,同时通过单细胞和空间转录组学结合药理学筛选识别出IGF1R作为关键调控因子 | 未明确提及具体局限性,但可能包括体外系统与体内环境的差异、样本规模限制或机制验证的深度 | 研究Merkel细胞的发育机制,特别是通过建立新型体外系统来克服人类研究中缺乏验证培养模型的挑战 | Merkel细胞、小鼠触须外植体、小鼠皮肤类器官、人干细胞来源皮肤类器官 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、药理学筛选 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 29 | 2026-01-16 |
Tumor-initiating stem cells fine-tune the plasticity of neutrophils to sculpt a protective niche
2026-Jan-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.11.001
PMID:41349542
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了肿瘤起始干细胞如何通过调节中性粒细胞的塑性,塑造保护性微环境以影响癌症免疫治疗疗效 | 首次发现SOX2肿瘤起始干细胞通过Fads1-AA-PGE信号通路调节中性粒细胞的塑性,从而影响免疫治疗响应 | 研究主要聚焦于鳞状细胞癌,其他癌症类型中的类似机制尚未验证 | 探究肿瘤相关中性粒细胞异质性及其在癌症免疫治疗中的作用机制 | 肿瘤相关中性粒细胞和SOX2肿瘤起始干细胞 | 数字病理学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 遗传操作 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2026-01-16 |
Tumor-infiltrating bacteria disrupt cancer epithelial cell interactions and induce cell-cycle arrest
2026-Jan-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.09.010
PMID:41106380
|
研究论文 | 本文揭示了肿瘤浸润细菌通过破坏上皮细胞接触诱导细胞周期停滞,从而促进化疗耐药性的机制 | 首次通过空间成像和单细胞空间转录组学证明胞外细菌在肿瘤微生态位中的定位及其诱导癌细胞静止和免疫逃逸表型的作用 | 研究主要基于结直肠癌和口腔癌模型,在其他癌症类型中的普适性有待验证,且患者队列规模有限 | 探究肿瘤浸润细菌如何调节癌症进展和治疗耐药性 | 结直肠癌和口腔癌中的肿瘤浸润细菌(如具核梭杆菌)及癌细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间成像、单细胞空间转录组学、活细胞成像、空间分析、小鼠模型、转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | 52名结直肠癌患者队列及独立直肠癌队列 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 31 | 2026-01-16 |
RAS/MEK/PI3K pathway inhibition augments response to CD40 agonism by targeting CD11b+ Bregs thereby overcoming melanoma PD1-resistance
2026-Jan-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67315-1
PMID:41526341
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研究论文 | 本研究探讨了通过联合使用RAS/MEK/PI3K通路抑制剂和CD40激动剂,克服黑色素瘤对PD1抑制剂的耐药性,并揭示了CD11b+ Bregs在其中的关键作用 | 首次证明RAS/MEK/PI3K通路抑制剂能抑制CD40激动剂诱导的CD11b+ PD-L1 Bregs,从而增强CD8 T细胞介导的肿瘤杀伤,为ICB耐药性黑色素瘤提供了新的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证,且样本量有限,需进一步扩大研究以确认疗效和安全性 | 开发针对BRAF/NRAS突变黑色素瘤患者对免疫检查点阻断(ICB)耐药的有效二线治疗方案 | BRAF/NRAS和BRAF/NRAS黑色素瘤肿瘤,在C57BL/6小鼠模型中生长,以及患者样本中的CD11b+ Bregs | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | C57BL/6小鼠模型和患者样本,具体数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2026-01-16 |
A standardized approach for the isolation of vascular smooth muscle cells from carotid atherosclerotic plaques
2026-Jan-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-24161-x
PMID:41519833
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研究论文 | 本文优化了一种从人类颈动脉粥样硬化斑块中分离高活性血管平滑肌细胞的酶消化方案,并通过单细胞转录组分析验证了其有效性 | 开发了一种简化的酶消化方案,能够高效分离高活性的血管平滑肌细胞,适用于单细胞研究,并通过单细胞RNA测序验证了细胞身份和表型转换 | 样本量较小,仅涉及四个颈动脉斑块(两个稳定和两个不稳定),且来自特定患者群体,可能限制结果的普遍性 | 优化从人类颈动脉粥样硬化斑块中分离血管平滑肌细胞的方案,以支持下游细胞培养分析和单细胞研究 | 人类颈动脉粥样硬化斑块中的血管平滑肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | Harmony集成分析、伪时间轨迹推断 | 单细胞转录组数据 | 四个颈动脉斑块(两个稳定、两个不稳定),来自男性和女性患者,共23,661个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10X Genomics Chromium | 10X Genomics Chromium平台用于单细胞RNA测序 |
| 33 | 2026-01-16 |
Integrative spatial omics and artificial intelligence: transforming cancer research with omics data and AI
2026-Jan-09, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2026.01.002
PMID:41520911
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综述 | 本文综述了空间组学与人工智能在癌症研究中的整合应用,探讨了其在数据分析和临床转化方面的进展与挑战 | 整合空间转录组学、空间蛋白质组学与AI驱动计算模型,聚焦肿瘤微环境空间动态,推动精准肿瘤学发展 | 面临高维数据复杂性、计算资源限制、分析流程标准化不足等挑战 | 探索空间组学与AI在肿瘤研究中的应用,以改善治疗结果和深化对癌症机制的理解 | 多组学数据(包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、表观基因组学、代谢组学)与组织学空间数据 | 机器学习 | 癌症 | 空间条形码、原位测序、数字空间分析 | 深度学习模型、基于空间图的分析 | 空间组学数据、高维数据集 | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 34 | 2026-01-16 |
A single cell transcriptomics-based analysis provides mechanistic insights into the chronic low-concentration effects on hematopoietic disruption in zebrafish(Danio rerio) by Antinomy
2026-Jan-08, Chemico-biological interactions
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.cbi.2025.111892
PMID:41519218
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了低浓度锑暴露对斑马鱼造血功能的慢性影响及其机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统解析低浓度锑暴露下斑马鱼造血细胞群体的变化,并阐明IL-17通路介导的炎症反应在锑毒性中的作用 | 研究仅基于斑马鱼模型,结果外推至哺乳动物或人类需谨慎;未涉及长期暴露后的恢复效应 | 探究低浓度锑暴露对造血功能的慢性毒性效应及分子机制 | 斑马鱼(Danio rerio) | 单细胞转录组学 | 造血功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼暴露于0、5、50、500和5000 μg/L锑浓度28天 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-01-16 |
Adaptive multi-view information bottleneck for multi-omics data clustering
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf717
PMID:41527852
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研究论文 | 本文提出了一种基于信息瓶颈原理的自适应多视图聚类框架scAMVIB,用于解决多组学数据聚类任务 | 通过自适应权重分配,学习捕获组学间关联和组学特异性模式的多视图表示,并利用最大熵正则化实现视图权重的自适应分配 | 未在摘要中明确提及 | 解决多组学数据聚类中互补信息有效整合和适当权重分配的挑战 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 自适应多视图信息瓶颈聚类框架 | 多组学数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 36 | 2026-01-16 |
CSRefiner: a lightweight framework for fine-tuning cell segmentation models with small datasets
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf718
PMID:41527855
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研究论文 | 本文提出了一种名为CSRefiner的轻量级框架,用于在小数据集上微调细胞分割模型,以提升空间转录组学中全组织单细胞空间表达分析的精度 | CSRefiner框架支持微调广泛使用的分割模型,仅需少量标注数据即可实现高精度,且兼容多种主流模型和染色类型,操作简单 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 开发一个轻量级高效的微调框架,以改进空间转录组学中的细胞分割精度,特别是在全组织分析中确保跨不同细胞群体的一致分割准确性 | 细胞分割模型,应用于核或膜染色图像,以获取单细胞水平空间基因表达数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学技术 | 深度学习分割模型 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2026-01-16 |
Machine learning reveals sex-biased platelet-associated molecular signatures in systemic lupus erythematosus
2026-Jan-06, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2026.107136
PMID:41506349
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研究论文 | 本研究通过机器学习分析系统性红斑狼疮(SLE)患者的转录组数据,揭示了性别差异相关的血小板分子特征 | 首次整合多个SLE研究的转录组数据,利用机器学习识别出性别特异性候选基因(如GP6),并发现GP6与PTCRA在男性SLE患者中的显著相关性及其与疾病活动指数的关联,揭示了性别依赖的血小板分子表型 | 研究基于公共数据库的转录组数据,样本量相对有限(338人),且未进行实验验证;分析主要依赖生物信息学工具,可能受数据异质性和批次效应影响 | 探索系统性红斑狼疮(SLE)中性别差异的分子基础,特别是血小板相关基因的表达模式 | 338名个体(包括175名正常对照和163名SLE患者)的转录组数据,来自六个公开的SLE研究 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 转录组学分析、差异基因表达分析、单细胞RNA-seq(scRNA-seq) | 机器学习算法(未指定具体模型) | 转录组数据(基因表达数据) | 338名个体(175名正常对照,163名SLE患者) | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组学分析 | NA | NA |
| 38 | 2026-01-16 |
STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity
2026-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1473
PMID:41521668
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STAN的计算框架,用于从空间转录组学数据中推断空间信息化的转录因子活性 | 提出了一个线性混合效应计算方法,整合了TF-靶基因先验、mRNA表达、空间坐标和组织学特征,以预测具有空间信息的、斑点特异性的TF活性 | NA | 系统性地推断转录因子活性及其在细胞身份中的作用,以充分利用空间转录组学数据的潜力 | 淋巴结、背外侧前额叶皮层、乳腺癌和胶质母细胞瘤的空间转录组学数据集 | 计算生物学 | 乳腺癌, 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 线性混合效应模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2026-01-16 |
Clonal Hematopoiesis and Lymphoma-Associated Mutations in Hematopoietic Progenitors in B-Cell Non-Hodgkin Lymphoma
2026-01-05, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025030489
PMID:41490454
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研究论文 | 本研究通过多组学测序方法,系统分析了B细胞非霍奇金淋巴瘤患者中的克隆性造血和淋巴瘤相关突变,揭示了疾病起始前体细胞的作用 | 首次系统性地在B-NHL患者中揭示了克隆性造血突变的B细胞偏向性扩张,并识别了肿瘤促进型和肿瘤浸润型CH克隆的动态差异,为疾病起源提供了新见解 | 样本量相对较小(43例患者),且主要关注特定亚型的B-NHL,可能限制了结果的普遍适用性 | 探究克隆性造血和疾病起始前体细胞在B细胞非霍奇金淋巴瘤发生发展中的作用 | 43例B细胞非霍奇金淋巴瘤患者,包括惰性和侵袭性亚型 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 全外显子组测序、靶向测序、单细胞测序 | NA | 基因组测序数据、单细胞测序数据 | 43例B-NHL患者 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 40 | 2026-01-16 |
Loss of E3 ligase Ube4A Disrupts Colon Homeostasis and Accelerates Experimental Colitis via Altered Lipid Handling
2026-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.02.697430
PMID:41502940
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研究论文 | 本研究揭示了E3泛素连接酶Ube4A在维持结肠稳态中的关键作用,其缺失会通过改变脂质处理过程加剧实验性结肠炎 | 首次阐明了Ube4A在胃肠道中的生理功能,并发现其缺失会导致结肠上皮应激和脂质代谢重编程,从而增加对炎症损伤的敏感性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本分析依赖于公开的单细胞RNA测序数据集,需要进一步在人类组织中进行验证 | 明确Ube4A在结肠中的功能,并确定其缺失如何影响实验性结肠炎的易感性 | 人类结肠组织(健康个体和IBD患者)、全局Ube4A敲除小鼠 | 单细胞组学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织图像、流式细胞数据 | 未明确具体样本数量,使用了公开的人类单细胞RNA测序数据集和Ube4A敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |