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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-01-19
Akebia saponin D attenuates ulcerative colitis via targeting EGFR and remodeling gut microbiota homeostasis
2026-Jan-12, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1
研究论文 本研究评估了木通皂苷D通过靶向EGFR和重塑肠道菌群稳态来缓解溃疡性结肠炎的治疗潜力 首次系统评估木通皂苷D在溃疡性结肠炎治疗中的疗效,并结合单细胞RNA测序、网络药理学和肠道菌群分析揭示其通过EGFR-MEK/ERK/AP-1信号通路及菌群重塑的作用机制 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人体临床试验中验证,且具体菌群-代谢物-宿主相互作用的详细机制仍需进一步探索 评估木通皂苷D治疗溃疡性结肠炎的效果并阐明其分子机制 DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型、LPS诱导的NCM460和HT29炎症细胞 数字病理学 溃疡性结肠炎 单细胞RNA测序, 16S rRNA测序, 非靶向代谢组学, 网络药理学 NA 基因表达数据, 微生物组数据, 代谢组数据 NA MGI 单细胞RNA测序 MGISEQ-2000 MGISEQ-2000平台用于单细胞RNA测序
22 2026-01-19
Multi-scale transcriptomics analysis reveals MHC suppression in MEF2D fusion positive B-cell acute lymphoblastic leukemia
2026-Jan-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和公共数据集分析,揭示了MEF2D融合阳性B细胞急性淋巴细胞白血病中MHC表达的抑制机制 首次在单细胞水平上识别MEF2D融合亚型特有的前B细胞发育停滞,并发现MHC表达下调与免疫逃逸相关,通过实验验证了MEF2D-HNRNPUL1融合蛋白直接调控CIITA-MHC通路 样本量较小(仅3例单细胞测序病例),且主要依赖公共数据集进行验证,可能影响结果的普遍性 探究MEF2D融合阳性B细胞急性淋巴细胞白血病的转录组特征和免疫逃逸机制 MEF2D融合阳性B细胞急性淋巴细胞白血病患者样本、正常骨髓细胞、Kasumi-7细胞系 数字病理学 白血病 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq,ChIP-seq NA 转录组数据 3例MEF2D融合病例的单细胞RNA测序数据,81例来自公共数据集的MEF2D融合BCP-ALL病例 NA 单细胞RNA-seq NA NA
23 2026-01-19
Single-cell RNA Sequencing-Based analysis of diverse ion-channel transcripts across human CD4+ T-cell subsets
2026-Jan-10, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3
研究论文 本文通过单细胞RNA测序分析了人类CD4+ T细胞亚群中离子通道转录本的多样性 首次在单细胞水平上系统描绘了人类CD4+ T细胞亚群中离子通道和转运蛋白的转录组图谱,并识别出亚群特异的表达模式 研究基于体外极化模型,可能无法完全反映体内T细胞亚群的复杂性;样本来源有限,仅使用健康供体的外周血单个核细胞 探究人类CD4+ T细胞亚群中离子通道和转运蛋白的转录本表达差异,以理解其在免疫调节中的作用 人类CD4+ T细胞,包括Th1、Th2、Th17和调节性T细胞(Treg)亚群 单细胞转录组学 自身免疫性疾病和过敏性疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 无监督聚类分析 单细胞转录组数据 从人类外周血单个核细胞中分离的初始CD4+ T细胞,经体外极化处理 NA 单细胞RNA-seq NA NA
24 2026-01-19
Leveraging single cell multiomic analyses to identify gene regulatory networks that drive human articular cartilage cell fate
2026-Jan-09, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1
研究论文 本研究利用单细胞多组学和空间转录组学数据,识别驱动人类关节软骨细胞命运的基因调控网络,并建立人类多能干细胞平台以验证预测的转录因子功能 结合单细胞多组学和空间转录组学分析,预测并功能验证了调控软骨细胞亚群的基因网络,特别是发现CREB5和NFATC2具有重编程生长板软骨为关节软骨样细胞的潜力 研究主要基于发育时间点的样本,可能未完全覆盖成年或疾病状态下的调控机制;体外平台可能无法完全模拟体内复杂微环境 识别驱动人类关节软骨细胞命运的基因调控网络,为开发治疗退行性关节疾病的新疗法奠定基础 人类远端股骨关节软骨细胞,包括胎儿发育时间点的样本以及人类多能干细胞分化的软骨细胞 单细胞组学 骨关节炎 单细胞多组学分析,空间转录组学,人类多能干细胞分化平台 基因调控网络预测模型 单细胞转录组和开放染色质数据,空间转录组数据 胎儿远端股骨样本(2个发育时间点),额外时间点的空间转录组样本 NA 单细胞多组学,空间转录组学 NA NA
25 2026-01-19
scCT-DB, an omnibus for cancer patient-derived paired pre- and post-treatment single-cell transcriptomes to reveal drug perturbation and drug resistance mechanisms
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了一个名为scCT-DB的综合性数据库,该数据库专门收集癌症患者治疗前后配对的单细胞转录组数据,旨在揭示药物扰动和耐药机制 开发了首个全面整合癌症患者治疗前后配对单细胞转录组数据的数据库,并提供了统一的数据处理流程、结构化元数据以及多种在线分析工具 NA 为癌症药物耐药性研究提供一个易于访问、整合和重用的高质量单细胞转录组数据资源与分析平台 癌症患者的配对治疗前后单细胞转录组数据 数字病理学 癌症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 619万个细胞,来自1142个原始患者样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
26 2026-01-19
DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas for interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了DeepSpaceDB,一个用于交互式深入分析组织和组织微环境的下一代空间转录组学数据库 DeepSpaceDB专注于10X Genomics Visium样本,提供高质量分析和增强工具,强调交互性和高级分析功能,支持跨样本比较和用户上传数据 当前版本主要聚焦于10X Genomics Visium样本,可能限制了其他平台数据的覆盖范围 开发一个交互式空间转录组学数据库,以促进对组织和疾病生物学的深入分析 空间转录组学数据,特别是来自10X Genomics Visium的组织切片样本 空间转录组学 阿尔茨海默病 空间转录组学 NA 空间转录组学数据 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10X Genomics Visium样本
27 2026-01-19
CellSNVReg: a multidimensional resource for SNV-mediated regulatory perturbations in single-cell and spatial omics
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 介绍CellSNVReg,一个多维资源,用于系统表征单细胞和空间组学中SNV介导的调控扰动 整合了460万个细胞剖面,在细胞类型和空间分辨率上系统表征SNV引起的调控扰动,涵盖六个维度,并提供定性注释和定量评分 未在摘要中明确提及具体限制,可能包括数据整合的复杂性或平台适用性范围 研究SNV如何通过多个分子层扰动基因调控,并探索其在正常和疾病背景下的功能影响 人类正常、肿瘤和其他疾病组织中的单细胞和空间组学数据 生物信息学 肿瘤 scRNA-seq, spatial transcriptomics, scATAC-seq NA 单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据、单细胞ATAC-seq数据 460万个细胞剖面 NA single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics NA NA
28 2026-01-19
SEA version 4.0: a major expansion and update of the Super-Enhancer Archive
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了超级增强子数据库SEA版本4.0的重大扩展与更新,这是一个用于阐明超级增强子作用的系统性平台 新增了H3K4me1作为关键组蛋白标记,扩展至14个物种,引入了基于香农熵的算法识别特异性超级增强子,并提供了整合超级增强子、增强子、转录因子和邻近基因的交互式调控网络 未明确说明数据库覆盖的样本类型或疾病状态的全面性,以及算法在复杂疾病中的验证程度 构建一个系统性的超级增强子数据库平台,以解码超级增强子在发育和疾病中的调控机制 超级增强子、增强子及其相关的基因组调控元件 生物信息学 癌症 单细胞RNA测序、组蛋白修饰分析 基于香农熵的算法 基因组学数据、表观遗传学数据 12个癌症和正常样本的单细胞RNA-seq数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
29 2026-01-19
connectomeDB2025: a rigorously curated, multi-species resource of experimentally supported ligand-receptor interactions
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了经过严格更新的connectomeDB2025数据库,这是一个包含多物种、经实验验证的配体-受体相互作用的开放获取资源 通过AI辅助文献挖掘和人工筛选,移除了超过2900个错误分类或缺乏证据的相互作用,并新增了827对(其中264对为2020年后首次描述)其他数据库未收录的配体-受体对,拥有2359个独有的证据链接,成为目前基于原始实验证据最可靠的配体-受体数据库 NA 为单细胞RNA测序和空间转录组数据分析中的细胞间通讯网络推断提供高质量的参考目录 脊椎动物的配体-受体相互作用对 生物信息学 NA AI辅助文献挖掘、人工筛选 NA 文献数据、实验证据 3579对脊椎动物相互作用,源自2803篇研究文章,共包含5429个证据链接 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
30 2026-01-19
Spatial GWAS Atlas: a knowledgebase for decoding the genetic architecture of complex traits in spatial resolution
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了Spatial GWAS Atlas,这是一个通过整合GWAS汇总统计数据和空间转录组数据,在单细胞分辨率下解析复杂性状遗传结构的首个综合性知识库 首次系统性地将GWAS汇总统计数据与空间转录组数据整合,构建了首个能够定位组织空间架构中遗传效应的综合性资源 NA 解码复杂性状在空间分辨率下的遗传结构 3854个经过整理的GWAS数据集(涵盖多种性状)和635个空间转录组数据集(涵盖多个物种、组织和平台) 生物信息学 复杂性状与疾病 空间转录组学 NA 基因表达数据、空间坐标数据、GWAS汇总统计数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
31 2026-01-19
scGeneBank: cross-species screening of functional gene sets at single-cell resolution
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 介绍了一个名为scGeneBank的数据库和分析门户,用于在单细胞分辨率下进行基因集驱动的探索和跨物种比较 整合了来自136个物种、104.9百万个细胞的1134个单细胞转录组数据集,并提供了八个交互式分析模块,支持跨物种、器官和细胞类型的基因集活性比较 NA 为单细胞转录组数据的基因集分析和跨物种比较提供一个统一的框架 单细胞转录组数据、基因集、细胞类型、器官和物种 生物信息学 NA 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组数据 1134个数据集,总计104.9百万个细胞,来自136个物种,覆盖430个器官和1070个解剖区域 NA 单细胞RNA-seq NA NA
32 2026-01-19
NONCODE v7.0: updated lncRNA resource integrating scRNA-seq data encompassing immune baseline, development, and disease
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了NONCODE v7.0数据库的更新,通过整合scRNA-seq数据,系统分析了lncRNA的表达,涵盖免疫基线、发育和疾病等多个方面 首次将大规模scRNA-seq数据整合到lncRNA数据库中,提供单细胞定制的功能模块,包括数据查询、交互可视化和比较分析,以识别细胞类型特异性差异表达的lncRNA 数据库主要基于现有scRNA-seq数据集,可能未覆盖所有组织或疾病类型,且功能模块的深度分析可能受数据质量和注释限制 构建一个整合scRNA-seq数据的lncRNA资源数据库,以促进lncRNA在免疫、发育和疾病中的功能研究 人类长非编码RNA(lncRNA)及其在单细胞水平上的表达模式 生物信息学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞RNA测序数据 2061个人类scRNA-seq样本,来自229个数据集,涵盖1400万高质量细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
33 2026-01-19
PBMCpedia: a harmonized PBMC scRNA-seq database with unified mapping and enhanced celltype annotation
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 PBMCpedia是一个统一的PBMC单细胞RNA测序数据库,通过标准化流程处理了来自24项研究的519个样本,提供增强的细胞类型注释和跨疾病比较功能 首次创建了一个透明、统一且疾病多样化的PBMC单细胞RNA测序资源库,整合了跨研究的转录组和蛋白质组数据,支持元数据感知的跨疾病、细胞类型、性别和年龄组比较 数据库主要基于公开可用数据,可能受原始研究的设计和质量限制,且样本覆盖的疾病类型和人口统计学特征可能不完全均衡 解决PBMC单细胞转录组研究中跨数据集整合的困难,为免疫状态分析提供一个标准化的资源平台 外周血单个核细胞(PBMCs) 单细胞转录组学 自身免疫性疾病、感染性疾病、神经退行性疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、T细胞受体/B细胞受体库数据、表面蛋白测量数据 519个样本(超过430万个细胞),来自24项公开研究 NA 单细胞RNA-seq NA NA
34 2026-01-19
Expression Atlas in 2026: enabling FAIR and open expression data through community collaboration and integration
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了Expression Atlas在2026年的更新,作为一个支持FAIR原则的开放表达数据知识库,通过社区合作与集成扩展了内容和功能 新增了批量基线实验的标记基因分析模块,整合了单细胞RNA-seq数据集如Tabula Sapiens和GTEx单核图谱,并计划现代化分析流程和AI就绪数据格式 未明确提及具体的技术或数据限制细节 构建和维护一个可查找、可访问、可互操作和可重用(FAIR)的基因和蛋白质表达数据资源,以支持基础和转化研究 基因和蛋白质表达数据,涵盖组织、细胞类型、条件和多个物种 生物信息学 NA 单细胞RNA-seq NA 基因表达数据、蛋白质组学数据 超过4500项研究,涉及67个物种,包括数百个单细胞RNA-seq实验 NA 单细胞RNA-seq NA NA
35 2026-01-19
The 2026 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
综述 本文介绍了2026年《核酸研究》数据库特刊的内容,包括新数据库发布、现有数据库更新以及在线分子生物学数据库集合的维护情况 特刊首次收录了突破性论文,如JoGo(人类单倍型分层命名和情境化数据库)和So3D(真正的3D空间转录组学数据库),并引入了社区导向的新数据库如Open Enzyme Database和QSproteome NA 汇总和展示分子生物学及相关领域的最新数据库资源,促进数据共享和科学发现 分子生物学数据库,包括核酸、蛋白质结构、酶、空间转录组学等类型 生物信息学 NA NA NA 数据库 NA NA NA NA NA
36 2026-01-19
LOXL2⁺ cancer-associated fibroblasts shape WNT signaling to drive chemoresistance and poor outcomes in colorectal cancer: Insights from multi-omics and epidemiological analyses
2026-Jan-06, Neoplasia (New York, N.Y.)
研究论文 本研究通过整合多组学数据和流行病学分析,揭示了LOXL2⁺癌症相关成纤维细胞在结直肠癌化疗耐药和不良预后中的关键作用 首次系统性地结合单细胞、空间转录组学和流行病学数据,识别出LOXL2⁺ CAF亚型通过激活WNT信号通路驱动化疗耐药,并验证其临床预后价值 研究主要基于回顾性队列数据,需要前瞻性临床试验进一步验证LOXL2作为生物标志物和治疗靶点的有效性 阐明癌症相关成纤维细胞亚型在结直肠癌进展和化疗耐药中的分子机制及临床意义 结直肠癌患者组织样本、癌症相关成纤维细胞、肿瘤细胞 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 免疫荧光, 功能实验 多组学整合分析, Cox回归模型 转录组数据, 空间定位数据, 临床数据 多个结直肠癌队列的患者组织样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
37 2026-01-19
iFish: a comprehensive multi-omics database for fish genetics, transcriptional regulation, and epigenetic research
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了iFish,一个全面整合鱼类多组学数据的数据库,涵盖基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据 首次构建了一个涵盖88种鱼类、整合多组学数据的综合数据库,包括大规模变异识别、转录调控网络构建和跨物种保守性分析 NA 为鱼类遗传学、转录调控和表观遗传学研究提供全面的数据资源和工具平台 88种鱼类 生物信息学 NA 全基因组测序、RNA-seq、单细胞RNA-seq、miRNA-seq、表观遗传学测序、蛋白质组学 NA 基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组数据 涵盖884个全基因组测序数据集、9797个批量RNA-seq数据集、293个单细胞RNA-seq数据集、840个miRNA-seq数据集、1563个表观遗传学测序数据集和50个蛋白质组学项目 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
38 2026-01-19
LnCeVar 2.0: an updated resource and web tools for genomic variations disrupting ceRNA networks from single-cell/spatial transcriptomics data
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了LnCeVar 2.0,一个更新的数据库和网络工具,用于研究通过单细胞和空间转录组学数据破坏ceRNA网络的基因组变异 更新了数据库,增加了更多实验支持的癌症生物标志物、ceRNA相互作用和SNV-ceRNA事件,整合了单细胞RNA测序和空间转录组学数据集,并提供了新的推断工具来分析SNV对细胞类型、状态和功能的影响 NA 促进高分辨率研究SNV-ceRNA网络,并增进对复杂疾病生态系统中调控机制的理解 基因组变异、ceRNA网络、单细胞和空间转录组学数据 生物信息学 癌症 单细胞RNA测序、空间转录组学RNA测序 NA 基因组变异数据、转录组学数据 覆盖102种疾病、临床治疗和正常组织的812个单细胞RNA测序/空间转录组学RNA测序数据集,涉及2,673,603个细胞/斑点 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
39 2026-01-19
RNAPaceDB: a dedicated database to dissect RNA velocity across diverse cell types
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了RNAPaceDB,一个专门用于解析不同细胞类型中RNA速度的数据库 整合了来自144个数据集的单细胞RNA测序数据,涵盖超过210万个细胞,并提供了基于六种计算模型生成的4380个速度流图,首次构建了一个专门用于探索跨细胞类型RNA速度模式的综合数据库 数据库依赖于现有公开数据集的质量和注释,且RNA速度计算模型的准确性可能影响结果的解读 构建一个综合数据库以解析RNA速度模式,促进对基因表达动态时间逻辑的理解 单细胞RNA测序数据中的细胞 生物信息学 多种疾病(涵盖41种疾病) 单细胞RNA测序 六种计算模型(未指定具体名称) 单细胞RNA测序数据 超过210万个细胞,来自144个数据集,涵盖81种细胞类型和41种疾病 NA 单细胞RNA-seq NA NA
40 2026-01-19
ViMIC 2.0: an updated database of human disease-related viral mutations, integration sites, and multi-omics data
2026-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了ViMIC 2.0数据库的更新内容,该数据库整合了与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点和多组学数据 相较于前一版本,ViMIC 2.0显著扩展了数据规模(病毒类型从8种增至28种,病毒突变条目从31,712增至64,168,相关疾病从77种增至177种,文献从2,539篇增至6,433篇),并新增了单细胞转录组测序(scRNA-seq)和基因组结合/占据谱等数据类型,同时增强了可视化分析功能 NA 为病毒学研究社区提供一个用户友好、更新及时且维护良好的资源数据库 与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点及多组学数据 生物信息学 病毒相关疾病 单细胞转录组测序(scRNA-seq)、基因组结合/占据谱分析、ChIP-seq、ChIP-on-chip、ATAC-seq、甲基化分析 NA 多组学数据、序列数据、表达谱数据、甲基化数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 甲基化分析, ChIP-seq, ATAC-seq NA NA
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