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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-01-17 |
Integrated Single-Nucleus and Spatial Transcriptomics Elucidate Heterogeneity and Hypoxia-Driven Organization of Supratentorial Ependymoma
2026-Jan-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2694
PMID:41150895
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研究论文 | 本研究通过整合单核和空间转录组学,揭示了幕上室管膜瘤的异质性及缺氧驱动的空间组织模式 | 首次结合单核与空间转录组学技术,识别出两个与细胞外基质重塑和ZFTA融合身份相关的新转录程序,并开发了对混合点转录组敏感的空间评分算法,以阐明缺氧在空间组织中的驱动作用 | 样本量相对有限(单核n=63,空间n=30),且研究聚焦于ZFTA融合阳性肿瘤,可能未全面覆盖所有ST-EPN亚型 | 探究幕上室管膜瘤的分子异质性和空间组织结构,以促进未来靶向治疗策略的开发 | 幕上室管膜瘤(ST-EPN)肿瘤组织 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单核转录组学, 空间转录组学 | 空间评分算法 | 转录组数据 | 单核样本63个,空间样本30个 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 22 | 2026-01-17 |
Unraveling the Effects and Characteristics of Proliferating Tumor and Cytotoxic T Cells in Colorectal Cancer
2026-Jan-16, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-2026
PMID:41201451
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研究论文 | 本研究通过多色免疫组化和单细胞RNA测序,揭示了结直肠癌中增殖性肿瘤细胞和细胞毒性T细胞的特性及其预后意义 | 首次系统性地将肿瘤细胞增殖与细胞毒性T细胞增殖结合起来分析其空间分布和预后关联,并发现高增殖性肿瘤细胞与更好的生存结局相关,挑战了传统认知 | 研究为回顾性分析,且单细胞RNA测序样本量相对较小(62例),需要前瞻性研究进一步验证 | 探究结直肠癌中增殖性肿瘤细胞和细胞毒性T细胞的特性及其预后意义 | 结直肠癌患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 多色免疫组化(mIHC),单细胞RNA测序(scRNA-seq),数字图像分析 | NA | 图像,单细胞RNA测序数据 | 两个独立队列共1839名患者(用于mIHC分析),以及来自62例结肠癌的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-01-17 |
TNF superfamily member 14 drives post-influenza depletion of alveolar macrophages, enabling secondary pneumococcal pneumonia
2026-Jan-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI185390
PMID:41252214
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研究论文 | 本研究揭示了TNF超家族成员14(TNFSF14)在流感后肺泡巨噬细胞耗竭中的作用,从而促进继发性肺炎链球菌肺炎的发生 | 通过单细胞转录组学和细胞特异性PCR分析,首次确定了TNFSF14配体/受体轴是流感后组织驻留肺泡巨噬细胞死亡的关键驱动因素 | 研究主要基于体内模型和患者样本分析,可能未完全涵盖所有临床场景或人群差异 | 阐明流感后组织驻留肺泡巨噬细胞耗竭的分子机制,并探索治疗靶点以预防继发性细菌性肺炎 | 流感A病毒感染及与肺炎链球菌共感染的小鼠模型,以及重症病毒诱导急性呼吸窘迫综合征患者的支气管肺泡灌洗液 | 免疫学 | 肺炎 | 单细胞转录组学,细胞特异性PCR分析 | NA | 转录组数据,PCR数据 | 未明确指定样本数量,但包括小鼠模型和患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2026-01-17 |
Circadian Control of Neutrophils Drives Collateral Perfusion and Stroke Outcome
2026-Jan-16, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326438
PMID:41293815
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研究论文 | 本研究探讨了昼夜节律如何通过调控中性粒细胞功能影响侧支灌注和卒中结局 | 首次揭示中性粒细胞的昼夜节律性活动通过调控NET形成影响卒中侧支灌注,为卒中治疗提供了新的时间依赖性治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类患者数据为观察性关联分析,需进一步验证因果机制 | 探究昼夜节律调控中性粒细胞功能对卒中侧支灌注和临床结局的影响机制 | 小鼠卒中模型和540例缺血性卒中患者 | 神经科学 | 卒中 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜、激光散斑成像 | NA | 基因表达数据、影像数据、临床数据 | 小鼠模型及540例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2026-01-17 |
A gene-expression module identifies circulating immune cells with enhanced recruitment to sites of inflammation
2026-Jan-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.114227
PMID:41531734
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研究论文 | 本研究通过纵向单细胞转录组学分析,在肾移植受者外周血中发现了一个保守的基因模块ALARM,该模块协调免疫细胞向炎症部位的招募和效应功能 | 首次鉴定出ALARM基因模块,该模块整合了转录因子、归巢受体和早期激活标志物,揭示了其在免疫细胞招募和代谢重编程中的核心作用 | 研究主要基于肾移植受者和动物模型,在更广泛人群中的普适性有待进一步验证 | 探究循环免疫细胞基因表达程序如何影响其向炎症组织的招募过程 | 肾移植受者的外周血免疫细胞、移植排斥组织、猪模型以及公共数据集中的健康个体和感染患者 | 单细胞转录组学 | 肾脏移植排斥、COVID-19感染、肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 肾移植受者外周血样本、移植排斥组织、猪模型及公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2026-01-17 |
CD19 CAR T-Cell Therapy for Autoimmune Hemolytic Anemia
2026-Jan-15, The New England journal of medicine
DOI:10.1056/NEJMoa2509820
PMID:41534043
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研究论文 | 本研究评估了CD19 CAR T细胞疗法在治疗多药难治性自身免疫性溶血性贫血患者中的安全性和有效性 | 首次将CD19 CAR T细胞疗法应用于多药难治性自身免疫性溶血性贫血患者,并进行了多组学分析以探索复发机制 | 样本量较小(仅11例患者),且随访时间中位数为12.2个月,长期疗效和安全性尚需进一步观察 | 评估CD19 CAR T细胞疗法在多药难治性自身免疫性溶血性贫血患者中的安全性和疗效 | 多药难治性自身免疫性溶血性贫血患者 | NA | 自身免疫性溶血性贫血 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、配对B细胞受体测序 | NA | 临床数据、多组学数据 | 11例患者(5例来自同情使用项目,6例来自1期研究) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2026-01-17 |
scII: Dual-Threshold Adaptive Integration of Single-Cell Multiomics Data Driven by Imputation
2026-Jan-15, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c02396
PMID:41537610
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scII的自适应框架,用于整合单细胞多组学数据,特别是scRNA-seq和scATAC-seq数据,以解决现有方法在准确性、可解释性和可扩展性方面的挑战 | scII框架引入了多项关键创新:scRNA-seq引导的信号插补以增强scATAC-seq信息完整性;使用带Maxout激活函数的多层感知器建模复杂非线性关系并缓解梯度消失问题;动态双阈值自适应选择机制联合评估跨模态特征相似性和分类可靠性以选择高质量细胞;以及基于贝叶斯信息准则的优化动态确定高斯混合模型组件数量,消除对预设参数的依赖 | NA | 开发一个自适应框架以高效整合未配对的单细胞RNA测序和染色质可及性测序数据,并实现细胞类型注释的准确转移 | 单细胞多组学数据,包括基因表达数据和染色质可及性数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | 多层感知器,高斯混合模型 | 基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-01-17 |
Transient ER stress cell-autonomously promotes beta cell cycling in mice
2026-Jan-15, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06649-3
PMID:41537777
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型发现,短暂的内质网应激可自主促进β细胞增殖,为糖尿病治疗提供了新的潜在策略 | 首次揭示了转基因过表达、内质网应激、葡萄糖与β细胞周期激活之间的关联,并证明短暂内质网应激可独立于血管恢复促进β细胞增殖 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证;且内质网应激诱导的长期效应和安全性仍需进一步评估 | 探究内分泌胰腺实验性低血管化恢复是否能触发小鼠β细胞增殖 | 转基因小鼠模型中的胰腺β细胞 | 糖尿病研究 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序,定量RT-PCR,免疫染色,BrdU/Edu标记 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据,图像数据 | 未明确指定样本数量,但使用了转基因小鼠模型和体外胰岛实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-01-17 |
Single-cell atlas of axial skeletal immune-matrix interaction in spondylitis
2026-Jan-15, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-025-09743-1
PMID:41537924
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术,构建了强直性脊柱炎患者中轴骨骼的免疫-基质相互作用图谱,揭示了致病性细胞毒性T淋巴细胞与基质成纤维细胞之间的相互作用轴 | 首次在强直性脊柱炎患者的中轴骨骼组织中,通过整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq技术,在空间和基质背景下解析了细胞毒性T淋巴细胞与骨基质微环境的原位相互作用 | 研究样本来源于手术患者,可能无法完全代表疾病早期阶段;研究为横断面设计,因果关系需进一步验证 | 解析强直性脊柱炎中轴骨骼受累的免疫-基质相互作用机制 | 强直性脊柱炎患者和年龄匹配对照者的中轴骨骼组织(椎体骨髓、附着点纤维软骨、邻近终板基质组织) | 单细胞多组学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 整合聚类分析、差异基因表达分析、染色质可及性分析、拟时序轨迹分析、配体-受体网络推断 | 单细胞转录组数据、单细胞表观基因组数据 | 24名活动性强直性脊柱炎患者和12名年龄匹配对照者,共108,752个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-01-17 |
Subventricular zone radial glial cells maintain inhibitory neuron production in the human brain
2026-Jan-15, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adw1803
PMID:41538440
|
研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组学分析人脑中内侧神经节隆起,揭示了抑制性神经元生成的进化独特性机制 | 发现了人脑室下区存在一种进化上独特的放射状胶质细胞祖细胞类型,该细胞在整个大脑发育过程中持续产生抑制性神经元和胶质细胞 | NA | 探究人类抑制性神经元生成的机制及其在脑进化中的独特性 | 人脑中内侧神经节隆起(hMGE)及其衍生的细胞 | 单细胞组学 | NA | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2026-01-17 |
Targeting the CMKLR1-Mediated Signaling Rebalances Immunometabolism State in Middle-Age Testicular Macrophages
2026-Jan-15, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202515166
PMID:41538650
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了CMKLR1介导的巨噬细胞代谢重编程在中年睾丸免疫代谢失衡中的作用,并验证了CMKLR1作为治疗靶点 | 首次在人和小鼠睾丸中鉴定出保守的CD206MHCII巨噬细胞亚群,并发现CMKLR1介导的代谢重编程导致其向糖酵解和促炎状态转变,进而损害精子发生 | NA | 探究脂肪介导的信号如何与局部睾丸免疫相互作用,以及CMKLR1在调节睾丸免疫代谢平衡中的作用 | 人和小鼠的睾丸组织,特别是其中的巨噬细胞亚群 | NA | 男性性腺功能减退症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-01-17 |
Single-Cell Profiling of ANKRD26 Thrombocytopenia Reveals Progenitor Expansion and Polyploid Apoptosis via JUNB-p21
2026-Jan-15, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025030017
PMID:41538704
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和功能分析,揭示了ANKRD26相关血小板减少症的病理机制,包括巨核细胞祖细胞扩增和多倍体巨核细胞凋亡 | 首次在多个患者中整合单细胞转录组学与功能分析,发现ANKRD26通过JUNB-p21轴诱导多倍体巨核细胞凋亡,独立于经典p53-PIDDosome通路 | 样本量较小(仅四名患者),且巨核细胞稀有、脆弱且异质性强,可能限制统计效力 | 探究ANKRD26相关血小板减少症的细胞和分子机制,以理解缺陷的巨核细胞生成 | ANKRD26相关血小板减少症患者的骨髓样本,包括CD34⁺造血干细胞和祖细胞以及原代巨核细胞 | 数字病理学 | 血小板减少症 | 单细胞转录组学,空间转录组学,共聚焦成像 | NA | 单细胞RNA-seq数据,空间转录组数据,成像数据 | 四名独立患者,分析包括47,281个THC2-HSPCs与51,907个对照细胞,以及7,309个THC2-pMKs与5,077个对照细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 33 | 2026-01-17 |
DPM: A Deep Learning and Optimal Transport Framework for Cost-Effective Spatial Metabolomics
2026-Jan-15, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c06903
PMID:41538726
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习与最优传输理论的框架DPM,用于从相邻切片数据中准确预测空间代谢组学中代谢物的空间分布 | 首次将最优传输理论引入空间代谢组学数据预测,提出了一种优化的映射策略,在配准和预测精度上超越了传统的基于特征相似性的方法 | NA | 开发一种成本效益高的空间代谢组学数据预测方法,以降低高分辨率、多切片质谱成像的高昂成本 | 组织切片中的空间代谢物分布 | 空间代谢组学 | NA | 质谱成像(MSI) | 深度学习 | 图像 | NA | NA | 空间代谢组学 | NA | NA |
| 34 | 2026-01-17 |
Integration of imaging-based and sequencing-based spatial omics mapping on the same tissue section via DBiTplus
2026-Jan-15, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02948-0
PMID:41540123
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DBiTplus的新型空间组学技术,可在同一组织切片上整合基于成像和测序的空间组学图谱 | 开发了DBiTplus技术,首次实现了在同一组织切片上结合测序空间转录组学和多重蛋白质成像,并利用空间条形码和RNase H介导的cDNA回收技术,同时保持组织结构用于蛋白质成像 | NA | 开发一种整合多模态空间组学方法,以在单细胞分辨率下研究细胞异性和功能 | 冷冻小鼠胚胎、福尔马林固定石蜡包埋的人淋巴结和淋巴瘤组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学、多重蛋白质成像、空间条形码、RNase H介导的cDNA回收 | NA | 空间转录组数据、蛋白质成像数据 | 多种样本类型,包括小鼠胚胎和人类淋巴组织 | NA | 单细胞空间转录组学、空间蛋白质组学 | DBiTplus | DBiTplus整合工作流程,结合测序空间转录组学和多重蛋白质成像 |
| 35 | 2026-01-17 |
Efficient stem cell-derived mouse embryo models for environmental studies
2026-Jan-14, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.004
PMID:40882624
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研究论文 | 本研究开发了一种模块化方法,通过聚集三种小鼠干细胞类型来生成高效、完整的类囊胚结构(iG4-blastoids),用于环境因素对胚胎发育影响的研究 | 提出了一种模块化方法,通过组合胚胎干细胞、可诱导GATA4表达的胚胎干细胞和滋养层干细胞,高效生成具有完整三谱系且能空腔化的类囊胚结构,并证明其能模拟植入后形态发生 | 研究基于小鼠干细胞模型,与人类胚胎可能存在物种差异;体外培养系统可能无法完全模拟体内复杂环境 | 开发一种高效、完整的干细胞衍生胚胎模型,用于研究环境因素对胚胎发育的影响 | 小鼠胚胎干细胞、可诱导GATA4表达的胚胎干细胞、滋养层干细胞及其生成的类囊胚结构 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、体外培养 | 干细胞衍生胚胎模型 | 基因表达数据、形态学数据 | 未明确具体样本数量,但提及生成效率约80% | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-01-17 |
Interpretable trajectory inference with single-cell linear adaptive negative-binomial expression (scLANE) testing
2026-Jan-14, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1494
PMID:41533563
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研究论文 | 本文提出了一种名为scLANE的可解释轨迹推断方法,用于单细胞RNA-seq数据中基因表达动态变化的统计测试 | scLANE方法基于可解释的广义线性模型,通过经验选择基样条处理非线性,并扩展至估计方程和混合模型,以支持复杂实验设计下的可靠轨迹测试 | NA | 开发一种可解释的统计方法,用于识别单细胞RNA-seq数据中与轨迹进展显著相关的基因表达变化 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达动态 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 广义线性模型, 基样条 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2026-01-17 |
Correction to 'inDrops-2: a flexible, versatile and cost-efficient droplet microfluidic approach for high-throughput scRNA-seq of fresh and preserved clinical samples'
2026-Jan-14, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag009
PMID:41533593
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2026-01-17 |
scSNViz: Visualization and analysis of Cell-Specific expressed SNVs
2026-Jan-14, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag023
PMID:41533688
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研究论文 | 本文介绍了scSNViz,一个用于从单细胞RNA测序数据中探索、量化和可视化表达的单核苷酸变异的R包 | 开发了首个专注于表达SNV可视化和定量分析的工具,支持变异等位基因分数估计、SNV表达谱聚类以及2D/3D可视化,并整合了多种单细胞分析框架 | 工具依赖于现有单细胞分析框架(如Seurat、Slingshot),可能受限于这些框架的性能;且主要针对有生物信息学经验的用户,尽管提供了示例工作流 | 开发一个工具来准确表征单细胞水平的表达遗传变异,以理解转录异质性、等位基因调控和突变动态 | 单细胞RNA测序数据中的表达单核苷酸变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2026-01-17 |
Dynamics of lung-infiltrating virus-specific T cells associated with age-dependent SARS-CoV-2 pneumonia severity
2026-Jan-14, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013866
PMID:41533733
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研究论文 | 本研究通过建立小鼠适应SARS-CoV-2株感染的Nr4a3-Tocky小鼠模型,探究了年龄依赖性SARS-CoV-2肺炎严重性与肺浸润病毒特异性T细胞动态的关系 | 利用新型Nr4a3-Tocky小鼠模型,首次在活体内通过荧光Timer蛋白分析抗原反应性T细胞的动态和诱导,揭示了年龄相关肺炎症与抗原特异性T细胞延迟诱导共存导致更严重肺炎的机制 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全模拟人类COVID-19的复杂免疫反应,且样本量未明确说明 | 探究年龄依赖性SARS-CoV-2肺炎严重性的免疫机制,特别是肺浸润病毒特异性T细胞的动态作用 | 成年和老年Nr4a3-Tocky小鼠,感染小鼠适应SARS-CoV-2株 | 免疫学 | COVID-19肺炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、荧光Timer蛋白分析、细胞因子检测 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据、细胞因子浓度数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2026-01-17 |
Combined inhibition of FACT and BET disrupts transcription to suppress tumor growth in mouse models of diffuse midline glioma
2026-Jan-14, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adr1557
PMID:41533777
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研究论文 | 本研究探索了联合抑制FACT和BET蛋白在治疗弥漫性中线胶质瘤中的疗效和机制 | 首次提出并验证了联合靶向FACT和BET蛋白在DMG中的协同治疗效果,揭示了其通过诱导转录崩溃和激活免疫反应的双重作用机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外培养,临床转化效果尚需进一步验证 | 开发针对弥漫性中线胶质瘤的新型联合治疗策略 | 弥漫性中线胶质瘤细胞、小鼠异种移植模型 | 肿瘤生物学 | 弥漫性中线胶质瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | 三个独立的患者来源异种移植模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |