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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-12-08 |
Tumor necrosis factor from leukemic environment stimulates hematopoietic stem / progenitor cells toward megakaryocyte / myeloid lineage bias
2025-Dec-04, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.105332
PMID:41352655
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研究论文 | 本研究探讨了急性髓系白血病(AML)骨髓环境中肿瘤坏死因子(TNF-α)如何驱动正常造血干细胞/祖细胞向巨核细胞/髓系谱系偏倚,导致其耗竭 | 揭示了白血病骨髓环境中TNF-α信号上调是导致正常造血干细胞/祖细胞向巨核细胞/髓系谱系偏倚的关键机制,为理解白血病生物学和正常造血提供了新视角 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人类患者中验证,且TNF-α以外的其他环境因素可能也参与其中 | 探究AML骨髓中残留正常造血系统受损的机制 | 小鼠MLL-AF9诱导的AML模型中的非白血病造血干细胞/祖细胞(nl-HSPC)及正常造血干细胞/祖细胞(HSC/HSPC) | 血液学与肿瘤学 | 急性髓系白血病 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2025-12-08 |
KRAS Withdrawal in Cholangiocarcinoma Leads to Immune Infiltration and Tumor Regression
2025-Dec-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202511312
PMID:41332325
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研究论文 | 本研究通过构建条件性TRE.Kras/Trp53敲除小鼠模型,探索KRAS抑制在胆管癌中的治疗效果及其免疫机制 | 首次利用转座子系统与CRISPR-Cas9技术构建条件性KRAS/TP53敲除胆管癌小鼠模型,并揭示KRAS撤除通过激活CD8 T细胞和促炎因子诱导肿瘤消退 | 研究主要基于小鼠模型,人类胆管癌的临床转化效果尚需验证;单细胞RNA-Seq样本量未明确说明 | 探究KRAS抑制在胆管癌治疗中的作用机制与潜在疗效 | 条件性TRE.Kras/Trp53敲除胆管癌小鼠模型及同种移植模型 | 肿瘤免疫学 | 胆管癌 | CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA-Seq、批量RNA-Seq、免疫组化、共聚焦免疫荧光、细胞因子阵列 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、免疫染色图像、细胞因子分泌数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及小鼠模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-12-08 |
Multi-omics integrated analysis identifies causal risk factors and therapeutic targets for diabetic retinopathy
2025-Dec-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07353-x
PMID:41340073
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析,系统识别了糖尿病视网膜病变的因果风险因素和治疗靶点 | 首次通过双样本孟德尔随机化、共定位/SMR、NHANES数据、转录组学和机器学习等多方法整合,系统识别DR的因果基因、风险因素和核心调控靶点 | 研究主要基于观察性数据和遗传学证据,需要进一步实验验证靶点的功能机制 | 探索糖尿病视网膜病变的风险因素、致病机制和潜在治疗靶点 | 糖尿病视网膜病变患者及其亚型(背景性DR、增殖性DR) | 生物信息学 | 糖尿病视网膜病变 | 孟德尔随机化、共定位分析、SMR、转录组学、单细胞转录组学、机器学习 | 逻辑回归、限制性立方样条、机器学习模型、列线图 | 遗传数据、蛋白质数据、转录组数据、临床调查数据 | NHANES 1999-2010横断面数据,涉及16,989个基因和2,923个蛋白质 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-12-08 |
Multi-omics data mining reveals macrophage-mediated effects of cathepsin B on esophageal adenocarcinoma risk
2025-Dec-03, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149423
PMID:41349740
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研究论文 | 本研究通过多组学数据挖掘揭示了组织蛋白酶B通过调控巨噬细胞影响食管腺癌风险的因果机制 | 首次整合孟德尔随机化、全转录组关联研究、单细胞RNA测序和单细胞表达数量性状位点分析,系统阐明了CTSB通过巨噬细胞清道夫受体调控肿瘤相关巨噬细胞表型从而影响EAC风险的分子通路 | 研究主要基于西方人群数据,结论在其他人群中的普适性有待验证;实验验证部分主要依赖免疫组化,后续需要更多功能实验支撑 | 探究组织蛋白酶家族与食管腺癌的因果关系及潜在发病机制 | 组织蛋白酶B(CTSB)与食管腺癌风险 | 生物信息学 | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序,孟德尔随机化,全转录组关联研究,单细胞表达数量性状位点分析,免疫组化,蛋白质对接 | 多组学整合分析模型 | 基因组数据,转录组数据,单细胞表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2025-12-08 |
Pan-cancer gene set discovery via scRNA-seq for optimal deep learning based downstream tasks
2025-Dec-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27296-z
PMID:41330999
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研究论文 | 本研究提出了一种通过整合单细胞RNA测序数据和先进分析技术,为癌症基因组学下游任务进行特征选择的稳健方法 | 首次提出利用单细胞RNA测序数据推导的基因集在泛癌研究中优于基于批量RNA测序选择的基因集,并整合hdWGCNA和XGBoost进行特征选择 | 研究仅分析了13种癌症类型的181个肿瘤活检样本,样本量和癌症类型覆盖范围可能有限 | 开发优化的基因集选择方法以提高泛癌下游任务的预测准确性 | 13种癌症类型的肿瘤活检样本及TCGA泛癌RNA测序数据 | 机器学习 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 多层感知机,图神经网络,XGBoost | 转录组数据 | 181个肿瘤活检样本(来自13种癌症类型) | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2025-12-08 |
Deciphering the liver's role in pancreatic cancer metastasis: pathways and therapeutic approaches
2025-Dec-02, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01202-2
PMID:41331510
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综述 | 本文综述了胰腺导管腺癌肝转移的机制,重点关注肝脏作为转移前微环境的形成过程及其分子通路 | 结合空间组织学图谱、单细胞测序等前沿技术,重新审视并批判性评估了Paget的‘种子与土壤’假说在肝转移微环境研究中的适用性 | 作为一篇综述文章,主要基于现有文献进行分析,未提出新的原始实验数据或临床验证 | 深入理解胰腺导管腺癌肝转移的生物学机制,为开发靶向治疗和改善临床预后提供理论基础 | 胰腺导管腺癌(PDAC)及其肝转移病灶 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间组织学图谱、单细胞测序、分子标记物鉴定 | NA | 组织切片、测序数据、分子标记数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 27 | 2025-12-08 |
Single-cell analysis of lung cancer metabolism and its clinical implications
2025-Dec-02, Cancer treatment and research communications
DOI:10.1016/j.ctarc.2025.101055
PMID:41352205
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术系统探索了肺癌肿瘤微环境中不同细胞类型的代谢通路,并识别了具有诊断和预后意义的潜在生物标志物 | 首次在单细胞分辨率下对肺癌恶性细胞的代谢特征进行全面探索,并根据代谢活性将恶性细胞分为高、中、低代谢三个亚组,揭示了低代谢状态与免疫信号通路及癌症干细胞样特征的关联 | NA | 探索肺癌肿瘤微环境中不同细胞类型的代谢特征及其临床意义 | 肺癌肿瘤微环境中的细胞,包括恶性细胞和非恶性细胞类型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2025-12-08 |
Abatacept restores dysregulated transcriptomic and proteomic profile in disorders of CTLA-4 insufficiency
2025-Dec, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.08.027
PMID:40967277
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法探究了阿巴西普治疗对LRBA缺陷和CTLA-4功能不全患者免疫系统的影响 | 首次采用整合纵向流式细胞术、靶向及单细胞转录组学与血浆蛋白质组学的多模态方法,揭示了阿巴西普治疗逆转免疫失调的新机制 | 研究样本可能较小,且为罕见疾病,结果推广需谨慎 | 探究阿巴西普在LRBA缺陷和CTLA-4功能不全疾病中的免疫调节作用 | LRBA缺陷和CTLA-4功能不全患者 | 生物信息学 | 原发性免疫失调疾病 | 纵向流式细胞术、靶向转录组学、单细胞RNA测序、血浆蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-12-08 |
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing identifies oxidative stress signatures of radiation-induced lung injury in mice through machine learning
2025-Dec, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106863
PMID:40967560
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA和单细胞RNA测序数据,结合机器学习方法,在小鼠模型中系统分析了辐射诱导肺损伤的氧化应激特征,并筛选出关键生物标志物 | 首次整合bulk RNA和单细胞RNA测序数据,结合随机森林和SVM机器学习算法构建诊断模型,识别出5个与辐射诱导肺损伤相关的关键基因及其信号通路 | 研究基于小鼠模型,结果在人类临床中的适用性需要进一步验证 | 为辐射诱导肺损伤的早期诊断和靶向干预提供理论依据 | 小鼠辐射诱导肺损伤模型 | 机器学习 | 肺损伤 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-PCR, IHC | 随机森林, SVM | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2025-12-08 |
Decoding immune aging at single-cell resolution
2025-Dec, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2025.09.001
PMID:41006183
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在解码免疫衰老方面的应用,重点分析了年龄相关的细胞组成和功能变化 | 利用单细胞多组学技术绘制人类生命周期中的免疫轨迹,揭示了外周免疫细胞中先前未被认识的异质性和功能转变 | 存在显著的技术和分析挑战,包括跨平台和跨人群的数据整合问题 | 通过单细胞分辨率解码免疫衰老,以实现免疫衰老的早期检测、个性化免疫调节和延长健康寿命的精准策略 | 人类外周免疫细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 31 | 2025-12-08 |
Integrated multi-omics identifies GZMA targeting NK cells as a novel therapeutic strategy for hidradenitis suppurativa
2025-Dec, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2025.100363
PMID:41192724
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研究论文 | 本研究通过整合批量转录组学、孟德尔随机化和单细胞转录组分析,确定了GZMA作为化脓性汗腺炎(HS)的潜在治疗靶点,并揭示了NK细胞在疾病发病机制中的关键作用 | 首次通过多组学整合方法将GZMA确定为HS的核心治疗靶点,并利用单细胞测序技术揭示了GZMA在NK细胞中的特异性表达及其与T细胞、B细胞的通讯差异 | 研究主要基于生物信息学分析和公开数据集,缺乏体内或体外实验验证;样本量可能有限,且孟德尔随机化分析可能存在残留混杂因素 | 阐明化脓性汗腺炎的发病机制并开发基于患者免疫特征的精准干预策略 | 化脓性汗腺炎(HS)患者及相关生物样本 | 生物信息学 | 皮肤病 | 批量转录组学、孟德尔随机化、单细胞转录组测序、分子对接模拟 | WGCNA、LASSO回归、IVW、加权中位数、简单模式、加权模式、贝叶斯MR | 转录组数据、单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-12-08 |
Lactylated histone H4K8 regulation of MFN2/Wnt signaling integrates glycolytic metabolism and Müller cell activation in the pathogenesis of glaucoma
2025-Dec, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107178
PMID:41197676
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白H4K8乳酸化通过调控MFN2/Wnt信号通路,整合糖酵解代谢与Müller细胞激活,在青光眼发病机制中的作用 | 首次发现青光眼视网膜中组蛋白H4K8乳酸化显著增加,并揭示了其通过调控MFN2基因表达,进而影响Wnt/β-catenin信号通路和线粒体动力学的表观遗传调控回路 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在人类患者中进行验证;MFN2作为治疗靶点的具体干预策略和长期安全性有待进一步探索 | 探究青光眼发病过程中代谢应激、表观遗传调控与神经胶质细胞-神经元相互作用的分子机制 | 青光眼视网膜组织、Müller胶质细胞、视网膜神经节细胞、光感受器细胞 | 表观遗传学与代谢神经科学 | 青光眼 | CUT&Tag(靶向切割与标签化技术)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、体内实验 | NA | 基因组学数据、表观基因组学数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2025-12-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals tumor cell and immune cell variations associated with lymphatic metastasis in papillary thyroid cancer
2025-Dec-01, Endocrine connections
IF:2.6Q3
DOI:10.1530/EC-25-0514
PMID:41257484
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了甲状腺乳头状癌中与淋巴转移相关的肿瘤细胞和免疫细胞变异 | 首次在单细胞水平上系统分析了PTC中淋巴转移相关的细胞异质性和细胞间通讯变化,特别是识别了CD8+驻留记忆T细胞在淋巴转移中的关键调控作用 | 样本量较小(仅6例患者),缺乏外部验证队列,且仅基于转录组数据 | 探究甲状腺乳头状癌中淋巴转移的细胞分子机制 | 甲状腺乳头状癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例PTC患者的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2025-12-08 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013692
PMID:41325434
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研究论文 | 本文介绍了lr-kallisto方法,用于长读长测序数据的转录本定量分析,并展示了其在ONT数据上的应用和改进 | 开发了lr-kallisto方法,将kallisto的RNA-seq定量技术适配到长读长测序平台,实现了快速准确的转录本异构体定量 | 未明确提及具体局限性,但暗示长读长数据类型的特定性和转录本复杂性可能带来生物信息学挑战 | 实现长读长测序数据的准确转录本异构体定量,以解决生物学中的转录本水平分析问题 | RNA转录本,特别是全长转录本异构体 | 自然语言处理 | NA | 长读长测序,ONT测序,外显子捕获 | kallisto模型适配 | RNA-seq数据,长读长测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 长读长测序,RNA-seq | ONT平台 | Oxford Nanopore Technologies长读长测序数据,结合外显子捕获技术 |
| 35 | 2025-12-08 |
Spatial Transcriptomics of Patients With Kaposi Sarcoma Identifies Mechanisms of Immune Evasion
2025-Dec, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70728
PMID:41342328
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析卡波西肉瘤(KS)患者的皮肤肿瘤,以识别KSHV感染的细胞类型和肿瘤微环境中的免疫相互作用 | 首次在KS病变中同时检测人类和KSHV基因表达模式,并开发了基于空间信息的细胞类型反卷积方法,揭示了STC1高表达与巨噬细胞标志物减少之间的相关性 | 样本量较小(仅7个KS肿瘤和6个正常皮肤样本),且研究仅针对皮肤肿瘤,未涉及其他器官的KS病变 | 探究KSHV感染如何重塑皮肤组织、抑制免疫反应并导致抗癌治疗耐药的潜在机制 | 卡波西肉瘤(KS)患者的皮肤肿瘤组织和正常皮肤组织 | 空间转录组学 | 卡波西肉瘤 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 空间信息细胞类型反卷积方法 | 空间基因表达数据 | 7个KS皮肤肿瘤样本和6个正常皮肤样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2025-12-08 |
Single-cell transcriptomics reveals stepwise transformation of epithelial cells into Non-Professional Phagocytes
2025-Dec, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011953
PMID:41343490
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了果蝇卵巢上皮细胞分化为非专业吞噬细胞的逐步转化过程 | 通过Notch信号激活模型,结合单细胞RNA测序和轨迹分析,首次定义了NPP成熟的三个转录阶段,并鉴定了JNK-Jra-Arp2/3轴作为细胞骨架重塑的关键调控通路 | 研究基于果蝇模型,其机制在哺乳动物中的保守性尚未验证,且功能实验主要聚焦于JNK通路,其他潜在调控因子可能未被全面探索 | 探究上皮细胞向非专业吞噬细胞分化的遗传调控机制 | 果蝇卵巢上皮细胞(卵泡细胞) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,轨迹分析,SCENIC分析,ChIP-seq,免疫染色 | NA | 单细胞转录组数据,染色质免疫沉淀数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-12-08 |
ZBTB16 promotes the transcription of glycolytic enzyme PFKFB2 to participate in fibrogenesis in septic lung injury
2025-Dec, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2025.10.007
PMID:41166797
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子ZBTB16在脓毒症肺损伤纤维化中的作用,通过单细胞测序和基因集富集分析发现ZBTB16通过促进糖酵解酶PFKFB2的转录参与纤维化过程 | 首次揭示ZBTB16通过调控PFKFB2介导的糖酵解途径参与脓毒症肺损伤纤维化的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,缺乏临床样本验证,且具体信号通路细节需进一步探索 | 探究ZBTB16在脓毒症肺损伤纤维化中的功能及其分子机制 | LPS诱导的ALI小鼠模型、MRC-5细胞和原代成纤维细胞 | 单细胞测序 | 脓毒症肺损伤 | 单细胞测序,基因集富集分析(GSEA) | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量,涉及小鼠模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-12-08 |
Identification of marginal zone B cells in head and neck cancer with immunomodulatory characteristics
2025-Nov-29, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.070
PMID:41325834
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术,在头颈癌患者中鉴定出具有免疫调节特性的边缘区B细胞,并探讨了其在肿瘤发生和预后中的作用 | 首次将边缘区B细胞与头颈癌肿瘤发展和预后关联,揭示了MZB-2亚群在早期肿瘤中的有益调节作用及MZB-Tfh-GCB轴的存在 | 研究未明确MZBs在晚期头颈癌中失去预后关联的具体机制,且免疫抑制基因特征并非MZBs独有 | 验证头颈癌中边缘区B细胞的存在,并研究其在肿瘤发生和预后中的潜在作用 | 头颈鳞状细胞癌患者和健康捐赠者的肿瘤组织、血液样本及B淋巴细胞 | 单细胞组学 | 头颈癌 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据, 空间转录组数据 | 118名头颈癌患者和6名健康捐赠者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2025-12-08 |
Single-cell and spatially resolved transcriptomics elucidate the therapeutic mechanism of Tripterygium wilfordii Polyglycosidium in ulcerative colitis
2025-Nov-29, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157569
PMID:41351984
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序、空间转录组学和实验验证,阐明了雷公藤多苷通过抑制S100A8表达来缓解溃疡性结肠炎炎症的潜在治疗机制 | 首次整合单细胞RNA测序与空间转录组学技术,结合CRISPR-Cas9基因编辑动物模型,系统性揭示了雷公藤多苷治疗溃疡性结肠炎的核心靶点S100A8及其作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,人体内的治疗效果和机制仍需进一步验证;雷公藤多苷的52种化学成分中仅确认了少数与S100A8的直接相互作用 | 探究雷公藤多苷治疗溃疡性结肠炎的分子作用机制和潜在治疗靶点 | DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型、雷公藤多苷的化学成分 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, CRISPR-Cas9基因编辑, UPLC-Q-TOF-MS, 分子对接, 表面等离子体共振分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | DSS处理的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2025-12-08 |
Spatial transcriptomics in the human left atrial appendage and pulmonary vein sleeve
2025-Nov-26, Cardiovascular pathology : the official journal of the Society for Cardiovascular Pathology
IF:2.3Q2
DOI:10.1016/j.carpath.2025.107802
PMID:41314481
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析了人类左心耳和肺静脉套组织的基因表达空间分布 | 首次在人类肺静脉和左心耳组织中应用空间转录组学技术,揭示了这些组织的细胞类型空间分布和AF相关基因的表达模式 | 样本来源于未使用的移植供体,可能无法完全代表AF患者的病理状态 | 研究心房颤动相关组织的转录组空间特征 | 人类肺静脉和左心耳组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | Seurat聚类分析 | 空间转录组数据 | 未使用的移植供体组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |