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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-05-18
Cross-Platform Comparative Spatial Transcriptomics in High-Grade Serous Carcinoma
2026-May-15, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
研究论文 本研究直接比较GeoMx Digital Spatial Profiler与Visium Spatial Gene Expression两种空间转录组学平台在高浆液性癌中的转录组谱可重复性和生物学相关分子特征 首次在同一FFPE队列中直接比较两种空间转录组学平台的转录谱,并利用AI定义的与临床结局相关的肿瘤区域进行跨平台验证 NA 评估不同空间转录组学平台在高级别浆液性癌中转录组谱的再现性和生物学相关性 高级别浆液性癌(HGSC)FFPE样本中AI定义的肿瘤区域 数字病理学 卵巢癌 空间转录组学 NA 基因表达数据 16例FFPE HGSC样本 NanoString Technologies, 10x Genomics 空间转录组学 GeoMx Digital Spatial Profiler, Visium Spatial Gene Expression GeoMx Digital Spatial Profiler与Visium Spatial Gene Expression用于FFPE HGSC样本的AI定义肿瘤区域分析
22 2026-05-18
Single-cell and spatial analyses identify a glycolysis-high state driven by STOML2 in epithelial ovarian cancer
2026-May-15, Experimental cell research IF:3.3Q2
研究论文 通过单细胞和空间分析识别卵巢癌中由STOML2驱动的糖酵解高状态 首次整合单细胞RNA测序与空间转录组学,在卵巢癌微环境中解析糖酵解相关的恶性上皮状态,并鉴定STOML2作为核心调控枢纽 未明确说明,但隐含了实验验证仅限于A2780和SKOV3细胞系,可能缺乏体内模型或临床样本的进一步验证 描绘卵巢癌中糖酵解相关的恶性上皮状态并识别可干预的调控枢纽 上皮性卵巢癌(EOC)中恶性上皮细胞亚群和肿瘤微环境 数字病理学 卵巢癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、Seahorse细胞外通量分析 机器学习 转录组数据、空间转录组数据 TCGA-OV和独立GEO队列(多队列分析) NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
23 2026-05-18
Human PSC-derived sinoatrial node-cardiac plexus assembloids model innervation-associated maturation of pacemaker systems
2026-May-15, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 通过人诱导多能干细胞来源的窦房结-心脏神经丛组装体模型,研究起搏器系统的神经支配相关成熟过程 首次开发了人诱导多能干细胞来源的窦房结组装体与心脏神经节丛组装体整合的三组装体系统,可模拟起搏器至心房传导,并揭示神经元信号通过prosaposin-GPR37通路促进起搏器成熟 NA 建立模拟神经-窦房结相互作用的人体外平台,研究起搏器发育和相关疾病 人诱导多能干细胞来源的窦房结类器官、心脏神经节丛类器官和心房类器官 数字病理学 心血管疾病 空间转录组学 组装体模型 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
24 2026-05-18
The temporal architecture of the seminiferous epithelial cycle revealed by spatial transcriptomics
2026-May-15, Cell IF:45.5Q1
研究论文 通过seqFISH+空间转录组学揭示小鼠睾丸中精子上皮周期的时空架构 首次利用空间转录组学在单细胞分辨率下绘制精子上皮周期的时间图谱,发现支持细胞具有与生精过程同步的周期转录程序,并揭示其内在周期机制及生精细胞信号的调控作用 NA 解析精子上皮周期的时空转录调控机制 小鼠睾丸细胞(包括支持细胞和生精细胞) 空间转录组学 NA seqFISH+空间转录组学 NA 基因表达数据 867,062个小鼠睾丸细胞 NA 空间转录组学 seqFISH+ seqFISH+空间转录组学技术
25 2026-05-18
Hypoxia-driven TCF21/CCL11 axis in GCMSCs orchestrates macrophage polarization and lymphatic remodeling to promote gastric cancer lymph node metastasis
2026-May-14, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1
研究论文 揭示了胃癌相关间充质干细胞中缺氧驱动TCF21/CCL11轴通过调控巨噬细胞极化和淋巴管重塑促进胃癌淋巴转移的机制 首次发现GCMSC来源的CCL11通过旁分泌方式作用于巨噬细胞和淋巴内皮细胞而非肿瘤细胞本身,驱动转移前微环境形成 尚未在体内模型中验证该通路的治疗潜力,且临床样本量有限 阐明胃癌淋巴转移中基质干细胞旁分泌介导因子及其作用机制 胃癌相关间充质干细胞、巨噬细胞、淋巴内皮细胞、胃癌细胞系 生物信息学 胃癌 转录组学、细胞因子谱分析、单细胞RNA测序 NA 转录组数据、细胞因子表达数据、临床病理数据 临床组织样本和血清样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序平台
26 2026-05-18
Integrated single-cell multi-omics analysis identifies fibroblast-like smooth muscle cells as a key driving phenotypic switching during aortic aneurysm progression
2026-May-14, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2
研究论文 整合单细胞多组学分析识别出成纤维细胞样平滑肌细胞是主动脉瘤进展中驱动表型转换的关键细胞群 首次通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,鉴定出成纤维细胞样平滑肌细胞(Fib-like SMCs)作为祖细胞样亚群,并揭示KAT5介导的代谢-表观遗传调控轴驱动其表型转换 研究主要基于公共数据集和体外实验,缺乏大规模临床样本验证;动物模型和体外实验可能无法完全模拟人体内微环境 解析主动脉瘤中平滑肌细胞的异质性及其表型转换的调控机制 健康及主动脉瘤患者主动脉组织中的平滑肌细胞 机器学学习 主动脉瘤 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 轨迹推断, 通路富集分析, 免疫荧光染色, 动物模型, 体外实验 NA 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 人类主动脉组织样本(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 NA NA
27 2026-05-18
Wumei Wan restores the colonic mucus barrier by modulating TGF-β/Smad signaling to promote goblet cell differentiation in ulcerative colitis
2026-May-14, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 该研究探讨了乌梅丸通过调节TGF-β/Smad信号通路促进杯状细胞分化,从而恢复溃疡性结肠炎结肠黏液屏障的机制 首次系统阐明乌梅丸通过TGF-β/Smad轴调控肠道干细胞向杯状细胞分化,而非传统抗炎途径,实现从动物表型到细胞命运的跨尺度验证 尚未明确说明的局限性,但可能包括DSS模型与人类UC的差异、信号通路的具体下游靶点未完全解析 揭示乌梅丸改善溃疡性结肠炎的分子机制,重点关注杯状细胞命运调控和黏液屏障修复 DSS诱导的结肠炎小鼠模型、结肠类器官、肠道上皮细胞系 数字病理学 溃疡性结肠炎 定量蛋白质组学,单细胞RNA测序,Western blot,免疫荧光,超高效液相色谱-高分辨质谱,分子对接 NA 蛋白质组学数据,单细胞转录组数据,图像 NA 10x Genomics,Illumina 单细胞RNA测序 10x Chromium,Illumina NovaSeq 10x Chromium 单细胞3'试剂盒,Illumina NovaSeq 测序平台
28 2026-05-18
Inhibition of RGS1 ameliorates obesity-associated macrophage dysfunction and metaflammation through restoration of PINK1/Parkin-mediated mitophagy
2026-May-13, Molecular and cellular endocrinology IF:3.8Q2
研究论文 抑制RGS1通过恢复PINK1/Parkin介导的线粒体自噬改善肥胖相关巨噬细胞功能障碍和代谢性炎症 首次揭示RGS1在肥胖条件下脂肪组织巨噬细胞中显著上调,并阐明其通过抑制PINK1/Parkin介导的线粒体自噬驱动巨噬细胞功能紊乱和代谢性炎症 文章未明确提及局限性 研究RGS1在肥胖相关巨噬细胞功能障碍和代谢性炎症中的作用机制 脂肪组织巨噬细胞(ATM)、RAW264.7细胞、骨髓来源巨噬细胞(BMDM)、高脂饮食诱导的肥胖小鼠 机器学习、数字病理 肥胖相关代谢性炎症 单细胞RNA测序、转录组分析、免疫组化、免疫荧光、Western blot、qPCR、透射电镜、TMRE染色、活性氧检测、ATP检测、氧化磷酸化分析 NA 单细胞RNA测序数据、图像(组织切片、电镜图像) 整合公共人类和小鼠单细胞RNA测序数据;体内实验使用高脂饮食喂养的肥胖小鼠;体外实验使用RAW264.7细胞和BMDM NA 单细胞RNA测序、bulk转录组分析 NA NA
29 2026-05-18
Age- and tissue-dependent diversity of human plasmacytoid dendritic cells uncovers a cycling subset dominant in early life and cancer
2026-May-12, Immunity IF:25.5Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析人类浆细胞样树突状细胞(pDC)在不同年龄和组织中的转录状态,发现了一个在早期生命和癌症中占主导的循环亚群 首次揭示了pDC在发育阶段和组织背景下的转录异质性,鉴定出以前未描述的循环pDC亚群,该亚群在胎儿和婴儿淋巴组织中丰富,随着年龄增长减少,但在骨髓中终身保留,并与母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤相关 研究样本主要来自胎儿、婴儿和儿童,成人样本仅包括骨髓,缺乏全面的成人组织比较 探索发育阶段和组织背景如何塑造人类pDC的转录状态 来自血液、胸腺、淋巴结和扁桃体的pDC,跨越胎儿、婴儿和儿童阶段,以及成人的骨髓 单细胞转录组学 母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤 RNA-seq NA 单细胞转录组数据 多个样本,涵盖血液、胸腺、淋巴结、扁桃体和骨髓,来自胎儿、婴儿、儿童和成人 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序
30 2026-05-18
The crosstalk between SPP1+ macrophages and follicular helper T cells promotes the immune disorder of Graves' disease
2026-May-12, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
研究论文 利用单细胞和空间转录组学揭示SPP1+巨噬细胞与滤泡辅助T细胞的相互作用在Graves病免疫紊乱中的作用 首次在Graves病甲状腺组织中鉴定出SPP1+巨噬细胞亚群比例增加,并揭示其通过SPP1-CD44互作与CXCL13+ Tfh细胞相互作用,促进免疫微环境失调 未明确说明,但可能包括样本量有限、机制验证不足或临床转化尚需进一步研究 探讨Graves病中免疫细胞表型变化和空间基因表达模式,揭示疾病免疫紊乱机制 正常对照、Graves病患者和缓解期患者的甲状腺组织 数字病理学 Graves病(自身免疫性甲状腺疾病) 单细胞转录组学,空间转录组学 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据 包括对照个体、Graves病患者和缓解期患者的甲状腺组织样本 10x Genomics 单细胞RNA测序,空间转录组学 10x Chromium,10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序,10x Visium空间转录组学
31 2026-05-18
Logistic regression for estimating functional effects with spatial transcriptomics
2026-May-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 提出一种名为WSP(扭曲S型泊松过程混合效应)模型,用于在空间转录组学数据中进行假设检验,评估因素对基因空间分布功能参数的影响 首个无需复杂预处理即可直接检验空间转录组学中基因空间分布功能参数影响因素的统计工具,采用基于似然的回归方法,减少人工预处理误差 该方法仅适用于已对齐到感兴趣轴的数据,对空间坐标的插值依赖可能引入偏差 开发一种实用且统计严谨的框架,用于量化和检验转录组数据中空间变异的影响因素 小鼠体感皮层的MERFISH数据和小鼠肝小叶的批量测序数据(含外推空间坐标) 机器学习 不适用 空间转录组学 扭曲S型泊松过程混合效应模型 基因表达数据(空间坐标) 未明确样本数量,涉及小鼠体感皮层MERFISH数据和小鼠肝小叶数据 NA 空间转录组学, MERFISH NA MERFISH技术用于小鼠体感皮层数据
32 2026-05-18
scMarkerGene: an interpretable neural network framework for cell-type-specific marker gene discovery
2026-May-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出scMarkerGene,一个可解释的神经网络框架,用于从单细胞转录组数据中发现细胞类型特异性标记基因 构建贡献分数矩阵将神经网络预测转化为基因级别的重要性信号,并通过下游特异性过滤稳健捕获细胞类型区分特征 依赖高质量的单细胞转录组数据,可能对极低表达基因的识别存在局限 开发一种高效、准确且可解释的方法来识别细胞类型特异性标记基因 单细胞转录组数据中的基因表达模式和细胞类型 机器学习 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 可解释神经网络 基因表达数据 跨多个物种的scRNA-seq数据集、空间转录组数据和离散伪时间数据 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
33 2026-05-18
Pathogenic mechanism of extracranial arteriovenous malformations: insights from clinical, pathological, and genetic analyses
2026-May, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1
研究论文 通过对30例颅外动静脉畸形患者的临床、病理和遗传学分析,揭示了RAS/RAF/MAPK通路基因突变与疾病表型的关联,并利用空间转录组学阐明了异常小血管网络中基因表达的变化 首次系统描述了颅外AVMs中MAP2K1、KRAS和BRAF基因突变与临床病理特征的基因型-表型相关性,并利用空间转录组学技术揭示了MAP2K1突变AVMs中异常小血管的基因表达谱,发现MAP4K4作为潜在治疗靶点 样本量较小(仅30例患者),且为回顾性研究,缺乏功能验证实验来确认MAP4K4在AVM发病中的直接作用 阐明颅外动静脉畸形在基因突变背景下的发病机制,特别是异常小血管网络的作用 30例颅外动静脉畸形患者的临床、病理和遗传学数据,以及来自MAP2K1突变AVMs的空间转录组学数据 数字病理学 血管畸形疾病 空间转录组学、免疫组化、基因测序 NA 基因表达数据、病理图像、临床数据 30例颅外AVMs患者(14例MAP2K1突变,1例KRAS突变,1例BRAF突变) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组学平台用于分析异常小血管的基因表达
34 2026-05-18
Loop of N2-polarized neutrophils and exhausted CD8 + T cells induces immunotherapy resistance in NSCLC
2026-May, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3
研究论文 揭示N2极化中性粒细胞与耗竭CD8+ T细胞之间的正反馈环路导致非小细胞肺癌免疫治疗耐药 首次发现ICAM1-整合素和CCL5-CCR1轴驱动的N2中性粒细胞与耗竭CD8+ T细胞之间的正反馈环路,并基于此构建深度神经网络模型预测免疫治疗反应 未提及明显局限性 阐明N2极化中性粒细胞在非小细胞肺癌中的免疫抑制功能及其与CD8+ T细胞的相互作用机制,并开发基于这些相互作用的临床预后和免疫治疗反应预测模型 非小细胞肺癌患者肿瘤样本及黑色素瘤样本 machine learning lung cancer 单细胞RNA测序 深度神经网络 基因表达数据 多个独立队列,具体样本量未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
35 2026-05-18
Study on the pro-inflammatory mechanism mediated by the RANK-SPP1 axis in macrophage immunomodulation during atherosclerosis
2026-May, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3
研究论文 本研究揭示了动脉粥样硬化中巨噬细胞免疫调节中RANK-SPP1轴介导的促炎机制 首次识别出RANK-SPP1信号轴作为动脉粥样硬化中巨噬细胞自主的炎症放大器,并发现RANK通过NF-κB通路上调SPP1促进疾病进展 未提供具体限制信息 探究RANK是否定义促炎巨噬细胞亚群以及SPP1是否作为RANK信号通路的关键下游效应分子促进动脉粥样硬化进展 动脉粥样硬化患者斑块组织、实验性动脉粥样硬化动物模型、体外细胞实验中的巨噬细胞 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序、组织学分析、ox-LDL与巨噬细胞共培养、基因敲除动物实验 NA 单细胞转录组数据、组织学图像 来自动脉粥样硬化患者数据库、实验动物模型和体外细胞实验的样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
36 2026-05-18
Interpretable, flexible and spatially aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2026-May, Nature genetics IF:31.7Q1
研究论文 提出INSPIRE,一种用于多源空间转录组数据集可解释、灵活且空间感知集成的深度学习方法 采用对抗学习策略与图神经网络实现空间感知的自适应数据整合,并通过非负矩阵分解识别解释性空间因子及相关基因程序 NA 开发一种能有效整合来自不同来源和条件的空间转录组数据的方法 多个空间转录组数据集,包括Xenium人类乳腺癌和Stereo-seq小鼠器官发生数据集 机器学习 乳腺癌 空间转录组学 图神经网络 空间基因表达数据 人类乳腺癌和鼠器官发生数据集(具体数量未指定) 10x Genomics, BGI 空间转录组学 Xenium, Stereo-seq Xenium平台用于人类乳腺癌样本,Stereo-seq用于小鼠器官发生样本
37 2026-05-18
Spatial transcriptomic-metabolic features of tumor foci and tumor capsule in microvascular invasion with hepatocellular carcinoma: A spatial multi-omics study
2026-May, PLoS medicine IF:10.5Q1
研究论文 通过整合空间转录组学和空间代谢组学,揭示肝细胞癌中微血管侵犯阳性与阴性肿瘤病灶和肿瘤包膜的细胞异质性及代谢特征 首次整合空间转录组学和空间代谢组学分析肝细胞癌微血管侵犯的细胞异质性,发现一个高增殖的STMN1+HMGN2+GPC3+恶性细胞亚群并鉴定牛磺酸在肿瘤包膜中调节iCAF活性影响肿瘤进展的新机制 空间组学数据样本量较小,限制了更完整的STMN1+HMGN2+GPC3+细胞亚群和iCAFs分子功能分析 阐明微血管侵犯阳性与阴性肝细胞癌之间的区域性细胞差异及其机制 4名患者的6份组织样本(包括2份MVI+、2份MVI-、2份癌旁组织)以及79份公共单细胞RNA测序数据集 数字病理学 肝癌 空间转录组学,空间代谢组学,多重免疫荧光染色,单细胞RNA测序 NA 空间转录组数据,空间代谢组数据,基因表达数据 6份组织样本(来自4名患者)用于空间组学分析;79名患者用于临床验证队列;TCGA-LIHC队列299例;独立微阵列数据集62例 10x Genomics, Illumina 空间转录组学,单细胞RNA测序 10x Visium, Illumina NovaSeq 10x Visium空间转录组学平台,Illumina NovaSeq测序平台
38 2026-05-18
Targeted Delivery of GLUT1 Inhibitor via Macrophage Nanovesicles for Pulmonary Arterial Hypertension Therapy
2026-May, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1
研究论文 本研究介绍了一种巨噬细胞膜伪装纳米囊泡Mac@WZB117,通过靶向递送GLUT1抑制剂WZB117至M1巨噬细胞,用于肺动脉高压治疗 首次利用巨噬细胞膜伪装纳米囊泡精准靶向M1巨噬细胞的糖酵解代谢重编程,并通过空间转录组学验证病变区域的空间重塑 未提及 开发针对肺动脉高压中M1巨噬细胞炎症驱动的血管重塑的精准干预策略 肺动脉高压小鼠模型(MCT和SU5416联合低氧诱导) 机器学习 肺动脉高压 空间转录组学 NA 转录组数据 小鼠模型(具体样本量未提及) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组学分析
39 2026-05-18
MCT1 governs a metabolic checkpoint at pachytene during spermatogenesis
2026-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 发现单羧酸转运蛋白1(MCT1)在哺乳动物精子发生过程中控制粗线期代谢检查点,通过调节组蛋白乳酰化修饰影响减数分裂进程 首次揭示MCT1依赖的代谢检查点通过H4K12乳酰化表观遗传调控减数分裂,连接了代谢状态与基因表达 NA 阐明代谢通量如何直接控制减数分裂进程,特别是MCT1在精子发生中的作用机制 哺乳动物精子发生过程中的生精细胞 数字病理学 NA 单细胞转录组学,代谢组学,计算扰动建模,多组学分析 NA 转录组数据,代谢组数据 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
40 2026-05-18
Single-cell transcriptomics of acetaminophen-induced responses in human 2D and 3D liver microtissues
2026-04, Archives of toxicology IF:4.8Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析对乙酰氨基酚在人类2D和3D肝脏微组织中的细胞反应 首次在单细胞水平比较2D单层培养和3D肝脏球体中对乙酰氨基酚暴露的转录响应差异,揭示氧气张力与药物代谢的相互作用 未探究高剂量对2D培养的影响,且缺氧信号可能受球体尺寸和结构影响 评估肝脏毒性机制及3D模型的生理相关性 人类原代肝细胞、库普弗细胞和肝内皮细胞组成的2D单层和3D球体培养物 数字病理学 药物诱导肝损伤 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 两种培养格式(2D和3D),各暴露于低(350 µM)和高(2687 µM)对乙酰氨基酚浓度,2D仅接受低剂量,每个条件多个细胞样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
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