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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-07-10
CellBouncer, a unified toolkit for single-cell demultiplexing and ambient RNA analysis, reveals hominid mitochondrial incompatibilities
2026-Jul-08, Cell genomics IF:11.1Q1
研究论文 CellBouncer是一个用于单细胞测序数据解复用和背景RNA分析的统一工具包,揭示了人科线粒体不相容性 首次提出一个统一的工具包CellBouncer,能同时处理多物种和多个体细胞混合物的分离、量化、未知线粒体单倍型识别、处理标签分配及池成分推断,并引入背景RNA污染量化和一致双细胞率确定的新方法,应用于四倍体融合细胞揭示了人类与黑猩猩线粒体的竞争差异 未提及具体局限性 开发一个改进的单细胞测序数据解复用和背景RNA分析计算工具包 来自多物种和多个人类个体的混合细胞,以及人类-黑猩猩四倍体融合细胞 机器学习 NA 单细胞测序 NA 单细胞基因表达数据 多物种和多个人类个体的细胞混合物,以及十个细胞融合系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
22 2026-07-10
Genetic interrogation reveals mechanisms regulating nexus glia development and shaping heart physiology
2026-Jul-08, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 通过遗传学方法研究斑马鱼心脏连接胶质细胞的发育机制及其对心脏生理的影响 首次利用大型CRISPR筛选结合单细胞RNA测序,鉴定出心脏连接胶质细胞的遗传修饰因子,并发现cdh6扰动导致胶质细胞扩增,通过钾通道依赖机制保护心脏免受疲劳 未明确说明局限性 揭示心脏连接胶质细胞的发育机制及其在神经-心脏通信中的作用 斑马鱼心脏连接胶质细胞和心肌细胞 机器学习 心血管疾病 CRISPR筛选, 单细胞RNA测序, 钙成像 NA 基因表达数据, 钙成像数据 胚胎人类心脏细胞(具体数量未说明) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序用于人类胚胎心脏细胞分析
23 2026-07-10
The Single-Cell Pediatric Cancer Atlas: Data portal and open-source tools for single-cell transcriptomics of pediatric tumors
2026-Jul-08, Cell genomics IF:11.1Q1
研究论文 描述了单细胞儿童癌症图谱门户,该资源提供统一处理的儿童肿瘤样本单细胞和单核RNA测序数据及去标识元数据 建立了一个统一处理儿童肿瘤单细胞转录组数据的公共门户,包含超过700个样本和55种癌症类型,并提供开放源代码的Nextflow工作流程scpca-nf用于数据处理 未明确说明局限性 为儿童肿瘤单细胞转录组数据提供统一处理的数据门户和开源工具 儿童肿瘤样本中的单细胞和单核RNA测序数据 数字病理学 儿童癌症 RNA-seq NA 基因表达数据 超过700个样本,涵盖55种癌症类型 NA 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学, CITE-seq NA NA
24 2026-07-10
Crosstalk between liver sinusoidal endothelial cells and hepatocytes via IL-1α-IL1R1 axis exacerbates ischaemia/reperfusion injury in aged livers
2026-Jul-08, Gut IF:23.0Q1
研究论文 单细胞RNA测序和空间转录组学揭示衰老肝脏中肝窦内皮细胞与肝细胞通过IL-1α-IL1R1轴的串扰加剧缺血再灌注损伤 首次在衰老肝脏中鉴定了MEIS2/IL-1α/IL1R1/TNF-α正反馈环路驱动肝窦内皮细胞与肝细胞串扰,并证明IL-1α中和抗体能有效缓解衰老肝脏的缺血再灌注损伤 未提及具体局限性 阐明衰老肝脏中缺血再灌注损伤加剧的细胞间相互作用和分子机制 人类、大鼠和小鼠不同年龄的肝脏组织 数字病理学 肝脏疾病 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 腺相关病毒基因敲除 NA 基因表达数据 人类、大鼠和小鼠肝脏组织样本 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, Illumina NovaSeq 10x Chromium单细胞3'测序, 空间转录组学平台
25 2026-07-10
Nanoparticle Modulation of Immune and Vascular Microenvironment Dynamics Following Spinal Cord Injury
2026-Jul-08, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
研究论文 探讨纳米颗粒通过调节单核细胞和中性粒细胞表型及转运,改善脊髓损伤后免疫与血管微环境,促进功能恢复的机制 首次使用单细胞测序分析纳米颗粒治疗对脊髓损伤后免疫细胞(单核细胞和中性粒细胞)表型的影响,并计算性描绘了损伤微环境中的细胞间通信网络 NA 研究纳米颗粒在脊髓损伤急性期如何直接和间接调节单核细胞和中性粒细胞,并影响损伤微环境细胞间的信号网络 雌性小鼠颈髓半切损伤模型中的单核细胞、中性粒细胞及其他损伤微环境细胞类型 数字病理学 脊髓损伤 单细胞测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
26 2026-07-10
Organoid modeling of lung branching morphogenesis and epithelial lineage specification
2026-Jul-08, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 报道了一种多级分支肺类器官模型,模拟肺分支形态发生和上皮谱系特化 使用化学定义方案从原代尖端上皮细胞生成分支肺类器官,结合单细胞RNA测序和活细胞成像揭示其发育轨迹和空间组织动态 文中未明确说明局限性 建立研究肺分支形态发生、上皮谱系特化和再生的体外模型 小鼠原代肺尖端上皮细胞 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序, 活细胞成像 NA 基因表达数据, 图像 文中未明确说明样本量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
27 2026-07-10
The extracellular matrix in cancer-associated fibrosis: molecular mechanisms and clinical relevance
2026-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1
综述 探讨细胞外基质在癌症相关纤维化中的分子机制及其临床相关性 整合了蛋白质组学、单细胞RNA测序和空间转录组学的最新进展,揭示了癌症特异性ECM重塑模式及CAF异质性 未提及具体局限性 阐明ECM在肿瘤微环境中的作用及作为生物标志物和治疗靶点的潜力 肿瘤微环境中的细胞外基质及癌症相关成纤维细胞 机器学习 癌症 文本 10x Genomics 单细胞RNA测序,空间转录组学 10x Chromium,10x Visium 10x Chromium 单细胞3'试剂盒,10x Visium FFPE
28 2026-07-10
IFITM3 promotes an M2-like tumor-supportive microenvironment in acute myeloid leukemia
2026-Jul-08, Medical oncology (Northwood, London, England)
研究论文 该研究发现IFITM3在急性髓系白血病中通过驱动M2型巨噬细胞极化来促进肿瘤支持性微环境 首次揭示IFITM3通过PI3K/AKT信号通路促进M2型巨噬细胞极化,从而塑造急性髓系白血病免疫微环境的机制 研究主要基于细胞系和体外实验,缺乏体内模型和患者样本的进一步验证 阐明IFITM3在急性髓系白血病中的免疫调节功能及其对肿瘤微环境的影响 IFITM3在急性髓系白血病中的免疫调节作用 机器学习 急性髓系白血病 单细胞RNA测序、批量基因表达分析 NA 基因表达数据 使用了IFITM3急性髓系白血病细胞系及其敲低模型,以及IFITM3过表达的HL-60细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
29 2026-07-10
FOSL1-mediated super-enhancer facilitates pathological scarring
2026-Jul-08, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序发现FOSL1介导的超增强子促进病理性瘢痕形成的机制 首次通过单细胞RNA测序鉴定出在增生性瘢痕和瘢痕疙瘩中扩增的FOSL1角质形成细胞亚群,并揭示其通过MED-1相关超增强子驱动MMP3转录的机制,同时验证了FOSL1抑制剂SR11302在体内异种移植瘢痕模型中的治疗潜力 未提及具体局限性 阐明病理性瘢痕形成的分子机制,为无瘢痕愈合提供治疗策略 增生性瘢痕和瘢痕疙瘩组织中的角质形成细胞和成纤维细胞 数字病理学 皮肤病,瘢痕疙瘩,增生性瘢痕 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
30 2026-07-10
Cytokine-mediated activation of kidney-infiltrating CD8+ T cells enables their contribution to inflammation in human lupus nephritis
2026-Jul-08, Science translational medicine IF:15.8Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析狼疮肾炎患者尿液T细胞,揭示CD8+ T细胞通过细胞因子激活而非自身抗原反应参与肾小管间质炎症 首次通过尿液T细胞作为肾脏浸润T细胞的替代物,结合单细胞转录组和克隆型分析,证明CD8+ T细胞在狼疮肾炎中通过细胞因子介导的激活而非自身反应性参与局部炎症 未能在肾活检或尿液中检测到病毒抗原,且体外实验未观察到针对自体肾小管上皮细胞的自身反应性 阐明肾脏特异性T细胞自身免疫反应是否参与狼疮肾炎的肾小管间质炎症 活动性狼疮肾炎患者血液和尿液中的T细胞 单细胞转录组学 狼疮肾炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 活动性狼疮肾炎患者(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
31 2026-07-10
Mast cell-derived IL-13 as a driver of Crohn disease-associated intestinal fibrosis
2026-Jul-08, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1
研究论文 肥大细胞来源的IL-13在克罗恩病相关肠纤维化中起关键驱动作用 首次通过单细胞RNA测序和RNAscope技术鉴定出肥大细胞是IL-13的独家来源,并证实IL-13而非IL-4在小鼠肠纤维化模型中起决定性作用 研究主要基于SHIP基因缺陷小鼠模型,人类样本量有限,且未完全阐明IL-13调控纤维化的下游分子机制 明确克罗恩病相关肠纤维化中的关键细胞因子及其细胞来源 克罗恩病患者肠组织样本及SHIP基因缺陷小鼠模型 自然语言处理 克罗恩病 单细胞RNA测序、RNAscope、中和抗体阻断、基因敲除 NA 基因表达数据、组织病理图像 小鼠模型及人类手术切除肠组织(具体数量未明确说明) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒
32 2026-07-10
Macrophage-Induced Senescent Cancer-Associated Fibroblasts Promote SASP-Mediated Chemoresistance in Colorectal Cancer
2026-Jul-08, Cancer research IF:12.5Q1
research paper 本研究开发了基于机器学习的细胞衰老预测模型CSPM,发现巨噬细胞诱导的衰老癌症相关成纤维细胞通过SASP介导结直肠癌化疗耐药 首次通过单细胞RNA测序数据构建机器学习模型识别衰老CAFs,并揭示IL1B-IL1R1轴驱动CAF衰老导致化疗耐药的新机制 NA 阐明衰老CAFs在结直肠癌化疗耐药中的作用机制,为靶向治疗提供新策略 结直肠癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞 machine learning lung cancer 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫组化 CSPM(细胞衰老预测模型) 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 组织切片图像 包括皮下肿瘤模型、患者来源类器官、患者来源类器官异种移植模型和原位肿瘤模型等多种临床前模型 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium用于单细胞RNA测序, 10x Visium用于空间转录组学分析
33 2026-07-10
Plasticizer-related toxicogenomic signatures in gestational diabetes: Mendelian randomization, placental single-cell transcriptomics and trophoblast validation
2026-Jul-08, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1
研究论文 通过整合塑料相关化合物靶点注释、胎盘批量转录组学、孟德尔随机化、贝叶斯共定位、机器学习、通路分析、胎盘单细胞转录组学和滋养层验证,研究增塑剂暴露与妊娠期糖尿病的关联及胎盘毒理基因组机制 首次整合多项组学方法和遗传工具(如孟德尔随机化和贝叶斯共定位)来系统筛选增塑剂暴露与妊娠期糖尿病之间的胎盘毒理基因组候选靶点,并通过体外实验验证CLEC7A受DEHP暴露影响 未建立直接的暴露因果关系,两剂量设计不支持正式的浓度-反应结论,CLEC7A显示不一致的遗传方向 探讨增塑剂暴露通过胎盘毒理基因组机制影响妊娠期糖尿病的假设 胎盘组织、HTR-8/SVneo滋养层细胞、FinnGen GDM临床数据 数字病理学 妊娠期糖尿病 单细胞RNA测序、批量RNA测序、顺式eQTL孟德尔随机化、贝叶斯共定位、机器学习(LASSO回归、随机森林)、通路分析、体外细胞实验 LASSO回归、随机森林 基因表达数据、遗传变异数据、细胞实验数据 纳入胎盘批量转录组数据、FinnGen GDM摘要统计量、单细胞转录组数据以及HTR-8/SVneo细胞系实验 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
34 2026-07-10
M1 polarization accelerated bone aging through inflammatory signaling transduction regulated by cells crosstalk
2026-Jul-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过临床、动物和细胞实验揭示了衰老过程中M1型巨噬细胞极化通过TREM2-DAP12-SYK信号通路加速骨衰老的机制 首次发现TREM2-DAP12-SYK信号轴在衰老骨免疫微环境中的调控作用,并鉴定ADAM10抑制剂为潜在治疗靶点 未提及单细胞测序数据分析的验证实验,以及该机制在人体内的直接证据 阐明衰老过程中骨-免疫系统相互作用的分子机制 老年人群、衰老小鼠模型及骨髓间充质干细胞 数字病理学 老年病 单细胞测序 NA 转录组数据 临床样本及公共数据集GSE145477 NA 单细胞RNA测序 NA NA
35 2026-07-10
Dissecting human organ development using spatial technologies
2026-Jul-08, Developmental cell IF:10.7Q1
综述 综述空间技术在解析人类器官发育中的应用,结合类器官模型与多组学整合分析,展望未来发展 提出将空间多组学、类器官技术与机器学习整合的新方法论框架,用于系统分析谱系特化、微环境信号和代谢成熟 人类发育组织获取受限,伦理约束阻碍实验验证和机制研究 总结当前空间技术进展,探讨类器官与空间分析联合应用的策略,推动预测性发育生物学 人类胚胎和胎儿器官发育过程中的基因调控程序、细胞互作及组织模式 数字病理学 NA 空间转录组学、空间表观组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学 机器学习 空间转录组数据、空间表观组数据、空间蛋白组数据、空间代谢组数据 NA 10x Genomics 空间转录组学, 空间多组学 10x Visium 10x Visium空间转录组技术
36 2026-07-10
Identification of an NNK-Associated Gene Signature and Tumor Microenvironmental Features in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2026-Jul-08, European journal of pharmaceutical sciences : official journal of the European Federation for Pharmaceutical Sciences IF:4.3Q1
研究论文 识别与NNK相关的头颈部鳞状细胞癌基因特征和肿瘤微环境特征 首次将烟草特异性亚硝胺NNK与头颈部鳞状细胞癌的转录组改变和肿瘤微环境状态关联,识别出六基因特征并重点解析MAOB在分子对接、动态模拟及单细胞表达中的潜在作用 尚无明确提及局限性,但可能包括验证数据集有限或功能验证不充分 探索NNK相关靶点与头颈部鳞状细胞癌转录组改变及肿瘤微环境特征的关联,识别诊断相关基因特征 头颈部鳞状细胞癌患者样本及公共数据库数据 数字病理学 头颈部鳞状细胞癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学, 蛋白质印迹 LASSO回归 基因表达数据, 单细胞表达数据, 图像(免疫组织化学) 公共数据库及GEO转录组数据集(具体样本量未明确) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
37 2026-07-10
High salt supplementation of a MASH-inducing diet causes lean MASH phenotype with increased hepatic urea cycle activity and EIF5A hypusination
2026-Jul-08, Molecular metabolism IF:7.0Q1
研究论文 通过高盐饮食补充构建瘦型代谢功能障碍相关脂肪性肝炎小鼠模型,揭示其肝脏尿素循环活性和EIF5A羟脯氨酸化增强的分子机制 首次通过高盐补充Western饮食建立瘦型MASH小鼠模型,发现与肥胖型MASH在肝脏尿素循环、线粒体蛋白合成和免疫细胞活化方面的差异机制 未明确说明,但可能包括单细胞测序样本量有限及模型与人类瘦型MASH的异同 探讨环境触发因素和分子机制在瘦型代谢功能障碍相关脂肪性肝炎中的作用 小鼠肝脏组织及肝免疫细胞亚群 数字病理学 代谢性疾病 单细胞测序 NA 基因表达数据 小鼠模型(具体数量未说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
38 2026-07-10
Roles of circulating proteins in osteoporosis pathogenesis: Insights from Mendelian randomization
2026-Jul-08, Bone IF:3.5Q2
研究论文 通过整合五个蛋白质定量性状位点数据集、贝叶斯共定位、转录组分析和单细胞表达图谱,利用孟德尔随机化框架系统鉴定与骨质疏松症因果相关的循环蛋白 首次采用多源蛋白质数量性状位点数据和系统性多层验证框架,将贝叶斯共定位、转录组分析与单细胞RNA测序相结合进行因果关系优先级排序 信息不明确,可能受限于孟德尔随机化方法的固有假设 利用蛋白质组范围内的孟德尔随机化方法,识别并优先排序与骨质疏松症因果相关的循环蛋白,为药物开发提供靶点 来自五项大规模研究的2968种独特蛋白质的循环蛋白水平及其与骨密度的关联 机器学习和统计遗传学 骨质疏松症 孟德尔随机化、蛋白质数量性状位点分析、贝叶斯共定位、单细胞RNA测序、转录组分析 孟德尔随机化模型、贝叶斯共定位模型、HEIDI检验模型 遗传数据、蛋白质表达数据、单细胞转录组数据 五项大规模研究总计2968种蛋白质,四个骨密度性状(全身、股骨颈、腰椎、前臂),三个独立的病例对照组 NA NA NA NA
39 2026-07-10
A pre-clinical analysis of immunohistochemistry for bone regeneration and angiogenesis with nanocomposite gels - A systematic review and meta-analysis
2026-Jul-08, Bone IF:3.5Q2
系统综述与荟萃分析 对纳米复合凝胶在骨再生和血管生成中的免疫组织化学分析进行临床前系统评价和荟萃分析 首次系统评估纳米纤维水凝胶作为支架在临界尺寸缺损中基于组织形态学和免疫组化分析促进骨再生和血管生成的潜力,并强调未来研究中需优化数字空间转录组学技术 不同研究间方法论和支架组成的多样性可能引入偏倚 评估纳米纤维水凝胶作为支架在骨再生和血管生成中的作用,并考虑未来骨研究中使用数字空间转录组学优化的需求 临床前研究中免疫组织化学分析骨再生和血管生成效果的相关数据 数字病理学 骨骼缺损 免疫组织化学 NA 图像 25篇文献 NA 空间转录组学 NA NA
40 2026-07-10
SMOC2 mediates GLI1+ mesenchymal cell-driven fibrostenosis and predicts postoperative recurrence in Crohn's disease
2026-Jul-08, Gut IF:23.0Q1
研究论文 本文研究SMOC2在GLI1+间充质细胞驱动的克罗恩病纤维狭窄及术后复发中的作用 首次揭示SMOC2作为GLI1+间充质细胞驱动的纤维狭窄的致病因子和术后复发预测生物标志物 未明确提及,但可能包括样本量有限、机制验证限于体外和小鼠模型 探究GLI1+间充质细胞在纤维狭窄进展中的贡献及其作为治疗靶点的潜力 克罗恩病患者纤维化和非纤维化组织样本、小鼠慢性结肠炎模型、GLI1+间充质细胞 机器学习和转录组学 克罗恩病 单细胞RNA测序、谱系追踪、靶向细胞消融、免疫荧光 NA 基因表达数据 人类和鼠类肠道组织样本,包括手术CD纤维狭窄队列 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒
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