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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-01-11 |
Interplay between Matrix Viscoelasticity and Integrin Engagement Modulates Cancer-Associated Fibroblast States
2026-Jan, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202500389
PMID:40726283
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研究论文 | 本研究探讨了基质粘弹性与整合素结合之间的相互作用如何调节癌症相关成纤维细胞(CAFs)的不同状态 | 首次在体外模型中证明了基质粘弹性与整合素结合共同调控CAF状态,并揭示了JAK/STAT信号通路在维持炎性CAF状态中的关键作用 | 研究基于体外水凝胶模型,可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 理解CAF异质性并开发可控的体外模型以研究CAF功能 | 癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 细胞生物学 | 癌症 | 单细胞转录组学 | 水凝胶封装模型 | 转录组数据 | 患者来源的CAFs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-01-11 |
Endothelial CEPT1 Promotes Angiogenesis Through PPARα and VEGF-A Signaling
2026-Jan, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323302
PMID:41263082
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研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞中CEPT1通过PPARα和VEGF-A信号通路促进血管生成的作用 | 首次揭示了CEPT1在糖尿病背景下通过PPARα和VEGF-A信号通路促进缺血后血管生成和恢复的机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证有限,且未探讨CEPT1在其他疾病模型中的作用 | 探究CEPT1在糖尿病背景下促进缺血后血管生成和恢复的分子机制 | 人类外周动脉疾病患者样本、条件性内皮细胞特异性Cept1过表达小鼠、小鼠主动脉和内皮细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子通路分析 | NA | RNA测序数据、分子表达数据 | 人类患者样本和小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-01-11 |
Lung Microphysiological System Validates Novel Cell Therapy for Acute Respiratory Distress Syndrome
2026-Jan, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202500225
PMID:41263118
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研究论文 | 本研究开发了一种新型肺微生理系统来模拟急性呼吸窘迫综合征(ARDS)环境,并评估了人脐带血来源的间充质干细胞(hUCB-pMSCs)作为潜在替代疗法的疗效 | 开发了新型肺微生理系统(MPS)来模拟ARDS的肺部环境,并首次在该系统中比较了hUCB-pMSCs与地塞米松的治疗效果 | 研究基于体外微生理系统模型,其与真实人体环境的差异可能影响结果的直接转化 | 评估hUCB-pMSCs作为ARDS替代疗法的疗效 | 人脐带血来源的间充质干细胞(hUCB-pMSCs)和地塞米松 | 数字病理 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序,荧光成像 | NA | 图像,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2026-01-11 |
The Alzheimer's therapeutic Lecanemab attenuates Aβ pathology by inducing an amyloid-clearing program in microglia
2026-Jan, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02125-8
PMID:41286448
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研究论文 | 本研究揭示了阿尔茨海默病治疗药物Lecanemab通过激活小胶质细胞效应功能清除β-淀粉样蛋白(Aβ)的机制 | 首次在小鼠模型中证明Lecanemab通过Fc片段激活小胶质细胞,诱导特异性转录程序促进Aβ清除,并鉴定SPP1/骨桥蛋白为关键因子 | 研究基于人源小胶质细胞异种移植小鼠模型,可能不完全反映人类疾病复杂性;未探讨长期治疗效果或潜在副作用 | 阐明抗Aβ抗体Lecanemab的作用机制,为优化阿尔茨海默病治疗策略提供依据 | 人源小胶质细胞异种移植小鼠模型中的Aβ病理及相关神经损伤 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学分析 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 25 | 2026-01-11 |
Deep Learning-Based Quality Control Using Subcellular RNA Spatial Distribution Patterns for Cell Segmentation in Spatial Transcriptomics Data
2026-Jan, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202500885
PMID:41311019
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习的质量控制方法,利用RNA亚细胞空间分布模式来评估和改进空间转录组学数据中的细胞分割结果 | 通过深度学习网络利用RNA亚细胞空间分布模式进行细胞分割质量控制,并首次将质量控制与Transformer-based细胞分割方法结合,自动移除低质量分割细胞以提升性能 | 方法在合成数据和真实Stereo-seq数据上进行了验证,但可能尚未在其他空间转录组学平台或更复杂组织类型中广泛测试 | 开发空间转录组学数据中细胞分割的质量控制方法,并提高分割准确性 | 空间转录组学数据中的细胞分割结果,特别是部分分割细胞和合并细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度神经网络, Transformer | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | Stereo-seq | NA |
| 26 | 2026-01-11 |
Leveraging single-cell RNA-seq in helminthology
2026-Jan, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2025.11.003
PMID:41350151
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在蠕虫学领域的应用,包括其在解析蠕虫细胞异质性、发育生物学、宿主-蠕虫相互作用及免疫病理机制中的作用 | 系统总结了scRNA-seq在蠕虫学中的革命性应用,并展望了其与单细胞多组学等技术整合的未来潜力 | 存在一定的技术限制和挑战,需要进一步改进和优化 | 概述scRNA-seq技术并强调其在蠕虫学研究中的应用 | 蠕虫(寄生虫)及其与宿主的相互作用 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA转录本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-01-11 |
REL overexpression and sustained NF-κB signaling associated with 2p gain induce resistance to BTK inhibitors in Chronic Lymphocytic Leukemia
2026-Jan, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02818-w
PMID:41366531
|
研究论文 | 本研究揭示了慢性淋巴细胞白血病中2号染色体短臂增益通过导致REL过表达和持续NF-κB信号传导,从而介导对布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂耐药的机制 | 首次在单细胞水平上发现2p增益导致REL过表达和NF-κB通路富集,并证明这是独立于BTK/PLCG2突变的BTKi耐药新机制 | 研究主要基于体外实验和细胞系模型,需要更多临床样本验证;未详细探讨2p增益导致REL过表达的具体分子机制 | 探究慢性淋巴细胞白血病中2号染色体短臂增益介导BTK抑制剂耐药的分子机制 | 慢性淋巴细胞白血病患者样本(包括2p增益和非2p增益)和B淋巴样细胞系 | 单细胞组学 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9基因编辑,体外功能实验 | NA | 单细胞转录组数据,体外实验数据 | 大量2p原发性CLL样本队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-01-11 |
Axonal Eif5a hypusination controls local translation and mitigates defects in FUS-ALS
2026-Jan, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02101-2
PMID:41430470
|
研究论文 | 本研究应用空间转录组学技术,揭示了轴突局部蛋白合成的调控机制及其在FUS-ALS中的缺陷,并通过恢复Eif5a hypusination来缓解神经退行性病变 | 首次在成年小鼠运动神经轴突中应用空间转录组学进行亚细胞定位,发现Eif5a hypusination在轴突局部翻译中的关键作用,并证明多胺亚精胺治疗可恢复这一过程并减轻ALS相关毒性 | 研究主要基于小鼠和果蝇模型,尚未在人类患者中验证;空间转录组学技术可能受限于分辨率和灵敏度 | 探究神经元局部蛋白合成的调控机制及其在肌萎缩侧索硬化症(ALS)中的失调 | 成年小鼠运动神经轴突和细胞体,以及携带FUS和TDP-43突变的果蝇模型 | 空间转录组学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 空间转录组学,多重单分子空间转录组学,免疫荧光 | NA | 转录组数据,图像数据 | 成年小鼠运动神经样本和果蝇模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 29 | 2026-01-11 |
Multi-omics analysis identifies PUS7 as an immune modulator driving NETs-mediated macrophage polarization in pancreatic cancer
2026-Jan, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70581
PMID:41496500
|
研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了PUS7在胰腺癌中通过诱导中性粒细胞胞外陷阱形成,驱动巨噬细胞向M2表型极化,从而促进免疫抑制和肿瘤进展的新机制 | 首次将PUS7鉴定为胰腺癌中NET介导的免疫调节关键调控因子,并阐明了PUS7-NET-M2/M1轴这一新的致病机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证有限;PUS7的具体作用靶点和下游信号通路尚未完全阐明 | 探究伪尿苷合酶家族基因在胰腺癌免疫微环境中的作用机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)细胞、小鼠原位模型、肿瘤微环境中的免疫细胞 | 多组学分析 | 胰腺癌 | 基因组学、转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、临床数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-01-11 |
Non-canonical NOTCH1 signaling regulates ferroptosis vulnerability in dormant lung cancer cells with stable resistance
2025-Dec-26, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08355-9
PMID:41453945
|
研究论文 | 本研究鉴定了一种具有稳定耐药性的休眠肺癌细胞亚群,并揭示了非经典NOTCH1信号通路通过调控铁死亡易感性在该亚群耐药性中的关键作用 | 首次在未经治疗的肺癌中鉴定出具有稳定耐药性的休眠细胞亚群,并阐明非经典NOTCH1信号通路通过转录和翻译后双重机制调控其铁死亡易感性的新机制 | 研究主要基于细胞系和患者样本的体外实验,体内模型的验证仍需进一步深入 | 探究肺癌非遗传性耐药机制,特别是休眠耐药细胞的分子特征 | 未经顺铂治疗和已产生耐药的肺癌细胞系、接受或未接受免疫治疗和化疗的患者肺癌样本 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 肺癌细胞系和患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2026-01-11 |
SIMD: Synergistic integration mutualistic platform based on single-cell and proteotranscriptomics for drug repositioning
2025-Dec-24, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-025-00869-x
PMID:41444222
|
研究论文 | 本研究介绍了一种基于单细胞和蛋白质转录组学的协同整合平台(SIMD),用于药物重定位,特别是针对乳腺癌药物候选物的重定位 | 开发了SIMD平台,结合了单细胞RNA测序和蛋白质转录组学数据,通过ACPS和PPNE方法量化药物扰动与分子动态的负相关性,并考虑了肿瘤异质性 | 研究主要基于计算模拟和体外细胞系验证,缺乏体内实验或临床样本的直接验证,且样本范围可能有限 | 旨在通过整合多组学数据重定位乳腺癌药物候选物 | 乳腺癌细胞系和患者来源的乳腺癌样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 蛋白质转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质转录组学数据 | 五个乳腺癌细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质转录组学 | NA | NA |
| 32 | 2026-01-11 |
Multi-omics profiling of intercellular immunometabolic heterogeneity highlights in lung cancer: Crosstalk mechanisms and resistance in the tumor-immune interface
2025-Dec-24, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.105094
PMID:41453552
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综述 | 本文综述了肺癌肿瘤微环境中恶性细胞与免疫细胞之间的代谢串扰如何驱动免疫逃逸、异质性和免疫治疗耐药,并整合多组学数据定义了相关的免疫代谢表型和治疗策略 | 独特地整合了2009年至2025年的最新文献,利用多组学数据(单细胞转录组学、蛋白质组学、代谢组学、空间分析)定义了肺癌中特定的免疫代谢表型(如LM-high、CD73^high、KEAP1/NRF2^突变),并系统阐述了靶向代谢通路(如CD73/腺苷阻断、精氨酸酶和谷氨酰胺酶抑制)与免疫治疗联合的策略 | 作为一篇综述文章,其结论基于对现有文献的综合分析,而非原始实验数据,因此可能受到所纳入研究的方法学异质性和偏倚的影响 | 阐明肺癌肿瘤微环境中肿瘤细胞与免疫细胞之间的免疫代谢串扰机制,及其对免疫治疗耐药的影响,并探索基于多组学分析的精准治疗策略 | 肺癌的肿瘤微环境,特别是其中的恶性细胞和免疫细胞(如细胞毒性T细胞、树突状细胞、调节性和抑制性免疫细胞亚群) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学、蛋白质组学、代谢组学、空间分析 | NA | 多组学数据(转录组、蛋白质组、代谢组、空间数据) | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 33 | 2026-01-11 |
Single-cell RNA sequencing reveals a quiescence-senescence continuum and distinct senotypes following chemotherapy
2025-Dec-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66836-z
PMID:41436452
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研究论文 | 本研究结合延时成像和单细胞RNA测序技术,揭示了化疗后细胞静止与衰老状态的连续体及不同的衰老类型 | 首次通过单细胞RNA测序与延时成像配对,区分化疗后细胞静止与衰老状态,并识别出多种衰老类型及其与细胞周期通路的关联 | 研究仅基于依托泊苷处理,可能不适用于其他化疗药物;样本规模有限,需进一步验证 | 探究化疗后细胞静止与衰老状态的区分及其转录组特征 | 化疗处理后的细胞 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,延时成像 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-01-11 |
Spatial Transcriptomics As Rasterized Image Tensors (STARIT) characterizes cell states with subcellular molecular heterogeneity
2025-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.18.695193
PMID:41497642
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STARIT的新方法,它将成像空间转录组学数据转换为图像张量表示,以利用亚细胞异质性识别细胞类型和状态 | STARIT通过将转录本转换为图像张量,结合深度学习计算机视觉模型,首次在imSRT数据中编码亚细胞分子信息,从而捕捉传统基因计数方法忽略的细胞状态差异 | 方法主要基于模拟和真实imSRT数据验证,可能受数据质量和分割准确性影响,且未涉及大规模临床样本应用 | 开发一种新方法来利用成像空间转录组学数据中的亚细胞异质性,以更精确地识别和表征细胞类型与状态 | 成像空间转录组学数据中的细胞及其亚细胞转录本分布 | 计算机视觉 | NA | 成像空间转录组学 | 深度学习计算机视觉模型 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 35 | 2026-01-11 |
Single-cell and spatial transcriptomic profiling reveals distinct tumor microenvironment dynamics in cervical adenocarcinoma and squamous cell carcinoma
2025-Dec-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09310-2
PMID:41420004
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了宫颈腺癌和鳞状细胞癌中肿瘤微环境的动态差异 | 首次结合单细胞和空间转录组学技术系统比较宫颈癌两种主要亚型的肿瘤微环境异质性,识别了亚型特异性免疫和基质特征 | 未提及样本量可能较小或缺乏长期临床随访数据,且技术方法可能受限于空间分辨率或细胞类型注释的准确性 | 解析宫颈腺癌和鳞状细胞癌的细胞和空间异质性,以理解其不同临床行为并开发亚型特异性治疗策略 | 宫颈癌组织样本,重点关注腺癌和鳞状细胞癌两种亚型 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 36 | 2026-01-11 |
Spatial transcriptomics uncovers lipid metabolic dysregulation driving immune-stroma crosstalk in Sjögren's Disease
2025-Dec-17, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.106074
PMID:41411773
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学揭示了干燥综合征中脂质代谢失调驱动免疫-基质细胞互动的空间组织机制 | 首次通过空间转录组学结合单细胞RNA测序,系统解析了干燥综合征唾液腺中代谢-免疫网络的空间组织特征,并发现了新的致病性成纤维细胞-内皮细胞轴及脂质代谢关键调控因子 | 研究主要基于唾液腺组织,其他受累器官的空间特征尚未探索;功能验证主要在细胞系中进行,体内实验证据有限 | 阐明干燥综合征腺体病理中空间细胞结构及代谢-免疫互作的分子机制 | 干燥综合征患者的唾液腺组织及A253细胞系 | 空间转录组学 | 干燥综合征 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 免疫组化, 功能实验 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 干燥综合征患者唾液腺组织(包含独立验证队列) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2026-01-11 |
A cell-specific computational framework reveals a pan-cancer hypoxia signature predicting overall survival and ICI response
2025-Dec-17, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.111068
PMID:41419193
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研究论文 | 本研究开发了一个细胞特异性计算框架,揭示了预测总体生存和免疫检查点抑制剂响应的泛癌缺氧特征 | 首次在单细胞水平上探索泛癌缺氧特征,并评估其在免疫检查点抑制剂疗效和临床结果中的应用,开发了预测模型和预后模型 | 研究基于计算框架和已有数据集,可能受数据质量和样本异质性限制,未进行实验验证 | 从缺氧角度为生存预后、免疫检查点抑制剂响应预测和临床治疗靶点开发提供新思路 | 19种癌症类型的362名患者和893,464个细胞,以及33种癌症类型和29种正常组织的18,901个样本 | 计算生物学 | 泛癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法(六种) | 转录组数据 | 362名患者,893,464个细胞,18,901个样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2026-01-11 |
APOBEC3 promotes squamous differentiation via IL-1A/AP-1 signaling
2025-Dec-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67033-8
PMID:41390483
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研究论文 | 本研究通过基因工程小鼠模型和转录组学分析,揭示了APOBEC3家族在膀胱尿路上皮癌中促进鳞状分化的作用机制 | 首次建立了结合Pten和Trp53条件性敲除及小鼠Apobec3过表达的UPPA小鼠模型,并发现APOBEC3通过IL-1α/AP-1信号通路驱动鳞状分化 | 研究主要基于小鼠模型和体外分析,人类样本的验证仍需进一步扩展 | 探究APOBEC3在膀胱癌中的功能作用及其促进鳞状分化的分子机制 | 膀胱尿路上皮癌(UC) | 癌症生物学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | 基因工程小鼠模型(UPPA模型) | 转录组数据 | 小鼠膀胱肿瘤样本及人类UC样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2026-01-11 |
AI-driven virtual cell models in preclinical research: technical pathways, validation mechanisms, and clinical translation potential
2025-Dec-11, NPJ digital medicine
IF:12.4Q1
DOI:10.1038/s41746-025-02198-6
PMID:41381900
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综述 | 本文综述了AI驱动的虚拟细胞模型在临床前研究中的技术路径、验证机制及临床转化潜力 | 通过整合多模态组学数据(如单细胞转录组学和蛋白质组学)与深度生成模型和图神经网络等先进算法,构建了能够高精度预测药物反应、基因扰动和疾病进展的虚拟细胞模型,并强调了从计算评估到使用CRISPR检测和类器官平台进行实验验证的闭环工作流程 | 在监管接受度、数据隐私和模型可解释性方面仍面临挑战 | 概述虚拟细胞模型的技术路径和验证机制,并探讨其在精准医学和药物发现中的转化潜力 | AI驱动的虚拟细胞模型 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学, 蛋白质组学, CRISPR检测 | 深度生成模型, 图神经网络 | 多模态组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2026-01-11 |
Single‑cell RNA sequencing reveals fibroblast heterogeneity and identifies CLOCK as a key regulator in fibrotic skin diseases
2025-Dec-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-30260-6
PMID:41350567
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了纤维化皮肤疾病中成纤维细胞的异质性,并识别出CLOCK作为瘢痕疙瘩的关键调控因子 | 首次通过单细胞RNA测序系统解析了正常皮肤、疤痕、瘢痕疙瘩和硬皮病中成纤维细胞的异质性,并发现了疾病特异性的关键调控因子如CLOCK | 研究主要依赖公共数据库数据,缺乏实验验证的深度,且样本来源可能有限 | 探究纤维化皮肤疾病的成纤维细胞异质性及潜在治疗靶点 | 纤维化皮肤疾病(包括正常皮肤、疤痕、瘢痕疙瘩和硬皮病)中的成纤维细胞 | 数字病理学 | 皮肤纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |