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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-08-07 |
Cas9-mediated knockout of Ndrg2 enhances the regenerative potential of dendritic cells for wound healing
2023-08-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40519-z
PMID:37550295
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研究论文 | 本文开发了一种CRISPR/Cas9介导的Ndrg2基因敲除方法,增强树突状细胞的再生潜力,促进伤口愈合 | 利用单细胞RNA测序鉴定Ndrg2作为树突状细胞祖细胞的标志物,并通过CRISPR敲除增强其促血管生成和再生能力,结合水凝胶递送系统实现体内细胞治疗 | 研究仍处于临床前阶段,需进一步评估安全性和有效性 | 开发一种增强树突状细胞治疗慢性伤口潜力的CRISPR基因编辑方法 | 小鼠树突状细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型(非糖尿病和糖尿病) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 22 | 2026-08-07 |
Disentangling brain vasculature in neurogenesis and neurodegeneration using single-cell transcriptomics
2023-07, Trends in neurosciences
IF:14.6Q1
DOI:10.1016/j.tins.2023.04.007
PMID:37210315
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综述 | 本文综述了利用单细胞转录组学揭示脑脉管系统在神经发生和神经退行性疾病中的作用 | 利用单细胞转录组学技术解析血管细胞亚型、组织结构和分区,并揭示神经血管和胶质血管相互作用功能障碍在神经退行性疾病发病机制中的贡献 | 未提及具体局限性 | 总结单细胞转录组学在脑脉管系统研究中的最新进展,并强调未来神经血管生物学研究的关键挑战 | 胚胎和成体大脑中的血管细胞 | 单细胞转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-08-07 |
Modulation of virus-induced neuroinflammation by the autophagy receptor SHISA9 in mice
2023-05, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01357-3
PMID:37081201
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研究论文 | 本研究揭示了自噬受体SHISA9通过介导IKKi的自噬依赖性降解,调节单纯疱疹病毒1型感染诱导的神经炎症,并影响小胶质细胞和星形胶质细胞的免疫异质性 | 首次鉴定SHISA9为自噬货物受体,通过非锚定K48连接多聚泛素链识别IKKi并桥接至自噬体膜组分GABARAPL1,揭示了SHISA9-IKKi轴在调控中枢神经系统不同驻留细胞免疫异质性中的关键作用 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究SHISA9在病毒诱导的神经炎症中对自噬和免疫活性的调控作用及其机制 | 小鼠模型中的小胶质细胞和星形胶质细胞,以及单纯疱疹病毒1型感染过程 | 神经免疫学 | 单纯疱疹病毒性脑炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及Shisa9缺陷小鼠和野生型小鼠,具体样本数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2026-08-07 |
Multiplexed evaluation of mouse wound tissue using oligonucleotide barcoding with single-cell RNA sequencing
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101946
PMID:36525348
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研究论文 | 本文介绍了一种使用寡核苷酸条形码结合单细胞RNA测序对小鼠伤口组织进行多重评估的协议。 | 提出了一种针对伤口组织这一挑战性样本类型的寡核苷酸条形码标记和合并方案,降低了单细胞RNA测序在大规模研究中的成本。 | 文中未明确提及局限性,但可能受限于样本准备复杂性和跨物种应用的验证需求。 | 开发一种成本效益高的单细胞RNA测序方法,用于评估伤口愈合过程中的组织异质性,并可推广至其他物种。 | 小鼠皮肤伤口组织,以及可能的大鼠、猪和人类样本。 | 单细胞转录组学 | 伤口愈合 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据(单细胞转录组) | 未具体说明样本数量,但涉及小鼠模型。 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 未详细说明,可能使用10x Chromium单细胞3'试剂盒。 |
| 25 | 2026-08-07 |
Generation of human islet cell type-specific identity genesets
2022-04-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29588-8
PMID:35440614
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研究论文 | 通过单细胞转录组元分析,构建了人类胰岛α、β、γ和δ细胞类型特异性身份基因集,用于准确评估胰岛细胞身份。 | 基于全面的单细胞转录组元分析,构建了比以往更稳健和准确的胰岛细胞类型特异性基因集,能有效追踪细胞身份变化并揭示其遗传机制。 | 未明确提及局限性。 | 开发可靠工具,以评估和追踪胰岛细胞身份,支持细胞替代疗法(如糖尿病治疗)研究。 | 人类胰岛α、β、γ和δ细胞,以及胚胎胰腺发育和实验性细胞重编程或分化过程中的细胞。 | 单细胞转录组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-08-07 |
Obesity alters pathology and treatment response in inflammatory disease
2022-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04536-0
PMID:35355021
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研究论文 | 本研究通过特应性皮炎模型发现,肥胖将典型的2型T辅助细胞主导的疾病转变为更严重的T17炎症,并影响生物制剂疗效,而PPARγ激动剂可改善治疗反应 | 首次揭示肥胖通过抑制PPARγ活性改变T细胞分化方向,将T2型炎症转为T17型,并导致生物制剂治疗失效,提出PPARγ激动剂作为精准医学策略 | 研究主要基于小鼠模型,未在人类样本中验证;未探讨肥胖对除特应性皮炎外其他炎症性疾病的影响 | 阐明肥胖如何改变炎症性疾病的病理机制及对免疫治疗反应的影响,并探索潜在干预靶点 | 瘦素和肥胖小鼠的特应性皮炎模型,以及T细胞中PPARγ的基因敲除小鼠 | 免疫学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序、全基因组结合分析、条件性基因敲除 | NA | 基因表达数据、结合位点数据 | 涉及瘦和肥胖小鼠模型,具体数量未在摘要中给出 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 27 | 2026-08-07 |
Combinatorial transcription factor profiles predict mature and functional human islet α and β cells
2021-09-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.151621
PMID:34428183
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析人类胰岛细胞,基于组合转录因子表达识别出功能成熟且活跃的α和β细胞亚群 | 首次系统定义胰岛α和β细胞中组合转录因子表达的异质性,并揭示其与细胞功能和成熟状态的相关性 | 研究主要基于体外培养的胰岛细胞和正常供体样本,未涉及糖尿病或疾病状态下的变化 | 探究人类胰岛α和β细胞中组合转录因子表达异质性及其对细胞功能的影响 | 人类胰岛α和β细胞 | 单细胞转录组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA-seq, Patch-Seq | NA | 单细胞转录组数据, 电生理数据 | 超过40,000个人类胰岛细胞, 多个供体 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA-seq, Patch-Seq用于电生理记录 |
| 28 | 2026-08-07 |
Adaptable haemodynamic endothelial cells for organogenesis and tumorigenesis
2020-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2712-z
PMID:32908310
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研究论文 | 本研究展示了通过短暂激活胚胎限制性转录因子ETV2,将成熟人类内皮细胞重置为适应性血管生成细胞,构建可灌注且可塑的血管网络,为器官发生和肿瘤发生提供生理平台。 | 创新点在于通过ETV2瞬时激活和特定三维基质培养,恢复内皮细胞的适应性,实现血管网络的自组装,无需生物打印支架,并创建了名为“器官-血管网络”的平台,可直接与类器官相互作用。 | 局限性可能包括体内长期稳定性、潜在免疫原性、以及对特定组织类型的适应性尚需进一步验证。 | 旨在开发一种适应性血管内皮细胞平台,用于器官发生和肿瘤发生研究,促进代谢、免疫和理化研究及筛选。 | 研究对象为成熟人类内皮细胞,以及多种三维培养系统中的细胞,包括胰腺胰岛、脱细胞大鼠肠道和人类结肠类器官(健康和癌性)。 | 数字病理学 | 癌症(结肠癌) | 单细胞RNA测序、表观遗传学分析 | 三维细胞培养模型、类器官、微流控系统 | 基因表达数据、表观遗传数据、图像 | 人类内皮细胞、人类胰岛、大鼠肠道、人类结肠类器官(具体数量未提供) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 29 | 2026-08-07 |
Progenitor identification and SARS-CoV-2 infection in long-term human distal lung organoid cultures
2020-Jul-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.07.27.212076
PMID:32743583
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研究论文 | 开发了一种无需饲养层、化学成分明确的人远端肺类器官培养系统,并利用该系统鉴定了基底细胞的功能异质性,同时建立了SARS-CoV-2感染的体外模型 | 首次建立了从单个成人肺泡上皮II型(AT2)或基底细胞克隆衍生的人远端肺类器官培养系统,并发现基底细胞中存在TNFRSF12A亚群具有显著增强的克隆形成能力,此外通过翻转类器官极性实现了对SARS-CoV-2的感染建模 | 未能观察到单纯由俱乐部细胞组成的类器官,且未对体内细胞行为进行谱系追踪验证 | 建立人远端肺类器官培养系统,以研究干细胞鉴定和COVID-19相关肺部疾病 | 人远端肺的肺泡上皮II型(AT2)细胞和基底细胞 | 类器官培养、单细胞测序 | COVID-19肺炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞分选(FACS)、类器官培养、SARS-CoV-2感染实验 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据、类器官图像 | 人肺组织样本(具体数量未明确) | 未明确指定,可能包括10x Genomics(用于scRNA-seq) | 单细胞RNA-seq | 可能是10x Chromium(推测,基于scRNA-seq),具体未明确 | 未提供具体配置细节 |
| 30 | 2026-08-07 |
Single-cell genomics of a rare environmental alphaproteobacterium provides unique insights into Rickettsiaceae evolution
2015-Nov, The ISME journal
DOI:10.1038/ismej.2015.46
PMID:25848874
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研究论文 | 通过单细胞基因组学发现并分析了一种罕见的环境阿尔法变形菌'Candidatus Arcanobacter lacustris',揭示了立克次体科的进化新见解 | 首次在立克次体科中发现趋化基因和垂直遗传的鞭毛基因,表明其祖先可能具有兼性胞内生活方式 | 仅获得部分基因组,无法进行完整的比较分析 | 探究立克次体科专性胞内共生生活的起源与进化 | 罕见环境阿尔法变形菌'Candidatus Arcanobacter lacustris' | 微生物学、基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组序列 | 一个单细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序系统 |
| 31 | 2026-08-06 |
Endovascular biopsy in neurointerventional surgery: A systematic review
2026-Aug, Interventional neuroradiology : journal of peritherapeutic neuroradiology, surgical procedures and related neurosciences
IF:1.5Q3
DOI:10.1177/15910199241240508
PMID:38515364
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系统综述 | 对神经介入手术中血管内活检技术的系统综述,总结其在脑血管疾病中采集内皮细胞并进行基因表达分析的应用现状。 | 首次系统总结血管内活检在神经介入手术中的应用,整合多种设备和技术,并指出该领域的研究空白和挑战。 | 纳入研究样本量小,难以识别动脉瘤生长或破裂的基因标志物,且未进行定量荟萃分析。 | 总结神经介入手术中血管内活检的文献,评估其在内皮细胞采集和基因表达分析中的应用。 | 内皮细胞,涉及脑动脉瘤和动静脉畸形等脑血管病理。 | 系统综述 | 脑血管疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9项研究 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2026-08-06 |
A Single-cell and Spatially Resolved Cell Atlas of Human Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2026-Mar-27, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf095
PMID:41191515
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研究论文 | 结合单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学,系统地阐明人食管鳞状细胞癌及其匹配的非肿瘤组织的分子特征和抑制性免疫微环境机制。 | 首次通过多组学整合分析,识别出COL17A1+上皮细胞和POSTN+成纤维细胞组成的独特上皮-成纤维细胞生态位,并揭示了INHBA/TP63轴在肿瘤进展中的关键作用。 | 未提供具体限制信息。 | 阐明食管鳞状细胞癌的肿瘤异质性和抑制性微环境,探索肿瘤细胞与成纤维细胞之间的相互作用机制。 | 人食管鳞状细胞癌组织和匹配的非肿瘤组织。 | 单细胞组学、空间转录组学、代谢组学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学 | NA | 基因表达数据、空间转录数据、代谢物数据 | 一系列人食管鳞状细胞癌及匹配的非肿瘤组织(具体数量未提供) | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 33 | 2026-08-06 |
The Risk Genes S1PR5, CMC1, and ASAH1 as Potential Targets for the Diagnosis, Immunotherapy, and Treatment of Colon Adenocarcinoma by Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Analysis
2026, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序分析构建结肠腺癌免疫细胞功能风险模型,并识别潜在诊断、免疫治疗和治疗的靶基因。 | 利用单细胞和批量RNA测序数据构建新的免疫细胞功能风险模型,并首次报道了三个未报告过的模型基因S1PR5、CMC1和ASAH1,这些基因可能成为结直肠癌的新治疗靶点。 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内验证和更广泛的临床样本验证。 | 开发一种新的免疫细胞功能风险模型,以预测结肠腺癌患者的预后和免疫治疗反应,并识别新的治疗靶点。 | 结肠腺癌患者,包括来自GSE146771数据集的单细胞和批量RNA测序数据。 | 生物信息学, 基因组学, 转录组学 | 结肠腺癌, 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), qPCR, 免疫组织化学, EdU实验, Lasso回归分析 | 风险评分模型 | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 临床数据, 基因表达数据, 免疫组织化学图像 | 训练队列和两个独立的GEO外部队列,具体样本数未在摘要中提供。 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2026-08-06 |
A Deep Learning Approach to Assessing Cell Identity in Stem Cell-Based Embryo Models
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2025_654
PMID:40690128
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研究论文 | 利用深度学习方法评估干细胞胚胎模型中细胞身份的研究 | 开发了一种集成模型,利用scvi-tools整合和分类单细胞RNA-seq数据,并为体外细胞类型分配身份和熵评分 | 未明确说明 | 通过深度学习方法评估干细胞胚胎模型中的细胞身份,确保体外细胞类型与胚胎细胞相似 | 胚胎干细胞来源的胚状体及体外衍生细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型(基于scvi-tools) | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-08-06 |
Generation of Porcine Blastoids from Embryonic Stem Cells
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2025_651
PMID:40705202
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研究论文 | 该论文描述了一种从胚胎干细胞生成猪胚泡样结构(blastoids)的三维两步分化方案,并验证其形态、细胞谱系组成和单细胞转录组特征与猪囊胚相似。 | 首次开发了从猪胚胎干细胞生成胚泡样结构的三维两步分化策略,该胚泡样结构能在体外存活并扩展超过两周。 | 未提及具体局限性,但可能包括体外培养条件与体内环境的差异以及长期发育能力的验证不足。 | 开发一种从猪胚胎干细胞生成胚泡样结构的方法,以用于研究胚胎发生和早期发育事件,并可能为大型动物育种提供工具。 | 猪胚胎干细胞及其生成的胚泡样结构(blastoids),并与猪囊胚进行比较。 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序,三维细胞培养 | NA | 单细胞转录组数据,图像(形态学) | 未明确说明样本数量,但涉及猪胚胎干细胞系及生成的胚泡样结构。 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2026-08-06 |
EP300 as a potential mediator of stress-induced sleep disruption through blood-brain barrier dysfunction and neuroinflammation
2025-12, Sleep medicine
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.sleep.2025.106802
PMID:40939466
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,揭示了EP300在应激诱导的睡眠障碍中通过血脑屏障功能障碍和神经炎症发挥作用 | 首次揭示了EP300在睡眠障碍中的潜在作用,并结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序及小鼠模型进行验证 | 未提及 | 识别影响睡眠障碍的关键基因,为理解、预防和治疗提供新视角 | 睡眠障碍相关基因及小鼠前额叶皮层细胞 | 机器学习 | 睡眠障碍 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 371个关键基因,5个枢纽基因,小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2026-08-06 |
Distinct roles of Atf3, Zfp711 and Bcl6b in early embryonic hematopoietic and endothelial lineage specification
2025-12-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204792
PMID:41200855
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研究论文 | 本研究在单细胞分辨率下探讨了Atf3、Zfp711和Bcl6b在小鼠早期胚胎造血和内皮谱系定型中的不同作用 | 首次在单细胞水平上系统研究了Atf3、Zfp711和Bcl6b这三个转录因子在早期胚胎造血中的功能,并揭示了Zfp711与Atf3之间的层级调控关系 | 研究主要基于体外分化的小鼠胚胎干细胞,可能不能完全反映体内复杂的胚胎微环境;且未深入探讨Bcl6b在其他发育阶段的潜在作用 | 阐明Atf3、Zfp711和Bcl6b在早期胚胎造血和内皮谱系定型中的特异性功能及调控机制 | 小鼠胚胎干细胞及其分化产生的细胞群体,包括中胚层、内皮细胞、红系-髓系祖细胞等 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术、基因敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 未明确提及样本数量,涉及野生型和三种基因敲除(ΔAtf3, ΔZfp711, ΔBcl6b)的小鼠胚胎干细胞分化实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2026-08-06 |
Spatial profiling of human pancreatic ductal adenocarcinoma reveals molecular alterations associated with venous invasion
2025-09-24, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.ady7524
PMID:40991729
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研究论文 | 通过空间转录组学分析人类胰腺导管腺癌组织,揭示与静脉侵犯相关的分子改变 | 首次对胰腺导管腺癌的静脉侵犯进行空间转录组和蛋白质组学分析,发现静脉侵犯相关的分子特征与患者预后改善相关,并区分了两种形态学亚型 | 样本量较小,且仅来自未治疗患者,可能限制结果的普适性 | 探究胰腺导管腺癌中静脉侵犯的分子特征及其与转移和预后的关联 | 人类胰腺导管腺癌组织样本 | 空间转录组学 | 胰腺导管腺癌 | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 95个组织样本(8例未治疗患者),独立验证队列19例 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 39 | 2026-08-06 |
A complete Sigmodon hispidus genome and dynamic single-cell transcriptomics reveal evolutionarily conserved responses to RSV infection
2025-09-17, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adw7535
PMID:40961223
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研究论文 | 本研究报道了棉鼠的染色体基因组和呼吸道单细胞转录组图谱,揭示了其对人呼吸道合胞病毒(RSV)感染的进化保守反应机制 | 首次提供了棉鼠的染色体基因组和感染RSV过程中的呼吸道单细胞转录组图谱,证明了棉鼠与人类在组织保守性和病毒受体分布上的相似性,并识别了潜在的治疗靶点 | 未明确提及局限性,但可能受限于棉鼠作为模型的适用性及转录组分析的样本量 | 阐明棉鼠作为RSV感染模型的进化保守机制,并识别潜在的临床标志物和治疗靶点 | 棉鼠在RSV感染过程中的呼吸道细胞,包括club细胞、分泌细胞、间皮细胞和神经相关星形胶质细胞 | 基因组学与单细胞转录组学 | 呼吸道合胞病毒感染 | 染色体基因组组装、单细胞RNA测序 | NA | 基因组序列数据和单细胞转录组数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2026-08-06 |
PD-1-targeted cis-delivery of an IL-2 variant induces a multifaceted antitumoral T cell response in human lung cancer
2025-09-17, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adr3718
PMID:40961225
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研究论文 | 该研究利用人源模型系统,探究PD1-IL2v融合蛋白在人类肺癌中引发的多层面抗肿瘤T细胞反应 | 首次在人源肿瘤模型系统中揭示PD1-IL2v通过靶向CD8和常规CD4 T细胞引发多层面抗肿瘤反应,并利用单细胞RNA测序提供机制见解 | 研究基于离体肿瘤片段平台,可能无法完全模拟体内复杂微环境,且未进行体内验证 | 阐明PD1-IL2v在人类肺癌中诱导抗肿瘤T细胞反应的机制,支持下一代免疫细胞因子的临床开发 | 人类肺癌患者来源的肿瘤片段及其中浸润的T细胞 | 免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |