单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-04-01	Single-cell analysis reveals that GFAP+ dedifferentiated Schwann cells promote tumor progress in PNI-positive distal cholangiocarcinoma via lactate/HMGB1 axis 2025-Mar-27, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07543-x PMID:40148311	研究论文	通过单细胞分析揭示了GFAP+去分化雪旺细胞通过乳酸/HMGB1轴促进PNI阳性远端胆管癌的肿瘤进展	首次在PNI阳性远端胆管癌中鉴定了五种雪旺细胞亚群的组成和功能表型，并揭示了NEAT1恶性细胞和GFAP去分化雪旺细胞在PNI形成中的关键作用	样本量较小（仅两对肿瘤和邻近组织），需要在更大样本中验证结果	解析PNI阳性远端胆管癌中肿瘤细胞与神经细胞之间的复杂相互作用机制	远端胆管癌（dCCA）肿瘤组织和邻近组织中的细胞	单细胞测序	胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	24,715个细胞，来自两对PNI阳性dCCA肿瘤和邻近组织
22	2025-04-01	CD248-targeted BBIR-T cell therapy against late-activated fibroblasts in cardiac repair after myocardial infarction 2025-Mar-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56703-2 PMID:40148319	研究论文	本文开发了一种针对CD248的靶向T细胞疗法，用于治疗心肌梗死后心脏修复中的晚期激活成纤维细胞	首次通过单细胞RNA测序鉴定出小鼠心脏间质细胞中的晚期激活成纤维细胞亚群F-Act及其特征抗原CD248，并开发了针对该抗原的T细胞疗法	研究中仅在动物模型中验证了治疗效果，尚未在人体临床试验中进行验证	开发针对心肌梗死后心脏纤维化的新型治疗方法	心肌梗死后晚期激活的成纤维细胞亚群F-Act	细胞治疗	心血管疾病	单细胞RNA测序	BBIR-T细胞疗法	基因表达数据	小鼠心脏间质细胞
23	2025-04-01	Molecular mechanisms and therapeutic targets in glioblastoma multiforme: network and single-cell analyses 2025-Mar-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92867-z PMID:40148380	研究论文	本文通过整合网络和单细胞分析，探讨了多形性胶质母细胞瘤（GBM）的分子机制和治疗靶点	结合功能富集分析、加权基因共表达网络分析和单细胞RNA测序数据，揭示了GBM中细胞外基质和突触重塑的关键作用，并提出了新的治疗靶点	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索GBM肿瘤微环境的作用并识别潜在的治疗靶点	多形性胶质母细胞瘤（GBM）患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、微阵列分析	Cox回归、LASSO分析	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus（GEO）的胶质瘤相关微阵列和单细胞RNA测序数据集
24	2025-04-01	scMalignantFinder distinguishes malignant cells in single-cell and spatial transcriptomics by leveraging cancer signatures 2025-Mar-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07942-y PMID:40148533	研究论文	本文提出了一种名为scMalignantFinder的机器学习工具，用于在单细胞和空间转录组学中区分恶性细胞	结合数据和知识驱动策略，利用九种泛癌基因特征校准恶性细胞注释，训练模型超过40万个单细胞转录组	未提及具体局限性	开发一种高效工具以检测肿瘤异质性中的恶性细胞群体	恶性细胞与正常细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	单细胞转录组数据	超过40万个单细胞转录组
25	2025-04-01	SCITUNA: single-cell data integration tool using network alignment 2025-Mar-27, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06087-3 PMID:40148808	研究论文	介绍了一种名为SCITUNA的新型单细胞数据整合工具，用于校正批次效应	SCITUNA通过网络对齐方法有效整合单细胞数据，优于现有方法，且在保留原始数据生物信号方面表现优异	在肺数据集的多批次整合中表现略逊于现有方法，差异为0.004	开发一种高效的单细胞数据整合工具，以解决批次效应问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	网络对齐	单细胞基因组数据	来自四个真实数据集和一个模拟数据集的39个独立批次
26	2025-04-01	Identification of druggable targets in acute kidney injury by proteome- and transcriptome-wide Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Mar-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00631-0 PMID:40148878	研究论文	通过蛋白质组和转录组范围的孟德尔随机化及生物信息学分析，识别急性肾损伤的可药物靶点	整合多组学孟德尔随机化方法，识别出与急性肾损伤风险相关的蛋白质和基因，并验证其因果关系，同时探索药物再利用的可能性	研究依赖于遗传数据和外部队列验证，可能受到数据质量和样本量的限制	识别急性肾损伤的潜在治疗靶点，并探索现有药物的再利用机会	急性肾损伤（AKI）相关的蛋白质和基因	生物信息学	急性肾损伤	GWAS, 孟德尔随机化, 转录组分析, 单细胞转录组分析	NA	遗传数据, 转录组数据	涉及5,883个独特蛋白质和基因的分析，并在独立队列中验证
27	2025-04-01	Single-cell network biology enabling cell-type-resolved disease genetics 2025-Mar-27, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00042-7 PMID:40148916	review	本文综述了基于单细胞RNA测序技术的细胞类型特异性基因网络模型及其在疾病遗传学中的应用	提出了基于单细胞RNA测序数据的细胞类型特异性基因网络模型，为疾病遗传学提供了细胞层面的解析	未提及具体的技术实施难点或数据局限性	探索细胞类型特异性基因网络在疾病遗传学中的作用	单细胞RNA测序数据和基因网络模型	生物信息学	NA	scRNA-seq	基因网络模型	单细胞RNA测序数据	NA
28	2025-04-01	Integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis identifies a novel macrophage subtype associated with poor prognosis in breast cancer 2025-Mar-27, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03750-w PMID:40148933	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组分析，识别出一种与乳腺癌不良预后相关的新型巨噬细胞亚型	发现了一种新型巨噬细胞亚型M_Macrophage-SPP1-C1Q，并开发了基于随机森林的预测模型Macro.RF	未提及具体样本量限制或数据来源的局限性	研究乳腺癌肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性及其临床意义	乳腺癌患者的单细胞RNA测序和批量RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）	随机森林（RF）	RNA测序数据	NA
29	2025-04-01	Loss of OBSCN expression promotes bladder cancer progression but enhances the efficacy of PD-L1 inhibitors 2025-Mar-27, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01379-w PMID:40149008	研究论文	本研究探讨了OBSCN基因表达缺失在膀胱癌进展中的作用及其对PD-L1抑制剂疗效的影响	首次报道了OBSCN在膀胱癌中的作用，发现OBSCN低表达患者预后较差但对PD-L1抑制剂反应更好	研究主要基于公共数据库和有限样本量的组织芯片，需要更多独立队列验证	探索膀胱癌免疫逃逸的内在机制，寻找预测性生物标志物和干预新靶点	膀胱癌患者和癌细胞系	肿瘤免疫学	膀胱癌	RNA测序、免疫组化(IHC)、Western blot、单细胞测序分析	COX回归模型、Kaplan-Meier生存分析	基因表达数据、临床数据、组织样本	80例膀胱癌患者组织样本(来自曙光医院)和TCGA等公共数据库数据
30	2025-04-01	Combined targeting of glioblastoma stem cells of different cellular states disrupts malignant progression 2025-Mar-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58366-5 PMID:40140646	研究论文	本研究通过靶向胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的不同细胞状态，揭示了其恶性进展的分子机制并提出联合靶向治疗策略	发现MEOX2-NOTCH和SRGN-NFκB轴在CL和MES GSCs中的关键作用，并鉴定出FDA批准的靶向药物	未明确说明实验样本的具体数量及临床前模型的局限性	探索胶质母细胞瘤干细胞异质性机制并开发联合靶向治疗方案	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的经典（CL）和间充质（MES）亚群	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
31	2025-04-01	Extracellular vesicle-packaged GBP2 from macrophages aggravates sepsis-induced acute lung injury by promoting ferroptosis in pulmonary vascular endothelial cells 2025-Mar-25, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103614 PMID:40156957	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞来源的细胞外囊泡（EVs）在脓毒症诱导的急性肺损伤（si-ALI）中的作用及其机制，特别是通过GBP2-OTUD5-GPX4轴促进肺血管内皮细胞铁死亡	首次揭示了巨噬细胞来源的EVs通过GBP2-OTUD5-GPX4轴促进内皮细胞铁死亡的新机制，并筛选出具有潜在治疗作用的小分子化合物Plantainoside D（PD）	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体中进行验证，且PD的临床效果和安全性需进一步评估	阐明巨噬细胞来源的EVs在si-ALI中的作用机制，并探索潜在的治疗靶点	巨噬细胞、肺血管内皮细胞、脓毒症患者和小鼠模型	分子生物学与病理学	脓毒症诱导的急性肺损伤	蛋白质组测序、转录组和单细胞测序数据分析、RNA干扰、腺相关病毒转染、高通量小分子化合物筛选、分子对接、分子动力学模拟、细胞热位移分析	小鼠模型（CLP小鼠）、细胞模型（THP-1和RAW264.7细胞）	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据	脓毒症患者外周血样本、LPS刺激的THP-1和RAW264.7细胞及其分泌的EVs、CLP小鼠肺组织
32	2025-04-01	IGF1 Signaling Regulates Neuropeptide Expression in Hypothalamic Neurons Under Physiological and Pathological Conditions 2025-Mar-24, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf051 PMID:40105689	研究论文	本研究探讨了胰岛素样生长因子1（IGF1）在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	揭示了IGF1信号在生理和病理条件下对下丘脑神经元神经肽表达的调控作用，并发现高胰岛素血症是驱动细胞IGF1抵抗的新机制	研究主要基于小鼠和人类模型，可能无法完全反映人体内的复杂调控网络	探究IGF1在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	下丘脑神经元，特别是NPY/AgRP和POMC神经元	神经科学	代谢性疾病	RT-qPCR, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类模型
33	2025-04-01	Protocol for single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics of bladder Ewing sarcoma 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103687 PMID:40067823	研究论文	本文介绍了一种从膀胱尤文肉瘤组织中分离单细胞并获取高质量空间转录组数据的实验方案	提出了一种结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术研究膀胱尤文肉瘤的新实验方案	未提及该方案在临床应用中的具体效果验证	开发用于膀胱尤文肉瘤研究的单细胞和空间转录组学实验方案	膀胱尤文肉瘤组织	数字病理学	膀胱尤文肉瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量
34	2025-04-01	Protocol for isolating the single bacteriocyte from whiteflies for single-cell RNA-seq analysis 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103691 PMID:40073021	研究论文	本文提出了一种从粉虱中分离单个含菌细胞的方案，用于单细胞RNA测序分析	提供了一种便捷高效的单个含菌细胞分离和单细胞测序方案，并具有应用于其他昆虫细胞的潜力	未提及方案的具体性能指标或验证结果	开发一种用于单细胞RNA测序的含菌细胞分离方案	粉虱中的含菌细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
35	2025-04-01	Tumor-derived arachidonic acid reprograms neutrophils to promote immune suppression and therapy resistance in triple-negative breast cancer 2025-Mar-21, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.002 PMID:40157359	研究论文	本文探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）细胞通过花生四烯酸（AA）重编程中性粒细胞，导致免疫抑制和治疗抵抗的机制	揭示了TNBC细胞通过脂质积累和AA代谢途径重编程中性粒细胞，从而促进免疫抑制和治疗抵抗的新机制	研究主要基于实验室模型，临床样本验证有限	探究TNBC对免疫检查点阻断和化疗产生抵抗的机制	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞和中性粒细胞	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	实验室模型和人类患者样本
36	2025-04-01	Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases 2025-Mar-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025598 PMID:39791596	研究论文	通过种群动态模型揭示了骨髓偏向性涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖的双重偏向	首次定量评估了造血干细胞分化偏向性对骨髓偏向性的贡献，并发现早期骨髓偏向性祖细胞的增殖增加是另一个重要机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类样本中验证	探究骨髓偏向性产生的细胞机制	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	计算生物学	骨髓性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 微分方程模型	微分方程模型	单细胞转录组数据	IκB-小鼠模型、野生型小鼠、老年小鼠和人类骨髓性肿瘤患者的HSPCs
37	2025-04-01	A spatially resolved transcriptome landscape during thyroid cancer progression 2025-Mar-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102043 PMID:40157360	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，描绘了甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境（TME）的空间动态变化	揭示了甲状腺癌进展过程中分子和细胞异质性的空间动态变化，并识别了三个不同的甲状腺细胞元簇及阶段特异性肿瘤边缘重塑	NA	探索甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境（TME）的空间动态变化	甲状腺癌的旁甲状腺（PT）组织、乳头状甲状腺癌（PTC）、局部晚期PTC（LPTC）和未分化甲状腺癌（ATC）	数字病理学	甲状腺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
38	2025-04-01	Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs driving type 1 diabetes progression 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.13.637721 PMID:40027657	研究论文	通过单细胞多组学和空间转录组学揭示了胰腺细胞类型特异性基因调控程序在1型糖尿病进展中的作用	首次在多达32名非糖尿病、自身抗体阳性和1型糖尿病胰腺供体中进行了单核多组学和空间转录组学分析，揭示了1型糖尿病进展中的细胞类型特异性调控程序	样本量相对有限（32名供体），且仅针对胰腺组织进行研究	揭示1型糖尿病在胰腺中的进展机制	非糖尿病、自身抗体阳性和1型糖尿病胰腺供体的853,005个细胞	生物医学	1型糖尿病	单核多组学、空间转录组学	NA	单细胞基因组数据、空间转录组数据	32名胰腺供体的853,005个细胞
39	2025-04-01	An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution 2025-Mar-17, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043 PMID:40157887	研究论文	该研究构建了一个包含1,348,268个T细胞的人类T细胞参考数据库，并开发了一个名为STCAT的自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释T细胞亚型和状态	构建了最大的人类T细胞参考数据库，开发了STCAT自动注释工具，其准确率比现有工具高28%	NA	为T细胞亚型和状态提供参考列表和自动注释工具，以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究	人类T细胞	生物信息学	肺癌、COVID-19、卵巢癌	scRNA-seq	分层模型和标记校正	单细胞RNA测序数据	1,348,268个T细胞，来自35种条件和16种组织
40	2025-04-01	Current Applications of Single-Cell RNA Sequencing in Glioblastoma: A Scoping Review 2025-Mar-14, Brain sciences IF:2.7Q3 DOI:10.3390/brainsci15030309 PMID:40149830	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在胶质母细胞瘤（GBM）中的应用，重点关注其在解决肿瘤复杂性和治疗耐药性以及改善患者预后方面的潜力	通过scRNA-seq技术揭示GBM的复杂细胞和免疫景观，为改进诊断和个性化治疗铺平道路	仅纳入2009年至2024年间发表的英文或西班牙语研究，可能遗漏其他语言的重要研究	探索scRNA-seq在GBM诊断、预后、治疗及癌症生物学理解中的临床应用	胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微环境和细胞亚群	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	24项研究，其中11项关注GBM样本的肿瘤微环境和细胞亚群，5项研究GBM癌症生物学，3项研究疾病预后，3项应用转化研究，2项解决治疗相关问题