单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-17	Anti-BCL2 therapy eliminates giant congenital melanocytic nevus by senolytic and immune induction 2025-May-16, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02247-2 PMID:40374605	研究论文	本研究探讨了抗BCL2疗法通过衰老细胞清除和免疫诱导治疗巨大先天性黑色素细胞痣(GCMN)的效果	首次发现BCL2蛋白在GCMN的衰老和增殖细胞中均有表达，并证明BCL2抑制剂能有效清除GCMN细胞，同时揭示了中性粒细胞在治疗中的关键免疫协同作用	研究主要基于体外实验和动物模型，需要进一步临床试验验证	开发针对巨大先天性黑色素细胞痣(GCMN)的新型治疗方法	巨大先天性黑色素细胞痣(GCMN)患者细胞、异种移植模型和转基因模型	肿瘤治疗	黑色素细胞痣/黑色素瘤	单细胞测序、免疫染色、异种移植模型	患者来源异种移植(PDX)模型、Nras突变和Braf突变转基因模型	基因表达数据、组织学数据	多种基因突变的GCMN患者样本、动物模型
22	2025-05-17	Harnessing Calmodulin-Related Genes to Build a Prognostic Model in Esophageal Squamous Cell Carcinoma for a Comprehensive Analysis of Single-Cell Immune Characteristics and Drug Efficacy 2025-May-16, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000561 PMID:40375794	研究论文	该研究利用钙调蛋白相关基因构建了一个食管鳞状细胞癌的预后模型，并分析了单细胞免疫特性和药物疗效	首次基于钙调蛋白相关基因构建了食管鳞状细胞癌的预后模型，并验证了特征基因的表达，同时发现了潜在的治疗药物AZD-8055	研究依赖于TCGA数据集，样本来源可能有限，且需要进一步实验验证模型的临床适用性	构建食管鳞状细胞癌的预后模型并探索其免疫特性和潜在治疗药物	食管鳞状细胞癌患者及其相关基因表达数据	数字病理学	食管鳞状细胞癌	qPCR, 单细胞测序, GSEA富集分析, 免疫浸润分析, 突变分析, 药物敏感性分析, 分子对接, CETSA	LASSO Cox回归模型, 多元Cox回归模型	基因表达数据, 单细胞测序数据	TCGA-ESCC数据集中的肿瘤和正常样本
23	2025-05-17	Deficiency of NPR-C triggers high salt-induced thoracic aortic dissection by impairing mitochondrial homeostasis 2025-May-16, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf085 PMID:40377018	研究论文	本研究探讨了NPR-C在胸主动脉夹层（TAD）发病中的作用及其分子机制	揭示了NPR-C通过调节线粒体稳态在TAD中的保护作用，并提出了NPR-C激活和亚精胺（SPD）补充作为新的TAD预防和治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究NPR-C在TAD发病中的作用及潜在治疗策略	人类TAD患者和小鼠模型	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	RNA测序、单细胞测序	基因敲除小鼠模型	转录组数据、单细胞测序数据	人类TAD患者样本和BAPN处理的小鼠模型
24	2025-05-17	Integrating multi-omics data to identify the role of Aggrephagy-related genes in tumor microenvironment and key tumorigenesis factors of GB from the perspective of single-cell sequencing 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02431-4 PMID:40377747	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了聚集自噬相关基因（ARGs）在胶质母细胞瘤（GB）肿瘤微环境（TME）和肿瘤发生中的作用	首次利用单细胞测序技术分析ARGs在GB中的作用，并通过分子对接分析确定了TUBA1C和UBB作为潜在治疗靶点	NA	探索ARGs在GB肿瘤微环境和肿瘤发生中的作用及其预后和治疗潜力	胶质母细胞瘤（GB）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序	非负矩阵分解（NMF）	单细胞测序数据	NA
25	2025-05-17	Deciphering the interaction between the expression of LRP2 served as a mitochondrial metabolism-related gene and prognosis in colon cancer integrating multi-omics analysis 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02568-2 PMID:40377809	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了LRP2基因在结肠癌中的表达及其预后价值	首次将LRP2基因作为线粒体代谢相关基因与结肠癌预后关联，并通过单细胞测序和转录组学数据集进行验证	研究样本量有限，且主要依赖公共数据库数据，需要更多实验验证	识别结肠癌的重要生物标志物和治疗靶点	结肠腺癌(COAD)患者和细胞系	癌症研究	结肠癌	单细胞测序、转录组学分析、免疫组化染色(IHC)、CCK-8和流式细胞术	NA	基因表达数据、临床病理数据	TCGA数据库中的肿瘤样本和正常组织，以及GEO数据库中的数据集，具体样本数量未明确说明
26	2025-05-17	Sialyltransferase gene signature as a predictor of prognosis and therapeutic response in kidney renal clear cell carcinoma 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02566-4 PMID:40377806	研究论文	本研究基于唾液酸转移酶相关基因（SRGs）构建了一个预测肾透明细胞癌（KIRC）患者预后和治疗反应的预后模型	首次基于SRGs构建KIRC预后模型，揭示了唾液酸化在KIRC中的关键作用，并分析了不同分子亚型对药物的敏感性差异	研究主要依赖公共数据库数据，缺乏独立的前瞻性临床队列验证	开发预测KIRC患者预后和治疗反应的生物标志物模型	肾透明细胞癌（KIRC）患者	生物信息学	肾癌	RNA-Seq, scRNA-seq, 生物信息学分析	Cox回归风险模型	基因表达数据	TCGA和ICGC数据库中的KIRC样本
27	2025-05-17	The critical role of BMP signaling in gastric epithelial cell differentiation revealed by organoids 2025-May-16, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00237-x PMID:40377813	研究论文	本研究揭示了BMP信号在胃上皮细胞分化中的关键作用，并通过胃类器官模型阐明了小鼠和人类胃上皮细胞分化的异同	发现BMP4信号促进胃小凹细胞和壁细胞分化，并鉴定Zbtb7b为小凹细胞分化的新型调控因子	研究主要基于体外类器官模型，可能需要进一步体内验证	阐明胃上皮细胞分化的分子机制及其在小鼠和人类中的异同	小鼠和人类胃类器官	细胞生物学	胃部疾病	单细胞RNA测序、类器官培养	胃类器官模型	基因表达数据	未明确说明样本数量的小鼠和人类胃类器官
28	2025-05-17	O-GlcNAcylation stabilized WTAP promotes GBM malignant progression in an N6-methyladenosine-dependent manner 2025-May-15, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae268 PMID:39671515	研究论文	本文探讨了O-GlcNAcylation稳定的WTAP如何通过N6-甲基腺苷依赖的方式促进胶质母细胞瘤（GBM）的恶性进展	揭示了WTAP通过O-GlcNAcylation和USP7介导的去泛素化增强蛋白稳定性，进而通过LOXL2的m6A修饰促进GBM的免疫逃逸	研究主要基于体外和体内实验，临床转化效果需进一步验证	探究m6A在GBM免疫抑制微环境（TIME）形成中的作用机制	间充质胶质母细胞瘤干细胞（MES GSCs）和髓系来源的巨噬细胞（MDMs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱分析、RNA免疫沉淀（RIP）、共免疫沉淀	NA	RNA-seq数据、蛋白质数据	NA
29	2025-05-17	Intratumoral Fusobacterium nucleatum Recruits Tumor-Associated Neutrophils to Promote Gastric Cancer Progression and Immune Evasion 2025-May-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2580 PMID:39992708	研究论文	研究探讨了胃内微生物群对胃癌免疫微环境的影响，特别是梭杆菌属在促进胃癌进展和免疫逃逸中的作用	揭示了梭杆菌属通过激活IL17/NF-κB/RelB信号通路招募肿瘤相关中性粒细胞，重塑肿瘤免疫微环境并促进PD-L1表达的新机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类组织样本，临床转化应用仍需进一步验证	探究胃内微生物群对胃癌进展和免疫逃逸的影响机制	胃癌组织和梭杆菌属感染的小鼠模型	肿瘤免疫学	胃癌	16S rRNA扩增子测序、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因测序数据、组织样本	人类胃癌组织样本和小鼠模型
30	2025-05-17	Reactivation of CTLA4-expressing T cells accelerates resolution of lung fibrosis in a humanized mouse model 2025-May-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181775 PMID:40100323	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，发现CTLA4在CD8+ T细胞中的上调与肺纤维化相关，并证明靶向CTLA4的药物ipilimumab可加速肺上皮再生并减少纤维化	首次发现CTLA4在CD8+ T细胞中的表达与肺纤维化的关系，并验证了ipilimumab通过促进衰老细胞清除来加速纤维化消退的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化效果尚需进一步验证	探究免疫检查点蛋白CTLA4在肺纤维化中的作用机制及潜在治疗策略	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	免疫学与纤维化研究	肺纤维化	空间转录组学、蛋白质组学	人类化CTLA4敲入小鼠模型	转录组数据、蛋白质表达数据	人类特发性肺纤维化患者样本和实验小鼠模型
31	2025-05-17	Single-Cell RNA Sequencing of Ewing Sarcoma Tumors Demonstrates Transcriptional Heterogeneity and Clonal Evolution 2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2040 PMID:40029262	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化	首次在尤文肉瘤中应用单细胞RNA测序技术分析肿瘤异质性和免疫微环境，并鉴定出潜在的治疗靶点TSPAN8	样本量较小（7例未治疗患者），需要更大规模研究验证发现	探索尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化特征，寻找新的治疗靶点	尤文肉瘤肿瘤组织、肿瘤微环境和循环肿瘤细胞(CTC)	digital pathology	Ewing sarcoma	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	7例未治疗的尤文肉瘤患者肿瘤样本及CTC样本
32	2025-05-17	Acute kidney injury triggers hypoxemia by lung intravascular neutrophil retention that reduces capillary blood flow 2025-May-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186705 PMID:40048367	research paper	该研究探讨了急性肾损伤（AKI）如何通过肺血管内中性粒细胞滞留引发低氧血症	揭示了AKI通过激活经典单核细胞释放CXCL2，导致中性粒细胞在肺毛细血管滞留，进而引起低氧血症的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据有限	阐明AKI引发低氧血症的细胞机制	急性肾损伤（AKI）患者和小鼠模型	NA	acute kidney injury	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型和有限的人类数据
33	2025-05-17	IGFBP3 enhances adipose-derived stem cell function in soft tissue injury repair via ITGB1 and ERK pathway activation 2025-May-15, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10024-8 PMID:40369223	研究论文	本研究探讨了IGFBP3蛋白在脂肪来源干细胞（ADSCs）中对软组织损伤修复的分子机制，并利用单细胞多组学技术和3D生物打印模型验证其作用	首次揭示了IGFBP3通过增强ITGB1表达和激活ERK通路促进ADSCs的上皮细胞分化、增殖和迁移，为软组织损伤修复提供了新的分子靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明IGFBP3在ADSCs中介导软组织损伤修复的分子机制	脂肪来源干细胞（ADSCs）和软组织损伤修复	组织工程与再生医学	软组织损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、3D生物打印、高通量转录组学、生物信息学分析	小鼠软组织损伤模型	单细胞转录组数据、图像数据	未明确说明样本数量，但使用了小鼠模型和体外培养的ADSCs
34	2025-05-17	scRNA-seq and scATAC-seq reveal that Sertoli cell mediates spermatogenesis disorders through stage-specific communications in non-obstructive azoospermia 2025-May-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97958 PMID:40371706	研究论文	通过scRNA-seq和scATAC-seq技术揭示Sertoli细胞在非梗阻性无精子症中通过阶段特异性通讯介导精子发生障碍	鉴定了三种新的Sertoli细胞亚型表型（SC4/未成熟、SC7/成熟和SC8/进一步成熟Sertoli细胞），并发现了生殖细胞和Sertoli细胞亚型之间的阶段特异性匹配模式	NA	研究非梗阻性无精子症（NOA）中精子发生障碍的细胞类型特异性异常	梗阻性无精子症（OA）和非梗阻性无精子症（NOA）患者的睾丸组织	单细胞测序	男性不育症	scRNA-seq, scATAC-seq, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	NA
35	2025-05-17	AI-Assisted Hypothesis Generation to Address Challenges in Cardiotoxicity Research: Simulation Study Using ChatGPT With GPT-4o 2025-May-15, Journal of medical Internet research IF:5.8Q1 DOI:10.2196/66161 PMID:40373295	研究论文	本研究探讨了ChatGPT与GPT-4o在生成创新性研究假设以解决心脏毒性研究中的五大挑战方面的能力	利用ChatGPT与GPT-4o生成创新性假设，并通过专家评估其新颖性和可行性，展示了AI在心脏毒性研究中的潜在应用	实验设计常被认为过于雄心勃勃，需要更多实际考量	探索AI在心脏毒性研究中生成创新性假设的能力	心脏毒性研究的五大挑战	自然语言处理	心血管疾病	单细胞RNA测序、多组学方法、机器学习	GPT-4o	文本	96个生成的假设，其中13个被评为高度新颖，62个为中等新颖
36	2025-05-17	Single-Cell RNA-Seq Reveals Aging-Related Impairment of Microglial Efferocytosis Contributing to Apoptotic Cells Accumulation After Retinal Injury 2025-May-15, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70097 PMID:40374315	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了衰老如何影响小胶质细胞的胞葬功能，进而导致视网膜损伤后凋亡细胞的积累	首次在单细胞水平揭示了衰老视网膜中小胶质细胞胞葬功能受损的分子机制，并验证了AXL-GAS6和MERTK-GAS6等配体-受体互作的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类视网膜衰老的类似机制仍需进一步验证	阐明衰老对小胶质细胞胞葬功能的影响及其在视网膜疾病中的作用	年轻和老年小鼠的视网膜细胞	数字病理学	老年性疾病	sc-RNA-seq	小鼠视网膜缺血/再灌注损伤模型	单细胞转录组数据	74,412个来自年轻和老年小鼠的视网膜细胞
37	2025-05-17	Targeting Setdb1 in T cells induces transplant tolerance without compromising antitumor immunity 2025-May-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58841-z PMID:40374612	research paper	该研究揭示了Setdb1在T细胞中的作用，通过调节Treg细胞分化，实现移植耐受而不影响抗肿瘤免疫	发现Setdb1缺失能选择性抑制移植排斥反应而不损害抗肿瘤免疫，并鉴定了一个新的胸腺Treg细胞亚群	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索在维持抗肿瘤免疫的同时实现移植耐受的机制	Setdb1缺陷小鼠的T细胞和Treg细胞	免疫学	移植排斥和肿瘤	RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
38	2025-05-17	scRDEN: single-cell dynamic gene rank differential expression network and robust trajectory inference 2025-May-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01969-1 PMID:40374885	研究论文	提出了一种名为scRDEN的稳健框架，用于推断细胞亚群和基因差异表达网络，以理解细胞命运决定的异质性	将不稳定的基因表达值转化为相对稳定的基因-基因相互作用，提取差异表达顺序，并整合不同降维方法的表达特征	未明确提及具体限制	深入理解细胞命运决定的异质性，分析动态调控变化并准确推断分化轨迹	人类和小鼠细胞分化的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scRDEN	基因表达数据	五个已发表的scRNA-seq数据集
39	2025-05-17	Deciphering the role of acetylation-related gene NAT10 in colon cancer progression and immune evasion: implications for overcoming drug resistance 2025-May-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02617-w PMID:40374962	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了乙酰化相关基因NAT10在结肠癌进展和免疫逃逸中的关键作用	首次系统研究了NAT10在结肠癌中的功能，发现其与免疫逃逸和不良预后相关，并提出了作为治疗靶点的潜力	研究主要基于公共数据集分析，需要进一步实验验证NAT10的具体作用机制	探索乙酰化相关基因在结肠癌进展和免疫逃逸中的作用机制	结肠癌患者样本和公共数据库数据	癌症生物学	结肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、孟德尔随机化分析	细胞-细胞相互作用模型、生存分析模型	基因组数据、转录组数据	来自GSE132465、UCSC Xena和GeneCards等公共数据库的样本
40	2025-05-17	Single-cell sequencing and spatial transcriptomics reveal FAS+ T cell and autophagy-related signatures predicting chemoimmunotherapy response in diffuse large B-cell lymphoma patients 2025-May-15, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2849-2 PMID:40374987	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了FAS阳性T细胞和自噬相关特征在预测弥漫大B细胞淋巴瘤患者对化疗免疫治疗反应中的作用	首次构建了基于自噬相关基因的预后模型，并鉴定FAS作为预后生物标志物，发现FAS阳性Treg和Tfh细胞富集的肿瘤微环境与良好预后相关	样本量相对有限，特别是单细胞测序数据仅来自4例患者，需要更大规模的研究验证	研究自噬相关基因在弥漫大B细胞淋巴瘤中的预后效应	弥漫大B细胞淋巴瘤患者	数字病理学	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞测序, 空间转录组学, 抗体阵列	自噬相关预后模型	转录组数据, 蛋白质组数据	1409例DLBCL患者转录组数据, 531例健康对照, 4例单细胞测序数据, 10例空间转录组数据, 110例本地队列蛋白质组数据