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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-11-28 |
Spatiotemporal dynamics of RERE in schizophrenia pathogenesis: insights from multi-omics and single-cell sequencing
2025-Nov-26, Schizophrenia (Heidelberg, Germany)
DOI:10.1038/s41537-025-00705-y
PMID:41298505
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研究论文 | 本研究通过整合多组学和单细胞测序分析,系统解析了精神分裂症的遗传结构和神经发育机制 | 发现RERE基因在精神分裂症发病中的时空动态调控特征,揭示其介导的表观遗传-神经发育轴 | 需要未来使用类器官模型进行验证并探索临床转化 | 解析精神分裂症的遗传结构和神经发育机制 | 欧洲人群(130,644)和东亚人群(30,761)的GWAS数据,RERE基因及其调控网络 | 生物信息学 | 精神分裂症 | 全基因组关联研究(GWAS), 多组学分析, 单细胞测序, CUT&Tag | NA | 基因组数据, 表观遗传数据, 单细胞测序数据 | 欧洲人群130,644例,东亚人群30,761例 | NA | 单细胞测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 22 | 2025-11-28 |
Uncovering the immune mechanisms underlying the emergence of immunotherapy-induced pneumonitis in lung cancer patients
2025-Nov-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66509-x
PMID:41298513
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示肺癌患者免疫检查点抑制剂相关肺炎的免疫机制 | 首次结合scRNA-seq和scTCR/BCR-seq技术对CIP组织进行综合单细胞分析,发现CD8⁺组织驻留记忆T细胞扩增、IFNG表达升高、TCR克隆共享等新机制 | 样本来源仅限于肺癌患者,未涉及其他癌症类型的CIP机制研究 | 阐明免疫检查点抑制剂相关肺炎的免疫发病机制 | 肺癌患者发生免疫检查点抑制剂相关肺炎的组织样本 | 单细胞分析 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR/BCR测序 | NA | 单细胞转录组数据, TCR/BCR序列数据 | CIP组织和匹配的癌旁组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 23 | 2025-11-28 |
SPP1 + macrophage and Treg interaction mediates immunosuppression and adverse survival in HER2 + breast cancer
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-29530-0
PMID:41298703
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研究论文 | 本研究揭示了SPP1+巨噬细胞通过CD86-CTLA4轴增强Treg免疫抑制功能促进HER2+乳腺癌进展的机制 | 首次发现SPP1+巨噬细胞与Treg相互作用通过CD86-CTLA4轴介导免疫抑制的新机制 | 研究结果仍需在更大规模的前瞻性队列中验证 | 阐明HER2+乳腺癌中导致不良预后的特定细胞亚群和调控通路 | 健康与肿瘤乳腺组织、HER2+乳腺癌患者队列 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、多重免疫组织化学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据、免疫组织化学图像 | 多个乳腺癌队列的样本,包括内部独立HER2+乳腺癌患者组 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重免疫组织化学 | NA | NA |
| 24 | 2025-11-28 |
UGP2 is a potential target for breast cancer, based on bioinformatics analysis and in vitro experiments
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27055-0
PMID:41298748
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和体外实验探讨UGP2在乳腺癌中的临床意义和功能机制 | 首次系统揭示UGP2在三阴性乳腺癌中的高表达特征及其通过肿瘤细胞增殖和基质重塑的双重作用机制 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏体内实验验证和更大规模的临床队列验证 | 探究UGP2在乳腺癌进展中的临床相关性和功能机制 | 乳腺癌患者样本和乳腺癌细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析,免疫组化,单细胞RNA测序,siRNA敲低实验 | NA | 基因表达数据,临床病理数据,单细胞测序数据 | 118例临床标本和公共数据库样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-11-28 |
Single-cell and bulk transcriptomics reveal Fusobacterium nucleatum promotes colorectal cancer metastasis by upregulating LAMC2 in in vitro and in vivo models
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26249-w
PMID:41298762
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量转录组学分析,揭示具核梭杆菌通过上调LAMC2表达促进结直肠癌转移的分子机制 | 首次阐明具核梭杆菌通过下调hsa-miRNA-7977解除对LAMC2的转录抑制,进而激活FAK-PI3K-AKT信号通路和调节H3K27组蛋白乙酰化的新机制 | 研究主要基于体外和动物模型,临床验证仍需进一步开展 | 探究LAMC2在具核梭杆菌诱导的结直肠癌转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞、动物模型、临床组织样本 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序,批量转录组测序,免疫组织化学,透射电子显微镜,伤口愈合实验,transwell迁移实验 | Cox回归模型 | 基因表达数据,组织图像数据 | 多个独立队列的临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2025-11-28 |
Comprehensive single-cell transcriptome landscape of metastatic colorectal cancer identifies budding-potential cells and their interactions with cancer-associated fibroblasts
2025-Nov-26, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01187-y
PMID:41298776
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研究论文 | 通过整合287个结直肠癌样本的单细胞转录组数据,揭示了转移性结直肠癌中具有出芽潜能的细胞及其与癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 | 首次在单细胞水平识别出与肿瘤出芽相关的MSLN阳性上皮细胞亚群,并发现其通过POSTN-ITGB5配体-受体对与POSTN成纤维细胞相互作用促进转移 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步的功能实验验证分子机制 | 阐明转移性结直肠癌中肿瘤出芽细胞的转录组特征及其与微环境的相互作用 | 结直肠癌组织和细胞系 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 287个结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2025-11-28 |
Comprehensive single-cell RNA analysis reveals intertumoral microenvironment heterogeneity and hub niche of carcinogenesis in thyroid cancer
2025-Nov-26, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00924-7
PMID:41298873
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析甲状腺癌肿瘤微环境的细胞异质性和关键生态位 | 首次在甲状腺癌中通过大规模单细胞分析鉴定出CD4+HSPA1A+T细胞等新型细胞亚群,并揭示APOE+巨噬细胞、EMT样癌症相关成纤维细胞和RBP7+内皮细胞之间的关键相互作用 | 样本量相对有限(50个癌组织和14个正常组织),且主要基于转录组数据 | 解析甲状腺癌肿瘤微环境的细胞异质性和分子机制 | 甲状腺癌患者组织样本(包括乳头状癌、间变性癌和转移性肿瘤)及正常甲状腺组织 | 单细胞组学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学 | PCA, UMAP, AUCell, CellChat, NicheNet | 单细胞转录组数据, 组织图像数据 | 50个甲状腺癌样本和14个正常组织样本,共405,077个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-11-28 |
Cross-species identification of conserved cell-type specific mechanisms during early placenta development in ruminants
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-29895-2
PMID:41298965
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研究论文 | 本研究通过整合绵羊和牛早期胎盘发育的单细胞RNA测序数据,揭示了反刍动物胎盘发育中细胞类型特异性机制 | 首次在反刍动物中鉴定出19个细胞群体,发现牛特有的两个滋养层细胞群,并证实上皮-间质转化在早期胎盘发育中的关键作用 | 研究仅限于反刍动物,需要进一步验证在其他物种中的普适性 | 探索反刍动物早期胎盘发育的细胞类型特异性机制 | 绵羊和牛的早期胎盘组织 | 单细胞生物学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 绵羊和牛早期胎盘样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-11-28 |
Single-cell and bulk transcriptome analyses revealed the role of macrophage cholesterol metabolism in atherosclerosis
2025-Nov-26, Lipids in health and disease
IF:3.9Q2
DOI:10.1186/s12944-025-02773-6
PMID:41299485
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研究论文 | 本研究通过单细胞和bulk转录组分析揭示了巨噬细胞胆固醇代谢在动脉粥样硬化中的关键作用 | 首次结合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,系统分析巨噬细胞胆固醇代谢在动脉粥样硬化中的异质性,并识别出三个关键特征基因 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多实验验证;样本来源和数量未详细说明 | 探究巨噬细胞胆固醇代谢在动脉粥样硬化中的调控机制,寻找诊断标志物和治疗靶点 | 动脉粥样硬化患者组织样本和巨噬细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,机器学习,细胞实验 | 逻辑回归,共识聚类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2025-11-28 |
Spatial omics in 3D culture model systems: decoding cellular positioning mechanisms and microenvironmental dynamics
2025-Nov-26, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07390-6
PMID:41299674
|
综述 | 探讨空间组学技术与3D培养模型系统的整合应用,解析细胞定位机制和微环境动态 | 聚焦于前沿空间组学技术与3D培养模型的无缝整合,提供基因、蛋白质、代谢物和染色质景观的 unprecedented 图谱 | 复杂多模态数据集的系统整合及其向临床可用生物标志物的转化仍面临巨大挑战 | 理解组织模式、疾病进展和治疗干预的空间动态 | 类器官、肿瘤球体、3D生物打印构建体等3D培养模型 | 空间组学 | 肿瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间表观基因组学 | NA | 分子信息、空间信息 | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间表观基因组学 | NA | 高分辨率空间组学平台与精密工程3D模型(如生物打印组织和微流体器官芯片设备)配对 |
| 31 | 2025-11-28 |
Spatial transcriptomics reveals TGF-β-driven endothelial-mesenchymal transition in vascular remodeling of moyamoya disease
2025-Nov-26, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X251388370
PMID:41305891
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示了TGF-β信号通路驱动的内皮-间质转化在烟雾病血管重塑中的关键作用 | 首次在烟雾病中利用空间转录组学技术鉴定出双阳性平滑肌-内皮细胞簇,并证实TGF-β/Snail通路驱动的内皮-间质转化机制 | 需要在临床前模型中进一步验证 | 阐明TGF-β信号在烟雾病血管重塑中的作用机制 | 烟雾病血管标本和对照血管标本 | 空间转录组学 | 烟雾病 | 空间转录组学,HE染色,免疫组化,免疫荧光,伪时序轨迹分析,细胞通讯建模 | 伪时序轨迹分析,细胞通讯模型 | 空间转录组数据,组织图像数据 | 11例烟雾病标本进行空间转录组分析,总计51例烟雾病和11例对照血管标本进行组织学分析 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 32 | 2025-11-28 |
Differential expression of viral entry protein neuropilin 1 (NRP1) and neuropilin 2 (NRP2) in fatal COVID-19
2025-Nov-25, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01384-25
PMID:41159753
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研究论文 | 本研究分析了致命性COVID-19病例中病毒进入蛋白神经纤毛蛋白1和2的表达差异及其与SARS-CoV-2刺突蛋白的结合特性 | 首次系统比较NRP1和NRP2在致命COVID-19组织中的表达分布,并发现它们与SARS-CoV-2刺突蛋白片段具有不同的结合特性 | 样本量有限(n=20),且仅针对致命病例,可能无法代表轻中度COVID-19的情况 | 探究神经纤毛蛋白作为SARS-CoV-2辅助受体在COVID-19发病机制中的作用 | 致命COVID-19患者的尸检组织(心脏、肺和血液淋巴器官) | 病理学 | COVID-19 | 免疫组织化学,单细胞RNA测序,空间多重免疫荧光,免疫荧光显微镜 | NA | 组织图像,基因表达数据 | 20例尸检组织 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | CODEX | 空间多重免疫荧光表型分析 |
| 33 | 2025-11-28 |
Single-cell RNA sequencing highlights the role of epithelial-immune dual features of proximal tubule cells in BK polyomavirus nephropathy
2025-Nov-25, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01394-25
PMID:41055342
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究BK多瘤病毒肾病微环境,发现具有上皮-免疫双重特征的近端肾小管细胞新亚群 | 首次发现IGKC+ PT细胞亚群具有上皮-免疫双重特征,可能通过T细胞耗竭机制促进BKPyVN进展 | NA | 研究BK多瘤病毒肾病的微环境特征,探索新的治疗和诊断方法 | BK多瘤病毒肾病样本和稳定移植肾样本 | 单细胞测序 | 肾病 | 单细胞RNA测序,共免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,尿液样本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-11-28 |
Impact of single-cell cell cycle regulation of intercellular communication on the prognosis of hepatocellular carcinoma in the tumor microenvironment
2025-Nov-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01963-x
PMID:41286375
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肝细胞癌肿瘤微环境中细胞周期调控对细胞间通讯和患者预后的影响 | 首次在单细胞水平系统分析HCC肿瘤微环境中细胞周期调控与细胞间通讯的关联及其对预后的影响 | 样本量相对有限,仅包含24,637个细胞,需要更大规模验证 | 探究肝细胞癌肿瘤微环境中细胞周期调控如何影响细胞间通讯和患者预后 | 肝细胞癌患者的肿瘤微环境细胞 | 单细胞分析 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解聚类,CellChat,Monocle,SCENIC | 单细胞RNA测序数据 | 24,637个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2025-11-28 |
Decoding colorectal cancer chemotherapy and immunotherapy resistance: revealing the role of NOL3 using single-cell RNA sequencing and machine learning
2025-Nov-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01913-7
PMID:41286470
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习揭示NOL3在结直肠癌化疗和免疫治疗耐药中的作用 | 首次系统探索缺氧与程序性细胞死亡机制在结直肠癌中的相互作用,并确定NOL3作为关键预后标志物 | 研究基于回顾性多中心队列,需要进一步的前瞻性验证 | 解析结直肠癌化疗和免疫治疗耐药的分子机制 | 结直肠癌患者和癌细胞系 | 机器学习, 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, Western blot, MTT检测 | XGBoost, RR, RF等13种机器学习算法 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 4个多中心队列共1294例样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2025-11-28 |
Lineage plasticity and signal dysregulation define the cellular trajectory of osteoarthritis progression
2025-Nov-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01947-x
PMID:41286526
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探索骨关节炎进展过程中细胞谱系的可塑性变化及其与信号通路失调的关系 | 首次系统揭示骨关节炎中PreFC细胞向FC和preHTC细胞转化的轨迹,并鉴定HIF1A和ANGPTL4为关键分子调控因子 | NA | 探索骨关节炎进展的细胞轨迹和分子机制,为精准治疗提供新靶点 | 骨关节炎患者的关节软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,KEGG和GO富集分析,伪时间轨迹分析,体外实验验证 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2025-11-28 |
Exploring putative links between gut microbiota and allergic rhinitis: insights from Mendelian randomization and multi-transcriptome integration
2025-Nov-25, AMB Express
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s13568-025-01987-2
PMID:41288916
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和多转录组整合分析探索肠道微生物群与过敏性鼻炎之间的因果关系及分子机制 | 首次结合孟德尔随机化、批量RNA测序和单细胞RNA测序技术系统研究肠道微生物群与过敏性鼻炎的因果关系,并识别关键基因和细胞类型 | 依赖公共数据库数据,样本来源和实验条件可能存在异质性 | 探究肠道微生物群与过敏性鼻炎之间的因果关系及分子机制 | 过敏性鼻炎患者和健康人群的肠道微生物群及鼻部组织样本 | 生物信息学 | 过敏性鼻炎 | 孟德尔随机化, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2025-11-28 |
The AML cellular state space unveils NPM1 immune evasion subtypes with distinct clinical outcomes
2025-Nov-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66546-6
PMID:41290664
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研究论文 | 本研究通过基因组和转录组分析揭示了急性髓系白血病的细胞状态空间,发现了NPM1突变亚型具有不同的免疫逃逸机制和临床结局 | 首次在单细胞水平系统描绘AML细胞状态空间,发现NPM1突变可分层为两个具有不同免疫特征和临床预后的亚型 | 样本量相对有限(120例AML),需要更大队列验证发现 | 解析急性髓系白血病的细胞异质性及其与临床结局的关系 | 120例急性髓系白血病患者样本 | 单细胞基因组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序,基因组分析,转录组分析 | 聚类分析 | 单细胞RNA测序数据,基因组数据,转录组数据 | 120例AML样本,包含超过90,000个未成熟AML细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2025-11-28 |
Cyclosporin A indirectly suppresses NK cells activity in renal microvascular inflammation by inducing ubiquitination-dependent degradation of ULBP1
2025-Nov-25, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115929
PMID:41297348
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研究论文 | 本研究揭示了环孢素A通过诱导内皮细胞ULBP1泛素化降解间接抑制NK细胞活性的新机制 | 首次发现环孢素A通过内皮细胞- NK细胞轴调控免疫反应,阐明CsA诱导ULBP1泛素化降解的具体机制 | 主要依赖体外共培养实验,缺乏体内实验验证;使用的RNA-seq数据来自公共数据库 | 阐明环孢素A在肾脏微血管炎症中调控NK细胞功能的具体机制 | 自然杀伤细胞、肾小球内皮细胞、免疫介导性肾脏疾病 | 免疫学 | 肾脏疾病 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 共培养实验 | NA | RNA测序数据、体外实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-11-28 |
Rheumatoid arthritis synovial fibroblasts modulate T cell activation
2025-Nov-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193054
PMID:41055954
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研究论文 | 本研究揭示了类风湿关节炎滑膜成纤维细胞通过IDO1介导的色氨酸消耗调控T细胞活化的新机制 | 首次发现滑膜成纤维细胞通过IDO1介导的色氨酸消耗诱导T细胞低反应性,并证实其在滑膜微环境中的主导免疫调节作用 | 未明确说明研究样本的具体数量及实验设计的局限性 | 探究类风湿关节炎滑膜成纤维细胞对T细胞活化的调节机制 | 类风湿关节炎患者的滑膜成纤维细胞和T细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |