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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-10-10
Mapping the Tissue Architecture and Endothelial-PEC Network in HAML Using Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2026-Oct-07, Cancer science IF:4.5Q1
研究论文 该研究整合单核RNA测序和空间转录组学技术,对三例散发性肝血管平滑肌脂肪瘤(HAML)样本进行分析,构建了HAML的空间多组学图谱,揭示了PEComa亚群的异质性及其与内皮细胞的信号网络 首次将单核RNA测序与空间转录组学整合应用于HAML研究,构建了HAML的空间多组学图谱;发现了内皮细胞与PEComa亚群之间的高度相似性及潜在转化轨迹;鉴定出内皮来源的PDGFD-PDGFRB旁分泌信号轴及其下游Ras级联通路维持PEComa自噬流的新型补偿性生存机制 仅基于三例散发性HAML样本,样本量较小;缺乏体内功能命运图谱和扰动实验验证,PDGFD-PDGFRB信号轴的功能需进一步实验证实 解析HAML独特的空间微环境及其特异性进展机制,为HAML发病机制提供新的空间框架并寻找潜在治疗靶点 三例散发性肝血管平滑肌脂肪瘤(HAML)样本 数字病理学 肝癌 单核RNA测序,空间转录组学 NA 图像,文本 3例散发性HAML样本 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
22 2026-10-10
ST-DAI: Single-shot 2.5D Spatial Transcriptomics with Intra-Sample Domain Adaptive Imputation for Cost-efficient 3D Reconstruction
2026-Oct-07, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1
研究论文 提出ST-DAI框架,将低成本2.5D采集协议与样本内域自适应插补相结合,实现单次2.5D空间转录组学的3D重建 提出样本特异性框架,无需大型外部训练队列;采用2.5D采集协议,仅完全测量一张参考切片,相邻目标切片稀疏测量;引入伪图网络、快速多域精炼、参数高效域对齐层和置信度加权伪监督;数据一致性操作保留所有实验观测值 仅在乳腺癌Xenium和人类DLPFC 10x Visium数据集上验证,未在其他组织类型或平台上广泛评估;2.5D采集协议可能不适用于所有空间转录组学平台 降低体积空间转录组学的测量成本,同时保持定量和生物学可解释的空间表达结构 乳腺癌组织和人类背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织切片 数字病理学 乳腺癌 空间转录组学 CNN 图像, 文本 6个Xenium乳腺癌切片设置和6个人类DLPFC 10x Visium切片设置 10x Genomics 空间转录组学 10x Xenium, 10x Visium 10x Xenium空间转录组学平台, 10x Visium空间转录组学平台
23 2026-10-10
Integrated multi-omics analyses decipher molecular subtype-associated tumor microenvironment patterns in glioma
2026-Oct-07, Cancer letters IF:9.1Q1
研究论文 该研究整合了胶质瘤的bulk转录组、单细胞转录组、空间转录组和蛋白质组数据,揭示了IDH突变状态相关的肿瘤微环境分子亚型及其预后意义 首次整合多组学数据系统解析胶质瘤IDH相关肿瘤微环境的细胞和分子特征,鉴定了四种亚型相关的基因模式及其细胞来源,并发现POSTN、LTF、PLA2G2A和ANXA1为候选蛋白标志物 摘要中未明确说明样本量有限、验证队列不足等具体局限性 解析胶质瘤中IDH相关的肿瘤微环境组成、亚型相关分子模式及其预后相关性 胶质瘤组织和患者血液样本 数字病理学, 机器学习 胶质瘤 bulk转录组测序, 单细胞转录组测序, 空间转录组测序, 蛋白质组学 NA 文本, 图像 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 NA NA
24 2026-10-10
Monocyte Galectin-9 is associated with CD8⁺ T-cell dysfunction and early relapse after haploidentical hematopoietic stem cell transplantation
2026-Oct-07, Biomarker research IF:9.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术等方法,揭示了单核细胞Galectin-9升高与单倍体造血干细胞移植后AML患者早期复发及CD8⁺ T细胞功能障碍之间的关联,并探讨了TIM-3抑制剂MG-T-19的干预效果 首次发现单核细胞表面Galectin-9在单倍体造血干细胞移植后早期(第30天)即升高,并与AML早期复发及CD8⁺ T细胞功能障碍相关,同时验证了TIM-3抑制剂MG-T-19可部分逆转这些改变 研究样本量相对有限,Galectin-9的因果相关性尚未完全确立,需要进一步的机制研究和前瞻性临床验证 表征单倍体造血干细胞移植后早期免疫重建特征,探究与AML早期复发相关的免疫特征 急性髓系白血病(AML)患者和再生障碍性贫血(AA)患者,包括持续完全缓解(CCR)和早期复发(ER)的AML患者 数字病理学 白血病 单细胞RNA测序,单细胞RNA/TCR测序,流式细胞术 NA 图像,文本 AML患者44例,AA患者38例,CCR患者55例,ER患者38例;单细胞RNA测序样本来自AML和AA患者各3例和4例,单细胞RNA/TCR测序样本来自CCR和ER患者各3例 NA 单细胞RNA测序,单细胞RNA/TCR测序 NA NA
25 2026-10-10
Cancer-Associated Fibroblasts Drive Papillary Thyroid Cancer Progression through ROS/NF-κB/IL-6 Signaling in Hypoxic Microenvironment
2026-Oct-07, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2
研究论文 本研究通过整合甲状腺乳头状癌患者的单细胞RNA测序数据,揭示缺氧微环境下癌相关成纤维细胞通过ROS/NF-κB/IL-6信号轴驱动肿瘤进展的机制 首次阐明癌相关成纤维细胞是甲状腺乳头状癌中IL-6的主要细胞来源,并揭示缺氧通过ROS/NF-κB/IL-6轴调控CAF促肿瘤功能的新机制,提出靶向该通路(如tocilizumab)治疗侵袭性PTC的潜在策略 摘要中未明确提及研究局限性 探究癌相关成纤维细胞是否为甲状腺乳头状癌中IL-6的主要来源,以及缺氧微环境下CAF调控IL-6表达的分子机制及其对PTC进展的影响 甲状腺乳头状癌患者的肿瘤组织、原代癌相关成纤维细胞、正常成纤维细胞及PTC细胞 数字病理学, 机器学习 甲状腺癌 单细胞RNA测序 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
26 2026-10-10
Lineage and renewal dynamics of sebaceous glands govern skin barrier integrity in mice
2026-Oct-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本文通过大规模分离小鼠皮脂腺、构建皮脂腺特异性工具小鼠模型并结合谱系追踪与单细胞RNA测序,揭示了皮脂腺的异质性、谱系起源及其在维持皮肤屏障完整性中的动态更新机制 首次通过皮脂腺特异性工具小鼠模型(SG-Chaser小鼠)实现了体内皮脂腺谱系追踪,揭示了部分皮脂腺干细胞后代可归巢至毛囊隆突区并再分化,发现了典型与非典型皮脂腺的分化轨迹差异,并证明皮脂腺细胞分化程序高度依赖Pparγ且可通过局部药物调控 研究主要基于小鼠模型,虽在人类中初步验证了Pparγ调控皮脂腺稳态的可行性,但人类皮脂腺的谱系动态及长期安全性仍需进一步验证 探究小鼠皮脂腺的细胞生物学特征、谱系起源及更新动态,并探索调控皮脂腺稳态以维持皮肤屏障完整性的可行途径 小鼠皮脂腺(包括典型与非典型皮脂腺)及人类皮脂腺细胞 单细胞生物学、数字病理学 皮肤病 单细胞RNA测序、谱系追踪 NA 图像、文本(基因表达数据) NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
27 2026-10-10
STiLE: Automated Tissue Microarray Dearraying for Spatial Transcriptomics
2026-Oct-06, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出STiLE工具,仅基于细胞质心坐标实现组织微阵列(TMA)的自动化去阵列,用于空间转录组学分析 首次提出仅依赖细胞质心坐标而非组织学图像进行TMA去阵列的方法,消除了对图像数据的依赖,对染色质量不均和光照不均匀等伪影具有鲁棒性;算法结合了基于连通性的组件检测、密度聚类(HDBSCAN)、组件引导的聚类合并以及可选的网格峰值检测 未明确说明在大规模临床样本上的验证情况,仅在公共数据集和合成数据集上进行了验证,缺乏实际生物医学发现中的应用验证 解决空间转录组学中TMA去阵列的手动瓶颈问题,实现自动化细胞到核心的分配 公共TMA样本(7个,每个含50-150个核心)和合成数据集(396个) 空间转录组学,数字病理学 NA 空间转录组学 HDBSCAN聚类,基于连通性的组件检测,网格峰值检测 细胞质心坐标(AnnData, CSV格式) 7个公共TMA样本(50-150个核心,三个平台)和396个合成数据集 Vizgen, 10x Genomics, NanoString 空间转录组学 Vizgen MERSCOPE, 10x Xenium, NanoString CosMx Vizgen MERSCOPE, 10x Xenium, NanoString CosMx空间转录组学平台
28 2026-10-10
Blocking PD1 prevents T-cell-promoted fibrosis in myocardial infarction
2026-Oct-06, Cell discovery IF:13.0Q1
研究论文 本文通过单细胞RNA测序和质谱流式等技术,揭示了心肌梗死后PD1 T细胞通过CXCL9/CXCR3轴促进心肌纤维化的机制,并证明抗PD1治疗可减轻纤维化改善心功能 首次发现心肌梗死后心脏中PD1 T细胞富集且具有活化特征,不同于肿瘤中的耗竭状态;揭示了PD1 T细胞通过CXCL9/CXCR3轴直接与心脏成纤维细胞相互作用促进纤维化,且该作用不依赖于PD1/PD-L1信号通路;在非人灵长类和小鼠模型中验证了抗PD1治疗的疗效和安全性 摘要中未提及具体研究局限性 探究PD1 T细胞在心肌梗死后心脏纤维化重塑中的作用及机制,并评估抗PD1治疗作为心肌梗死后心脏修复免疫治疗靶点的潜力 人类缺血性疾病患者、小鼠心肌梗死模型、非人灵长类心肌梗死模型、PD1基因敲除小鼠 机器学习, 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 质谱流式, 批量RNA测序, 细胞因子阵列 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA测序, 质谱流式, 批量RNA测序 NA NA
29 2026-10-10
A Hypothalamic Oxytocinergic-Sympathetic Axis Couples Anxiety Dysregulation With Impaired Tendon-Bone Repair
2026-Oct-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 该研究通过整合临床神经影像学、影像转录组学和动物机制实验,揭示了下丘脑室旁核催产素能神经元通过下丘脑-交感神经通路协调焦虑失调与肩袖损伤后腱-骨修复的机制 首次鉴定下丘脑室旁核催产素能神经元作为协调情绪调节与骨-腱界面修复的关键中枢节点,并揭示了PVN-IML-SCG交感神经通路连接肩袖附着点软骨下骨区域的机制,提出了下丘脑-交感-肩轴的工作模型 摘要中未明确提及研究局限性 阐明将情感障碍与腱-骨愈合受损联系起来的中枢机制,探索下丘脑在焦虑失调与肩袖损伤修复之间的桥梁作用 肩袖损伤患者和小鼠模型 数字病理学, 机器学习 肩袖损伤, 焦虑症 静息态功能磁共振成像, 影像转录组学, 逆行病毒示踪, 空间转录组学, 体内局部场电位记录, 化学遗传学 NA 图像, 文本, 基因表达数据, 电生理数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
30 2026-10-10
Metabolic-Redox Remodeling of Inflammatory Synovium by Mannose-Modified Selenium Nanoparticles for Osteoarthritis Therapy
2026-Oct-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 该研究开发了甘露糖修饰的硒纳米颗粒(M-SeNPs),通过靶向GLUT1高表达的炎症性滑膜细胞,重塑其代谢与氧化还原稳态,用于骨关节炎治疗 首次将甘露糖修饰的硒纳米颗粒用于靶向GLUT1标记的高炎症滑膜状态,通过协调代谢重编程和恢复内源性抗氧化系统实现骨关节炎治疗 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证M-SeNPs的安全性和有效性 开发一种靶向高代谢滑膜微环境的关节内纳米治疗策略,恢复氧化还原平衡并重编程失调的代谢,用于骨关节炎治疗 骨关节炎小鼠模型及炎症性滑膜组织中的GLUT1阳性滑膜细胞 数字病理学, 机器学习 骨关节炎 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析, 组织学分析, 免疫荧光分析 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
31 2026-10-10
Unlocking the full potential of spatial omics in plants: practical challenges, solutions, and a path forward
2026-Oct-05, The Plant cell
综述 系统总结植物空间组学在实验与计算流程中的瓶颈,提出解决方案与社区发展路线图 首次以问题导向方式综合植物空间组学的实验和计算瓶颈,提出社区驱动的协议共享、基准测试和多组学整合路线图 本文为综述,未提供原始实验数据验证所提出的解决方案和路线图 推动空间组学成为植物生物学中常规且可扩展的研究工具 植物组织中的空间分子图谱、细胞状态、发育梯度和调控互作 空间组学 NA 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 表观基因组学, 蛋白质组学, 代谢组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 NA NA
32 2026-10-10
Spatial transcriptomics reveals microenvironmental heterogeneity in osteoarthritic subchondral bone
2026-10-02, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 该研究利用空间转录组学技术揭示骨关节炎软骨下骨微环境异质性,发现骨生成核心-晕结构及信号通路异常 首次应用空间转录组学揭示人类软骨下骨的空间保守骨生成核心-晕结构,并识别FN1-SDC2和COL1A1-DDR2信号轴及空间生态型 摘要中未明确说明研究局限性 探究骨关节炎软骨下骨重塑的空间组织及其微环境异质性 人类软骨下骨组织 空间转录组学 骨关节炎 空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
33 2026-10-10
ResolVI: addressing noise and bias in spatial transcriptomics
2026-Oct, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 该文章开发了resolVI模型,用于修正空间转录组数据中分子错误分配、批次效应及其他干扰因素带来的噪声和偏差 resolVI可在任何分割算法下游运行,生成概率表示以修正分子错误分配、批次效应及其他干扰因素,提升区分细胞状态、识别空间细微表达变化及跨数据集整合分析的能力 摘要中未明确提及该研究的局限性 解决亚细胞分辨率空间转录组数据分析中分子错误分配问题,以突破现有应用仅限于预定义细胞亚群、难以发现新细胞状态的瓶颈 空间转录组数据中的分子分配及细胞表达谱 空间转录组学 NA 空间转录组学 概率模型 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
34 2026-10-10
Atlas of cell types and regulatory elements underlying human facial diversity
2026-Oct, Nature genetics IF:31.7Q1
研究论文 构建了胚胎6至11周人类面部多模态图谱,整合单细胞转录组、染色质可及性和空间转录组,揭示面部多样性的细胞类型和调控元件 首次在单细胞分辨率下创建跨胚胎6至11周的多模态面部图谱,整合转录组、染色质可及性和空间转录组数据,鉴定了56种细胞状态,揭示了间充质亚型及其基因-增强子顺式调控景观的时空分布,发现早期间充质祖细胞中基因表达与面部特征的关联最强,并证明周围神经在胚胎发育过程中微调上颌骨形状 研究主要基于小鼠模型验证,人类胚胎样本数量有限,且仅覆盖胚胎6至11周的时间窗口,可能未完全捕捉面部发育的全部动态过程 解析人类面部多样性的细胞机制和调控元件,理解基因组如何影响面部形态变异 人类胚胎面部组织(胚胎6至11周)及小鼠模型 数字病理学 颅面畸形 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组学 NA 图像,文本 跨胚胎6至11周的人类面部组织样本,具体数量未在摘要中说明 10x Genomics 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组学 10x Chromium,10x Visium 10x Chromium Single Cell 3',10x Chromium Single Cell ATAC,10x Visium Spatial Gene Expression
35 2026-10-10
Resolving cell-cell interaction networks and their molecular logic in complex tissues
2026-Oct, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 本文提出CCI-seq方法,结合细胞团块组合索引与单细胞RNA测序,在高通量水平上无偏捕获复杂组织中的细胞间相互作用网络并解析其分子逻辑 开发了CCI-seq方法,首次将细胞团块组合索引与单细胞测序相结合,实现了跨邻近连续体的高通量无偏细胞间相互作用捕获,并利用单细胞RNA测序骨架获得深度转录组覆盖,揭示相互作用驱动的分子状态 摘要中未提及该方法的局限性 解决复杂组织中细胞间相互作用网络的大规模映射难题,揭示细胞间相互作用的分子和功能影响 小鼠肾脏、小鼠肠道、Apc敲除小鼠肠道、人类结直肠癌组织 单细胞组学 结直肠癌 单细胞RNA测序、组合索引 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
36 2026-10-10
Sulf1 regulates inflammation via modulation of TGF-β dependent epicardial activation
2026-Oct, EMBO reports IF:6.5Q1
研究论文 该文章揭示了斑马鱼心脏损伤后心外膜上调内切硫酸酯酶Sulf1,并通过TGF-β信号调控心外膜激活和炎症反应,从而影响心脏再生 首次发现Sulf1在斑马鱼心脏损伤后由心外膜上调,并证明Sulf1通过调节TGF-β信号通路调控心外膜激活、心肌细胞再生及炎症反应,揭示了硫酸酯酶在心脏再生中调控免疫微环境的新机制 研究主要基于斑马鱼模型,其心脏再生机制与哺乳动物存在差异,Sulf1在哺乳动物心脏再生和炎症调控中的功能尚需进一步验证 探究斑马鱼心脏损伤后心外膜中Sulf1的功能及其通过TGF-β信号调控心外膜激活和炎症反应的机制 斑马鱼心脏损伤模型中的心外膜细胞、心肌细胞和巨噬细胞 发育生物学、再生医学 心血管疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、功能获得和功能缺失实验 NA 基因表达数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
37 2026-10-10
PLA2G2D in tumour-draining lymph nodes regulates anti-tumour immunity
2026-Oct, Nature IF:50.5Q1
研究论文 通过成像质谱流式细胞术和靶向空间转录组学分析黑色素瘤患者的肿瘤引流淋巴结,发现PLA2G2D在淋巴结巨噬细胞中高表达并抑制抗肿瘤免疫 首次在肿瘤引流淋巴结中鉴定出与远处转移相关的空间邻域,并发现PLA2G2D是淋巴结中非冗余的可靶向免疫检查点 研究主要基于黑色素瘤模型,未验证其他肿瘤类型;人源化小鼠模型可能无法完全反映人体免疫微环境 探究肿瘤引流淋巴结中T细胞抑制的机制及其对抗肿瘤免疫的影响 黑色素瘤患者的肿瘤引流淋巴结样本及黑色素瘤小鼠模型 数字病理学 黑色素瘤 成像质谱流式细胞术, 靶向空间转录组学, 单细胞转录组学 NA 图像, 文本 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq NA NA
38 2026-10-10
Multi-gene biomarkers reveal spatial organization and subpopulation-specific damage response in biliary epithelial cells
2026-Oct-01, Development (Cambridge, England)
研究论文 该研究通过scRNA-seq鉴定了胆管上皮细胞的四个亚群,并开发了基于一两个基因的元基因生物标志物用于空间定位和损伤响应分析 开发了基于一两个基因的最小元基因生物标志物,可用于胆管上皮细胞亚群的原位空间定位,并揭示了亚群特异性的损伤响应以及体外培养中异质性的保留 研究仅基于小鼠模型,元基因生物标志物的临床转化价值尚需进一步验证,样本量相对有限 解析胆管上皮细胞的异质性,开发可用于空间定位的元基因生物标志物,并探究胆管结扎损伤后的亚群特异性响应 Sox9EGFP+小鼠肝脏上皮细胞,包括胆管结扎组和假手术对照组 单细胞转录组学 肝胆疾病 scRNA-seq, 杂交链式反应荧光原位杂交 NA 图像, 文本 小鼠胆管结扎组和假手术对照组的Sox9EGFP+肝脏上皮细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
39 2026-10-10
Integrated single-cell and epigenomic analysis reveals cellular specificity of CYP2E1 in human alcohol-related liver disease
2026-Oct-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2
研究论文 该研究整合跨物种免疫组化、批量RNA测序、单细胞RNA测序及配对单核RNA和ATAC测序,揭示CYP2E1在健康肝脏和酒精相关肝病中的细胞特异性、空间分布及表观遗传调控特征 通过配对单核RNA和ATAC测序,发现非实质细胞中CYP2E1信号缺乏染色质可及性支持,证实其为肝细胞来源的环境RNA或技术污染,而非真正的非实质细胞表达;同时揭示晚期酒精相关肝病中CYP2E1表达降低与肝细胞功能障碍相关,而非乙醇反应性上调 摘要中未明确提及研究局限性 阐明CYP2E1在健康肝脏和酒精相关肝病中的空间、细胞及表观遗传决定因素 健康对照者和酒精相关肝病患者(包括酒精性肝炎和肝硬化),涵盖人类、小鼠、大鼠和猪的肝脏组织 数字病理学 酒精相关肝病 批量RNA测序、单细胞RNA测序、单核RNA测序、单核ATAC测序、免疫组化 NA 图像、文本 摘要中未明确提及具体样本量 NA 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、单核RNA-seq、单核ATAC-seq NA NA
40 2026-10-10
C1qc Mediates Blood-Brain Barrier Disruption in a Mouse Model of Intracerebral Haemorrhage Through Microglia-Derived Migrasomes
2026-Oct, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1
研究论文 该研究通过整合单细胞RNA测序的免疫细胞聚类分析与孟德尔随机化,发现C1qc通过小胶质细胞来源的迁移体介导脑出血后血脑屏障破坏 首次揭示C1qc和迁移体在脑出血发病机制中的作用,并确定小胶质细胞来源的迁移体作为潜在治疗靶点 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类中验证;样本量可能有限 阐明脑出血后继发性脑损伤的免疫机制,特别是小胶质细胞来源的迁移体在血脑屏障破坏中的作用 小鼠脑出血模型、小胶质细胞、血管内皮细胞 机器学习 脑出血 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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