单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 36659 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-02-23 |
Single-cell Transcriptomic Profiling Reveals Diagnostic of T Cell-platelet Aggregates in Peripheral Blood for Coronary Vulnerable Plaques
2026-Feb-04, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-025-10723-x
PMID:41639521
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了外周血中T细胞-血小板聚集体在冠状动脉易损斑块诊断中的作用，并利用机器学习筛选出五个潜在的非侵入性生物标志物 | 首次在单细胞水平上发现并验证了循环T细胞-血小板聚集体与易损斑块的相关性，并利用机器学习方法从高维数据中筛选出具有诊断价值的生物标志物组合 | 样本量相对有限，且为横断面研究，需要更大规模的前瞻性队列验证生物标志物的临床实用性 | 开发非侵入性生物标志物用于冠状动脉易损斑块的诊断 | 冠状动脉疾病患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | Boruta, LASSO回归, SVM-RFE | 单细胞转录组数据 | 冠状动脉疾病患者与对照者的外周血单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-02-23 |
A spectral dimension reduction technique that improves pattern detection in multivariate spatial data
2026-Feb-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag052
PMID:41619788
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于多变量空间转录组学数据模式识别的统计方法，通过优化投影以最大化空间依赖性度量Moran's I | 提出了一种无需参数调优的算法，能有效抑制非空间变异并优于主成分分析预处理，同时提供校准的空间基因表达测试 | NA | 改进多变量空间数据中的模式检测 | 多变量空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 统计降维算法 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 23 | 2026-02-05 |
Single-cell transcriptomics identifies fibroblast associated immune heterogeneity and prognostic signatures in bladder cancer
2026-Feb-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-38219-x
PMID:41634289
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2026-02-05 |
Integrative analysis of transcriptome and single-cell sequencing combined with experimental validation identifies biomarkers associated with T cell and senescence in sepsis
2026-Feb-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-38559-8
PMID:41634312
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2026-02-23 |
Inference of marker genes of subtle cell state changes via iLR: iterative logistic regression
2026-Feb-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag051
PMID:41627891
|
研究论文 | 本文提出了一种名为迭代逻辑回归（iLR）的方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别小规模信息性标记基因，特别适用于检测细胞状态间的细微差异 | iLR通过迭代应用逻辑回归并结合帕累托前沿优化，在基因集大小与分类性能之间取得平衡，从而高效识别小规模标记基因集 | NA | 开发一种能够从单细胞RNA测序数据中识别小规模信息性标记基因的方法，以检测细胞状态的细微变化 | 单细胞RNA测序数据，包括神经元细胞亚型、自闭症谱系障碍患者细胞、肿瘤微环境中的细胞类型 | 机器学习 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2026-02-23 |
Spatial Analysis of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Defines a Paradoxical Keratin 17-positive, Low-grade Epithelial Population Harboring Malignant Features
2026-Feb-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101749
PMID:41638478
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）中一个表达恶性转录特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群 | 首次在组织学低级别IPMN中识别出一个表达KRT17、S100A10和CEACAM5等恶性标志物的上皮细胞亚群，这些标志物在胰腺导管腺癌中富集 | 研究样本数量可能有限，且该细胞亚群在低级别IPMN中呈斑片状分布，其临床意义和转化潜力需进一步验证 | 探究IPMN进展过程中的转录变化，以改善早期检测和风险分层 | 包含低级别异型增生、高级别异型增生和IPMN源性癌的胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤患者样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序，免疫荧光染色 | NA | 转录组数据，图像数据 | 包含IPMN疾病全谱的患者样本，以及一个包含更多IPMN样本的外部空间转录组数据集 | Nanostring | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | Nanostring GeoMx | NA |
| 27 | 2026-02-23 |
Interpretable inflammation landscape of circulating immune cells
2026-Feb, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-04126-3
PMID:41526507
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，描绘了感染、免疫介导炎症性疾病和癌症中循环免疫细胞的炎症过程，构建了一个包含超过650万个外周血单个核细胞的单细胞图谱 | 通过大规模单细胞图谱学习循环免疫细胞的全面炎症模型，并利用无监督和可解释机器学习开发疾病分类框架 | 研究主要基于外周血单个核细胞，可能未完全涵盖组织特异性炎症反应 | 全面理解循环免疫细胞的炎症过程，开发炎症性疾病的分类框架 | 循环免疫细胞，特别是外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 感染、免疫介导炎症性疾病、癌症 | 单细胞转录组学 | 无监督机器学习、可解释机器学习 | 单细胞RNA-seq数据 | 1,047名患者（56%女性，43%男性），超过650万个外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-02-23 |
Innate antiviral and immune functions associated with the HIV reservoir decay after anti-PD-1 therapy
2026-Feb, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-04139-y
PMID:41680482
|
研究论文 | 本研究通过纵向多组学分析，探索了抗PD-1疗法在HIV感染者中减少病毒储存库的免疫机制和获益人群特征 | 首次在HIV感染者中系统描绘了抗PD-1疗法诱导的早期免疫反应特征，并发现持续的干扰素刺激基因激活与病毒储存库减少相关 | 样本量较小（30人），且研究对象为同时患有癌症的HIV感染者，可能限制结果的普适性 | 阐明抗PD-1疗法减少HIV病毒储存库的免疫机制，并识别最可能从中获益的感染者特征 | 30名同时患有癌症的HIV感染者（29名男性，1名女性） | 免疫学 | HIV感染 | 纵向多组学分析，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据，临床数据 | 30名HIV感染者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2026-02-23 |
Flexibility of cell fates and functions across sex determination systems revealed by comparative single-cell analyses
2026-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.29.701242
PMID:41659566
|
研究论文 | 本研究通过比较单细胞转录组分析，揭示了脊椎动物性别决定系统中细胞命运和功能的灵活性 | 首次在温度依赖性性别决定的龟类中应用单细胞转录组学，并与遗传性别决定系统（如小鼠和鸡）进行跨物种比较，揭示了细胞类型库和功能的显著差异 | 研究仅基于转录组数据，可能未完全捕捉蛋白质水平或表观遗传调控的影响，且样本物种数量有限 | 探究脊椎动物性别决定系统中细胞类型和遗传程序的保守性与可塑性 | 龟类（温度依赖性性别决定）、小鼠（XY遗传性别决定）和鸡（ZW遗传性别决定）的性腺组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 多个脊椎动物物种的性腺样本，具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-02-23 |
Multiplexed enrichment and tracking of lineages with CloneSweeper
2026-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.30.700779
PMID:41659616
|
研究论文 | 本文介绍了CloneSweeper平台，一种用于多路复用谱系追踪和富集的技术，以研究治疗抵抗的机制 | 开发了CloneSweeper平台，利用双功能条形码实现活细胞分选和高回收检测，能同时富集多个稀有谱系 | NA | 研究治疗抵抗的机制，区分预存细胞状态与药物诱导变化 | BRAF V600E黑色素瘤模型中的细胞谱系 | 单细胞测序 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Genomics scRNA-seq | NA |
| 31 | 2026-02-23 |
CytoVerse: Single-Cell AI Foundation Models in the Browser
2026-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.29.702554
PMID:41659670
|
研究论文 | 本文介绍了CytoVerse框架，这是一个在浏览器中运行单细胞RNA测序基础模型（scFM）的系统，旨在解决单细胞数据集映射到大型图谱时遇到的服务器限制和隐私问题 | CytoVerse的创新点在于：通过ONNX部署模型无需服务器端计算；使用压缩索引（IVFPQ）在客户端搜索超过2000万个细胞的参考数据；以及提供轻量级协议，使联盟能在不暴露原始数据的情况下共享嵌入表示 | NA | 开发一个可扩展且保护隐私的分布式单细胞分析框架 | 单细胞RNA测序数据和大型细胞图谱 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 基础模型（Foundation Models） | 单细胞基因表达数据 | 超过2000万个细胞的参考数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-02-23 |
Altered immune and treatment response gene expression signatures among poverty-exposed children with B-ALL
2026-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.27.702019
PMID:41659564
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析贫困暴露的B-ALL患儿在诊断时的白血病母细胞及其微环境，揭示了贫困与糖皮质激素耐药性转录特征、髓系细胞炎症特征增强以及CD8+ T细胞效应特征减弱的关联 | 首次在单细胞水平上揭示了贫困暴露与B-ALL患儿在诊断时即存在的糖皮质激素耐药性转录特征、髓系细胞炎症反应增强及CD8+ T细胞功能减弱的关联，为理解社会经济因素影响白血病治疗反应提供了新机制见解 | 研究样本量未明确说明，且为观察性研究，无法确定贫困与转录特征变化的因果关系，需要更大规模队列验证 | 探究贫困暴露如何影响B-ALL患儿的免疫微环境和治疗反应基因表达特征，以寻找风险适应治疗策略 | 标准风险B-ALL患儿（特别是贫困暴露儿童）的白血病母细胞及其肿瘤微环境中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2026-02-23 |
Sod1 trisomy causes ENS developmental defects and susceptibility to Hirschsprung disease via neuronal Ret suppression and glial remodeling
2026-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.26.701837
PMID:41659476
|
研究论文 | 本研究揭示了SOD1基因剂量增加通过抑制神经元Ret表达和促进胶质细胞重塑，导致肠道神经系统发育缺陷和先天性巨结肠易感性 | 首次证明SOD1基因剂量单独增加足以扰乱肠道神经系统发育，并揭示了其通过双重机制（抑制神经发生和促进胶质细胞反应性增殖）导致先天性巨结肠易感性的具体途径 | 研究基于工程化三体小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；单细胞测序仅分析了出生后第0天的远端结肠组织 | 探究21号染色体特定基因（特别是SOD1）在唐氏综合征合并先天性巨结肠发病机制中的作用 | 携带28kb人类SOD1基因座的工程化三体小鼠的肠道神经系统细胞 | 单细胞组学 | 先天性巨结肠 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 出生后第0天小鼠远端结肠组织的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-02-23 |
Spatial transcriptomics reveals brain-wide circadian disruption in an Alzheimer's disease model
2026-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.26.701799
PMID:41659563
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了小鼠大脑中昼夜节律转录的空间组织模式，并发现阿尔茨海默病模型小鼠在淀粉样斑块沉积前已出现区域特异性的昼夜节律转录失调 | 首次在大脑全尺度上绘制了24小时节律转录的空间分布图谱，并揭示了阿尔茨海默病早期阶段区域特异性昼夜节律失调先于明显病理沉积的现象 | 研究基于APP23小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；空间转录组学分辨率可能限制细胞类型特异性分析 | 解析健康与阿尔茨海默病状态下大脑昼夜节律转录的空间组织特征 | APP23阿尔茨海默病模型小鼠及对照小鼠的皮层和皮层下脑区 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠脑区样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 35 | 2026-02-23 |
An integrated single-cell lung cancer atlas reveals distinct fibroblast phenotypes between adenocarcinoma and squamous cell carcinomas
2026-Jan-23, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01279-3
PMID:41577803
|
研究论文 | 本研究通过整合公共可用的单细胞RNA测序数据，构建了一个非小细胞肺癌的综合图谱，揭示了肺腺癌和肺鳞状细胞癌之间肿瘤微环境异质性、细胞组成以及癌症相关成纤维细胞亚型的显著差异 | 首次通过整合大规模公共单细胞RNA测序数据，系统比较了肺腺癌和肺鳞状细胞癌中肿瘤微环境的异质性，并明确了两种亚型中占主导地位的癌症相关成纤维细胞亚型及其与预后的不同关联 | 研究依赖于公共数据集，可能存在批次效应；研究结果主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证；共培养实验在体外进行，可能无法完全模拟体内复杂的肿瘤微环境 | 探究非小细胞肺癌中肺腺癌和肺鳞状细胞癌之间肿瘤微环境，特别是癌症相关成纤维细胞亚型的差异及其与预后的关系 | 非小细胞肺癌患者肿瘤组织中的细胞，特别是癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 整合了公共可用的大规模单细胞RNA测序数据集（具体样本数量未在摘要中明确给出） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-02-23 |
Expression Atlas in 2026: enabling FAIR and open expression data through community collaboration and integration
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1238
PMID:41370097
|
研究论文 | 本文介绍了Expression Atlas知识库在2026年的更新，包括内容扩展、功能增强和社区协作，以支持FAIR原则下的基因和蛋白质表达数据 | 新增了批量基线实验的标记基因分析模块，整合了单细胞RNA-seq数据集如Tabula Sapiens和GTEx单核图谱，并计划提供AI就绪数据格式 | 未明确提及具体的技术或数据局限性，主要关注资源更新和未来方向 | 通过社区协作和集成，实现FAIR和开放的表达数据，支持基础和转化研究 | 基因和蛋白质表达数据，涵盖组织、细胞类型、条件和多种物种 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq，蛋白质组学 | NA | 基因表达数据，蛋白质表达数据 | 超过4500项研究，涉及67个物种，包括数百个单细胞RNA-seq实验 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2026-02-23 |
Molecular interplay of ASNS and the PI3K-AKT-mTOR pathway in CMV and HIV co-infections: Therapeutic implications
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0342050
PMID:41719286
|
研究论文 | 本研究揭示了天冬酰胺合成酶（ASNS）在CMV/HIV共感染中作为关键的代谢信号枢纽，并与PI3K-AKT-mTOR通路相互作用，为开发宿主导向的治疗策略提供了新靶点 | 首次将ASNS确定为CMV/HIV共感染发病机制中的关键代谢信号枢纽，并通过分子对接和动力学模拟发现抗病毒药物西多福韦能高亲和力结合ASNS，提出了靶向ASNS特定残基（VAL-51和ASN-74）的新型宿主导向治疗策略 | 研究主要基于生物信息学分析和计算模拟，需要进一步的实验验证来确认ASNS作为治疗靶点的有效性和安全性 | 阐明CMV/HIV共感染的分子机制，并寻找新的治疗靶点以改善患者预后 | CMV和HIV共感染的分子相互作用网络，特别是ASNS与PI3K-AKT-mTOR通路的关系 | 生物信息学 | HIV感染 | 转录组学分析、单细胞RNA测序、机器学习、分子对接、分子动力学模拟 | 机器学习模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2026-02-23 |
Coronary Artery Calcification: Decoding Mechanisms, Innovations, and Translational Strategies from Bench to Bedside
2025-Dec-26, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-025-10720-0
PMID:41454180
|
综述 | 本文综述了冠状动脉钙化（CAC）的病理机制、技术创新及临床管理策略，强调其从被动标志物向主动调控过程的转变 | 整合了30年研究，通过单细胞测序识别了内膜与中膜钙化亚型，并强调了AI在影像分割（99.2%准确率）和血管内碎石术（IVL，≥98%成功率）等创新技术的应用 | 他汀类药物对钙化的双重效应、亚型诊断缺口以及先进工具（如IVL在>70%资源有限设施中不可用）的可及性有限 | 总结CAC的病理机制、技术进展和临床证据，推动从被动治疗向主动血管健康优化的转变 | 冠状动脉钙化（CAC）及其相关的动脉粥样硬化病理 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | AI | 影像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2026-02-23 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术解码HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的细胞应激状态 | 应用TempO-LINC平台生成大规模单细胞转录组数据，系统分析多种应激反应通路在单细胞水平的异质性表达 | 研究仅针对HepaRG细胞系和7种化学物质，未涵盖更广泛的细胞类型或体内环境 | 解码细胞在毒理学相关化学物质暴露下的应激状态，揭示适应性反应与细胞死亡之间的潜在过渡 | HepaRG肝细胞系暴露于七种不同化学物质（依托泊苷、布雷菲德菌素A、环己酰亚胺、鱼藤酮、tBHQ、曲格列酮和衣霉素） | 单细胞转录组学 | 毒理学 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约40,000个HepaRG细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | TempO-LINC | TempO-LINC平台用于生成单细胞转录组图谱 |
| 40 | 2026-02-23 |
Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643943
PMID:40166305
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析，识别了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤中一个表达恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群 | 首次在组织学低级别IPMN中发现了一个表达恶性转录特征（如KRT17、S100A10和CEACAM5）的上皮细胞亚群，该亚群可能代表向高级别不典型增生进展的过渡状态 | 研究样本数量可能有限，且需要进一步验证该KRT17阳性亚群在更大队列中的临床意义和预测价值 | 探究IPMN进展过程中的转录变化，以改善患者风险分层和治疗决策 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤患者样本，包括低级别不典型增生、高级别不典型增生和IPMN来源的癌组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据，免疫荧光图像 | 包含IPMN疾病全谱的患者样本，具体数量未明确说明 | Nanostring | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | Nanostring GeoMx | Nanostring GeoMx空间转录组平台 |