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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-05-21 |
Integrative multi-omics and experimental validation reveal UBE2C as a central hub gene and prognostic biomarker in hepatocellular carcinoma
2026-May-19, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116866
PMID:42155390
|
研究论文 | 通过整合多组学数据和实验验证,确定UBE2C为肝细胞癌的关键中枢基因和预后生物标志物 | 首次结合空间转录组学和单细胞转录组学揭示UBE2C在肝细胞癌免疫微环境中的作用,并构建基于UBE2C的预后列线图 | UBE2C在肝细胞癌免疫景观中的影响尚未完全阐明,且结果需在大规模前瞻性队列中进一步验证 | 探究UBE2C在肝细胞癌免疫微环境中的作用及其作为预后和免疫治疗分层生物标志物的潜力 | 肝细胞癌患者组织样本、细胞系及皮下肿瘤模型 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RNA-seq, 定量逆转录PCR, 免疫印迹 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 | TCGA、GEO、CPTAC数据库的公共数据集,单细胞转录组数据库,以及HCC组织样本和细胞系 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3',空间转录组学FFPE |
| 22 | 2026-05-21 |
High-salt diet in macrophage-associated metabolic disorders: Mechanisms and therapeutic implications
2026-May-19, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000004098
PMID:42156155
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review | 总结了高盐饮食通过调节巨噬细胞极化、代谢重编程和表观遗传印记,在肥胖相关2型糖尿病等代谢紊乱中促进慢性炎症和胰岛素抵抗的机制及潜在治疗策略 | 系统阐述了高盐饮食通过p38/MAPK、NF-κB和NLRP3炎症小体通路驱动巨噬细胞向M1促炎表型极化及糖酵解代谢转变,并协调组蛋白修饰、DNA甲基化和非编码RNA等表观遗传机制形成持续“代谢记忆”的创新观点 | 未提及具体研究的局限性,但未来需通过谱系追踪、单细胞测序和空间多组学技术进一步验证机制并推进精准医学发展 | 探讨高盐饮食在巨噬细胞相关代谢紊乱中的作用机制及治疗意义 | 巨噬细胞与代谢组织(脂肪、肝脏、胰腺、肠道)中的相互作用 | machine learning | cardiovascular disease | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2026-05-21 |
Stem cell activity is linked to a transient acquisition of pluripotency during callus proliferation
2026-May-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73124-x
PMID:42156391
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析,揭示愈伤组织形成过程中多能性获得是短暂的,并由WOX5-TAA1模块的干细胞活性调控 | 首次发现愈伤组织多能性获得是短暂的,并识别出WOX5-TAA1模块在干细胞活性中的关键作用,以及愈伤组织发育的连续程序 | 未说明 | 研究植物体细胞重编程过程中多能性获得的动态机制 | 拟南芥的愈伤组织细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 多能性和非多能性愈伤组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台 |
| 24 | 2026-05-21 |
Single-cell transcriptomics reveals anti-inflammatory effects of prednisolone on the hepatic niche in biliary atresia
2026-May-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-48897-2
PMID:42156429
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研究论文 | 单细胞转录组揭示泼尼松龙对胆道闭锁肝脏微环境的抗炎作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序解析泼尼松龙在胆道闭锁模型中对肝星状细胞和巨噬细胞亚群的特异性调控,发现Nr3c1-Klf7基因调控网络介导的HSC静息-激活转换及Fosl1-Hnf1b调控的促炎性肌成纤维细胞亚群MFB-2 | 研究基于小鼠模型,需进一步在临床样本中验证;泼尼松龙耐药性MFB-2亚群的机制尚未完全阐明 | 阐明泼尼松龙治疗胆道闭锁的细胞和分子机制 | 恒河猴轮状病毒诱导的胆道闭锁小鼠模型及胆道闭锁患者肝脏样本 | 单细胞转录组学 | 胆道闭锁 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学 | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠肝脏样本(感染后第21天和第28天),每组注射PBS或泼尼松龙 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 25 | 2026-05-21 |
E2F-mediated activation of mTORC1 through the ubiquitin-proteasome system promotes lung adenocarcinoma progression
2026-May-19, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08863-2
PMID:42156726
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研究论文 | 通过整合TCGA/GEO数据集和单细胞RNA-seq数据,发现E2F8通过泛素-蛋白酶体系统激活mTORC1通路,促进肺腺癌进展 | 首次揭示E2F8通过转录激活E3连接酶WWP1,介导TSC1的K48连接多聚泛素化降解,从而维持mTORC1信号通路的分子机制,并鉴定出E2F8-WWP1-TSC1-mTORC1轴作为肺腺癌的可靶向调控回路 | 尚未明确E2F8在肺腺癌中上调的上游调控机制,以及该轴在其他肺癌亚型或临床样本中的验证 | 探究肺腺癌中mTORC1异常激活的分子机制及其与E2F转录因子的关联 | TCGA/GEO数据集中的肺腺癌样本、PC-9和H1975细胞系及异种移植瘤模型 | 分子生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、RNA-seq、免疫印迹、免疫组化 | NA | 转录组数据、单细胞转录组数据 | TCGA/GEO公共数据库肺腺癌样本及实验室单细胞RNA-seq样本(具体数量未明确提及) | Illumina | 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 用于单细胞RNA测序的Illumina平台(具体配置未详述) |
| 26 | 2026-05-21 |
Decoding cellular communication networks and signaling pathways in bone, skeletal muscle, and bone-muscle crosstalk through spatial transcriptomics in a young male mouse
2026-May-19, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-026-00520-w
PMID:42156722
|
研究论文 | 利用空间转录组学在小鼠年轻雄性中解码骨、骨骼肌及骨骼-肌肉串扰的细胞通讯网络和信号通路 | 首次提供骨-肌肉间细胞间通讯的空间解析转录组全图谱,利用10x Genomics Visium空间转录组学结合计算工具揭示细胞-细胞通讯网络和配体-受体相互作用,并通过独立小鼠和人类单细胞RNA测序数据集验证发现,突出跨物种相关性 | 未明确提及 | 研究骨与骨骼肌之间的细胞通讯网络和信号通路 | 小鼠股骨和相邻骨骼肌 | 空间转录组学 | 肌肉骨骼疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 小鼠股骨和相邻骨骼肌样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium空间转录组学平台 |
| 27 | 2026-05-21 |
Osteoblast-derived CAR3 synergizing with collagen and bone sialoprotein enhances bone formation
2026-May-19, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-026-00443-6
PMID:42156740
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研究论文 | 成骨细胞分泌的碳酸酐酶III(CAR3)通过与胶原和骨唾液蛋白协同作用,促进骨形成和修复 | 首次发现并阐明成骨细胞特异性表达的CAR3在骨骼发育和内稳态中的关键作用,揭示其通过形成三元复合物促进胶原纤维内矿化的新机制 | NA | 探究CAR3在成骨细胞谱系细胞中的功能及其在骨骼发育和修复中的作用机制 | 小鼠颅骨和长骨组织、Prx1谱系细胞、三种细胞成骨细胞 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠颅骨和长骨样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2026-05-21 |
Inferring stochastic dynamics by biophysical Neural ODE using single-cell transcriptomics
2026-May-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73257-z
PMID:42156756
|
研究论文 | 提出一种名为DynNet的深度学习方法,整合神经ODE与生物物理模型,从单细胞转录组数据推断随机动力学 | 将神经ODE与生物物理模型和基因表达动力学先验知识相结合,实现可解释的细胞命运随机动力学推断 | 主要依赖合成数据和有限实验数据验证,未见大规模临床应用或跨物种泛化性评估 | 开发从静态单细胞转录组数据推断细胞命运随机动力学的计算方法 | 合成数据及肝细胞分化、上皮间质转化(EMT)实验数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经ODE | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-05-21 |
HELIX: a scalable model for predicting context-dependent regulation of RNA splicing and isoform usage
2026-May-19, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-026-00988-w
PMID:42156927
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研究论文 | 开发了一种名为HELIX的可扩展模型,用于预测RNA剪接和异构体使用的上下文依赖性调节 | 通过整合前体mRNA序列和RNA结合蛋白表达谱的深度学习框架,同时预测组织和条件特异性剪接模式及转录异构体使用,并在训练中结合短读和长读RNA测序数据,实现了更高准确性 | NA | 解决上下文依赖性可变剪接的复杂调控预测难题 | RNA剪接模式、转录异构体使用、组织特异性剪接定量性状位点、患者特异性剪接失调 | 机器学习 | 结肠癌 | RNA-seq,长读测序,短读测序 | 分层深度学习 | 序列数据、表达谱数据 | 结肠癌队列 | NA | 单细胞RNA测序,短读RNA测序,长读RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2026-05-21 |
Stroke-induced gut microbiome dysbiosis accelerates Alzheimer's disease progression
2026-May-19, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X261449017
PMID:42157525
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研究论文 | 揭示中风后肠道微生物失调加速阿尔茨海默病进展的机制 | 首次证明中风诱导的肠道微生物组是阿尔茨海默病相关病理的关键驱动因素,通过粪便移植和单细胞空间转录组学揭示脑肠轴作用 | 主要基于小鼠模型,人体验证有限;使用年轻小鼠而非老年模型,可能影响临床转化 | 探究中风后肠道微生物失调如何加速阿尔茨海默病进展的生物学机制 | 中风患者粪便微生物、三转基因阿尔茨海默病小鼠(3xTg-AD) | 数字病理学 | 阿尔茨海默病、脑血管疾病 | 粪便微生物移植、单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 未明确提供具体样本数量,涉及中风患者和健康供体粪便样本及小鼠模型 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 31 | 2026-05-21 |
Depicting the dynamic transcriptional and epigenetic landscape of testis development in pubertal Simmental cattle
2026-May-18, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-026-01406-x
PMID:42144636
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序和单核ATAC测序揭示了青春期西门塔尔牛睾丸发育中的动态转录和表观遗传图谱 | 首次整合scRNA-seq和sNucATAC-seq技术系统解析青春期前后西门塔尔牛睾丸发育中生殖细胞命运转变的调控网络,并鉴定出跨物种保守的转录因子E2F1、BCLAF1和YY1 | 未明确提及样本量局限性或技术验证不足等限制 | 阐明牛睾丸发育中生殖细胞命运转变的调控机制 | 西门塔尔牛睾丸组织(出生后、青春期前和青春期三个阶段) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核ATAC测序(sNucATAC-seq) | NA | 基因表达数据、染色质开放性数据 | 西门塔尔牛睾丸组织样本覆盖三个发育阶段(出生后、青春期前、青春期) | NA | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | NA | NA |
| 32 | 2026-05-21 |
Single-cell profiling and machine learning identify cuproptosis-related fibroblast subpopulations and fibrogenesis modulator AEBP1 in endometriosis
2026-05-18, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-026-02342-x
PMID:42149287
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和机器学习,鉴定子宫内膜异位症中与铜死亡相关的成纤维细胞亚群和纤维化调节因子AEBP1 | 首次将铜死亡与子宫内膜异位症的成纤维细胞介导的纤维化进程关联,并利用机器学习和网络分析优先筛选出关键枢纽基因AEBP1 | 铜死亡相关分子机制与纤维化进展的因果关联仍需进一步验证,且目前仅限于体外和动物模型 | 阐明铜死亡在子宫内膜异位症成纤维细胞介导的纤维化进程中的作用 | 正常、在位和异位子宫内膜组织、子宫内膜基质细胞、子宫内膜异位症小鼠模型 | 单细胞分析、机器学习 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据 | 正常、在位和异位子宫内膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2026-05-21 |
PSD3 links autophagic flux to MHC-I-associated immune modulation in esophageal squamous cell carcinoma
2026-05-18, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-026-02345-8
PMID:42149295
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研究论文 | PSD3连接食管鳞状细胞癌中的自噬通量与MHC-I相关免疫调控 | 首次发现PSD3在食管鳞状细胞癌中上调且与不良预后相关,并揭示其通过自噬通量调控MHC-I分子表达及免疫细胞浸润的机制 | 需要进一步研究明确通路层级和抗原呈递功能的关系 | 探究PSD3在食管鳞状细胞癌中连接自噬过程与免疫调控的分子机制 | 食管鳞状细胞癌组织、小鼠及人ESCC模型细胞(如KYSE150) | 机器学习 | 食管鳞状细胞癌 | 共免疫沉淀、蛋白质印迹、串联荧光LC3报告基因、免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 食管鳞状细胞癌组织样本及小鼠/人细胞系样本 | NA | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序试剂盒 |
| 34 | 2026-05-21 |
FastGxC: Fast and powerful context-specific eQTL mapping in bulk and single-cell data
2026-May-18, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2026.101250
PMID:42155441
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research paper | FastGxC是一种快速且强大的方法,用于在bulk和单细胞数据中映射上下文特异性eQTLs,通过利用多组织bulk和单细胞RNA测序研究中的相关性结构,效率和灵敏度显著优于现有方法 | 通过利用相关性结构实现上下文特异性eQTL的高效映射,模拟中效力提升9倍、速度提升10倍,计算时间从年缩减到分钟,同时提高精度和扩展候选因果基因 | NA | 开发一种快速且强大的方法,用于高效映射上下文特异性eQTLs,以增进对复杂性状基因调控机制的理解 | bulk多组织RNA测序数据集(n=698)和外周血单个核细胞(PBMC)单细胞RNA测序数据集(n=1,218) | machine learning | NA | RNA-seq | NA | bulk RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据 | bulk多组织数据集698个样本,PBMC单细胞数据集1,218个样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-05-21 |
Selenium-GPX4 Axis Orchestrates Intestinal Arachidonic Acid Metabolic Reprogramming to Mitigate Inflammation
2026-May-18, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 通过小鼠模型和单细胞RNA测序,揭示硒-GPX4轴通过重编程肠道花生四烯酸代谢来缓解炎症的机制 | 首次阐明硒通过上调GPX4调控花生四烯酸代谢重编程以缓解肠道炎症的分子机制,并发现IEC-GPX4在调控oxylipin谱和巨噬细胞极化中的核心作用 | 未提及具体局限性 | 探究硒-GPX4轴在调控花生四烯酸代谢重编程中缓解肠道炎症的机制 | 脂多糖诱导和饮食AA喂养的小鼠模型,以及肠上皮细胞(IEC)-巨噬细胞共培养体系 | 数字病理学 | 肠道炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, 基因敲除, 共培养实验 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2026-05-21 |
Clinical outcomes and spatial transcriptomic profiles of CD19/20 CAR-T therapy in relapsed or refractory B-cell non-Hodgkin's lymphoma
2026-May-17, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2026-015114
PMID:42144261
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研究论文 | 本文报道了CD19/20双特异性CAR-T细胞治疗复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤的临床结果和空间转录组学特征 | 首次将空间分辨单细胞转录组学应用于双特异性CD19/20 CAR-T治疗的临床评估,揭示肿瘤内在和微环境因素与治疗反应的关联 | 样本量较小(仅5例患者进行空间转录组分析),未详细说明长期随访数据及其他潜在偏差 | 评估CD19/20双特异性CAR-T细胞治疗复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤的疗效和安全性,并探索影响临床反应的空间转录组学特征 | 32例复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者(包括24例弥漫性大B细胞淋巴瘤),其中5例患者治疗前肿瘤活检样本 | 数字病理学 | B细胞非霍奇金淋巴瘤 | CAR-T细胞治疗,空间单细胞转录组测序 | NA | 空间转录组数据,临床数据 | 32例患者(31例可评估),5例患者治疗前肿瘤活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2026-05-21 |
Single-cell multi-omics analysis reveals two molecular subtypes of human male breast cancer with distinct neuroendocrine and immune characteristics
2026-May-16, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.05.041
PMID:42144060
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示人类男性乳腺癌的两种分子亚型,具有不同的神经内分泌和免疫特征 | 首次在单细胞分辨率下解析男性乳腺癌的分子亚型,发现神经内分泌状态与免疫微环境的关键关联,并鉴定出DLX2转录因子和NPY+/NPY1R+细胞通讯在神经内分泌特征中的调控作用 | 未指定 | 解析男性乳腺癌在单细胞水平的分子机制,为分子分型和新治疗策略提供依据 | 男性乳腺癌患者的多组学数据集 | 单细胞组学 | 男性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、成像质谱流式细胞术 | NA | 基因表达数据、蛋白质成像数据 | 未指定 | 未指定 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 未指定 | 未指定 |
| 38 | 2026-05-21 |
SENP1 facilitates the adaptation of colonic non-lymphoid tissue Treg cells and restrains intestinal inflammation
2026-May-16, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2026.100349
PMID:42144108
|
研究论文 | 本研究鉴定SUMO特异性蛋白酶1(SENP1)为结肠调节性T细胞功能及肠道免疫稳态的关键调节因子 | 首次揭示SENP1通过调控CD25表达影响结肠Treg细胞的组织适应性和抗炎功能 | 未阐明SENP1在人类结肠Treg细胞中的具体作用机制及临床相关性 | 探究SENP1对结肠非淋巴组织Treg细胞适应性的调节作用及其在肠道炎症中的功能 | Treg特异性Senp1基因敲除小鼠 | 机器学习 | 肠道炎症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠结肠组织样本,具体数量未明确 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | NA |
| 39 | 2026-05-21 |
Identification of Poor Prognosis-Associated Fibroblast Subpopulation Signature Genes Utilizing the Scissor Algorithm to Classify Colorectal Cancer Subtypes and Evaluate the Immune Landscape
2026-May-15, Gut and liver
IF:3.4Q2
DOI:10.5009/gnl250363
PMID:41787974
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研究论文 | 利用Scissor算法识别与不良预后相关的成纤维细胞亚群标志基因,对结直肠癌亚型进行分类并评估免疫景观 | 首次利用Scissor算法整合单细胞和 bulk 转录组数据,鉴定与结直肠癌预后显著相关的成纤维细胞亚群及其标志基因 | 未提及具体局限性 | 探讨结直肠癌微环境中成纤维细胞亚群与预后的关系,并基于此进行亚型分类和免疫景观评估 | 结直肠癌患者样本的转录组数据和临床信息 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Scissor算法 | 转录组数据 | 未提及具体样本量 | 未提及 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2026-05-21 |
Linking Genetic Risk to Disease-Relevant Cellular States via Metacell-Informed Modeling with ICePop
2026-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.01.715877
PMID:41959181
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研究论文 | 提出ICePop方法,通过元细胞分辨率解决GWAS与单细胞转录组整合中的统计效力与异质性检测之间的权衡 | 首次提出元细胞分辨率的疾病-细胞类型关联框架,在保持与细胞类型水平方法相当统计效力的同时,能检测细胞类型内部的异质性疾病信号 | 未提及方法的局限性 | 解释遗传风险如何通过特定细胞状态影响疾病,实现细胞状态水平的疾病关联分析 | 从Tabula Muris数据集获取的81种性状和120种细胞类型,以及自闭症谱系障碍相关数据 | 机器学习 | 复杂疾病(溃疡性结肠炎、自闭症谱系障碍等) | 单细胞RNA测序 | ICePop(元细胞建模框架) | 单细胞转录组数据、GWAS汇总统计数据 | 包含81种性状和120种细胞类型的Tabula Muris数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |