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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-03-11 |
CoMBCR: Co-Learning Multi-Modalities of BCRs and Gene Expressions
2026-Mar-09, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag115
PMID:41803065
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研究论文 | 本文介绍了CoMBCR,一种共同学习B细胞受体(BCR)和基因表达多模态的B细胞嵌入工具,用于下游分析 | CoMBCR首次将BCR和基因表达这两种互补模态共同学习,并在统一潜在空间中表示数据,优于仅编码BCR的方法 | NA | 开发一种能够共同学习BCR和基因表达多模态的B细胞嵌入工具,以提升B细胞生物学特征捕获和下游分析能力 | B细胞,特别是来自多样化数据集且匹配BCR和基因表达的B细胞 | 机器学习 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | 嵌入学习模型 | 基因表达数据,BCR序列数据 | 126,791个B细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 22 | 2026-03-11 |
Epilepsy-associated FOXJ3 variants link a transcriptional program of the PTEN-mTOR pathway to neuronal specification and cortical lamination
2026-Mar-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69241-2
PMID:41803108
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研究论文 | 本文发现FOXJ3基因的致病性变异与常染色体显性局灶性癫痫和局灶性皮质发育不良相关,并揭示了FOXJ3通过调控PTEN-mTOR通路影响神经元分化和皮质层状结构的分子机制 | 首次将FOXJ3基因变异与局灶性皮质发育不良和癫痫联系起来,并阐明其通过转录调控PTEN-mTOR通路影响神经元迁移和皮质层状结构的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类患者样本数量有限,且未探讨FOXJ3变异在其他类型癫痫或皮质发育异常中的作用 | 探究局灶性皮质发育不良和药物难治性癫痫的分子遗传基础及发病机制 | FOXJ3基因变异患者、小鼠大脑皮质神经元 | 神经科学 | 癫痫 | 子宫内电穿孔、ChIP-seq、scRNA-seq | 小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 未明确说明患者样本数量,使用小鼠模型进行实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-03-11 |
Gene expression dynamics of human and mouse craniofacial development at the single-cell level
2026-Mar-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70232-6
PMID:41803119
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研究论文 | 本文通过单核RNA测序技术,研究了人类和小鼠颅面发育过程中的基因表达动态,识别了多种细胞亚型并揭示了其功能保守性 | 首次在单细胞水平上系统比较人类和小鼠颅面发育的基因表达,识别了与正常面部形态和口面裂风险相关的细胞亚型 | 研究仅涵盖受孕后4至8周的人类样本,可能未覆盖更早或更晚的发育阶段 | 理解人类颅面发育的细胞类型和基因表达动态 | 人类和小鼠的颅面发育组织 | 单细胞组学 | 口面裂 | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | RNA序列数据 | 涵盖人类受孕后4至8周的样本,具体数量未明确 | NA | 单核RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 24 | 2026-03-11 |
Ribosomal modifications are associated with mesenchymal fate selection in the neural crest lineage
2026-Mar-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70375-6
PMID:41803115
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了核糖体RNA修饰和核糖体组装因子在神经嵴细胞间充质命运选择中的关键作用,并探讨了其在神经母细胞瘤中的临床意义 | 首次发现间充质命运选择与rRNA修饰因子(而非结构核糖体蛋白)特异性相关,建立了核糖体异质性与细胞命运决定之间的直接联系 | 研究主要聚焦于神经嵴谱系,其他细胞类型中的普适性有待验证;体内功能验证的分子机制细节仍需进一步阐明 | 探究神经嵴细胞命运决定的分子机制及其在肿瘤进展中的意义 | 神经嵴细胞、神经母细胞瘤患者样本、神经母细胞瘤细胞系 | 单细胞转录组学 | 神经母细胞瘤 | Smart-seq2单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、患者临床数据 | 未明确说明具体样本数量,包含体外细胞模型、体内动物模型及患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq2 | Smart-seq2单细胞转录组测序技术 |
| 25 | 2026-03-11 |
Multi-modal dissection of cell-type specific TDP-43 pathology in the motor cortex
2026-Mar-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69944-6
PMID:41803120
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研究论文 | 本文通过多模态方法解析了运动皮层中细胞类型特异性TDP-43病理,揭示了兴奋性皮层神经元是主要受影响细胞类型及其转录异常 | 结合流式细胞术核分选测序、单核多组学ATAC-seq与RNA-seq以及空间转录组学,首次系统定义了ALS/ALS-FTD中受TDP-43病理影响的特定神经元亚型及其转录特征 | 研究基于死后组织样本,可能无法完全反映疾病动态过程;样本量相对有限(共82例) | 解析肌萎缩侧索硬化症/额颞叶痴呆(ALS/ALS-FTD)中细胞类型特异性TDP-43病理机制 | 人类死后运动皮层组织中的神经元细胞 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症/额颞叶痴呆 | 流式细胞术核分选测序、单核多组学ATAC-seq、RNA-seq、空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据、空间转录组数据 | 82例样本(30例ALS、20例ALS-FTD、32例对照) | NA | 单核多组学ATAC-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 26 | 2026-03-11 |
Single-cell genomics highlight MYC-associated metabolic activation and altered cell interactions in T-prolymphocytic leukemia progression
2026-Mar-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70185-w
PMID:41803141
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和全基因组测序,揭示了T-前淋巴细胞白血病从惰性阶段向活动阶段转变过程中的分子变化,包括MYC相关代谢激活和细胞互作改变 | 首次在单细胞水平上解析T-PLL疾病进展的分子机制,结合纵向样本分析揭示了MYC靶基因上调与能量代谢增强的关联 | 样本量相对较小(28个样本),且结果需要进一步验证其作为可靶向病变的适用性 | 探究T-前淋巴细胞白血病从惰性阶段向活动阶段转变的分子基础 | T-前淋巴细胞白血病患者的治疗初治样本,包括11对纵向采集的惰性/活动阶段配对样本 | 单细胞基因组学 | 白血病 | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,全基因组测序数据 | 28个治疗初治样本,包括11对纵向采集的惰性/活动阶段配对样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-03-11 |
DGM: deep graph clustering with mincut for analysis of single-cell transcriptomics
2026-Mar-09, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12694-y
PMID:41803718
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2026-03-11 |
Single-cell RNA-seq and in vitro study reveal Fusobacterium nucleatum impairs β-cell identity in type 2 diabetes via the NF-κB-CDKN1C axis
2026-Mar-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07981-x
PMID:41803883
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2026-03-11 |
CD19+Ki67+B cells regulated by NAMPT as key modulators in triple-negative breast cancer with brain metastasis
2026-Mar-09, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-026-02251-6
PMID:41803986
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了CD19+Ki67+B细胞通过激活NAMPT/ITGA5/ITGB1通路驱动三阴性乳腺癌脑转移的机制 | 首次在单细胞水平上鉴定出CD19+Ki67+B细胞作为三阴性乳腺癌脑转移的关键调节细胞,并阐明了其通过NAMPT/ITGA5/ITGB1信号通路促进肿瘤进展的具体机制 | 样本量相对较小(15例患者进行scRNA-seq),功能验证主要在类器官模型中进行,需进一步在体内模型和更大队列中验证 | 探究三阴性乳腺癌脑转移的免疫调节机制,并寻找潜在治疗靶点 | 三阴性乳腺癌患者(包括有和无脑转移者)的肿瘤组织、B细胞亚群、肿瘤类器官 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、多重免疫荧光、类器官共培养 | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据、免疫荧光图像 | 15例患者(8例转移,7例非转移)进行scRNA-seq;两个独立RNA-seq队列(TCGA, GSE65194);湘雅真实世界队列;74例患者样本进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-03-11 |
Non-Invasive Assessment of Complete Regression in Endometrial Cancer Patients Undergoing Fertility Preservation Using MRI-Based Radiomics and Immune Heterogeneity
2026-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70666
PMID:41799934
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研究论文 | 本研究开发了一种基于MRI影像组学和免疫异质性的非侵入性工具,用于预测接受生育力保留治疗的子宫内膜癌患者的完全缓解情况 | 首次将MRI影像组学特征与单细胞RNA测序、批量RNA测序的分子谱分析相结合,构建了预测完全缓解的影像组学-临床列线图,并揭示了高评分组肿瘤微环境的免疫抑制和代谢活跃特征 | 研究为回顾性设计,样本量相对有限(146例患者),需要前瞻性多中心研究进一步验证 | 开发非侵入性工具以预测子宫内膜不典型增生或早期子宫内膜癌患者接受生育力保留治疗后的完全缓解结局 | 被诊断为子宫内膜不典型增生或早期子宫内膜癌并接受生育力保留治疗的年轻女性患者 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | MRI影像组学,单细胞RNA测序,批量RNA测序,机器学习 | 机器学习模型(具体模型未明确说明),列线图 | 医学影像(MRI),基因表达数据 | 146例患者 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2026-03-11 |
Advances in predicting omics profiles from imaging data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag090
PMID:41802282
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综述 | 本文全面综述了利用成像数据预测分子组学谱(包括DNA变异、批量转录组、单细胞转录组和空间转录组)的当前方法 | 首次跨疾病背景和成像模态,系统性地综述了从成像数据预测多种组学谱(DNA、批量转录组、单细胞转录组、空间转录组)的方法,并强调了深度学习策略在此类复杂预测任务中的应用 | 作为一篇综述文章,其本身不包含原始研究数据或新方法验证,主要依赖于对现有文献的总结和分析 | 探索并总结如何利用成像数据作为替代方案,来预测难以直接获取或成本高昂的分子组学数据,以促进临床诊断和治疗应用 | 成像数据(如组织病理学图像)与分子组学数据(DNA变异、转录组等)之间的预测关系 | 计算机视觉 | NA | NA | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2026-03-11 |
CBX3:IL1RN Reflects Distinct Cellular States That Defines the Clinical Outcome of Oral Squamous Cell Carcinoma
2026-Mar, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71705
PMID:41803005
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研究论文 | 本研究基于CBX3:IL1RN表达比率,开发了一种简化的口腔鳞状细胞癌(OSCC)分类系统,用于预后预测和个性化治疗策略 | 首次利用CBX3和IL1RN基因对的表达比率(CBX3:IL1RN)来捕获OSCC的分子亚型特征,简化了临床分类并关联了预后 | 研究样本量较小(33例患者),且依赖于现有单细胞数据集,需要更大规模的前瞻性验证 | 开发一种简化的OSCC分类系统,以改善预后预测和指导个性化治疗 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)患者 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫荧光检测,bulk转录组学 | TSP(Top Scoring Pairs)算法 | 单细胞转录组数据,bulk转录组数据,空间转录组数据,免疫荧光图像 | 33例OSCC患者(来自5个单细胞数据集) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 33 | 2026-03-11 |
Generalized SIMEX Method: Polynomial Approximation for Extrapolation
2026-Mar, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.70460
PMID:41804018
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研究论文 | 本文提出了一种广义的SIMEX方法(GSIMEX),通过使用高阶多项式函数作为外推函数来处理严重的测量误差问题 | 扩展了传统的SIMEX方法,采用高阶多项式函数来近似未知的非线性外推函数,并集成了子集选择和模型平均策略以提高估计精度 | 未在摘要中明确说明 | 解决统计分析中测量误差导致的参数估计偏差问题,特别是在误差严重的情况下 | 测量误差模型、参数估计方法 | 机器学习 | NA | 模拟外推法(SIMEX)、多项式近似、子集选择、模型平均 | 多项式回归模型 | 模拟数据、空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 34 | 2026-03-11 |
Investigating the Role of MicroRNAs in Mesenchymal Stem Cell Osteogenic Differentiation
2026-Mar, Journal of biochemical and molecular toxicology
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jbt.70724
PMID:41805079
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综述 | 本文综述了microRNAs在间充质干细胞成骨分化中的调控作用及其在骨质疏松等骨骼疾病中的临床意义 | 系统整合了miRNA调控骨重塑的分子机制与临床转化应用,并展望了单细胞RNA测序等新技术在骨再生领域的应用前景 | 作为综述文章,未提供原始实验数据,主要基于现有文献进行归纳总结 | 阐明miRNA在间充质干细胞成骨分化中的调控网络及其在骨骼疾病诊疗中的应用潜力 | 间充质干细胞、成骨细胞、microRNAs | 分子生物学 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-03-11 |
Alternative polyadenylation links RNA processing to iron metabolism in human erythropoiesis
2026-Feb-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag218
PMID:41805127
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了红细胞生成过程中替代多聚腺苷酸化(APA)的动态景观,并发现CPSF6通过调控铁代谢相关基因的3'UTR长度影响红细胞生成,其失调与真性红细胞增多症相关 | 首次在单细胞水平上描绘了红细胞生成中APA的全基因组动态变化,并建立了CPSF6-APA-铁稳态轴作为重要的转录后调控机制,为骨髓增生性肿瘤提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于体外实验和临床样本分析,缺乏体内功能验证;APA调控机制的具体分子细节仍需进一步探索 | 探究替代多聚腺苷酸化在人类红细胞生成中的作用及其与铁代谢的关联 | 人类红细胞生成过程及相关基因(如CPSF6、FAM210B、IREB2、TFRC) | 单细胞组学 | 骨髓增生性肿瘤(真性红细胞增多症) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,但涉及红细胞生成过程及真性红细胞增多症患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-03-11 |
RCC1 Domain-Containing Protein 1 Promotes Colon Cancer Malignant Progression by Activating Autophagy-Dependent WNT5A Secretion in Cancer-Associated Fibroblasts
2026-Feb, Journal of the Royal Society of New Zealand
IF:2.1Q2
DOI:10.1002/snz2.70013
PMID:41798776
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研究论文 | 本研究揭示了RCCD1通过激活癌症相关成纤维细胞(CAFs)中的自噬依赖性WNT5A分泌,促进结肠癌恶性进展的新机制 | 首次发现RCCD1在CAFs中通过AMPK/mTOR/ULK1信号通路激活自噬并驱动WNT5A分泌,进而通过Wnt/CaMKII/ERK通路促进肿瘤细胞EMT、增殖和侵袭 | 研究主要基于体外共培养模型和生物信息学分析,体内实验验证相对有限 | 阐明自噬在结肠癌肿瘤-基质相互作用中的具体机制,并寻找新的治疗靶点 | 结肠癌细胞(HCT116)、癌症相关成纤维细胞(CAFs)、临床结肠癌样本 | 癌症生物学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、机器学习、功能共培养实验 | 机器学习(未指定具体模型) | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据 | TCGA-COAD和GSE161277数据集中的结肠癌样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2026-03-11 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Dynamic Cellular Interactions and Molecular Mechanisms in Myocardial Infarction Recovery
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/4888573
PMID:41798077
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了心肌梗死后恢复过程中的动态细胞相互作用和分子机制 | 在单细胞分辨率下全面描绘了心肌梗死后细胞和分子动态的全景图,识别了关键细胞通信网络和调控基因,为心脏修复治疗策略提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证尚需进一步研究 | 探究心肌梗死后修复和重塑过程中的细胞异质性、时间动态及分子机制 | 心肌梗死后不同时间点的心脏组织,包括基因敲除组和健康对照组 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | UMAP, t-SNE, 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但包括不同时间点、基因敲除和健康对照组的心脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2026-03-11 |
Alveolar echinococcosis drives functional reprogramming of hepatic CD8+ T cells
2026, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2026.1747682
PMID:41798755
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研究论文 | 本研究通过建立继发性泡型包虫病小鼠模型,利用单细胞RNA测序等技术,揭示了肝脏CD8+ T细胞在感染过程中的功能重编程和谱系多样化 | 首次在泡型包虫病中系统描绘了肝脏CD8+ T细胞从急性炎症到慢性免疫调控的动态转录重编程过程,并发现了DC-T细胞相互作用的Thy1-Adgre5轴 | 研究基于小鼠模型,人体内的免疫反应可能存在差异;单细胞测序样本仅包含两个时间点 | 阐明泡型包虫病感染过程中肝脏T细胞亚群的组成变化、转录程序及其与树突状细胞的相互作用 | C57BL/6小鼠肝脏组织中的免疫细胞(特别是CD8+ T细胞和树突状细胞) | 单细胞组学 | 寄生虫感染(泡型包虫病) | 单细胞RNA测序,流式细胞术,多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,空间成像数据 | 78,290个高质量细胞(来自感染后3天和3个月的小鼠肝脏) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2026-03-11 |
Multimodal Spatial Transcriptomics Reveals the Developing Human Liver Niche at Single-Cell Resolution
2026, Gastro hep advances
DOI:10.1016/j.gastha.2026.100893
PMID:41798887
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术,在单细胞分辨率下揭示了人类发育期肝脏微环境的多模态特征 | 首次在人类发育关键窗口期(第三孕期快速增长前)应用单细胞分辨率空间分子成像技术,同时结合组织学验证,解析肝脏作为主要造血器官时的独特微环境 | 研究仅基于9个FFPE样本,样本量有限;研究聚焦特定发育阶段,未覆盖完整发育轨迹 | 解析人类发育期肝脏微环境的细胞组成、空间组织和功能特征 | 人类发育期肝脏组织(第三孕期前) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组分析、单细胞转录组分析、多重RNA荧光单分子原位杂交 | NA | 空间转录组数据、单细胞转录组数据、组织图像数据 | 9个福尔马林固定石蜡包埋的人类发育期肝脏样本 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | 单细胞分辨率空间分子成像技术 |
| 40 | 2026-03-11 |
Neuroimmunological Mechanisms of Xiao-Yao-San Against Chronic Stress-Induced Colorectal Cancer: A Bioinformatics and Single-Cell Sequencing Study
2026, Cancer management and research
IF:2.5Q3
DOI:10.2147/CMAR.S567746
PMID:41798904
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研究论文 | 本研究整合生物信息学、网络药理学和单细胞测序技术,探索中药逍遥散通过调节神经递质相关受体基因来改善慢性应激诱导的结直肠癌进展的潜在神经免疫机制 | 首次将生物信息学、网络药理学、分子对接与单细胞转录组测序相结合,系统研究中药复方逍遥散在慢性应激结直肠癌模型中的神经免疫调节机制,并识别出关键神经递质受体基因 | 研究主要基于动物模型和生物信息学预测,临床转化仍需进一步验证;单细胞测序样本量有限;网络药理学预测的靶点需要更多实验证实 | 探索逍遥散改善慢性应激诱导结直肠癌进展的神经免疫机制 | 结直肠癌患者转录组数据、逍遥散活性成分、慢性不可预知温和应激结合原位结直肠癌移植小鼠模型 | 生物信息学、单细胞测序 | 结直肠癌 | 生物信息学分析、网络药理学、分子对接、单细胞RNA测序、质谱分析 | 网络药理学模型、分子对接模型、动物疾病模型 | 转录组数据、质谱数据、单细胞转录组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的结直肠癌患者转录组数据;建立慢性应激结直肠癌小鼠模型并进行单细胞测序分析 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞转录组测序平台 |