单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 35760 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-01-29 |
SCITO-seq2: ultra-high-throughput single-cell transcriptome and epitope sequencing
2026-Jan-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03954-x
PMID:41593779
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研究论文 | 本文介绍了SCITO-seq2，一种增强型单细胞转录组和表位测序平台，能够实现超高通量的RNA和蛋白质同时检测 | SCITO-seq2整合了基于探针的RNA检测与已建立的超高通量蛋白质分析，采用共享池条形码策略确保分子谱的精确匹配，并兼容细胞哈希技术以实现高效样本复用 | NA | 开发一种可扩展、简化且经济高效的单细胞多组学工作流程，用于疾病研究 | 自身免疫性疾病，包括儿童系统性红斑狼疮和CTLA4单倍体不足伴自身免疫浸润 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞转录组测序，表位测序 | NA | RNA序列数据，蛋白质表达数据 | 超过100,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | SCITO-seq2 | SCITO-seq2平台，集成超高通量蛋白质分析和共享池条形码策略 |
| 22 | 2026-01-29 |
Deciphering stromal cell interactions in osteosarcoma highlights CDKN2A and MMP14 as novel diagnostic and therapeutic biomarkers
2026-Jan-27, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-026-03902-2
PMID:41593799
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和转录组学分析，揭示了骨肉瘤中基质细胞网络，并鉴定出CDKN2A和MMP14作为新型诊断标志物和治疗靶点 | 首次结合单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析，系统解析骨肉瘤基质细胞互作网络，并发现CD99-CD99互作机制及白藜芦醇作为MMP14靶向治疗候选分子 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，实验验证仅限于细胞系模型，缺乏临床样本和体内实验的进一步验证 | 解析骨肉瘤基质微环境中的细胞互作网络，寻找可靠的诊断生物标志物和治疗靶点 | 骨肉瘤的基质细胞、巨噬细胞、T细胞、浆细胞、内皮细胞、浆细胞样树突状细胞和肥大细胞等七种主要细胞亚群 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、转录组学分析、加权基因共表达网络分析、分子对接 | Seurat、CellChat、DESeq2、hdWGCNA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据集 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2026-01-29 |
STransfer: A Transfer Learning-Enhanced Graph Convolutional Network for Clustering Spatial Transcriptomics Data
2026-Jan-27, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag049
PMID:41601194
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研究论文 | 提出了一种名为STransfer的迁移学习框架，结合图卷积网络和正点互信息来聚类空间转录组数据 | 首次将迁移学习与图卷积网络结合用于多切片空间转录组数据的聚类分析，通过注意力机制融合多图特征，并实现跨切片知识迁移 | 未提供 | 提高空间转录组数据的聚类准确性并减少人工标注成本 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 图卷积网络（GCN）、注意力机制 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 24 | 2026-01-29 |
omnideconv: a unifying framework for using and benchmarking single-cell-informed deconvolution of bulk RNA-seq data
2026-Jan-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03955-w
PMID:41582216
|
研究论文 | 本文提出了omnideconv框架，用于统一和基准测试基于单细胞RNA测序数据的批量RNA-seq去卷积方法 | 开发了一个统一的框架omnideconv，用于简化去卷积方法的应用、基准测试和优化，并全面评估了第二代工具的性能差异 | NA | 评估和优化基于单细胞RNA测序数据的批量RNA-seq去卷积方法性能 | 批量RNA-seq数据的细胞类型去卷积 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | 转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2026-01-29 |
Generation of thymus-reconstituting T cell progenitors from human pluripotent stem cells
2026-Jan-26, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101272
PMID:41512861
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研究论文 | 本文描述了从人类多能干细胞生成能够直接且长期重建胸腺的T细胞祖细胞的方法 | 首次在体外从人类多能干细胞工程化生成具有胸腺重建能力的T细胞祖细胞，为癌症免疫治疗提供了新策略 | 未明确提及实验的临床转化时间表或体内长期安全性评估 | 开发高效生成T细胞祖细胞的方法以促进癌症免疫治疗和T细胞再生医学 | 人类多能干细胞（hPSC）及其衍生的T细胞祖细胞 | 再生医学 | 癌症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2026-01-29 |
Hist2Cell: Deciphering fine-grained cellular architectures from histology images
2026-Jan-26, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101137
PMID:41592568
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研究论文 | 提出一种名为Hist2Cell的视觉图-Transformer框架，能够直接从组织学图像中准确解析细粒度细胞类型 | 开发了首个能够从组织学图像预测细粒度转录细胞类型的方法，解决了现有方法在单个基因表达准确性和细粒度细胞类型识别方面的不足 | 仅在人肺癌和乳腺癌数据集上进行训练，未验证在其他癌症类型或组织中的泛化能力 | 从组织学图像中预测细胞表型和空间转录组学信息 | 人类肺癌和乳腺癌组织学图像，以及癌症基因组图谱（TCGA）队列数据 | 数字病理学 | 肺癌, 乳腺癌 | 空间转录组学 | 视觉图-Transformer框架 | 组织学图像 | 人类肺癌和乳腺癌数据集，以及大规模TCGA队列 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2026-01-29 |
EVA1A responds to endoplasmic reticulum stress to regulate renal fibrosis by promoting TGF-β signaling pathway
2026-Jan-25, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.01.064
PMID:41592679
|
研究论文 | 本文探讨了EVA1A在慢性肾病中作为内质网应激传感器，通过促进TGF-β信号通路活性来调节肾纤维化的作用 | 首次揭示了EVA1A在肾纤维化中的功能，并阐明了其通过内质网应激上调，与BIP相互作用稳定TGFBR2，从而促进TGF-β信号激活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞培养实验，尚未在人类中进行直接验证，且具体分子互作细节需进一步探索 | 阐明EVA1A在TGF-β信号调控和肾纤维化中的作用 | 慢性肾病患者的肾组织、小鼠模型（UUO和UIRI）以及培养的肾上皮细胞 | 生物医学研究 | 慢性肾病 | 单细胞RNA-seq、免疫组织化学染色、Western blot分析、共免疫沉淀、双分子荧光互补 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、图像数据 | 慢性肾病患者和小鼠模型的肾组织样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-01-29 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Crosstalk Between MuSCs and FAPs in Ruminant Skeletal Muscle Development
2026-Jan-22, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15020206
PMID:41597280
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序首次构建了山羊骨骼肌发育的单细胞图谱，揭示了肌卫星细胞与纤维脂肪祖细胞之间的相互作用 | 首次构建了反刍动物（山羊）骨骼肌从胚胎期到成年期14个发育阶段的单细胞转录组图谱，并发现了DLK1-NOTCH3配体-受体对在维持肌卫星细胞静息状态中的关键作用 | 研究仅针对山羊的长背肌，未涵盖其他肌肉类型；功能验证实验相对有限 | 阐明反刍动物骨骼肌发育过程中肌卫星细胞与纤维脂肪祖细胞的相互作用机制 | 山羊长背肌组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 120,944个细胞，覆盖胚胎第30天至出生后11年共14个发育阶段 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2026-01-29 |
CIPHER: An end-to-end framework for designing optimized aggregated spatial transcriptomics experiments
2026-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.08.698503
PMID:41542523
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为CIPHER的端到端框架，用于设计优化的聚合空间转录组学实验，通过联合优化实验编码矩阵和下游细胞嵌入来提高细胞类型识别和解码准确性 | CIPHER首次将实验编码矩阵的设计与下游细胞嵌入进行联合优化，并将成像检测的物理限制直接整合到损失函数中，从而在保持对测量噪声和信号约束的鲁棒性的同时最大化可区分性 | NA | 开发一个计算框架，用于优化聚合空间转录组学实验的设计，以实现与单细胞RNA测序数据的高效整合和准确解码 | 小鼠大脑的单细胞RNA测序参考数据 | 空间转录组学 | NA | 聚合转录特征测量，单细胞RNA测序 | 神经网络 | 基因表达数据，模拟数据，实验数据 | 大规模小鼠大脑scRNA-seq参考数据 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-01-29 |
The interplay between cytokines and immune checkpoints in breast cancer therapy
2026-Jan-21, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2026.189539
PMID:41577210
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综述 | 本文综述了细胞因子与免疫检查点在乳腺癌免疫治疗中的相互作用及其对治疗策略的影响 | 强调了细胞因子网络与免疫检查点之间动态调控的复杂性，特别是针对不同乳腺癌亚型（如三阴性乳腺癌）的特异性相互作用，并探讨了空间靶向纳米载体等创新治疗策略 | 作为综述文章，主要基于现有证据进行综合，未提供原始实验数据，且临床转化潜力仍需进一步验证 | 解码乳腺癌肿瘤微环境中细胞因子与免疫检查点的复杂互作，为开发精准免疫治疗组合提供框架 | 乳腺癌肿瘤微环境中的细胞因子网络和免疫检查点分子 | NA | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 31 | 2026-01-29 |
Fibroblast-like cells accumulate late in human coronary atherosclerosis contributing to necrotic core formation
2026-Jan-19, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvag002
PMID:41553378
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序验证的标记物，利用多重免疫染色和机器学习辅助细胞分类，分析了人类冠状动脉粥样硬化中平滑肌细胞衍生的间充质细胞亚型在斑块进展中的时空分布及其与坏死核心形成的关系 | 首次在人类冠状动脉粥样硬化中详细绘制了间充质细胞亚型在斑块进展中的时空分布图，并揭示了成纤维样细胞在坏死核心周围的定位及其与凋亡细胞的关联 | 研究主要基于尸检样本，可能无法完全反映活体动态过程；样本量相对有限（44个动脉段来自38名个体），且未涵盖所有斑块阶段 | 探究人类冠状动脉粥样硬化中不同间充质细胞亚型在斑块进展中的积累时机、空间分布及其与疾病过程（如坏死核心形成、纤维化、钙化、凋亡）的关联 | 人类左前降支动脉的尸检样本（涵盖正常内膜、适应性内膜增厚、病理性内膜增厚和纤维粥样斑块阶段）以及颈动脉内膜切除样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 多重免疫染色、单细胞RNA测序验证、机器学习辅助细胞分类 | 机器学习辅助分类模型 | 组织切片图像 | 44个动脉段来自38名个体，涵盖不同斑块阶段 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2026-01-29 |
Emerging technologies for advancing molecular and cellular research in bats
2026-Jan-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
综述 | 本文综述了蝙蝠生物学研究的最新进展，重点关注物种多样化、发育和免疫适应，并强调了新兴技术在分子和细胞层面的应用 | 整合了高分辨率多组学、单细胞转录组学和先进三维培养系统等新兴技术，以探索蝙蝠的生物学特性及其与人类健康的相关性 | NA | 推进蝙蝠分子和细胞研究，以理解其适应性进化、病毒抗性机制，并为生物医学和进化洞察提供关键平台 | 蝙蝠（哺乳动物） | 分子生物学 | 病毒感染 | 高分辨率多组学、单细胞转录组学、三维培养系统 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 33 | 2026-01-29 |
Prognostic significance and immune landscape of anoikis-related genes in hepatocellular carcinoma: a multi-omics analysis of subtypes and cellular communication
2026-Jan-16, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-026-02043-4
PMID:41543595
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研究论文 | 本研究通过多组学分析，探讨了失巢凋亡相关基因在肝细胞癌中的预后意义和免疫景观，并构建了预后模型 | 首次基于失巢凋亡相关基因识别了两种可靠的肝细胞癌亚型，并结合scRNA-seq数据分析了细胞间通讯通路 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于HCC细胞系，缺乏临床样本的直接验证 | 开发肝细胞癌的预后生物标志物并探索其免疫微环境 | 肝细胞癌患者数据、HCC细胞系（HepG2和LO2） | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 多组学分析、scRNA-seq、qRT-PCR、Western blot | 预后模型 | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-01-29 |
Cellular and molecular profiling of collagenous gastritis implicates pathogenic CD4+ T cells
2026-Jan-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.114344
PMID:41602911
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序等方法，研究了胶原性胃炎的免疫机制，并识别了潜在的CD4+ T细胞致病作用 | 首次在胶原性胃炎中应用单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，揭示了激活/耗竭淋巴细胞群和整合素α4作为治疗靶点 | 样本量较小（仅7名患者），且疾病罕见，可能限制结果的普遍性 | 探究胶原性胃炎的免疫学病因和潜在治疗靶点 | 胶原性胃炎患者和匹配对照的胃和十二指肠活检样本 | 数字病理学 | 胶原性胃炎 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 流式细胞术, 组织病理学 | NA | 单细胞RNA测序数据, T细胞受体序列数据, 流式细胞数据, 组织病理图像 | 7名胶原性胃炎患者和若干匹配对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2026-01-29 |
Single-cell and multi-omic characterization of ex vivo expanded ASTRLs from stable kidney transplant recipients reveals a regulatory T cell phenotype
2026-Jan-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-33656-6
PMID:41535376
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和质谱流式细胞术，详细表征了从稳定肾移植受者外周血单核细胞体外扩增的异质性抗原特异性T富集调节细胞系（ASTRL），揭示了其获得调节性T细胞转录组特征 | 首次结合单细胞和多组学技术对肾移植受者体外扩增的ASTRL进行综合表征，发现其在供体抗原刺激下获得独特的调节性T细胞表型，包括上调CD39、TIGIT等基因，并与经典Treg特征高度重叠 | 研究样本来源于稳定肾移植受者，可能无法代表所有移植状态；体外扩增条件可能影响细胞表型，且未在体内模型中验证功能 | 探究体外扩增的抗原特异性T富集调节细胞系（ASTRL）在肾移植中的调节性T细胞表型特征，以评估其作为细胞疗法的潜力 | 从稳定肾移植受者外周血单核细胞（PBMC）体外扩增的ASTRL细胞系 | 单细胞多组学 | 肾移植 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、质谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | 未明确指定样本数量，但基于稳定肾移植受者的PBMC | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-01-29 |
Long-Read Spatial Transcriptomics of Patient-Derived Clear Cell Renal Cell Carcinoma Organoids Identifies Heterogeneity and Transcriptional Remodelling Following NUC-7738 Treatment
2026-Jan-14, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers18020254
PMID:41595180
|
研究论文 | 本研究结合长读长空间转录组学和患者来源的透明细胞肾细胞癌类器官模型，揭示了肿瘤异质性及NUC-7738治疗后的转录重塑 | 首次将长读长空间转录组学应用于患者来源的ccRCC类器官，实现了空间分辨的转录本和异构体水平分析，并评估了新型治疗药物NUC-7738的效果 | 未提及样本量具体数量，且类器官模型可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 解析ccRCC的基因和异构体水平异质性，并阐明新型治疗药物的空间转录反应 | 患者来源的透明细胞肾细胞癌类器官 | 空间转录组学 | 肾细胞癌 | 长读长空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2026-01-29 |
Network Hypoactivity in ALG13-CDG: Disrupted Developmental Pathways and E/I Imbalance as Early Drivers of Neurological Features in CDG
2026-Jan-14, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15020147
PMID:41597222
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研究论文 | 本研究利用ALG13-CDG患者来源的iPSC皮质类器官，揭示了该疾病导致脑特异性糖基化不足，破坏神经发育通路并引起皮层网络功能障碍的机制 | 首次通过多组学整合分析揭示了ALG13-CDG中脑特异性糖基化不足如何导致神经元成熟时序紊乱、E/I失衡及网络活动异常 | 研究基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内大脑的复杂微环境及长期发育过程 | 阐明ALG13-CDG疾病中ALG13功能障碍对人类大脑糖基化及神经发育的影响机制 | ALG13-CDG患者来源的iPSC皮质类器官 | 神经科学 | 先天性糖基化障碍 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、糖蛋白质组学、N-聚糖成像、脂质组学、代谢组学、MEA记录 | 人皮质类器官模型 | 多组学数据、电生理数据 | ALG13-CDG患者来源的iPSC皮质类器官 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 38 | 2026-01-29 |
Integrative miRNA-mRNA Network and Molecular Dynamics-Based Identification of Therapeutic Candidates for Paroxysmal Nocturnal Hemoglobinuria
2026-Jan-14, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph19010143
PMID:41599741
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研究论文 | 本研究通过构建PNH细胞模型、整合miRNA-mRNA调控网络和单细胞测序数据，结合分子对接与动力学模拟，识别了阵发性睡眠性血红蛋白尿症的潜在治疗药物和关键调控轴 | 首次整合CRISPR/RNP构建的PNH细胞模型、miRNA-mRNA调控网络、单细胞测序数据以及多数据库药物预测，并通过分子动力学模拟验证药物结合稳定性，系统性地识别了PNH的潜在治疗候选物 | 研究主要基于体外细胞模型和计算模拟，缺乏体内实验和临床样本的直接验证 | 识别阵发性睡眠性血红蛋白尿症的新治疗靶点和替代治疗策略 | THP-1细胞系、公共单细胞测序数据集（PRJNA1061334和GSE157344） | 计算生物学 | 阵发性睡眠性血红蛋白尿症 | CRISPR/RNP基因编辑、单细胞RNA测序、差异表达分析、网络构建、分子对接、分子动力学模拟 | miRNA-mRNA调控网络、hdWGCNA | 单细胞RNA测序数据、miRNA表达数据、mRNA表达数据 | 未明确说明临床样本数量，使用了公共数据集和THP-1细胞模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2026-01-29 |
PCID2 is essential for spermatogonial differentiation by regulating alternative splicing
2026-Jan-13, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05840-4
PMID:41526677
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研究论文 | 本研究揭示了PCID2通过调控选择性剪接在精子发生和雄性生育力中的关键作用 | 首次阐明了PCID2通过调控选择性剪接在精子发生中的生理功能，并鉴定了其相互作用的剪接因子和关键靶基因 | 研究主要基于小鼠模型，其在人类精子发生中的具体作用机制仍需进一步验证 | 探究PCID2在精子发生过程中的生理功能及其分子机制 | 小鼠生殖细胞 | 生殖生物学 | 男性不育 | 单细胞转录组测序、RNA测序、IP-MS、Co-IP、PCR | 条件性基因敲除小鼠模型 | 转录组数据、蛋白质相互作用数据 | PCID2条件性敲除小鼠及其对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2026-01-29 |
Single-Cell Transcriptomic Atlas of Chicken Ovarian Aging and Cancer Drives Prognostic Model Development
2026-Jan-13, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers18020243
PMID:41595163
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了鸡卵巢衰老和癌症的转录组图谱，并基于在衰老和癌变过程中均显著变化的基因开发了一个用于人类卵巢癌的预后模型 | 首次对鸡卵巢癌进行单细胞RNA测序研究，并利用在卵巢衰老和癌变过程中免疫细胞共同失调的基因构建了一个20基因的人类卵巢癌预后模型 | 研究基于鸡模型，其与人类卵巢癌的完全等同性仍需进一步验证；预后模型的外部验证数据集有限 | 探索卵巢衰老与癌变之间的免疫相关联系，并开发一个用于人类卵巢癌的预后预测工具 | 三个不同年龄和健康状态的蛋鸡卵巢组织：35周龄正常卵巢、110周龄正常卵巢和110周龄卵巢癌组织 | 单细胞组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 单细胞转录组数据 | 三个实验组的蛋鸡卵巢组织（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |