单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！

如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可发布，欢迎下载源码自行修改使用。如觉得不错，还请不吝给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！

添加微信请说明来意

微信赞赏

除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件： [分区不过滤]

[IF不过滤]

[发表日期不过滤]

[清除筛选条件]

当前共找到 43837 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
21	2026-09-29	Multiplatform single-cell and spatial transcriptomics reveal sex-specific malignant states and architecture in male breast cancer 2026-Sep-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aeg7722 PMID:42789703	研究论文	该研究通过多平台单细胞和空间转录组学技术，构建了男性和女性乳腺癌的细胞图谱，揭示了男性乳腺癌特有的恶性细胞状态及其空间结构	首次整合scRNA-seq、SeekSpace、Visium HD、Xenium In Situ和多路免疫组化等多种平台，构建了涵盖超过66万个细胞的男性和女性乳腺癌单细胞和空间转录组图谱，并发现了男性特异性肿瘤细胞（MSTCs）及其神经转录程序、拷贝数变异负担和与脂肪酸代谢信号的空间耦合	摘要中未明确提及研究局限性	揭示男性乳腺癌特有的恶性细胞状态及其免疫-代谢空间环境，以弥补当前男性乳腺癌治疗主要借鉴女性乳腺癌知识的不足	男性和女性乳腺癌队列中的肿瘤细胞、巨噬细胞及肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq、SeekSpace、Visium HD、Xenium In Situ、多路免疫组化	NA	图像、文本	超过660,000个细胞，来自男性和女性乳腺癌队列	10x Genomics, 华大智造	单细胞RNA测序, 空间转录组学	10x Chromium, 10x Visium, Xenium In Situ, SeekSpace	10x Chromium单细胞RNA测序、10x Visium HD空间转录组、Xenium In Situ空间原位分析、SeekSpace空间转录组平台、多路免疫组化
22	2026-09-29	Developmental synchrony of retinal waves, apoptosis, and angiogenesis in postnatal retina 2026-Sep-24, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.111419 PMID:42781866	研究论文	本研究通过大规模宽场钙成像、高密度多电极阵列记录、单细胞RNA测序和免疫组化技术，揭示了出生后小鼠视网膜发育中视网膜波、细胞凋亡和血管生成之间的发育同步性及统一机制	首次发现了一组新的自发荧光簇复合物（ACCs），并提出了一个统一机制，将早期神经活动、程序性细胞死亡和血管生成因果联系起来，揭示了凋亡视网膜神经节细胞通过PANX-1半通道释放嘌呤能分子触发视网膜波，进而促进血管生成和Hmox1阳性小胶质细胞激活的完整通路	研究主要基于小鼠模型，结果在人类视网膜发育中的适用性尚需验证；未详细探讨其他可能参与调控的分子通路；ACCs的功能意义需进一步研究	探究出生后小鼠视网膜发育中视网膜波、细胞凋亡和血管生成之间的相互作用机制，并阐明其发育同步性的统一原理	出生后小鼠视网膜	神经科学、发育生物学	NA	宽场钙成像、高密度多电极阵列记录、单细胞RNA测序、免疫组化	NA	图像、文本、电生理信号	NA	NA	single-cell RNA-seq	NA	NA
23	2026-09-29	Targeting the Snail1-ATGL-ferroptosis-EMT axis via AKT-GSK3β signaling: Low-dose colchicine attenuates idiopathic pulmonary fibrosis 2026-Sep-24, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2026.179372 PMID:42785459	研究论文	该研究揭示了低剂量秋水仙碱通过AKT-GSK3β-Snail1信号轴上调ATGL，抑制铁死亡驱动的上皮-间质转化，从而减轻特发性肺纤维化	首次发现ATGL是调节铁死亡易感性和EMT的上皮检查点；揭示Snail1通过招募HDAC1/HDAC2抑制Pnpla2启动子组蛋白乙酰化从而直接抑制ATGL转录这一非经典EMT调控机制；阐明低剂量秋水仙碱通过抑制AKT-GSK3β-Snail1信号轴恢复ATGL表达的新机制	研究主要基于公共转录组和单细胞RNA测序数据集分析以及博来霉素诱导的小鼠模型和TGF-β刺激的细胞模型，缺乏临床试验数据验证；低剂量秋水仙碱在IPF患者中的转化应用仍需进一步研究	阐明低剂量秋水仙碱对特发性肺纤维化中铁死亡驱动的上皮-间质转化的效应及机制，重点探讨Snail1-ATGL轴作为调节氧化还原平衡和铁死亡易感性的新通路	特发性肺纤维化患者肺组织及肺泡上皮细胞、博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型、TGF-β刺激的小鼠肺上皮细胞（MLE-12）和人支气管上皮细胞（BEAS-2B）	数字病理学	肺纤维化	转录组测序, 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀, 蛋白质相互作用实验	NA	文本, 图像	公共转录组和单细胞RNA测序数据集（具体样本量未提及）、博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型、TGF-β刺激的MLE-12和BEAS-2B细胞模型	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
24	2026-09-29	Beyond immunity: macrophage plasticity in vascular regeneration 2026-Sep-24, npj biomedical innovations DOI:10.1038/s44385-026-00114-5 PMID:42786206	综述	本文综述了巨噬细胞在血管再生中的可塑性作用，包括其驱动微血管发育、修复和重塑的四种机制	超越了传统的M1/M2巨噬细胞分类框架，提出基于单细胞转录组学揭示的巨噬细胞亚群血管功能，并首次提出阶段分辨的框架来驱动血管再生或抑制肿瘤血管生成	作为综述文章，未提供原始实验数据，且提出的框架需要进一步实验验证	综述巨噬细胞驱动血管生成的机制及其在发育、损伤和疾病中的时序性，并探讨转化策略	巨噬细胞亚群及其在微血管发育、修复和重塑中的作用	单细胞转录组学	肿瘤	单细胞转录组学	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
25	2026-09-29	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing reveals inflammatory mechanisms of cancer-induced nerve injury and enables prognostic modeling in lung adenocarcinoma 2026-Sep-24, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2026.109433 PMID:42801912	研究论文	该研究整合批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组数据，揭示肺腺癌中癌症诱导神经损伤的炎症机制并构建预后模型	首次在肺腺癌中系统整合批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组数据，全面表征癌症诱导神经损伤的分子特征，并构建CINI相关预后模型，同时通过体外实验验证PLEK2基因的功能相关性	摘要中未明确说明研究的具体局限性，可能包括回顾性分析设计、体外实验结果需进一步体内验证、预后模型需要更大规模独立队列验证等	探索癌症诱导神经损伤在肺腺癌中的生物学作用和预后价值，构建CINI相关预后模型	肺腺癌患者转录组队列及LUAD细胞系	数字病理学, 机器学习	肺癌	批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	机器学习算法, 加权基因共表达网络分析	文本, 图像	NA	NA	single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics, bulk RNA-seq	NA	NA
26	2026-09-29	Integrated Systems Toxicology Analysis and Molecular Dynamics Study Reveal the Potential Mechanism by which Benzo[a]pyrene Contributes to Depression in Lung Adenocarcinoma via RNASE1 Upregulation 2026-Sep-22, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.6c04956 PMID:42799399	研究论文	本研究通过整合系统毒理学分析和分子动力学模拟，揭示了苯并[a]芘通过上调RNASE1促进肺腺癌相关抑郁的潜在机制	首次结合机器学习、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接和分子动力学模拟等多种方法，系统揭示了RNASE1作为苯并[a]芘暴露与肺腺癌相关抑郁之间的关键分子桥梁，并通过体内实验验证了苯并[a]芘暴露小鼠的抑郁样行为和RNASE1表达升高	TCGA-LUAD队列缺乏精神学评估数据，因此基于52个抑郁相关基因的聚类不能被解释为临床确诊的抑郁亚组；研究主要依赖生物信息学预测和动物模型验证，缺乏临床抑郁患者的直接验证	探究苯并[a]芘通过何种分子机制促进肺腺癌患者并发抑郁，揭示环境致癌物驱动的癌症-抑郁共病的分子层面机制	TCGA-LUAD队列患者数据、苯并[a]芘暴露小鼠模型、RNASE1基因及相关抑郁和预后基因	机器学习, 数字病理学	肺癌, 抑郁症	单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 分子对接, 分子动力学模拟	机器学习, 共识聚类	基因表达数据, 图像, 文本	TCGA-LUAD队列（具体样本量未在摘要中说明）、52个抑郁相关基因、57个抑郁相关预后基因、375个苯并[a]芘靶点、苯并[a]芘暴露小鼠模型	NA	single-cell RNA-seq	NA	NA
27	2026-09-29	A xeno-free human iPSC-derived prostate organoid platform for multilineage differentiation and genetic manipulation 2026-Sep-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101538 PMID:42526442	研究论文	该文章定义了一种无外源成分的系统，从人类诱导多能干细胞生成前列腺类器官，实现多谱系分化和遗传操作	开发了无外源成分、可重复、可扩展且遗传可操作的人类iPSC来源前列腺类器官平台，支持多谱系分化和模块化共培养系统进行区室特异性操作	摘要中未明确提及研究的局限性	建立无外源成分的人类iPSC来源前列腺类器官平台，用于研究前列腺谱系程序、上皮-基质相互作用和疾病生物学	人类诱导多能干细胞（iPSC）来源的前列腺类器官	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学, qPCR, 免疫染色	类器官	图像, 文本	未明确提及样本数量	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
28	2026-09-29	Mapping brain-wide monosynaptic inputs to single neurons with ROInet-seq 2026-Sep-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101512 PMID:42413505	研究论文	本文开发了一种基于条形码ΔG-RV和ROInet-seq技术，能够全脑范围内映射单个神经元的单突触输入网络。	首次将条形码ΔG-RV与定量RNA测序结合，并开发了ROInet-seq——一种可扩展、低成本的空间检测方法，实现了单细胞分辨率的全脑单突触输入网络映射。	摘要未提及具体限制。	在单细胞分辨率下构建哺乳动物全脑的单突触输入连接组。	小鼠大脑（体感皮层）中的单个神经元及其单突触输入网络。	神经科学	NA	病毒追踪、定量RNA测序、靶向条形码测序、荧光成像	NA	图像、文本（序列数据）	多个感染神经元（具体数量未在摘要中说明）	NA	空间转录组学	NA	NA
29	2026-09-29	SpaDiff denoises sequence-based spatial transcriptomics via diffusion process 2026-Sep-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101530 PMID:42468536	研究论文	该文章提出了SpaDiff，一个基于扩散过程的保质量去噪框架，用于校正序列型空间转录组学中的spot-swapping伪影，从而恢复空间基因表达分布	提出了一种保质量的去噪框架SpaDiff，利用分数引导的反向扩散过程校正spot-swapping伪影，在模拟和真实数据中均能稳健恢复基因水平空间模式，并在多种污染条件下表现优异	摘要中未明确提及研究局限性	校正序列型空间转录组学中spot-swapping导致的RNA分子重分布问题，提高空间基因表达的准确性并支持更准确的下游分析	模拟空间转录组数据集、真实空间转录组数据集（包括人-鼠嵌合样本、人类背外侧前额叶皮层、结直肠癌组织）	空间转录组学	结直肠癌	序列型空间转录组学	扩散模型	空间转录组数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
30	2026-09-29	Senescent Cell Heterogeneity: Tissue-Dependent Signatures and Age Dynamics Revealed by Human scRNA-Seq Data 2026-Sep-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27188416 PMID:42794841	研究论文	本研究通过分析来自六种人体组织的150万个scRNA-seq数据，揭示了衰老细胞在组织间的异质性及其随年龄变化的特征	首次在单细胞转录组水平上系统比较六种人体组织中衰老细胞的异质性，改进了SenePy库的签名识别算法，并揭示了组织特异性的配体-受体相互作用模式	研究仅依赖公开数据，样本组织类型有限，未涵盖所有人体组织，且未进行实验验证	在单细胞转录组水平上研究人体各组织中衰老细胞的异质性	来自177名15至88岁健康供体的皮肤、肺、小肠、大肠、肾脏和心脏组织中的衰老细胞	单细胞转录组学	衰老相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	150万个细胞，来自177名供体的6种组织	NA	single-cell RNA-seq	NA	NA
31	2026-09-29	Decoding Skeletal Biology Through Transcriptomics: Insights from Bulk, Single-Cell, Spatial, and Multi-Omics Approaches 2026-Sep-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27188404 PMID:42794830	综述	本文综述了批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学及多组学整合方法在骨骼生物学研究中的进展，涵盖骨发育、重塑及疾病机制，并讨论了技术局限与未来方向	系统整合了批量、单细胞、空间转录组及多组学方法在骨骼生物学中的应用，强调了从描述性细胞表征向系统水平分析的转变，并展望了空间转录组和多组学整合在精准医学中的潜力	批量与单细胞RNA测序存在技术偏差、空间信息丢失及计算挑战，多组学整合仍面临数据标准化与生物学解释的困难	总结转录组技术在骨骼生物学中的最新进展，评估不同方法的优势与局限，并探讨空间转录组和多组学整合如何推动骨疾病生物标志物发现、治疗靶点识别和精准医学发展	骨骼微环境中的骨髓间充质干/基质细胞、成骨细胞、破骨细胞、骨细胞、免疫细胞等，以及代谢性、炎症性和年龄相关骨疾病	机器学习, 数字病理学	肺癌, 前列腺癌, 心血管疾病, 老年疾病	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics, 多组学整合	NA	文本	NA	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics, 多组学	NA	NA
32	2026-09-29	Eczema-like Granular Parakeratosis Exhibits Inflammatory Keratinocyte Remodeling and Aberrant Epidermal Differentiation 2026-Sep-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27188418 PMID:42794844	研究论文	通过对三名颗粒状角化不全患者皮损及三名健康对照皮肤进行单细胞RNA测序，结合免疫荧光验证和HaCaT细胞实验，揭示颗粒状角化不全是一种暴露相关的炎症性表皮分化障碍	首次对颗粒状角化不全进行单细胞RNA测序分析，发现炎症性角质形成细胞扩增，并揭示苯扎氯铵暴露可通过诱导IL-1相关炎症激活参与疾病发生	样本量较小（单细胞测序3例患者和3例对照，验证队列4例患者和3例对照），需更大规模研究验证；HaCaT细胞系不能完全代表原代角质形成细胞	探究颗粒状角化不全的发病机制，明确其是否为单纯的角化异常，并探索环境暴露因素在疾病中的作用	颗粒状角化不全患者的皮损皮肤组织、健康对照皮肤组织以及HaCaT细胞系	单细胞组学、皮肤病学	颗粒状角化不全、湿疹	单细胞RNA测序、免疫荧光、bulk RNA测序、CCK-8	NA	单细胞转录组数据、图像、文本	单细胞RNA测序：3例颗粒状角化不全患者和3例健康对照；免疫荧光验证：4例患者和3例健康对照；HaCaT细胞实验	NA	单细胞RNA测序、bulk RNA-seq	NA	NA
33	2026-09-29	Cell-Surface Signatures and Targets of Modulated Vascular Smooth Muscle Cells in Atherosclerosis: From State Identification to Precision Intervention 2026-Sep-20, Journal of cardiovascular development and disease IF:2.4Q2 DOI:10.3390/jcdd13090472 PMID:42783079	综述	本文综述了如何将血管平滑肌细胞（VSMC）状态发现转化为细胞表面标志物和表面可及的干预接口，并提出了状态匹配的精准干预框架	提出状态匹配框架，将致病状态选择性清除、可塑或可逆状态调节或重编程、基质支持性斑块稳定状态保留，并系统区分状态/谱系标志物、表面识别与分选标志物、功能性表面接口、因果支持的候选靶点和干预支持的表面靶点	人类蛋白质水平和表面验证不足、状态特异性有限、空间可及性未知以及缺乏直接治疗测试	探讨如何将VSMC状态发现转化为细胞表面标志物和表面可及的干预接口，以实现从状态识别到精准干预的转化	动脉粥样硬化斑块中VSMC来源的异质性细胞群体及其细胞表面标志物和干预靶点	数字病理学	心血管疾病	谱系追踪、单细胞转录组学、空间 profiling、多模态表面蛋白测量	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
34	2026-09-29	Echinacoside Alleviates Cisplatin-Induced Acute Kidney Injury by Regulating Bap1 to Inhibit Ferroptosis 2026-Sep-20, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines14092127 PMID:42792866	研究论文	本研究探讨了松果菊苷（ECH）通过调控Bap1抑制铁死亡，从而减轻顺铂诱导的急性肾损伤的作用及其分子机制	首次揭示ECH通过下调Bap1蛋白表达、恢复Slc7a11/GPX4轴来抑制铁死亡，从而发挥肾脏保护作用，并发现ECH-Bap1-铁死亡调控关系可作为顺铂肾毒性的候选治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和HK-2细胞系，缺乏临床人体试验验证；分子对接仅预测了ECH与Bap1的潜在相互作用，未提供直接结合的结构生物学证据；Bap1调控铁死亡的具体分子通路尚需进一步阐明	探索松果菊苷（ECH）对顺铂诱导的急性肾损伤的肾脏保护作用及其潜在的分子机制	8周龄雄性C57BL/6顺铂-AKI小鼠模型和HK-2肾小管上皮细胞	机器学习	急性肾损伤	单细胞转录组测序、4D-DIA蛋白质组学、Western blotting、分子对接模拟	NA	图像、文本	8周龄雄性C57BL/6小鼠模型及HK-2肾小管上皮细胞	NA	单细胞RNA-seq、4D-DIA蛋白质组学	NA	NA
35	2026-09-29	Multi-Omics Analysis Identifies TTYH3 and MPG as Candidate Osteoporosis-Associated Biomarkers in Osteoblasts and Characterizes Spatial Heterogeneity of SPP1 in the Osteoporotic Bone Microenvironment 2026-Sep-20, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines14092126 PMID:42792867	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和空间转录组数据，结合多种机器学习方法，鉴定出TTYH3和MPG为骨质疏松相关的成骨细胞候选生物标志物，并揭示了SPP1在骨质疏松骨微环境中的空间异质性	首次整合scRNA-seq、bulk RNA-seq和空间转录组学数据，结合三种机器学习方法、人工神经网络加权分析和WGCNA来优先筛选骨质疏松相关基因，并发现TTYH3和MPG作为新的候选生物标志物，同时通过CellChat分析揭示了SPP1在骨质疏松骨微环境中的空间异质性表达模式	研究主要基于生物信息学分析和有限的实验验证（免疫组化染色和qRT-PCR），缺乏深入的体内功能实验和机制研究，候选基因TTYH3和MPG在骨质疏松发病中的具体分子机制尚未阐明	鉴定与骨质疏松稳健相关的成骨细胞特异性基因，并阐明其潜在的致病机制	成骨细胞、骨质疏松患者骨组织样本、MC3T3-E1细胞系、人股骨头组织样本	数字病理学、机器学习	骨质疏松	单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学、免疫组化染色、qRT-PCR	人工神经网络（ANN）、机器学习方法、WGCNA	基因表达数据、图像	NA	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学	NA	NA
36	2026-09-29	Next-Generation Biomarkers and Artificial Intelligence in Colorectal Cancer: From Multi-Omic Data Integration to Clinical Application 2026-Sep-20, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers18183052 PMID:42795017	综述	本文综述了结直肠癌中新一代生物标志物与人工智能的应用，涵盖多组学数据整合、液体活检、计算病理学、影像组学及临床实施	系统整合了多组学、人工智能、液体活检、影像组学和病理组学在结直肠癌中的最新证据，提出从多组学数据整合到临床应用的转化框架	跨机构数据协调困难、模型在不同人群中的泛化能力有限、算法偏见以及缺乏适合临床AI的监管框架	总结结直肠癌中新一代生物标志物和人工智能应用的最新证据，并探讨其临床转化路径	结直肠癌患者及相关多组学、影像和病理数据	数字病理学	结直肠癌	多组学整合、液体活检、ctDNA监测、影像组学、病理组学、空间转录组学、单细胞技术	机器学习、深度学习	图像、文本、基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据、微生物组数据	NA	NA	NA	NA	NA
37	2026-09-29	Multi-Omics Integration Identifies Epithelial-Stromal-Immune Co-Regulators Bridging Ulcerative Colitis and Colorectal Cancer 2026-Sep-19, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines14092120 PMID:42792859	研究论文	该研究通过整合溃疡性结肠炎（UC）微阵列队列与TCGA-COAD数据集，结合WGCNA与定向差异表达分析筛选共享候选基因，并利用多种机器学习方法、孟德尔随机化、免疫解卷积及Visium空间转录组学鉴定连接UC与结直肠癌的上皮-基质-免疫共调控模块	首次通过多组学整合策略系统性地识别了桥接溃疡性结肠炎与结直肠癌的共享候选基因，发现了一个由四个基因构成的空间结构化上皮-基质-免疫模块，并采用空间转录组学揭示了该模块在炎症黏膜中的三区室空间结构	四个基因的收敛仅出现在特定拟合中而非可重复选择器（1000次重采样中仅0.3%同时恢复），孟德尔随机化分析对部分基因呈无效估计或无法检验，预后模型区分度弱且外部验证不显著，空间转录组每组仅两个切片导致UC与对照的模块评分差异无法分辨，整体发现属假设生成性质，尚不足以用于预后或分层	探究桥接溃疡性结肠炎慢性黏膜炎症与结直肠恶性转化之间的转录中间体，明确两疾病共享基因是否驱动转化过程	溃疡性结肠炎患者样本、TCGA-COAD结直肠癌数据集、独立UC验证队列及结肠组织切片	机器学习, 空间转录组学	结直肠癌, 溃疡性结肠炎	微阵列分析, RNA-seq, 空间转录组学, 孟德尔随机化, 免疫解卷积	LASSO, 随机森林, SVM-RFE, LASSO-Cox	基因表达数据, 空间转录组图像	UC微阵列队列共227例，TCGA-COAD 524例，独立UC验证队列GSE92415共183例，外部预后验证队列GSE39582共573例，Visium空间转录组来自4个结肠切片（每组2个）	10x Genomics	空间转录组学, 微阵列, bulk RNA-seq	10x Visium	NA
38	2026-09-29	HLA-II Expression Marks Activated and Clonally Expanded CD8+ T Cells and Improves Tumor-Reactivity Prediction Across Human Cancers 2026-Sep-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27188338 PMID:42794764	研究论文	该研究整合31个单细胞免疫数据集的scRNA-seq和scTCR-seq数据，揭示HLA-II表达标记活化和克隆扩增的CD8+ T细胞状态，并提升跨癌种肿瘤反应性预测性能	首次系统性地将HLA-II表达与CD8+ T细胞的克隆扩增和肿瘤反应性关联，并证明HLA-II相关转录特征可显著提升深度学习模型对肿瘤反应性TCR的预测性能	摘要中未明确提及研究局限性	表征与克隆扩增和肿瘤反应性相关的CD8+ T细胞状态，并评估HLA-II表达对肿瘤反应性预测的贡献	肿瘤浸润性CD8+ T细胞、TCR克隆型、胰腺导管腺癌样本	数字病理学, 机器学习	肺癌, 胰腺癌, 多种癌症	单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序	DNN	图像, 文本	31个单细胞免疫数据集，6个胰腺导管腺癌样本，3个留出样本中2225个功能注释的CD8+ T细胞	NA	单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序	NA	NA
39	2026-09-29	The Compatibility of Astragali Radix and Angelicae Sinensis Radix Attenuates Atherosclerosis by Suppressing Vascular Endothelial PANoptosis via the p38 MAPK/p53 Pathway: A Multi-Omics and Experimental Study 2026-Sep-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms27188330 PMID:42794757	研究论文	该研究结合多组学与实验验证，探讨黄芪-当归配伍通过抑制p38 MAPK/p53通路介导的血管内皮PANoptosis改善动脉粥样硬化	首次从PANoptosis（涵盖凋亡、焦亡和坏死性凋亡）角度阐明黄芪-当归配伍抗动脉粥样硬化的机制，并整合UPLC-MS/MS、转录组学、单细胞测序、网络药理学、分子对接和分子动力学模拟等多种方法	摘要中未明确提及研究局限性	探究黄芪-当归配伍抗动脉粥样硬化的具体分子机制，特别是从PANoptosis角度阐明其作用靶点和信号通路	ApoE缺陷雄性小鼠（体内实验）和POVPC刺激的主动脉血管内皮细胞（体外实验），以及黄芪-当归配伍的活性成分	机器学习, 数字病理学	心血管疾病	UPLC-MS/MS, 转录组学, 单细胞测序, 网络药理学, 分子对接, 分子动力学模拟	NA	图像, 文本	体内实验使用雄性ApoE缺陷小鼠，分为模型组、黄芪-当归低中高剂量组、阿托伐他汀组和对照组（年龄匹配的野生型C57BL/6J小鼠）；体外实验使用POVPC刺激的主动脉血管内皮细胞	NA	单细胞RNA测序, 转录组学	NA	NA
40	2026-09-29	Microenvironment-derived acetylated amino acids promote glioblastoma treatment resistance 2026-Sep-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-10976328/v1 PMID:42780293	研究论文	该研究揭示了胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞通过分泌乙酰化氨基酸促进肿瘤细胞DNA修复和治疗抵抗的机制	首次发现肿瘤相关巨噬细胞通过分泌乙酰化氨基酸促进胶质母细胞瘤细胞的DNA修复和治疗抵抗，揭示了微环境来源的乙酰化氨基酸在肿瘤治疗抵抗中的新作用	摘要中未明确提及研究的具体限制	探究肿瘤微环境中非恶性细胞类型在加速肿瘤细胞DNA修复中的作用机制	胶质母细胞瘤（GBM）患者组织、临床前模型及肿瘤相关巨噬细胞	空间转录组学、代谢组学、肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	空间转录组学、免疫荧光、代谢组学	NA	图像、文本、代谢数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA