单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-07-02	Decoding Cellular Communication Networks and Signaling Pathways in Bone, Skeletal Muscle, and Bone-Muscle Crosstalk Through Spatial Transcriptomics 2025-Jun-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6701121/v1 PMID:40585205	研究论文	通过空间转录组学解码骨骼、骨骼肌及骨肌交互中的细胞通讯网络和信号通路	首次提供了骨骼和骨骼肌之间细胞通讯的空间解析图谱，揭示了13个关键的信号通路和特定的配体-受体对	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	研究骨骼和骨骼肌之间的分子交互作用及其在维持组织完整性和疾病中的作用	小鼠的股骨和相邻的骨骼肌组织	空间转录组学	骨质疏松症、肌肉减少症、代谢综合征	10X Genomics Visium 空间转录组分析	NA	空间转录组数据	小鼠的股骨和骨骼肌组织样本
342	2025-07-02	A Reflux Linked GATA Factor Fulcrum Dictates Lineage Commitment Through GPRC5B During the Esophageal Dysplastic Transition 2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	research paper	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生转变过程中的作用机制	发现了GATA因子通过GPRC5B在BE相关高级别异型增生（HGD）中的关键作用，并揭示了GPRC5B作为功能性标记物的潜力	研究主要基于体外实验和器官芯片模型，需要进一步体内验证	阐明GATA家族成员在食管腺癌发生发展过程中的调控机制	食管癌细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）和TCGA数据	癌症生物学	食管腺癌	RNAseq分析、shRNA/CRISPR基因沉默、空间转录组学、器官芯片技术	器官芯片模型	基因组数据、转录组数据	TCGA EAC病例数据、食管细胞系和ASC样本
343	2025-07-02	Dissection of the immune landscape in psoriatic arthritis defines immunoproteasome up-regulation in treatment resistance 2025-06-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adu0284 PMID:40478933	研究论文	通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者的滑液免疫景观，揭示了治疗抵抗患者中免疫蛋白酶体和MHC I类基因的上调	首次在治疗抵抗的银屑病关节炎患者中鉴定出免疫蛋白酶体和MHC I类基因的上调，并验证了选择性免疫蛋白酶体抑制剂的治疗潜力	样本量相对较小（41例PsA患者和9例OA对照），且需要进一步临床验证免疫蛋白酶体抑制剂的效果	探索银屑病关节炎治疗抵抗的免疫学机制并寻找新的治疗靶点	银屑病关节炎患者的滑液免疫细胞	免疫学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	41例银屑病关节炎患者和9例骨关节炎对照的滑液样本
344	2025-07-02	An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression 2025-05-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633 PMID:40408430	研究论文	本文展示了一种通过工程化病毒蛋白激活STAT5以增强T细胞功能的方法	利用工程化的疱疹病毒蛋白TIP非经典激活STAT蛋白，实现细胞因子非依赖的T细胞功能维持	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	解决T细胞疗法中JAK-STAT信号通路失调导致的功能障碍问题	CD8+ T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
345	2025-07-02	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域特化的分子机制	首次结合MERFISH技术和深度学习核分割，在空间单细胞分辨率水平解析人类胎儿皮层发育的分子、细胞及结构特征，并发现两种不同的皮层区域特化模式	研究仅涵盖胎儿发育期的七个时间点，未涉及出生后皮层发育过程	探究人类大脑皮层分层和区域特化的时空发育规律	人类胎儿大脑皮层	空间转录组学	NA	MERFISH（多重抗误差荧光原位杂交）、单核RNA测序、深度学习核分割	深度学习	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	超过1800万个单细胞，覆盖7个发育时间点的8个皮层区域
346	2025-07-02	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	研究论文	本研究探讨了人类特异性增强子HARE5如何通过调控神经前体细胞的增殖和神经生成能力来精细调节大脑皮层的发育和连接	揭示了HARE5通过放大经典WNT信号通路促进前体细胞增殖的新机制，阐明了HARs作为关键调控元件对人类大脑皮层扩展和复杂性的重要作用	研究主要基于小鼠和灵长类动物模型，人类大脑发育的复杂性可能未被完全模拟	探索人类特异性增强子HARE5在皮层发育中的功能机制	基因组编辑的小鼠、灵长类动物模型、人类和黑猩猩神经前体细胞及皮层类器官	神经发育生物学	NA	基因组编辑、单细胞RNA测序、固定和活体成像、谱系分析	NA	基因组数据、成像数据、转录组数据	多种动物模型和细胞系（具体数量未明确说明）
347	2025-07-02	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体(TAUT)轴在促进白血病干细胞(LSCs)生长和白血病发生中的关键作用	首次系统性地描绘了白血病进展过程中基质细胞信号的时间动态变化，并鉴定出牛磺酸作为髓系恶性肿瘤的关键调控因子	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号在白血病发生发展中的作用机制	白血病干细胞(LSCs)和骨髓基质细胞	癌症生物学	急性髓系白血病(AML)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，CRISPR筛选，多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据，CRISPR筛选数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
348	2025-07-02	Potential Key Genes for Giant Cell Arteritis Revealed Based on Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization Analysis 2025-May-09, International archives of allergy and immunology IF:2.5Q3 DOI:10.1159/000546323 PMID:40349694	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别了与巨细胞动脉炎(GCA)相关的三个关键基因，并探讨了其潜在致病机制	首次整合单细胞RNA测序、表达数量性状位点和全基因组关联研究数据，采用两样本孟德尔随机化方法探索CD4+ T细胞中标记基因对GCA发展的因果效应	研究结果需要进一步实验验证，且样本量和种族多样性可能有限	识别与GCA相关的关键基因并探索潜在致病机制	巨细胞动脉炎(GCA)患者	生物信息学	巨细胞动脉炎	单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 表达数量性状位点分析, 全基因组关联研究	两样本孟德尔随机化模型	基因组数据, 转录组数据	未明确说明样本数量
349	2025-07-02	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	研究论文	本文研究了大脑中蓝斑核（LC）及其周围异质性GABA能神经元在调节觉醒和探索行为中的作用	发现了LC周围转录、空间和功能多样的GABA能神经元群体，这些神经元通过调节LC放电模式来控制全局觉醒水平和相关行为	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索LC及其周围神经元在调节觉醒和回避状态中的分子、细胞和功能多样性	小鼠蓝斑核（LC）及其周围神经元	神经科学	神经精神疾病	病毒追踪、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、神经电生理数据	NA
350	2025-07-02	Safety and feasibility of 4-1BB co-stimulated CD19-specific CAR-NK cell therapy in refractory/relapsed large B cell lymphoma: a phase 1 trial 2025-May, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00940-3 PMID:40251398	research paper	该研究探讨了4-1BB共刺激的CD19特异性CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤中的安全性和可行性	首次在临床试验中评估了CD19-BBz CAR-NK细胞的安全性和疗效，并进行了单细胞RNA测序分析以探索疗效相关的分子特征	样本量较小（8例患者），且未达到最大耐受剂量	评估CD19-BBz CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和初步疗效	难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	大B细胞淋巴瘤	CAR-NK细胞疗法，单细胞RNA测序	NA	临床数据，RNA测序数据	8例患者
351	2025-07-02	Fusion of spatiotemporal and network models to prioritize multiscale effects in single-cell perturbations 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf277 PMID:40545244	研究论文	本文提出了一种名为Perturb-STNet的新框架，用于识别和排序单细胞扰动中的时空差异表达调控因子，以揭示疾病发展和治疗反应的关键调控网络	Perturb-STNet结合了基于网络的时空模型，能够量化复杂多细胞或多组织系统中的动态影响，特别是在具有时空分辨率的单细胞数据中	NA	识别和排序单细胞扰动中的时空差异表达调控因子，以揭示疾病发展和治疗反应的关键调控网络	单细胞数据，包括上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型的CODEX单细胞成像时间数据以及结肠炎的MERFISH空间转录组时间数据	数字病理学	肺癌, 黑色素瘤, 结肠炎	CODEX单细胞成像, MERFISH空间转录组	网络模型, 时空模型	单细胞数据, 时空数据	合成数据、上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型的CODEX单细胞成像时间数据、结肠炎的MERFISH空间转录组时间数据
352	2025-07-02	Astrocytes and Alcohol Throughout the Lifespan 2025-Apr-30, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2025.04.013 PMID:40311830	综述	本文综述了星形胶质细胞在酒精使用障碍（AUD）中的作用及其对酒精暴露的反应	首次系统回顾了星形胶质细胞在AUD中的作用，特别是单细胞RNA测序研究、星形胶质细胞异质性及其在细胞外基质重塑中的角色	关于星形胶质细胞生物学和酒精之间关系的知识仍存在空白，特别是易受酒精影响的星形胶质细胞亚群和分子的识别不足	评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的作用及其在AUD发展中的贡献	星形胶质细胞及其在酒精使用障碍和胎儿酒精谱系障碍（FASD）中的作用	神经科学	酒精使用障碍（AUD）和胎儿酒精谱系障碍（FASD）	单细胞RNA测序	NA	文献数据	NA
353	2025-07-02	T-B cell cooperation in ectopic lymphoid follicles propagates CNS autoimmunity 2025-04-25, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn2784 PMID:40279405	研究论文	本研究探讨了脑膜异位淋巴滤泡（eLF）样结构在多发性硬化症中的作用，揭示了T细胞与B细胞在其中的合作机制	首次通过单细胞RNA测序和活体成像技术直接观察T17-B细胞在eLF中的长期抗原特异性接触及其对自身反应性T细胞的再激活作用	研究基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，结果向人类疾病的直接转化需要进一步验证	阐明中枢神经系统自身免疫中T-B细胞协作的分子机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中的T细胞和B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序、活体成像	T17过继转移实验性自身免疫性脑脊髓炎模型	基因表达数据、影像数据	NA
354	2025-07-02	Single-Cell Analysis Combined with Mendelian Randomization Identifies Genes Associated with Prostate Cancer Cells 2025-Apr-23, The world journal of men's health DOI:10.5534/wjmh.240298 PMID:40583027	研究论文	本研究通过整合单细胞数据与孟德尔随机化分析，探讨了与前列腺癌细胞囊膜侵袭相关的预后基因	结合单细胞测序与孟德尔随机化分析，识别出与前列腺癌进展相关的关键基因TMEM59	样本量较小，仅包含6例前列腺癌病例的单细胞数据	研究前列腺癌囊膜侵袭相关的预后基因	前列腺癌细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, 孟德尔随机化分析, 免疫组化	hdWGCNA, Seurat	单细胞测序数据, SNP数据, 临床数据	6例前列腺癌病例的单细胞数据, 来自TCGA和GEO的临床与基因表达数据
355	2025-07-02	Identification of Recurrence-associated Gene Signatures and Machine Learning-based Prediction in IDH-Wildtype Histological Glioblastoma 2025-Apr-14, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-025-02345-4 PMID:40227386	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法，识别了IDH野生型组织学胶质母细胞瘤(GBM)复发相关的基因特征，并建立了预测模型	发现了8个与GBM复发显著相关的基因，并首次建立了基于随机森林的高精度预测模型	研究样本量相对有限，且仅针对IDH野生型GBM	探索GBM复发的分子机制并开发预测模型	IDH野生型组织学胶质母细胞瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	WGCNA, RT-qPCR, scRNA-seq, 机器学习	随机森林(RF)	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	CGGA-693队列(n=190), CGGA-325队列(n=111), 外加两个scRNA-seq数据集
356	2025-07-02	Psychological stress increases skin infection through the action of TGFβ to suppress immune-acting fibroblasts 2025-04-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ads0519 PMID:40215323	研究论文	研究心理压力如何通过TGFβ抑制免疫活性成纤维细胞增加皮肤感染	揭示了心理压力通过TGFβ介导的脑-皮肤轴抑制成纤维细胞的抗菌肽产生，从而增加皮肤感染的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究心理压力导致皮肤感染的分子机制	小鼠模型中的皮肤成纤维细胞	免疫学	皮肤感染	单细胞转录组学、脂质组学分析	小鼠压力模型	基因表达数据、脂质组数据	未明确说明的小鼠样本
357	2025-07-02	Eutopic macrophages facilitate endometriosis progression via ferroptosis-mediated release of S100A9 2025-Apr-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf027 PMID:40493892	研究论文	本研究探讨了子宫内膜异位症中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡促进疾病进展的机制	首次发现并验证了S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡机制促进子宫内膜异位症血管生成	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证尚不充分	阐明巨噬细胞在子宫内膜异位症进展中的具体作用机制	子宫内膜异位症患者的子宫内膜组织和巨噬细胞	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和体外功能实验	小鼠子宫内膜异位症模型	基因表达数据和病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类子宫内膜组织和实验小鼠
358	2025-07-02	Lysine methyltransferase SETD7 coordinates the emergence of mature and senescent subpopulations during the decidualization of endometrial stromal cells 2025-Apr-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf028 PMID:40570096	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶SETD7在子宫内膜基质细胞（EnSC）蜕膜化过程中的作用	揭示了SETD7作为EnSC蜕膜化的新型分子调节剂，特别是在稳定雌激素受体蛋白和调节细胞命运分歧中的作用	研究主要基于体外实验和公开的单细胞RNA测序数据，可能无法完全反映体内复杂环境	探究SETD7在EnSC蜕膜化过程中的分子机制及其与妊娠失败的关联	子宫内膜基质细胞（EnSC）	分子生物学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序、mRNA微阵列分析	SETD7敲除模型	RNA测序数据、微阵列数据	公开的单细胞RNA测序数据和子宫内膜组织的批量mRNA微阵列数据
359	2025-07-02	Altered immune landscape of cervical lymph nodes reveals Epstein-Barr virus signature in multiple sclerosis 2025-02-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adl3604 PMID:39982975	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和转录组与表位测序的细胞索引技术，分析了多发性硬化症(MS)患者深颈淋巴结(dcLNs)的免疫景观，揭示了EB病毒(EBV)在MS发病机制中的关键作用	首次在MS患者的dcLNs中观察到EBV驱动的B细胞失调，并检测到EBV DNA和病毒载量的增加	研究样本量有限，且仅针对新诊断未治疗的MS患者	探究EBV感染与多发性硬化症发病机制之间的关系	新诊断未治疗的多发性硬化症患者	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序, 转录组与表位测序的细胞索引	NA	RNA测序数据, 唾液样本	新诊断未治疗的MS患者样本
360	2025-07-02	Tissue extracellular vesicles suppress neonatal cardiac regeneration: a Pak2-Erk1/2-mediated macrophage paracrine signaling 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024193 PMID:39949198	研究论文	该研究探讨了心肌组织来源的细胞外囊泡（EVs）如何通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞的旁分泌活动，从而影响心肌细胞的增殖能力	首次发现P8-EVs通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞的旁分泌活动，进而抑制心肌细胞增殖	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究心肌组织来源的EVs对心肌细胞增殖能力的影响机制	小鼠心肌组织来源的EVs及巨噬细胞	细胞生物学	心血管疾病	生物信息学、高通量组学、单细胞分析	小鼠心肌梗死模型	组学数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及P1和P8两个时间点的小鼠心肌组织