单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-05-13	Unveiling the key mechanisms of FOLR2+ macrophage-mediated antitumor immunity in breast cancer using integrated single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Mar-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-01980-4 PMID:40045365	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，结合体内外实验，深入研究了FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌中的免疫功能和机制	揭示了FOLR2+巨噬细胞通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8 T细胞，从而在乳腺癌中发挥抗肿瘤免疫作用的关键机制	NA	研究FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌免疫微环境中的功能和机制	FOLR2+巨噬细胞和CD8 T细胞在乳腺癌中的作用	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
282	2025-05-13	A single-cell atlas of circulating immune cells over the first 2 months of age in extremely premature infants 2025-Mar-05, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr0942 PMID:40043141	研究论文	该研究通过单细胞技术分析了极早产婴儿在出生后前两个月外周免疫细胞的动态变化	首次对极早产婴儿外周免疫细胞进行了纵向多组学分析，揭示了其与足月婴儿不同的免疫发育轨迹	样本量较小（仅10名极早产婴儿），且未涉及更长期的随访数据	探究极早产婴儿出生后前两个月外周免疫系统的发育特征	极早产婴儿（孕周<30周）的外周免疫细胞	免疫学	早产相关疾病	单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、磷酸化蛋白质质谱流式细胞术	NA	单细胞多组学数据	10名极早产婴儿，以及健康成人、早产和足月脐带血样本作为对照
283	2025-05-13	MAEST: accurately spatial domain detection in spatial transcriptomics with graph masked autoencoder 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf086 PMID:40052440	研究论文	介绍了一种名为MAEST的新型图神经网络模型，用于在空间转录组学数据中准确识别空间域	MAEST利用图掩码自编码器去噪和精炼表示，同时结合图对比学习防止特征崩溃并增强模型鲁棒性，通过整合一跳和多跳表示有效捕捉局部和全局空间关系	NA	提高空间转录组学中空间域识别的准确性和鲁棒性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	图神经网络	图掩码自编码器	空间转录组学数据	包括人脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎等多种数据集
284	2025-05-13	Unveiling a novel cancer hallmark by evaluation of neural infiltration in cancer 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf082 PMID:40052442	research paper	该研究通过评估肿瘤微环境中的神经浸润程度，揭示了神经浸润作为癌症标志物的新角色	提出了癌症相关神经浸润评分（C-Neural score），并发现其与多种癌症不良预后相关，揭示了神经信号在肿瘤微环境中的重要作用	研究基于RNA-seq数据，需要进一步实验验证神经浸润与癌症进展的直接机制	探索神经系统在癌症发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	多种癌症类型的肿瘤微环境中的神经浸润情况	digital pathology	cancer	bulk RNA-seq, single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	40个bulk RNA-seq数据集（涵盖10种癌症类型）和55个单细胞RNA测序数据集
285	2025-05-13	ENACT: End-to-End Analysis of Visium High Definition (HD) Data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf094 PMID:40053700	research paper	开发了一个名为ENACT的端到端分析流程，用于整合高级细胞分割与Visium HD转录组数据，以推断整个组织切片中的细胞类型	提出了新颖的bin-to-cell分配方法，提高了单细胞转录估计的准确性	未明确提及具体限制	提高空间转录组学数据分析的准确性和分辨率	Visium HD转录组数据	digital pathology	NA	Visium HD技术	NA	转录组数据	多样化的合成和真实数据集，可扩展至包含数十万个细胞的样本
286	2025-05-13	STING Deficiency Promotes Th17-Like Tfh to Aggravate the Experimental Autoimmune Uveitis 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.8 PMID:40042874	研究论文	本研究探讨了STING信号调控的Th17样滤泡辅助性T细胞（Tfh）在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的致病机制	揭示了STING缺陷通过促进Th17样Tfh细胞的分化和表型转化加剧EAU炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探索STING信号在EAU发病机制中的作用	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 流式细胞术	Sting-/-基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据, 流式细胞数据	EAU小鼠和对照小鼠的引流淋巴结细胞
287	2025-05-13	Single-Cell Multiomics Analysis of Early Wound Response Programs in the Mouse Corneal Epithelium 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.9 PMID:40042873	研究论文	利用单细胞多组学分析技术研究小鼠角膜上皮早期伤口反应的基因调控程序	首次结合单细胞RNA-seq和ATAC-seq技术，系统描绘了小鼠角膜上皮在早期伤口反应中的转录组和表观遗传变化	仅关注早期伤口反应阶段，未涉及后期修复过程；研究局限于小鼠模型，人类组织的适用性有待验证	阐明伤口愈合过程中角膜上皮细胞的基因调控机制	小鼠角膜上皮细胞	单细胞多组学	角膜损伤	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 免疫荧光染色, 实时定量PCR	Seurat, ArchR, Monocle 2, CellChat, pySCENIC	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	未明确说明样本数量（包含稳态和伤口诱导的小鼠角膜上皮细胞）
288	2025-05-13	Unraveling enhanced liver regeneration in ALPPS: Integrating multi-omics profiling and in vivo CRISPR in mouse models 2025-Mar-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000630 PMID:40048448	research paper	该研究通过建立小鼠模型，结合多组学分析和CRISPR基因编辑技术，探讨了ALPPS手术在促进肝脏再生中的机制	首次整合RNA-seq、microRNA-seq和scRNA-seq分析，结合CRISPR-cas9基因编辑技术，揭示了ALPPS促进肝脏再生的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究ALPPS手术促进肝脏再生的分子机制	小鼠肝脏组织	分子生物学	肝脏疾病	RNA-seq, microRNA-seq, scRNA-seq, CRISPR-cas9	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
289	2025-05-13	Integrated Analysis to Reveal Heterogeneity of Tumor-Associated Neutrophils in Glioma 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70745 PMID:40052358	研究论文	本研究通过整合分析揭示了胶质瘤中肿瘤相关中性粒细胞（TANs）的异质性，并开发了一个预后模型	首次系统性地研究了TANs在胶质瘤中的异质性及其作用，并构建了一个基于7个基因的风险评分模型	研究主要基于RNA-seq数据，缺乏蛋白质水平的验证，且体外实验仅验证了UGCG的功能	探究TANs在胶质瘤中的异质性及其作用，并开发预后模型	胶质瘤中的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, IHC, CCK8, EdU, Transwell, TUNEL	风险评分模型	RNA-seq数据	四个独立数据集中的胶质瘤样本
290	2025-05-13	Prognostic and Therapeutic Significance of Cancer-Associated Fibroblasts Genes in Osteosarcoma Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70424 PMID:40045162	research paper	该研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了癌症相关成纤维细胞基因在骨肉瘤中的预后和治疗意义	构建了一个基于11个CAF相关基因的风险特征模型，用于预测骨肉瘤患者的预后并指导治疗策略	研究样本量较小，仅包含6名骨肉瘤患者和46,544个细胞	发现新的风险模型以更准确地预测和改善骨肉瘤患者的预后	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的细胞	digital pathology	osteosarcoma	scRNA-seq, bulk RNA-seq, microarray	Lasso-Cox regression	RNA sequencing data	6名骨肉瘤患者和46,544个细胞
291	2025-05-13	[Efficacy and mechanism of Guizhi Tongluo Tablets in alleviating atherosclerosis by inhibiting CD72hi macrophages] 2025-Mar, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20241107.707 PMID:40350913	research paper	本研究探讨了桂枝通络片(GZTL)在小鼠模型中治疗动脉粥样硬化(AS)的效果及其潜在机制	首次揭示了GZTL通过抑制CD72hi巨噬细胞(CD72hi-Mφ)活性缓解AS的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究GZTL治疗AS的药效及分子机制	ApoE敲除小鼠和AS患者	药理学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、酶联免疫吸附试验(ELISA)、实时荧光定量PCR	小鼠AS模型	基因表达数据、血清生化指标、组织病理学图像	ApoE敲除小鼠分组实验(模型组、不同剂量GZTL组、阿托伐他汀组)及对照组C57BL/6J小鼠
292	2025-05-13	Structure and Function Relationships of Mucociliary Clearance in Human and Rat Airways 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.24.572054 PMID:38187619	research paper	本研究探讨了人类和大鼠气道中黏液纤毛清除的结构与功能关系	揭示了人类和大鼠在纤毛细胞和分泌细胞分布及纤毛摆动上的物种特异性差异，并建立了评估人类气道功能的通用基准	研究主要依赖于动物模型和实验室培养的细胞，可能无法完全模拟人类气道的复杂性	研究气道结构如何影响黏液纤毛清除功能，以更好地理解相关呼吸系统疾病	人类和大鼠的气道组织	呼吸系统生理学	慢性阻塞性肺疾病(COPD)和哮喘	单细胞转录组学、物理建模	NA	生物组织样本	人类和大鼠的气道组织样本
293	2025-05-13	[Research progress on the mechanistic role and constituents of hepatic macrophages during the occurrence and development of hepatic fibrosis] 2025-Feb-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology DOI:10.3760/cma.j.cn501113-20240103-00006 PMID:40044435	review	本文综述了肝纤维化过程中巨噬细胞的机制作用和组成成分的研究进展	利用单细胞测序技术揭示了肝纤维化发生发展中的新亚型和作用模式	传统抗纤维化治疗的局限性	探讨肝纤维化中巨噬细胞的机制作用和治疗新方向	肝纤维化过程中的巨噬细胞	NA	肝纤维化	单细胞测序技术	NA	NA	NA
294	2025-05-13	[Characterization of protective effects of Jianpi Tongluo Formula on cartilage in knee osteoarthritis from a single cell-spatial heterogeneity perspective] 2025-Feb, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20240902.702 PMID:40350850	研究论文	本研究整合单细胞转录组学和空间转录组学数据挖掘技术，结合动物实验验证，系统表征健脾通络方对膝骨关节炎软骨的保护作用及其分子机制	首次从单细胞-空间异质性角度揭示膝骨关节炎炎症软骨组织的区域和细胞亚群异质性特征及动态变化，并发现NCOA4和HMGB1在调控软骨细胞自噬和炎症反应中的关键作用	研究仅基于大鼠模型和有限临床样本的转录组数据，尚未进行大规模临床验证	阐明健脾通络方对膝骨关节炎软骨保护作用的分子机制	膝骨关节炎患者的软骨组织和大鼠模型	数字病理	骨关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、实时定量PCR、Western blot、免疫组化染色	NA	转录组数据、图像数据	两个公共数据集(GSE254844和GSE255460)和建立的膝骨关节炎大鼠模型
295	2025-05-13	Single-cell RNA-Seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-Seq by genetic and contextual information 2025-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588144 PMID:38617220	research paper	该研究提出了一种名为Originator的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中分离血液污染细胞和不同遗传来源的细胞	开发了Originator这一新计算框架，能够基于遗传和上下文信息有效分离单细胞RNA测序数据中的血液污染细胞和不同遗传来源的细胞	未提及该工具在超大规模数据集上的性能表现	解决单细胞RNA测序数据中普遍存在的血液污染问题，提高数据分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	scRNA-Seq	Originator(新型计算框架)	单细胞RNA测序数据	多种人工混合数据集和真实数据集（具体数量未明确说明）
296	2025-05-13	Polymorphisms in immunosuppression-related genes are associated with AML 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530510 PMID:39975548	研究论文	研究免疫抑制相关基因多态性与急性髓系白血病（AML）的关联	首次报道了特定SNPs在AML免疫抑制相关基因中的保护性和风险性作用	样本量相对有限，未进行功能验证实验	探索免疫抑制相关基因多态性对AML易感性、治疗反应和预后的影响	307名AML患者和316名健康个体的DNA样本	血液肿瘤遗传学	急性髓系白血病	SNP基因分型（MassARRAY平台）	NA	基因型数据	307例AML患者和316例健康对照
297	2025-05-13	Unveiling macrophage dynamics and efferocytosis-related targets in diabetic kidney disease: insights from single-cell and bulk RNA-sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521554 PMID:40046045	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序揭示糖尿病肾病中巨噬细胞动态变化和胞葬作用相关靶点	阐明了巨噬细胞亚型转变的动态过程，并确定了三个关键基因作为巨噬细胞胞葬作用的关键调节因子	研究主要基于早期糖尿病肾病患者的测序数据，可能无法完全反映疾病晚期的变化	阐明糖尿病肾病中巨噬细胞异质性和表型动态变化，并确定胞葬作用中的关键靶点	糖尿病肾病患者的巨噬细胞	生物信息学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的测序数据
298	2025-05-13	Single-cell genomics and spatial transcriptomics in islet transplantation for diabetes treatment: advancing towards personalized therapies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1554876 PMID:40051625	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学在胰岛移植治疗糖尿病中的应用及其潜力	整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面解析胰岛移植中的细胞多样性和微环境	需解决伦理和技术挑战以实现这些整合方法在研究和临床实践中的成功应用	推进糖尿病治疗中的个性化疗法	胰岛移植	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
299	2025-05-13	Development of a prognostic model for hepatocellular carcinoma based on microvascular invasion characteristic genes by spatial transcriptomics sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529569 PMID:40051627	研究论文	本研究通过空间转录组测序技术，基于微血管侵犯特征基因开发了一种新的肝细胞癌预后预测模型	首次利用空间转录组测序技术筛选MVI区域特异性基因，构建了7基因预后模型，并在三个外部验证队列中证实其预测性能优于现有模型	研究样本量较小（仅4个MVI样本），需要更大规模临床验证	开发基于微血管侵犯特征基因的肝细胞癌预后预测模型	肝细胞癌患者（HCC）及微血管侵犯（MVI）样本	数字病理学	肝癌	空间转录组测序，单核RNA测序	Cox回归分析，LASSO回归，随机生存森林	基因表达数据	4个不同分级的MVI样本，三个外部验证队列
300	2025-05-13	Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480 PMID:40051633	研究论文	通过单细胞RNA测序分析CD14+CD16+单核细胞，识别出一个具有增强迁移和炎症表型的亚群	首次在CD14+CD16+单核细胞中识别出具有增强迁移和炎症表型的Group 1单核细胞亚群，并揭示了其在神经炎症疾病中的潜在作用	研究仅基于体外实验和单细胞RNA测序数据，未进行体内功能验证	探究CD14+CD16+单核细胞的异质性及其在神经炎症疾病中的作用	人类CD14+CD16+单核细胞	单细胞生物学	HIV相关神经认知障碍(HIV-NCI)	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA