单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-05-14	Molecular Mechanisms of Ischemia/Reperfusion Injury and Graft Dysfunction in Liver Transplantation: Insights from Multi-Omics Studies in Rodent Animal Models 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.109449 PMID:40083684	review	本文综述了啮齿动物缺血再灌注损伤（IRI）和肝移植（LT）模型在模拟移植物损伤和免疫排斥、开发治疗方法及评估治疗效果中的关键作用，以及多组学数据和技术在理解移植病理生理过程中的应用	强调了整合多组学数据（如单细胞RNA测序）和先进组学技术在啮齿动物模型中的应用，为理解肝移植中的病理生理过程提供了新视角	当前挑战包括跨物种验证的不足，以及需要结合更先进的单细胞、空间组学技术和机器学习算法来识别特定细胞群体中的关键调控网络	探讨肝移植中缺血再灌注损伤和移植物功能障碍的分子机制，并评估多组学数据在改善移植结果中的潜力	啮齿动物缺血再灌注损伤和肝移植模型	生物医学研究	肝移植相关疾病	单细胞RNA测序、空间组学技术、机器学习算法	啮齿动物模型	多组学数据	NA
342	2025-05-14	YBX1/CD36 positive feedback loop-mediated lipid accumulation drives metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105798 PMID:40083711	研究论文	本研究探讨了YBX1/CD36正反馈环路在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的作用及其机制	揭示了YBX1通过正反馈环路调控CD36表达，进而促进肝脏脂质积累的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的转化潜力尚需进一步验证	探究MASLD的发病机制及YBX1在其中的作用	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	肝脏疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞测序、透射电子显微镜、生物学和组织学分析	小鼠模型（YBX1敲除和LOXP小鼠）	基因表达数据、组织学图像	人类肝脏样本和小鼠模型
343	2025-05-14	Contact Cooling-Induced ELOVL4 Enhances Skin Wound Healing by Promoting the Inflammation-to-Proliferation Phase Transition 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.107871 PMID:40083712	research paper	该研究揭示了适宜温度通过诱导ELOVL4表达促进皮肤伤口愈合的机制	首次发现接触冷却通过上调ELOVL4促进伤口愈合，并鉴定DHA和EPA为其关键产物	未明确说明研究样本量及人体试验验证情况	探究温度影响皮肤伤口愈合的分子机制	皮肤伤口模型和皮肤类器官	分子生物学	皮肤创伤	bulk-和single-cell RNA测序、空间转录组分析	NA	转录组数据	NA
344	2025-05-14	NSUN2-mediated m5C modification drives alternative splicing reprogramming and promotes multidrug resistance in anaplastic thyroid cancer through the NSUN2/SRSF6/UAP1 signaling axis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104713 PMID:40083919	研究论文	本文研究了NSUN2介导的m5C修饰在未分化甲状腺癌（ATC）多药耐药性（MDR）中的作用及其机制	揭示了NSUN2通过NSUN2/SRSF6/UAP1信号轴促进ATC多药耐药性的新机制，并提出了NSUN2抑制剂作为克服MDR的新治疗策略	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	阐明ATC多药耐药性的生物学机制并寻找新的治疗靶点	未分化甲状腺癌（ATC）	癌症生物学	甲状腺癌	RNA测序（bulk和scRNA-seq）、IC测定、流式细胞术、MeRIP-seq分析、糖蛋白染色、PCR	Nsun2敲除的自发肿瘤ATC小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组学数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，但使用了ATC样本和动物模型
345	2025-05-14	YBX1-driven TUBB6 upregulation facilitates ocular angiogenesis via WNT3A-FZD8 pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104573 PMID:40083923	research paper	本研究揭示了TUBB6在眼部血管生成中的关键作用及其通过YBX1-TUBB6-WNT3A/FZD8通路的分子机制	首次发现YBX1通过结合TUBB6的3'UTR维持其mRNA稳定性，进而调控WNT3A-FZD8通路促进眼部血管生成	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探究TUBB6在病理性眼部新生血管形成中的作用机制	氧诱导视网膜病变(OIR)和激光诱导脉络膜新生血管(CNV)小鼠模型，以及糖尿病视网膜病变(PDR)和新生血管性年龄相关性黄斑变性(nAMD)患者的内皮细胞	分子生物学	眼部血管疾病	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, Transwell迁移实验, 伤口愈合实验, 管形成实验, 流式细胞术, 免疫荧光染色	基因敲除模型	RNA测序数据, 细胞功能实验数据	OIR和CNV小鼠模型，PDR和nAMD患者的内皮细胞样本
346	2025-05-14	Spatial Metabolomics and Transcriptomics Reveal Metabolic Reprogramming and Cellular Interactions in Nasopharyngeal Carcinoma with High PD-1 Expression and Therapeutic Response 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102822 PMID:40083932	研究论文	本研究通过空间代谢组学和转录组学技术，探索了鼻咽癌患者中代谢重编程和细胞间相互作用与治疗反应及PD-1表达水平的关系	首次结合空间代谢组学和转录组学技术，揭示了鼻咽癌中脂质代谢、支链氨基酸代谢和谷氨酰胺代谢的重编程与治疗反应及PD-1表达的关联，并鉴定了六个关键基因作为预后标志物	研究样本量未明确说明，且仅基于TCGA数据集进行验证，可能需要更多独立队列验证	探索鼻咽癌患者中空间代谢和基因表达变化与治疗反应及PD-1表达水平的关系	鼻咽癌患者	数字病理学	鼻咽癌	空间代谢组学(SM), 空间转录组学(ST), 免疫组化	NA	代谢组数据, 转录组数据	NA
347	2025-05-14	The allogenic non-proteinogenic amino acid BMAA-based vaccine breaks up the immune tolerance against colorectal cancer 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104722 PMID:40083927	研究论文	本文介绍了一种基于非蛋白质氨基酸BMAA的疫苗，用于打破结直肠癌的免疫耐受	利用非蛋白质氨基酸BMAA作为丝氨酸类似物，通过误掺入蛋白质产生新抗原，从而激活特异性抗肿瘤免疫反应	研究仅在结直肠癌小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	开发一种新型免疫治疗策略，通过人工引入新抗原来打破肿瘤免疫耐受	微卫星稳定型结直肠癌	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	质谱分析(MS)、单细胞测序	小鼠结直肠癌模型	蛋白质组学数据、免疫应答数据	结直肠癌小鼠模型
348	2025-05-14	The TMBIM1-YBX1 axis orchestrates MDSC recruitment and immunosuppressive microenvironment in pancreatic cancer 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.111180 PMID:40083936	研究论文	本研究探讨了TMBIM1在胰腺导管腺癌(PDAC)免疫抑制微环境中的作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了TMBIM1/YBX1轴通过上调CCL2和PD-L1表达驱动PDAC免疫逃逸的新机制，并证明TMBIM1敲除与抗PD-1联合治疗比单用抗PD-1效果更佳	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床患者中验证	探究TMBIM1在PDAC免疫抑制微环境形成中的作用机制及治疗潜力	胰腺导管腺癌细胞系(PANC-1)和C57BL/6J小鼠移植瘤模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀、ELISA、实时定量PCR、流式细胞术	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，涉及细胞系和小鼠模型
349	2025-05-14	Specific immune landscape of heatstroke distinguished from sepsis and aseptic inflammation 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.108212 PMID:40084252	研究论文	本研究通过比较热射病、败血症和无菌性炎症的免疫特征，揭示了热射病特有的免疫景观	首次详细描述了热射病的特异性免疫特征，并发现TLR4单核细胞在热射病中的相对丰度显著高于其他组	样本量相对较小（每组40例），且仅基于血液样本分析	探索热射病的特异性免疫特征，并与败血症和无菌性炎症进行区分	热射病患者、败血症患者、心肺转流术诱导的无菌性炎症患者及健康对照	免疫学	热射病	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、蛋白质芯片检测	NA	血液样本	40例热射病患者，以及相同数量的年龄和性别匹配的健康对照、败血症患者或无菌性炎症患者
350	2025-05-14	What single-cell RNA sequencing taught us about MGMT expression in glioblastoma 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdaf058 PMID:40351834	research paper	该研究利用单细胞RNA测序技术探讨了胶质母细胞瘤中MGMT基因的表达情况及其与MGMT启动子甲基化状态的关系	首次在单细胞水平上评估MGMT表达与MGMT启动子甲基化状态的关系，并发现MGMT表达呈现连续谱特征	部分样本的MGMT表达与甲基化状态不符，可能由于技术不准确或方法未明确说明	探究胶质母细胞瘤中MGMT基因表达特征及其临床意义	胶质母细胞瘤患者的单细胞RNA测序数据	digital pathology	glioblastoma	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自3项研究的公开数据（包括CPTAC、Neftel和Wang研究）
351	2025-05-14	Recombinant interleukin-7 treatment of refractory Mycobacterium avium complex lung disease (IMPULSE-7): a pilot phase II, single-center, randomized, clinical trial 2025 Jan-Dec, Therapeutic advances in infectious disease IF:3.8Q2 DOI:10.1177/20499361251339300 PMID:40351870	研究论文	评估重组白细胞介素-7（IL-7）治疗难治性鸟分枝杆菌复合体肺病（MAC-LD）的疗效和安全性	首次在难治性MAC-LD患者中评估IL-7的治疗效果，并探索其潜在的分子机制	样本量小，未能实现痰培养转阴的主要终点	评估IL-7在难治性MAC-LD患者中的治疗效果和安全性	难治性鸟分枝杆菌复合体肺病（MAC-LD）患者	临床医学	肺部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	临床数据	8名参与者
352	2025-05-14	Single-cell combined transcriptome probes prognostic mechanisms of sialylation-related genes in cervical cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1534247 PMID:40352586	research paper	本研究通过单细胞转录组分析，探索了宫颈癌中唾液酸化相关基因的预后机制，并构建了一个预后模型	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组数据分析宫颈癌中唾液酸化相关基因的预后价值，并识别出三个关键预后基因	研究仅基于有限的转录组数据集（4个）和110个唾液酸化相关基因，可能未涵盖所有相关基因和通路	开发基于唾液酸化相关特征的宫颈癌患者预后模型，并研究唾液酸化相关基因在宫颈癌中的变化	宫颈癌患者和正常组织的转录组及单细胞RNA测序数据	digital pathology	cervical cancer	scRNA-seq, qRT-PCR, LASSO Cox回归分析	LASSO, Cox回归模型, nomogram模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	4个转录组数据集（包括scRNA-seq数据）和临床样本
353	2025-05-14	Overexpression of MMP14 is associated with poor prognosis and immune cell infiltration in colon cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1564375 PMID:40352589	研究论文	本研究探讨了MMP14在结肠癌中的过度表达与不良预后及免疫细胞浸润的关系	首次将MMP14的过度表达与结肠癌的免疫细胞浸润及不良预后联系起来，并构建了一个基于MMP14共表达基因的风险预测模型	样本量较小，需要更多的体外和体内实验来验证研究结果	研究MMP14在结肠癌中的调控作用及其对预后的影响	结肠癌患者和COLO205细胞	肿瘤学	结肠癌	转录组测序、单细胞转录组分析、qRT-PCR、Western blotting、免疫荧光、HE染色	Cox回归模型	mRNA表达谱、临床数据、单细胞转录组数据	4对结肠癌患者的肿瘤和癌旁组织样本
354	2025-05-14	RGS14 binds to GNAI3 and regulates the proliferation and apoptosis of human spermatogonial stem cells by affecting PLPP2 expression and MAPK signaling 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1593595 PMID:40352663	研究论文	本研究探讨了RGS14通过结合GNAI3调控人类精原干细胞增殖和凋亡的分子机制，及其在非梗阻性无精子症中的作用	揭示了RGS14-GNAI3-PLPP2调控轴在精原干细胞稳态中的关键作用，为男性不育治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要进一步体内验证	探究非梗阻性无精子症中精原干细胞功能异常的分子机制	人类精原干细胞	生殖医学	男性不育/非梗阻性无精子症	单细胞RNA测序，免疫荧光，RNA测序分析，蛋白质相互作用分析，共免疫沉淀	NA	基因表达数据，蛋白质相互作用数据	非梗阻性无精子症患者与正常睾丸组织的精原干细胞样本
355	2025-05-14	The miR-941/FOXN4/TGF-β feedback loop induces N2 polarization of neutrophils and enhances tumor progression of lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561081 PMID:40352924	研究论文	该研究揭示了miR-941/FOXN4/TGF-β反馈环路在肺腺癌（LUAD）中诱导中性粒细胞N2极化并促进肿瘤进展的关键作用	首次发现miR-941通过FOXN4/TGF-β反馈信号环路参与N2-TAN极化并驱动LUAD进展	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究肿瘤相关中性粒细胞（TANs）中miRNA调控网络在肺腺癌进展中的作用机制	肺腺癌患者的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）及A549、H1299细胞系	肿瘤微环境	肺腺癌	单细胞RNA测序、qPCR、荧光素酶报告实验、WB、ELISA	异种移植小鼠模型	基因表达数据	未明确说明患者样本量（使用公共单细胞RNA测序数据）及细胞/动物实验样本量
356	2025-05-14	Aging-induced immune microenvironment remodeling fosters melanoma in male mice via γδ17-Neutrophil-CD8 axis 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55164-3 PMID:39738047	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了雄性小鼠中衰老如何通过γδ17-中性粒细胞-CD8轴促进黑色素瘤转移	发现了衰老通过下调S1pr1受体驱动γδ17T细胞扩增，进而招募促肿瘤中性粒细胞抑制CD8+T细胞功能的机制	研究仅针对雄性小鼠模型，未涵盖雌性个体	探究衰老免疫系统促进肿瘤转移的分子机制	雄性小鼠的肺免疫微环境	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量（基于年轻与老年雄性小鼠对比）
357	2025-05-14	Pax3/7 gene function in Oikopleura dioica supports a neuroepithelial-like origin for its house-making Fol territory 2024-12, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.012 PMID:39181419	research paper	研究Pax3/7基因在Oikopleura dioica中对其房屋制造区域Fol的功能支持，提出其可能具有神经上皮样起源	首次通过CRISPR-Cas9突变株和scRNA-seq数据分析，揭示了pax37B而非pax37A在Fol区域细胞分化中的关键作用，并提出了Fol区域高度特化的分泌上皮细胞可能维持或进化出神经上皮特征的新观点	研究仅限于Oikopleura dioica这一特定物种，结论在其他物种中的普适性有待验证	探究Pax3/7基因在Oikopleura dioica房屋制造上皮（OE）发育中的作用	Oikopleura dioica的pax37A和pax37B基因及其在OE发育中的功能	发育生物学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑、scRNA-seq	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	野生型和CRISPR-Cas9突变株的Oikopleura dioica样本
358	2025-05-14	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	研究论文	本研究整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强了对阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析能力	结合空间转录组学和单核RNA测序数据，创新性地提高了空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析的效力	研究依赖于推断的空间位置信息，可能存在一定的不准确性	增强对阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析	阿尔茨海默病相关表型（β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退）	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)	深度学习工具CelEry、线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑的背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织样本，约150万个细胞
359	2025-05-14	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570640 PMID:38106186	研究论文	通过单细胞RNA测序技术在酵母中绘制eQTL图谱，揭示了生长与繁殖之间的权衡关系	开发了一种单细胞RNA测序方法，用于在酵母中绘制eQTL图谱，并揭示了基因变异对基因表达和下游性状的精细影响	研究仅限于酵母，可能无法直接推广到其他生物系统	探究基因变异如何通过影响基因表达进而影响生物性状	酵母单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据	超过100,000个单细胞，来自三个杂交系
360	2025-05-14	Early transcriptional similarities between two distinct neural lineages during ascidian embryogenesis 2024-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.005 PMID:38878991	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了两种不同神经谱系在胚胎发育过程中的早期转录相似性	首次在基因组水平上揭示了两种不同发育来源的神经祖细胞的转录动态	转录因子结合位点富集分析显示两种神经谱系间共享的转录调控证据有限	探究不同神经谱系在逐步谱系限制过程中转录状态的相似程度	海鞘胚胎中两种不同神经谱系的前体细胞及其姐妹细胞谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	PCA分析、层次聚类	单细胞转录组数据	覆盖从16细胞期到神经板期五个连续细胞周期的高时间分辨率样本