单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-13	Protocol for interpretable and context-specific single-cell-informed deconvolution of bulk RNA-seq data 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103670 PMID:40042970	研究论文	提出一种从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息的协议	使用PLIER算法和单细胞签名训练模型CLIER，生成可解释的潜在变量	协议的具体应用和效果依赖于特定数据集和生物学背景	从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息	批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	PLIER, CLIER	RNA测序数据	NA
262	2025-05-13	A highland-adaptation variant near MCUR1 reduces its transcription and attenuates erythrogenesis in Tibetans 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100782 PMID:40043709	研究论文	通过全基因组测序和功能研究，揭示了MCUR1基因在高原适应中的新作用及其对红细胞生成的调控机制	首次发现MCUR1基因在高原适应中的关键作用，揭示了线粒体钙稳态通过CAMKK2-AMPK-mTOR轴调控红细胞生成的新机制	未明确说明样本量是否足够大以代表整个藏族和汉族人群	探索高原适应的遗传机制，特别是与红细胞生成相关的基因	藏族高原居民和汉族低地居民	基因组学	高原适应相关疾病	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及藏族高原居民和汉族低地居民
263	2025-05-13	Immunomodulatory role of the stem cell circadian clock in muscle repair 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq8538 PMID:40043110	research paper	本研究探讨了肌肉干细胞中生物钟如何调控免疫微环境以促进肌肉再生	揭示了肌肉干细胞生物钟通过NAD代谢调控炎症基因的昼夜节律性表达，并发现CCL2介导的干细胞-中性粒细胞互作具有时间依赖性	未明确说明实验所用动物模型的具体种类和数量	探究昼夜节律如何通过干细胞代谢调控肌肉再生过程中的免疫微环境	肌肉干细胞及其免疫调控功能	细胞生物学	肌肉损伤修复	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
264	2025-05-13	Transcriptomic profiling reveals mechanism, therapeutic potential, and prognostic value of cancer stemness characteristic in nasopharyngeal carcinoma 2025-Mar-07, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01561-w PMID:40053129	研究论文	通过转录组分析揭示鼻咽癌中癌症干性特征的作用机制、治疗潜力及预后价值	首次结合单细胞RNA-seq和大规模转录组数据集，利用生物信息学和机器学习技术，识别并验证了与鼻咽癌干性相关的特征（STEM-signature），并发现了四种增强鼻咽癌细胞干性特征的miRNA	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分较少，且样本量可能不足以代表所有鼻咽癌患者	探究鼻咽癌干性特征的机制及其在治疗和预后中的潜在价值	鼻咽癌细胞及其干性特征	生物信息学	鼻咽癌	单细胞RNA-seq, 转录组分析, LASSO Cox回归模型	LASSO Cox回归模型	RNA-seq数据, 转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及单细胞和批量转录组数据集
265	2025-05-13	Engineered mesenchymal stromal cells with bispecific polyvalent peptides suppress excessive neutrophil infiltration and boost therapy 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7387 PMID:40053594	研究论文	该研究通过工程化改造间充质基质细胞（MSCs），使其携带双特异性多价肽，有效抑制中性粒细胞过度浸润并增强治疗效果	利用DNA自组装技术构建双特异性多价肽修饰的MSCs，提高其归巢效率并抑制中性粒细胞浸润	研究仅在小鼠急性肝衰竭模型中验证，尚未在人类疾病中进行测试	提高MSCs在治疗炎症性疾病中的治疗效果	间充质基质细胞（MSCs）和中性粒细胞	细胞治疗	肝病	DNA自组装技术、单细胞RNA测序	小鼠急性肝衰竭模型	基因表达数据	NA
266	2025-05-13	Genetically encoded tension heterogeneity sculpts cardiac trabeculation 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads2998 PMID:40053597	research paper	研究心肌细胞命运决定机制及其在心肌模式形成中的作用	揭示了心肌细胞命运决定的遗传和细胞相互作用机制，特别是通过单细胞RNA测序和活体成像技术观察到表达变异与心肌小梁命运的关联	未提及具体样本数量，可能影响结果的普遍性	探究心肌细胞命运决定的机制及其在心肌模式形成中的作用	心肌细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、基因编码生物传感器、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	NA
267	2025-05-13	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing to predict prognosis and therapeutic response for colorectal cancer 2025-Mar-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91761-y PMID:40055390	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一个预测结直肠癌预后和治疗反应的新模型	结合单细胞和批量RNA测序数据构建预后模型，并识别出与免疫相关的关键基因和通路	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	理解结直肠癌的分子机制，识别有效的预后标志物和潜在治疗靶点	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	LASSO回归模型	RNA测序数据	来自GEO（GSE221575）和TCGA数据库的数据
268	2025-05-13	CTSO and HLA-DQA1 as biomarkers in sepsis-associated ARDS: insights from RNA sequencing and immune infiltration analysis 2025-Mar-07, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-025-10726-8 PMID:40055592	研究论文	本研究通过RNA测序和免疫浸润分析，探讨了溶酶体相关基因与脓毒症免疫微环境中溶酶体变化之间的关联	首次从生物信息学角度深入研究了溶酶体相关基因与脓毒症免疫微环境变化的关系，并鉴定了CTSO和HLA-DQA1作为脓毒症相关ARDS的生物标志物	脓毒症的病因复杂多样，且ARDS的病因也相当复杂，可能影响研究结果的普适性	探讨脓毒症中溶酶体相关基因与免疫微环境变化的关系，寻找新的临床诊断和治疗靶点	脓毒症患者及其免疫微环境	生物信息学	脓毒症	RNA测序、单细胞测序、GSEA、WGCNA	免疫浸润模型	基因表达数据	NA
269	2025-05-13	Immunosuppressive microenvironment of liver restrains chemotherapeutic efficacy in triple-negative breast cancer 2025-Mar-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010871 PMID:40050043	research paper	该研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）肝转移与原发性肿瘤在化疗疗效上的差异及其免疫微环境机制	揭示了肝转移瘤中CD8+T细胞浸润受阻和巨噬细胞活化降低是化疗疗效差的关键机制，并提出通过靶向NETs或激活巨噬细胞来增强化疗效果的新策略	研究主要基于小鼠模型和公共数据库的单细胞RNA测序数据，需要在临床样本中进一步验证	探究TNBC肝转移与原发性肿瘤化疗疗效差异的免疫微环境机制	三阴性乳腺癌（TNBC）的肝转移瘤和原发性肿瘤	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化、伤口愈合实验、集落形成实验、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、图像数据	公共数据库的单细胞RNA测序数据和小鼠模型
270	2025-05-13	Exploring the active ingredients and potential mechanisms of Pingchan granules in Parkinson's disease treatment through network pharmacology and transcriptomics 2025-Mar-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91344-x PMID:40050654	research paper	本研究通过网络药理学和转录组学探讨了平颤颗粒在帕金森病治疗中的活性成分及潜在机制	首次利用网络药理学和转录组学方法揭示了平颤颗粒的多靶点作用机制，并验证了其主要活性成分蝙蝠葛碱对SLC6A3和SRC的强结合能力	研究主要基于计算和体外数据，缺乏体内实验验证	探索平颤颗粒治疗帕金森病的分子机制	平颤颗粒及其活性成分蝙蝠葛碱	网络药理学	帕金森病	网络药理学分析、转录组学分析、分子对接、单细胞测序	随机森林模型	转录组数据、蛋白质相互作用网络数据	NA
271	2025-05-13	TRain: T-cell receptor automated immunoinformatics 2025-Mar-06, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06074-8 PMID:40050726	研究论文	介绍了一个名为TRain的Python工具，用于自动化处理T细胞受体（TCR）与肽-MHC复合物（pMHC）的结构预测和对接过程	开发了一个自动化工具TRain，整合了从TCR序列到3D TCRpMHC复合物预测的全流程，简化了复杂的免疫信息学分析步骤	依赖于现有的TCR建模流程和RosettaDock工具，可能受到这些工具本身性能的限制	简化TCR与pMHC复合物的结构预测流程，以更好地理解TCR的结合特性	T细胞受体（TCR）与肽-MHC复合物（pMHC）	免疫信息学	NA	单细胞测序、RosettaDock对接	NA	序列数据、结构数据	NA
272	2025-05-13	Unveiling ac4C modification pattern: a prospective target for improving the response to immunotherapeutic strategies in melanoma 2025-Mar-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06297-6 PMID:40050821	研究论文	本研究通过整合单细胞测序数据和转录组学数据，识别与黑色素瘤进展相关的ac4C相关基因（acRG），并评估其临床意义	开发并验证了一个卓越的acRG相关特征（acRGS），该特征在预测黑色素瘤患者总体生存率方面优于之前报道的120个特征	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探讨ac4C mRNA修饰模式是否以及如何影响黑色素瘤患者的临床结果	黑色素瘤患者	生物信息学	黑色素瘤	单细胞测序, 转录组学	机器学习算法	测序数据, 转录组数据	四个外部数据集
273	2025-05-13	Single-cell and spatial transcriptome profiling reveal CTHRC1+ fibroblasts promote EMT through WNT5A signaling in colorectal cancer 2025-Mar-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06236-5 PMID:40050872	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示CTHRC1+成纤维细胞通过WNT5A信号促进结直肠癌的上皮-间质转化	发现了CTHRC1+ CAFs与恶性上皮细胞亚型在EMT活跃空间中的共定位，并揭示了CTHRC1+ CAFs通过WNT5A-MSLN信号轴促进肿瘤侵袭的新机制	未明确说明样本量是否足够代表所有CRC亚型，且体内验证仅限于小鼠模型	解析CAFs在结直肠癌进展中的异质性作用并探索治疗靶点	结直肠癌相关成纤维细胞(CAFs)和恶性上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, 空间转录组, CellChat, NicheNet	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	未明确说明（包含小鼠异种移植模型）
274	2025-05-13	Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model 2025-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57368-7 PMID:40044684	research paper	该研究开发了一种名为HILT的系统，用于在人类化小鼠模型中追踪HIV-1感染早期ART治疗期间T细胞谱系中的病毒持久性	提出了HILT系统，这是一种不可逆标记感染细胞的模型，能够检测罕见的潜伏感染细胞	研究基于人类化小鼠模型，可能无法完全模拟人类免疫系统的复杂性	研究HIV-1感染早期ART治疗期间T细胞谱系中病毒的持久性	HIV-1感染的CD4 T细胞	病毒学	HIV感染	单细胞RNA测序	人类化小鼠模型	基因表达数据	免疫缺陷小鼠移植了基因修饰的造血干细胞
275	2025-05-13	Discovering root causal genes with high-throughput perturbations 2025-Mar-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100949 PMID:40042510	研究论文	本文提出了一种利用高通量扰动和单细胞RNA测序数据识别根因果基因的新方法	首次提出从数据中识别根因果基因的算法，并开发了一种新的统计方法来识别特定患者的根因果基因	RNA测序数据存在测量误差、高维性和非线性等挑战，可能影响根因果效应的准确估计	开发一种能够识别疾病起始阶段根因果基因的方法，以促进针对疾病早期阶段的治疗开发	基因表达水平和根因果基因	生物信息学	黄斑变性和多发性硬化症	Perturb-seq和RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	NA
276	2025-05-13	MCT4: a key player influencing gastric cancer metastasis and participating in the regulation of the metastatic immune microenvironment 2025-Mar-05, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06279-8 PMID:40045374	research paper	本研究探讨了MCT4在胃癌转移及转移性免疫微环境调节中的关键作用	首次全面分析了MCT4对胃癌及其微环境影响的机制，并通过多组学分析和实验验证揭示了MCT4与免疫抑制微环境的关系	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证的样本量可能有限	阐明MCT4在胃癌发生发展和转移中的作用机制	胃癌细胞、胃癌患者组织样本	肿瘤生物学	胃癌	单细胞测序、转录组测序、免疫组化、多重免疫荧光	胃癌肝转移模型、皮下肿瘤模型	测序数据、图像数据	临床胃癌患者的肿瘤和正常组织样本
277	2025-05-13	Progressive T cell exhaustion and predominance of aging tissue associated macrophages with advancing disease stage in penile squamous cell carcinoma 2025-Mar-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89760-0 PMID:40044748	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了阴茎鳞状细胞癌（PSCC）肿瘤免疫微环境的变化，揭示了疾病进展和HPV感染状态对免疫细胞组成的影响	首次在PSCC中系统描述了从局部到晚期疾病过程中免疫微环境的动态变化，并比较了HPV阳性和阴性肿瘤的免疫特征差异	样本量较小（仅10例PSCC组织样本），且未探讨观察到的免疫表型变化与临床预后的直接关联	阐明PSCC肿瘤免疫微环境在疾病进展和不同HPV感染状态下的变化特征，寻找晚期PSCC的潜在免疫逃逸机制	阴茎鳞状细胞癌（PSCC）患者的肿瘤组织样本（包括原发灶、淋巴结和远处转移灶）	肿瘤免疫学	阴茎癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	10例PSCC组织样本（包括4组匹配的原发灶和淋巴结样本）
278	2025-05-13	New mouse models for exploring renal tumor extension into the inferior vena cava 2025-Mar-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07757-x PMID:40044768	research paper	本研究开发了两种小鼠模型，用于探索肾肿瘤向下腔静脉的扩展	首次在BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠中开发了两种IVCTT模型，并成功使用人类肿瘤细胞系在BALB/c nu/nu小鼠中创建了IVCTT模型	免疫缺陷小鼠中的IVCTT进展速度远快于免疫正常小鼠，且淋巴细胞较少	阐明肾肿瘤向下腔静脉扩展的发病机制、识别治疗靶点并筛选有效药物	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠，以及人类肿瘤细胞系	digital pathology	renal tumor	单细胞转录组测序、免疫组织化学和多重免疫组织化学	mouse models	NA	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠
279	2025-05-13	A comprehensive analysis of scRNA-Seq and RNA-Seq unveils B cell immune suppression in the AAV-loaded brain 2025-Mar-05, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-025-09609-6 PMID:40044925	研究论文	通过scRNA-Seq和RNA-Seq综合分析，揭示了AAV载体在大脑中引发的B细胞免疫抑制机制	利用转录组和单细胞RNA测序数据结合孟德尔随机化分析，发现了XBP1蛋白通过MDK-NCL配体-受体对及相关基因在大脑中介导B细胞免疫抑制的潜在作用	研究初步探索了AAV载体在大脑中的免疫抑制机制，但需要进一步研究免疫调节网络中的调控因子和通路	探究AAV载体在大脑中引发的免疫反应及其抑制机制	AAV载体在大脑中引发的免疫反应及B细胞免疫抑制	基因治疗	遗传性疾病	scRNA-Seq, RNA-Seq, 孟德尔随机化分析	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	NA
280	2025-05-13	Bystander neuronal progenitors in forebrain organoids promote protective antiviral responses 2025-Mar-05, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03381-y PMID:40045355	研究论文	研究探讨了神经元间通讯在介导内在神经元免疫反应及限制病毒感染中的作用	揭示了在三维前脑类器官中，神经元与旁观神经前体细胞之间通过I型干扰素信号传导的抗病毒交叉对话	在二维培养中观察到的动态反应未能限制病毒传播	探究神经元内在免疫反应在抗病毒保护中的作用	神经元和旁观神经前体细胞	神经科学	病毒性脑炎	空间转录组学	前脑类器官	转录组数据	NA