单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-21	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Mar-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本研究通过建立高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了非洲锥虫抗原表达层次性的基因组决定因素	首次在单细胞水平上追踪了锥虫抗原转换过程中的转录组变化和基因组重排，揭示了修复序列可用性在抗原选择机制中的关键作用	研究仅限于模型原生动物寄生虫Trypanosoma brucei，结果在其他病原体中的普适性尚待验证	揭示非洲锥虫抗原表达层次性的分子机制	Trypanosoma brucei寄生虫	基因组学	寄生虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个锥虫细胞
262	2025-05-21	Divergence in cellular markers observed in single-cell transcriptomics datasets between cultured primary trabecular meshwork cells and tissues 2025-Feb-14, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04528-5 PMID:39952952	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序比较了原代人类小梁网细胞培养物与小梁网组织的细胞标记差异	首次报道了原代人类小梁网细胞培养物与组织的单细胞RNA测序比较研究	研究样本量相对较小(14个样本)，且仅包含4个青光眼患者样本	探究原代人类小梁网细胞培养物与组织在细胞标记上的差异	人类小梁网细胞和组织	单细胞转录组学	青光眼	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	14个原代人类小梁网细胞培养样本(包含4个青光眼患者样本)
263	2025-05-21	Single-Cell RNA Sequencing on Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Identified Multi-Ciliary Cells in Breast Cancer 2025-01-29, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030197 PMID:39936988	研究论文	评估福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本和新鲜固定（FF）样本在单细胞RNA测序（scRNAseq）中的适用性	首次在乳腺癌中鉴定并验证了多纤毛肿瘤细胞（MCCs）这一先前认知不足的亚群	仅分析了两种乳腺癌亚型（IDC和ILC）的四个样本，样本量有限	评估FFPE和FF样本在scRNAseq中的适用性，并探索乳腺癌细胞亚群	乳腺癌组织样本（包括IDC和ILC）	数字病理学	乳腺癌	scRNAseq, IHC, FISH, 电子显微镜	NA	RNA测序数据, 图像数据	4个乳腺癌样本（2种亚型）用于主要分析，214个ER阳性浸润性癌用于FOXJ1验证
264	2025-05-21	Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.610985 PMID:39896657	研究论文	研究探讨了血管紧张素II（AngII）对近端胸主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞的转录组影响，并比较了不同胚胎起源细胞的差异	揭示了AngII诱导的转录组变化在不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞中的差异，并发现了一个新的成纤维细胞亚群	研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变的病理前期阶段，未涉及更长期的病理变化	探究AngII对不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞转录组的影响	近端胸主动脉中的平滑肌细胞和成纤维细胞	心血管疾病	胸主动脉病变	单细胞RNA测序	Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠
265	2025-05-21	A panoramic view of cell population dynamics in mammalian aging 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn3949 PMID:39607904	研究论文	本文通过单细胞转录组图谱PanSci，揭示了哺乳动物衰老过程中细胞群体动力学的全景视图	提出了PanSci单细胞转录组图谱，分析了超过2000万细胞，揭示了3000多种细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体，发现了器官、谱系和性别特异性的细胞动力学变化	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类衰老过程	阐明衰老相关的细胞群体动力学	小鼠组织中的细胞群体	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过2000万细胞，来自623个小鼠组织样本
266	2025-05-21	Cholecystokinin (CCK) Is a Mediator Between Nutritional Intake and Gonadal Development in Teleosts 2025-01-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020078 PMID:39851506	research paper	该研究探讨了胆囊收缩素（CCK）在鱼类营养摄入与性腺发育之间的中介作用	首次发现CCK通过下丘脑-垂体-性腺（HPG）轴调控鱼类繁殖，并揭示了CCK对GnRH3和FSH的刺激作用	研究主要基于草鱼模型，结果在其他鱼类中的普适性尚需验证	阐明营养摄入影响性腺发育的分子机制	草鱼的下丘脑-垂体-性腺轴	NA	NA	单细胞RNA测序、原代细胞培养	NA	基因表达数据	NA
267	2025-05-21	Comprehensive Analysis Identifies THEMIS2 as a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Glioblastoma 2025-01-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020066 PMID:39851494	research paper	该研究首次将THEMIS2鉴定为胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞介导的免疫抑制的关键调控因子	首次发现THEMIS2在胶质母细胞瘤免疫抑制中的关键作用，并证实其与患者预后不良和免疫细胞浸润增加相关	未提及研究样本量大小，且需要进一步实验验证THEMIS2作为治疗靶点的可行性	探索胶质母细胞瘤免疫逃逸机制并寻找新的预后标志物和治疗靶点	胶质母细胞瘤患者样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
268	2025-05-21	Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages 2025-Jan, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100189 PMID:40212045	研究论文	本研究通过多重免疫荧光染色、高级图像分析和单细胞RNA测序技术，对健康和小鼠肝脏疾病中的巨噬细胞进行了特征分析	识别了坏死病变相关巨噬细胞，并揭示了它们在坏死病变清除中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	研究肝脏巨噬细胞的异质性、空间分布及其在肝脏损伤和修复中的作用	健康和小鼠肝脏疾病中的巨噬细胞	数字病理学	肝脏疾病	多重免疫荧光染色、高级图像分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像、基因表达数据	健康和小鼠肝脏疾病模型
269	2025-05-21	Skeletal stem/progenitor cell-derived rather than osteoblast-derived IGF2 supports the development and homeostasis of skeletal system via STAT3 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.112605 PMID:40384861	research paper	该研究揭示了骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）而非成骨细胞来源的IGF2通过STAT3信号支持骨骼系统的发育和稳态	首次明确了SSPCs来源的IGF2在骨骼发育中的作用机制，并发现STAT3的药理激活可逆转骨骼畸形	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中验证	探究IGF2基因在骨骼发育和稳态中的作用机制	小鼠模型和骨髓间充质干细胞（BMSCs）	分子生物学	骨骼畸形（Silver-Russell Syndrome）	scRNA-seq, RNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	多种基因敲除小鼠模型及其BMSCs
270	2025-05-21	Single-cell RNA sequencing of adult primate neocortex reveals the regulatory dynamics of neural plasticity 2025, American journal of translational research IF:1.7Q4 DOI:10.62347/ZEOR5569 PMID:40385068	研究论文	通过单细胞RNA测序研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态，揭示神经可塑性的分子基础	揭示了SST+和PVALB+神经元的不同谱系及与神经可塑性和轴突生长相关的关键基因	研究仅关注了视觉皮层中的抑制性神经元，可能无法全面反映整个新皮质的基因表达动态	研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态及其分子机制	成年食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA velocity、scVelo算法	NA	单细胞转录组数据	食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元
271	2025-05-21	Intra-tumoural RAMP1+ B cells promote resistance to neoadjuvant anti-PD-1-based therapy in oesophageal squamous cell carcinoma 2025, Immunotherapy advances IF:4.1Q2 DOI:10.1093/immadv/ltaf012 PMID:40385640	研究论文	本研究探讨了食管鳞状细胞癌(ESCC)中B细胞亚群及其上游信号在免疫治疗抵抗中的作用	发现了一种新型的RAMP1阳性B细胞亚群，该细胞群在免疫治疗抵抗的ESCC中积累，并通过CGRP-RAMP轴介导免疫抑制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探究ESCC对免疫治疗产生抵抗的机制	食管鳞状细胞癌患者样本	肿瘤免疫学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	具有不同免疫治疗反应的ESCC标本
272	2025-05-21	Targeting Tumor Differentiation Grade-related Genes Prognostic Signature Including COL5A1 Based on Single-cell RNA-seq in Gastric Cancer 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.107509 PMID:40386054	research paper	该研究基于单细胞RNA测序技术，在胃癌中鉴定了一个新的肿瘤分化等级相关基因预后标志物，并提供了新的生物标志物	首次在胃癌中基于单细胞RNA测序数据构建肿瘤分化等级相关基因预后标志物，并发现COL5A1作为潜在生物标志物	研究样本量未明确说明，且仅基于GEO数据库的公开数据	探索胃癌中肿瘤分化等级相关基因的预后价值并建立预后标志物	胃癌组织和相关基因	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, WGCNA, H&E染色	Cox回归模型	RNA-seq数据	NA
273	2025-05-21	IL7-IL7R Interaction Mediates Fibroblast-Driven Macrophage-to-Osteoclast Differentiation in Periodontitis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S524284 PMID:40386183	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了IL7R+巨噬细胞在牙周炎中作为破骨细胞前体的作用及其调控机制	首次发现IL7R+巨噬细胞亚群具有显著的破骨细胞分化潜能，并阐明IL7/IL7R信号轴在其中的关键作用	NA	鉴定牙周炎中具有破骨细胞生成潜能的巨噬细胞亚群及其调控机制	人类和小鼠牙周炎样本中的巨噬细胞和单核细胞	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、TRAP染色、micro-CT、qPCR、流式细胞术、免疫荧光染色	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
274	2025-05-21	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Explore Purine Metabolism-Related Prognostic Risk Model and Tumor Immune Microenvironment Modulation in Ovarian Cancer 2025, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/5530325 PMID:40386292	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学探索嘌呤代谢相关的预后风险模型及卵巢癌肿瘤免疫微环境调控	首次构建基于12个嘌呤代谢相关基因的预后模型，并发现NME6+上皮细胞高表达组与更好的预后相关	研究依赖于公共数据集，缺乏独立队列验证	探索嘌呤代谢在卵巢癌预后及免疫微环境调控中的作用	卵巢癌患者样本及细胞系	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序，空间转录组学，RT-qPCR	LASSO回归模型	基因表达数据	来自不同公共数据集的样本，具体数量未明确说明
275	2025-05-21	Spatial transcriptomics reveals substantial heterogeneity in triple-negative breast cancer with potential clinical implications 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54145-w PMID:39592577	研究论文	利用空间转录组学技术研究三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤组织结构和细胞组成，揭示其高度异质性及潜在的临床意义	首次通过空间转录组学全面解析TNBC肿瘤微环境的空间组织特征，并发现与疾病预后和免疫治疗反应相关的基因特征及九种空间原型	样本量相对有限（92例患者），且空间转录组学技术本身可能存在分辨率限制	探索三阴性乳腺癌的肿瘤空间异质性及其临床相关性	92例三阴性乳腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	三阴性乳腺癌	空间转录组学	逐步聚类分析	空间转录组数据	92例患者肿瘤样本
276	2025-05-21	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-11-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54581-8 PMID:39580490	研究论文	本文介绍了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究金黄色葡萄球菌在生物膜生长过程中的多样性及免疫细胞暴露后的转录适应	开发了BaSSSh-seq方法，能够在单细胞分辨率下捕捉生物膜转录异质性及对不同免疫压力的差异反应	NA	探索生物膜动态及其对环境信号和免疫压力的适应机制	金黄色葡萄球菌生物膜	微生物学	细菌感染	单细胞RNA测序(BaSSSh-seq)	NA	RNA-seq数据	NA
277	2025-05-21	Single-cell transcriptomics unveils molecular signatures of neuronal vulnerability in a mouse model of prion disease that overlap with Alzheimer's disease 2024-11-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54579-2 PMID:39580485	研究论文	利用单细胞转录组学揭示朊病毒疾病小鼠模型中神经元脆弱性的分子特征，并与阿尔茨海默病有重叠	首次在朊病毒疾病模型中应用单细胞转录组学技术识别脆弱神经元亚群，并发现与阿尔茨海默病共享的脆弱性相关转录本	研究仅使用雌性小鼠模型，未验证其他性别或物种的适用性	探究特定神经元对错误折叠蛋白导致的功能障碍和死亡更敏感的原因	朊病毒感染雌性小鼠的活体神经元	神经科学	神经退行性疾病/朊病毒疾病/阿尔茨海默病	单细胞转录组学	小鼠朊病毒疾病模型	基因表达数据	未明确说明数量的朊病毒感染雌性小鼠神经元样本
278	2025-05-21	Immunotherapy that improves response to chemotherapy in high-grade serous ovarian cancer 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54295-x PMID:39578450	研究论文	通过单细胞RNA测序分析高级别浆液性卵巢癌中的肿瘤浸润免疫细胞，发现可增强新辅助化疗反应的潜在靶点	发现并验证了STAB1和FOXP3作为增强化疗反应的潜在靶点，并在小鼠模型中验证了靶向这些分子的治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索提高高级别浆液性卵巢癌对新辅助化疗反应的新方法	高级别浆液性卵巢癌患者和小鼠模型中的肿瘤浸润免疫细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞转录组数据	64,097个患者细胞和69,781个小鼠模型细胞
279	2025-05-21	Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54571-w PMID:39578482	研究论文	该研究探讨了来那度胺在多发性骨髓瘤治疗中引起的纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）的机制	发现来那度胺通过增加红细胞上MHC-I分子的表达，激活CD8 T细胞，从而抑制红细胞生成	研究仅基于一个病例，需要更多样本验证	探究来那度胺诱导PRCA的分子机制	多发性骨髓瘤患者	血液病学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	1例多发性骨髓瘤患者
280	2025-05-21	A developmental biliary lineage program cooperates with Wnt activation to promote cell proliferation in hepatoblastoma 2024-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53802-4 PMID:39567523	研究论文	本研究利用组织学引导和空间转录组学技术，探讨了肝母细胞瘤中发育胆道谱系程序与Wnt激活协同促进细胞增殖的机制	揭示了胚胎胆道转录因子SOX4和生长因子FGF19在肝母细胞瘤增殖异质性中的关键作用，提出了一种非遗传性肿瘤演化机制	研究主要基于体外肿瘤模型，可能无法完全反映体内肿瘤微环境的复杂性	阐明肝母细胞瘤中细胞增殖异质性的分子机制	肝母细胞瘤组织和患者来源的肿瘤类器官	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	空间转录组学	肿瘤类器官模型	转录组数据	NA