单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27747 篇文献，本页显示第 22381 - 22400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22381 | 2024-08-08 |
CrossTalkeR: analysis and visualization of ligand-receptorne tworks
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab370
PMID:35032393
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研究论文 | CrossTalkeR框架用于分析和可视化配体-受体网络交互，特别关注于对比两种生物表型（如疾病与稳态）时细胞间通讯的变化 | CrossTalkeR能够识别导致细胞通讯变化的相关配体、受体和细胞类型，并提供特定细胞类型、配体或受体的聚焦分析 | 当前方法通常只提供推断的配体-受体交互列表，且多数方法无法量化两种生物表型间细胞间通讯的变化 | 开发一种新的框架来分析和可视化配体-受体网络交互，以更好地理解细胞间通讯在不同生物表型中的变化 | 配体、受体和细胞类型在两种生物表型（如疾病与稳态）中细胞通讯的变化 | 生物信息学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 涉及人类骨髓增殖性肿瘤的单细胞RNA-seq数据 |
| 22382 | 2024-08-08 |
Single-cell reconstruction with spatial context of migrating neural crest cells and their microenvironments during vertebrate head and neck formation
2021-11-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199468
PMID:35020873
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研究论文 | 本文通过无标记、未分类的单细胞RNA测序技术，保留空间信息，研究了迁移中的神经嵴细胞及其微环境的转录状态，以及前四个鸡头至心脏的鳃弓（BA1-4）的细胞景观。 | 本文首次识别了迁移神经嵴细胞的新标记物和266个普遍存在于BA1-4流的入侵基因，并通过扰动分析和时间流逝成像揭示了这些基因的功能角色。 | NA | 阐明多能神经嵴细胞在脊椎动物胚胎中的分化和入侵动态。 | 迁移中的神经嵴细胞及其微环境，以及前四个鸡头至心脏的鳃弓（BA1-4）。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 涉及前四个鸡头至心脏的鳃弓（BA1-4）的细胞。 |
| 22383 | 2024-08-08 |
Prestin and electromotility may serve multiple roles in cochlear outer hair cells
2022-09-15, Hearing research
IF:2.5Q1
DOI:10.1016/j.heares.2021.108428
PMID:34987016
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了野生型、prestin敲除和499敲入小鼠的外毛细胞转录组，探讨了prestin及其电运动性在外毛细胞中的多重作用。 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了prestin敲除小鼠外毛细胞中脂质代谢和细胞死亡途径的基因表达增加，以及499敲入小鼠中局部神经网络的变化。 | scRNA-Seq转录组学和途径分析未能揭示与prestin敲除和499敲入小鼠外毛细胞损失相关的共同途径。 | 揭示引发外毛细胞死亡的分子途径，并探讨prestin及其电运动性在外毛细胞中的作用。 | 野生型、prestin敲除和499敲入小鼠的外毛细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 野生型、prestin敲除和499敲入小鼠的外毛细胞样本。 |
| 22384 | 2024-08-08 |
The Type 2 Asthma Mediator IL-13 Inhibits Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Infection of Bronchial Epithelium
2022-04, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2021-0364OC
PMID:34982656
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研究论文 | 研究探讨了IL-13在抑制SARS-CoV-2感染支气管上皮细胞中的作用 | 首次揭示了IL-13对SARS-CoV-2感染的影响，并发现IL-13通过调节特定mRNA的表达来抑制病毒复制 | 研究主要集中在体外细胞实验，尚未在临床环境中验证IL-13的效果 | 探究IL-13在SARS-CoV-2感染中的作用及其潜在的保护机制 | 人支气管上皮细胞（HBECs）和SARS-CoV-2病毒 | NA | 哮喘 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及多种细胞类型和个体样本 |
| 22385 | 2024-08-08 |
Acquisition, processing, and single-cell analysis of normal human breast tissues from a biobank
2022-03-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.101047
PMID:34977686
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研究论文 | 本文报告了从志愿者捐赠者中获取和处理正常人类乳腺组织的流程，并描述了一个实验和分析管道，用于生成基于单细胞RNA测序的单细胞图谱 | 该研究首次利用单细胞RNA测序技术生成正常人类乳腺组织的单细胞图谱，有助于推导乳腺上皮细胞亚群特异性的基因表达特征 | NA | 旨在生成正常人类乳腺组织的单细胞图谱，并推导乳腺上皮细胞亚群特异性的基因表达特征 | 正常人类乳腺组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自志愿者捐赠者的正常人类乳腺组织样本 |
| 22386 | 2024-08-08 |
scPretrain: multi-task self-supervised learning for cell-type classification
2022-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac007
PMID:34999749
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研究论文 | 本文提出了一种名为scPretrain的多任务自监督学习方法，用于细胞类型分类，该方法结合了标注和未标注的细胞数据进行训练 | scPretrain利用多任务学习框架，在预训练阶段使用未标注细胞的伪标签训练特征提取编码器，然后在微调阶段使用有限的标注细胞进行微调，有效利用了大量未标注数据 | NA | 旨在通过多任务自监督学习方法改进单细胞RNA测序数据的细胞类型分类 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 多任务学习框架 | 基因表达数据 | 60个来自不同技术、物种和器官的多样化数据集 |
| 22387 | 2024-08-08 |
scNAME: neighborhood contrastive clustering with ancillary mask estimation for scRNA-seq data
2022-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac011
PMID:34999761
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研究论文 | 本文提出了一种名为scNAME的新型scRNA-seq聚类算法，该算法结合了基因相关性挖掘的掩码估计任务和细胞内在结构利用的邻域对比学习框架 | 首次在单细胞领域引入基因关系探索策略和全局细胞相似性存储库，通过掩码估计任务和邻域对比学习提高聚类的准确性和鲁棒性 | NA | 提高scRNA-seq数据聚类分析的准确性和鲁棒性，特别是罕见细胞类型的识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 对比学习框架 | 基因表达数据 | 通过对比学习引入的增强数据增加了每个聚类中的样本数量 |
| 22388 | 2024-08-08 |
Vitamin C Deficiency Causes Cell Type-Specific Epigenetic Reprogramming and Acute Tubular Necrosis in a Mouse Model
2022-03, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021070881
PMID:34983833
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研究论文 | 本文研究了维生素C缺乏对小鼠模型中细胞特异性表观遗传重编程和急性肾小管坏死的影响 | 首次揭示了维生素C缺乏通过表观遗传修饰导致急性肾小管坏死的作用机制 | NA | 探讨维生素C在肾脏稳态和发病机制中的表观遗传调控作用 | 维生素C缺乏小鼠模型的肾脏细胞 | NA | 肾脏疾病 | 全基因组亚硫酸氢盐测序、甲基化RNA免疫沉淀测序、单细胞RNA测序 | NA | DNA/RNA | 维生素C缺乏小鼠模型（Gulo敲除）的肾脏细胞 |
| 22389 | 2024-08-08 |
Endogenous hydrogen sulfide promotes human preimplantation embryonic development by regulating metabolism-related gene expression
2022-03-01, Nitric oxide : biology and chemistry
DOI:10.1016/j.niox.2021.12.008
PMID:34995767
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研究论文 | 研究探讨了内源性硫化氢（HS）对人类早期胚胎发育的促进作用及其通过调节代谢相关基因表达的机制 | 首次揭示了HS在胚胎发育中的作用，并通过单细胞RNA测序和基因本体（GO）富集分析等方法，详细分析了HS处理后差异表达基因及其生物学功能 | 研究主要集中在体外实验，未来需要进一步的体内实验验证HS对胚胎发育的影响 | 探究内源性硫化氢对人类早期胚胎发育的影响及其分子机制 | 人类早期胚胎，特别是裂解期和囊胚期的胚胎 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序，实时RT-PCR | NA | RNA | 捐赠的人类裂解期和囊胚期胚胎样本 |
| 22390 | 2024-08-08 |
Aging-related olfactory loss is associated with olfactory stem cell transcriptional alterations in humans
2022-02-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI155506
PMID:34990409
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研究论文 | 研究探讨了衰老相关嗅觉丧失与人类嗅觉干细胞转录改变之间的关系 | 首次通过单细胞RNA测序和培养模型研究了衰老嗅觉上皮干细胞的炎症相关变化 | NA | 探索衰老相关嗅觉丧失的细胞和分子机制 | 人类嗅觉上皮干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括老年嗅觉丧失患者的嗅觉黏膜活检样本 |
| 22391 | 2024-08-08 |
To the bones: mapping the skeletal LEPR+ pool to component cell types
2022-02-15, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021110343
PMID:35005783
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，分析了在稳态和多种病理条件下LEPR阳性骨骼细胞的组成和功能 | 首次详细解析了LEPR阳性骨骼前体细胞在不同生理和病理条件下的异质性 | NA | 揭示LEPR阳性骨骼前体细胞的异质性及其在不同条件下的功能 | LEPR阳性骨骼前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 22392 | 2024-08-08 |
Human CD206+ macrophages associate with diabetes and adipose tissue lymphoid clusters
2022-02-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.146563
PMID:34990410
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研究论文 | 本文研究了肥胖和糖尿病患者脂肪组织中三种主要脂肪组织巨噬细胞（ATMs）亚型的特征及其与2型糖尿病的关系 | 首次详细描述了人类脂肪组织巨噬细胞亚型在肥胖和糖尿病中的基因表达特征 | 研究样本仅限于肥胖和糖尿病患者，可能限制了结果的普遍性 | 探讨脂肪组织巨噬细胞亚型与肥胖和糖尿病的关联 | 肥胖和糖尿病患者的脂肪组织巨噬细胞亚型 | NA | 糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 来自糖尿病和非糖尿病肥胖参与者的内脏脂肪组织（VAT）和皮下脂肪组织（SAT）样本 |
| 22393 | 2024-08-08 |
ID2 controls differentiation of enteroendocrine cells in mouse small intestine
2022-02, Acta physiologica (Oxford, England)
DOI:10.1111/apha.13773
PMID:34985199
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研究论文 | 本文研究了螺旋-环-螺旋转录因子ID2在小鼠小肠内分泌细胞分化中的作用 | 首次揭示了ID2在成年小肠中对内分泌细胞命运决定的重要作用，包括建立前后轴的内分泌细胞分化梯度和抑制向簇状细胞谱系的转化 | NA | 探究ID2在小鼠小肠内分泌细胞分化中的作用 | 小鼠小肠中的内分泌细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用遗传修饰的小鼠和类器官测定 |
| 22394 | 2024-08-08 |
Ponesimod inhibits astrocyte-mediated neuroinflammation and protects against cingulum demyelination via S1P1 -selective modulation
2022-02, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202101531R
PMID:34986275
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研究论文 | 本文研究了ponesimod通过选择性调节S1P1受体抑制星形胶质细胞介导的神经炎症并保护大脑扣带回免受脱髓鞘的作用 | ponesimod通过其对S1P受体的选择性作用，可能触及与现有S1PR调节剂不同的中枢神经系统机制 | NA | 探讨ponesimod在多发性硬化症治疗中的中枢神经系统作用机制 | ponesimod对S1PR的内吞和结合、人星形胶质细胞信号传导和单细胞RNA测序基因表达的影响，以及在体内对小鼠铜绿假单胞菌诱导的脱髓鞘的影响 | NA | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 22395 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals altered NK cell subsets and reduced levels of cytotoxic molecules in patients with ankylosing spondylitis
2022-02, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17159
PMID:34994057
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了强直性脊柱炎患者和健康对照者的外周血单个核细胞，揭示了NK细胞亚群和细胞毒性分子水平的改变 | 首次在单细胞分辨率下揭示了强直性脊柱炎患者外周循环中NK细胞亚群和细胞毒性特征的改变 | 研究仅限于外周血单个核细胞，未涉及其他组织或器官 | 探究强直性脊柱炎发病机制中的NK细胞亚群和细胞毒性分子变化 | 强直性脊柱炎患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 强直性脊柱炎患者和健康对照者的外周血单个核细胞样本 |
| 22396 | 2024-08-08 |
Obesity modulates cell-cell interactions during ovarian folliculogenesis
2022-Jan-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103627
PMID:35005562
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了肥胖如何影响卵巢卵泡细胞及其相互作用 | 首次系统揭示了肥胖条件下卵巢卵泡细胞亚群的变化及其相互作用机制 | NA | 探究肥胖对卵巢卵泡发生过程中细胞间相互作用的影响 | 肥胖和正常饮食的小鼠模型中的卵巢卵泡细胞 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 肥胖和正常饮食的小鼠模型 |
| 22397 | 2024-08-08 |
SARS-CoV-2 reactive and neutralizing antibodies discovered by single-cell sequencing of plasma cells and mammalian display
2022-01-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.110242
PMID:34998467
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研究论文 | 本文介绍了一种结合单细胞抗体谱测序和哺乳动物展示的技术流程，用于研究16名康复患者血浆细胞的特异性，并发现针对SARS-CoV-2抗原的高亲和力中和抗体 | 首次利用单细胞测序和哺乳动物展示技术研究血浆细胞的特异性，并发现了一系列针对SARS-CoV-2的高亲和力中和抗体 | NA | 研究SARS-CoV-2感染后血浆细胞的特异性及其产生的中和抗体 | SARS-CoV-2感染的康复患者血浆细胞及其产生的中和抗体 | 生物技术 | COVID-19 | 单细胞测序，哺乳动物展示 | NA | 抗体谱 | 16名康复患者 |
| 22398 | 2024-08-08 |
Dense functional and molecular readout of a circuit hub in sensory cortex
2022-Jan-07, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abl5981
PMID:34990233
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研究论文 | 本文通过结合双光子钙成像和空间转录组学技术，研究了初级体感皮层中层2或3的主要神经亚类的行为相关反应，并探讨了分子分类与功能角色的关系。 | 本文首次识别了一种名为Baz1a的兴奋性内丘脑细胞类型，该细胞类型具有高度的触觉特征选择性，并能在家养状态下维持刺激反应性。 | NA | 探讨分子分类是否能预测不同的功能角色 | 初级体感皮层中层2或3的主要神经亚类 | 数字病理学 | NA | 双光子钙成像，空间转录组学 | NA | 图像 | 小鼠 |
| 22399 | 2024-08-08 |
Stress conditions promote Leishmania hybridization in vitro marked by expression of the ancestral gamete fusogen HAP2 as revealed by single-cell RNA-seq
2022-01-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.73488
PMID:34994687
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研究论文 | 本文研究了在DNA损伤压力条件下，利什曼原虫在体外培养中混合的能力增强，并通过单细胞RNA测序揭示了与祖先配子融合蛋白HAP2表达相关的转录组特征。 | 首次展示了在DNA损伤压力下，利什曼原虫在体外培养中混合效率的显著提高，并扩展到其他物种，能够生成种内和种间杂交体。 | NA | 研究利什曼原虫在体外培养中混合的能力及其转录组特征。 | 利什曼原虫的混合能力和相关基因表达。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及L747和MA37两个亲本系的单细胞RNA测序 |
| 22400 | 2024-08-08 |
Three tissue resident macrophage subsets coexist across organs with conserved origins and life cycles
2022-Jan-07, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abf7777
PMID:34995099
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和随机森林模型，揭示了小鼠心脏、肝脏、肺、肾脏和大脑中存在三种共存的组织驻留巨噬细胞亚群，并探讨了它们的起源和生活周期 | 首次揭示了三种共存的组织驻留巨噬细胞亚群在多个器官中的存在，并阐明了它们的生活周期和基因特征 | NA | 探讨不同组织中巨噬细胞亚群的关系及其生活周期和基因特征 | 小鼠心脏、肝脏、肺、肾脏和大脑中的组织驻留巨噬细胞亚群 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林模型 | 基因表达数据 | 涉及17个组织的小鼠样本和人类单细胞RNA测序数据 |