单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-04-27	Liver X receptor unlinks intestinal regeneration and tumorigenesis 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08247-6 PMID:39567700	研究论文	该研究通过RNA测序数据集挖掘和实验验证，发现肝脏X受体（LXR）通路激活在肠道损伤模型中调节肠道再生和肿瘤发生的机制	首次揭示了LXR通路在肠道损伤后作为组织适应机制，既能促进组织修复又能限制肿瘤发生	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索肠道再生与肿瘤发生之间的分子调控机制	肠道上皮细胞和肿瘤模型	分子生物学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、肠道类器官培养	NA	基因表达数据	两种肠道损伤模型和人类结直肠癌样本
122	2025-04-27	Serinc5 Regulates Sequential Chondrocyte Differentiation by Inhibiting Sox9 Function in Pre-Hypertrophic Chondrocytes 2025-Jan, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31490 PMID:39568258	研究论文	本文研究了Serinc5在软骨细胞分化过程中的作用，特别是在前肥大软骨细胞中通过抑制Sox9功能来调控软骨细胞的分化顺序	发现Serinc5作为前肥大软骨细胞的标记基因，并通过抑制Sox9的转录活性调控软骨细胞的分化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究前肥大软骨细胞的分子基础及其在软骨细胞分化中的作用	小鼠生长板软骨细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq	NA	基因表达数据、染色质状态数据	荧光标记的生长板软骨细胞
123	2025-04-27	Cryptotanshinone alleviates immunosuppression in endometriosis by targeting MDSCs through JAK2/STAT3 pathway 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156227 PMID:39580997	research paper	该研究探讨了隐丹参酮（CTS）通过JAK2/STAT3信号通路调节髓源性抑制细胞（MDSCs）在子宫内膜异位症（EMS）中的免疫抑制作用及其治疗效果	首次证明隐丹参酮（CTS）通过抑制MDSCs积累和调节MDSC介导的免疫反应，成为治疗子宫内膜异位症（EMS）的有前景的天然化合物	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	研究隐丹参酮（CTS）在调节MDSCs介导的免疫抑制中的作用及其在EMS治疗中的潜力	子宫内膜异位症（EMS）患者和小鼠模型	免疫学	子宫内膜异位症	转录组数据分析、单细胞RNA测序、表面等离子体共振（SPR）、细胞热位移分析（CETSA）、流式细胞术、免疫荧光、Western blot	C57BL/6J小鼠模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质数据	GSE141549和GSE213216数据集中的患者样本、C57BL/6J小鼠模型
124	2025-04-27	Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease 2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241299119 PMID:39584353	research paper	该研究通过空间基因表达技术探索了早期阿尔茨海默病模型中背侧中缝核（DRN）基因表达的空间差异	利用Visium空间基因表达平台和RNAscope技术，首次在DRN中发现了与阿尔茨海默病相关的基因表达差异，并识别出长链非编码RNA Map2k3os可能参与tau蛋白磷酸化的调控	研究依赖于小鼠模型，结果可能需要进一步验证才能推广到人类	探索5-HT神经元对阿尔茨海默病病理易感性或抵抗性的潜在遗传因素	人类tau过表达小鼠（htau小鼠）的背侧中缝核（DRN）	神经科学	阿尔茨海默病	Visium空间基因表达平台、RNAscope、免疫组化评估	htau小鼠模型	空间转录组数据	NA
125	2025-04-27	CRISPR-based genetic screens in human pluripotent stem cells derived neurons and brain organoids 2025-Jan, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-024-03934-2 PMID:39585363	review	综述了基于CRISPR的功能基因组学筛选方法在人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官中的应用	结合CRISPR基因筛选与单细胞RNA测序技术，揭示神经发育障碍的致病机制	面临技术挑战，如筛选效率和数据分析的复杂性	研究神经发育障碍的遗传基础和潜在治疗策略	人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官	功能基因组学	神经发育障碍（如小头畸形和自闭症谱系障碍）	CRISPR基因编辑技术, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
126	2025-04-27	Comprehensive single-cell aging atlas of healthy mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer 2025-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00751-8 PMID:39587369	研究论文	本研究通过单细胞分辨率技术，全面分析了小鼠乳腺组织在衰老过程中的转录组和表观基因组变化，揭示了衰老与癌症共享的表观遗传和转录特征	首次在单细胞水平上构建了健康乳腺组织的衰老图谱，揭示了衰老过程中上皮细胞、基质细胞和免疫细胞的转录组和表观基因组变化，并发现这些变化与乳腺癌的分子特征相似	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证相对有限	探究衰老如何通过细胞和分子水平的变化影响乳腺癌的发生	小鼠乳腺组织的上皮细胞、基质细胞和免疫细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠乳腺组织的多种细胞类型
127	2025-04-27	Single-Cell RNA-Seq and Histological Analysis Reveals Dynamic Lrig1 Expression During Salivary Gland Development 2025-Jan, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31487 PMID:39587709	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和组织学分析揭示了Lrig1在唾液腺发育过程中的动态表达模式	首次系统研究了Lrig1在唾液腺发育不同阶段的表达模式及其功能，并预测了可能调控LRIG1表达的转录因子	研究主要基于小鼠模型，人类细胞实验仅使用了HSG细胞系，可能需要更多临床样本验证	探究Lrig1在发育中和成熟小鼠颌下腺中的表达模式及功能	小鼠颌下腺和人类唾液腺细胞系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、qRT-PCR、免疫荧光(IF)、RNAscope染色	NA	基因表达数据、图像数据	不同发育阶段的小鼠颌下腺样本和HSG细胞系
128	2025-04-27	H. Pylori-Facilitated TERT/Wnt/β-Catenin Triggers Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia and Oxyntic Atrophy 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401227 PMID:39587848	research paper	该研究揭示了幽门螺杆菌通过激活TERT/Wnt/β-Catenin通路促进胃黏膜中主细胞去分化和SPEM发生的机制	首次发现CagA通过破坏TERT与其E3连接酶SYVN1的相互作用来增加TERT蛋白表达，进而激活Wnt/β-Catenin通路	研究主要关注cagA阳性幽门螺杆菌，未涉及其他菌株的影响	阐明幽门螺杆菌诱导胃黏膜SPEM发生的分子机制	幽门螺杆菌感染的胃黏膜主细胞	分子病理学	胃癌前病变	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
129	2025-04-27	Spatiotemporal Cellular Dynamics of Germinal Center Reaction in Coronavirus Disease 2019 Lung-Draining Lymph Node Based on Imaging-Based Spatial Transcriptomics 2025-Jan, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2024.102180 PMID:39522760	research paper	本研究利用基于成像的空间转录组学技术，探讨了SARS-CoV-2感染非人灵长类动物后肺引流淋巴结中免疫细胞组成和组织结构形成的动态变化	首次使用成像空间转录组学技术揭示了COVID-19恢复期和再感染过程中生发中心形成与免疫细胞动态变化的空间特征	研究仅针对非人灵长类动物模型，结果向人类转化的适用性有待验证	阐明SARS-CoV-2感染后淋巴结构恢复的细节及其对免疫记忆的影响	SARS-CoV-2感染的非人灵长类动物的肺引流淋巴结	digital pathology	COVID-19	imaging-based spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomic data	非人灵长类动物模型（具体数量未说明）
130	2025-04-27	PKMζ, a Brain-specific PKCζ Isoform, is Required for Glycolysis and Myofibroblastic Activation of Hepatic Stellate Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101429 PMID:39542399	研究论文	本研究探讨了PKMζ在肝星状细胞（HSCs）糖酵解和肌纤维母细胞活化中的作用及其机制	首次揭示PKMζ通过磷酸化VASP促进Glut1在HSCs质膜上的锚定/停靠，从而调控糖酵解和HSC活化	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	阐明Glut1在HSCs质膜上锚定/停靠的分子机制	肝星状细胞（HSCs）	细胞生物学	肝纤维化	RT-PCR, Western blotting, 免疫荧光, RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	原代人和小鼠HSCs, 结直肠肝转移患者的CAFs
131	2025-04-27	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Unraveled Spatial Evolution of Papillary Thyroid Cancer 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404491 PMID:39540244	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间分辨转录组学，研究甲状腺乳头状癌的空间异质性、恶性和转移机制	结合scRNA-seq和SRT技术，揭示了PTC细胞的多途径进化机制，并鉴定了两个恶性和转移的标志性特征	未提及样本量大小，可能影响结果的普适性	探究甲状腺乳头状癌的空间异质性、恶性和转移的分子机制	甲状腺乳头状癌（PTC）细胞	数字病理	甲状腺癌	scRNA-seq, SRT	NA	转录组数据	NA
132	2025-04-27	A comprehensive human embryo reference tool using single-cell RNA-sequencing data 2025-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02493-2 PMID:39543283	研究论文	开发了一个基于单细胞RNA测序数据的全面人类胚胎参考工具，用于评估人类胚胎模型的准确性	整合了六个已发表的人类数据集，构建了一个从受精卵到原肠胚发育阶段的通用参考工具，并开发了早期胚胎发生预测工具	参考工具的准确性依赖于现有数据集的质量和覆盖范围，可能存在未覆盖的发育阶段或细胞类型	为人类胚胎模型的分子、细胞和结构保真度评估提供参考工具	人类胚胎发育过程中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP)	单细胞RNA测序数据	整合了六个已发表的人类数据集
133	2025-04-27	Identification of novel metabolism-related biomarkers of Kawasaki disease by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1541939 PMID:40276515	研究论文	通过整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法，识别川崎病的新型代谢相关生物标志物	首次在单细胞水平上揭示了川崎病中胆汁酸代谢和脂肪酸代谢的细胞异质性，并利用机器学习算法鉴定了与这两种代谢相关的特征基因	研究主要基于公共数据集，需要进一步实验验证这些基因在川崎病发病机制中的具体作用	探索川崎病中胆汁酸代谢和脂肪酸代谢的分子机制，并寻找潜在的诊断生物标志物	川崎病患者的免疫细胞（单核细胞和自然杀伤细胞）	生物信息学	川崎病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量实时PCR（qRT-PCR）、高维加权相关网络分析（hdWGCNA）	机器学习算法	基因表达数据	公共数据集GSE1687323、GSE68004和GSE73461，以及自主生成的scRNA-seq数据
134	2025-04-27	Pan-cancer analysis identified CD248 as a potential target for multiple tumor types 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1554632 PMID:40276611	研究论文	本研究通过泛癌分析确定CD248作为多种肿瘤类型的潜在治疗靶点	首次在泛癌范围内分析CD248的作用，并发现其与肿瘤进展、免疫细胞浸润及患者预后的关联	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CD248在泛癌中的潜在作用及其作为治疗靶点的可能性	多种肿瘤类型及头颈部鳞状细胞癌细胞系	肿瘤学	泛癌	qRT-PCR、Western blot、transwell实验、划痕愈合实验、EdU实验	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	多种肿瘤数据库数据及HNSC细胞系
135	2025-04-27	Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.628020 PMID:39763850	research paper	该研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了心律失常性心肌病（ACM）中炎症-纤维化微环境的作用，并探索了靶向IL-1β的治疗潜力	首次在ACM中鉴定出炎症-纤维化空间微环境，并证明抗IL-1β治疗可改善疾病表型	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限	探索ACM疾病进展机制并评估潜在治疗靶点	ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	单核RNA测序（snRNAseq）、空间转录组学	Desmoglein-2突变小鼠模型	RNA测序数据、空间转录组数据	未明确说明人类样本数量，使用转基因小鼠模型
136	2025-04-27	Interleukin-1β modulates lymphoid differentiation of Flt3-positive multipotent progenitors after transplantation 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114890 PMID:39425929	research paper	研究揭示了IL-1β在促进B淋巴细胞生成中的新功能及其对多能祖细胞（MPPs）命运动态的潜在调控作用	发现了IL-1β在促进B淋巴细胞生成中的新功能，并揭示了其对MPPs细胞命运动态的调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类模型中验证	探究移植后多能祖细胞（MPPs）分化的调控机制	表达Flt3基因的小鼠多能祖细胞（MPPs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）、谱系追踪、克隆分析	NA	RNA-seq数据	小鼠多能祖细胞（MPPs）
137	2025-04-27	Spatial, transcriptomic, and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114876 PMID:39453813	研究论文	该研究通过多物种方法探讨慢性疼痛遗传变异对背角神经元调控基因组学的影响	整合猕猴、人类和小鼠的单核RNA测序数据，构建跨物种保守的神经元亚型图谱，并利用空间转录组学确定神经元亚型的精确层位	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有相关神经元亚型	解析慢性疼痛遗传易感性背后的背角神经元调控机制	背角神经元	基因组学	慢性疼痛	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学、开放染色质分析	NA	转录组数据、表观基因组数据	猕猴、人类和小鼠的神经元样本（具体数量未明确说明）
138	2025-04-27	IL-2-inducible T cell kinase deficiency sustains chimeric antigen receptor T cell therapy against tumor cells 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178558 PMID:39589809	研究论文	本文探讨了IL-2诱导性T细胞激酶（ITK）缺陷对CAR-T细胞疗法抗肿瘤效果的增强作用	首次揭示了ITK在CAR信号传导中的作用，并通过CRISPR-Cas9技术成功构建ITK缺陷的CD19-CAR-T细胞，显著改善了CAR-T细胞的持久性和抗肿瘤效果	研究仅针对CD19-CAR-T细胞，未验证在其他CAR-T细胞中的普适性	提高CAR-T细胞疗法的治疗效果，解决CAR-T细胞衰竭和持久性不足的问题	CD19-CAR-T细胞	免疫治疗	白血病	CRISPR-Cas9基因编辑、RNA测序（bulk和单细胞）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
139	2025-04-27	Endogenous antigens shape the transcriptome and TCR repertoire in an autoimmune arthritis model 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI174647 PMID:39589811	research paper	该研究通过RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了自身免疫性关节炎模型中内源性抗原如何影响转录组和TCR库	揭示了Zap70信号通路缺陷如何导致自身反应性CD4+ T细胞的激活和持续存在，并发现内源性逆转录病毒通过破坏外周耐受促进自身免疫性关节炎的发展	研究仅限于SKG小鼠模型，结果是否适用于人类自身免疫性疾病尚需验证	探究自身免疫性关节炎中致病性自身反应性CD4+ T细胞的发育机制	BALB/c-Zap70*W163C (SKG)小鼠的初始CD4+ T细胞	免疫学	自身免疫性关节炎	bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, scTCR-Seq	NA	RNA测序数据, T细胞受体序列数据	SKG小鼠和野生型小鼠的CD4+ T细胞
140	2025-04-27	The peripheral Atf3 + neuronal population is responsible for nerve regeneration at the early stage of nerve injury revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Nov-13, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024169 PMID:39539109	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了早期神经损伤阶段外周Atf3+神经元群体在神经再生中的作用	发现了一种新的CCI诱导的神经元群体(CIP)，该群体高表达再生相关基因，并与卫星胶质细胞(SGCs)有密切的细胞间通讯	研究仅关注了早期神经损伤阶段(损伤后3天)的转录组变化，未涵盖整个再生过程	探究体感神经元在神经再生过程中的转录组变化及其分子机制	小鼠背根神经节(DRG)细胞	神经科学	神经损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据	慢性压迫性损伤(CCI)后3天的小鼠DRG细胞