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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1521 | 2025-12-13 |
An etiology-stratified single-cell atlas identifies FABP4 as a prognostic marker for MASLD-related HCC
2025-Nov-06, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.10.026
PMID:41205757
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了HBV感染和代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)对肝细胞癌(HCC)肿瘤微环境的影响,并鉴定出FABP4作为MASLD相关HCC的潜在预后生物标志物 | 首次基于病因分层(HBV和MASLD状态)比较HCC的肿瘤微环境,并发现FABP4在MASLD相关HCC中通过促进血管正常化和增强CD8+ T细胞浸润来改善免疫治疗预后 | 样本量相对较小(12例患者进行单细胞测序),且主要基于回顾性队列分析,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 比较不同病因(HBV和MASLD)HCC的肿瘤微环境差异,并寻找病因特异性的预后生物标志物 | 肝细胞癌(HCC)患者样本,包括肿瘤和癌旁组织 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,免疫组织化学,多重免疫组织化学,体外和体内实验 | NA | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,组织图像数据 | 12例HCC患者的配对肿瘤和癌旁组织进行单细胞测序,224个样本进行免疫组化验证,并分析TCGA-LIHC和两个免疫治疗HCC队列的批量数据 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 1522 | 2025-12-13 |
Durable B-Cell Impairment While Sparing IgA B Cells After Ocrelizumab Therapy in Multiple Sclerosis
2025-Nov, Annals of clinical and translational neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/acn3.70135
PMID:40781066
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研究论文 | 本研究评估了多发性硬化症患者在使用奥瑞珠单抗治疗前、治疗期间及停药后的早期B细胞谱变化 | 首次通过光谱流式细胞术和单细胞RNA测序分析奥瑞珠单抗治疗对B细胞亚群(特别是IgA B细胞)的长期影响及停药后的重建过程 | 样本量较小(18名患者和3名停药患者),且为观察性研究,需更大规模验证 | 探究奥瑞珠单抗在多发性硬化症中的作用机制及疾病病理生理学 | 早期未治疗的多发性硬化症患者和健康志愿者 | NA | 多发性硬化症 | 光谱流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 细胞表型数据,基因表达数据 | 18名患者,10名健康志愿者,3名停药患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1523 | 2025-12-13 |
A spatial transcriptomics dataset of the endometrium from repeated implantation failure patients
2025-Oct-29, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05995-6
PMID:41162434
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,首次构建了正常个体与反复种植失败患者子宫内膜组织的空间转录组图谱 | 首次构建了正常与反复种植失败条件下的子宫内膜空间转录组图谱,并识别出7个具有特定特征的细胞生态位 | 样本量较小(仅8个组织样本),且仅研究了黄体中期阶段 | 增强和深化对反复种植失败患者子宫内膜组织背景的理解 | 来自4名正常个体和4名反复种植失败患者的子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 8个子宫内膜组织样本(4名正常个体,4名RIF患者) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium平台 |
| 1524 | 2025-12-13 |
Benchmarking large-scale single-cell RNA-seq analysis
2025-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.28.681564
PMID:41279840
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研究论文 | 本文对五种广泛使用的单细胞RNA测序分析框架进行了基准测试,评估了它们在可扩展性、效率和准确性方面的表现 | 首次系统性地比较了不同算法和基础设施选择对大规模单细胞RNA测序分析性能的影响,并提供了GPU加速和优化配置的实用指南 | 研究主要关注PCA步骤和聚类准确性,可能未全面覆盖所有分析步骤或更复杂的生物场景 | 评估大规模单细胞RNA测序数据分析的计算挑战和性能优化策略 | 五种单细胞RNA测序分析框架(Seurat、OSCA、scrapper、Scanpy和rapids_singlecell)及其算法实现 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA、SVD算法(exact、ARPACK、IRLBA、randomized、Jacobi、incremental PCA) | 单细胞RNA测序数据 | 包括一个130万小鼠脑细胞数据集和三个较小数据集(BE1、scMixology和cord blood CITE-seq) | NA | 单细胞RNA-seq, CITE-seq | NA | NA |
| 1525 | 2025-12-13 |
Adipocytes are dispensable in shaping the ovarian cancer tumor microenvironment in the omentum
2025-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.28.685098
PMID:41279871
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研究论文 | 本研究通过构建缺乏成熟脂肪细胞的小鼠模型,挑战了传统观点,揭示了网膜血管内皮细胞而非脂肪细胞在卵巢癌腹膜转移微环境中的关键作用 | 首次通过特异性敲除腹膜成熟脂肪细胞的模型,证明脂肪细胞对卵巢癌生长并非必需,并发现血管内皮细胞高表达FABP4是支持肿瘤代谢生长的关键因素 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限;肿瘤微环境中其他细胞类型的相互作用尚未完全阐明 | 重新评估脂肪细胞在卵巢癌腹膜转移微环境中的作用机制 | 卵巢癌细胞(ID8p53Brca2、BPPNM、KPCA细胞系)、小鼠模型、人类单细胞RNA测序数据 | 肿瘤微环境研究 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、动物实验数据 | 多种卵巢癌细胞系及基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1526 | 2025-12-13 |
Identification of tumor initiating cells and early marker genes in normal colonic epithelium that lead to neoplastic transformation
2025-Oct-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7914753/v1
PMID:41282138
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,识别了结肠癌发生过程中的肿瘤起始细胞及早期转录标志物 | 首次在组织学正常的结肠上皮中识别出肿瘤起始细胞,并揭示了其早期转录和通路重编程事件 | 样本量相对较小(7名受试者),且研究主要基于转录组数据,功能验证有限 | 识别结肠癌发生过程中的肿瘤起始细胞和早期分子事件 | 人类结肠组织(包括正常黏膜、息肉和腺癌) | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 7名人类受试者的配对正常和病变结肠组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10X Genomics平台 | NA |
| 1527 | 2025-12-13 |
The gain-of-function TREM2-T96K mutation increases risk for Alzheimer's disease by impairing microglial function
2025-Oct-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2025.09.032
PMID:41109213
|
研究论文 | 本文研究了TREM2-T96K功能获得性突变通过损害小胶质细胞功能增加阿尔茨海默病风险的机制 | 首次揭示TREM2-T96K突变以性别依赖方式损害小胶质细胞功能,并影响其向疾病相关小胶质细胞的转化 | 研究主要基于小鼠模型和细胞培养,人类样本验证有限,性别差异机制尚未完全阐明 | 探究TREM2-T96K突变在阿尔茨海默病发病中的作用机制 | TREM2-T96K突变、小胶质细胞、β-淀粉样蛋白斑块、5xFAD转基因小鼠、人类小胶质细胞培养物 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞培养实验 | NA | 基因组数据、单细胞转录组数据、细胞成像数据 | 家族性和病例对照样本的全基因组测序数据集、5xFAD转基因小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1528 | 2025-12-13 |
Integrative and Emerging Models in Antibody Research: A Comprehensive Review
2025-Oct, Antibody therapeutics
DOI:10.1093/abt/tbaf018
PMID:41367414
|
综述 | 本文全面回顾了抗体研究中的整合与新兴模型,包括体内、体外和计算模型,并探讨了它们各自的优势、局限及整合应用 | 强调多模型整合以克服可重复性、免疫原性预测和可扩展性等现有挑战,并展望了CRISPR工程、单细胞测序等新兴技术如何重塑抗体发现 | 作为综述文章,未进行原创性实验研究,主要基于现有文献进行评述,可能未涵盖所有最新进展 | 评估抗体研究中的各类模型,推动下一代癌症、自身免疫性疾病和传染病疗法的开发 | 抗体研究模型,包括体内模型(如动物模型)、体外技术(如杂交瘤技术)和计算方法 | 机器学习 | NA | 单细胞测序、微流控、器官芯片、CRISPR工程 | 计算生物学与机器学习模型 | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1529 | 2025-12-13 |
Comprehensive analysis of the PLXNA3 gene on prognosis and immune characteristics in breast cancer
2025-Aug-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13843-1
PMID:40760011
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研究论文 | 本研究通过分析PLXNA3基因在乳腺癌中的表达、预后意义及其对肿瘤免疫微环境的影响,揭示了其作为乳腺癌不良预后指标和潜在治疗靶点的重要性 | 首次在乳腺癌中系统研究PLXNA3的生物学功能,发现其高表达与肿瘤恶性程度、不良预后及抗PD1免疫治疗反应差相关,并明确了其在肿瘤细胞簇而非免疫细胞中的特异性富集 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏大规模临床队列验证和体内动物模型实验 | 探究PLXNA3基因在乳腺癌中的预后价值、生物学功能及其与肿瘤免疫微环境的相互作用 | 乳腺癌细胞、乳腺癌患者的转录组数据 | 生物信息学与肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、体外细胞功能实验 | NA | RNA测序数据、临床生存数据、细胞实验数据 | 未明确具体样本数量,基于公共数据库和体外细胞系 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1530 | 2025-12-13 |
The Genomics of Aging at the Single-Cell Scale
2025-08, Annual review of genomics and human genetics
IF:7.7Q1
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在研究衰老相关细胞变化中的应用,总结了衰老对哺乳动物器官中细胞类型特异性种群的影响 | 通过整合近期单细胞研究,系统性地总结了衰老对哺乳动物全身细胞类型特异性种群的影响,填补了系统性理解衰老相关细胞变化的知识空白 | NA | 阐明衰老对哺乳动物器官中细胞类型特异性种群变化的影响,为衰老及相关疾病提供潜在治疗靶点 | 哺乳动物器官中的细胞类型特异性种群 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1531 | 2025-12-13 |
Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115907
PMID:40580476
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研究论文 | 本研究通过一项为期3年的队列研究,探讨了重复接种COVID-19疫苗对适应性免疫的长期影响 | 首次通过长达3年的纵向研究,结合单细胞RNA测序技术,系统揭示了重复疫苗接种后T细胞反应的动态变化与表型特征,并发现了无症状感染对免疫应答的独特影响 | 样本量相对较小(78人),且依赖于自我报告的无症状感染证据,可能存在漏报或误报 | 评估重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫(特别是T细胞反应)的长期影响 | 78名未报告有症状感染的个体 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 78名个体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1532 | 2025-12-13 |
Molecular Mechanisms of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization
2025-Jul-07, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-025-01590-w
PMID:40622473
|
研究论文 | 本研究结合单细胞测序和孟德尔随机化分析,探讨了阿尔茨海默病中血管周围巨噬细胞的分子机制 | 首次将单细胞测序与孟德尔随机化分析结合,系统研究血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病中的分子机制,并识别出四个关键基因 | 研究主要基于公共数据集分析,缺乏实验验证;样本来源和数量可能限制结果的普适性 | 揭示血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病发病和进展中的具体分子机制 | 阿尔茨海默病患者中的血管周围巨噬细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表达数量性状位点数据 | 基于GSE264648和eQTLGen数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1533 | 2025-12-13 |
spRefine Denoises and Imputes Spatial Transcriptomics with a Reference-Free Framework Powered by Genomic Language Model
2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.22.649977
PMID:40631230
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研究论文 | 本文介绍了一种名为spRefine的深度学习框架,利用基因组语言模型对空间转录组数据进行去噪和插补 | 提出了一种无需参考的框架,结合基因组语言模型联合处理空间转录组数据,提高了数据整合的鲁棒性并支持模型预训练和新生物信号发现 | NA | 克服空间转录组数据的高噪声和基因测量缺失问题,提升数据质量和分析准确性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习框架,基因组语言模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1534 | 2025-12-13 |
CD36 promotes iron accumulation and dysfunction in CD8+ T cells via the p38-CEBPB-TfR1 axis in early-stage hepatocellular carcinoma
2025-07, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2024.0948
PMID:40037690
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研究论文 | 本研究揭示了CD36通过p38-CEBPB-TfR1轴促进早期肝细胞癌中CD8+ T细胞铁积累和功能失调的机制 | 首次发现CD36通过调控铁摄取蛋白TfR1介导CD8+ T细胞铁积累和功能失调,并提出了NRF2激活作为潜在治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,机制细节需进一步探索 | 探究早期肝细胞癌中CD8+ T细胞功能失调的分子机制 | 小鼠肝细胞癌模型中的CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | RNA测序数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1535 | 2025-12-13 |
Acquired resistance to immunotherapy by physical barriers with cancer cell-expressing collagens in non-small cell lung cancer
2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2500019122
PMID:40498460
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研究论文 | 本研究揭示了非小细胞肺癌中肿瘤细胞通过表达胶原蛋白形成物理屏障,从而导致获得性免疫治疗耐药的新机制 | 首次在体内模型中完整重现了从免疫治疗响应到获得性耐药的全过程,并发现肿瘤细胞通过表达COL3A1和COL6A1形成两种不同结构的物理屏障来抵抗T细胞攻击 | 研究主要基于小鼠模型和肿瘤类器官,尚未在临床患者中得到直接验证 | 探究非小细胞肺癌获得性免疫治疗耐药的内在机制 | 非小细胞肺癌小鼠模型、肿瘤类器官、肿瘤细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、电子显微镜检测、基因敲除 | 小鼠肿瘤模型、肿瘤类器官移植模型 | 基因表达数据、显微图像数据 | 未明确说明具体样本数量,使用小鼠模型和系列移植实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1536 | 2025-12-13 |
Tissue-Resident CD8+ T Cells as Mediators of Protective Immunity in Breast Milk Transmission of Human Cytomegalovirus
2025-Jun-02, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiae618
PMID:39661655
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研究论文 | 本研究探讨了母乳中组织驻留记忆CD8+ T细胞在预防人类巨细胞病毒母婴传播中的作用 | 首次描述了母乳中存在组织驻留记忆T细胞,并发现其频率与母乳HCMV病毒载量呈负相关,且非传播者母亲母乳中CD8+ Trm频率更高 | 样本量相对较小,未明确Trm的具体保护机制,需要进一步验证性研究 | 探究母乳中T细胞在预防HCMV母婴传播中的免疫保护作用 | 母乳样本及其中分离的T细胞 | 免疫学 | 病毒感染(人类巨细胞病毒感染) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | HCMV传播者与非传播者母亲的母乳样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1537 | 2025-12-13 |
Application of computational algorithms for single-cell RNA-seq and ATAC-seq in neurodegenerative diseases
2025-Jan-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae044
PMID:39500613
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综述 | 本文综述了整合单细胞RNA测序和ATAC测序数据的计算工具与机器学习方法,及其在神经退行性疾病中的应用 | 整合scRNA-seq和scATAC-seq数据以关联转录组与染色质可及性,揭示神经退行性疾病的致病机制 | 面临数据稀疏性和计算需求高的挑战 | 促进单细胞多组学技术在神经退行性疾病研究中的应用,以阐明病理机制并识别治疗靶点 | 阿尔茨海默病和帕金森病等神经退行性疾病 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1538 | 2025-12-13 |
TIMP1 Mediates Astrocyte-Dependent Local Immunosuppression in Brain Metastasis Acting on Infiltrating CD8+ T Cells
2025-Jan-13, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0134
PMID:39354883
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脑转移中星形胶质细胞的异质性,并发现一个分泌TIMP1的星形胶质细胞亚群通过抑制浸润性CD8+ T细胞的抗肿瘤活性介导局部免疫抑制,为症状性脑转移患者的联合免疫治疗提供了新策略 | 首次利用单细胞RNA测序技术解析脑转移中星形胶质细胞的异质性,并鉴定出通过分泌TIMP1介导局部免疫抑制的pSTAT3+星形胶质细胞亚群及其对CD63+ CD8+ T细胞功能的调控机制 | 研究主要基于小鼠和人类脑转移模型,临床转化效果需进一步验证;TIMP1作为生物标志物的敏感性和特异性在更大样本中待评估 | 探究脑转移中星形胶质细胞介导的局部免疫抑制机制,以开发针对症状性脑转移的联合免疫治疗策略 | 脑转移中的星形胶质细胞和浸润性CD8+ T细胞 | 单细胞测序与免疫学 | 脑转移瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1539 | 2025-12-13 |
Mechanistic insights into GPAA1-mediated cold tumor phenotype and immune evasion in colorectal cancer: integrative multi-omics analysis and experimental validation
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1701368
PMID:41367867
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据揭示了GPAA1在结直肠癌中的过表达及其通过基因组不稳定性和免疫抑制促进肿瘤进展的机制 | 首次系统分析了GPAA1在泛癌及结直肠癌中的表达模式,并揭示了其通过诱导基因组不稳定和免疫冷表型促进肿瘤进展的新机制 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内动物模型验证;样本来源多样可能引入批次效应 | 阐明GPAA1在结直肠癌中的表达模式、功能作用及其与免疫微环境的关系 | 结直肠癌组织和细胞系 | 多组学分析 | 结直肠癌 | 多组学整合分析、单细胞转录组学、空间转录组学、功能实验(增殖、迁移、侵袭) | NA | mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 来自TCGA、GTEx、GEO、HPA等多个公共数据库的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1540 | 2025-12-13 |
Case Report: Blood single-cell analysis of a IVB high-grade serous ovarian cancer patient presenting a favorable prognosis
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1697863
PMID:41367869
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病例报告 | 本文报告了一例IVB期高级别浆液性卵巢癌患者,通过血液单细胞分析揭示其良好预后的潜在分子特征 | 采用多平台液体活检方法,结合血小板RNA测序、单细胞RNA测序和成像流式细胞术,全面分析血液成分,识别与预后相关的独特分子特征 | 本研究为单病例报告,样本量有限,结果需要更大规模研究验证 | 探索IVB期高级别浆液性卵巢癌患者良好预后的潜在驱动因素 | 一名IVB期高级别浆液性卵巢癌患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,成像流式细胞术 | NA | RNA测序数据,流式细胞术图像数据 | 1名患者的术前外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |