单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1221	2025-07-22	TREM-1 as a potential biomarker for malignant transformation risk in oral leukoplakia: Insights from bioinformatics and dual immunofluorescence analysis 2025-Aug, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156088 PMID:40555060	研究论文	本研究通过生物信息学和双重免疫荧光分析探讨TREM-1在口腔白斑(OLK)恶性转化中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次将TREM-1与OLK恶性转化风险联系起来，并通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是主要的TREM-1表达细胞	虽然TREM-1表达与恶性转化显著相关，但Cox回归未能确认这一关联	探索TREM-1在OLK恶性转化中的作用机制并评估其作为预后生物标志物的潜力	口腔白斑(OLK)患者组织样本(69例OLK和63例对照组织)	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 双重免疫荧光分析	Cox回归模型, Kaplan-Meier分析	基因表达数据, 组织图像数据	69例OLK组织和63例对照组织
1222	2025-07-22	Heterogeneity of lymphoid cells in PBMCs in the acute phase of SFTS: single-cell transcriptome profiling 2025-Jul-25, Journal of biomedical research IF:2.2Q3 DOI:10.7555/JBR.39.20250250 PMID:40685857	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了严重发热伴血小板减少综合征（SFTS）急性期淋巴细胞功能异常的机制及糖皮质激素对淋巴细胞的调节作用	首次在单细胞水平解析SFTS急性期淋巴细胞异质性，揭示糖皮质激素治疗对炎症反应和病毒特异性抗体产生的双重影响	样本量较小（13例患者+3例健康对照），未进行长期随访验证临床结局	阐明SFTS急性期免疫功能障碍机制及糖皮质激素治疗对淋巴细胞的影响	外周血单个核细胞（PBMCs）中的淋巴细胞亚群	免疫学	病毒感染（严重发热伴血小板减少综合征）	单细胞RNA测序（scRNA-seq），生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	16例（13例急性期SFTS患者+3例健康志愿者）
1223	2025-07-22	A Deep Learning Approach to Assessing Cell Identity in Stem Cell-Based Embryo Models 2025-Jul-22, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_654 PMID:40690128	research paper	使用深度学习评估干细胞胚胎模型中细胞身份的研究	开发了一个集成模型，利用单细胞RNA测序数据对体外细胞类型进行分类并评估分类可靠性	未提及具体样本量或模型验证的详细结果	评估干细胞胚胎模型与真实胚胎发育的相似性	胚胎干细胞（ESCs）和体外培养的细胞类型	digital pathology	NA	scRNA-seq, scvi-tools	DL	RNA-seq数据	NA
1224	2025-07-22	IGCLAPS: an interpretable graph contrastive learning method with adaptive positive sampling for scRNA-seq data analysis 2025-Jul-21, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf411 PMID:40689508	研究论文	提出了一种名为IGCLAPS的可解释图对比学习方法，用于单细胞RNA测序数据分析	结合图变换器和双头图对比学习模块，同时进行降维和细胞聚类，并设计了自适应正采样模块动态识别真实正样本对	NA	提高单细胞RNA测序数据中的细胞聚类性能并生成可解释的基因表达模式	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	图变换器, 对比学习	基因表达数据	一系列真实数据集
1225	2025-07-22	Epithelial Lining Fluid Cystatin SN is a Noninvasive Biomarker for Predicting Type 2 Chronic Rhinosinusitis 2025-Jul-21, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16652 PMID:40689541	research paper	本研究旨在鉴定一种非侵入性上皮衬液（ELF）生物标志物，用于预测2型慢性鼻窦炎（T2 CRS）	首次发现CST1在T2 CRS上皮细胞中特异性表达，并通过免疫荧光染色证实，同时发现ELF中的cystatin SN水平与T2炎症显著相关	研究样本量未明确说明，且未提及多中心验证	鉴定T2 CRS的非侵入性生物标志物以实现个体化治疗	慢性鼻窦炎患者和对照个体的鼻组织和ELF样本	生物标志物研究	慢性鼻窦炎	scRNA-seq、Luminex多重检测、酶联免疫吸附试验	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	NA
1226	2025-07-22	Cellular-resolution spatial transcriptomics of skin remodelling after fractional CO2 laser treatment 2025-Jul-21, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.20870 PMID:40689597	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1227	2025-07-22	GraphCellNet: A deep learning method for integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis with applications in development and disease 2025-Jul-21, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-025-02575-4 PMID:40690004	研究论文	提出了一种名为GraphCellNet的深度学习方法，用于整合单细胞和空间转录组分析，应用于发育和疾病研究	结合了细胞类型去卷积和空间域识别的模型，采用Kolmogorov-Arnold Network层（KAN）增强非线性特征表示和上下文整合	NA	提高空间转录组分析的精确度，解决细胞边界模糊和高异质性问题	心肌梗死、果蝇发育、人类心脏发育	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	GraphCellNet、KAN	基因表达数据、空间位置数据	NA
1228	2025-07-22	Integrating scRNA-seq and spatial transcriptomics to explore the implication of G6PD on immune microenvironment in lymphatic metastasis of breast cancer 2025-Jul-21, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02943-7 PMID:40690087	研究论文	本研究通过整合scRNA-seq和空间转录组学技术，探讨了G6PD在乳腺癌淋巴转移免疫微环境中的作用	发现了G6PD在乳腺癌淋巴转移过程中的高表达及其与Treg细胞介导的免疫抑制微环境的关联	样本量相对较小（8名患者），需要在更大队列中验证结果	探索G6PD在乳腺癌淋巴转移免疫微环境中的作用机制	乳腺癌患者及其转移性腋窝淋巴结	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据, 空间转录组数据	8名患者的118,127个细胞
1229	2025-07-22	Single-cell RNA sequencing in tuberculosis: Application and future perspectives 2025-Jul-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003095 PMID:39111829	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结核病（TB）研究中的应用及其未来前景	强调了scRNA-seq在结核病临床生物标志物探索、宿主导向治疗和精准治疗研究中的潜力	讨论了scRNA-seq在结核病相关研究中广泛应用需要克服的瓶颈	探讨scRNA-seq在结核病研究中的应用及未来发展方向	结核病（TB）及其免疫反应机制	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1230	2025-07-22	The Icarian flight of antibody-drug conjugates: target selection amidst complexity and tackling adverse impacts 2025-Jul-19, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf002 PMID:39813112	综述	本文综述了抗体药物偶联物（ADCs）在癌症治疗中的发展现状、挑战及优化策略	探讨了多靶点策略、pH依赖性抗体和掩蔽肽技术等提高ADC疗效和安全性的新方法，以及单细胞测序和人工智能在靶点选择优化中的应用	未提及具体临床数据或实验验证结果	优化抗体药物偶联物的靶点选择和抗体工程，提高其疗效和安全性	抗体药物偶联物（ADCs）	生物医学	癌症	单细胞测序、人工智能	NA	NA	NA
1231	2025-07-22	Identification of biomarkers for Laryngeal squamous cell carcinoma through Mendelian randomization and integrated bioinformatics analysis 2025-Jul-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03114-w PMID:40679719	研究论文	通过孟德尔随机化和整合生物信息学分析，识别喉鳞状细胞癌的生物标志物	整合多组学数据，全面分析泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建了一个具有临床预测价值的风险模型	样本量相对较小，且仅基于公开数据库的数据，未进行大规模临床验证	探索泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建预测模型	喉鳞状细胞癌患者样本和正常样本	生物信息学	喉鳞状细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, CNV分析, 差异表达分析, GO/KEGG/Metascape富集分析, Lasso-Cox方法, CIBERSORT算法, qRT-PCR	Lasso-Cox模型	RNA-seq数据, scRNA-seq数据, CNV数据	训练集: 114例喉鳞状细胞癌样本和12例正常样本；验证集: 270例喉鳞状细胞癌样本；scRNA-seq数据: 2例喉鳞状细胞癌样本
1232	2025-07-22	Architecture mechanics mediated osteogenic progression in bone regeneration of artificial scaffolds 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv8804 PMID:40680128	research paper	本研究探讨了支架结构通过应力传递对骨再生的影响，并揭示了支架结构诱导的应力刺激（SASS）对细胞的生物力学机制	首次揭示了支架结构诱导的应力刺激（SASS）对细胞的生物力学机制，并通过单细胞RNA测序技术明确了SASS对骨间充质干细胞粘着斑和成骨分化途径的富集作用	研究未涉及不同支架材料对SASS效应的影响，且体内实验仅针对临界尺寸缺陷进行了验证	阐明支架结构与成骨进展之间的生物力学线索	石墨、富勒烯和金刚石支架及其对骨间充质干细胞和破骨细胞的影响	组织工程	骨缺损	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及体外细胞实验和体内临界尺寸骨缺损模型
1233	2025-07-22	Nicotinamide boosts oocyte quantity and quality by promoting N4-acetylation modification in lupus mice 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu0955 PMID:40680131	research paper	该研究探讨了烟酰胺通过促进N4-乙酰化修饰提高狼疮小鼠卵母细胞数量和质量的作用机制	首次揭示了NAT10介导的acC修饰在系统性红斑狼疮(SLE)异常卵母细胞发育中的关键作用，并发现烟酰胺治疗可安全有效地改善SLE小鼠的生育能力	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证烟酰胺的治疗效果	探究SLE影响卵母细胞减数分裂和发育的分子机制，并寻找潜在治疗方法	系统性红斑狼疮(SLE)小鼠模型的卵母细胞	生殖医学	系统性红斑狼疮	单细胞转录组测序、翻译组测序、微量细胞acC-RNA免疫沉淀测序(acRIP-seq)	NA	RNA测序数据	SLE小鼠模型的卵母细胞
1234	2025-07-22	Single cell transcriptomic profiling of eosinophils and airway immune cells in childhood asthma 2025-Jul-18, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.034 PMID:40684957	研究论文	本研究通过优化单细胞RNA测序技术，提高了儿童哮喘患者鼻灌洗样本中粒细胞（尤其是嗜酸性粒细胞）的检测效率，并揭示了不同哮喘表型中的细胞组成和转录差异	采用10x Genomics Flex平台结合定制化数据处理流程，实现了粒细胞检测效率的显著提升（>16倍），并首次在儿童哮喘中识别出具有独特功能特征的嗜酸性粒细胞和中性粒细胞亚群	研究仅基于鼻灌洗样本，可能无法完全反映下呼吸道情况；样本量未明确说明	优化单细胞RNA测序技术以更好地捕获粒细胞，并探索儿童哮喘的发病机制	儿童哮喘患者的鼻灌洗样本中的粒细胞（尤其是嗜酸性粒细胞）和其他免疫细胞	单细胞转录组学	哮喘	scRNA-seq（10x Genomics Flex平台）	定制化数据处理流程	单细胞转录组数据	NA
1235	2025-07-22	NPLOC4 constructs tumor immunosuppressive microenvironment in pan-cancer and hepatocellular carcinoma 2025-Jul-17, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673344143250604061421 PMID:40685720	研究论文	探讨NPLOC4在泛癌和肝细胞癌中构建肿瘤免疫抑制微环境的作用及其作为潜在治疗靶点的可能性	首次全面分析NPLOC4在肿瘤免疫微环境中的表达及其与免疫细胞、免疫检查点和免疫相关分子的关联	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于肝细胞癌样本和细胞系	研究NPLOC4在肿瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	泛癌和肝细胞癌患者样本及细胞系	肿瘤免疫学	肝细胞癌	qRT-PCR, 免疫组化(IHC), 单细胞测序	NA	mRNA表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞测序数据	多种肿瘤类型的公共数据库数据及肝细胞癌患者样本和细胞系
1236	2025-07-22	Single-Cell Transcriptome and Microbiome Profiling Uncover Ileal Immune Impairment in Intrauterine Growth-Retarded Piglets 2025-Jul-17, Current pharmaceutical design IF:2.6Q2 DOI:10.2174/0113816128411269250707073647 PMID:40685734	研究论文	通过单细胞转录组和微生物组分析揭示宫内发育迟缓(IUGR)仔猪回肠免疫功能障碍的机制	首次在IUGR仔猪中结合单细胞转录组(scRNA-seq)和16S rRNA测序技术，揭示了B细胞和T细胞比例变化、信号通路下调以及肠道菌群失调的关联机制	样本量较小(仅3对IUGR/正常仔猪)，且仅分析了7日龄时的短期影响	探究IUGR仔猪肠道免疫功能异常的基因调控模式和微生物组变化	宫内发育迟缓(IUGR)仔猪与正常同窝仔猪的回肠组织和肠道微生物	免疫基因组学	宫内发育迟缓	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 16S rRNA扩增子测序(16S-seq)	NA	单细胞转录组数据, 微生物组数据	3对IUGR/正常新生仔猪(共6个样本)
1237	2025-07-22	Mechanism of Initial Favorable Response to Decitabine in TP53-Mutated MDS/AML and Potential Mechanisms of Subsequent Relapse 2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3192 PMID:40397797	研究论文	本研究探讨了TP53突变型MDS/AML患者对地西他滨初始治疗反应良好的机制以及随后复发的潜在机制	通过整合靶向测序、纳米孔DNA甲基化测序和单细胞转录组学，揭示了白血病细胞与免疫细胞群体之间的动态变化关系	样本量有限，且为观察性研究，需要更大规模研究验证	阐明TP53突变型MDS/AML患者对地西他滨治疗反应和复发的分子机制	骨髓增生异常综合征(MDS)和急性髓系白血病(AML)患者	肿瘤学	白血病	靶向髓系panel测序、纳米孔DNA甲基化测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	II期临床试验患者(具体数量未明确)
1238	2025-07-22	Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment 2025-Jul-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.030 PMID:40425012	研究论文	通过增强子驱动的基因调控网络揭示转录因子在肿瘤微环境中调控T细胞适应和分化的机制	利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，揭示了KLF2和BATF转录因子在调控Trm样TIL形成中的关键作用，并发现BATF过表达足以驱动CD69CD103 TIL的形成	研究主要基于模型感染和癌症的T细胞受体匹配CD8 T细胞，可能无法完全反映人体内的复杂情况	揭示肿瘤微环境中Trm样TIL分化的机制	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和CD8 T细胞	生物医学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因组数据、表观遗传数据	模型感染和癌症中的T细胞受体匹配CD8 T细胞
1239	2025-07-22	Prenatally derived macrophages support choroidal health and decline in age-related macular degeneration 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20242007 PMID:40261298	研究论文	本研究揭示了人类脉络膜中免疫细胞的组成和空间结构，特别是两种具有不同FOLR2表达的脉络膜巨噬细胞群体在年龄相关性黄斑变性(AMD)中的变化	首次发现FOLR2+巨噬细胞在非病变眼中占主导地位，并在AMD中数量减少且功能失调，同时证明这些巨噬细胞在维持脉络膜健康中的关键作用	研究主要基于观察性数据，对FOLR2+巨噬细胞功能变化的分子机制尚未完全阐明	探究人类脉络膜免疫景观及其在年龄相关性黄斑变性(AMD)中的变化	人类脉络膜组织和小鼠模型	眼科病理学	年龄相关性黄斑变性	3D多重免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	组织样本、基因表达数据	未明确说明样本数量的人类脉络膜组织和小鼠模型
1240	2025-07-22	Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids 2025-Jul-04, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930 PMID:40616840	研究论文	本文提出了一种将头颈鳞状细胞癌患者来源类器官（PDOs）解离为适合下游应用（如药物筛选和单细胞RNA测序）的活单细胞悬液的方案	通过优化胰蛋白酶浓度和机械解离步骤，最大化单细胞产量并保持细胞活力	未提及该方案在其他类型癌症类器官中的适用性	开发一种高效的头颈鳞状细胞癌类器官单细胞解离方案	头颈鳞状细胞癌患者来源类器官（PDOs）	生物医学工程	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、活细胞成像	NA	细胞悬液	NA