单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1201	2026-03-18	Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration enhances cell type resolution and discovery of clinically relevant states in complex tissues 2026-Mar-13, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-026-04002-4 PMID:41821037	研究论文	本文系统评估了单细胞多模态数据整合策略，以肾脏为例，提升复杂组织中细胞类型的分辨率和临床相关状态的发现	开发了可解释的机器学习工具scOMM，用于细胞身份对齐和整合策略评估，并首次在肾脏图谱中识别出WFDC2表达厚升支和Norn细胞等罕见细胞类型	研究主要基于肾脏和心脏组织，可能未覆盖所有复杂组织类型，且样本量相对有限	评估单细胞多模态数据整合策略，以增强复杂组织中细胞类型的分辨率和发现临床相关状态	肾脏皮质和心脏组织中的单细胞和单核多模态数据	单细胞分析	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq	机器学习	单细胞多模态数据	119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者	NA	单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq	NA	NA
1202	2026-03-18	Integrating multiomic layers to decode psychiatric disease mechanisms 2026-Mar-13, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2026.102451 PMID:41831411	综述	本文综述了整合多组学技术解码精神疾病机制的最新进展	整合单细胞转录组学、表观基因组学、蛋白质组学和空间分析等多组学层，将遗传变异与基因调控、细胞类型脆弱性和环路功能障碍联系起来	NA	解码精神疾病的机制，为生物标志物发现、患者分层和精准治疗策略奠定基础	精神分裂症、双相情感障碍和重度抑郁症等精神疾病	自然语言处理	精神疾病	单细胞转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、空间分析	NA	多组学数据	NA	NA	单细胞RNA-seq、空间转录组学	NA	NA
1203	2026-03-18	scTWAS: a powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies 2026-Mar-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-70374-7 PMID:41820391	研究论文	本文提出了一种名为scTWAS的统计方法，用于利用单细胞数据进行细胞类型特异性的转录组范围关联研究	开发了首个专门针对单细胞RNA测序数据挑战（如强噪声、技术变异和高稀疏性）的统计框架，通过潜变量模型和基于矩的估计方法，在细胞类型水平上提升了基因表达预测和关联检测能力	未明确说明方法对样本量或细胞数量的具体要求，也未讨论其在其他组织类型或疾病中的泛化性能	开发一种统计方法，以利用单细胞RNA测序数据进行细胞类型特异性的转录组范围关联研究，从而更精确地识别与复杂性状和疾病相关的基因	血液和脑组织中的免疫细胞类型，以及阿尔茨海默病相关的细胞亚型	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	潜变量模型	单细胞基因表达数据	涉及29种血液学性状和三种免疫相关疾病的数据，具体样本数量未明确说明	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
1204	2026-03-18	Multidimensional profiling of heterogeneity in supratentorial ependymomas 2026-Mar-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-026-10214-2 PMID:41813893	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学以及活细胞成像技术，揭示了幕上室管膜瘤的细胞状态、空间组织和动态行为	首次在幕上室管膜瘤中识别出两种不同的祖细胞样状态，并揭示了肿瘤的空间组织模式及脑内细胞对肿瘤异质性的影响	NA	阐明幕上室管膜瘤的发育特征和微环境因素，以理解其异常细胞转化和行为	幕上室管膜瘤的细胞状态、空间组织和动态行为	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学, 空间转录组学, 活细胞成像	NA	转录组数据, 图像数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
1205	2026-03-18	Guanylate-binding proteins balance iNOS/Arg-1 in myeloid cells during L. major infection and promote host defense to infection 2026-Mar-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.02825-25 PMID:41805192	研究论文	本文探讨了鸟苷酸结合蛋白（Gbps）在利什曼原虫感染期间通过调节巨噬细胞中iNOS/Arg-1平衡来促进宿主防御的机制	揭示了Gbps在宿主防御中的关键作用，其保护功能不依赖于Gbps对寄生虫的定位，并发现Gbps通过协调巨噬细胞中iNOS的表达发挥独特的免疫调节作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证；Gbps的具体作用机制仍需进一步阐明	探究Gbps在皮肤利什曼病感染期间对宿主免疫防御的调控作用	C57BL/6小鼠、骨髓来源巨噬细胞、单核细胞、利什曼原虫	免疫学	皮肤利什曼病	RNA-Seq、单细胞RNA-Seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	Gbp敲除小鼠和C57BL/6对照小鼠	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
1206	2026-03-18	Identification of altered immune landscape at single-cell resolution in NSCLC brain metastasis and its association with poor immune checkpoint inhibitor responses 2026-03-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-70715-6 PMID:41807427	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了非小细胞肺癌脑转移中免疫景观的改变及其与免疫检查点抑制剂反应不良的关联	首次在单细胞分辨率下描绘了NSCLC脑转移的免疫景观，并识别出与免疫治疗反应相关的七基因脑转移免疫特征	研究样本量相对有限，且机制验证仍需进一步实验	探究NSCLC脑转移中免疫抑制机制及免疫治疗反应降低的原因	非小细胞肺癌的原发肿瘤和脑转移灶中的肿瘤浸润免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	101,959个肿瘤浸润免疫细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
1207	2026-03-18	Epilepsy-associated FOXJ3 variants link a transcriptional program of the PTEN-mTOR pathway to neuronal specification and cortical lamination 2026-03-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-69241-2 PMID:41803108	研究论文	本文发现FOXJ3基因的致病性变异与常染色体显性局灶性癫痫和局灶性皮质发育不良相关，并揭示了FOXJ3通过调控PTEN-mTOR通路在神经元分化和皮质层化中的作用	首次将FOXJ3基因变异与局灶性皮质发育不良和癫痫联系起来，并阐明其通过转录调控PTEN-mTOR通路影响神经元迁移和皮质结构	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证和临床相关性需进一步探索	探究局灶性皮质发育不良和癫痫的分子机制，特别是FOXJ3基因变异在其中的作用	FOXJ3基因变异患者、小鼠大脑皮质、神经祖细胞和神经元	神经科学	癫痫	ChIP-seq, scRNA-seq, 子宫内电穿孔	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据、染色质免疫沉淀测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
1208	2026-03-18	Ribosomal modifications are associated with mesenchymal fate selection in the neural crest lineage 2026-03-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-70375-6 PMID:41803115	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了核糖体RNA修饰和核糖体组装因子在神经嵴细胞间充质命运选择中的关键作用，并探讨了其在神经母细胞瘤中的临床意义	首次将特定的rRNA修饰（如U1248位点的m¹acp³ψ）和核糖体组装因子（EMG1、NHP2、TSR3）与神经嵴细胞的间充质命运决定直接关联，并发现这些机制在神经母细胞瘤的肿瘤进展中具有保守功能	研究主要基于小鼠模型和细胞系实验，在人类发育中的直接验证尚不充分；神经母细胞瘤患者数据的分析为相关性研究，因果关系需进一步验证	探究核糖体修饰和组装在神经嵴细胞命运决定和肿瘤进展中的作用机制	神经嵴细胞、颅面发育、神经母细胞瘤	单细胞转录组学	神经母细胞瘤	Smart-seq2单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据、患者临床数据	未明确说明具体样本数量，包括小鼠模型、细胞系和神经母细胞瘤患者数据	NA	单细胞RNA-seq	Smart-seq2	Smart-seq2单细胞转录组测序技术
1209	2026-03-18	Multi-modal dissection of cell-type specific TDP-43 pathology in the motor cortex 2026-03-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-69944-6 PMID:41803120	研究论文	本研究通过多模态方法解析了运动皮层中细胞类型特异性的TDP-43病理，揭示了兴奋性皮层神经元是主要受影响群体，并识别了特定细胞类型及其转录异常	结合流式细胞术核分选测序、单核多组学ATAC-seq与RNA-seq以及空间转录组学，首次在死后ALS/ALS-FTD运动皮层样本中系统定义了受TDP-43病理影响的神经元细胞类型及其特异性转录变化	研究基于死后组织样本，可能无法完全反映疾病早期动态过程；样本量相对有限（共82例），且仅聚焦于运动皮层区域	解析肌萎缩侧索硬化症（ALS）及相关额颞叶痴呆（ALS-FTD）中TDP-43病理的细胞类型特异性机制，为靶向治疗提供依据	死后ALS/ALS-FTD患者的运动皮层组织样本（30例ALS、20例ALS-FTD及32例对照）	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	流式细胞术核分选测序、单核多组学ATAC-seq、RNA-seq、空间转录组学	NA	单细胞多组学数据、空间转录组数据	82例样本（30例ALS、20例ALS-FTD、32例对照）	NA	单核多组学ATAC-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
1210	2026-03-18	Single-cell genomics highlight MYC-associated metabolic activation and altered cell interactions in T-prolymphocytic leukemia progression 2026-03-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-70185-w PMID:41803141	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和全基因组测序，揭示了T-前淋巴细胞白血病从惰性阶段向活动阶段转变过程中的分子变化，重点关注MYC相关代谢激活和细胞间相互作用的改变	首次在单细胞和疾病阶段分辨率下，结合纵向样本分析T-PLL的进展机制，识别了MYC靶基因上调、能量代谢增强以及细胞间相互作用减少等共同变化	样本量相对较小（28个样本），且结果需进一步验证其作为靶向治疗病变的可行性	探究T-前淋巴细胞白血病从惰性阶段向活动阶段转变的分子基础	T-前淋巴细胞白血病患者的治疗初治样本，包括11对纵向采集的惰性/活动阶段配对样本	单细胞基因组学	白血病	单细胞RNA测序，全基因组测序	NA	单细胞RNA测序数据，全基因组测序数据	28个治疗初治样本，包括11对纵向配对样本	NA	单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq	NA	NA
1211	2026-03-18	HIV-seq reveals gene expression differences between HIV-transcribing cells from viremic and suppressed people with HIV 2026-03-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-68797-3 PMID:41776157	研究论文	本文介绍了一种名为HIV-seq的新方法，用于检测HIV转录细胞，并揭示了病毒血症和ART抑制期间这些细胞基因表达的差异	开发了HIV-seq方法，通过在单细胞RNA测序中引入针对HIV保守区域的捕获序列，显著提高了HIV转录的检测灵敏度	未明确说明样本的具体数量或实验的统计功效，可能影响结果的普遍性	研究HIV转录细胞在病毒血症和ART抑制期间的基因表达差异，以理解其在慢性炎症和病毒反弹中的作用	HIV感染者（PWH）中的HIV转录细胞	单细胞测序	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
1212	2026-03-18	Distinct Single-Cell Expression Pattern of the Soluble Epoxide Hydrolase and Cytochrome p450 Epoxygenases in Human and Mouse Small Intestinal Epithelia 2026 Mar-Apr, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society DOI:10.1369/00221554251403631 PMID:41449646	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据和原位杂交技术，首次绘制了人和小鼠小肠上皮细胞中多不饱和脂肪酸代谢酶（CYP-sEH轴）的高分辨率单细胞表达图谱	首次在单细胞分辨率下系统描绘了人和小鼠小肠上皮中CYP-sEH轴酶的表达模式，并揭示了其在辐射损伤再生模型中的动态变化	研究主要基于表达谱分析，酶的具体生物学功能和下游脂质介导物的功能验证仍需后续实验	阐明多不饱和脂肪酸代谢酶在小肠上皮中的细胞类型特异性表达模式及其在黏膜屏障稳态、上皮分化和损伤应答中的潜在作用	人和小鼠的小肠上皮细胞	单细胞组学	肠道疾病	单细胞RNA测序, RNAscope原位杂交	NA	单细胞RNA测序数据, 原位杂交图像数据	未明确说明具体样本数量，但使用了公开可用的单细胞RNA测序数据集和辐射诱导的小肠损伤再生模型	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
1213	2026-03-18	Gsx2 regulates oligodendrocyte precursor formation in the zebrafish spinal cord 2026-Mar, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2026.01.001 PMID:41491310	研究论文	本研究利用斑马鱼模型，通过单细胞RNA测序和单核ATAC测序数据，揭示了Gsx2在调控脊髓中少突胶质前体细胞形成时间点中的作用	首次在斑马鱼脊髓中鉴定出pre-OPCs亚群，并发现Gsx2通过调控基因网络影响OPC形成时机，而非分化过程	研究主要基于斑马鱼胚胎模型，哺乳动物系统中的保守性需进一步验证；基因调控网络预测需实验确认	探究脊髓神经前体细胞向少突胶质细胞谱系定向分化的分子机制	斑马鱼脊髓中的神经前体细胞（特别是pMN域）及少突胶质前体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, CRISPR/Cas9基因组编辑	NA	单细胞转录组数据, 表观基因组数据	斑马鱼胚胎（具体数量未明确说明）	NA	单细胞RNA-seq, 单核ATAC-seq	NA	NA
1214	2026-03-18	Integrated Multi-omics and Experimental Validation Reveal FDX1/LIAS-Mediated Cuproptosis as a Potential Driver of Diabetic Kidney Disease 2026-Mar, Biological trace element research IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12011-025-04798-5 PMID:41100003	研究论文	本研究通过整合多组学分析和实验验证，揭示了FDX1/LIAS介导的铜死亡可能是糖尿病肾病的一个潜在驱动因素	首次将铜死亡机制与糖尿病肾病联系起来，并通过整合bulk RNA-seq、单细胞RNA测序和空间转录组学等多层次数据，结合临床样本验证，提供了铜超载和铜死亡通路激活在DKD肾小管损伤中的新证据	研究主要基于动物模型和临床样本的相关性分析，铜死亡在DKD中的直接因果作用和具体分子机制仍需进一步的功能实验验证	探究铜死亡相关基因在糖尿病肾病中的作用和机制	糖尿病肾病患者的尿液样本、db/db糖尿病小鼠的肾脏组织	数字病理学	糖尿病肾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录组数据、临床尿液检测数据	糖尿病肾病患者的尿液样本和db/db糖尿病小鼠的肾脏组织（具体数量未在摘要中明确说明）	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq	NA	NA
1215	2026-03-18	Organization of mouse prefrontal cortex subnetwork revealed by spatial single-cell multi-omic analysis of SPIDER-Seq 2026-Mar, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwag004 PMID:41835227	研究论文	本研究开发了SPIDER-Seq技术，结合病毒条形码追踪、单细胞测序和空间组学，构建了小鼠前额叶皮层的单细胞空间分子、细胞、解剖和投射组学图谱	开发了SPIDER-Seq新技术，首次整合了单细胞投射组学与转录组学，揭示了前额叶皮层神经元投射与基因表达的空间协调配置模式	研究仅聚焦于小鼠前额叶皮层，技术应用范围尚未扩展到其他脑区或物种	解析大脑连接组、解剖结构、转录组和空间组学整合的多模态图谱及其组织原则	小鼠前额叶皮层神经元	空间组学	NA	单细胞测序, 空间组学, 病毒条形码追踪	机器学习	单细胞多组学数据, 空间信息	NA	NA	单细胞多组学, 空间转录组学	NA	NA
1216	2026-03-18	Increased CD44 Expression in Endothelial Cells Induced by Advanced Glycation End Products Leads to Insufficient Maturation of Angiogenesis 2026-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.71088 PMID:41840419	研究论文	本研究探讨了晚期糖基化终末产物通过β-catenin/TCF4信号通路上调内皮细胞CD44表达，进而促进MMP9介导的基底膜过度降解，导致病理性血管生成中结构紊乱和血管成熟受损的机制	揭示了AGEs通过β-catenin/TCF4信号通路上调内皮细胞CD44表达，进而促进MMP9介导的基底膜过度降解的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中得到验证	探究AGEs在病理性血管生成中对血管基底膜结构的影响及其分子机制	小鼠视网膜血管内皮细胞、周细胞及共培养体系	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自氧诱导视网膜病变小鼠模型的单细胞RNA测序数据集(GSE204880)	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
1217	2026-03-18	TLR5 versus TLR7/8 agonist-dependent modulation of the early gene expression response to inactivated influenza virus vaccine in newborn nonhuman primates 2026-Feb-27, Vaccine IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.vaccine.2025.128163 PMID:41529533	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了新生非人灵长类动物接种灭活流感病毒疫苗后24小时引流淋巴结的早期免疫反应，比较了TLR5激动剂鞭毛蛋白和TLR7/8激动剂R848的佐剂效应差异	首次在新生非人灵长类动物模型中，利用单细胞RNA测序技术系统比较了TLR5与TLR7/8激动剂作为疫苗佐剂时对早期基因表达谱的不同调控模式	研究仅观察了疫苗接种后24小时的早期反应，未评估长期免疫保护效果；样本来源于非人灵长类动物，结果向人类转化的有效性需进一步验证	探究TLR激动剂（鞭毛蛋白和R848）作为佐剂如何调控新生非人灵长类动物对灭活流感病毒疫苗的早期免疫应答	新生非人灵长类动物的引流淋巴结免疫细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及新生非人灵长类动物的引流淋巴结样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
1218	2026-03-18	Excess FGFR3 signaling in achondroplasia disrupts turnover of resting zone chondrocytes via CREB signaling 2026-02-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-026-69507-9 PMID:41748604	研究论文	本研究通过生成携带软骨发育不全突变的小鼠模型，揭示了FGFR3信号过度激活通过CREB信号通路破坏静息区软骨细胞更新，导致骨骼生长障碍的分子机制	首次发现FGFR3信号过度激活通过CREB信号通路破坏静息区软骨细胞的干细胞样行为和更新，并证明CREB抑制剂可恢复生长板病理和骨长度	研究主要基于小鼠模型，人类临床转化需进一步验证；CREB抑制剂的长期安全性和疗效尚未评估	阐明软骨发育不全中FGFR3突变导致生长板功能障碍的精确分子和细胞机制	携带p.Gly380Arg突变的Fgfr3基因敲入小鼠模型中的生长板软骨细胞	数字病理学	软骨发育不全	单细胞RNA测序, 免疫组织化学分析, EdU标记, 谱系追踪	基因敲入小鼠模型	单细胞转录组数据, 图像数据	未明确指定样本数量，但涉及突变小鼠模型	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
1219	2026-03-18	Single-cell profiling of paired nasal brushing and tissue samples reveals distinct cellular landscapes and immune phenotypes 2026-Feb-25, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2026.02.019 PMID:41759750	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术比较了配对鼻刷样本和鼻组织样本的细胞组成和免疫细胞反应，揭示了它们在细胞景观和免疫表型上的差异	首次直接比较了同一解剖部位配对鼻刷和鼻组织样本的细胞组成和免疫细胞功能，明确了鼻刷样本在采样深度和免疫细胞捕获方面的局限性	样本量未明确说明，可能限制统计效力；研究仅关注特定解剖部位，结果可能不适用于其他鼻腔区域	评估鼻刷样本是否准确反映鼻组织的免疫景观	配对鼻刷和鼻组织样本中的上皮细胞和免疫细胞	单细胞组学	呼吸道感染	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 流式细胞数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
1220	2026-03-18	Single-cell and spatial transcriptomics unveil myeloid-lymphoid cross talk and the dermal immune niche underlying palmoplantar pustulosis 2026-Feb-23, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2026.01.028 PMID:41740929	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了掌跖脓疱病中髓系-淋巴系细胞间的相互作用及其皮肤免疫微环境	首次结合单细胞RNA测序和高分辨率空间转录组学，系统解析了PPP进展中的免疫细胞动态和空间组织化免疫微环境	样本量相对较小，且主要聚焦于局部病变，未涉及全身性免疫反应或长期治疗效果的验证	探究掌跖脓疱病的免疫景观和发病机制	PPP患者的脓疱性和非脓疱性足底病变组织	数字病理学	皮肤炎症性疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	来自PPP患者的脓疱性和非脓疱性足底病变组织样本	NA	单细胞RNA-seq，空间转录组学	NA	NA