单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-08-06	Chevreul: an R bioconductor package for exploratory analysis of full-length single cell sequencing 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.158 PMID:40761736	research paper	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul与其他scRNA-seq分析包的不同之处在于其易用性、分析全长RNA测序数据以推断外显子覆盖和转录异构体的能力，以及支持批次校正	NA	为研究人员提供一个无需编程经验即可分析全长scRNA-seq数据的工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
102	2025-08-06	Unraveling NK cell heterogeneity through single-cell sequencing: insights from physiological and tumor contexts for clinical applications 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612352 PMID:40761786	review	本文通过单细胞测序技术探讨了自然杀伤细胞（NK细胞）在生理和肿瘤环境中的异质性，及其在临床治疗中的应用	利用高分辨率的单细胞测序技术揭示NK细胞的异质性，为NK细胞治疗提供更精确的信息	NA	探讨NK细胞在肿瘤微环境中的异质性及其在肿瘤治疗中的作用	自然杀伤细胞（NK细胞）	生物医学	肿瘤	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	NA
103	2025-08-06	Integrated multi-omics analysis and machine learning identify G protein-coupled receptor-related signatures for diagnosis and clinical benefits in soft tissue sarcoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561227 PMID:40761790	研究论文	本研究通过整合多组学分析和机器学习，识别了与软组织肉瘤诊断和临床益处相关的G蛋白偶联受体相关特征	结合单细胞和批量RNA-seq数据，开发了一个包含12种机器学习算法及其127种组合的新型框架，构建了诊断和预后模型	研究依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏差	构建软组织肉瘤的诊断和预后预测模型	软组织肉瘤患者	机器学习	软组织肉瘤	单样本基因集富集分析(ssGSEA)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、机器学习	Stepglm[both]+Enet[alpha=0.6]	RNA-seq数据	基于TCGA和GEO数据库的样本
104	2025-08-06	Analysis of immune characteristics and inflammatory mechanisms in COPD patients: a multi-layered study combining bulk and single-cell transcriptome analysis and machine learning 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1592802 PMID:40761855	研究论文	本研究通过结合批量与单细胞转录组分析及机器学习，探讨了COPD患者中炎症基因的潜在作用与机制	结合批量与单细胞转录组分析及机器学习方法，筛选炎症相关COPD特征基因，并构建风险预测模型，同时探索中药单体成分的治疗潜力	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证，样本来源和数量可能存在限制	探讨COPD患者中炎症基因的潜在作用与机制	COPD患者与正常个体的气道上皮组织	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	转录组分析、Lasso回归、随机森林算法、单细胞测序、分子对接、分子动力学模拟	Lasso回归、随机森林	转录组数据	来自GEO数据库的COPD患者和正常个体的气道上皮组织样本，具体数量未明确说明
105	2025-08-06	Single-cell transcriptomic and spatial analysis reveal the immunosuppressive microenvironment in relapsed/refractory angioimmunoblastic T-cell lymphoma 2024-12-18, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01199-0 PMID:39695118	研究论文	通过单细胞转录组和空间分析揭示复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中的免疫抑制微环境	首次使用单细胞RNA测序和成像质谱流式细胞术比较了复发/难治性AITL与新诊断AITL的细胞组成和空间结构，揭示了YY1转录激活驱动的恶性Tfh细胞增殖与患者不良预后的显著关联，以及B细胞在免疫逃逸中的作用	研究样本数量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探究复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境特征	复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（RR-AITL）和新诊断AITL（ND-AITL）患者样本	数字病理学	淋巴瘤	scRNA-seq, IMC	NA	单细胞转录组数据, 空间成像数据	未明确说明
106	2025-08-06	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	research paper	该研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，揭示了人类海马体的分子景观	结合单核RNA测序和空间转录组学数据，首次在人类海马体中定义了细胞类型和空间域的分子特征	研究仅基于10名成年神经典型供体的样本，样本量较小	解析人类海马体的分子特征及其与空间组织的关系	人类海马体组织	digital pathology	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NMF	RNA测序数据, 空间转录组数据	10名成年神经典型供体的海马体组织样本
107	2025-08-06	Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078 PMID:38913513	研究论文	本文提出了一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模单细胞RNA-seq数据中提取小型加权细胞子集，以促进下游数据分析任务	提出scCoreset框架，能够在保持分析结果相似性的前提下，显著提高单细胞RNA-seq数据分析的效率	未提及该方法在处理特定类型细胞或复杂生物问题时的适用性限制	解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scCoreset框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本量，但涉及大规模数据集
108	2025-08-06	FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979 PMID:37467096	研究论文	提出了一种快速稳定的非负矩阵分解方法FaStaNMF，用于基因表达数据的解卷积分析	在保证NMF结果全局稳定性的同时兼顾准确性和速度，解决了传统NMF方法无法保证全局唯一解的问题	方法性能仅在四个已知真实值的数据集上进行了验证	开发一种快速稳定的基因表达数据解卷积方法	混合细胞类型的基因表达数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解(NMF)	FaStaNMF	基因表达数据	四个基于公开数据或RNAGinesis模拟生成的数据集
109	2025-08-06	SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400 PMID:38976461	研究论文	本文提出了一种基于图学习的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病的基因调控机制	提出了一种新的基于图神经网络和γ衰减启发式链接预测的单细胞基因调控网络识别方法SCRN	研究仅基于三个已知的AD基因构建调控网络，可能未涵盖所有相关基因	研究阿尔茨海默病的基因调控机制，寻找潜在的生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和正常人的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, UMAP降维分析	图神经网络	单细胞RNA测序数据	NA
110	2025-08-06	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF通过整合深度特征嵌入和核空间分析，学习准确的聚类亲和矩阵，并设计多级核空间融合策略以充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确提及具体样本量
111	2025-08-06	Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170 PMID:39255084	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据	引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息性特征，添加不同噪声以促进图结构信息和分布不确定性的传播	未提及具体在真实生物场景中的应用效果验证	解决单细胞RNA测序数据高维度、高稀疏性的分析挑战	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	变分图自编码器(MSVGAE), 图注意力网络	基因表达数据	24个模拟数据集和8个真实数据集
112	2025-08-06	Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574 PMID:39471116	研究论文	本文提出了一种名为D2AN的判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应并进行细胞类型注释	通过对抗性域适应策略捕获全局低维嵌入，结合对比损失和语义对齐，以及基于域间损失的自适应学习机制，提高了模型的鲁棒性	未提及具体的数据集规模或模型在不同类型细胞上的泛化能力	解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题并实现细胞类型注释	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	判别性域适应网络(D2AN)	RNA测序数据	多个真实数据集（未提及具体数量）
113	2025-08-06	Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619254 PMID:39484434	研究论文	该研究利用人类神经干细胞和祖细胞（NSPCs）建立了一个胶质瘤起始模型，以探索肿瘤起源细胞如何影响胶质瘤的瘤内异质性	通过使用从胎儿人脑组织中纯化的NSPCs，结合单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤起源细胞对胶质瘤异质性的重要影响	研究使用的是免疫缺陷小鼠模型，可能无法完全模拟人类胶质瘤的免疫微环境	探索胶质瘤起源细胞如何塑造瘤内异质性	人类神经干细胞和祖细胞（NSPCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤（GBM）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	从胎儿人脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞系
114	2025-08-06	Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza 2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.13.617920 PMID:39464079	研究论文	本研究通过单细胞抗原受体测序技术，探究了猪在流感病毒感染后的肺适应性免疫系统反应	首次在猪中结合单细胞RNA测序与T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）的配对恢复，以研究其受体库	研究仅针对流感病毒感染的猪模型，可能不适用于其他病原体或物种	探究自然杀伤T（NKT）细胞是否改变猪肺中TCR和BCR库的选择，并追踪克隆扩增对流感病毒暴露的反应	流感病毒感染的猪肺细胞和FACS分选的T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序（scRNAseq）、10x Genomics VDJ测序协议	NA	单细胞RNA测序数据、TCR和BCR序列数据	流感病毒感染或疫苗接种后的猪肺细胞样本
115	2025-08-06	Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics 2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.611566 PMID:39314329	研究论文	利用空间转录组学揭示人类阿尔茨海默病脑中斑块-胶质细胞微环境的相互作用	首次结合空间转录组学(ST)和免疫组化(IHC)技术，系统分析了Aβ斑块与周围胶质细胞在人类大脑中的相互作用及其对神经元损失和炎症的影响	研究样本量相对有限(21例个体)，且均为死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的动态变化	探究阿尔茨海默病中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用及其病理机制	21例个体的78个死后脑切片中的258,987个ST位点	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST), 免疫组化(IHC)	NA	转录组数据, 图像数据	21例个体的78个脑切片(258,987个ST位点)
116	2025-08-06	PoweREST: Statistical Power Estimation for Spatial Transcriptomics Experiments to Detect Differentially Expressed Genes Between Two Conditions 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610564 PMID:39257799	研究论文	介绍了一个名为PoweREST的统计功效估计工具，用于支持10X Genomics Visium数据中差异表达基因检测的功效计算	填补了空间转录组学研究中差异表达基因检测功效计算工具的空白，提供了实验前和初步数据收集后的功效估计功能	仅适用于10X Genomics Visium数据，未涵盖其他空间转录组学技术	开发一个工具来估计空间转录组学实验中检测差异表达基因的统计功效	空间转录组学数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	NA
117	2025-08-06	Vagal TRPV1 + sensory neurons regulate myeloid cell dynamics and protect against influenza virus infection 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.21.609013 PMID:39229208	研究论文	研究揭示了迷走神经TRPV1+感觉神经元通过调控髓系细胞动态和免疫病理反应，保护宿主免受流感病毒感染的机制	首次明确了迷走神经TRPV1+伤害性感受神经元在肺部抗病毒防御中的具体作用机制，特别是其对髓系细胞反应和免疫病理的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	探究迷走神经TRPV1+感觉神经元在流感病毒感染中的保护机制	小鼠模型中的迷走神经TRPV1+感觉神经元和髓系细胞	免疫学	流感	流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
118	2025-08-06	Respiratory viral infection promotes the awakening and outgrowth of dormant metastatic breast cancer cells in lungs 2024-Apr-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4210090/v1 PMID:38645169	research paper	该研究揭示了呼吸道病毒感染如何促进休眠的转移性乳腺癌细胞在肺部的苏醒和生长	首次展示了流感病毒和SARS-CoV-2感染通过IL-6依赖机制促进乳腺癌休眠细胞苏醒和转移的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为观察性研究，需要进一步验证	探究呼吸道病毒感染对乳腺癌转移休眠细胞苏醒的影响机制	乳腺癌转移休眠细胞(DCC)和呼吸道病毒(流感病毒、SARS-CoV-2)	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠模型	基因表达数据和临床观察数据	小鼠实验模型和人类观察性数据
119	2025-08-06	The Extracellular Niche and Tumor Microenvironment Enhance KRAS Inhibitor Efficacy in Pancreatic Cancer 2024-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2504 PMID:38294344	研究论文	本研究评估了KRAS抑制剂MRTX1133在胰腺导管腺癌(PDAC)中的疗效，并探讨了肿瘤微环境对治疗效果的影响	发现ITGB1可作为增强MRTX1133疗效的靶点，并证明3D细胞培养和体内环境中MRTX1133效果更佳，揭示了KRAS抑制通过调节肿瘤微环境促进免疫反应的机制	研究主要基于细胞系和动物模型，需要进一步临床试验验证	开发PDAC新的治疗干预措施	胰腺导管腺癌(PDAC)细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型	肿瘤治疗	胰腺癌	CRISPR-Cas9功能缺失筛选、数字空间分析、单细胞测序、多光谱成像	NA	基因表达数据、影像数据	多株PDAC细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型
120	2025-08-06	Osteosarcoma Cells Secrete CXCL14 That Activates Integrin α11β1 on Fibroblasts to Form a Lung Metastatic Niche 2024-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1307 PMID:38295227	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了骨肉瘤细胞通过分泌CXCL14激活成纤维细胞上的整合素α11β1，促进肺转移微环境形成的机制	首次发现CXCL14-整合素α11β1轴在骨肉瘤肺转移中的关键作用，并证明靶向该轴可抑制转移	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探究骨肉瘤肺转移微环境的形成机制及潜在治疗靶点	骨肉瘤细胞、肺转移微环境中的成纤维细胞	肿瘤微环境	骨肉瘤	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	未明确说明样本量（使用治疗初治骨肉瘤样本）