单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11921	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveal extracellular vesicles secretion with a cardiomyocyte proteostasis signature during pathological remodeling 2023-01-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04402-9 PMID:36681760	研究论文	该文章揭示了在病理重塑过程中，心肌细胞分泌具有蛋白质稳态特征的外泌体	首次通过单细胞转录组分析揭示心肌细胞在病理重塑中的外泌体分泌机制以及相关的蛋白质特征	该研究主要集中在小鼠模型，临床相关性尚需进一步验证	研究心肌细胞在病理重塑过程中外泌体的分泌与蛋白质稳态特征的关系	包含诱导性心肌特异性Wnt激活的小鼠模型及人源诱导多能干细胞衍生的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用了β-cat小鼠模型和来自人源诱导多能干细胞的心肌细胞
11922	2024-08-05	Comprehensive Characterization of the Multiple Myeloma Immune Microenvironment Using Integrated scRNA-seq, CyTOF, and CITE-seq Analysis 2022-10, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0022 PMID:36969740	研究论文	本文对多发性骨髓瘤的免疫微环境进行了全面表征	结合使用了单细胞RNA测序、质谱细胞术和CITE-seq分析，揭示了不同检测方法之间的一致性和差异性	缺乏对更多样本的分析，且结果需要在更大规模的项目中进一步验证	理解多发性骨髓瘤骨髓样本中免疫细胞的特征	来自18名患者的多发性骨髓瘤骨髓样本中的免疫细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, CyTOF, CITE-seq	NA	RNA	18名患者的骨髓样本
11923	2024-08-05	Myeloid Cell-associated Resistance to PD-1/PD-L1 Blockade in Urothelial Cancer Revealed Through Bulk and Single-cell RNA Sequencing 2021-08-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4574 PMID:33837006	研究论文	本研究旨在确定与转移性尿路上皮癌中PD-1/PD-L1阻滞耐药性相关的主要分子和细胞特征	通过利用大规模和单细胞RNA测序，揭示了与PD-1/PD-L1阻滞耐药性相关的适应性免疫反应和促肿瘤性炎症基因特征之间的平衡	未讨论其他类型的细胞在抵抗机制中的作用	探讨转移性尿路上皮癌对PD-1/PD-L1阻滞的耐药机制	重点研究转移性尿路上皮癌患者及其肿瘤微环境中的免疫细胞特征	数字病理学	尿路上皮癌	RNA测序	NA	RNA数据	来自两项临床试验的样本数据以及肌肉浸润性膀胱癌标本
11924	2024-08-04	Pan-cancer analysis of super-enhancer-induced LINC00862 and validation as a SIRT1-promoting factor in cervical cancer and gastric cancer 2024-Jul, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101982 PMID:38718436	研究论文	本研究探讨了LINC00862在多癌症中的生物学意义及其在宫颈癌和胃癌中的作用	揭示了LINC00862在宫颈癌和胃癌中的致癌机制，并验证了其作为生物标志物的潜力	未具体列出LINC00862在其他类型癌症中的作用及有效性	研究LINC00862在不同癌症中的表达及其与免疫疗法的关系	主要研究肿瘤和基质细胞中的LINC00862表达及其调控机制	数字病理学	宫颈癌与胃癌	染色质免疫沉淀和RNA免疫沉淀等	NA	生物信息学数据和单细胞测序数据	涉及大多数肿瘤和基质细胞的表达分析
11925	2024-08-04	Dysregulation of peripheral and intratumoral KLRG1+ CD8+T cells is associated with immune evasion in patients with non-small-cell lung cancer 2024-Jul, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101968 PMID:38713923	研究论文	本研究探讨了KLRG1+ CD8+ T细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）患者中的免疫逃避中的作用	本研究首次揭示KLRG1+ CD8+ T细胞与NSCLC肿瘤免疫逃避的关联性，并提出KLRG1作为潜在的免疫治疗靶点	研究中可能缺乏大规模样本数据来验证KLRG1的预后价值	研究KLRG1在非小细胞肺癌患者中的免疫调节作用	非小细胞肺癌患者的外周血和肿瘤组织中的KLRG1+ CD8+ T细胞	数字病理学	非小细胞肺癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据，细胞单一测序数据	NSCLC患者与健康供体、良性肺结节患者的对比样本
11926	2024-08-05	Differential role of glucocorticoid receptor based on its cell type specific expression on tumor cells and infiltrating lymphocytes 2024-Jul, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101957 PMID:38643748	研究论文	本研究探讨了糖皮质激素受体在肿瘤细胞和浸润淋巴细胞中特殊细胞类型表达的差异性作用	发展了一个与雌激素受体状态无关的糖皮质激素受体标志（GRsig），并评估其在不同乳腺癌亚型中的独立预后能力	未提及具体的实验设计或模型限制	研究糖皮质激素受体在乳腺癌不同细胞类型中的表达及其预后意义	乳腺癌肿瘤上皮细胞和浸润淋巴细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化	NA	基因表达数据	独立乳腺癌队列的样本数量未具体提及
11927	2024-08-05	MAPKAP1 orchestrates macrophage polarization and lipid metabolism in fatty liver-enhanced colorectal cancer 2024-Jul, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101941 PMID:38692197	研究论文	本研究探讨了脂肪肝在大肠癌进展中的机械作用，重点关注巨噬细胞极化和脂质代谢。	发现MAPKAP1是通过M2巨噬细胞极化和脂质代谢重编程促进大肠癌的重要基因。	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病的复杂性。	研究脂肪肝如何影响大肠癌的进展，特别是在巨噬细胞极化和脂质代谢方面。	使用小鼠脂肪肝模型以及大肠癌特异性基因MAPKAP1进行研究。	数字病理学	大肠癌	单细胞转录组测序 (scRNA-seq)	NA	NA	小鼠模型，样本数量未具体说明
11928	2024-08-05	FTO elicits tumor neovascularization in cancer-associated fibroblasts through eliminating m6A modifications of multiple pro-angiogenic factors 2024-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216911 PMID:38685450	研究论文	本研究揭示了FTO通过消除多种促血管生成因子的m6A修饰，促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）介导的肿瘤血管生成	首次明确了FTO在肿瘤微环境中对CAFs介导的血管生成的作用机制	本研究的局限性在于未能明确m6A修饰对CAFs激活的具体作用	探讨FTO在CAFs介导的血管生成中的作用及机制	研究癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	眼睑黑色素瘤	单细胞转录组分析、多组学分析	NA	mRNA	CAFs样本数量未明确
11929	2024-08-05	Cardiopulmonary progenitors facilitate cardiac repair via exosomal transfer of miR-27b-3p targeting the SIK1-CREB1 axis 2024-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13593 PMID:38185757	研究论文	这篇文章探讨了心肺前体细胞在心脏修复中的作用，特别是通过外泌体转移miR-27b-3p靶向SIK1-CREB1轴来促进心脏修复	该研究首次揭示心肺前体细胞通过外泌体转移miR-27b-3p促进心脏修复的机制	研究只在小鼠模型中进行，临床应用的有效性和安全性尚需进一步验证	研究心肺前体细胞在缺血性心脏疾病中修复受损心脏的机制	本研究对象为小鼠胚胎衍生的心肺前体细胞	数字病理学	缺血性心脏病	scRNA-seq, miRNA-seq, RNA-seq, 流式细胞术	NA	细胞, RNA	使用E9.5小鼠胚胎获取心肺前体细胞，具体样本数量未提及
11930	2024-08-05	Identification and validation of a lactate metabolism-related six-gene prognostic signature in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Apr-16, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05723-4 PMID:38627278	研究论文	本文揭示了乳酸代谢在肝内胆管癌中的生物学作用，并构建了一个可靠的乳酸代谢相关预后标志。	文章首次系统性地识别和验证了与乳酸代谢相关的六个基因的预后标志，提供了新思路用于肝内胆管癌的预后评估和治疗。	研究对乳酸代谢在肝内胆管癌中的生物学功能的探索仍然有限，需要更多的临床数据来验证。	研究目的是明确乳酸代谢在肝内胆管癌中的生物学作用，开发预后工具。	研究对象为肝内胆管癌患者及其相关细胞系。	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	高和低乳酸代谢相关基因得分组中的患者样本
11931	2024-08-04	Casp11 Deficiency Alters Subgingival Microbiota and Attenuates Periodontitis 2024-03, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231221712 PMID:38197150	研究论文	本研究探讨了Caspase-11介导的非经典焦亡、亚龈微生物群变化与巨噬细胞极化之间的相互作用	揭示了Caspase-11在牙周炎病理生理过程中的关键作用，并强调其对亚龈微生物群和巨噬细胞M1极化的影响	具体机制尚不清楚，需进一步研究以验证这些发现	探讨Caspase-11缺失对亚龈微生物群及牙周炎的影响	牙周炎患者的临床样本以及实验性牙周炎小鼠模型	数字病理学	牙周炎	单细胞测序	小鼠模型	临床样本	牙周炎患者的临床样本及实验性小鼠模型
11932	2024-08-05	Identification of CFH and FHL2 as biomarkers for idiopathic pulmonary fibrosis 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1363643 PMID:38784225	研究论文	本研究识别了CFH和FHL2作为特发性肺纤维化的生物标志物	本研究首次确认CFH和FHL2在特发性肺纤维化中的诊断价值	该研究缺乏长期临床验证，临床适用性尚需进一步评估	研究CFH和FHL2在特发性肺纤维化中的作用及其与免疫细胞的关系	特发性肺纤维化相关的关键基因及其在免疫细胞中的表达	数字病理学	特发性肺纤维化	基因微阵列分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	两组数据共涉及647个差异表达基因
11933	2024-08-05	CONSTRUCTION OF SEPSIS DIAGNOSTIC MODELS AND IDENTIFICATION OF MACROPHAGE SUBPOPULATIONS BASED ON PYROPTOSIS-RELATED GENES 2023-07-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002137 PMID:37179249	研究论文	本文构建了基于炎性细胞死亡相关基因的败血症诊断模型，并识别了巨噬细胞亚群	创新点在于基于10种关键炎性细胞死亡相关基因构建败血症风险评分，并确定了一种与预后相关的巨噬细胞亚群	研究局限性在于样本来源仅依赖公共数据库，可能忽略了临床样本的多样性	研究炎性细胞死亡在败血症患者中的预后和诊断价值	研究对象包括败血症患者的单细胞和总体RNA序列数据	数字病理	败血症	RNA-seq	逻辑回归模型	基因表达数据	根据公共数据库进行分析，样本数量未明确
11934	2024-08-04	Concerted epithelial and stromal changes during progression of Barrett's Esophagus to invasive adenocarcinoma exposed by multi-scale, multi-omics analysis 2023-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.08.544265 PMID:37333362	研究论文	本研究通过多规模、多组学分析揭示了巴雷特食管进展为侵袭性腺癌过程中的上皮和基质的变化	整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白组学等多个组学的分析，揭示了肿瘤进程的共享特征和患者特异特征	该研究样本数量相对较少，且仅限于特定患者的病理进程	探讨巴雷特食管向侵袭性腺癌进展中的生物学变化	分析来自12名患者的64个样本，研究其从鳞状上皮到腺癌的发展路径	数字病理学	食管腺癌	单细胞转录组学，细胞外基质蛋白组学，组织力学，空间蛋白组学	NA	样本	64个样本来自12名患者
11935	2024-08-04	Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis of Dermal Fibroblast Development in Perinatal Mouse Skin: Dynamic Lineage Differentiation and Key Driver Genes 2024-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.11.008 PMID:38072389	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和空间转录组学研究了胎儿鼠皮肤中真皮成纤维细胞的发展	首次系统分析了不同发育阶段的单细胞RNA测序数据，并识别了多个重要驱动基因	主要集中在小鼠的发育阶段，可能不适用于其他物种或更广泛的生物学过程	探讨皮肤发育过程中真皮成纤维细胞的动态谱系分化及其关键驱动基因	聚焦于不同发育阶段小鼠皮肤的真皮成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA数据	多个阶段的小鼠样本（胚胎13.5天，14.5天，16.5天和出生后0天，2天，4天）
11936	2024-08-05	Hepatic organoids move from adolescence to maturity 2024-Jun, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.15893 PMID:38451053	研究论文	这篇文章探讨了肝脏类器官在肝脏研究中的贡献和未来发展	指出肝脏类器官在基本研究、药物发现和疾病病理生物学理解方面的四种先进应用	没有具体提及研究的局限性	旨在评估肝脏类器官在肝脏疾病研究中的应用	肝脏类器官及其在不同领域的应用	数字病理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序和CRISPR技术	类器官模型	细胞和组织	NA
11937	2024-08-04	Multiregional transcriptomics identifies congruent consensus subtypes with prognostic value beyond tumor heterogeneity of colorectal cancer 2024-May-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48706-2 PMID:38773143	研究论文	研究多区域转录组学在结直肠癌中的预后价值及其对肿瘤异质性的影响	首次通过多区域转录组学探究了结直肠癌中的凝聚共识分型及其预后能力	该研究仅基于单个医院的样本，可能限制了结果的广泛适用性	评估转录组异质性对结直肠癌预后的影响及其分类能力	对来自692名患者的1093个肿瘤样本进行研究，包括98个原发肿瘤和35对原发-转移样本	数字病理学	结直肠癌	转录组学	NA	肿瘤样本	1093个肿瘤样本，来自692名患者
11938	2024-08-04	A comparative study on the dose-effect of low-dose radiation based on microdosimetric analysis and single-cell sequencing technology 2024-05-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-62501-5 PMID:38773212	研究论文	本研究探讨了低剂量辐射对BEAS-2B细胞系的潜在机制	使用微剂量分析和单细胞测序技术，提供了选择对低剂量辐射反应敏感生物标志物的新视角	研究中的数值不确定性可能影响微剂量与基因表达的相关性	深入探索低剂量辐射诱发的生物机制	BEAS-2B细胞系及其对低剂量辐射的反应	数字病理学	NA	单细胞测序	蒙特卡罗模型	细胞能量分布和基因表达数据	NA
11939	2024-08-05	Comprehensive analysis of KLF family reveals KLF6 as a promising prognostic and immune biomarker in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-May-21, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03369-3 PMID:38773440	研究论文	本研究全面分析了KLF家族，并揭示KLF6作为胰腺导管腺癌中有前景的预后和免疫生物标志物	本研究提出KLF6是胰腺导管腺癌中一个新的诊断生物标志物，并作为潜在治疗靶点	未在临床上验证KLF6的作用及其作为生物标志物的应用效果	探讨KLF家族基因在胰腺导管腺癌中的生物学功能及其临床意义	研究胰腺导管腺癌中的KLF家族基因及其表达模式	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Cox回归模型	转录组数据	包含了大量胰腺癌患者的转录组样本
11940	2024-08-05	Dynamic changes in B cell subpopulations in response to triple-negative breast cancer development 2024-05-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-60243-y PMID:38773133	研究论文	本文探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）发展过程中B细胞亚群的动态变化	本研究揭示了LAG-3 + B细胞在三阴性乳腺癌中的潜在良好预后意义，并提出其可能成为靶向治疗的新方向	需要更多研究来揭示这些细胞的机制路径，并在更大、更多样化的患者群体中验证其预后价值	研究B细胞在三阴性乳腺癌发展过程中的响应变化及其预后关联	使用小鼠模型探讨B细胞在肿瘤相关淋巴结中的反应	数字病理学	三阴性乳腺癌	scRNA-Seq	NA	转录组数据	研究涉及TNBC患者的转录组数据