单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 11781 - 11800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11781 | 2024-08-04 |
Next-Generation Sequencing-Based Spatial Transcriptomics: A Perspective from Barcoding Chemistry
2024-May-27, JACS Au
IF:8.5Q1
DOI:10.1021/jacsau.4c00118
PMID:38818076
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评论 | 这篇文章探讨了基于下一代测序的空间转录组学方法及其条形码化学的进展 | 强调了空间条形码化学在空间转录组学中的重要性和创新应用 | 该文章未深入探讨特定实验结果或案例 | 旨在揭示细胞类型、位置及其相互作用相关的基因表达特征 | 关注空间转录组技术及其应用于生物学和医学研究 | 数字病理学 | 肿瘤 | 下一代测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 11782 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing technology in diabetic wound healing: New insights into the progenitors-based repair strategies
2024-May-26, World journal of stem cells
IF:3.6Q3
DOI:10.4252/wjsc.v16.i5.462
PMID:38817326
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研究论文 | 本文章集中于单细胞RNA测序技术在糖尿病伤口愈合中的应用，探讨基于祖细胞的修复策略 | 揭示了基于祖细胞的修复策略并强调了不同愈合相关细胞的生物行为和信号通路的变化 | 未提及具体的实验数据或样本分析 | 揭示糖尿病伤口愈合的复杂生物学并为干预提供新的目标 | 糖尿病伤口中的祖细胞及其在愈合过程中的角色 | 数字病理学 | 糖尿病相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞和分子层面的数据 | NA |
| 11783 | 2024-08-04 |
SpaNCMG: improving spatial domains identification of spatial transcriptomics using neighborhood-complementary mixed-view graph convolutional network
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae259
PMID:38811360
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研究论文 | 本文提出了一种SpaNCMG算法，以提高空间转录组学中的空间域识别准确性 | 提出基于邻域互补混合视图图卷积网络的算法，有效整合KNN的局部信息与r半径的全局结构 | 处理高维数据时可能存在计算复杂度和噪声影响的挑战 | 旨在实现空间域的精确描述和定位 | 通过五个数据集与四个测序平台的应用测试算法性能 | 数字病理学 | NA | KPCA | 图卷积网络 | 转录组数据 | 五个数据集 |
| 11784 | 2024-08-04 |
COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors
2024-May-20, Thorax
IF:9.0Q1
DOI:10.1136/thorax-2022-219958
PMID:38286613
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研究论文 | 本文探讨了慢性阻塞性肺病(COPD)基底细胞的转变如何导致分泌细胞与多纤毛细胞之间的不平衡，从而增强对环境压力的抵御能力 | 本研究揭示了COPD不同阶段基底细胞基因改变对气管上皮细胞组成的影响及其在应对环境纳米颗粒中的作用 | 研究样本量有限，仅包括少数COPD和健康个体的细胞 | 研究COPD患者气管上皮细胞对环境纳米颗粒的反应机制 | 主要人类支气管上皮细胞(pHBECs)的不同COPD阶段和健康个体 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞转录组分析 | NA | 细胞文化 | 总样本量为11，包括4个COPD-IV, 3个COPD-II和4个健康个体 |
| 11785 | 2024-08-04 |
Understanding glioblastoma at the single-cell level: Recent advances and future challenges
2024-May, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002640
PMID:38814900
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研究论文 | 这篇文章讨论了胶质母细胞瘤在单细胞水平上的研究进展及面临的挑战 | 文章揭示了单细胞转录组学在研究胶质母细胞瘤的遗传和分子特征方面的新见解 | 挑战包括高成本、复杂的数据分析与解读，以及将研究成果转化为临床实践的困难 | 全面理解胶质母细胞瘤的细胞与分子异质性 | 胶质母细胞瘤的单细胞级别特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 11786 | 2024-08-04 |
Periportal macrophages protect against commensal-driven liver inflammation
2024-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07372-6
PMID:38658756
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研究论文 | 本文研究了肝脏门静脉区域的巨噬细胞如何保护肝脏免受常驻细菌引发的炎症影响。 | 揭示了肝脏不同区域的免疫系统功能差异，并发现了由肠道微生物诱导的免疫抑制性巨噬细胞的特定亚群。 | 未明确指出研究的局限性 | 探讨肝脏门静脉区免疫抑制机制及其在慢性肝炎症中的作用。 | 功能性特异性巨噬细胞以及与肠道微生物的相互作用。 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝炎，原发性硬化性胆管炎 | 单细胞转录组学，体内成像 | 动物实验模型 | NA | NA |
| 11787 | 2024-08-04 |
Single-nucleotide variant calling in single-cell sequencing data with Monopogen
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01873-x
PMID:37592035
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研究论文 | 本文介绍了Monopogen，一种用来从单细胞测序数据中检测单核苷酸变异的计算工具。 | Monopogen结合了群体遗传学、细胞谱系追踪和单细胞组学，能够识别与心肌细胞代谢水平和表观基因组程序相关的变异，并提高了体细胞SNV的检测。 | NA | 研究单细胞组学技术如何依赖于细胞的遗传背景进行转录和表观遗传特征的分子表征。 | 检测单细胞测序数据中的单核苷酸变异。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 能够识别10万个至300万个生殖系SNV |
| 11788 | 2024-08-04 |
De novo detection of somatic mutations in high-throughput single-cell profiling data sets
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01863-z
PMID:37414936
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研究论文 | 本研究介绍了一种名为SComatic的算法，用于在单细胞转录组和ATAC-seq数据集中检测体细胞突变 | SComatic可以直接在没有匹配的DNA测序数据的情况下检测体细胞突变，并且能够区分突变与多态性、RNA编辑事件和伪影 | 未提及具体的限制 | 研究单细胞分辨率下的体细胞突变，以了解癌症进化和克隆马赛克 | 研究对象为688个单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据集中的260万单细胞 | 数字病理学 | 癌症 | ATAC-seq | NA | 单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据 | 688个单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据集中的260万单细胞 |
| 11789 | 2024-08-05 |
Young glial progenitor cells competitively replace aged and diseased human glia in the adult chimeric mouse brain
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01798-5
PMID:37460676
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研究论文 | 本研究探讨健康的胶质细胞是否能够在成年小鼠大脑中竞争并取代生病的人类胶质细胞 | 研究表明年轻的健康胶质前体细胞能够替代衰老和患病的人类胶质细胞，提出了替代这些细胞的治疗策略 | 研究主要在小鼠模型中进行，临床应用的效果尚未验证 | 研究是否健康的胶质细胞可以在成年大脑中竞争并替代生病的胶质细胞 | 健康的人类胶质前体细胞与人类亨廷顿病相关的病变胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 成年小鼠的脑组织 |
| 11790 | 2024-08-05 |
PDGFRα+ITGA11+ fibroblasts foster early-stage cancer lymphovascular invasion and lymphatic metastasis via ITGA11-SELE interplay
2024-Apr-08, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.02.002
PMID:38428409
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研究论文 | 本研究揭示了PDGFRαITGA11纤维母细胞在早期膀胱癌中的重要作用 | 发现了一种之前未知的PDGFRαITGA11CAFs亚群，与早期膀胱癌中的淋巴血管侵袭和预后不良相关 | 本研究主要集中在早期膀胱癌，可能无法推广到其他类型癌症 | 探讨早期癌症中癌相关纤维母细胞的功能和机制 | 早期膀胱癌中的PDGFRαITGA11CAF亚群 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | 缺失小鼠模型 | 临床数据 | 910个病例 |
| 11791 | 2024-08-04 |
Exploring the diversity of cancer-associated fibroblasts: insights into mechanisms of drug resistance
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1403122
PMID:38818409
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综述 | 本文综合分析了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的多样性及其在药物耐药机制中的作用 | 研究整合了36项独立单细胞RNA测序研究的数据，深入探讨了CAFs的亚群体及其在不同肿瘤类型中的预后相关性和功能贡献 | 可能缺乏某些肿瘤类型的全面数据，且对CAFs的具体机制仍需进一步验证 | 揭示CAFs的多样性及其在化疗耐药中的作用 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）在17种不同的人类恶性肿瘤类型中的特征 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 36项独立单细胞RNA测序研究涉及的17种人类恶性肿瘤类型的样本 |
| 11792 | 2024-08-05 |
Exploring the role of innate immunity in Cholangiocarcinoma: implications for prognosis, immune infiltration, and tumor metastasis
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.94194
PMID:38817870
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研究论文 | 本研究探讨了先天免疫系统在胆道癌中的作用，特别是在预后、免疫浸润和肿瘤转移中的影响 | 阐明了先天免疫途径与胆道癌之间的关系，并提出其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 当前研究关于先天免疫途径与癌症之间相互作用的文献有限且效果不一致 | 揭示先天免疫途径在胆道癌中的作用及其影响因素 | 胆道癌患者的肿瘤组织和正常组织样本 | 数字病理学 | 胆道癌 | 生物信息学和数据分析 | 单细胞转录组分析 | 基因表达数据和蛋白质组数据 | 胆道癌患者的肿瘤组织切片和HPA数据库中的正常组织切片 |
| 11793 | 2024-08-05 |
Deconvolution analysis identified altered hepatic cell landscape in primary sclerosing cholangitis and primary biliary cholangitis
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1327973
PMID:38818402
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研究论文 | 本文通过去卷积分析揭示了原发性硬化性胆管炎和原发性胆汁性胆管炎中肝细胞的变化。 | 首次利用CIBERSORTx和自定义签名矩阵系统识别特定肝细胞型的组成，展示了肝细胞在疾病中的不同功能。 | 需要更多研究以阐明这些肝细胞表型在胆汁淤积性肝损伤中的角色。 | 探讨原发性硬化性胆管炎和原发性胆汁性胆管炎中肝细胞的组成及其功能。 | 研究对象为原发性硬化性胆管炎和原发性胆汁性胆管炎患者的肝组织样本。 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序和去卷积分析 | CIBERSORTx | 基因组数据 | 分析了来自PSC和PBC患者的肝组织的多个样本 |
| 11794 | 2024-08-05 |
Single-cell and spatial transcriptome sequencing uncover a platinum-resistant cluster overexpressed TACSTD2 in high-grade serous ovarian cancer
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.95269
PMID:38817863
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研究论文 | 本研究揭示了高恶性度浆液性卵巢癌中与铂耐药性相关的E0亚群及其TACSTD2的表达 | 首次识别出铂耐药性上调TACSTD2的上皮细胞亚群，探讨了其在铂耐药性机制中的作用 | 样本量较小，仅涉及6名患者，可能限制结果的普遍性 | 分析高恶性度浆液性卵巢癌中的耐药机制及潜在靶点 | 研究对象为3名铂敏感患者和3名铂耐药患者的肿瘤组织 | 数字病理 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6个肿瘤样本 |
| 11795 | 2024-08-05 |
STREAK: A supervised cell surface receptor abundance estimation strategy for single cell RNA-sequencing data using feature selection and thresholded gene set scoring
2023-08, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011413
PMID:37603589
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研究论文 | 本研究介绍了一种新的监督细胞表面受体丰度估计方法STREAK，用于单细胞转录组数据。 | 提出了一种利用联合scRNA-seq/CITE-seq训练数据的监督受体丰度估计方法，并结合了一种阈值基因集评分机制。 | NA | 开发一种更准确的细胞表面受体丰度估计方法。 | 针对六个联合scRNA-seq/CITE-seq数据集进行的受体丰度估计评估。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序数据 | 六个联合scRNA-seq/CITE-seq数据集，代表四种人类和小鼠组织类型 |
| 11796 | 2024-08-05 |
Growth Hormone Accelerates Recovery From Acetaminophen-Induced Murine Liver Injury
2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.17.537197
PMID:37131727
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研究论文 | 本研究探讨了生长激素在乙酰氨基酚诱导的小鼠肝损伤中的治疗作用 | 首次提出使用生长激素作为治疗乙酰氨基酚肝毒性的替代疗法，并探讨了性别对肝脏修复的影响 | 研究的局限性在于只在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的有效性 | 旨在建立生长激素作为治疗乙酰氨基酚肝毒性的替代疗法 | 研究重点是乙酰氨基酚诱导的小鼠肝损伤 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 涉及小鼠的实验，样本数量未具体说明 |
| 11797 | 2024-08-05 |
SPECK: an unsupervised learning approach for cell surface receptor abundance estimation for single-cell RNA-sequencing data
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad073
PMID:37359727
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研究论文 | 本文提出了一种新的无监督方法SPECK，用于单细胞RNA测序数据的受体丰度估计 | 创新点在于提出了一种基于CKmeans聚类阈值的无监督算法来估计细胞表面受体的丰度 | 依赖于scRNA-seq数据进行受体丰度估计，无法直接测量表面蛋白，可能影响结果的准确性 | 旨在提高细胞表面蛋白丰度估计的准确性，以支持单细胞转录组学的研究 | 主要研究人类25种受体在多种组织类型中的丰度估计 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督算法 | RNA测序数据 | 涉及至少25个人类受体和多个组织类型 |
| 11798 | 2024-08-05 |
Building a lineage from single cells: genetic techniques for cell lineage tracking
2017-04, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg.2016.159
PMID:28111472
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综述 | 本文讨论了细胞谱系追踪的技术 | 探讨了最新的外源性标记和单细胞测序方法，这些方法使得在更大规模和更多物种中进行谱系追踪成为可能 | 未提及具体的实验数据和案例研究 | 研究细胞谱系关系及其对病理状态和发育途径的影响 | 关注细胞谱系追踪的技术和方法 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 11799 | 2024-08-05 |
Div-Seq: Single-nucleus RNA-Seq reveals dynamics of rare adult newborn neurons
2016-08-26, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aad7038
PMID:27471252
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研究论文 | 本文介绍了一种新方法Div-Seq，用于揭示稀有成人新生神经元的动态过程 | 本文创新性地结合了可扩展的单核RNA测序与脉冲标记增殖细胞的方法 | 目前对每个阶段的标记物仍然有限 | 研究成人神经发生中的稀有动态过程 | 主要研究对象为成人海马区和脊髓中的新生神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 11800 | 2024-08-04 |
YTHDF2 favors protumoral macrophage polarization and implies poor survival outcomes in triple negative breast cancer
2024-Jun-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109902
PMID:38812540
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研究论文 | 该研究聚焦于YTHDF2及其在三阴性乳腺癌中对巨噬细胞极化的影响 | 发现YTHDF2促进巨噬细胞的促肿瘤表型极化，并与抗原呈递信号的下调密切相关 | NA | 探讨YTHDF2在三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化及其影响 | 三阴性乳腺癌中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |