单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 10041 - 10060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10041 | 2025-10-07 |
Multimodal contrastive learning for spatial gene expression prediction using histology images
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae551
PMID:39471412
|
研究论文 | 提出一种基于多模态对比学习的空间基因表达预测方法mclSTExp，使用组织学图像预测空间转录组数据 | 将每个斑点视为'单词'，通过Transformer自注意力机制整合内在特征与空间上下文，并利用对比学习融合图像特征 | 仅在乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集上进行了评估，未验证在其他癌症类型上的泛化能力 | 开发成本效益高的空间基因表达预测方法 | 乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌组织样本 | 计算机视觉 | 乳腺癌,皮肤鳞状细胞癌 | 多模态对比学习,Transformer,自注意力机制 | Transformer,Densenet-121 | 图像,空间基因表达数据 | 两个乳腺癌数据集和一个皮肤鳞状细胞癌数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10042 | 2025-10-07 |
Cell-type-specific aging clocks to quantify aging and rejuvenation in neurogenic regions of the brain
2023-01, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-022-00335-4
PMID:37118510
|
研究论文 | 开发基于单细胞转录组学的细胞类型特异性衰老时钟，用于量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化过程 | 首次从单细胞转录组数据开发高分辨率衰老时钟，能够量化转录组年轻化 | 研究仅基于小鼠模型，样本量相对有限 | 开发细胞类型特异性衰老时钟来表征大脑神经发生区域的衰老和年轻化 | 小鼠大脑室下区神经发生区域 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 单细胞转录组数据 | 28只小鼠，覆盖从年轻到老年的不同年龄段 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10043 | 2025-10-07 |
Seeing is believing: new methods for in situ single-cell transcriptomics
2014-Mar-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/gb4169
PMID:25000927
|
综述 | 本文综述了用于复杂组织内单细胞原位转录组学研究的新方法 | 开发了通过原位测序或从单光活化细胞捕获mRNA的新方法 | NA | 开发单细胞原位转录组学研究方法 | 复杂组织中的单细胞 | 单细胞生物学 | NA | RNA-seq, 原位测序 | NA | mRNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10044 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomics and Proteomics Profiling After Ischemic Stroke Reperfusion: Insights Into Vascular Alterations
2025-Apr, Stroke
IF:7.8Q1
DOI:10.1161/STROKEAHA.124.048085
PMID:40052263
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和蛋白质组学分析缺血性卒中再灌注后的脑血管变化 | 首次结合空间转录组学和蛋白质组学技术，在空间维度上揭示缺血性卒中再灌注后微血管表达谱的变化 | 研究仅使用雄性小鼠模型，样本量较小(n=5)，且仅观察了早期(24小时)变化 | 研究缺血性卒中再灌注后脑血管变化的分子机制 | 13-14周龄C57BL/6JRj雄性小鼠的脑实质内皮细胞和周细胞 | 空间转录组学 | 缺血性卒中 | 空间转录组学, 蛋白质组学, 免疫组织化学, Nissl染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 组织图像 | 5只雄性小鼠 | NA | 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 10045 | 2025-10-07 |
Programmed Cell Death 10 (PDCD10) Is a Candidate Tumor-associated Gene in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2025-Apr, Anticancer research
IF:1.6Q4
DOI:10.21873/anticanres.17527
PMID:40155014
|
研究论文 | 本研究通过分析染色体扩增区域鉴定PDCD10作为食管鳞状细胞癌的新型候选肿瘤相关基因 | 首次发现PDCD10在ESCC中显著扩增和过表达，并确认其与不良预后的关联，同时筛选出阿泽拉酸和瑞巴派特作为潜在靶向治疗药物 | 研究主要基于生物信息学分析和细胞系实验，缺乏体内实验验证 | 鉴定食管鳞状细胞癌中新的肿瘤相关基因 | 食管鳞状细胞癌组织和细胞系 | 癌症基因组学 | 食管癌 | DNA拷贝数变异分析，RNA测序，单细胞RNA测序，免疫组织化学 | Cox回归分析，Kaplan-Meier生存分析 | 基因组数据，转录组数据，临床病理数据 | TCGA和CCLE数据库中的ESCC样本，GEO数据库中的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | 使用Scanpy分析单细胞RNA测序数据 |
| 10046 | 2025-10-07 |
Ginsenoside Rb1 and berberine synergistically protect against type 2 diabetes mellitus via GDF15/HAMP pathway throughout the liver lobules: Insights from spatial transcriptomics analysis
2025-Mar-25, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.107711
PMID:40147680
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示人参皂苷Rb1和黄连素通过GDF15/HAMP通路协同防治2型糖尿病的作用机制 | 首次发现Rb1和BBR联合治疗能全面调控整个肝小叶代谢，而二甲双胍仅改善门静脉周围区域功能 | 研究基于db/db小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探究人参皂苷Rb1和黄连素联合治疗对2型糖尿病的协同保护作用及分子机制 | 瘦素受体缺陷(db/db)糖尿病小鼠模型 | 空间转录组学 | 2型糖尿病 | 空间转录组学分析 | NA | 空间转录组数据 | db/db小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10047 | 2025-10-07 |
Interferon Regulatory Factor 1 Promotes Diabetic Vasculopathy by Mediating Endothelial Cell Pyroptosis
2025-Mar-12, Annals of vascular surgery
IF:1.4Q3
DOI:10.1016/j.avsg.2025.02.018
PMID:40086624
|
研究论文 | 本研究揭示了干扰素调节因子1通过介导内皮细胞焦亡促进糖尿病血管病变的机制 | 首次发现IRF-1是内皮细胞焦亡的关键调控因子，并通过单细胞RNA测序技术鉴定了糖尿病血管病变中的EP1细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 探索糖尿病血管病变的分子机制，特别关注内皮细胞焦亡的作用 | 糖尿病模型小鼠BKS-db/db和GSE169332数据集中的单细胞RNA测序数据 | 生物医学研究 | 糖尿病血管病变 | 单细胞RNA测序，免疫荧光，免疫组织化学，HE染色，Masson染色 | NA | 单细胞RNA测序数据，组织图像数据 | GSE169332数据集（包含非糖尿病动脉粥样硬化和糖尿病动脉粥样硬化两组），BKS-db/db糖尿病模型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10048 | 2025-10-07 |
Cardiac Fibrosis in the Multi-Omics Era: Implications for Heart Failure
2025-Mar-28, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325402
PMID:40146800
|
综述 | 本文全面分析了多组学技术如何增进对心脏纤维化的理解及其对心力衰竭治疗的意义 | 整合基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据，揭示心脏纤维化的新致病机制和潜在治疗靶点 | NA | 探讨多组学时代对心脏纤维化研究的进展及其对心力衰竭治疗的影响 | 心脏纤维化的分子机制和病理过程 | 多组学整合分析 | 心血管疾病 | 基因组学, 表观基因组学, 转录组学, 蛋白质组学, 代谢组学, 单细胞转录组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学整合分析 | NA | NA |
| 10049 | 2025-10-07 |
Kölliker's Organ Functions as a Developmental Hub in Mouse Cochlea Regulating Spiral Limbus and Tectorial Membrane Development
2025-Mar-26, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0721-24.2025
PMID:39909560
|
研究论文 | 本研究揭示了Kölliker器官作为小鼠耳蜗发育中枢，调控螺旋缘和覆膜发育的重要功能 | 首次发现Kölliker器官通过上皮-间质信号通路调控螺旋缘基质沉积，并确认基因为新的耳聋基因 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探究Kölliker器官在耳蜗发育中的功能机制 | 小鼠耳蜗发育过程中的Kölliker器官、螺旋缘和覆膜 | 发育生物学 | 听力障碍 | 单细胞RNA测序, 条件性基因敲除 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 生理功能数据 | 未明确样本数量的小鼠耳蜗组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10050 | 2025-10-07 |
Unraveling anoikis in glioblastoma: insights from single-cell sequencing and prognostic modeling
2025-Mar-26, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03752-8
PMID:40140848
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和生物信息学分析揭示失巢凋亡在胶质母细胞瘤中的分子机制，并构建预后模型 | 首次在单细胞水平系统分析胶质母细胞瘤中失巢凋亡相关基因的异质性表达，并利用101种机器学习算法构建预后模型 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 探究失巢凋亡在胶质母细胞瘤进展和预后中的作用机制 | 胶质母细胞瘤患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞测序, bulk转录组测序, 生物信息学分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自TCGA、GEO和CGGA数据库的多队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10051 | 2025-10-07 |
Identification of CACNB1 protein as an actionable therapeutic target for hepatocellular carcinoma via metabolic dysfunction analysis in liver diseases: An integrated bioinformatics and machine learning approach for precise therapy
2025-Mar-25, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142315
PMID:40139615
|
研究论文 | 通过整合生物信息学和机器学习方法，识别CACNB1蛋白作为肝细胞癌的可操作治疗靶点 | 首次将代谢功能障碍分析与机器学习相结合，识别出HCC的精准治疗靶点CACNB1 | 研究依赖于公共数据库数据，需要实验验证 | 开发肝病代谢功能障碍的精准分型和治疗策略 | 非酒精性脂肪肝病和肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | 高斯混合模型, 机器学习算法 | 基因表达数据 | 806个NAFLD样本和267个正常肝样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10052 | 2025-10-07 |
Identification of intratumoral microbiome-driven immune modulation and therapeutic implications in diffuse large B-cell lymphoma
2025-Mar-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-03972-x
PMID:40029433
|
研究论文 | 本研究通过分析弥漫大B细胞淋巴瘤中的瘤内微生物组，识别了两种不同的微生物相关亚型，并评估了它们对预后、免疫浸润和治疗反应的影响 | 首次在弥漫大B细胞淋巴瘤中鉴定微生物组驱动亚型，揭示瘤内微生物组通过影响B细胞分化和免疫调节通路来调控肿瘤微环境 | 样本量相对较小（48例患者），主要依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探索瘤内微生物组在弥漫大B细胞淋巴瘤中的免疫调节作用及治疗意义 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者和细胞系 | 生物信息学 | 淋巴瘤 | 转录组测序，单细胞RNA测序，微生物组分析 | 共识聚类，功能富集分析，细胞间通讯分析 | 转录组数据，微生物组数据，单细胞RNA测序数据 | 48例DLBCL患者 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10053 | 2025-10-07 |
Targeting Mesothelin Enhances Personalized Neoantigen Vaccine Induced Antitumor Immune Response in Orthotopic Pancreatic Cancer Mouse Models
2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407976
PMID:39887656
|
研究论文 | 本研究证明靶向间皮素可增强个性化新抗原疫苗在胰腺癌小鼠模型中的抗肿瘤免疫反应 | 首次揭示间皮素表达与细胞毒性T细胞负相关，并证明抗MSLN抗体联合新抗原疫苗可显著改善肿瘤免疫微环境 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证 | 探索增强胰腺癌免疫治疗效果的新策略 | 胰腺癌小鼠模型和人类胰腺癌组织 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组分析,多重免疫荧光染色,组织芯片 | NA | 基因表达数据,免疫荧光图像,单细胞RNA测序数据 | 三个数据集和组织芯片的胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录omics | NA | NA |
| 10054 | 2025-10-07 |
NGR-Modified CAF-Derived exos Targeting Tumor Vasculature to Induce Ferroptosis and Overcome Chemoresistance in Osteosarcoma
2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410918
PMID:39889249
|
研究论文 | 本研究开发了NGR修饰的CAF来源外泌体靶向肿瘤血管系统，通过诱导铁死亡逆转骨肉瘤化疗耐药 | 首次利用NGR修饰的CAF来源外泌体递送circ_0004872编码小肽，通过促进自噬依赖性铁死亡逆转骨肉瘤化疗耐药 | NA | 克服骨肉瘤化疗耐药性 | 骨肉瘤细胞 | NA | 骨肉瘤 | 单细胞转录组分析，高通量测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10055 | 2025-10-07 |
Cardiomyocyte Foxp1-Specific Deletion Promotes Post-injury Heart Regeneration via Targeting Usp20-HIF1ɑ-Hand1 Signaling Pathway
2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412124
PMID:39899693
|
研究论文 | 本研究揭示Foxp1通过调控Usp20-HIF1ɑ-Hand1信号通路影响心肌细胞增殖和心脏再生能力 | 首次发现Foxp1在损伤后心脏再生中的关键作用，并阐明其通过Usp20-HIF1ɑ-Hand1信号通路调控心肌细胞代谢转换的新机制 | 研究主要基于动物模型，临床转化价值仍需进一步验证 | 探究Foxp1在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用机制 | 心肌细胞和心脏组织 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析、基因功能获得和缺失实验、腺相关病毒转染 | NA | 基因表达数据、细胞增殖数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10056 | 2025-10-07 |
Longitudinal MRI-Driven Multi-Modality Approach for Predicting Pathological Complete Response and B Cell Infiltration in Breast Cancer
2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413702
PMID:39921294
|
研究论文 | 开发一种整合纵向MRI空间生境放射组学、转录组学和单细胞RNA测序的多模态模型，用于预测乳腺癌新辅助治疗后的病理完全缓解 | 首次将纵向MRI空间生境放射组学与转录组学、单细胞RNA测序相结合，能够捕捉新辅助治疗期间肿瘤异质性的动态变化 | 模型需要在不同患者群体和临床环境中进行前瞻性验证以确认其普适性 | 预测乳腺癌患者对新辅助治疗的病理完全缓解 | 乳腺癌患者 | 医学影像分析 | 乳腺癌 | 磁共振成像, 放射组学, 转录组学, 单细胞RNA测序 | 多模态模型 | 医学影像, 基因表达数据 | 2279名患者来自12个中心 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10057 | 2025-10-07 |
Comprehensive analysis and experimental validation of disulfidptosis-associated prognostic signature and immune microenvironment characterization of gastric cancer
2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03883-3
PMID:39998563
|
研究论文 | 本研究通过综合分析二硫化物死亡相关基因构建胃癌预后模型并验证其临床意义 | 首次基于二硫化物死亡相关基因建立胃癌预后特征模型，并通过单细胞测序和体外实验验证APC11基因的功能 | 研究样本量有限，需要更大规模临床队列验证模型的普适性 | 探索二硫化物死亡在胃癌发生发展中的作用并建立预后预测模型 | 胃癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞测序, siRNA, qRT-PCR, Western blot, CCK-8, Transwell实验 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10058 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics reveals prognostically LYZ+ fibroblasts and colocalization with FN1+ macrophages in diffuse large B-cell lymphoma
2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-03968-7
PMID:39998673
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学等技术识别了弥漫性大B细胞淋巴瘤中具有预后意义的LYZ+成纤维细胞和FN1+巨噬细胞亚型 | 首次在DLBCL中发现LYZ+成纤维细胞与FN1+巨噬细胞的空间共定位及其预后价值 | 样本量相对有限（空间转录组学仅11例），需要在更大队列中验证 | 探索DLBCL肿瘤微环境中成纤维细胞和巨噬细胞亚型的预后意义 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者和非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学, bulk转录组学, 免疫组织化学, 多重免疫荧光, 自身抗体检测 | 单变量Cox回归, 随机森林分析 | 空间转录组数据, 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 临床数据 | 空间转录组学11例, bulk转录组学2499例, IHC 37例, mIF 56例, 血浆样本240例 | NA | 空间转录组学, bulk RNA-seq, 免疫组织化学, 多重免疫荧光 | NA | NA |
| 10059 | 2025-10-07 |
CD4+ T cell-innate immune crosstalk is critical during Staphylococcus aureus craniotomy infection
2025-Feb-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.183327
PMID:39989461
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的关键作用及其与先天免疫细胞的相互作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统揭示开颅手术感染中CD4+ T细胞的转录异质性及其与单核/巨噬细胞的广泛相互作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的免疫功能和作用机制 | 小鼠模型和人类开颅手术感染样本 | 免疫学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 细胞过继转移, 抗体中和实验 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10060 | 2025-10-07 |
Effect of aging on pulmonary cellular responses during mechanical ventilation
2025-Feb-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.185834
PMID:39946196
|
研究论文 | 本研究探讨衰老对机械通气期间肺细胞反应的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示衰老小鼠在机械通气下肺泡巨噬细胞炎症反应减弱和内皮细胞细胞连接形成改变的分子机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型，未考虑性别差异；体外实验未能完全模拟体内复杂微环境 | 探究衰老如何影响机械通气过程中的肺细胞反应和损伤易感性 | 年轻和老年雄性小鼠的肺组织细胞 | 单细胞生物学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序，体外功能分析 | NA | 基因表达数据，功能实验数据 | 年轻和老年雄性小鼠群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |